Modelado

Molecular
Trabajo Practico N° 1:
Superficies de energía potencial.

Alumna: Albornoz, Macarena.

Objetivo: Hallar los mínimos de energía y superficies de energía potencial de dos
moléculas sencillas aplicando métodos de minimización.

Introducción:

La Química Computacional es capaz de predecir la estructura y propiedades que

tendrán moléculas aún no sintetizadas o de transigentes cuyos tiempos de vida no
permiten estudios detallados de su estructura e incluso de estados de transición.
En este trabajo practico, enfocaremos la atención en encontrar los mínimos de la
superficie de energía potencial (SEP), suponiendo que el método de cálculo actúa como
una caja negra, que calcula las energías correctamente.
Cualquiera sea el método elegido para calcular la energía, el problema matemático es el
mismo: encontrar el mínimo del campo escalar E(Q), cuyas variables (componentes del
vector Q) son las posiciones de los núcleos. En la caja negra está la 'fórmula' para
evaluar E(Q), que es lo que asociamos con la idea de superficie de energía potencial.
El cálculo de energía requiere conocimiento previo de la configuración nuclear, por lo
tanto, es necesario disponer de alguna estimación inicial a la geometría (usando tablas
de distancia y ángulos de enlace promedio, teniendo en cuenta la hibridación,
geometría de compuestos similares, etc.), y proceder luego de modo iterativo. Los
diferentes algoritmos de optimización de geometría o minimizadores difieren entonces
en las estrategias empleadas para evaluar cómo cambia la energía al cambiar las
coordenadas y emplear esta información para proyectar nuevas geometrías mejoradas
(o sea de menor energía), a partir de geometrías previas y cómo establecer algún
criterio de terminación.

Resultados y discusión:

Molécula de agua:

En primer lugar, se realizó el estudio conformacional de la molécula de agua en forma

manual utilizando una planilla de cálculo empleando derivadas numéricas, partiendo de
una geometría inicial de r=1.2 Å y Angulo de 90°. Para calcular los valores de distancia
de enlace y ángulo se utilizó el parámetro  al cual se le asigno un valor inicial de 0.2 y
se redefinió en cada nueva interacción según si la energía obtenida era menor o mayor.
En caso de ser menor la energía del nuevo punto =1.2 y si era menor =0.5.
En la siguiente tabla se muestran los valores obtenidos para estas interacciones.
Tabla 1: resultados de energía en función de la distancia y ángulo en la molécula de agua.

Luego de 18 interacciones se dio por terminada la minimización ya que se llego a un

valor fijo de energía dando como resultado una energía de -76.405219 HF, una distancia
intermolecular de 0.992122 Å y un ángulo de 113.358328°

Después se empleó una minimización automática utilizando como método de cálculo

#b3lyp/6-31G* en el programa Gaussian 09.
La output fue abierta con el programa molden y se compararon los valores obtenidos.

Figura 1: resultados minimización Figura 2: molécula la de agua obtenida

luego de la minimización con el
programa molden

Luego de la minimización automática se obtuvo una energía de -76.4089529 HF, una

distancia internuclear de 0.96904772 Å y un ángulo de 103.54640707.
Los valores bibliográficos son 104.45° y 0.9584 Å de distancia por lo que a partir de esto
se puede decir que el método de minimización automática obtuvo valores mas similares
a los reales además de obtenerse un valor de energía menor.

En una segunda instancia, a partir de los datos obtenidos en la tabla 1 se graficó la

superficie de energía para visibilizar el mínimo. El grafico de esta superficie se muestra a
continuación

Figura 3: grafico de la superficie de energía de la molécula de agua obtenida por método

manual.

Molécula de butano:

La molécula de butadieno es una molécula orgánica que posee dos dobles enlaces lo
que permite dos estructuras estables con diferente energía: cis y trans.

Figura 4: estructura trans y cis de butadieno

Estas estructuras pueden interconvertirse variando el ángulo diedro generado por los
carbonos 1,2,3,4 y la distancia entre los carbonos 2 y 3.
Al ir modificando la amplitud del ángulo diedro y la distancia entre los carbonos para
pasar de una conformación a otra se genera la superficie de energía que se muestra a
continuación

Figura 5: superficie de energía potencial del butadieno.

En esta superficie de energía potencial se observan dos mínimos locales,

correspondientes a las conformaciones más estables de la molécula. Se puede deducir
que el mínimo de 50° de ángulo diedro corresponde a la estructura cis mientras que el
mínimo más pronunciado corresponde al isómero trans ya que, experimentalmente,
este es el de menor energía.

Conclusión:

A partir de la realización de este trabajo practico pudo calcularse el mínimo de energía

de la molécula de agua a través de un método manual de minimización y de manera
automática por medio de un programa de cálculo, así como también su superficie de
energía potencial con poca definición, pero si pudo calcularse satisfactoriamente la
superficie de energía potencial del butadieno