Pre informe de laboratorio

Bases de datos biológicos

Presentado por:

Andrea patricia Rosero Riascos

Gabriela Rincón Villareal

Ángela María Pérez Sotelo

Presentado a:

Kelly yohanna Cardona

Universidad Autónoma de Manizales

20/septiembre /2016

Manizales caldas
 1. ¿Qué es la bioinformática?

Bioinformática es una disciplina científica emergente que utiliza la tecnología de la información para
organizar, analizar y distribuir información para organizar, analizar, y distribuir información con la
finalidad de responder preguntas complejas en biología. Es un área de investigación multidisciplinaria,
la cual puede ser ampliamente definida como la interface entre dos ciencias: biológica y computacional
y está impulsada por la incógnita del genoma humano y la promesa de una nueva era en la cual la
investigación genómica puede ayudar dramáticamente a mejorar la condición y calidad de vida humana.
Bioinformática es un campo de la ciencia en el cual confluyen varias disciplinas tales como biología,
computación y tecnología de la información. El fin último de este campo es facilitar el descubrimiento de
nuevas ideas biológicas así como crear perspectivas globales a partir de las cuales se puedan discernir
principios unificadores en biología. Al comienzo de la “revolución genómica “, el concepto de
bioinformática se refería solo a la creación y mantenimiento de base de datos donde se almacena
información biológica, tales como secuencias de nucleótidos y aminoácidos.
2. ¿cuál es el objetivo de la bioinformática?

Organizar los datos en bases de datos (BBDD). La bioinformática organiza los datos permitiendo a
los investigadores acceder a la información existente y publicar nuevos datos a medida que éstos se
producen. Cabe señalar que la información almacenada en estas bases de datos es inservible hasta
que se analiza. Por lo tanto, la curación de datos es una tarea esencial realizada por la bioinformática.

Desarrollo de herramientas y recursos que ayudan en el análisis de datos. Por ejemplo, uno de los
intereses principales en la biología es comparar una secuencia nueva de una proteína con secuencias
previamente caracterizadas. Se necesita programas como BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
que encuentra las regiones de similitud local entre las secuencias. Esto nos permitiría predecir
funciones.

Utilizar estas herramientas para analizar los datos e interpretar los resultados. La bioinformática ha
revolucionado los estudios biológicos. Si, tradicionalmente, estos estudios se concentraron en los
detalles de los sistemas, en la actualidad, se pueden realizar análisis globales con todos los datos
disponibles. Esto permite descubrir principios comunes y nuevas características de los sistemas
biológicos.

3. ¿Qué puede aportar la bioinformática a la ingeniería biomédica?

La bioinformática aporta a la ingeniería biomédica a la hora de solucionar problemas al analizar datos,

o simular sistemas o mecanismos, todos ellos de índole biológica La bioinformática nos podría realizar
un gran aporte a la ingeniería biomédica ya que su interacción entre la biología y la informática nos
brinda grandes herramientas consultando en las bases de datos ya que hay una gran cantidad de
información de diferentes investigaciones que nos podrían servir para la fabricación y creación de
nuevos dispositivos electrónicos como prótesis y diferentes dispositivos que ayuden a para mejorar la
calidad de vida de las personas que tengan algún tipo de discapacidad física y poder de esta manera
realizarlo más fácilmente ya que tendríamos unas bases verídicas para la creación de estas o hacer
trabajos de investigación en los campos que nos competen.
4. ¿Qué es una base de datos?

Una base de datos es un sistema informático que almacena datos y proporciona herramientas
para la consulta y organización de los mismos. En la actualidad las bases de datos desempeñan
un papel muy importante para la investigación biológica ya que suelen constituir las primeras
fuentes de información que se consultan para estudiar un tema determinado. Las bases de datos
empleadas en bioinformática pueden dividirse en bases de datos de información documental y en
bases de datos relacionadas con moléculas biológicas

5. ¿para que se utilizan las bases de datos en biología?

Estos nos proporcionan los datos necesarios para la solución de los diferentes problemas que se
presenten en la biología. Las bases de datos más relevantes en biología incluyen datos de
secuencia de nucleótidos, proteínas, genomas, expresión genética, bibliográfica, taxonomía,
metabolismo, factores de transcripción entre otros  También se utiliza para guardar información
sobre ciencias de la vida, recogida de experimentos científicos, literatura publicada, tecnología de
experimentación de alto rendimiento, y análisis computacional. Contiene información de áreas de
investigación incluyendo genómica, proteómica, metabólica, expresión génica
mediante microarrays, y filogenética.2 La información contenida en bases de datos biológicas
incluye funciones, estructura y localización (tanto celular como cromosómica) de genes, efectos
clínicos de mutaciones, así como similitudes de secuencias y estructuras biológicas. Las bases de
datos Se han convertido en un instrumento indispensable para los científicos experimentales del
campo de la biología.

6. describa el formato FASTA

En bioinformática, el formato FASTA es un formato de fichero informático basado en texto,

utilizado para representar secuencias bien de ácidos nucleicos, bien de péptido, y en el que
los pares de bases o los aminoácidos se representan usando códigos de una única letra. El
formato también permite incluir nombres de secuencias y comentarios que preceden a las
secuencias en sí.

La simplicidad del formato FASTA hace fácil el manipular y analizar secuencias usando
herramientas de procesador de textos y lenguajes de guion como Python y PERL.
7. Existen cientos de bases de datos biológicos, que por el tipo de información que
contienen se pueden distinguir en: bibliográficas, taxonómicas, de nucleótidos,
genómicas, de proteínas, de microarrays entre otras. De estas, existen tres bases de
datos biológicos primordiales y son: EMBL-Bank en el EBI, DDBJ (DNA Data Bank of
Japan) en el CIB/NIG y GenBank en el NCBI. Describa qué tipo de información contiene
cada una de estas bases de datos. ¿En qué se diferencian, y en qué se asemejan?
 EMBL-BANK en el EBI

Es el Archivo de nucleótidos Europea (ENA) proporciona un registro completo de información de

secuencia de nucleótidos del mundo, incluyendo los datos de secuenciación prima, información de
ensamblado secuencia y anotación funcional. Este captura y presenta la información relativa a los flujos
de trabajo de experimentación que se basan en torno a la secuenciación de nucleótidos. Los datos
llegan a ENA de una variedad de fuentes. Estos incluyen presentaciones de datos en bruto, montado
secuencias y anotación de los esfuerzos de secuenciación de pequeña escala, el suministro de datos a
partir de los principales centros de secuenciación Europea y de cambio de rutina y global con nuestros
socios en la base de datos de secuencias de nucleótidos Colaboración Internacional (  INSDC ). El
suministro de datos de secuencias de nucleótidos a ENA o sus socios INSDC se ha convertido en un
paso central y obligatorio en la difusión de los resultados de la investigación a la comunidad
científica. ENA trabaja con los editores de los órganos de la literatura y de financiación científicos para
garantizar el cumplimiento de estos principios y proporcionar sistemas de envío óptimo y herramientas
de acceso a datos que funcionan a la perfección con la literatura publicada.
DDBJ (DNA Data Bank of Japan)
DDBJ Centro recopila datos de la secuencia de nucleótidos como miembro de INSDC (secuencia de
nucleótidos de Colaboración Internacional de base de datos) y proporciona la libre disposición de datos
de secuencias de nucleótidos y el sistema superordenador, para apoyar las actividades de investigación
en ciencias de la vida en general se acepta que la investigación en biología hoy requiere tanto
ordenador y equipo experimental igual de bien. Información obtenida a partir de enormes datos
exhaustivos han contribuido en gran medida al cambio de paradigma en la biología.  Biología o ciencias
de la vida ya no están restringidos a mojar-banco de experimentos. En particular, los investigadores en
ciencias de la vida deben confiar en las computadoras para analizar datos de la secuencia de
nucleótidos que se acumulan a un ritmo muy rápido. En realidad, esto provocó el nacimiento y
desarrollo de la biología información. DDBJ Center es jugar un papel importante en la realización de la
investigación en biología de la información y para ejecutar la operación DDBJ en el mundo.
El propósito principal de operaciones DDBJ es mejorar la calidad de INSD, como dominios
públicos. Cuando los investigadores hacen sus datos abiertos al público a través INSD y comúnmente
compartidos en todo el mundo

GenBank en el NCBI
La base de datos GenBank está diseñado para proporcionar y fomentar el acceso dentro de la
comunidad científica a la mayoría hasta la fecha y la información completa secuencia de ADN. Por lo
tanto, NCBI no impone restricciones sobre el uso o la distribución de los datos GenBank. Sin embargo,
algunos peticionarios pueden reclamar patentes, derechos de autor u otros derechos de propiedad
intelectual sobre la totalidad o una parte de los datos que han presentado. NCBI no está en condiciones
de evaluar la validez de tales reclamaciones, y por lo tanto no pueden proporcionar comentarios o
permiso sin restricción en cuanto al uso, copia o distribución de la información contenida en el
GenBank. El NCBI ofrece además algunas herramientas bioinformáticas para el análisis de secuencias
de ADN, ARN y proteínas. NCBI alberga genoma secuenciado en GenBank, y un índice de los artículos
biomédicos de investigación así como otra información relevante a la biotecnología. Todas estas bases
de datos son accesibles en línea con el motor de búsqueda de Entrez.
Las bases de datos EMBL y DDBJ se asemejan en que las dos proporcionan la libre disposición de los
datos de un registro completo de información de secuencia de nucleótidos para apoyar las actividades
de investigación en ciencias de la vida en general se acepta que la investigación en biología hoy
requiere tanto ordenador y equipo experimental igual de bien y pertenecen a la INSDC (secuencia de
nucleótidos de Colaboración Internacional de base de datos). LAS BASES DE DATOS (EMBL, DDNJ) y
la base de datos NCBI se diferencian que esta última se centra más en secuencias genómicas y para
acceder a esta base de datos se debe usar el buscador Entrez.

8. ¿Qué es un número de acceso (accesión number) y porque es importante este número

para las consultas en bases de datos?
Número de acceso en la bioinformática es un identificador único asignado a un ADN o proteína de
registro de secuencia para permitir el seguimiento de las diferentes versiones de ese registro y la
secuencia asociada con el tiempo en un único repositorio de datos. Debido a su estabilidad relativa, los
números de acceso pueden ser utilizados como claves externas para hacer referencia a un objeto de
secuencia, pero no necesariamente a una secuencia única. Todos los repositorios de información
secuencia implementan el concepto de " número de acceso ", pero podrían hacerlo con sutiles
variaciones.

Referencia bibliográfica
http://bioinformatica.uab.cat/genetica_tfg/bioinformaticaabast/Qu%C3%A9_es.html
http://www.masadelante.com/faqs/base-de-datos
https://es.wikipedia.org/wiki/Formato_FASTA
https://www.ecured.cu/Bioinform%C3%A1tica
https://es.wikipedia.org/wiki/Bioinform%C3%A1tica
https://es.wikipedia.org/wiki/Base_de_datos_biol%C3%B3gica
https://en.wikipedia.org/wiki/Accession_number_(bioinformatics)
https://www.google.com.co/search?
q=GenBank+en+el+NCBI&oq=GenBank+en+el+NCBI&aqs=chrome..69i57j0l5.2039j0j7&sourceid=chro
me&ie=UTF-8
http://www.ddbj.nig.ac.jp/intro-e.html