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Reactivos y métodos para la modificación específica del sitio de proteínas, lípidos y ácidos nucleicos. Ver Proyecto
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Maksim V. Kvach, [ una] Alexey V. Ustinov, [ si] Irina A. Stepanova, [ si] Andrei D. Malakhov, [ si]
Mikhail V. Skorobogatyi, [ si] Vadim V. Shmanai, * [ una] y Vladimir A. Korshun * [ si]
Cuatro Los ácidos carboxílicos derivados de tetrametilindo (di) carbocianina se han Se ha demostrado la eficacia de los reactivos en el marcado de oligonucleótidos y
preparado usando un procedimiento modificado de un recipiente para el ensamblaje proteínas. (© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Alemania,
del colorante. Los ácidos se convirtieron en ésteres de oxisuccinimida y reactivos de 2008)
fosforamidita. los
Un método conveniente para la síntesis de fragmentos de ADN marcados usando un proceso por etapas desarrollado por Waggoner y colaboradores. 15] Nuestra
es el uso de fosforamiditas basadas en colorantes de cianina en un modificación [ 10] nos permitió realizar la reacción como un procedimiento conveniente
fosforamiditos de cianina informados se derivan de alcoholes primarios. b con haluros de alquilo. La alquilación con yoduro de metilo o butilo dio sales 2a,
Recientemente, la menor estabilidad del alquilfosfato primario b a temperatura ambiente, mientras que los derivados de carboxipentilo 3a, b se
obtuvieron después de calentar indoles 1 y ácido 6-bromohexanoico en
nitrometano. Para sintetizar ácidos cianina 4, las sales 3a, b primero se calentaron
con difenilformamidina o monoclorhidrato de malondialdehído bis (fenilimina) en
[a] Instituto de Química Orgánica Física,
Surganova 13, Minsk 220072, Bielorrusia Fax: + anhídrido acético para formar hemiccianinas. Estos últimos fueron tratados con
375-17-2842055 las sales correspondientes. 2a, b en piridina a temperatura ambiente. Las mezclas
Correo electrónico: shmanai@ifoch.bas-net.by
resultantes se separaron por cromatografía en columna para proporcionar
[b] Instituto Shemyakin-Ovchinnikov de Química Bioorgánica,
Miklukho-Maklaya 16/10, Moscú 117997, Rusia Fax: + 7-495-3306738 derivados 4a - re en rendimientos razonablemente buenos (49–67% para el
Correo electrónico: korshun@mail.ibch.ru procedimiento de dos pasos). Los ácidos 4a - re
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Esquema 1. Condiciones de reacción y rendimientos: (a) RI, MeNO 2, temperatura ambiente, 12 h, 96% ( 2a), 90% ( 2b); ( b) Br (CH 2) 5 CO 2 H, MeNO 2, 80 ° C, 7 h, 92% ( 3a), 89% ( 3b); ( c)
PhNHCH = NPh, Ac 2 O, 120 ° C, 30 min, luego 2a o 2b, Py, temperatura ambiente, 12 h, 60% ( 4a), 49% ( 4b); ( d) PhN = CHCH 2 CH = NPh · HCl, Ac 2 O, 120 ° C, 30 min, luego 2a o 2b, Py,
temperatura ambiente, 12 h, 67% ( 4c), 51% ( 4d); ( e) PyBOP, DIEA, DMF, temperatura ambiente, 5 min, luego trans- 4-aminociclohexanol, 4 h, 77% ( 5a), 80% ( 5b), 76% ( 5c), 66% ( 5d); ( f) ( yo PrN)
2 PO (CH 2) 2 CN, tetrazolido de diisopropilamonio, DCM, temperatura ambiente, 3 h, 93% ( 6a), 96% ( 6b), 93% ( 6c), 95% ( 6d); ( g) DSC, DIEA, DCM, temperatura ambiente, 2 h, 96% ( 7a), 98% ( 7b),
96% ( 7c), 97% ( 7d); ( h) acoplamiento en sintetizador de oligonucleótidos, luego desprotección y purificación; (i) oligonucleótido modificado con aminoalquilo, DMF, ac. tampón, pH 8,5, 0 °
C, 12 h; (j) albúmina de suero bovino, ac. tampón, pH 8,5, 0 ° C, 12 h.
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Una síntesis conveniente de tintes de cianina
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proteína marcada Cy3-BSA o Cy5-BSA, se aisló usando cromatografía de pH 9.3 y temperatura ambiente, [ 19] probablemente debido a la mejor estabilidad
exclusión por tamaño (véase la sección Exptl.). BSA es una proteína de del éster de oxisuccinimida en nuestras condiciones (pH 8,5, 0 ° C).
alrededor de 66000 Da con ε 280 =
44000 Lmol –1 cm –1; su etiquetado con tinte de cianina Cy5 ya ha sido estudiado. [ 19]
Los espectros UV / Vis de BSA marcados con Cy3 y Cy5 muestran bandas
características de absorción de proteínas y colorantes (Figuras 3 y 4). Conclusiones
seccion experimental
Asumimos ε 280, Cy3 = 5000, ε 554, Cy3 = 136000, ε 280, Cy5 = realizó con un sintetizador de ADN / ARN BiosSet ASM-800 en una escala de 200 nmol
utilizando protocolos estándar del fabricante. El tiempo de paso de acoplamiento para las
6000 y ε 650, Cy5 = 250000 Lmol –1 cm –1, y usó estos valores para calcular las
fosforamiditas modificadoras terminales se extendió a 7,5 minutos (se omitió la limitación y
proporciones aproximadas de colorante / proteína en muestras preparadas de
eliminación del grupo dimetoxitritilo). Los oligonucleótidos se aislaron usando
Cy3-BSA y Cy5-BSA. El grado de fijación del tinte disminuyó con un aumento
desnaturalización al 20% (7 • urea) PAGE en tampón Tris-borato, pH 8.3, y desalado por
en el inicio
filtración en gel a través de una columna Sephadex G-25 eluyendo con tampón sin sal.
7 / BSA ratio y fue menor para 7c que para 7a ( Figuras 3 y
4) Mediante el uso 7a (7c) / BSA = 2 preparamos proteínas marcadas BSA (Cy3) 0,59
y BSA (Cy5) 0,42, respectivamente. Los resultados son superiores a los descritos
para el etiquetado Cy5 BSA en
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Una síntesis conveniente de tintes de cianina
Procedimiento general para la preparación de sales de indolium 2 y 3: (CO C H 2) 27.02 (NCH 2 C H 2) 25,49 (NCH 2 CH 2 C H 2) 24.09 (COCH 2 C H 2) 22.09 (2 C, 3-CH 3) 14.12
Un haluro de alquilo (0,10 mol) [o en el caso de la síntesis de sales (2-CH 3) ppm. EMAR (MALDI +): calculado. para C 17 H 24 NO 2+ [ M - Br] + 274.1802;
3, Se añadió ácido 6-bromohexanoico (0,10 mol)] a una solución del indol encontró
correspondiente. 1a o 1b ( 0,10 mol) en MeNO 2 ( 60 ml) y la mezcla de reacción se agitó 274.1799.
magnéticamente durante 12 ha temperatura ambiente (para la síntesis de 2a o 2b. Precaución:
3- (5-Carboxipentil) -1,1,2-trimetil-1 H- benzo [ mi] bromuro de indolium (3b): [ 25] Compuesto
En caso de una reacción exotérmica inicial, el matraz debe enfriarse utilizando un baño
3b se preparó a partir de 1,1,2-trimetil-1 H-
de agua fría) o durante 6 h con calentamiento (para la síntesis de 3a, b; baño de aceite,
benzo [ mi] indol 1b) y ácido 6-bromohexanoico. Rendimiento 36.1 g, (89%), cristales de color
80 ° C). La mezcla de reacción enfriada se trituró con éter dietílico (400 ml) y el
rosa pálido, pf 211–213 ° C. 1 H RMN ([D 6] DMSO): δ =
precipitado se separó por filtración, se lavó con éter dietílico (3). 100 ml) y se secó al
8,37 (d, J = 8.1 Hz, 1 H, 6-H o 9-H), 8.29 (d, J = 8.8 Hz, 1 H, 4H o 5-H), 8.22 (d, J = 8.1
vacío. Este procedimiento dio los siguientes compuestos.
Hz, 1 H, 6-H o 9-H), 8.16 (d, J =
8.8 Hz, 1 H, 4-H o 5-H), 7.79 (m, 1 H, 7-H u 8-H), 7.72 (m, 1
H, 7-H u 8-H), 4,60 (t, J = 7,6 Hz, 2 H, NCH 2) 2,97 (s, 3 H, 2 canales 3) 2,23 (t, J = 7.2 Hz,
2 H, COCH 2) 1,91 (m, 2 H, NCH 2 C H 2)
1,77 (s, 6 H, 1-CH 3) 1,58 (m, 2 H, COCH 2 C H 2) 1,47 (m, 2 H, NCH 2 CH 2 C H 2) ppm. 13 RMN
C ([D 6] DMSO): δ = 196,44 (C-2),
174.33 (CO), 138.55, 137.02, 133.09, 130.73, 129.77, 128.45, 127.30,
127.28, 123.47, 113.42, 55.55 (C-1), 47.77 (NCH 2) 33,43 (CO C H 2)
27,21 (NCH 2 C H 2) 25,45 (NCH 2 CH 2 C H 2) 24.11 (COCH 2 C H 2)
21,67 (2 C, 1-CH 3) 13,96 (2-CH 3) ppm. EMAR (MALDI +): calculado. para C 21 H 26 NO 2+ [ M -
Br] + 324.1958; encontrado 324,1951.
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5-H, 5 -H), 8,08 (d, J = 8,3 Hz, 2 H, 6-H, 6 -H), 7,79 (m, 2 H, 4- (MALDI +): calculado. para C 43 H 49 norte 2 O 2+ [ M - Cl] + 625.3789; encontró
H, 4 -H), 7,68 (m, 2 H, 8-H, 8 -H), 7,54 (m, 2 H, 7-H, 7 -H), 6,66 (d, J a, b = J b, c = 13,5 Hz, 2 625.3812.
H, aH, cH), 4,29 (m, 4 H, NCH 2)
Procedimiento general para la preparación de cianina amido alcoholes 5a – d: El
2,24 (t, J = 7.2 Hz, 2 H, COCH 2) 2.01 (s, 12 H, 1-CH 3, 1 -CH 3)
ácido cianina correspondiente 4a - d ( 15,0 mmol) y DIEA (4,96 ml, 30,0 mmol) se
1,81 (m, 4 H, NCH 2 C H 2) 1,60 (m, 2 H, COCH 2 C H 2) 1,50 (m, 4
disolvieron en DMF (60 ml). Se añadió PyBOP (7,81 g, 15,0 mmol) en una porción y la
H, NCH 2 CH 2 C H 2, C H 2 CH 3) , 0. 96 (t, J = 7) 3 Hz, 3 H, CH 2 C H 3) ppm. 13 RMN C ([D 6] DMSO):
mezcla de reacción se agitó durante 5 minutos a temperatura ambiente. Una solución
δ = 175,17, 175,13 (C-2, C-2 ), 174,35 (CO), 148,56 (Cb), 139,62 (2 C, C-3a, C-3a ),
de
133,21,
trans- Se añadió hidrocloruro de 4-aminociclohexanol (2,28 g, 15,0 mmol) en DMF (30
133,17 (C-9b, C-9b ), 131.54 (2 C, C-5a, C-5a ), 130,51 (2 C, C-5, C-5 ), 129,98 (2 C,
ml); la mezcla se agitó durante 4 h y luego se diluyó con cloroformo (500 ml), se lavó
C-6, C-6 ), 127,93 (2 C, C-8, C-8 ), 127,46 (2
con agua (2 200 ml) y salmuera (200 ml), se secó con Na 2 ENTONCES 4, y los
C, C-9a, C-9a ), 125.09 (2 C, C-7, C-7 ), 122,22 (2 C, C-9, C-9 ),
solventes se evaporaron. El residuo se purificó por cromatografía sobre gel de sílice
111,82 (2 C, C-4, C-4 ), 102.19, 102.16 (Ca, Cc), 50.63 (2 C, C-1, C-1 ), 43,94 (2 C,
usando etanol en cloroformo como eluyente (gradiente de 0 5%) para dar la amida
NCH 2) 33,56 (CO C H 2) 29,59 ( C H 2 CH 2 CH 3)
deseada.
28,38 (COCH 2 CH 2 CH 2 C H 2) 27,18 (2 C), 27,17 (2 C) (1-CH 3, 1 CH 3) 25.71 (COCH 2 CH 2 C H 2)
24,34 (COCH 2 C H 2) 19,59 ( C H 2 CH 3) 13,90 (CH 2 C H 3) ppm. EMAR (MALDI +): calculado.
para C 41 H 47 norte 2 O 2+ [ M - Cl] + 599,3632; encontrado 599,3635. 2- [3- (1,3,3-trimetil-2,3-dihidroindol-2-ilideno) -1-propenil] -3,3-dimetil-1- [5- ( trans- 4-hidroxiciclohexila
pentil] -3 H- hexafluorofosfato de indolium (5a): Compuesto 5a fue preparado a partir de 4a.
Rendimiento 8,10 g (77%), espuma de color púrpura oscuro. TLC R f = 0.42 [15% MeOH en
2- [5- (1,3,3-trimetil-2,3-dihidro-1 H- indol-2-ilideno) -1,3-pentadienil] -3,3-dimetil-1- CHCl 3 ( v / v)]. 1 H RMN ([D 6] DMSO): δ = 8,35 (t,
(5-carboxipentil) -3 H- cloruro de indolium (4c):
Compuesto 4c fue preparado a partir de 3a, monoclorhidrato de malondialdehído bis
J a, b = J b, c = 13,4 Hz, 1 H, bH), 7,63 (m, 2 H, 4-H, 4 -H), 7,57 (d,
(fenilimina), y 2a. Rendimiento 17,4 g (67%), espuma azul oscuro. TLC R f = 0.26 [10%
J = 8,0 Hz, 1 H, NH), 7,45 (m, 4 H, 6-H, 7-H, 6 -H, 7 -H), 7,30 (m, 2 H, 5-H, 5 -H), 6,47
MeOH en CHCl 3 ( v / v)]. 1 HNMR ([D 6] -
(d, J a, b = J b, c = 13,4 Hz, 2 H, aH, cH),
DMSO): δ = 12.07 (br. S, 1 H, CO 2 H) 8,32 (t, J a, b = J b, c = J c, d = 4,49 (d, J = 4,3 Hz, 1 H, OH), 4,10 (t, J = 7,5 Hz, 2 H, NCH 2)
J d, e = 13,0 Hz, 2 H, bH, dH), 7,60 (m, 2 H, 4-H, 4 -H), 7,39 (m, 4 H, 6-H, 7-H, 6 -H, 7 -H), 3,66 (s, 3 H, NCH 3) 3,40 (m, 1 H, 4 -H), ca. 3,30 (m, 1 H, 1 -
7,25 (m, 2 H, 5-H, 5 -H), 6,58 (t, J antes de Cristo H), 2,03 (t, J = 7.0 Hz, 2 H, COCH 2) 1,80-1,60 (m, 18 H, 3-CH 3,
= J c, d = 13,0 Hz, 1 H, cH), 6,31 (d, J a, b = 13,0 Hz, 1 H, aH), 6,26 (d, J d, e = 13,0 Hz, 1 H, 3 -CH 3, 2 '' eq- H, 3 eq- H, 5 eq- H, 6 eq- H, NCH 2 C H 2) 1,54 (m, 2
eH), 4,09 (m, 2 H, NCH 2) 3,60 (s, 3 H, NCH 3) , 2,20 (t, J = 7.2 Hz, 2 H, COCH 2) , 1,70 (m, 2H, COCH 2 C H 2) 1,37 (m, 2 H, NCH 2 CH 2 C H 2) 1,10 (m, 4 H, 2 hacha- H, 3 hacha- H, 5 hacha- H, 6 hacha-
H, NCH 2 C H 2) 1,68 (s, 12 H, 3-CH 3, 3 -CH 3) 1,55 (m, 2 H, COCH 2 C H 2) 1,39 (m, 2 H, NCH CH 13 RMN C ([D 6] DMSO): δ
H) 2ppm.
2 C H 2) ppm. 13 RMN C ([D 6] - = 174.54, 173.76 (C-2, C-2 ), 171.07 (CO), 149.75 (Cb), 142.71 (C7a ), 141,99 (C-7a),
140,64 (2 C, C-3a, C-3a ), 128.70, 128.66 (C-
DMSO): δ = 174.30 (CO), 173.31 (C-2 ), 172,56 (C-2), 154,03 (2 6, C-6 ), 125.33, 125.20 (C-5, C-5 ), 122.55, 122.47 (C-4, C-4 ),
C, Cb, Cd), 142.80 (C-7a ), 142.06 (C-7a), 141.13 (C-3a), 141.06 (C-3a ), 128,45 ppm. 111,58 (2 C, C-7, C-7 ), 103.00, 102.45 (Ca, Cc), 68.22 (C-1 ),
128,38 (C-6, C-6 ), 125,41 (Cc), 124,77, 48,93 (2 C, C-3, C-3 ), 47.04 (C-4 ), 43,78 (NCH 2) 35,21 (CO C H 2) 34,04 (2 C, C-2 , C-6 ),
124,65 (C-5, C-5 ), 122.46, 122.34 (C-4, C-4 ), 111.08 (2 C, C-7, C7 ), 103.35 (Ce), 31,43 (NCH 3) 30,40 (2 C) (C3 , C-5 ), 27,52 (2 C), 27,33 (2 C) (3-CH 3, 3 -CH 3) 26,84 (NCH 2
103.09 (Ca), 48.91 (2 C, C-3, C-3 ), 43,28 (NCH 2) 33,52 (CO C H 2) 31,18 (NCH 3) 27,22 (2
C H 2) 25,74 (NCH 2 CH 2 C H 2) 25.00 (COCH 2 C H 2) ppm.
C), 27,05 (2 C) (3-CH 3, 3 -CH 3) 26,71 (NCH 2 C H 2) 25,68 (NCH 2 CH 2 C H 2) 24.22 (COCH 2 C H 2)
ppm. EMAR (MALDI +): calculado. para C 32 H 39 norte 2 O 2+ 31 P NMR ([D 6] DMSO): δ = –144,18 (sept, 1 J P, F = 711 Hz, PF 6–) ppm. EMAR (MALDI +):
calculado. para C 36 H 48 norte 3 O 2+ [ M - PF 6] + 554,3741; encontrado 554,3760.
[M - Cl] + 483.3006; encontrado 483.3018.
2- [5- (3-butil-1,1-dimetil-1,2-dihidro-3 H- benzo [ mi] indol-2-ilideno) - 2- [3- (3-butil-1,1-dimetil-1,2-dihidrobenzo [ mi] indol-2-ilideno) -1-propenil]
1,3-pentadienil] -1,1-dimetil-3- (5-carboxipentil) -1 H- benzo [ mi] cloruro de -1,1-dimetil-3- [5- ( trans- 4-hidroxiciclohexilaminocarbonil) pentil] -1 H- benzo [ mi] hexafluorofosfato
indolium (4d): Compuesto 4d fue preparado a partir de 3b, monoclorhidrato de de indolium (5b): Compuesto
malondialdehído bis (fenilimina), y 2b. Rendimiento 16,7 g (51%), espuma verde 5b fue preparado a partir de 4b. Rendimiento 10,16 g (80%), espuma violeta oscura. TLC R f = 0,40
oscuro. TLC R f = 0.25 [EtOH al 10% en DCM (v / v)]. 1 H RMN ([D 6] DMSO): δ = 12.17 (br. [15% de MeOH en CHCl 3 ( v / v)]. 1 H RMN ([D 6] -
DMSO): δ = 8,59 (t, J a, b = J b, c = 13,4 Hz, 1 H, bH), 8,30 (m, 2
S, 1 H, CO 2 H), 8,46 (t, J b, c = J c, d = 13,4 Hz, 2 H, bH, dH), 8,26 (d, J = 8,2 Hz, 2 H, 9-H, 9 -H),
8.07 (m, 4 H, 5-H, 5 -H, 6-H, 6 -H), 7,74 (m, 2 H, 4- H, 9-H, 9 -H), 8,11 (m, 4 H, 5-H, 5 -H, 6-H, 6 -H), 7,79 (m, 2 H, 4-H, 4 -H), 7,69 (m, 2 H,
8-H, 8 -H), 7,55 (m, 3 H, 7-H, 7 -H, NH), 6,58 (m, 2 H, aH, cH), 4,44 (d, J = 4,6 Hz, 1 H,
H, 4 -H), 7,68 (m, 2 H, 8-H, 8 -H), 7,51 (m, 2 H, 7-H, 7 -H), 6,66 (t, J b, c = J c, d = 13,0 Hz, 1 OH), 4,27 (m, 4 H, NCH 2) 3,39 (m, 1 H, 4 -H), 3.24 (m, 1 H, 1 -H), 2,02 (m, 14 H, COCH 2,
H, cH), 6,37 (d, J a, b = J d, e = 13,4 Hz, 2 H, aH, eH), 4,24 (m, 4 H, NCH 2) 2,21 (m, 2 H, 1-CH 3, 1 -CH 3) 1,80 (m, 4 H, NCH 2 C H 2)
COCH 2) 1,97 (s, 12 H, 1-CH 3, 1 -CH 3) 1,74 (m, 4 H, NCH 2 C H 2) 1,57 (m, 2 H, COCH 2 C H 2) 1,44
(m, 4 H, NCH 2 CH 2 C H 2, C H 2 CH 3) 0,95 (t, J 1.71–1.37 (m, 10 H, COCH 2 C H 2 C H 2, 2 eq- H, 3 eq- H, 5 eq- H, 6 eq- H, C H 2 CH 3) 1,05 (m, 4 H, 2 hacha-
H, 3 hacha- H, 5 hacha- H, 6 hacha- H)
= 7,3 Hz, 3 H, CH 2 C H 3) ppm. 13 RMN C ([D 6] DMSO): δ = 174,31, 0,97 (t, J = 7,3 Hz, 3 H, CH 2 C H 3) ppm. 13 RMN C ([D 6] DMSO): δ
173,70, 171,31 (CO, C-2, C-2 ), 152.87 (2 C, Cb, Cd), 139.76 (2 = 175,18 (2 C, C-2, C-2 ), 171.03 (CO), 148.54 (Cb), 139.68, 139.64 (C-3a, C-3a ),
C, C-3a, C-3a ), 133.20 (2 C, C-9b, C-9b ), 131.33 (2 C, C-5a, C5a ), 130,34 (2 C, C-5, 133,22, 133,15 (C-9b, C-9b ), 131.57 (2 C, C-5a, C5a ), 130.55, 130.51 (C-5, C-5 ),
C-5 ), 129.95 (2 C, C-6, C-6 ), 127,77 (2 C, C-8, C-8 ), 127,64 (2 C, C-9a, C-9a ), 126.16 129,99 (2 C, C-6, C-6 ), 127,96 (2
(Cc), 124.82 (2 C, C- C, C-8, C-8 ), 127,48 (2 C, C-9a, C-9a ), 125,14 (2 C, C-7, C-7 ),
7, C-7 ), 122.09 (2 C, C-9, C-9 ), 111,65 (2 C, C-4, C-4 ), 103.01 (2 122.25 (2 C, C-9, C-9 ), 111.84 (2 C, C-4, C-4 ), 102.11 (2 C, Ca, Cc), 68.21 (C-1 ),
C, Ca, Ce), 50.75 (2 C, C-1, C-1 ) 43.44 (2 C, NCH 2) 33,54 (CO C H 2) 29,43 ( C H 2 CH 2 CH
50,68
3) (2 C, C-1, C-1 ), 47.02 (C-4 ), 43,92 (2
27.01 (COCH 2 CH 2 CH 2 C H 2) C, NCH 2) 35.20 (CO C H 2) 34,00 (2 C, C-2 , C-6 ), 30,38 (2 C, C-3 , C-5 ), 29,59 ( C H 2 CH 2 CH
26.86 (4 C, 1-CH 3, 1 -CH 3) 25,68 (COCH 2 CH 2 C H 2) 24.27 (COCH 2 C H 2) 19,51 ( C H 2 CH
3) 27.19 (2 C), 27.13 (2 C) (1CH 3, 1 -CH 3) 25,67 (COCH 2 CH 2 C H 2) 25.02 (COCH 2 C H 2) 19,63
3) 13,82
2112 www.eurjoc.org © 2008 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim EUR. J. Org. Chem 2008, 2107–2117
Una síntesis conveniente de tintes de cianina
( C H 2 CH 3) 13,91 (CH 2 C H 3) ppm. 31 P NMR ([D 6] DMSO): δ = Se añadieron tetrazolido de amonio (1,70 g, 10,0 mmol) y bis (diisopropilamino)
- 144,19 (sept, 1 J P, F = 710 Hz, PF 6–) ppm. EMAR (MALDI +): calculado. para C 47 H 58 norte 3 -2-cianoetoxifosfano
O (3,84 ml, 12,0 mmol) a la solución que se agitó en argón durante
2+ [ M - PF 6] + 696.4524; encontrado 696,4509. 3 h. Después de completar la conversión del compuesto de partida [monitorización
por TLC, CHCl 3 / acetona (1: 1) + 1% Et 3 N (v / v / v)], la mezcla se diluyó con CHCl 3 ( 150
2- [5- (1,3,3-trimetil-2,3-dihidroindol-2-ilideno) -1,3-pentadienilo] -
ml) y se lavó con NaHCO al 5% 3
3,3-dimetil-1- [5- ( trans- 4-hidroxiciclohexilaminocarbonil) pentilo] 3 H- hexafluorofosfato
de indolium (5c): Compuesto 5c fue preparado a partir de 4c. Rendimiento 8,25 g (76%),
(2 100 ml) y NaCl al 20% (100 ml). La capa orgánica seca (Na 2 ENTONCES 4) se
espuma azul oscuro. TLC R f = 0.44 [15% MeOH en CHCl 3 ( v / v)]. 1 H RMN ([D 6] DMSO): δ = 8,32
evaporó a sequedad. El residuo se disolvió en DCM seco (30 ml) y se precipitó en
(t,
éter dietílico frío (–10 ° C) (1 L). El sólido se recogió y se secó al vacío para
J a, b = J b, c = J c, d = J d, e = 13,0 Hz, 2 H, bH, dH), 7,61 (m, 2 H, 4-H, 4 -H), 7,55 (d, J = 8,0 Hz, 1
proporcionar compuestos 6a - re como sólidos amorfos.
H, NH), 7,38 (m, 4 H, 6-H, 7-
H, 6 -H, 7 -H), 7,25 (m, 2 H, 5-H, 5 -H), 6,56 (t, J b, c = J c, d =
13,0 Hz, 1 H, cH), 6,30 (d, J d, e = 13,0 Hz, 1 H, eH), 6,24 (d, J a, b
= 13.0 Hz, 1 H, aH), 4.09 (m, 2 H, NCH 2) 3,60 (s, 3 H, NCH 3)
3,42 (m, 1 H, 4 -H), ca. 3,30 (m, 1 H, 1 -H), 2,01 (t, J = 7.0 Hz, 2 H, COCH 2) 1,80-1,60
(m, 18 H, 2 eq- H, 3 eq- H, 5 eq- H, 6 eq-
H, NCH 2 C H 2, 3-CH 3, 3 -CH 3) 1,52 (m, 2 H, COCH 2 C H 2) 1,31 (m, 2 H, NCH 2 CH 2 C H 2) 1,10
(m, 4 H, 2 hacha- H, 3 hacha- H, 5 hacha- H, 6 hacha- H) ppm. 13 RMN C ([D 6] DMSO): δ = 173,27,
172,67 (C-2, C2 ), 170,98 (CO), 154,11, 153,98 (Cb, Cd), 142,82 (C-7a ), 142.06
(C-7a), 141.13 (C-3a), 141.05 (C-3a ), 128.43, 128.39 (C-6, C-6 ),
125,40 (Cc), 124,75, 124,68 (C-5, C-5 ), 122.44, 122.33 (C-4, C4 ), 111.14, 111.05
(C-7, C-7 ), 103.23 (Ce), 103.17 (Ca), 68.21 (C-1 ), 48.92, 48.90 (C-3, C-3 ), 47.01 (C-4 ),
43,35 (NCH 2) 35,14 (CO C H 2) 34,04 (2 C, C-2 , C-6 ), 31,10 (NCH 3) 30.40 (2 C, C3 , C-5 ),
2- [3- (1,3,3-trimetil-2,3-dihidro-1 H- indol-2-ilideno) -1-propenilo] -1 {5- [ trans- 4-
27.20 (2 C), 27.06 (2 C) (3-CH 3, 3 -CH 3) 26,81 (NCH 2 C H 2) 25,64 (NCH 2 CH 2 C H 2) 24.95
(diisopropilamino-2-cianoetoxifosfiniloxi) ciclohexilaminocarbonil] pentil}
(COCH 2 C H 2) ppm.
-3,3-dimetil-3 H- hexafluorofosfato de indio (6a): Compuesto 6a fue preparado a
partir de 5a. rendimiento
31 P NMR ([D 6] DMSO): δ = –144,18 (sept, 1 J P, F = 710 Hz, PF 6–) ppm. EMAR (MALDI +):
8,38 g (93%), espuma de color púrpura oscuro. TLC R f = 0.28 [acetona al 20% en CH 2 Cl 2 + 1%
calculado. para C 38 H 50 norte 3 O 2+ [ M - PF 6] + 580.3898; encontrado 580,3890.
Et 3 N (v / v / v)]. 1 H RMN ([D 6] DMSO): δ = 8,35 (t,
J a, b = J b, c = 13,4 Hz, 1 H, bH), 7,62 (m, 2 H, 4-H, 4 -H), 7,59 (d,
2- [5- (3-butil-1,1-dimetil-1,2-dihidrobenzo [ mi] indol-2-ilideno) -1,3pentadienil] J = 7,6 Hz, 1 H, NH), 7,45 (m, 4 H, 6-H, 7-H, 6 -H, 7 -H), 7,30 (m, 2 H, 5-H, 5 -H), 6,48
(d, J a, b = J b, c = 13,4 Hz, 2 H, aH, cH),
-1,1-dimetil-3- [5- ( trans- 4-hidroxiciclohexilaminocarbonil) pentil] -1 H- benzo [ mi] hexafluorofosfato
de indolium (5d): Compuesto 5d fue preparado a partir de 4d. Rendimiento 8,66 g (66%), 4,10 (t, J = 7,3 Hz, 2 H, NCH 2) 3,72-3,60 (m, 6 H, NCH 3, 1 -H, POCH 2) 3,58–3,43 (m, 3 H,
espuma verde oscuro. TCL R f = 0.52 [10% EtOH en CH 2 Cl 2 ( v / v)]. 1 H RMN ([D 6] - 4 -H, yo 2 C H N), 2,73 (t, J = 5,8 Hz, 2 H, CH 2 CN), 2,04 (t, J = 7.0 Hz, 2 H, COCH 2) 1,93–1,68
(m, 18
DMSO): δ = 8,46 (t, J b, c = J c, d = 13,1 Hz, 2 H, bH, dH), 8,30 (d, H, 2 eq- H, 3 eq- H, 5 eq- H, 6 eq- H, NCH 2 C H 2, 3-CH 3, 3 -CH 3)
J 8,9 = J 8 , 9 = 8,6 Hz, 2 H, 9-H, 9 -H), 8,08 (m, 4 H, 5-H, 5 -H, 6- 1,56 (m, 2 H, COCH 2 C H 2) 1,36 (m, 4 H, 2 hacha- H, 3 hacha- H, 5 hacha-
H, 6 -H), 7,73 (m, 2 H, 4-H, 4 -H), 7,68 (m, 2 H, 8-H, 8 -H), 7,52 (m, 3 H, 7-H, 7 -H, NH), H, 6 hacha- H), 1.12 (m, 14 H, NCH 2 CH 2 C H 2, CHC H 3) ppm. 13 RMN C ([D 6] DMSO): δ = 174,51,
6,63 (t, J b, c = J c, d = 13,1 Hz, 1 H, cH), 173,78 (C-2, C-2 ), 171.10 (CO),
6,36 (m, 2 H, aH, eH), 4,43 (br. S, 1 H, OH), 4,23 (m, 4 H, NCH 2) 149,74 (Cb), 142,68 (C-7a ), 141,96 (C-7a), 140,63, 140,60 (C-3a, C-3a ), 128,67,
3,35 (m, 1 H, 4 -H), 3.25 (m, 1 H, 1 -H), 2,01 (t, J = 7,0 Hz, 2 128,63 (C-6, C-6 ), 125.30, 125.16 (C-5, C-5 ),
H, COCH 2) 1,97 (m, 12 H, 1-CH 3, 1 -CH 3) 1,74 (m, 4 H, NCH 2 C H 2) 1,69 (m, 2 H), 1,60 (m, 122,51, 122,42 (C-4, C-4 ), 119.05 (CN), 111.54 (2 C, C-7, C-7 ),
2 H, 2 eq- H, 3 eq- H, 5 eq- H, 6 eq - H), 1. 5 4 (m, 2 H), 1. 4 3 (m, 2 H), 1. 35 (m, 2 H, COCH 2 C102,96,
H 102,44 (Ca, Cc), 71,69 (d, 2 J P, C = 18,4 Hz, C-1 ), 57,92 (d, 2 J P, C = 18,4 Hz,
2 C H 2, C H 2 CH 3) 1,07 (m, 4 H, 2 hacha- H, 3 hacha- H, 5 hacha- POCH 2) 48,91 (2 C, C-3, C-3 ), 46,45 (C-4 ),
43,77 (NCH 2) 42,51 (d, 2 J P, C = 12,6 Hz, PNCH), 35,17 (CO C H 2)
H, 6 hacha- H), 0,96 (t, J = 7,3 Hz, 3 H, CH 2 C H 3) ppm. 13 RMN C ([D 6] DMSO): δ = 173,80, 32,46 (m), 32,37 (m, C-2 , C-6 ), 31,40 (NCH 3) 29,91, 29,87 (C3 , C-5 ), 27,49 (2 C),
173,69 (C-2, C-2 ), 170,97 (CO), 152,85 (2 C, Cb, Cd), 139,79 (2 C, C-3a, C-3a ), 27,32 (2 C) (3-CH 3, 3 -CH 3) 26,80 (NCH 2 C H 2) 25,71 (NCH 2 CH 2 C H 2) 24,93 (COCH 2 C H 2) 24,40
133.20 (2 C, C-9b, C9b ), 131.34 (2 C, C-5a, C-5a ), 130,37 (2 C, C-5, C-5 ), 129,97 (2) (d, 3 J P, C = 6,9 Hz, 2 C), 24,28 (d, 3 J P, C = 7,4 Hz, 2 C, CH C H 3)
C, C-6, C-6 ), 127,80 (2 C, C-8, C-8 ), 127,65 (2 C, C-9a, C-9a ), 19,87 (d, 3 J P, C = 7,4 Hz, CH 2 C N) ppm. 31 P NMR ([D 6] DMSO): δ
125.83 (Cc), 124.84 (2 C, C-7, C-7 ), 122,19 (2 C, C-9, C-9 ), = 144.88 (s, 1 P, fosforamidita), –144.18 (sept, 1 J P, F = 711 Hz, 1 P, PF 6–) ppm. EMAR (ESI +):
111.71, 111.67 (C-4, C-4 ), 103.11, 102.95 (Ca, Ce), 68.20 (C-1 ), calculado. para C 45 H sesenta y cinco norte 5 5 O 3 P + [M - PF 6] + 754.4820; encontrado 754,4840.
50,77 (2 C, C-1, C-1 ), 47.01 (C-4 ), 43.53, 43.44 (NCH 2) 35,17 (CO C H 2) 34,02 (2 C, C-2 ,
C-6 ), 30.40 (2 C, C-3 , C-5 ), 29,45 ( C H 2 CH 2 CH 3) 27.12 (COCH 2 CH 2 CH 2 C H 2) 26,89 (2
2- [3- (3-butil-1,1-dimetil-1,2-dihidro-3 H- benzo [ mi] indol-2-ilideno) 1-propenil]
C), 26,84 (2
-1,1-dimetil-3- {5- [ trans- 4- (diisopropilamino-2-cianoetoxifosfiniloxi)
C) (1-CH 3, 1 -CH 3) 25,63 (COCH 2 CH 2 C H 2) 24,99 (COCH 2 C H 2)
ciclohexilaminocarbonil] pentilo} -1 H- benzo [ mi] hexafluorofosfato de indolium
19,54 ( C H 2 CH 3) 13,85 (CH 2 C H 3) ppm. 31 P NMR ([D 6] DMSO): δ
(6b): Compuesto 6b fue preparado a partir de 5b. Rendimiento 9,98 g (96%), espuma
= –144.17 (sept, 1 J P, F = 710 Hz, PF 6–) ppm. EMAR (MALDI +): calculado. para C 49 H 60 60 norte 3 O
violeta oscura. TLC R f = 0.26 [20% de acetona en CH 2 Cl 2 + 1% Et 3 N (v / v / v)]. 1 H RMN ([D 6]
2+ [ M - PF 6] + 722.4680; encontrado 722,4683.
-
Procedimiento general para la preparación de fosforamiditas 6a – d: DMSO): δ = 8,59 (t, J a, b = J b, c = 13,6 Hz, 1 H, bH), 8,30 (m, 2
El alcohol correspondiente 5a - d ( 10.0 mmol) se resolvió en DCM seco y la solución H, 9-H, 9 -H), 8,11 (m, 4 H, 5-H, 5 -H, 6-H, 6 -H), 7,79 (m, 2 H, 4-H, 4 -H), 7,69 (m, 2 H,
se evaporó (2 150 ml); después, el residuo se disolvió nuevamente en DCM seco (150 8-H, 8 -H), 7,55 (m, 3 H, 7-H, 7 -H, NH), 6.58 (m, 2 H, aH, cH), 4.27 (m, 4 H, NCH 2) 3.70–3.41
ml). Diisopropilo (m,
EUR. J. Org. Chem 2008, 2107–2117 © 2008 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim www.eurjoc.org 2113
VV Shmanai, VA Korshun y col.
PAPEL COMPLETO
H, NCH 2 C H 2, 3-CH 3, 3 -CH 3) 1,52 (m, 2 H, COCH 2 C H 2) 1,32 (m, 4 H, 2 hacha- H, 3 hacha- H, 5 hacha-
H, 6 hacha- H), 1.10 (m, 14 H, NCH 2 CH 2 C H 2, CHC H 3) ppm. 13 RMN C ([D 6] DMSO): δ =
173,24, 172,69 (C-2, C-2 ), 171.04 (CO), 154.11, 153.99 (Cb, Cd),
142,82 (C-7a ), 142.07 (C-7a), 141.14 (C-3a), 141.03 (C-3a ),
128,43, 128,39 (C-6, C-6 ), 125,42 (Cc), 124,75, 124,67 (C-5, C5 ), 122.43, 122.31
(C-4, C-4 ), 119.05 (CN), 111.16, 111.04 (C-7, C-7 ), 103,24 (2 C, Ca, Ce), 71,73 (d, 2 J P,
C= 17,6 Hz, C-1 ),
57,93 (d, 2 J P, C = 17,6 Hz, POCH 2) 48,92, 48,88 (C-3, C-3 ), 46,44 (C-4 ), 43,34 (NCH 2) 42,50
(d, 2 J P, C = 12,6 Hz, PNCH), 35,14 (CO C H 2) 32,42 (m), 32,34 (m) (C-2 , C-6 ), 31,10 (NCH 3)
29,95,
29,91 (C-3 , C-5 ), 27.20 (2 C), 27.07 (2 C) (3-CH 3, 3 -CH 3) 26,79 (NCH 2 C H 2) 25,66 (NCH 2 CH
2 C H 2) 24.88 (COCH 2 C H 2) 24,40 (d, 3 J P, C = 7,4 Hz, 2 C), 24,28 (d, 3 J P, C = 6,9 Hz, 2 C, CH C H
3)
6 H, 1 -H, 4 -H, POCH 2, Yo 2 C H N), 2,72 (t, J = 5,8 Hz, 2 H, CH 2 CN), 2,02 (m, 14 H, 19,87 (d, 3 J P, C = 7,5 Hz, CH 2 C N) ppm. 31 P NMR ([D 6] DMSO): δ
COCH 2, 1-CH 3, 1 -CH 3) 1,80 (m, 4 H), = 144.90 (s, 1 P, fosforamidita), –144.18 (sept, 1 J P, F = 710 Hz, 1 P, PF 6–) ppm. EMAR (ESI
1.74 (m, 2 H), 1.60 (m, 4 H), 1.48 (m, 2 H), 1.40 (m, 2 H), 1.25 (m, 2 H, 2 eq- H, 3 eq- H, 5 eq- +): calculado. para C 47 H 67 norte 5 5 O 3 P + [M - PF 6] + 780.4976; encontrado 780,4991.
H, 6 eq- H, 2 hacha- H, 3 hacha- H, 5 hacha-
H, 6 hacha- H, COCH 2 C H 2 CH 2 C H 2, C H 2 C H 2 CH 3) 1,08 (m, 14 H, NCH 2 CH 2 C H 2, CHC H 3) 0,98
(t, J = 7,3 Hz, 3 H, CH 2 C H 3) ppm.
13 RMN C ([D 6] DMSO): δ = 175,24, 175,14 (C-2, C-2 ), 171.06 (CO), 148.54 (Cb),
139.66, 139.61 (C-3a, C-3a ), 133.19, 133.16 (C-9b, C-9b ), 131.56 (2 C, C-5a, C-5a ),
130.53, 130.48 (C-5, C5 ), 129.95 (2 C, C-6, C-6 ), 127,91 (2 C, C-8, C-8 ), 127.47,
127.44 (C-9a, C-9a ), 125.10 (2 C, C-7, C-7 ), 122.20 (2 C, C-9, C-9 ),
119.02 (CN), 111.84, 111.78 (C-4, C-4 ), 102.13, 102.06 (Ca, Cc),
71,64 (d, 2 J P, C = 18,4 Hz, C-1 ) 57.89 (d, 2 J P, C = 17,8 Hz, POCH 2) 50,65 (2 C, C-1, C-1 ),
46,41 (C-4 ), 43,91 (2 C, NCH 2)
42,48 (d, 2 J P, C = 12,6 Hz, PNCH), 35,15 (CO C H 2) 32,33 (m, 2 C, C-2 , C-6 ), 29.87 (2 C,
C-3 , C-5 ), 29,57 ( C H 2 CH 2 CH 3) 27,18 (2 C), 27,12 (2 C) (1-CH 3, 1 -CH 3) 25.60 (COCH 2 CH 2
C H 2) 24,93 (COCH 2 C H 2) 24,36 (COCH 2 C H 2) 24,40 (d, 3 J P, C = 6,9 Hz, 2 C),
24,23 (d, 3 J P, C = 6,9 Hz, 2 C, CH C H 3) 19,86 (d, 3 J P, C = 6,9 Hz, CH 2 C N), 19,60 ( C H 2 CH 3) 13,87
(CH 2 C H 3) ppm. 31 P NMR ([D 6] - 2- [5- (3-butil-1,1-dimetil-1,2-dihidrobenzo [ mi] indol-2-ilideno) -1,3pentadienil]
DMSO): δ = 144,90 (s, 1 P, fosforamidita), –144,17 (sept, 1 J P, F -1,1-dimetil-3- {5- [ trans- 4- (diisopropilamino-2-cianoetoxifosfiniloxi)
= 7 1 1 Hz, 1 P, PF 6 -) ppm. EMAR (ES I +): calculado. para r C 56 H 75 norte 5 5 O 3 P + [M - ciclohexilaminocarbonil] pentilo} -1 H- benzo [ mi] hexafluorofosfato de indio (6d): Compuesto
PF 6] + 896.5602; encontrado 896,5612. 6d fue preparado a partir de 5d. Rendimiento 10,21 g (95%), espuma verde oscuro. TLC R
f= 0.50 [20% de acetona en CH 2 Cl 2 + 1% Et 3 N (v / v / v)]. 1 H RMN ([D 6] -
1 -CH 3) 1.81 (m, 2 H), 1.74 (m, 4 H), 1.64 (m, 2 H) (NCH 2 C H 2,
2 eq- H, 3 eq- H, 5 eq- H, 6 eq- H), 1.54 (m, 2 H), 1.44 (m, 4 H),
1,35 (m, 2 H) (COCH 2 C H 2, C H 2 CH 3, 2 hacha- H, 3 hacha- H, 5 hacha- H, 6 hacha- H), 1,09 (m, 14 H,
NCH 2 CH 2 C H 2, CHC H 3) 0,96 (t, J =
2- [5- (1,3,3-trimetil-2,3-dihidro-1 H- indol-2-ilideno) -1,3-pentadienil] -3,3-dimetil-1- 7,3 Hz, 3 H, CH 2 C H 3) ppm. 13 RMN C ([D 6] DMSO): δ = 173,64 (2 C, C-2, C-2 ), 170.99
{5- [ trans- 4- (diisopropilamino-2-cianoetoxifosfiniloxi) ciclohexilaminocarbonil] (CO), 152.82 (2 C, Cb, Cd), 139.77 (2 C, C-3a, C-3a ), 133,19 (2 C, C-9b, C-9b ),
pentilo} -3 H- hexafluorofosfato de indio (6c): Compuesto 6c fue preparado a partir 131.34 (2 C, C-5a, C-5a ),
de 5c. 130,31 (2 C, C-5, C-5 ), 129,96 (2 C, C-6, C-6 ), 127,75 (2 C, C-8, C-8 ), 127,64 (2 C,
Rendimiento 8,58 g (93%), espuma azul oscuro. TLC R f = 0.30 [20% de acetona en CH 2 Cl 2 + 1%C-9a, C-9a ), 125.84 (Cc), 124.82 (2 C, C-7, C7 ), 122.15 (2 C, C-9, C-9 ), 119.02 (CN),
Et 3 N (v / v / v)]. 1 H RMN ([D 6] DMSO): δ = 8,32 (t, 111.62 (2 C, C-4, C-4 ),
J a, b = J b, c = J c, d = J d, e = 13,0 Hz, 2 H, bH, dH), 7,60 (m, 2 H, 4-H, 4 -H), 7,57 (d, J = 7,6 Hz, 102,91
1 (2 C, Ca, Ce), 71,72 (d, 2 J P, C = 18,6 Hz, C-1 ), 57,90 (d,
2 J P, C = 19,2 Hz, POCH 2) 50,74 (2 C, C-1, C-1 ), 46,40 (C-4 ),
H, NH), 7,39 (m, 4 H, 6-H, 7-
H, 6 -H, 7 -H), 7,24 (m, 2 H, 5-H, 5 -H), 6,56 (t, J b, c = J c, d = 43,50, 43,41 (NCH 2) 42,49 (d, 2 J P, C = 13,0 Hz, PNCH), 35,13 (CO C H 2) 32,47, 32,37 (C-2 ,
13,0 Hz, 1 H, cH), 6,31 (d, J d, e = 13,0 Hz, 1 H, eH), 6,23 (d, J a, b C-6 ), 29,92 (2 C, C-3 , C-5 ),
= 13.0 Hz, 1 H, aH), 4.09 (m, 2 H, NCH 2) 3,72–3,62 (m, 3 H, 1 -H, POCH 2) 3,61 (s, 3 H, 29,43 ( C H 2 CH 2 CH 3) 27.07 (COCH 2 CH 2 CH 2 C H 2) 26,87 (2 C),
NCH 3) 3,58–3,43 (m, 3 H, 4 -H, yo 2 C H N), 2,73 (t, J = 5,8 Hz, 2 H, CH 2 CN), 2,02 (t, J = 7.0
26,83 (2 C) (1-CH 3, 1 -CH 3) 25,61 (COCH 2 CH 2 C H 2) 24,98 (COCH 2 C H 2) 24,37 (d, 3 J P, C = 6,8
Hz, 2 H, COCH 2) 1,93–1,64 (m, 18 H, 2 eq- H, 3 eq- H, 5 eq- H, 6 eq- Hz, 2 C), 24,26 (d, 3 J P, C =
6.2 Hz, 2 C, CH C H 3) 19,86 (d, 3 J P, C = 6.2 Hz, CH 2 C N), 19,51
2114 www.eurjoc.org © 2008 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim EUR. J. Org. Chem 2008, 2107–2117
Una síntesis conveniente de tintes de cianina
( C H 2 CH 3) 13,81 (CH 2 C H 3) ppm. 31 P NMR ([D 6] DMSO): δ = = J d, e = 13,0 Hz, 2 H, bH, dH), 7,61 (m, 2 H, 4-H, 4 -H), 7,40 (m, 4 H, 6-H, 7-H, 6 -H, 7 -H),
144.89 (s, 1 P, fosforamidita), –144.18 (sept, 1 J P, F = 710 Hz, 1 7,24 (m, 2 H, 5-H, 5 -H), 6,57 (t,
P, PF 6–) ppm. EMAR (ESI +): calculado. para C 58 H 77 norte 5 5 O 3 P + [M - PF 6] J b, c = J c, d = 13,0 Hz, 1 H, cH), 6,30 (d, J a, b = 13,0 Hz, 1 H, aH),
+
922.5759; encontrado 922,5790. 6.26 (d, J d, e = 13,0 Hz, 1 H, eH), 4,09 (m, 2 H, NCH 2) 3,61 (s, 3
H, NCH 3) 2,82 (s, 4 H, COC H 2 C H 2 CO), 2,68 (t, J = 7.2 Hz, 2 H, COCH 2) 1.78–1.69 (m, 4
Procedimiento general para la preparación de ésteres de cianina oxisuccinimida
H, NCH 2 C H 2 CH 2 C H 2) 1,68 (s, 12 H, 3-CH 3, 3 -CH 3) 1,49 [m, 2 H, (NCH 2 CH 2 C H 2)] ppm. 13 RMN
7a – d: El ácido cianina correspondiente 4a - d ( 10,0 mmol) y DIEA (3,50 ml, 20 mmol)
C ([D 6] DMSO): δ = 173,34 (C-2 ), 172,75 (OCO), 172,53 (C-2),
se disolvieron en DCM seco (100 ml). Se añadió DSC (2,82 g, 11,0 mmol) en una
porción y la mezcla se agitó durante 2 ha temperatura ambiente, luego se diluyó con
170.25 (2 C, NCO), 154.03 (2 C, Cb, Cd), 142.80 (C-7a ), 142.04 (C-7a), 141.14
DCM (100 ml) y se lavó sucesivamente con agua (400 ml), 1 • HCl (400 ml) y salmuera
(C-3a), 141.07 (C-3a ), 128.44, 128.39 (C-6, C-6 ),
(400 ml). La solución se secó con Na. 2 ENTONCES 4, evaporado, y el residuo se trituró
125,45 (Cc), 124,78, 124,64 (C-5, C-5 ), 122.45, 122.34 (C-4, C4 ), 111.09, 111.04
en éter dietílico para dar ésteres puros 7a - re como sólidos amorfos.
(C-7, C-7 ), 103.38 (Ce), 103.05 (Ca), 48.91 (2
C, C-3, C-3 ), 43,24 (NCH 2) 31,17 (NCH 3) 30.05 (CO C H 2) 27,22 (2 C), 27,04 (2 C) (3-CH 3,
3 -CH 3) 26,43 (NCH 2 C H 2) 25.50 (3 C, CO C H 2 C H 2 CO, NCH 2 CH 2 C H 2) 23,96 (COCH 2 C H 2) ppm
2- [3- (1,3,3-trimetil-2,3-dihidroindol-2-ilideno) -1-propenil] -3,3-dimetil-1- [5- EMAR (MALDI +): calculado. para C 36 H 42 norte 3 O 4+ [ M - Cl] + 580.3170; encontrado
(succinimidooxicarbonil) pentil] -3 H- cloruro de indolium (7a): Compuesto 7a fue 580,3193.
preparado a partir de 4a. Rendimiento 5,64 g (96%), espuma de color púrpura oscuro. TLC R f = 0.61
[20% MeOH en CHCl 3 ( v / v)].
2- [5- (3-butil-1,1-dimetil-1,2-dihidrobenzo [ mi] indol-2-ilideno) -1,3pentadienil]
1 H RMN ([D 6] DMSO): δ = 8,35 (t, J a, b = J b, c = 13,4 Hz, 1 H, b-
-1,1-dimetil-3- [5- (succinimidooxicarbonil) pentil] -1 H-
H), 7,64 (m, 2 H, 4-H, 4 -H), 7,45 (m, 4 H, 6-H, 7-H, 6 -H, 7 -H)
benzo [ mi] cloruro de indolium (7d): Compuesto 7d fue preparado a partir de
7,30 (m, 2 H, 5-H, 5 -H), 6,52 (d, J a, b = 13,4 Hz, 1 H, aH), 6,50 (d, J b, c = 13,4 Hz, 1 H,
4d. Rendimiento 7,36 g (97%), espuma verde oscuro. TLC R f = 0,75 [EtOH al 20% en DCM
cH), 4,12 (t, J = 7,3 Hz, 2 H, NCH 2) 3,66 (s, 3 H, NCH 3) 2,81 (s, 4 H, COC H 2 C H 2 CO),
(v / v)]. 1 H RMN ([D 6] DMSO): δ = 8,46 (t, J b, c =
2,70 (t, J = 7.3 Hz, 2 H, COCH 2) 1,82–1,67 (m, 4 H, NCH 2 C H 2 CH 2 C H 2) 1,70 (s, 12
J c, d = 13,0 Hz, 2 H, bH, dH), 8,26 (d, J = 8,2 Hz, 2 H, 9-H, 9 -
H), 8.07 (m, 4 H, 5-H, 5 -H, 6-H, 6 -H), 7,74 (m, 2 H, 4-H, 4 -H)
H, 3-CH 3, 3 -CH 3) 1,57 (m, 2 H, NCH 2 CH 2 C H 2) ppm. 13 RMN C ([D 6] DMSO): δ = 174,56 (2
7,68 (m, 2 H, 8-H, 8 -H), 7,51 (m, 2 H, 7-H, 7 -H), 6,66 (t, J b, c =
C, C-2, C-2 ), 173,73 (OCO), 170,29 (2
J c, d = 13,0 Hz, 1 H, cH), 6,37 (d, J a, b = J d, e = 13,0 Hz, 2 H, aH, eH), 4,24 (m, 4 H, NCH 2) 2,80
C, NCO), 149.78 (Cb), 142.70 (C-7a ), 141,93 (C-7a), 140,64 (2 C, C-3a, C-3a ),
(s, 4 H, COC H 2 C H 2 CO), 2.20 (m, 2 H, OCOCH 2) 1,97 (s, 12 H, 1-CH 3, 1 -CH 3) 1,74 (m, 4
128.71, 128.64 (C-6, C-6 ), 125.32, 125.17 (C-5, C5 ), 122.57, 122.47 (C-4, C-4 ),
H, NCH 2 C H 2) 1,57 (m, 2 H, OCOCH 2 C H 2) 1,45 (m, 4 H, NCH 2 CH 2 C H 2) 0,95 (t, J = 7,3 Hz,
111.59, 111.51 (C-7, C-7 ) 103.05,
3 H, CH 2 C H 3) ppm. 13 RMN C ([D 6] DMSO): δ = 174,31, 173,70 (C-2, C-2 ), 168,94
102,42 (Ca, Cc), 48,93 (2 C, C-3, C-3 ), 43,71 (NCH 2) 31,53 (NCH 3) 30.04 (CO C H 2) 27,53
(OCO),
(2 C), 27,33 (2 C) (3-CH 3, 3 -CH 3)
26) 54 (NCH 2 C H 2) , 25) 51 (2 C, CO C H 2 C H 2 CO), 25. 49 (NCH 2 CH 2 C H 2) 24.04 (COCH 2 C H
170.30 (2 C, NCO), 152.87 (2 C, Cb, Cd), 139.76 (2 C, C-3a, C3a ), 133.20 (2 C, C-9b,
ppm. EMAR (MALDI +): calculado. para C 34 H 40 norte 3 O 4+ [ M - Cl] + 554.3013;
2)
C-9b ), 131.33 (2 C, C-5a, C-5a ), 130,34 (2 C, C-5, C-5 ), 129.95 (2 C, C-6, C-6 ),
encontrado 554,3027.
127,77 (2 C, C-8, C-8 ),
2- [3- (3-butil-1,1-dimetil-1,2-dihidrobenzo [ mi] indol-2-ilideno) -1-propenil] 127,64 (2 C, C-9a, C-9a ), 126.16 (Cc), 124.82 (2 C, C-7, C-7 ),
-1,1-dimetil-3- [5- (succinimidooxicarbonil) pentil] -1 H- benzo [ mi] cloruro de indolium 122.09 (2 C, C-9, C-9 ), 111,65 (2 C, C-4, C-4 ), 103.01 (2 C, Ca, Ce), 50.75 (2 C, C-1,
(7b): Compuesto 7b fue preparado a partir de 4b. C-1 ) 43.44 (2 C, NCH 2) 33,54 (CO C H 2)
Rendimiento 7,14 g (98%), espuma violeta oscura. TLC R f = 0,74 [20% de MeOH en CHCl 3 ( v 29,43 ( C H 2 CH 2 CH 3) 27.01 (COCH 2 CH 2 CH 2 C H 2) 26.86 (4 C, 1CH 3, 1 -CH 3) 25,68 (COCH 2 CH
/ v)]. 1 H RMN ([D 6] DMSO): δ = 8,60 (t, J a, b = J b, c = 2 C H 2) 24.27 (COCH 2 C H 2)
13,4 Hz, 1 H, bH), 8,30 (m, 2 H, 9-H, 9 -H), 8.10 (m, 4 H, 5-H, 5 -H, 6-H, 6 -H), 7,80 (m, 22,47 (2 C, NCOCH 2) 19,51 ( C H 2 CH 3) 13,82 (CH 2 C H 3) ppm. EMAR (MALDI +):
2 H, 4-H, 4 -H), 7,69 (m, 2 H, 8-H, 8 - calculado. para C 47 H 52 norte 3 O 4+ [ M - Cl] + 722.3952; encontrado 722,3955.
H), 7,54 (m, 3 H, 7-H, 7 -H, NH), 6.61 (m, 2 H, aH, cH), 4.44 (d, J = 4,6 Hz, 1 H, OH),
4,29 (m, 4 H, NCH 2) 2,79 (s, 4 H, COC H 2 C H 2 CO), 2,71 (t, J = 7.2 Hz, 2 H, COCH 2) 2.02Síntesis de oligodesoxinucleótidos marcados con cianina utilizando reactivos
(s, 12 H, 1-CH 3, 1 -CH 3) 1,88 (m, 4 H, NCH 2 C H 2) 1,67 (m, 2 H, COCH 2 C H 2) 1,48 (m, 4 modificadores
H, de fosforamidita: Fosforamiditas modificadas 6a - re
NCH 2 CH 2 C H 2, C H 2 CH 3) 0,97 (t, J (0.1 • Se usaron soluciones en MeCN) en el último paso de la síntesis de
oligodesoxirribonucleótidos en fase sólida con un tiempo de acoplamiento aumentado a
= 7,3 Hz, 3 H, CH 2 C H 3) ppm. 13 RMN C ([D 6] DMSO): δ = 175,20 (2 C, C-2, C-2 ), 172.767,5 min. Después del ensamblaje, los oligonucleótidos unidos a CPG se trataron con
(OCO), 170.23 (2 C, NCO), 148.59 (Cb), conc. hidróxido de amonio a 4 ° C durante 72 h, evaporado y precipitado de 1 • LiClO 4 ( 100
139,62 (2 C, C-3a, C-3a ), 133,21 (2 C, C-9b, C-9b ), 131.55 (2 C, C-5a, C-5a ), 130,51 µ L) por dilución con acetona (1,5 ml). Los oligonucleótidos se aislaron por HPLC de
(2 C, C-5, C-5 ), 129,98 (2 C, C-6, C-6 ), fase inversa (columna C18) o por electroforesis en desnaturalización al 20% (7 • urea)
127,93 (2 C, C-8, C-8 ), 127,45 (2 C, C-9a, C-9a ), 125,10 (2 C, C- gel de poliacrilamida en tampón Tris-borato (pH 8.3), y desalado usando una columna
7, C-7 ), 122,22 (2 C, C-9, C-9 ), 111.82 (2 C, C-4, C-4 ), 102,12 (2 NAP-10 y un procedimiento de purificación estándar.
C, Ca, Cc), 50,66 (2 C, C-1, C-1 ), 43,92 (2 C, NCH 2) 30.06 (CO C H 2) , 2 9. 5 7 ( C H 2 CH 2 CH
3) , 2 8. 42 (COCH 2 CH 2 -
CH 2 C H 2) , 2 7. 1 7 (4 C, 1 - CH 3, 1 - CH 3) , 2 5. 4 8 (3 C, COCH 2 CH 2 C H 2, CO C H 2 C H 2 CO),
Síntesis de oligodesoxinucleótidos marcados con cianina utilizando la modificación
24.08 (COCH 2 C H 2) 19.60 ( C H 2 CH 3) 13,88 (CH 2 C H 3) ppm. EMAR (MALDI +): calculado.
postsintética con ésteres activados por cianina: Crudo desprotegido 5 -aminoalquil-oligonucleótidos
para C 45 H 50 norte 3 O 4+ [ M - Cl] + 696.3796; encontrado 696,3781.
(de síntesis a escala de 200 nmol) se evaporaron y se disolvieron en 0.1 • tampón de
hidrogenocarbonato de sodio (pH 8,5, 420 µ L) Ésteres activados 7a - d ( 25 m • soluciones en
2- [5- (1,3,3-trimetil-2,3-dihidro-1 H- indol-2-ilideno) -1,3-pentadienil] -3,3-dimetil-1- [5- DMF, 80 µ L, 2 µ mol) se añadieron, las mezclas se agitaron en vórtex y se mantuvieron a
(succinimidooxicarbonil) pentil] -3 H- cloruro de indolium (7c): Compuesto 7c fue 0ºC durante 12 h, y los disolventes se evaporaron. Los conjugados de oligonucleótidos se
preparado a partir de 4c. rendimiento aislaron por precipitación de 1 •
5,93 g (96%), espuma azul oscuro. TLC R f = 0.39 [20% MeOH en CHCl 3 ( v / v)]. 1 H RMN
([D 6] DMSO): δ = 8,33 (t, J a, b = J b, c = J discos compactos LiClO 4 4 seguido de PÁGINA y desalinización como se describe anteriormente.
EUR. J. Org. Chem 2008, 2107–2117 © 2008 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim www.eurjoc.org 2115
VV Shmanai, VA Korshun y col.
PAPEL COMPLETO
Procedimiento para el etiquetado de proteínas con Cy3 y Cy5: Ésteres activados [6] a) YB Yurov, IV Soloviev, SG Vorsanova, B. Marcais, G.
7a, c ( 20 µ L de 1.50, 3.75, 7.50 o 15.0 m • Se agregaron soluciones en DMF) (relación Roizes, R. Lewis, Tararear. Gineta. 1996, 97, 390-398; b) E. Schrök,
de éster activado de Cy / BSA 0.2, 0.5, 1.0 y 2.0, respectivamente) a 0.15 m • solución S. du Manoir, T. Veldman, B. Schoell, J. Wienberg, MA Ferguson-Smith, Y. Ning,
DH Ledbetter, I. Bar-Am, D. Soenksen, Y. Garini, T. Ried , Ciencias 1996, 273, 494-497;
de BSA (1.0 mL, 150 nmol) en 0.2 •
c) HJ Tanke, J. Wiegant, RP van Gijlswijk, V. Bezrookove, H. Pattenier, RH
tampón de hidrogenocarbonato de sodio (pH 8,5). Las mezclas se agitaron en vórtex y se
Heetebrij, EG Talman, AK Raap, J. Vrolijk,
mantuvieron a 0ºC durante 12 h. La proteína marcada se eluyó como una banda coloreada en el
volumen vacío tras la filtración a través de una columna Sephadex G-25. 17]
EUR. J. Hum. Gineta. 1999, 7, 2–12. [7] a) X. Zhuang, LE Bartley, HP Babcock, R.
Russell, T. Ha,
D. Herschlag, S. Chu; Ciencias 2000, 288, 2048-2051; b) X. Zhuang, H. Kim, MJB
Información de soporte ( vea también la nota al pie de página en la primera página de este artículo):
Pereira, HP Babcock, NG Walter,
Ejemplos de perfiles de HPLC de conjugados crudos ON1b
S. Chu, Ciencias 2002, 296, 1473-1477; c) G. Bokinsky, D. Rueda, VK Misra, MM
y ON1c, aislamiento de conjugados ON3a - re utilizando 20% PAGE (escaneo en gel), datos
Rhodes, A. Gordus, HP Babcock,
espectroscópicos MALDI-TOF MS para conjugados de oligonucleótidos, aislamiento de
NG Walter, X. Zhuang, Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 2003,
conjugados de cianina-BSA Cy3-BSA y 100, 9302–9307; d) E. Tan, TJ Wilson, MK Nahas, RM Clegg, DMJ Lilley, T. Ha, Proc.
Cy5-BSA utilizando cromatografía de exclusión por tamaño (fotos en color). Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 2003,
100, 9308–9313; e) MC Murphy, I. Rasnik, W. Cheng, TM Lohman, T. Ha, Biophys
J. 2004, 86, 2530-2537; f) LS Churchman, Z. Ökten, RS Rock, JF Dawson, JA
Expresiones de gratitud Spudich,
Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 2005 102, 1419–1423; g) SA Mc- Kinney, ADJ
Esta investigación fue apoyada por una subvención de la Fundación Rusa para la Freeman, DMJ Lilley, T. Ha, Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 2005 102, 5715–5729;
Investigación Básica (RFBR), proyecto 06-04-81019, y la Fundación Bielorrusa para la h) M. Gruber, B. Wetzl,
B. Oswald, J. Enderlein, OS Wolfbeis, J. Fluoresc. 2005 15,
Investigación Básica (BFBR), proyecto B06R-
207–214. [8] a) J. Liu, Y. Lu, Mermelada. Chem Soc. 2002, 124, 15208-15216; si)
004. Agradecemos a Igor Prokhorenko por sus útiles debates, Stanislav Bondarev por
su ayuda en las mediciones espectrales, Larisa Grusintseva por su asistencia técnica,
E. Haustein, M. Jahnz, P. Schwille, ChemPhysChem 2003, 4,
Yury Habrus y Maryna Zhilinskaya por la síntesis de oligonucleótidos modificados, y la
745–748; c) S. Hohng, C. Joo, T. Ha, Biophys J. 2004, 87,
Instalación de Espectrometría de RMN del Instituto Shemyakin-Ovchinnikov (registro 1328-1337; d) J.-P. Clamme, AA Deniz, ChemPhysChem
no 98-03-08) para registrar espectros de RMN. 2005 6, 74-77; e) P. Tinnefeld, M. Heilemann, M. Sauer,
ChemPhysChem 2005 6, 217–222. [9] a) Cepillo CK, ED Anderson, patente de
EE.UU. 5556959, 1996; si)
GM Little, R. Raghavachari, N. Narayanan, HL Osterman, Patente de EE. UU. 6027709, 2000;
[1] BA Armitage, Parte superior. Curr. Chem 2005 253, 55-76. [2] a) S. Weiss, Ciencias 1999, 283,
c) AS Waggoner, patente de EE.UU. 6048982,
1676-1683; b) M. Ueda, Y. Sako,
2000; d) AL Hamilton, RM West, WJ Cummins, MSJ Briggs, IE Bruce, patente de
T. Tanaka, P. Devreotes, T. Yanagida, Ciencias 2001, 294, 864–867; c) Y. Sako, T.
EE.UU. 6140494, 2000; e) AS Waggoner, patente de EE.UU. 6225050, 2001; f) MP
Yanagida, Nature Rev. Mol. Célula. Biol. 2003,
Reedy, F. Farooqui, MA Michael, Pat. 6331632, 2001; g) G. Caputo, LD Ciana,
4 (Supl.), SS1 – SS5; d) Y. Sako, Mol. Biologia de sistemas 2006,
patente de EE.UU. 6448008, 2002; h) N. Narayanan, patente de EE.UU. 6593148,
(56), DOI: 10.1038 / msb4100100. [3] a) JR Lakowicz, Temas en espectroscopía de
fluorescencia, vol. 7:
2003; i) SM Menchen, SC Benson, BB Rosenblum, SH Khan, Patente de EE. UU.
Tecnología de ADN, Kluwer Academic / Plenum Publishers, Nueva York, 2003; b) I.
6716994, 2004; j) G. Caputo, LD Ciana, patente de EE.UU. 6740755, 2004; k) AS
Braslavsky, B. Hebert, E. Kartalov, SR Quake, Proc. Natl. Acad. Sci. Estados
Waggoner, patente de EE.UU. 6956032, 2005;
Unidos 2003, 100, 3960–3964; C)
l) AS Waggoner, patente de EE.UU. 6989275, 2006; m) AG Lugade,
EK Lewis, WC Haaland, F. Nguyen, DA Heller, MJ Allen, RR MacGregor, CS
N. Narayanan, DR Draney, Patente de EE. UU. 6995274, 2006; n) AS Waggoner, patente
Berger, B. Willingham, LA Burns, GBI Scott, C. Kittrell, BR Johnson, RF Curl,
de EE.UU. 7008798, 2006; o) AG Lugade, N. Narayanan, DR Draney, patente de EE.UU.
Appl. 2004/0014981, 2004; p) T. Carter, M. Reddington, patente de EE.UU. Appl.
ML Metzker, Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 2005 102, 5346– 5351; d) N.
2005/0124833, 2005; q)
Griesang, K. Gießler, T. Lommel, C. Richert, De nuevo. Chem En t. Ed. 2006, 45, 6144–6148.
AG Lugade, N. Narayanan, DR Draney, Patente de EE. UU. Appl. 2006/0063247, 2006
2116 www.eurjoc.org © 2008 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim EUR. J. Org. Chem 2008, 2107–2117
Una síntesis conveniente de tintes de cianina
EUR. J. Org. Chem 2008, 2107–2117 © 2008 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim www.eurjoc.org 2117
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