Clase 10

Diversidad de procariotas
Taxonomía. Filogenia. Ejemplos de

grupos de relevancia ambiental.
Clase 10
Microbiología Ambiental
2016
Ambientes naturales
Taxonomía
Necesidad de orden
en la mente humana
Modif. de Ramón Rosselló-Mora

Necesidad de clasificación Sistema de clasificación
El humano necesita reconocer cosas Nombrar No sirven números
La diversidad biológica es grande Patrones recurrentes unidades
Criterios para clasificar/

TAXONOMIA Relaciones naturales
nombrar/identificar
Asumimos que:
Æ hay un orden en la naturaleza
Æ existen discontinuidades
Æ entonces, podemos reconocer unidades
Æ el reconocimiento está directamente relacionado a los métodos de observación

Categorías taxonómicas
Canis lupus Especie

Canis Género
Canidae Familia
Carnivora Orden
Mammalia Clase
Chordata Filo
Eucarya Dominio
Reconocimiento de
unidades biológicas
Qué es una especie?

CONCEPTO BIOLOGICO DE ESPECIE: basado en la repr. sexual
1. Agamospecies 12. Hennigian

2. Biological 13. Internodal
3. Cohesion 14. Morphological
4. Cladistic 15. Non-dimensional
5. Composite 16. Phenetic
6. Ecological 17. Polythetic
7. Evolutionary Significant Unit 18. Phylogenetic
8. Evolutionary 19. Recognition
9. Genealogical Concordance 20. Successional
10. Genotypic Cluster Definition 21. Genetic
11. Reproductive competition 22. Taxonomic
l vertebrates
una especie es un grupo de l invertebrates
poblaciones naturales cuyos (insects, nematodes)
l plants
miembros pueden cruzarse entre
l fungi
sí, pero no pueden hacerlo con l lichens
los miembros de poblaciones l algae
pertenecientes a otras especies l prokaryotes
el aislamiento reproductivo respecto de otras poblaciones es crucial

Conceptos universalmente aplicables
1. Agamospecies 12. Hennigian
2. Biological 13. Internodal
3. Cohesion 14. Morphological
4. Cladistic 15. Non-dimensional
5. Composite 16. Phenetic
6. Ecological 17. Polythetic
7. Evolutionary Significant Unit 18. Phylogenetic
8. Evolutionary 19. Recognition
9. Genealogical Concordance 20. Successional
10. Genotypic Cluster Definition 21. Genetic
11. Reproductive competition 22. Taxonomic
t Evolutionary, cohesive !" universal

h l
e o phylogenetic
o a
r d genotypic cluster definition
y
phenetic, polythetic !" universal

Conceptos más aplicados a procariotas
Concepto de especie evolutiva: Linaje poblacional de antecesores –

descendientes que mantiene su identidad de otros linajes y tiene su
propia tendencia evolutiva y destino histórico
Concepto filogenético de especie: Grupo irreductible de organismos,

diagnósticamente distinguibles de otros grupo semejantes y dentro del
cual existe un patrón parental de ascendencia y descendencia.
Concepto fenético de especie: una especie es un grupo de organismos

que son fenotípicamente similares y que parecen diferentes de otros
grupos de organismos.
Descripción de nuevas especies
sample
Para clasificar especies es

necesario tener los
organismos en cultivo puro
Es un trabajo lento y poco

gratificante
Sólo unas 8.000 especies

direct plating
descritas..
most probable number
previous enrichment
Identification & characterization

virus prokaryotes
insects fungi
4% protozoa
3%
64% 8%
2% algae
2%
plants
2%
15% animals

ARN Ribosomal
21 Proteínas
16S rRNA
Ribosoma
5S rRNA
Escherichia coli
34 Proteínas
16S rRNA
23S rRNA
ARN Ribosomal 16 S
•  Universal
•  Función conservada
•  Diferentes regiones
•  1500 nucleótidos
•  Grandes bases de datos
Escherichia coli
16S rRNA
El gen del RNAr 16S permite reconstruir filogenias
el RNAr 16S se ha convertido en la molécula de referencia para
! reconstruir la genealogía
! construir el sistema de clasificación
! indentificar diversidad ambiental

En general dos organismos con <97% identidad pertenecen a especies distintas
Lo contrario no es cierto!!
one species with genomic and

phylogenetic heterogeneity
one species with 7 genomovars

∆Tm 0 - 10°C - 16S rRNA 98 - 99.9%
Proteus vulgaris
Pseudomonas stutzeri
Rahnella aquatilis
Pseudomonas aeruginosa
one species with 3 genomospecies
Mycobacterium tuberculosis RBR 40 - 100% - 16S rRNA 97.8 - 100%
Staphylococcus aureus
Amycolatopsis methanolica
Amycolatopsis thermoflava Staphylococcus piscifermentans
two species Staphylococcus carnosus
Staphylococcus condimenti
RBR 21% - 16S rRNA 98.8%
three species
RBR 51 - 58% - 16S rRNA 98.9 - 99.9%
10%
Archaea
several species with identical or nearly
identical 16S rRNA
El gen para ARNr 16S NO tiene poder de discriminar perfectamente entre especies

Número de especies versus número de sequencias en databases
Increase of validated species and SSU rRNA databases
600000 10000
9000
500000
8000
7000
rRNAs sequences
400000
6000
Species
SSU
300000 5000
Species
4000
200000
3000
2000
100000
1000
0 0
1980
1981
1982
1983
1984
1985
1986
1987
1988
1989
1990
1991
1992
1993
1994
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
Year
datos a Marzo 2009

Crecimiento aritmé;co en número de especies, geométrico en el número de secuencias
7,987 species vs. 1,782,930 SSU (868,390 acceptable; 368,368 adequate quality)

La enorme mayoría de las secuencias en las bases
de datos son de organismos desconocidos
DATABASES
! 95% de las secuencias son ambientales

Æ  5% de las secuencias son de organismos cultivados
Æ  1% son de especies conocidas!
Pruesse et al., 2007, Nucl Acid Res. 35:7188-‐7196

Un poco de metodología….
Cómo se obtienen las secuencias de
interés?
1.  Extracción del ADN de toda la muestra
2.  Amplificación del gen para ARN 16S
3.  Clonado
4.  Sequenciado
5.  Análisis de secuencias

Cómo se obtienen las secuencias de
interés?
Células microbianas en una muestra compleja
1. Extracción del ADN de toda la comunidad
ADN Genómico
2. Amplificación por PCR del gen para ARNr 16S

3. Clonado de los productos de PCR
Vector linearizado portando

resistencia a antibióticos
Ligación
Vector con
insertos
Células
competentes
Transformación E.coli
Clones conteniendo genes de la muestra

3. Clonado de los productos de PCR
Plaqueo en medio sólido conteniendo el antibiótico

(y otro método de selección)
Colonias de clones conteniendo gen16S
Células sin plásmido: Mueren por el antibiótico
Celúlas con plásmido Mueren o son claramente

pero sin inserto: diferentes
4. Secuenciado del gen 16S
0 500 1000 1500 bp
GM1 (518) Secuenciado parcial

para 1a identificación
(-90) M13R
M13F (-75)
Secuenciado de clones
(1503) GM4
GM3 (8) Secuenciado de aislados
GM5 (341)
Primers adicionales
(1193) GM12 para doble secuenciado
5. Análisis de secuencias
" Correcto alineado de las bases homólogas

La mayoría de la diversidad de la vida es
procariota
(Woese 1987)
Diversidad Filogenética
(Woese, 1987)
(Rappé & Giovannoni, 2003)

Los originalmente descritos por
Woese
Para los que hay algún
representante en cultivo
Los que sólo se conocen por
sus secuencias
Fila!
(ej.artropoda/chordata)
Hug et al, Abril 2016
domain Bacteria (0/1186838/0)
phylum "Actinobacteria" (0/176308/0)
phylum "Aquificae" (0/931/0)
phylum "Bacteroidetes" (0/135261/0)
phylum "Caldiserica" (0/220/0)
phylum "Chlamydiae" (0/413/0)
phylum "Chlorobi" (0/1013/0)
phylum "Chloroflexi" (0/20113/0)
phylum "Chrysiogenetes" (0/11/0)
phylum "Deferribacteres" (0/367/0)
phylum "Deinococcus-Thermus" (0/1720/0)
phylum "Dictyoglomi" (0/22/0)
phylum "Elusimicrobia" (0/143/0)
phylum "Fibrobacteres" (0/279/0)
phylum "Fusobacteria" (0/9355/0)
phylum "Gemmatimonadetes" (0/1161/0)
phylum "Lentisphaerae" (0/1661/0)
phylum "Nitrospira" (0/1192/0)
phylum "Planctomycetes" (0/11003/0)
phylum "Proteobacteria" (0/322871/0)
phylum "Spirochaetes" (0/9292/0)
phylum "Synergistetes" (0/1110/0)
phylum "Tenericutes" (0/3026/0)
phylum "Thermodesulfobacteria" (0/106/0)
phylum "Thermotogae" (0/577/0)
phylum BRC1 (0/395/0)
phylum OD1 (0/137/0)
phylum OP11 (0/93/0)
phylum SR1 (0/227/0)
phylum TM7 (0/2060/0)
phylum WS3 (0/524/0)
phylum "Armatimonadetes" (0/990/0)
phylum "Verrucomicrobia" (0/9197/0)
phylum "Acidobacteria" (0/13454/0)
phylum Firmicutes (0/407377/0)
phylum Cyanobacteria/Chloroplast (0/19304/0)
filo Proteobacteria/Clase Gammaproteobacteria/Orden
Enterobacteriales
phylum "Proteobacteria" (0/322871/0) (selected/total/search matches)
class Alphaproteobacteria (0/65801/0)
order Caulobacterales (0/4163/0)
order Kiloniellales (0/19/0)
order Kordiimonadales (0/84/0) class Gammaproteobacteria (0/145725/0)
order "Parvularculales" (0/116/0) order Acidithiobacillales (0/618/0)
order Rhizobiales (0/22458/0) order Aeromonadales (0/4541/0)
order Rhodobacterales (0/12592/0) order Alteromonadales (0/9354/0)
order Rhodospirillales (0/6085/0) order Cardiobacteriales (0/573/0)
order Chromatiales (0/3018/0)
order Rickettsiales (0/1763/0)
order "Enterobacteriales" (0/31695/0)
order Sneathiellales (0/38/0)
order Sphingomonadales (0/9029/0) order Legionellales (0/1080/0)
order Alphaproteobacteria_incertae_sedis (0/189/0) order Methylococcales (0/718/0)
unclassified_Alphaproteobacteria (0/9265/0) order Oceanospirillales (0/5428/0)
class Betaproteobacteria (0/76088/0) order Pasteurellales (0/11234/0)
order Pseudomonadales (0/46851/0)
order Burkholderiales (0/53289/0)
order Hydrogenophilales (0/598/0) order "Salinisphaerales" (0/28/0)
order Methylophilales (0/1371/0) order Thiotrichales (0/1557/0)
order Neisseriales (0/13230/0) order "Vibrionales" (0/5653/0)
order Nitrosomonadales (0/704/0) order Xanthomonadales (0/9043/0)
order Gammaproteobacteria_incertae_sedis (0/2276/0)
order "Procabacteriales" (0/0/0)
order Rhodocyclales (0/4212/0) unclassified_Gammaproteobacteria (0/12058/0)
unclassified_Betaproteobacteria (0/2684/0) class "Zetaproteobacteria" (0/126/0)
class Deltaproteobacteria (0/26335/0) order "Mariprofundales" (0/126/0)
order Bdellovibrionales (0/1513/0) unclassified_"Zetaproteobacteria" (0/0/0)
unclassified_"Proteobacteria" (0/2288/0)
order Desulfarculales (0/21/0)
order Desulfobacterales (0/9481/0)
order Desulfovibrionales (0/3531/0)
order Desulfurellales (0/47/0)
order Desulfuromonadales (0/1330/0)
order Myxococcales (0/2644/0)
order Syntrophobacterales (0/1681/0)
family Syntrophorhabdaceae (0/151/0)
unclassified_Deltaproteobacteria (0/5936/0)
class Epsilonproteobacteria (0/6508/0)
order Campylobacterales (0/6247/0)
order Nautiliales (0/180/0)
unclassified_Epsilonproteobacteria (0/81/0)
Enterobacteriales/Familia Enterobacteriaceae/Género
Escherichia
order "Enterobacteriales" (0/31695/0) (selected/total/search matches) genus Salmonella (0/955/0)
family Enterobacteriaceae (0/31695/0) genus Samsonia (0/1/0)
genus Arsenophonus (0/163/0) genus Serratia (0/3309/0)
genus Biostraticola (0/1/0) genus Shimwellia (0/20/0)
genus Brenneria (0/73/0) genus Sodalis (0/114/0)
genus Budvicia (0/3/0) genus Tatumella (0/66/0)
genus Buttiauxella (0/51/0) genus Thorsellia (0/3/0)
genus Cedecea (0/14/0) genus Trabulsiella (0/14/0)
genus Citrobacter (0/1361/0) genus Xenorhabdus (0/215/0)
genus Cosenzaea (0/3/0) genus Yersinia (0/521/0)
genus Cronobacter (0/606/0) genus Yokenella (0/1/0)
genus Dickeya (0/165/0) unclassified_Enterobacteriaceae (0/5545/0)
genus Edwardsiella (0/143/0) unclassified_"Enterobacteriales" (0/0/0)
genus Enterobacter (0/2883/0)
genus Erwinia (0/590/0)
genus Escherichia/Shigella (0/8615/0)
genus Gibbsiella (0/7/0)
genus Hafnia (0/272/0)
genus Klebsiella (0/2428/0)
genus Kluyvera (0/106/0)
genus Leclercia (0/10/0)
genus Leminorella (0/1/0)
genus Mangrovibacter (0/8/0)
genus Morganella (0/184/0)
genus Obesumbacterium (0/0/0)
genus Pantoea (0/1042/0)
genus Pectobacterium (0/234/0)
genus Photorhabdus (0/184/0)
genus Plesiomonas (0/350/0)
genus Pragia (0/1/0)
genus Proteus (0/473/0)
genus Providencia (0/693/0)
genus Rahnella (0/25/0)
genus Raoultella (0/242/0)
Enterobacteriales/Familia Enterobacteriaceae/Género
Escherichia/Escherichia coli
S000000258 Escherichia/Shigella dysenteriae (T); X96966

S000000637 Shigella dysenteriae; X80680
S000000828 Shigella boydii; X96965
S000000986 Escherichia coli; PK3; X80731
S000002068 uncultured bacterium; from human colonic sample; HuCA37; AJ408984
S000003503 Hafnia alvei; Z83203
S000003908 Escherichia coli; Z83205
S000003976 Shigella sonnei; X80726
S000004313 Escherichia/Shigella coli (T); ATCC 11775T; X80725
S000006609 Escherichia; X80733
S000006972 Escherichia coli; Z83204
S000006973 Escherichia coli; MC4100; X80732
S000009460 uncultured bacterium; from human colonic sample; HuCB27; AJ409001
S000009863 uncultured bacterium; AJ487021
S000013881 Escherichia coli; ATCC 25922; X80724
S000013935 Escherichia/Shigella flexneri (T); X96963
S000015709 Escherichia vulneris; ATCC 33821T; X80734
S000021941 Shigella sonnei; X96964
S000022139 Shigella flexneri; X80679
S000127431 Escherichia coli; V00348
S000133399 Escherichia/Shigella albertii (T); type strain: LMG 20976; AJ508775
S000134714 Escherichia coli; MBAE104; AJ567617
S000135858 Escherichia coli; MBMPE19; AJ567540
S000135860 Escherichia coli; MBAE64; AJ567607
S000136246 uncultured bacterium; MBMPE22; AJ56
Ambientes y grupos
funcionales
Ambiente Grupos funcionales Ejemplos grupos/
metabolismos claves
Marino Fotoautótrofos Picocianobacterias
Quimioorganotrofos Fijadores de N/ Anammox
proteorodopsinas
Agua dulce Fotoautótrofos Fotosíntesis anoxigénica
Quimioorganotrofos Metanogénesis
Suelos Quimioorganótrofos Heterótrofos
Fijadores de N
Sedimentos Quimioorganótrofos Sulfatoreductores
Quimiolitotrofos Metanógenos
Subsuperficie Quimiolitotrofos Sulfatoreductores,
terrestre y anaerobios metanógenos, acetogénicos
marina Quimioorganotrofos
Bacterias fotosintéticas
Fotosíntesis anoxigénica
Heliobacteria
Fotosíntesis oxigénica Cyanobacteria
(Synechococcus,Prochlorococcus)
Chlorobium
(Bacs verdes del azufre)
α Proteobacteria
(Rhodospirillum, Rhodobacter )
(Bacs púrpuras del azufre)
β and γ Proteobacteria
(Ectothiorhodospira, Chromatium)
Chlorofexus
(Rappé & Giovannoni, 2003) (Bacs verdes no del azufre)
Cyanobacteria
phylum Cyanobacteria/Chloroplast (0/19304/0) (selected/total/search matches)
class Cyanobacteria (0/14545/0)
family Family I (0/2184/0)
genus GpI (0/2184/0)
unclassified_Family I (0/0/0)
family Family II (0/2570/0)
genus GpIIa (0/2549/0)
genus GpIIb (0/21/0)
unclassified_Family II (0/0/0)
-Fotosíntesis oxigénica
family Family III (0/9/0)
-presentes en todos los sistemas

genus GpIII (0/9/0)
unclassified_Family III (0/0/0)
family Family IV (0/510/0)
acuáticos (Synechococcus,Prochlorococcus)
genus GpIV (0/510/0)
unclassified_Family IV (0/0/0)
family Family IX (0/254/0)
genus GpIX (0/254/0)
unclassified_Family IX (0/0/0)
family Family V (0/34/0)
genus GpV (0/34/0)
unclassified_Family V (0/0/0)
-también en rocas/suelos
family Family VI (0/116/0)
-simbiontes, sobre todo de líquenes

genus GpVI (0/116/0)
unclassified_Family VI (0/0/0)
family Family VII (0/508/0)
genus GpVII (0/508/0)
unclassified_Family VII (0/0/0)
family Family VIII (0/127/0)
genus GpVIII (0/127/0)
unclassified_Family VIII (0/0/0)
family Family X (0/22/0)
genus GpX (0/22/0)
unclassified_Family X (0/0/0)
family Family XI (0/394/0)
genus GpXI (0/394/0)
unclassified_Family XI (0/0/0)
family Family XII (0/49/0)
genus GpXII (0/49/0)
unclassified_Family XII (0/0/0)
family Family XIII (0/1090/0)
genus GpXIII (0/1090/0)
unclassified_Family XIII (0/0/0)
unclassified_Cyanobacteria (0/6678/0)
Cyanobacteria: gran diversidad
morfológica
-unicelulares
-coloniales
-filamentosas
De 0.5-1 µm a 60 µm
Cyanobacteria
-peptidoglicano y estructura de pared:

tipo Gram-
-Muchas tienen envueltas
mucilaginosas/vainas
-Membranas fotosintéticas lamelares,
multicapas
-clorofila a + ficobiliproteínas
(ficocianina: color azul, tb ficoeritrina:
rojo)
-2 fotosistemas
-Fijan C por ciclo de Calvin
Cyanobacteria
-vacuolas de gas (flotabilidad)

-heterocistos (fijación de N)
-cianoficina (polímero de reserva de N)
-hormogonios y acinetos
Cyanobacteria
-Fotosintéticas, fijan C, muchas veces también N

pero..
-algunas pueden crecer heterotróficamente
usando glucosa y otros azúcares como fuente de
C y Energía
-muchas producen cianotoxinas
Chlorobium
(Bacs verdes del azufre)

Bacterias verdes del azufre:
Filo Chlorobi
phylum "Chlorobi" (0/1013/0) (selected/total/search
matches)
class "Chlorobia" (0/350/0)
order Chlorobiales (0/350/0)
family Chlorobiaceae (0/350/0)
genus Chlorobaculum (0/36/0)
genus Chlorobium (0/160/0)
genus Chloroherpeton (0/15/0)
Fotótrofos inmóviles, anoxigénicos y
genus Prosthecochloris (0/108/0) anaerobios estrictos
unclassified_Chlorobiaceae (0/31/0)
unclassified_Chlorobiales (0/0/0)
unclassified_"Chlorobia" (0/0/0)
class Ignavibacteria (0/655/0)
order Ignavibacteriales (0/655/0)
family Ignavibacteriaceae (0/655/0)
genus Ignavibacterium (0/655/0)
unclassified_Ignavibacteriaceae (0/0/0)
unclassified_Ignavibacteriales (0/0/0)
unclassified_Ignavibacteria (0/0/0)
unclassified_"Chlorobi" (0/8/0)
Bacterias verdes del azufre:
Filo Chlorobi
-típicamente en ambientes acuáticos o terrestres
anóxicos y ricos en azufre
-bajas intensidades de luz (los más bajos!)
-oxidan H2S hasta S y luego hasta SO4
-los gránulos de S los depositan afuera
-fijan carbono por ciclo TCA reverso (únicos)
-tienen Bacterioclorofila a, c, d, o e
-un fotosistema
-la mayoría pueden asimilar comp. orgánicos
Bacterias fotosintéticas: Filo Chloroflexi
phylum "Chloroflexi" (0/20113/0) (selected/total/search matches)
class Anaerolineae (0/12851/0)
order Anaerolineales (0/12851/0)
family Anaerolineaceae (0/12851/0)
unclassified_Anaerolineales (0/0/0)
unclassified_Anaerolineae (0/0/0)
class Caldilineae (0/297/0)
order Caldilineales (0/297/0)
family Caldilineaceae (0/297/0)
unclassified_Caldilineales (0/0/0)
unclassified_Caldilineae (0/0/0)
class "Chloroflexi" (0/613/0)
order "Chloroflexales" (0/591/0)
family "Chloroflexaceae" (0/591/0)
family Oscillochloridaceae (0/0/0)
unclassified_"Chloroflexales" (0/0/0)
order "Herpetosiphonales" (0/19/0)
family "Herpetosiphonaceae" (0/19/0)
unclassified_"Herpetosiphonales" (0/0/0)
unclassified_"Chloroflexi" (0/3/0)
class "Dehalococcoidetes" (0/1130/0)
genus Dehalogenimonas (0/1130/0)
unclassified_"Dehalococcoidetes" (0/0/0)
class Ktedonobacteria (0/370/0)
order Ktedonobacterales (0/361/0)
family Ktedonobacteraceae (0/51/0)
family Thermosporotrichaceae (0/52/0)
unclassified_Ktedonobacterales (0/258/0)
order Thermogemmatisporales (0/7/0)
family Thermogemmatisporaceae (0/7/0)
unclassified_Thermogemmatisporales (0/0/0)
unclassified_Ktedonobacteria (0/2/0)
class Thermomicrobia (0/293/0)
order Thermomicrobiales (0/19/0)
family Thermomicrobiaceae (0/19/0)
unclassified_Thermomicrobiales (0/0/0)
subclass Sphaerobacteridae (0/223/0)
Chlorofexus order Sphaerobacterales (0/223/0)
unclassified_Sphaerobacteridae (0/0/0)
(Bacs verdes no del unclassified_Thermomicrobia (0/51/0)
unclassified_"Chloroflexi" (0/4559/0)
(Rappé & Giovannoni, 2003) azufre)

Bacterias verdes no del azufre:
Filo Chloroflexi
-filamentosos
-típicamente en manantiales termales
-oxidan H2S hasta S
-fijan carbono por ciclo hidroxipropionato (únicos)
-tienen Bacterioclorofilas a, c
-un fotosistema
-pueden asimilar comp. orgánicos
α Proteobacteria
(Rhodospirillum, Rhodobacter )
β and γ Proteobacteria
(Ectothiorhodospira, Chromatium)

Bacterias rojas del azufre: filo Proteobacteria
Bacterias rojas del azufre: dentro del
filo Proteobacteria
-típicamente en ambientes acuáticos

anóxicos y ricos en azufre
(ej lagos meromícticos)
-zonas iluminadas
-oxidan H2S hasta S y luego hasta SO4, muchas
pueden usar otros donantes, ej tiosulfato S2O3
-los gránulos de S los depositan dentro
-tienen Bacterioclorofila a, c, d, o e
-un fotosistema
-las no del azufre pueden asimilar comp. orgánicos
Bacterias fijadoras de Nitrógeno
Firmicutes
(Clostridium, Bacillus,
Desulfotomaculum)
Cyanobacteria
(Anabaena, Nostoc,
Trichodesmium)
Actinobacteria
(Frankia, Mycobacterium)
α,γ y δ Proteobacteria
(Rhizobium, Rhodobacter, Klebsiella,
Citrobacter, Desulfovibrio)

Bacterias fijadoras de Nitrógeno
Firmicutes
(Clostridium, Bacillus,
Desulfotomaculum)

Bacterias fijadoras de Nitrógeno: Filo Firmicutes
class Clostridia (0/135053/0)
order Clostridiales (0/132883/0)
family Clostridiaceae 1 (0/8896/0)
phylum Firmicutes (0/407377/0) (selected/total/search matches) family Clostridiaceae 2 (0/172/0)
class Bacilli (0/248081/0) family Clostridiaceae 3 (0/150/0)
order Bacillales (0/158306/0) family Clostridiaceae 4 (0/72/0)
family Alicyclobacillaceae (0/753/0) family Eubacteriaceae (0/766/0)
family Bacillaceae 1 (0/29735/0) family Gracilibacteraceae (0/199/0)
family Bacillaceae 2 (0/1883/0) family Heliobacteriaceae (0/42/0)
family Bacillales_Incertae Sedis X (0/127/0) family Clostridiales_Incertae Sedis III (0/147/0)
family Bacillales_Incertae Sedis XI (0/5756/0) family Clostridiales_Incertae Sedis IV (0/9/0)
family Bacillales_Incertae Sedis XII (0/864/0) family Clostridiales_Incertae Sedis XI (0/8681/0)
family Listeriaceae (0/557/0) family Clostridiales_Incertae Sedis XII (0/543/0)
family Paenibacillaceae 1 (0/4062/0) family Clostridiales_Incertae Sedis XIII (0/1071/0)
family Paenibacillaceae 2 (0/157/0) family Clostridiales_Incertae Sedis XIV (0/69/0)
family Pasteuriaceae (0/470/0) family Clostridiales_Incertae Sedis XVI (0/6/0)
family Planococcaceae (0/3471/0) family Clostridiales_Incertae Sedis XVII (0/167/0)
family Sporolactobacillaceae (0/252/0) family Clostridiales_Incertae Sedis XVIII (0/381/0)
family Staphylococcaceae (0/109523/0) family Lachnospiraceae (0/64988/0)
family Thermoactinomycetaceae 1 (0/154/0) family Peptococcaceae 2 (0/572/0)
family Thermoactinomycetaceae 2 (0/39/0) family Peptococcaceae 1 (0/898/0)
family Bacillales_incertae_sedis (0/12/0) family Peptostreptococcaceae (0/4819/0)
unclassified_Bacillales (0/491/0) family Ruminococcaceae (0/32086/0)
order Lactobacillales (0/89758/0) family Syntrophomonadaceae (0/354/0)
family Aerococcaceae (0/4574/0) family Incertae Sedis IV (0/6/0)
family Carnobacteriaceae (0/8371/0) family Incertae Sedis XI (0/247/0)
family Enterococcaceae (0/5386/0) family Peptococcaceae I (0/2/0)
family Lactobacillaceae (0/14944/0) family Incertae Sedis III (0/7/0)
family Leuconostocaceae (0/2639/0) family Clostridiales_incertae_sedis (0/11/0)
family Streptococcaceae (0/53688/0) unclassified_Clostridiales (0/7522/0)
unclassified_Lactobacillales (0/156/0) order Halanaerobiales (0/379/0)
unclassified_Bacilli (0/17/0) family Halanaerobiaceae (0/314/0)
family Halobacteroidaceae (0/63/0)
unclassified_Halanaerobiales (0/2/0)
order Thermoanaerobacterales (0/872/0)
family Thermoanaerobacteraceae (0/613/0)
family Thermodesulfobiaceae (0/259/0)
unclassified_Thermoanaerobacterales (0/0/0)
order Natranaerobiales (0/86/0)
family Natranaerobiaceae (0/86/0)
unclassified_Natranaerobiales (0/0/0)
Bacterias fijadoras de Nitrógeno: Filo
Firmicutes
-Gram+, bajo contenido GC

-formadoras de esporas
-principalmente en el suelo
-metabolismo aerobio (Bacillus)
-metabolismo fermentador (no sistema transporte e-)
(Clostridium)
Clostridium
-gran diversidad de fermentaciones (ej ácido butírico, acetona,
butanol)
Clostridium
-habitantes de suelos anóxicos

-C. pasteurianum probablemente
responsable de la mayor parte
de N fijado en suelos anóxicos
-fermentación de celulosa, en
anaerobiosis ppales org.
degradadores
Bacterias fijadoras de Nitrógeno: Filo Actinobacteria
Actinobacteria
(Frankia, Mycobacterium)

phylum "Actinobacteria" (0/176308/0) (selected/total/search matches)
class Actinobacteria (0/176308/0)
subclass Acidimicrobidae (0/3239/0) subclass Rubrobacteridae (0/1986/0)
order Acidimicrobiales (0/3239/0) order Rubrobacterales (0/328/0)
suborder "Acidimicrobineae" (0/3239/0) suborder "Rubrobacterineae" (0/328/0)
unclassified_Acidimicrobiales (0/0/0) unclassified_Rubrobacterales (0/0/0)
unclassified_Acidimicrobidae (0/0/0) order Solirubrobacterales (0/946/0)
subclass Actinobacteridae (0/167455/0) family Conexibacteraceae (0/317/0)
order Actinomycetales (0/166237/0) family Patulibacteraceae (0/29/0)
suborder Actinomycineae (0/4942/0) family Solirubrobacteraceae (0/200/0)
suborder Actinopolysporineae (0/31/0) unclassified_Solirubrobacterales (0/400/0)
suborder Catenulisporineae (0/67/0) order Thermoleophilales (0/14/0)
suborder Corynebacterineae (0/64489/0) family Thermoleophilaceae (0/14/0)
suborder Frankineae (0/765/0) unclassified_Thermoleophilales (0/0/0)
suborder Glycomycineae (0/91/0) unclassified_Rubrobacteridae (0/698/0)
suborder Jiangellineae (0/45/0) unclassified_Actinobacteria (0/1102/0)
suborder Kineosporiineae (0/193/0) unclassified_"Actinobacteria" (0/0/0)
suborder Micrococcineae (0/23717/0)
suborder Micromonosporineae (0/2118/0)
suborder Propionibacterineae (0/52710/0)
suborder Pseudonocardineae (0/1657/0)
suborder Streptomycineae (0/10027/0)
suborder Streptosporangineae (0/1536/0)
unclassified_Actinomycetales (0/3849/0)
order Bifidobacteriales (0/1218/0)
family Bifidobacteriaceae (0/1218/0)
unclassified_Bifidobacteriales (0/0/0)
-Gram +, alto contenido GC
unclassified_Actinobacteridae (0/0/0)
-habitantes típicos del suelo y

subclass Coriobacteridae (0/2354/0)
order Coriobacteriales (0/2354/0)
suborder "Coriobacterineae" (0/2354/0)
unclassified_Coriobacteriales (0/0/0)
unclassified_Coriobacteridae (0/0/0)
subclass Nitriliruptoridae (0/172/0)
material vegetal
order Euzebyales (0/97/0)
family Euzebyaceae (0/97/0)
unclassified_Euzebyales (0/0/0)
order Nitriliruptorales (0/75/0)
family Nitriliruptoraceae (0/75/0)
unclassified_Nitriliruptorales (0/0/0)
unclassified_Nitriliruptoridae (0/0/0)
Frankia
-bacterias filamentosas
-viven en simbiosis con plantas actinorrícicas
-forman nódulos radiculares en forma de coral
casuarina
Bacterias fijadoras de Nitrógeno: Filo Proteobacteria
α,γ y δ Proteobacteria
(Rhizobium, Rhodobacter, Klebsiella,
Citrobacter, Desulfovibrio)

Vida libre Simbiontes

Azotobacter Rhizobium
Azomonas
(Azospirillum)
Beijerinckia
Asociación Rhizobium-leguminosas
-Rhizobium son organismos de vida libre que habitan en la

rizósfera
-aeróbicos
-contienen un plásmido que codifica información para la
infección y la nodulación de la planta hospedadora
correspondiente
Cepa de la bacteria
Planta hospedadora
Rhizobium
Asociación Rhizobium- Rhizobium
leguminosas Guisante leguminosarum biovar
viciae
Altamente específica Rhizobium

Judía Leguminosarum biovar
phaseoli
Judía Rhizobium tropici
Loto Mesorhizobium loti
Rhizobium
Trébol lehuminosarum biovar
trifoli
Alfalfa Sinorhizobium melitoti
Bradyrhizobium
Soja
japonicum
Soja Bradyrhizobium elkanii
Soja Rhizobium fredii
Sesbania rostrata Azorhizobium
(leguminosa tropical) caulinodans
Bacterias nitrificantes

Bacterias nitrificantes: Filo Proteobacteria, Filo Nitrospira
phylum "Proteobacteria" (0/322871/0) (selected/total/search matches) class Gammaproteobacteria (0/145725/0)

class Alphaproteobacteria (0/65801/0) order Acidithiobacillales (0/618/0)
order Caulobacterales (0/4163/0) order Aeromonadales (0/4541/0)
order Kiloniellales (0/19/0) order Alteromonadales (0/9354/0)
order Kordiimonadales (0/84/0) order Cardiobacteriales (0/573/0)
order "Parvularculales" (0/116/0) order Chromatiales (0/3018/0)
order Rhizobiales (0/22458/0) order "Enterobacteriales" (0/31695/0)
order Rhodobacterales (0/12592/0) order Legionellales (0/1080/0)
order Rhodospirillales (0/6085/0) order Methylococcales (0/718/0)
order Rickettsiales (0/1763/0) order Oceanospirillales (0/5428/0)
order Sneathiellales (0/38/0) order Pasteurellales (0/11234/0)
order Sphingomonadales (0/9029/0) order Pseudomonadales (0/46851/0)
order Alphaproteobacteria_incertae_sedis (0/189/0) order "Salinisphaerales" (0/28/0)
unclassified_Alphaproteobacteria (0/9265/0) order Thiotrichales (0/1557/0)
class Betaproteobacteria (0/76088/0) order "Vibrionales" (0/5653/0)
order Burkholderiales (0/53289/0) order Xanthomonadales (0/9043/0)
order Hydrogenophilales (0/598/0) order Gammaproteobacteria_incertae_sedis (0/2276/0)
order Methylophilales (0/1371/0) unclassified_Gammaproteobacteria (0/12058/0)
order Neisseriales (0/13230/0) class "Zetaproteobacteria" (0/126/0)
order Nitrosomonadales (0/704/0) order "Mariprofundales" (0/126/0)
order "Procabacteriales" (0/0/0) unclassified_"Zetaproteobacteria" (0/0/0)
order Rhodocyclales (0/4212/0) unclassified_"Proteobacteria" (0/2288/0)
unclassified_Betaproteobacteria (0/2684/0)
class Deltaproteobacteria (0/26335/0)
order Bdellovibrionales (0/1513/0)
order Desulfarculales (0/21/0) phylum "Nitrospira" (0/1192/0) (selected/total/search matches)
order Desulfobacterales (0/9481/0) class "Nitrospira" (0/1192/0)
order Desulfovibrionales (0/3531/0) order "Nitrospirales" (0/1192/0)
order Desulfurellales (0/47/0) family "Nitrospiraceae" (0/1192/0)
order Desulfuromonadales (0/1330/0) genus Leptospirillum (0/408/0)
order Myxococcales (0/2644/0) genus Nitrospira (0/718/0)
order Syntrophobacterales (0/1681/0) genus Thermodesulfovibrio (0/49/0)
family Syntrophorhabdaceae (0/151/0) unclassified_"Nitrospiraceae" (0/17/0)
unclassified_Deltaproteobacteria (0/5936/0) unclassified_"Nitrospirales" (0/0/0)
class Epsilonproteobacteria (0/6508/0) unclassified_"Nitrospira" (0/0/0)
order Campylobacterales (0/6247/0) unclassified_"Nitrospira" (0/0/0)
-Son quimiolitótrofos: usan nitrógeno inorgánico como

fuente de energía y CO2 como fuente de C
-la oxidación se da en 2 pasos (1) amonio a nitrito (2) nitrito

a nitrato
-lo hacen grupos distintos (1) Nitroso….(2) Nitro…
Nitrificantes
-aerobios
-ampliamente distribuidos en suelo y agua
-muy abundantes en sitios con NH3 (ej descomposición de
proteínas, tratamiento efluentes
-la mayoría quimilitótrofas estrictas, excepción: Nitrobacter
-Nitrospira los más importantes en sistemas acuáticos y de
plantas de tratamiento de efluentes
Próxima clase
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•  Repasar las clases de 1 a 8
•  Traer lista con dudas

Clase 10

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Diversidad de procariotas

Taxonomía. Filogenia. Ejemplos de

Modif. de Ramón Rosselló-Mora

El humano necesita reconocer cosas Nombrar No sirven números

La diversidad biológica es grande Patrones recurrentes unidades

Criterios para clasificar/

Modif. de Ramón Rosselló-Mora

Canis lupus Especie

Qué es una especie?

1. Agamospecies 12. Hennigian

pertenecientes a otras especies l prokaryotes

el aislamiento reproductivo respecto de otras poblaciones es crucial

Modif. de Ramón Rosselló-Mora

t Evolutionary, cohesive !" universal

Modif. de Ramón Rosselló-Mora

Concepto de especie evolutiva: Linaje poblacional de antecesores –

Concepto filogenético de especie: Grupo irreductible de organismos,

Concepto fenético de especie: una especie es un grupo de organismos

Para clasificar especies es

Es un trabajo lento y poco

Sólo unas 8.000 especies

Identification & characterization

Modif. de Ramón Rosselló-Mora

Modif. de Ramón Rosselló-Mora

el RNAr 16S se ha convertido en la molécula de referencia para

Modif. de Ramón Rosselló-Mora

one species with genomic and

one species with 7 genomovars

Modif. de Ramón Rosselló-Mora

Increase of validated species and SSU rRNA databases

datos a Marzo 2009

Modif. de Ramón Rosselló-Mora

! 95% de las secuencias son ambientales

Pruesse et al., 2007, Nucl Acid Res. 35:7188-­‐7196

1. Extracción del ADN de toda la muestra

2. Amplificación del gen para ARN 16S

5. Análisis de secuencias

1. Extracción del ADN de toda la comunidad

2. Amplificación por PCR del gen para ARNr 16S

Vector linearizado portando

Clones conteniendo genes de la muestra

Plaqueo en medio sólido conteniendo el antibiótico

Células sin plásmido: Mueren por el antibiótico

Celúlas con plásmido Mueren o son claramente

0 500 1000 1500 bp

GM1 (518) Secuenciado parcial

GM3 (8) Secuenciado de aislados

" Correcto alineado de las bases homólogas

(Rappé & Giovannoni, 2003)

S000000258 Escherichia/Shigella dysenteriae (T); X96966

-presentes en todos los sistemas

-simbiontes, sobre todo de líquenes

-peptidoglicano y estructura de pared:

-vacuolas de gas (flotabilidad)

-Fotosintéticas, fijan C, muchas veces también N

(Rappé & Giovannoni, 2003)

(Rappé & Giovannoni, 2003) azufre)

(Rappé & Giovannoni, 2003)

-típicamente en ambientes acuáticos

(Rappé & Giovannoni, 2003)

(Rappé & Giovannoni, 2003)

-Gram+, bajo contenido GC

-habitantes de suelos anóxicos

Pruesse et al., 2007, Nucl Acid Res. 35:7188-‐7196

1.  Extracción del ADN de toda la muestra

2.  Amplificación del gen para ARN 16S

5.  Análisis de secuencias