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Roth2005 en Es
Roth2005 en Es
considerable potencial no solo en el bienestar animal y Cash P (2000) Proteómica en microbiología médica. Electroforesis 21 (6):
cuidado, pero también son de creciente importancia económica en 1187–1201.
manejo de ganado. Los proteomas de suero animal son Decker J y Reischl U (2004) Diagnóstico molecular de enfermedades
ahora se están estableciendo y se han establecido mapas de referencia de infecciosas. En: Walker J (ed.) Métodos en Medicina Molecular, 2ª ed. Nueva
Jersey: Humana Press. Desai MJ y Armstrong DW (2003) Separación, identi fi
proteínas séricas para vacas, perros, ratas y
cación y caracterización de microorganismos por electroforesis capilar. Reseñas
cerdos. Actualmente, los estudios se centran en gran medida en
de microbiología y biología molecular 67 (1): 38–51.
proceso inflamatorio y gammapatías, donde el análisis de suero puede
proporcionar información valiosa ( Figura 8).
Otros fluidos corporales (p. Ej., Orina) también están revelando nuevos Dwek MV y Rawlings SL (2002) Perspectivas actuales
hallazgos interesantes ( Figura 9) y la técnica también puede ser valiosa en en proteómica del cáncer. Biotecnología molecular 22 (2): 139-152.
el diagnóstico temprano de mastitis ( Figura 10).
Gromov PS, Ostergaard M, Gromova I y Celis JE (2002) Bases de datos
proteómicas humanas: un recurso poderoso para la genómica funcional en la
Aunque el análisis electroforético unidimensional de proteínas
salud y la enfermedad. Progreso en Biofísica y Biología Molecular 80 (1–2):
continúa produciendo información valiosa en el laboratorio clínico,
3–22. Hanash SM (2000) Aplicaciones biomédicas de la electroforesis
análisis 2D de proteínas, análisis informático de geles, procedimientos
bidimensional utilizando gradientes de pH inmovilizados: estado actual. Electroforesis
de identificación basados en espectrometría de masas, proteómica y
21 (6): 1202–1209.
formación de bases de datos internacionales, que son Jain KK (2002) Papel de la proteómica en el diagnóstico de cáncer.
fácilmente accesibles en los sitios web han abierto una nueva dimensión Tecnología en la investigación y el tratamiento del cáncer 1 (4): 1–6.
en los procedimientos de diagnóstico clínico.
Con la finalización de la humana y bacteriana Landers JP (2003) Diagnóstico molecular en microchips electroforéticos. Química
proyectos de genoma, aunque estudios basados en ácidos nucleicos, analítica 75 (12): 2919-2927. Marshall T y Williams KM (1998) Análisis clínico
seguirá teniendo un alto perfil en los estudios clínicos, de proteínas urinarias humanas utilizando métodos electroforéticos de alta
resolución. Electroforesis 19 (10): 1752-1770. Peterson JR, Okorodudu AO,
Es probable que los desarrollos futuros se centren cada vez más en los
Mohammad A y Payne DA (2003) Electroforesis capilar y sus aplicaciones en
productos genéticos y sus modificaciones postraduccionales, es decir, las
el laboratorio clínico. Clínica Chimica Acta 330 (1–2): 1–30.
proteínas.
Ácidos nucleicos
CM Roth, Universidad de Rutgers, Piscataway, Nueva Jersey, EE. UU. secuenciación. En esta aplicación, la velocidad y precisión del análisis de
condiciones. De hecho, debido a que cada base lleva un resto fosfato, la Los ácidos se pueden ajustar mediante la selección de una matriz y
relación carga-masa de los ácidos nucleicos es esencialmente composición adecuadas ( Tabla 1). Otros parámetros electroforéticos, como
independiente del tamaño y la forma (por ejemplo, monocatenario frente la intensidad del campo aplicada y la temperatura, tienen un efecto sobre la
a bicatenario, lineal frente a plásmido). Como resultado, los ácidos movilidad de los ácidos nucleicos de diferentes longitudes de cadena y sobre
nucleicos migran fácilmente en un campo eléctrico desde los extremos la eficacia de la separación.
catódico a anódico (con carga negativa o positiva) del aparato. Para la
separación y análisis de ácidos nucleicos, por lo tanto, se necesita un
parámetro discriminatorio adicional. Con mayor frecuencia, esto se logra
mediante electroforesis a través de un medio de tamizado, es decir, un Detección
gel, a través del cual las moléculas pequeñas pasarán más fácilmente y
las más grandes pasarán más lentamente, debido a los efectos Los ácidos nucleicos en solución se pueden detectar y cuantificar
combinados de muestrear una fracción mayor del espacio del gel y la fácilmente sobre la base de la absorbancia ultravioleta (UV). Los ácidos
efectos de transporte (exclusión de volumen). nucleicos exhiben una fuerte absorbancia con un pico a 260 nm de una
manera que es sensible a la química y la unión. Para una cuantificación
precisa de oligonucleótidos pequeños, se puede calcular un coeficiente de
extinción dependiente de la secuencia, pero para todos los demás análisis
Para partículas esféricas pequeñas, el equilibrio de fuerzas eléctricas de laboratorio de rutina, los valores aproximados se emplean casi
y viscosas da como resultado una movilidad electroforética ( u, definida universalmente ( Tabla 2).
dónde q es la carga en una partícula de radio R y Z UV (máxima de excitación a 254, 302 y 366 nm) o mediante excitación
es la viscosidad del disolvente. La formación de estructuras de orden láser a 514 nm y detección a 590 nm. Los geles de agarosa pueden
superior por los ácidos nucleicos provocará una desviación considerable de verterse en presencia de EtBr o teñirse posteriormente con la solución
este comportamiento y, de hecho, se utiliza la electroforesis para determinar de tinte; Los geles de acrilamida deben teñirse después de la
la forma física del ADN. El ADN condensado (p. Ej., Superenrollado) se electroforesis ya que el etidio inhibe la polimerización de la acrilamida.
comporta más de cerca a una partícula esférica, mientras que el ADN lineal El límite de detección con EtBr es del orden de 10 ng. Debido a que
muestra una movilidad que refleja su naturaleza polimérica. Es decir, se cree EtBr cambia las propiedades físicas del ADN, más notablemente su
que el ADN se repta a través de los poros del gel de una manera retorcida rigidez, la pretinción no es apropiada para el ADN en
ensayos diseñados para evaluar la forma física (por ejemplo, Tamaños que dependen del porcentaje de acrilamida utilizado, así
superenrollamiento). Por otro lado, el desplazamiento de EtBr puede usarse como de la proporción de reticulante, N, N 0-
como un medio para monitorear la complejación del ADN con polímeros metilen bisacrilamida. Las concentraciones de monómero de acrilamida
catiónicos usados para la liberación de genes no virales. oscilan entre el 3,5% y el 20%. La reacción de polimerización se lleva a
cabo generalmente directamente para formar una losa en un molde.
La detección más sensible de ácidos nucleicos se logra mediante Sambrook proporciona detalles y protocolos específicos en el volumen. Se
radiomarcaje. El ADN monocatenario es fácilmente 5 0- final marcado con logra una resolución excelente (hasta una base única) de los ácidos
polinucleótido quinasa T4. Especies de ARN transcritas in vitro o el ADN nucleicos utilizando geles de poliacrilamida y, como resultado, se utilizan
generado por PCR puede marcarse radiactivamente mediante la inclusión para la secuenciación del ADN.
de una fracción de dNTP isotópicos en las reacciones de la polimerasa. Las
sondas que se van a utilizar para la transferencia Northern o Southern La agarosa es un polímero de RE- galactosa y 3,6-anhidrogalactosa y se
pueden marcarse utilizando una variedad de métodos; los más comunes utiliza en concentraciones que oscilan entre el 0,3% y el 2,0% ( Tabla 1). El
incluyen cebado aleatorio a partir de una plantilla de ADN, extensión de gel de agarosa se forma cuando los constituyentes se calientan y luego se
cebador y marcaje final utilizando el fragmento de Klenow Escherichia coli ADN enfrían en condiciones ambientales a temperatura ambiente. La agarosa
polimerasa I. se usa para separaciones de peso molecular más alto debido a los
tamaños de poro más grandes y la capacidad de mantener la estabilidad
mecánica en porcentajes de peso bajos. Una ventaja adicional de la
Con las mejoras en los tintes químicos y la instrumentación de agarosa es que se puede secar fácilmente hasta obtener una película fina
escaneo de fluorescencia, la electroforesis de ADN se realiza cada vez y transparente, lo que la hace muy adecuada para la autorradiografía.
más utilizando tintes fluorescentes como medio de detección. Los
oligonucleótidos monocatenarios se sintetizan fácilmente con tintes fl
uorescentes en el 5 0- o 3 0- finales, aunque este último reduce
significativamente el rendimiento de la síntesis. Más comúnmente, se
Operaciones y aplicaciones
utilizan derivados de fl uoresceína como FAM (carboxifluoresceína),
pero también se han incorporado muchos otros tintes. El ADN Los tampones utilizados para la electroforesis se pueden clasificar como no
plasmídico se puede marcar usando reactivos comerciales que colocan desnaturalizantes y desnaturalizantes. Debido a que el ADN de doble hebra
grupos amina o carboxilo en residuos de guanina, que luego se usan está dominado por una estructura secundaria más que por una estructura
para unir Cy3, rodamina u otros colorantes. Como alternativa a EtBr, de orden superior en muchas condiciones, la electroforesis no
SYBR Gold y SYBR Green se unen eficazmente al ADN bicatenario y, desnaturalizante es suficiente para muchas aplicaciones. A veces, se
en menor medida, al ADN monocatenario. También existen colorantes introduce un desnaturalizante como la urea cuando es fundamental para
específicos para oligonucleótidos monocatenarios (p. Ej., OliGreen), minimizar los efectos de orden superior. Esto es particularmente común en
pero se han probado de forma menos exhaustiva para la detección de el análisis de oligonucleótidos por electroforesis en gel de poliacrilamida
gel. (PAGE) para aplicaciones tales como secuenciación. La resolución de base
única se obtiene para secuenciar geles, que se ejecutan verticalmente.
ácidos de células y tejidos, utilizando técnicas como Northern y moléculas producidas por un sintetizador de ADN y para productos de PCR. El
Southern blot y la reacción en cadena de la polimerasa con método también está experimentando una amplia aplicación en la secuenciación
transcriptasa inversa (RT-PCR), es críticamente dependiente de la de ADN.
electroforesis. En las técnicas de transferencia Northern y Southern,
que se utilizan para el análisis de ARN y ADN, respectivamente, los Materiales y equipamiento
ácidos nucleicos se someten a electroforesis dos veces. Primero, se
En HPCE, las muestras se pueden detectar en columna (en línea). La eliminación
separan mediante electroforesis en gel de agarosa. Luego, se
de la capa de poliimida del capilar de sílice fundida en una pequeña sección
transfieren a membranas de nitrocelulosa o nailon por electroforesis en
permite la detección de rayos UV o fluorescentes. Se utiliza una fuente de
la dirección perpendicular al gel. La detección de moléculas de ADN o
alimentación para aplicar una intensidad de campo de 0 a 30 kV. Las inyecciones
ARN específicas en la transferencia se realiza usando una sonda de
se pueden realizar mediante modos de presión o electrocinéticos que permiten la
ADN complementaria que se marca radiactivamente o con
aplicación de sistemas de inyección automatizados.
fluorescencia como se describió anteriormente. El tamaño relativo,
determinado por la posición en el gel en relación con los marcadores
En la electroforesis en gel capilar de poliacrilamida, el gel
de peso molecular,
generalmente se polimeriza en el lugar en el tubo capilar. La
poliacrilamida se sintetiza completamente a partir de monómeros, con
o sin reticulación, según la aplicación. Estas columnas de gel se
emplean en la separación por tamaños de polímeros biológicamente
Los ensayos de cambio de movilidad electroforética se utilizan para
importantes como ADN o ARN. La alta eficiencia y velocidad de este
caracterizar la unión de ácidos nucleicos a otras moléculas. La
enfoque lo hace útil como medio para evaluar la pureza de las
aplicación tradicional es para las interacciones proteína-ADN, en las
moléculas de ácido nucleico producidas por un sintetizador de ADN,
que las proteínas se separan en un gel PAGE y se sondean con un
para productos de PCR y para secuenciación de ADN.
oligonucleótido de doble hebra marcado con una secuencia que
corresponde al consenso para el sitio de unión del ADN de interés.
Esta metodología se puede aplicar en áreas adicionales, sobre todo en
la caracterización de interacciones polímero-ADN en entregas de
Operaciones y aplicaciones
oligonucleótidos y genes no virales. Dependiendo de las características
(p. Ej., Química, peso molecular, grado de ramificación) de un polímero En las separaciones de tamaño de oligodesoxirribonucleótidos y
de administración particular, la relación de carga (polímero oligoribonucleótidos por electroforesis en gel capilar para la
catiónico-ADN aniónico) a la que se produce la formación del complejo determinación de la longitud de la cadena, se deben usar agentes
puede variar ampliamente. desnaturalizantes en el sistema tampón para evitar interacciones intra e
intercadena y por lo tanto la formación de estructuras secundarias. En
PÁGINA, 7-9mol l 1 se utiliza urea o formamida al 30-70% como agente
desnaturalizante. La secuencia primaria de los oligómeros puede tener
un efecto significativo sobre la movilidad electroforética. Al cambiar el
pH del tampón de gel, se puede alterar el poder de separación del
sistema.
Proteinas
Y 2005, Elsevier Ltd. Todos los derechos reservados. 1. electroforesis de zona (ZE) e isotacoforesis (ITP) en medios de
solución libre, basados en diferentes proporciones de proteínas de
carga a tamaño;
2. ZE en medios de tamizado (geles y redes de polímeros entrelazados):
basado en el retardo de la electromigración de proteínas por la matriz
del medio, dependiente del tamaño;
Introducción
Las proteínas son, junto con los ácidos nucleicos, las biomoléculas más 3. Enfoque isoeléctrico (IEF): basado en diferentes puntos isoeléctricos
importantes. Actuando como enzimas, sustratos e inhibidores de proteínas; y
enzimáticos, hormonas, receptores, unidades estructurales, antígenos, 4. Electroforesis de (bio) afinidad (BAE) - basada en in fl uir en la
anticuerpos, fármacos y toxinas, desempeñan un papel de vital electromigración de proteínas a través de interacciones específicas
importancia en todos los organismos vivos. En la era actual de la con otras (bio) moléculas en los medios de separación.