DNA Genomas PDF

DNA, genes y cromosomas
➢ Estructura del DNA
 Nucleótidos: estructura, nomeclatura y
propiedades
 Estructuras secundarias
 Estructura supersecundarias
➢ Dinámica del DNA

 Estabilidad y desnaturalización del DNA
 Parámetros topológicos y estabilidad
 Topoisomerasas
➢ Estructura de cromatina y cromosomas
 Cromatina: organización nucleosómica
 Estructura de cromosomas: centrómeros y
telómeros
➢ Organización genómica
 Genomas: DNA codificante y no codificante
 Estructura molecular del gen
Para © Enrique Castro

Los trabajos de terceros
2010 Enrique Castro retienen su licencia original 1
Estructura de nucleósidos y nucleótidos
Estructura de nucleósidos y nucleótidos
Base
nitrogenada
enlace
β-glucósido
Azúcar
fosfato
ribosa RNA
nucleósido
nucleótido desoxi-ri DNA
bosa
2010 Enrique Castro 2

Nomenclatura de nucleósidos y nucleótidos
Nomenclatura de nucleósidos y nucleótidos
Base Nucleósido* Nucleótido* Ácido nucleico

Purinas
Adenina Adenosina Adenilato RNA

desoxiadenosina desoxiadenilato DNA
Guanina Guanosina Guanilato RNA
desoxiguanosina desoxiguanilato DNA
Hipoxantina inosina Inosinato RNA
desoxiguanosina desoxi-inosinato DNA
Pirimidinas
Citosina Citidina Citidilato RNA

desoxicitidina desoxicitidilato DNA
Timina Timidina Timidilato RNA
desoxitimidina desoxitimidilato DNA
Uracilo uridina uridilato RNA
*Nucleósido y nucleótido son nombres genéricos que incluyen tanto

las formas ribo- como las desoxirribo-
Funciones de nucleótidos
Funciones de nucleótidos
Constituyente de los ácidos nucleicos.
Acoplador en intercambios energéticos

ATP
Actúan como señales químicas.
cAMP
NAD+
Componente estructural de cofactores/coenzimas

Estructuras de nucleobases mayoritarias
Estructuras de nucleobases mayoritarias
Cafeína (1,3,7-trimetil-xantina)
Estructuras de nucleobases minoritarias
Estructuras de nucleobases minoritarias
Más frecuentes en DNA Más frecuentes en RNA
Uracilo en DNA (desaminación de C) ribo-Timidina en RNA
Cafeína (1,3,7-trimetil-xantina)
Propiedades ácidobase de los ácidos nucleicos
Propiedades ácidobase de los ácidos nucleicos
➢ El grupo fosfato es fuertemente ácido
• Fosfatos totalmente ionizados a pH fisiológico
(pKa=1.0)
Protonación en N cíclico sp2 • Carga neta negativa
NH2 NH2 • Repulsión entre cadenas dependiendo de I
Adenina
N N1
N N
pKa=3.8
+
NH
N N N N
R R
O O O
N7 HN+ N
Desprotonación formas enol
NH pKa=2.4 NH pKa=9.4 N
N
N N NH2 N N NH 2 N N NH2
R guanina R R
O O
H3 C H3C
Ionización afecta NH pKa=9.5 N N3
a la estabilidad de timina
la doble hélice N O N O
R R
NH2 NH2
citosina
+ pKa=4.5 N N3
NH
➢ Las bases pueden ionizarse
N O N O • Carga neta depende del pH
R R • Carga aumenta solubilidad
• Capacidad de formar pdh depende del pH
Formas tautómeras de las nucleobases
Formas tautómeras de las nucleobases
Formas mayoritarias Formas minoritarias
(99:1)
citosina
guanina
Sólo éstas forman Nuevas ionizaciones
pares Watson-Crick alternativas
Apareamientos
NO Watson-Crick:
mutaciones
adenina
timina
2010 Enrique Castro Devlin 7e Fig. 2.12 8
Espectros de absorción de luz por nucleótidos
Espectros de absorción de luz por nucleótidos
➢ Absorción característica en UV
• Máximo a 260 nm (diferencial de proteínas 280 nm)
• Identificación y cuantificación
Conformaciones de ribosa en nucleótidos
Conformaciones de ribosa en nucleótidos
➢ Rotación del anillo furanosa ➢ Rotación del enlace glucosídico
• C de ribosa tetraédricos • Impedimentos estéricos en syn
• Separación fosfatos C3'-C5' (prefieren anti)
• Proyección de -OH en C2' • GMP prefiere syn (P5'-NH2)
Distancia
entre fosfatos
Proyección del -OH Impedimento estérico

base-ribosa

Química de la polimerización de DNA
Química de la polimerización de DNA
Enlace Extremo 5’
fosfodiéster
3'-5'
3’ 3’ 3’
3’
P P P OH
P
5’ 5’ 5’
PP 5’ 5’
polimerización Enlace
3’ fosfodiéster 3'-5'
P
P P
5’
hidrólisis
3’ 3’ 3’ 3’
P P P P NTP + H2O NMP+ PPi
5’ 5’ 5’ 5’ ΔG0= -31 kJ/mol
3’
H2O DNAn + NMP DNAn+1 + H20
ΔG0= +25 kJ/mol
DNAn + NTP DNAn+1 + PPi

ΔG0= -6 kJ/mol
PPi + H2O 2 Pi Extremo 3’

ΔG = -31 kJ/mol
0
Estabilidad del esqueleto fosfodiéster
Estabilidad del esqueleto fosfodiéster
➢ Hidrólisis espontánea
• Muy lenta en DNA (t½ 200 Ma)
• Rápida en RNA (-OH nucleófilo)
2'NMP
+
3'NMP
-OH en 2' actúa como
nucleófico en reacción
de desplazamiento
intramolecular
Lehninger 5e Fig. 8.8
➢ Hidrólisis enzimática: nucleasas

• Exonucleasas 3' o 5'
• Endonucleasas A T G G
Corte en 5' 3' NMP
• Endonucleasas de restricción 3’ 3’ 3’ 3’
P P P P OH
5’ 5’ 5’ 5’
Corte en 3' 5' NMP
Convenios de escritura de secuencias (nucleótidos)
Convenios de escritura de secuencias (nucleótidos)
a) A T G C T G
Siempre 5'→3'
3’ 3’ 3’ 3’ 3’ 3’
P P P P P P OH
• Replicación
5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ • Transcripción
5’ 3’ • Traducción
b) A T G C T G
3’ 3’ 3’ 3’ 3’ 3’
OH
5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’
c) pApTpGpCpTpG
( ApTpGpCpTpGp )
d) ATGCTG Forma más común

siempre 5'3'
5’ 3’
Plegamiento en doble hélice de oligonucleótidos
Plegamiento en doble hélice de oligonucleótidos
➢ Estructura
• Helicoidal
• Micelar: fosfato-ribosa exteriores,
5' 3' 5' 3'
bases interiores
• Hebras no opuestas: surcos
Surco
mayor
➢ Topología
• Hélice doble Dextrógira
• Dextrógira
• Antiparalelas Surco
• Complementarias menor
antiparalela
Fosfatos
Reglas de Chargaff cargados
Autoreplicativa exteriores
%A = %T , %G = %C
% Purinas = % Pirimidinas 3' 5' 3' 5'
Bases
hidrófobas
interiores
Complementariedad entre bases
Complementariedad entre bases
● Puentes de hidrógeno de Watson-Crick: ● Reglas de Chargaff:
[purinas] = [pirimidinas]
[A] = [T]
[G] = [C]
Puentes de
hidrógeno
● Autoreplicativa: 5’ ATGCATGCATGC 3’
TACGTACGTA
5’ATGCATGCATGC 3’
TACGTACGTACG
3’ 5’
ATGCATGCAT
TACGTACGTACG
2010 Enrique Castro 3’ 5’ 15
Grupos superficiales y surcos en el DNA dúplex
Grupos superficiales y surcos en el DNA dúplex
Fosfatos:
surco interacciones
menor electrostáticas surco
inespecíficas mayor
Surco mayor:
lectura de secuencia
(pdh específicos)

Estructuras secundarias de polinucleótidos
Estructuras secundarias de polinucleótidos
Estructura secundaria:
Configuración local, repetitiva, del esqueleto
de una macromolécula
Las estructuras secundarias

están matenidas por
interacciones débiles locales
➢ Estructuras interconvertibles
• Monocatenarios: hélice - ovillo
• Bicatenarios: A – B - Z Esqueleto DNA
• Tricatenarios: H es flexible
DNA: conformaciones en hélice
DNA: conformaciones en hélice
B-DNA A-DNA Z-DNA H-DNA

Cadenas 2 2 2 3
Sentido dextrógira dextrógira levógira dextrógira
Diámetro 2.37 nm 2.55 nm 1.84 nm 2.5 nm
Elevación 0.34 nm 0.25 nm 0.37 nm ---
Rotación 36 o
33 o
-30 o
---
inclinación 1o 19o 9o ---
Paso 3.4 nm 2.8 nm 4.56 nm ---
Residuos 10 11 12 ---
Ribosa C2’ endo C3’ endo CT C2’, AG C3' ---
Base anti anti CT anti, AG sin ---
S. Mayor Ancho y Estrecho y Plano ---
profundo profundo
S. Menor Estrecho y Plano Estrecho y ---
profundo profundo
Condiciones DNA normal DNA deshid. Alternando 2 Hebras Pir y
DNA/RNA Pur Pir (GCGC) 1 Pur
RNA/RNA

HDNA: triples hélices dextrógiras
HDNA: triples hélices dextrógiras
● Hélice triple dextrógira
● Apareamientos de Hoogsteen
● Hebras asimétricas: sólo Pur / sólo Pir
DNA
dúplex
DNA dúplex
Funciones:?
● Relajamiento superhelicoidal
● Recombinación
H-DNA
triple
Hebra suelta
↓Lk
HDNA: apareamientos de Hoogsteen
HDNA: apareamientos de Hoogsteen
Hebra Hebra
Pir' Pir
Apareamiento
Hoogsteen Apareamiento
Hebra Watson-Crick
Pur
Unión de 3ª hebra (Pir')

a grupos expuestos en
surco mayor del dúplex Hebra
Hebra Pir
Pir'
Apareamiento
Hoogsteen
Hebra Apareamiento
Pur Watson-Crick
Formación de HDNA
Formación de HDNA
No sige
Hebra Pir'
Vuelve sobre dúpex
Encajando en surco mayor
Variaciones locales y supersecundarias
Variaciones locales y supersecundarias
en la doble hélice
en la doble hélice
● Variaciones locales ● Estructuras en horquilla palíndromo
(secuencia repetida invertida)
diámetro secuencias autocomplementarias
torsión GC rep. palindrómicas
surcos rep. Directas (en tándem)
rep. en espejo
AT
Dependientes de
secuencia local Estructura
GC cruciforme
Variación en forma molecular:
AT •Interacción específica con proteína
•Bloqueo de función
● DNA curvado
secuencias poli-A4-6 repetidas

DNA curvado: TATAbinding protein
DNA curvado: TATAbinding protein
TBP reconoce secuencia poli-A en promotor

Se une al DNA en conformación
agudamentemente curvada
propiedades
 Topoisomerasas
telómeros

Estabilidad de la doble hélice
Estabilidad de la doble hélice
Transición
hélice-ovillo
reversible
ΔG = ΔH - TΔS
Fuerza iónica, I
➢ Término entálpico, ΔH
• Repulsión electrostática de Pi pH
• Puentes de hidrógeno intercatenarios urea ➢ Factores que afectan
• Interacción π-π por apilamiento de bases
formamida a la estabilidad
• Temperatura
• Fuerza iónica
ΔHapilamiento ≈ 16-65 kJ/mol Especificidad: pdh • pH
ΔHpdh ≈ (2,3) · 8-12 kJ/mol • Formadores de pdh
Estabilidad: apilamiento • Detergentes
• Solventes orgánicos
➢ Término entrópico, ΔS
Calor, T
• Restricción en rotación de enlaces
• Liberación de agua por apilamiento detergentes
(Efecto hidrofóbico) solventes org.
Desnaturalización del DNA: efecto hipercrómico
Desnaturalización del DNA: efecto hipercrómico
Desapilamiento de bases
1.5 1.5
1.0
Desnaturalizado
Absorbancia
1.0 (caliente)
0.5
A260
Efecto hipercrómico:
Aumento A260 al calentar
nativo
0.5 (frio)
200 250 300

Longitud de onda, nm
El apilamiento interfiere
con absorción UV: A260

Desnaturalización térmica del DNA
Desnaturalización térmica del DNA
El DNA se funde al calentar
Rehibrida la enfriar
Transición
Tm: temperatura
fuertemente
de fusión Tm aumenta
cooperativa
H con %(G+C)
T m=
S
2010 Enrique Castro Tm= T0 + k·log(I) + α·(%GC) + β·(%F) 27
El DNA se desnaturaliza en medio fuertemente básico (o ácido)
El DNA se desnaturaliza en medio fuertemente básico (o ácido)
La ionización de las bases afecta a los

puentes de hidrógeno de Watson-Crick

Hibridación
Hibridación
Identificación mediante
sonda de hibridación
Calentado:
todo en hebra simple
Extensión del
apareamiento
Sonda:
Segmento corto marcado
Enfriado:
híbrido nativo-sonda
Asociación por secuencia
complementaria local Filtrado:
Eliminar sondas
no unidas (cortas)
2010 Enrique Castro Devlin 4e Fig. 2.19, 2.22 29
Superenrollamiento del DNA
Superenrollamiento del DNA
● Propiedad topológica
● Sin rotura de enlaces covalentes
● Invariable a deformaciones
● Extremos fijos
● DNA circular
● Puntos de anclaje inmóviles
plectonémico En solución
interconvertibles
Topoisómeros de DNA circular
solenoidal
En la célula
(más compacto)
Densidad superenrollamiento, σ →
Topología del superenrollamiento
Topología del superenrollamiento
L: nº de cruces
del plano
W: superenrollamiento
T: giro de hélice
Lk: Parámetro topológico T, W: Parámetros geométricos

Nº entero
Constante (extremos fijos)
Lk = Tw + Wr variables (interconvertibles)
no enteros
Link Twist Writhe

enlace giro torsión (Stryer)
ligamiento torsión retorcimiento (Lehninger)
ligazón torsión retorcimiento (Mathews)
enlace torsion retorcimiento (Devlin)
ligazón giro Super Diapositivas
2010 Enrique Castro enrollamiento 31
Interconversión tensióngirosuperhélice
Interconversión tensióngirosuperhélice
DNA relajado
L0 = 8 T=8
W=0
ΔLk=-1 -1 vuelta
Tensión ΔG >0
DNA tenso
L≠T+W
Lk = 7
ΔTw ΔWr
Fusión local Superenrollamiento
T=7
W=0 T=8
W = -1
ΔLk = ΔTw + ΔWr

2010 Enrique Castro
30% 70% 32
Relajación de tensiones superhelicoidales
Relajación de tensiones superhelicoidales
 Lk  G SC =k⋅
2 Superenrollamiento
= requiere energía
L0
● Cambios conformacionales:
Cambio topológico Características de la
secuencia
Fusión local (ΔT= -1/10 pb) Ricas en AT
Paso a Z-DNA (ΔT= -2/10 pb) Alternando Pur-Pir
Paso a H-DNA ΔL Hebras Pur/Pir
Estructuras ΔL palíndromos
cruciformes DNA celular σ ≈ -0,06
● Mecanismos enzimáticos: Topoisomerasas

reclutamiento
activación
Topoisomerasas: catálisis de cambios en L
Topoisomerasas: catálisis de cambios en Lkk
• Tipo I: Corte monohebra ΔL = ±1 Eucariotas: antitumorales

(camptotecina)
procariotas: antibióticos
(ác. Nalidíxico)
―P P―
| |
Intermediario covalente Tyr Tyr
ATPasas Intermediario
covalente
• Tipo II: Corte de doble hebra ΔL = -2

ATPasas
Topoisomerasas cromosómicas
Topoisomerasas replicativas
(novobiocina)

propiedades

 Topoisomerasas
telómeros
DNA empaquetado: cromatina
DNA empaquetado: cromatina
I normal
(0.15 M KCl)
I baja
Fibra de DNA
Fibras de Cuentas
cromatina en rosario
(30 nm) (10 nm)
Nucleosoma Núcleo de histonas

octámero
DNA de conexión
≈ 15-55 pb
sensible a nucleasa
5.5 nm
DNA ligado
Histona H1
≈ 146 pb
mantiene el DNA
compacto, estable
conector
2010 Enrique Castro 11 nm 36

Estructura del nucleosoma
Estructura del nucleosoma
Histonas: octámero
Básicas (20-30% R,K)
Tetrámero + Tetrámero
muy conservadas 2 H3 2 H2A
Pliege de histona (3 hélices) 2 H4 2 H2B
regulables
“pinzas” para
Acetilación K
atrapar DNA
Metilación K
Fosforilación S
Ubiquitinación K
DNA unido:
•Int. Electróstáticas, pdh
(surco menor, rico AT)
•superenrollamiento negativo
(ΔL=-1/nucleosoma)
Solenoide levógiro 1.7

vueltas
Ensamblaje del octámero de histonas
Ensamblaje del octámero de histonas
Pliegue de histona:
3 hélices conectadas
por 2 lazos
Colas N-terminales Dímero H2A-H2B

Un
encaje recíproco
Dímero H3-H4
encaje recíproco

Estructura de las fibras de cromatina 30 nm
Estructura de las fibras de cromatina 30 nm
Brazo de unión
15-55 pb Histona H1
H1 fija DNA
H1 enrollamiento solenoidal
30 nm
(6 n/vuelta)
Compactación DNA: x100
Fibra de
cromatina
de 30 nm
Estructura de cromosomas en interfase
Estructura de cromosomas en interfase
➢Cromosoma interfásico DNA:
• 1 molécula DNA una única molécula lineal
• Bucles cromatina 30 nm 1-3·108 pb
• Anclados a andamiaje por MAR ≈ 3-10 cm
• Transcripcionalmente activo
6,4·109 pb /
46 cromosomas
≈ 2.2 m
Bucles:
•Ricos H1, HMG, TopoII
•Descondensables
•Expresables
Topo II
H1 Andamiaje del cromosoma
Secuencias específicas
de unión(MARs, SARs)
Estructura de cromosomas mitóticos
Estructura de cromosomas mitóticos
➢Cromosoma mitótico
• 1 molécula DNA
• Altamente condensado
• Condensinas
• Transcripcionalmente inactivo. No expresable
Condensinas
• Grandes complejos proteínas SMC
• ATPasas.
• Unen DNA por extremos globulares

• hidrolizan ATP
• forman bucles dextrógiros de DNA
Estructura de los elementos funcionales básicos
Estructura de los elementos funcionales básicos
del cromosoma
del cromosoma
telómero centromero telómero
Repeticiones de ARS
secuencias TEL
Repeticiones de
secuencias CEN
70-80pb
ACAAACT ACAAACT Inicio de replicación
Reiterado >10 kpb Múltiples (1/3-300 kpb)
Unión al uso mitótico Ricas en AT (fácil fusión)
segregación mitótica
Hebra rica en TG
5' AGGGTT AGGGTT AGGGTT AGGGTT AGGGTT AGGGTT AGGGTT 3'
3' TCCCAA TCCCAA TCCCAA TCCCAA 5' Extensión 3'
Hebra rica en AC ≈1 kpb
Repeticiones teloméricas Prevenir degradación

1-50 kpb anclaje de reparadores
Telómeros de mamíferos
Telómeros de mamíferos
5'AGGGTT AGGGTT AGGGTT AGGGTT AGGGTT AGGGTT AGGGTT 3'

3'TCCCAA TCCCAA TCCCAA TCCCAA 5'
dímero TRF1 liga a cada

repetición telomérica Alineamiento
5'TTAGGG de DNA dúplex
3'AATCCC
Dímeros TRF1
se unen entre si: plegado
Invasión por extensión 3' Protección de la
(D-loop) degradación
anclaje de
reparadores
TRF2 estimula
invasión de hebra 3'
PARP
2010 Enrique Castro
Bucle T 43
Visualización molecular de buclesT
Visualización molecular de buclesT
Voet 4ª Ed. 2011

propiedades

 Topoisomerasas
telómeros
Organización génica en procariotas y eucariotas
Organización génica en procariotas y eucariotas
Procariotas Eucariotas
Cromosomas 1 (+ plásmidos) muchos
Topología circular lineal
mRNAs Policistrónico Monocistrónico
sin procesamiento gran procesamiento
Intrones No Si
DNA no-codificante No Si
Empaquetamiento ligero Muy compacto
(histonas)
Cromosoma circular
origen
Cromosoma lineal
telómero centromero telómero
Repeticiones de Otras
secuencias TEL Repeticiones de repeticiones
2010 Enrique Castro secuencias CEN 46
DNA genómico y tamaño del genoma
DNA genómico y tamaño del genoma
Genoma:
• Conjunto de genes
del organismo virus E. coli
Eucariotas
C. elegans
19.000 levadura
H. sapiens bacterias haba
21.500 hongos
plantas
Valor C: Drosophila
• DNA total por célula insectos
haploide moluscos tiburón
Peces cartilaginosos
Paradoja de C: Peces óseos Xenopus

• Ausencia de correlación anfibios
C <―> complejidad
reptiles
• DNA no codificante Procariotas Hombre
aves 3.2·109 pb
mamíferos
103 104 105 106 107 108 109 1010 1011 1012
DNA genómico (pb por genoma haploide)
Tipos de DNA eucariótico: por función
Tipos de DNA eucariótico: por función
DNA repetitivo Moderadamente reiterado
transcrito
Gag, pol env
Altamente
reiterado
Rep. CEN
DNA copia única Rep TEL
Rol
estructural ?
Expresión de genes
Regulación génica
Genes RNA
Tipos de DNA eucariótico: por repetición
Tipos de DNA eucariótico: por repetición
➢DNA de copia única longitud copias % genoma humano
• Genes únicos de proteínas variable 1 ~1.5%
• Pseudogenes (1:4) variable 1 ~0.4%
• Intrones y señales de control variable 1 ~28%
• Espaciadores (“junk”) ~25%
➢DNA moderadamente reiterado

• Genes en tándem proteínas variable 3-30 ~0.5%
• Genes en tándem RNA variable 10-100 ~0.5-1%
• Repeticiones intercaladas Virus
•Transposones de DNA 2-3 kb 3·10 5
~3% integrados
•Retrotransposones con LTR 6-11 kb 4·10 5
~8%
DNA
móvil •Retrotransposones sin LTR 6 kb, 0.6·106 copias
•LINES 6-8 kb 8.6·10 5
~21% L1
•SINES 100-300pb 1.6·106 ~13% Alu
300 pb, 106 copias
Rep. CEN
Rep TEL
➢DNA altamente reiterado
• DNA secuencia simple, SSR 1-500 pb 105-106 ~1-15% DNA satélite
Rol 5 -10 - 20 pb
estructural ? • Repeticiones invertidas SD 0.2-1 kb 2·10 6
~5-%
>100 en tándem
2010 Enrique Castro y reiterado 49
Estructura molecular del gen
Estructura molecular del gen
Gen: secuencia completa de DNA necesaria para
dirigir la síntesis de un producto funcional
Secuencia que es transcrita en un producto funcional
● DNA codificante: ● DNA no codificante:

exones (minoritario) señales de control
junk (morralla)
● Señales de control: Intrones
puntuación: inicio y fin de transcripción/traducción Pseudogenes, transposones, retrovirus
regulación de la expresión DNA intergénico no funcional
Extremos 5', 3' cromosómicos
Secuencias de anclaje (estructura, topología)
Señales en intrones
Señales de Señales de
Región codificante
control 5' control 3'
5' 3'
adenilación
potenciadores
promotor exones intrones No funcional
Genes eucarióticos
Genes eucarióticos
Organización del DNA codificante
Organización del DNA codificante
● Genes simples: Lisozima de pollo Lisozima
no mRNA 15 kB no mRNA
Secuencias Alu
60 kB
● Grupos génicos (clusters): β-globina codificante
ψβ2 ε Gγ Aγ ψβ1 δ β
Secuencias Alu
pseudogenes
(no funcional)
● Repeticiones en tándem: histonas y RNAs en ambos sentidos

H2A H2A H2A (hebras)
H1 H3 H4 H2B H1 H3 H4 H2B H1 H3 H4 H2B
Histonas, n = 3-30
6 kB
13 kB
rRNA, n>100
tRNA, n=10-100
RNA 6S RNA 18S RNA 28S
Clusters de las globinas: LINES y SINES
Clusters de las globinas: LINES y SINES
Secuencias Alu
en ambas direcciones
Voet 4ª Ed. 2011
Elementos L1
en ambas direcciones

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DNA, genes y cromosomas

➢ Dinámica del DNA

Para © Enrique Castro

2010 Enrique Castro 2

Base Nucleósido* Nucleótido* Ácido nucleico

Adenina Adenosina Adenilato RNA

Citosina Citidina Citidilato RNA

*Nucleósido y nucleótido son nombres genéricos que incluyen tanto

2010 Enrique Castro 3

Constituyente de los ácidos nucleicos.

Acoplador en intercambios energéticos

Actúan como señales químicas.

2010 Enrique Castro 4

2010 Enrique Castro 5

Uracilo en DNA (desaminación de C) ribo-Timidina en RNA

2010 Enrique Castro 9

Proyección del -OH Impedimento estérico

2010 Enrique Castro 10

DNAn + NTP DNAn+1 + PPi

PPi + H2O 2 Pi Extremo 3’

Lehninger 5e Fig. 8.8

➢ Hidrólisis enzimática: nucleasas

d) ATGCTG Forma más común

2010 Enrique Castro 16

Las estructuras secundarias

2010 Enrique Castro 17

B-DNA A-DNA Z-DNA H-DNA

2010 Enrique Castro 18

2010 Enrique Castro 19

Unión de 3ª hebra (Pir')

2010 Enrique Castro 21

2010 Enrique Castro 22

TBP reconoce secuencia poli-A en promotor

2010 Enrique Castro 23

2010 Enrique Castro 24

200 250 300

2010 Enrique Castro 26

2010 Enrique Castro Tm= T0 + k·log(I) + α·(%GC) + β·(%F) 27

La ionización de las bases afecta a los

2010 Enrique Castro 28

2010 Enrique Castro Devlin 4e Fig. 2.19, 2.22 29

Lk: Parámetro topológico T, W: Parámetros geométricos

Link Twist Writhe

ΔLk = ΔTw + ΔWr

Paso a Z-DNA (ΔT= -2/10 pb) Alternando Pur-Pir

Paso a H-DNA ΔL Hebras Pur/Pir

● Mecanismos enzimáticos: Topoisomerasas

• Tipo I: Corte monohebra ΔL = ±1 Eucariotas: antitumorales

• Tipo II: Corte de doble hebra ΔL = -2

2010 Enrique Castro 34

➢ Dinámica del DNA

2010 Enrique Castro 35

Nucleosoma Núcleo de histonas

2010 Enrique Castro 11 nm 36

Solenoide levógiro 1.7

Colas N-terminales Dímero H2A-H2B

2010 Enrique Castro 38

Compactación DNA: x100

2010 Enrique Castro 39

• Unen DNA por extremos globulares

2010 Enrique Castro 41

Repeticiones teloméricas Prevenir degradación

5'AGGGTT AGGGTT AGGGTT AGGGTT AGGGTT AGGGTT AGGGTT 3'