Molécula de DNA

Formada por varios

nucleótidos, los que se
constituyen de:
- esqueleto azúcar-
fosfato

- base nitrogenada Antiparalela

Esqueleto
El DNA son dos cadenas Azúcar - fosfato

de polinucleótidos que se
unen por la
complementariedad de bases
que forman fuentes de
hidrógeno, estabilizando la
doble cadena.
Adenina –
Timina
Guanina –
Citocina
(2 ptes de H)
(3
ptes de H)
El esqueleto azúcar-fosfato tiene una polaridad y corre de forma anti-paralela. Una va
de 3´ a 5´y la otra va de 5´a 3´. Esta forma anti-paralela de asociarse es lo que permite que
las bases nitrogenadas que están al interior de esta doble hélice queden dispuestas en la
forma correcta y permite la interacción entre sus átomos para formar los puentes de
hidrógeno.
Bases nitrogenadas:
a) Purinas, forman un doble ciclo nitrogenado, más grandes:

- Adenina

- Guanina

b) Pirimidinas, forman un solo ciclo nitrogenado, son más chicas:

- Timina

- Citocina

- Uracilo (en el RNA)

Al producirse esta complementariedad de bases, hay una regla que dice que siempre
hay una purina unida a una
pirimidina. Esto hace que al
haber una interacción entre dos
cadenas de DNA, la distancia que
separa los esqueletos azúcar-
fosfato es igual. Los puentes de
hidrógeno mantienen la
estabilidad de la doble hebra,
adoptando ésta una estructura
tridimensional de hélice que gira a
la derecha (dextrógira). Además
se describen surcos de acceso a la
parte central de la hélice, la
secuencia de las bases. Estos
surcos son: (1) el mayor, que se
produce cuando la hélice dobla,
se quiebra; (2) el menor, que es la
distancia que se genera entre los
esqueletos azúcar-fosfato de esa
región. Son importantes ya que
las proteínas que acceden a la información genética contenida en el DNA lo hacen a través
de estos surcos.

3 hélices descritas:
a) B DNA: la clásica, la de Watson y Crick. Es dextrógira.

b) A DNA: es dextrógira pero un poco más achatada.

c) Z DNA: es levógira, que gira hacia la izquierda.

 DNA RNA
Bases nitrogenadas Adenina, timina, citocina y Adenina, uracilo, citocina y
guanina guanina
Hebra Doble Sencilla
Azúcar Desoxirribosa Ribosa

Replicación
Proceso que ocurre dentro del núcleo en una célula eucarionte y en el único
compartimiento de una célula procarionte. Ocurre en la fase S del ciclo celular. Es el
momento en el que la célula, que normalmente se encuentra dentro de la interfase, decide
dividirse. Para dividirse tiene que partir por duplicar la información genética para poder
heredarla.
Para que ocurra la replicación, que es un proceso enzimático, se necesitan tres
condiciones básicas:
- Tener una hebra molde: ADN de cadena sencilla, a través del cual se va a sintetizar
una hebra complementaria.

- Nucleótidos-3p: aportan también energía para catalizar la reacción.

- Extremo 3´-OH: que venga de un pequeño fragmento de DNA previamente

sintetizado y que esté complementario al molde que se va a usar para la síntesis del
DNA.

Esta reacción enzimática normalmente ocurre en presencia de iones divalentes (cationes

divalentes, dos cargas positivas) que tienen en parte función, más que nada, con la
estabilización de estos nucleótido-3p; éstos son 3 grupos fosfatos que aportan cargas
negativas.
***Una hebra de DNA siempre es doble, a no ser que diga que es sencilla.
La replicación genera dos hebras de DNA idénticas a una hebra paterna.
En el proceso de replicación participan una serie de enzimas que forman lo que se
denomina una maquinaría replicativa o replisoma.
Una de las enzimas es la DNA polimerasa, que tiene la función de incorporar el nuevo
desoxinucleótido-3p al extremo 3´-OH. En otras palabras, esta enzima cataliza la formación
del enlace fosfodiester. Para eso, cataliza el ataque nucleofílico del extremo 3´-OH. Cuando
se rompe el enlace del nucleótido-3P, con la liberación de pirofosfato (2P), hay una
liberación de energía que es utilizada por la DNA polimerasa para formar el enlace
fosfodiester con el grupo OH y el primer fosfato del nucleótido que se está incorporando.
¿Dónde cataliza esta reacción la DNA polimerasa? Específicamente en el 3´-OH de una
cadena preformada y complementaria al DNA que se está utilizando como molde. ¿Qué
nucleótido utiliza? Aquel que por estabilización de puentes de hidrógeno calza
correctamente en este sitio para poder hacer el ataque nucleofílico.
La DNA polimerasa hace crecer la cadena de polinucleótidos, complementaria al molde,
siempre en el sentido 5´ a 3´. Por lo tanto, va leyendo el molde de 3´a 5´. Esto se debe a que
las cadenas son anti-paralelas.
Esta reacción química (la de la DNA polimerasa) es ayudada por la pirofosfatasa, enzima
que rompe el pirofosfato. Cuando en una reacción química cualquiera se consume el
producto, eso favorece la reacción en el sentido de la formación de los productos.
Molde + nucleótido-3P + extremo 3´-OH  pirofosfato + hebra molde + 1 nucleótido
Si la pirofosfatasa consume el pirofosfato, el equilibrio de la reacción se desplaza hacia
la formación de productos.
La replicación como proceso es semiconservativa, ya que cuando se originan dos hebras
nuevas de DNA, cada una de ellas está constituida por una hebra paterna y una hebra
neosintetizada. Conserva sólo una de las hebras molde.
¿Cómo se llegó a la conclusión de que el proceso de replicación es semiconservativo?
A través del experimento de Meselson y Stahl que describe el modelo de replicación del
DNA. En donde aquí están las predicciones:
- Modelo conservativo: la molécula se sintetiza como molécula nueva, haciéndose una
copia de la paterna. Se marca con un radioisótopo (nitrógeno): la hebra antigua va a
ser pesada y la neosintetizada va a ser liviana. Esto se debe a que se puso primero el
isótopo y después se replicó en ausencia de ese nitrógeno más pesado. Si se
separan las dos hebras de DNA a través de un gradiente de densidad, éstas debieran
migrar en dos regiones distintas por diferencia de densidades. Si se vuelve a
replicar (con nitrógeno liviano) se obtienen 3 hebras livianas y una pesada.

- Modelo semiconservativo: después de la primera replicación ambas hebras tienen el

mismo peso porque tienen una cadena liviana y otra pesada. Por lo tanto a nivel de
gradiente se vería una única banda. En la segunda replicación se separan en dos
poblaciones: (1) que sigue teniendo una hebra liviana y otra pesada y (2) y las dos
nuevas que fueron las que se originaron de las otras dos.
 - Modelo dispersivo: se vería
siempre una sola banda, en donde
aleatoriamente irían quedando
pedacitos de DNA pesado con
pedacitos livianos.

Al llevarse a cabo el experimento se

observa que en la primera generación
se obtiene una sola banda
(descartándose el primer modelo); y en
el segundo ciclo replicativo se ven dos
poblaciones de DNA en donde se
explica que es semiconservativo.
Replicación bidireccional
Cuando se realiza la replicación en
un cromosoma eucarionte (es lineal) hay
puntos que se denominan origines de
replicación donde parte la replicación en ambos sentidos, generándose el ojo de replicación
(conformado por dos horquillas replicativas). El ojo va creciendo en la medida que la
horquilla replicativa avanza. Para la replicación los nucleosomas tuvieron que salir, el cort
de histonas tiene que desplazarse, pero rápidamente se vuelve a formar. A lo largo de un
cromosoma eucarionte van a existir múltiples sitios de origen de la replicación, lo que hace
que ésta sea mucho más rápida. En cambio, en las bacterias donde existe un cromosoma
circular, existe un único origen de replicación; y como es bidireccional, parte en ambos
sentidos y termina en el otro extremo.
El origen de replicación es reconocido por proteínas de inicio de la replicación, que
reconocen una secuencia específica, regiones ricas en timina y adenina (al tener doble
enlace es más fácil separarlas y abrir la doble hebra de DNA).
Durante la replicación, en el ojo de replicación se generan dos horquillas,
replicándose cada una de éstas en forma asimétrica. Siendo el mecanismo de replicación de
los dos moldes distinto.
Mientras uno de los
moldes sintetiza su hebra
complementaria de forma
continua, el otro lo hace de
forma discontinua. Esto se
debe a que la ADN
polimerasa sintetiza de 5´a
3´y va leyendo el molde de
3´a 5´. Ambas hebras son
replicadas en forma
simultánea. Al estar una de
las hebras al revés, el
mecanismo de replicación
de la hebra continua va a
ser distinto al de la hebra
discontinua; en la
replicación de esta última
se forman pequeños
pedacitos de DNA, los
fragmentos de Okazaki.
En el punto de
origen de la replicación
llegan 4 DNA polimerasas, dos que forman la maquinaria replicativa que va a replicar la
horquilla de la derecha y dos que van a replicar la horquilla de la izquierda.
En esta figura, lo que está en verde es lo que se sintetizó primero y lo que está en rojo
es lo que se sintetizó después.
Ambas hebras van siendo sintetizadas en forma simultánea. Sin embargo, la hebra
discontinua, cadena retrasada, limita la velocidad de avance de la horquilla. La cadena que
sirve como molde de la hebra continua se denomina conductora.
En eucariontes hay muchas polimerasas (enzimas que replican) distintas. En cambio, en
procariontes se conocen tres:
- DNA polimerasa I

- DNA polimerasa II

- DNA polimerasa III

Son enzimas que tienen distintos sitios catalíticos. Normalmente las polimerasas tienen
mínimo dos sitios catalíticos; que es en el caso de la DNA polimerasa III: (1) tiene el centro
activo polimerasa 5´-3´ (el que le permite ir formando los enlaces fosfodiester en sentido 5´-3
´siempre), (2) segundo centro activo que tiene actividad 3´exonucleasa (saca el nucleótido
del extremo 3´). Esto quiere decir que la polimerasa puede avanzar y también dar un paso
atrás (importante para cuando hay errores). El centro activo 3´exonucleasa le da la
capacidad autocorrectora a la polimerasa III.
La estructura de la polimerasa sería como una mano, en donde entra el DNA molde que
se está copiando por un lado y sale el DNA sintetizado por el otro. Teniendo en el sector de
la palma una parte que se denomina proofreading, en donde la polimerasa incorpora un DNA;
que obviamente antes tiene que haber entrado a ese sitio y haber establecido alguna
conexión con el molde. Una vez que ha entrado gatilla la reacción, pero antes de avanzar al
siguiente nucleótido prueba la estructura del DNA; midiendo que ambos esqueletos azúcar-
fosfato sigan manteniendo su estructura. Esto se debe a que si se pone erróneamente un
nucleótido, por ejemplo: dos pirimidinas juntas, va a ser más chico; dos purinas juntas, va
que quedar más separado; la purina con la pirimidina que no corresponde, no va a haber
ese encaje de los grupos que hacen el puente de hidrógeno. Cuando la polimerasa, a través
del proofreading, detecta que hay una alteración a nivel de la estructura de la hebra que está
sintetizando, su sitio catalítico cambia rápidamente de polimerasa a exonucleasa. La
polimerasa sufre un cambio de conformación y el DNA de seguir en la dirección donde está
el sitio polimerasa, baja y va al sitio exonucleasa. Éste saca el último nucleótido
incorporado. Se agrega otro y se vuelve a probar.
La tasa de error que comete la polimerasa es de: 1 de cada 10 millones de nucleótidos
incorporados.
TAREA  ¿A qué velocidad incorpora la polimerasa los nucleótidos?
Esto encontré… un regalito 
- La polimerasa III incorpora 1000 nucleótidos por segundo.

El proceso de replicación se caracteriza por tener una alta fidelidad, fiel al molde
paterno, con una tasa baja de error.

Recordemos:
La polimerasa III es capaz de hacer dos cosas:
 Polimerizar

 Sacar un nucleótido mal incorporado (extremo 3´)

Otra enzima que participa del proceso de replicación es la DNA polimerasa I que tiene un
tercer centro activo, además de los otros descritos en la DNA polimerasa III. En el tercer
sitio catalítico tiene actividad 5´exonucleasa, lo que significa que puede sacar un nucleótido
que esté en el otro extremo.
La polimerasa I es capaz de hacer 3 cosas:
 Polimerizar

 Sacar un nucleótido, corrige (porque tiene actividad 3´exonucleasa)

 Sacar un nucleótido del extremo 5´

Parte la replicación, unas proteínas detectan el sitio de origen y comienzan a reclutar a

todo el resto de los factores y enzimas que van a participar.
Una vez ubicado el sitio de origen de la replicación, lo primero que hay que hacer es
romper puentes de hidrógeno, separar la doble hebra de DNA. Esto último lo realiza una
enzima llamada helicasa. Rápidamente, después de la helicasa llegan las proteínas SSB que
tienen como función estabilizar cada cadena sencilla. ¿Por qué? Al ser la estructura del DNA
doble, las cadenas sencillas en forma espontánea tienden unirse a su cadena
complementaria. Si no estuvieran las SSB, las cadenas se unirían rápidamente. En este
momento no se puede replicar aún ya que se necesita el extremo 3´-OH. Para esto se
requiere un primer (cebador o partidor) que es un pedacito de RNA complementario que
entrega el extremo 3´-OH.
LA DNA polimerasa necesita un extremo 3´-OH. Sin embargo, las RNA polimerasas no
necesitan el extremo 3´-OH. Éstas no requieren una cadena preformada a la cual ir
agregándole el nucleótido, ya que toman un nucleótido y otro ribonucleótido y los unen (si
hay un molde, los unen de acuerdo al molde; sino no). Por lo tanto, antes que actúe la DNA
polimerasa va a actuar una RNA polimerasa que es la primasa. Ésta tiene como función
sintetizar el primer que es un pequeño fragmento de RNA, suele tener entre 10 a 12
nucleótidos.
Una vez que actúa la primasa, se tienen todos los requisitos para partir replicando.
Empieza la replicación la DNA polimerasa III que toma el extremo 3´-OH del primer y parte
sintetizando. La primasa sintetiza un primer en la hebra continua y en la discontinua se
sintetizan varios primer, cada vez que la maquinaria de replicación necesite sintetizar un
nuevo fragmento de Okazaki. Por lo tanto, estos últimos van a estar compuestos de: un
pedacito de primer y el DNA que sintetice luego la DNA polimerasa.
 Luego hay que reemplazar los primers por DNA, tarea que lleva a cabo la polimerasa I.
Ésta toma el primer (porque tiene actividad 5´exonucleasa), lo degrada y lo reemplaza por
DNA (porque tiene actividad polimeral).
Ahora hay que unir los nucleótidos en el sitio de origen, ya que uno fue molde para una
maquinaria y el otro para la otra. Aquí actúa la DNA ligasa que va a ser la encargada de
catalizar la formación de todos los enlaces fosfodiester que falten para unir los fragmentos
de Okazaki entre si y las hebras continuas con los fragmentos en el punto de inicio.
Cuando se abre la hebra de DNA que es un cordón, y se parte de al medio. Lo que suele
suceder es que se sobreenrolle en los extremos. Para que esto no suceda, actúan las
topoisomerasas que tienen como función relajar el sobreenrollamiento ocasionado por el
avance de las horquillas. Las topoisomerasas van cortando el DNA, dejan que se desenrolle y
lo vuelven a unir.
Lo que hace la maquinaria de replicación es abrir la hebra de DNA, tomar la hebra de
DNA que está al revés e invertirla haciendo un loop. Cambiando su orientación para leerla.
Cuando la polimerasa avanza, el loop se va achicando y cuando ya va a tocar, la polimerasa
suelta la hebra. Vuelve a tirar, hace el loop, éste se va achicando y lo vuelve a soltar. Es por
esto que los fragmentos de Okazaki van quedando como fragmentos pequeñitos y cuando
se suelta la hebra quedan mirando para el otro lado. El loop permite que se sintetice en un
mismo sentido en forma simultánea.

El DNA que es replicado es inmediatamente incorporado al nucleosoma. En la medida

que la horquilla avanza, lo que no se ha replicado todavía está en nucleosomas y lo que ya
ha sido replicado también está en nucleosomas. Una vez que pasa la maquinaria replicativa,
las histonas vuelven rápidamente a posicionarse, formando los nucleosomas.
Hay algunas teorías con respecto a que obviamente cuando se replica tiene que haber un
pull de histonas preexistente que estén listas para rápidamente empaquetar. Al duplicarse la
cantidad de DNA se necesita el doble de histonas para poder empaquetarlo.
Algunas teorías dicen que las histonas originales de la hebra paterna pasarían a la hebra
conductora (que se va sintetizando más fácil) y todas las neohistonas se hacia la hebra
nueva que fue sintetizada a través del mecanismo discontinuo.
Recordemos:
Lo importante es que el nucleosoma es desplazado, pasa la maquinaria replicativa y
rápidamente tenemos que el DNA recién replicado también está formando los nucleosomas.
 En un origen de replicación hay dos replisomas, uno que parte a la derecha y otro a la
izquierda. Un replisoma lleva dos polimerasas, una para la hebra continua y otra para la
discontinua.

En los extremos de un cromosoma lineal se produce un pequeño problema: no se puede

replicar completamente la hebra de síntesis discontinua, ya que ésta necesita un pequeño
espacio para poder hacer un loop y sintetizar el último fragmento de Okazaki. Por lo tanto,
en la medida que un cromosoma lineal vaya siendo replicado, se podrían ir perdiendo
pedacitos de los extremos. Si esto no se soluciona, se puede perder información
almacenada en los extremos. Para esto actúa la telomerasa que es una enzima que se
encarga de sintetizar los telómeros que es una secuencia repetida de DNA en los extremos
del cromosoma. Los telómeros no codifican nada, por lo tanto al acortarse no se pierde
información. La telomerasa está activa sólo a nivel embrionario y en las células
cancerígenas. A lo largo de los ciclos replicativos se van acortando los telómeros, evitando
la perdida de información importante. La telomerasa es una enzima que tiene una actividad
de transcriptasa inversa lo que le permite sintetizar DNA en base a un molde de ARN. Al
darle entonces la distancia necesaria para que la maquinaria replicativa pueda sintetizar un
último fragmento de Okazaki en el sector del telómero, se prolonga la vida de la célula y se
atrasa la pérdida de información codificante. En las bacterias (donde el DNA es circular) no
existe ese problema, no hay telómeros. Los telómeros son exclusivos de las hebras
eucariontes. La telomerasa usa siempre el mismo molde, va repitiendo la secuencia. Parte
de su RNA es complementario al telómero y la otra parte le sirve para sintetizar el DNA. La
telomerasa entonces es una riboproteína: tiene RNA y proteína. Se asocia la telomerasa con
el proceso de envejecimiento celular.

Flujo de la información

El DNA se puede replicar para formar una nueva 2 hebras idénticas, o puede
transcribirse a RNA que a diferencia del DNA puede salir del núcleo al citoplasma para ahí
dirigir la síntesis de proteínas en el proceso de traducción. No todos los genes son para
proteínas, hay también para tRNA, rRNA y otros tipos de RNA. Por lo tanto, siempre el flujo
de la información termina en una proteína, sino que puede parar con el proceso de
transcripción para formar los RNA mencionados.

La transcripción se define como la formación de una hebra de RNA complementaria

a una de DNA.

Definición de Gen (Eucarionte)

Un gen está definido por una región

reguladora y por una región estructural. La
región reguladora permite, regula y dirige la
expresión del gen, ésta no se transcribe; la
estructural es la región que se transcribe a
RNA. Dentro de la región estructural, hay
partes codificantes y no codificantes. Las
partes codificantes son llamadas exones, y
son las que se encuentran en el RNA maduro
listo para salir del núcleo. Esa región
codificante es la que se va a encontrar
reflejada en una proteína o en la estructura del
producto final de la transcripción del gen.
Las partes no codificantes, llamada
intrón, son secuencias que aparecen en el
transcrito primario, pero no en el RNA maduro;
en consecuencia no se ve reflejada en el producto final, ya
sea proteína o algún tipo de RNA. Esta ausencia se debe a
que hay un proceso de maduración post transcripcional,
que modifica al transcrito primario sacándole los intrones.

Eficiencia de la transcripción
Que en una célula haya muchas proteínas de un tipo
específico, no significa que haya muchos genes para esa
proteína, sino que depende de la tasa de transcripción que
tenga el gen. Hay genes que se están transcribiendo
constantemente dentro de la célula,
denominados genes constitutivos, y otros que
dependen de muchos más factores siendo una
tasa menor.

Estructura del RNA

La hebra de RNA tiene adenina, citosina, uracilo y guanina. En la
transcripción del ADN, la RNA-Polimerasa complementa la adenina
con uracilo. En el RNA no se encuentra la timina, sino que en vez
de ésta se encuentra el uracilo. Las bases se estructuran con enlace fosfodiester, y tiene
una polaridad de 5’ a 3’. La hebra es una hebra sencilla (monocatenaria), pero se estabiliza
plegándose adoptando estructuras específicas. La estructura 3D se adquiere por la
formación de puentes de hidrógeno entre bases complementarias.

Tipos de RNA

(No
dijo

nada más específico que eso)

Transcripción

Al igual que el proceso de replicación, esta a cargo de una enzima. En este caso la
enzima es la RNA-Polimerasa. Ésta utiliza ribonucleótidos trifosfato, cuya hidrólisis
entrega la energía necesaria para la reacción. La RNA-Polimerasa tiene tres sitios
específicos: el primero desenrolla la doble hebra de DNA; otro sitio tiene la actividad
polimerasa que agrega los nucleótidos para sintetizar la hebra de RNA; y el último sitio
vuelve a enrollar el DNA dejándolo intacto. La doble hebra momentánea de RNA-DNA
cumple con la conformación de antiparalela. Solo una hebra sirve como molde. La
polimerización es en dirección 5’ a 3’ (lee el molde de DNA de 3’ a 5’), y no requiere de
un primer, sólo requiere el molde de DNA y los ribonucleótidos. La RNA-Polimerasa, a
diferencia de la DNA-Polimerasa, no posee la actividad auto correctora, es decir, no
puede verificar que el ribonucleótido que adicionó es correcto. Por esto, la tasa de error
de la transcripción es mayor a la de la replicación (1 error/10.000 nucleótidos copiados).

Terminología

En la hebra de
DNA, el primero
nucleótido en ser
transcrito es
denominado “nucleótido
+1”, este es el primero en
aparecer en el extremo 5’
de la hebra de RNA
transcrita. Los
nucleótidos “Corriente abajo” es desde el +1 hacia el mismo sentido en que ocurre la
transcripción, recibiendo todos una numeración secuencial positiva (+2, +3…). Hacia el
otro lado, “Corriente arriba”, es en sentido contrario a la transcripción, recibiendo una
numeración secuencial igual a la anterior pero con símbolo negativo (-2,-3…). La
denominación de un nucleótido dependería de la ubicación del primer nucleótido en
transcribirse y de la dirección de esta.