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Otras zonas, como las Ciénagas de Lerma, el humedal más importante del estado donde
se concentran algunas de las especies endémicas de México como el ahuehuete, así
como diversos géneros de peces y anfibios amenazados con la extinción, están en
proceso de ser declaradas áreas protegidas, tiene el estatus de área de protección
de flora y fauna. El gobierno del estado ha propuesto a las autoridades federales
que declaren las 3,000 hectáreas de Las Ciénagas como un área protegida, y así
lograr su conservación. Otra zona de protección de flora y fauna es el Corredor
Biológico Chichinautzin (comparte área con Morelos y Distrito Federal).
En sus variados paisajes, la flora varía: en la sierra hay densos bosques de pino,
encino, cedro blanco, oyamel y zacatonal. En el valle: pastos, vera dulce, nopal,
damiana y ocotillo y en la depresión del Balsas, uña ratas almizcleras, comadrejas,
tejones, tlacoyotes y zorrillos.