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Las culturas primitivas y las civilizaciones del mundo antiguo no solían tener ejemplos destacados
de intolerancia religiosa. Un caso aislado sería el del faraón egipcio Akenatón y su culto heliolátrico
de matices monoteístas que riñó con el poder clerical de los sacerdotes tebanos. Los paganos en
general por ser politeístas, aceptaban relativamente la existencia de otras divinidades.
Fue con el surgimiento de las religiones monoteístas que se dieron en general los primeros casos
de intolerancia religiosa. El judaísmo fue una de las primeras religiones en mostrar recelo, y el
Antiguo Testamento incluye muchas referencias a las religiones idólatras de los pueblos vecinos,
condenándolas, y contiene gran cantidad de prohibiciones que impedían a los judíos alejarse de
las creencias judaicas o practicar cultos religiosos extranjeros. Ejemplos de esto serían las
referencias al Becerro de Oro, a la Reina Jezabel y a otras historias bíblicas donde se acusa la
idolatría.
Si bien los israelitas tuvieron innumerable cantidad de conflictos con sus vecinos, los babilonios,
asirios, idumeos, filisteos, egipcios, hititas, etc., fue con el Imperio romano con quien se dio uno de
los más feroces conflictos religiosos: las Guerras judeo-romanas. Los enfrentamientos religiosos
entre judíos y romanos –estos últimos habían aplicado algunas medidas insultantes para los judíos
como la presencia de una estatua de Júpiter en el Templo de Jerusalén- terminó con una de las
mayores persecuciones religiosas, la destrucción del Templo, el saqueo de Jerusalén y la diáspora
judía.
El esterotipo de la bruja como una mujer de edad mayor, volando en escoba junto a un gato,
participando de clandestinos aquelarres nocturnos, donde realiza adoración al diablo, o sacrificios
humanos y ritos sacrílegos, y que conoce todo tipo de pociones mágicas y maleficios, se remonta a
la antigüedad, y se acusó a las religiones étnicas de realizar este tipo de prácticas, para tener
motivos para «ajusticiarlos». Los cristianos fueron acusados de cometer este tipo de actos en la
época del Imperio Romano: durante el siglo II fueron acusados de celebrar reuniones clandestinas
en las cuales degollaban niños y mantenían relaciones sexuales no convencionales y adoraban
animales. En otras épocas fueron los judíos los acusados de practicar este tipo de aquelarres.
Siempre se trataba de grupos minoritarios vistos con malos ojos por la mayoría y los
gobernantes.1
Edad Media
Los judíos en general no tenían derecho alguno: eran incapaces de testificar ante una corte
cristiana, podían ser objeto impunemente de asesinatos, robos, violaciones y otros delitos al no
poder testificar contra un cristiano[cita requerida]. En varios casos, niños judíos fueron
secuestrados y convertidos al cristianismo. Se prohibía a los judíos enseñar su religión, tener la
Torá y hubo también masivas expulsiones de judíos como en el caso de Al-Ándalus (1140), el Reino
de Francia (1182), el Reino de Inglaterra (1290), de nuevo Francia (1306, 1322 y 1394), las Coronas
de Castilla y Aragón (edicto de Granada, 1492), Portugal (1496), Navarra (1498), Provenza (1500),
etcétera.
El surgimiento del Islam marcó otro hito histórico, no sólo por ser la tercera religión monoteísta,
sino por ser la primera de estas que fijaba cierto grado de tolerancia religiosa al establecer que la
Gente del Libro (judíos, cristianos, mandeos y zoroastrianos) tenían derecho a practicar su religión
discretamente pero pagando un impuesto. Aun así, los musulmanes no toleraban la idolatría y
combatieron a los credos paganos en todos los países que su vasto Imperio llegó a conquistar. El
Imperio islámico y los diferentes califatos finalmente hicieron desaparecer a las religiones paganas
de Egipto, Mesopotamia y la Arabia preislámica y combatieron duramente al hinduismo y al
budismo en India, Afganistán y otros países del Lejano Oriente.Rápidamente, tras la expansión
musulmana, el Islam entró en conflicto con el cristianismo, especialmente tras conquistar la Tierra
Santa y arrinconar al decadente Imperio bizantino (cristiano ortodoxo), lo que motivaría las
Cruzadas, una serie de guerras político-religiosas entre cristianos y musulmanes. En dichas guerras
se dieron muchas atrocidades: cruzados que mataron no solo a miles de hombres del ejército
musulmán, sino también mujeres y niños musulmanes, la violación de mujeres, etc., incluso la
masacre de judíos, tanto de camino a Jerusalén, como a su llegada, donde fue incendiada su
sinagoga repleta de judíos .[cita requerida] También en la Edad Media, hubo atrocidades
cometidas por grupos musulmanes contra los cristianos, como el Saqueo de Roma (846) por los
sarracenos, o las intermitentes persecuciones a los cristianos mozárabes, (considerandose primera
la de los Mártires de Córdoba del 850 al 859)5 hasta su total expulsión en 1126 del territorio
musulmán.6 O en 1009 cuando el califa Huséin al-Hakim Bi-Amrillah, ordenó la destrucción del
Santo Sepulcro (considerado el lugar más sagrado la cristiandad), también la participación de los
turcos en la caída de Constantinopla en 1453, o incluso en 1480 con los mártires de Otranto,
asesinados por los otomanos, por rechazar convertirse al Islam.
En el caso del Lejano Oriente, los conflictos religiosos han sido menos frecuentes, en parte porque
las religiones orientales tienen una tendencia menor al exclusivismo, aunque no han estado del
todo exentas. Si bien el hinduismo por lo general es muy tolerante y de allí que se ha ramificado
en diferentes escuelas de pensamiento que interaccionan pacíficamente, el concepto de Guerra
Santa también existe entre los hindúes como se menciona, por ejemplo, en el Bhagavad Guita, al
decirle Krishna a Arjuna que es legítimo, en especial entre los guerreros chatrias, el combatir
infieles. Sin embargo, los conflictos fueron infrecuentes dentro de India antes de la conquista
islámica, durante la cual musulmanes e hindúes comenzaron un enfrentamiento que perdura
hasta la fecha.
El budismo, aunque llegó a ser una de las religiones más poderosas de Asia y del mundo, y fue la
religión oficial de diferentes imperios como el Imperio Kushan, el Imperio de Asoka, el Imperio
chino (durante ciertos periodos) y el Imperio mongol, en términos generales nunca persiguió a
otras religiones. En China, Tíbet, Japón y otras naciones coexistía pacíficamente con las religiones
locales como el taoísmo, el Bön y el Shinto, respectivamente, hasta llegar a mezclarse[cita
requerida]. Y en los países donde sí desplazó del todo a las religiones nativas, como Tailandia o Sri
Lanka, en general lo hizo sin violencia[cita requerida]. Sin embargo, el budismo no ha estado del
todo exento de violencia, como lo denotaría el hecho de que era la religión oficial de poderosos
imperios conquistadores[cita requerida].
Modernidad