Aminoácidos, péptidos y proteínas.

1. Verdadero o Falso. Justifique.

(a) Ile, Ala y Thr contienen restos alifáticos no polares.

(b) Phe-Asp-Gly-Glu-Ala-Lys-Leu tiene carga negativa a pH=8,00
(c) La mioglobina posee mayor afinidad por el oxígeno que la hemoglobina.
(d) La afinidad de la hemoglobina por el oxígeno es mayor a mayor concentración de 2,3 BPG.
(e) Cuando el pH varía de 7,6 a 7,0 los protones compiten con el oxígeno por el grupo hemo.

2. Explique brevemente el contenido de “La Paradoja de Levinthal” y qué explicación desde el punto de vista
termodinámico se ha atribuido al plegamiento de las proteínas.
3. Las proteínas hélice 3,613 posee un giro dextrógiro. Explique el por qué el giro, los ángulos y relaciónelo con la
estructura secundaria.
4. Verdadero o Falso. Justifique.

(a) La queratina y la fibroína son proteínas fibrosas con estructura helicoidal.

(b) La tripsina cliva a Phe, Tyr y Trp.

5. Responder:

(a) Una cadena polipeptídica de glutamato a pH 7,00 no se pliega en hélice � pero a pH 3,00 sí, ¿por qué?
(b) ¿Qué quiere decir que la hélice � sea 3,613 ?

6. Explicar por qué una hélice � no se puede formar a pH 7,00 cuando se tienen:

(a) residuos sucesivos de Glu

(b) residuos sucesivos de Lys
(c) Pro

7. Indique cómo deben modificarse las condiciones de pH y 2,3-bifosfoglicerato para que la hemoglobina disminuya
su afinidad por el oxígeno.
8. Colágeno y fibrina: comente las diferencias de:

(a) Estructura secundaria.

(b) Solubilidad en agua.
(c) Aminoácidos presentes en la estructura primaria.

9. Dado el siguiente polipéptido:

Lys − M et − T yr − Ser − P he − Ala − Gly

(a) Escribir los fragmentos si se trata con quimiotripsina.

(b) Identificar los restos polares no cargados.
(c) Escribir los fragmentos si se trata con BrCN.
(d) Identificar los restos hidrofóbicos con cadenas alifáticas.

10. De acuerdo al siguiente péptido:

Ala − T yr − His − Arg − Lys − P he − M et − V al − Leu − Ile

Indique:

(a) ¿Cuántos fragmentos peptídicos habrá luego de ser tratado el péptido con la enzima tripsina?
(b) ¿Cuántos fragmentos peptídicos habrá luego de ser tratado el mismo péptido con la enzima quimiotripsina?
(c) ¿Cuántos fragmentos se obtienen al tratar el péptido con BrCN?

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 (d) ¿Qué aminoácidos tendrán carga positiva a pH=7,00?
(e) ¿Cuáles son los aminoácidos hidrofóbicos de cadena lateral alifática?

11. Verdadero o Falso. Justifique.

(a) La Lys y la Arg son aminoácidos cargados positivamente.

(b) Los grupos laterales de los aminoácidos en una hélice � están orientados hacia afuera.
(c) La Leu, Val y Ser son aminoácidos no polares.
(d) El pI del siguiente péptido es 7,50: Glu-His-Lys-Ala

12. Verdadero o Falso. Justifique.

(a) Ala, Leu y Ser tienen cadenas laterales no polares alifáticas.

(b) La tripsina corta en el C-terminal de Trp, Tyr y Phe.
(c) Los aminoácidos ácidos están cargados negativamente a pH=7,00
(d) Las proteínas humanas están compuestas por D y L aminoácidos.
(e) La queratina y la fibroína son proteínas fibrosas con estructura helicoidal.

13. Verdadero o Falso. Justifique.

(a) El grupo prostético de la hemoglobina es una estructura secundaria de la proteína.

(b) El cambio de pH de 7,4 a 7,2 aumenta la afinidad del O2 por la mioglobina.
(c) La unión del oxígeno de la hemoglobina disminuye en presencia de CO2 .
(d) 2,3 BPG se une al sitio de unión del O2 .
(e) En la anemia falciforme cambia la estructura primaria de la hemoglobina y la forma y número de eritrocitos.

14. Verdadero o Falso. Justifique.

(a) Los residuos de Lys participan en el entrecruzamiento de hebras en la proteína queratina.

(b) La hélice � es dextrógira y está formada por D-aminoácidos.
(c) El péptido Asp-Gly-Ala-Thr-Arg tiene pI 6,5.
(d) Una � hélice de 54Å está formada por 36 aminoácidos.
(e) Los aminoácidos Lys, Arg, Val, Tyr y Phe están en contacto con el entorno acuoso a pH=7,2.

15. Describa qué es un motivo o estructura suprasecundaria y dé tres ejemplos.

16. Analice la estructura de cada uno de los siguientes aminoácidos y prediga cuáles estarían hacia adentro y cuáles
hacia afuera en una proteína globular en una solución acuosa a pH 7,4.

Ser − P he − Asn − Glu − His − Leu − T hr − V al − Lys

17. Responder:

(a) Dado el siguiente péptido: Gly-His-Ile-Asp-Arg-Lys.

i. Determinar el pI.
ii. Indicar los aminoácidos que contengan cadenas polares con carga.
(b) Indicar tres características de la hélice �.
(c) Indicar las características de las hojas � paralela y antiparalela.

18. Marcar la respuesta correcta.

(a) El 2,3 BPG

i. Se une con menor afinidad a la hemoglobina fetal que a la hemoglobina del adulto.
ii. Aumenta la afinidad de la hemoglobina por el O2 .
iii. Se une al grupo hemo.
iv. Interactúa con la forma T y R de la hemoglobina.

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 (b) El grupo prostético
i. Se une irreversiblemente a una enzima.
ii. Es un sustrato de la enzima.
iii. Es necesario para la función de la enzima.
(c) En la anemia falciforme, hay un problema en
i. El sitio de unión del O2 .
ii. La estructura primaria de la proteína.
iii. El número de glóbulos rojos.
iv. La forma de los glóbulos rojos.
v. Todas son correctas.
(d) Los enlaces de coordinación del Fe2+ del grupo hemo, cuando hay O2 unido, une:
i. Un O2 y un aminoácido.
ii. Un O2 y una molécula
iii. Un O2 y un grupo hemo.
iv. Un aminoácido y un grupo hemo.

19. Verdadero o Falso.

Gly − Ser − Cys − Glu − Asp − Asn − Cys − Arg

(a) Tiene arginina en su extremo amino terminal.

(b) Es básico.
(c) Está formado enteramente por aminoácidos con cadena lateral cargadas o no polares.
(d) Tiene más aminoácidos con cadena lateral cargada que con cadena lateral eléctricamente neutra a pH=7,00

20. Explicar por qué adopta la estructura de hélice �, la lisina a pH 7 y no a pH 10. ¿Qué ocurre en el caso del ácido
glutámico?
21. Describa tres características de una hélice �.
22. ¿Cómo influye la concentración de 2,3 BPG en una persona que presenta anemia? Explique y dibuje un gráfico
de unión del oxígeno a la hemoglobina en una persona sana y una persona con anemia.
23. Dado el siguiente péptido:

Ser − Ala − His − T rp − M et − Gly − Lys − P he − T hr − Glu

Identifique:

(a) Fragmentos peptídicos obtenidos luego de digerir la proteína con tripsina.

(b) Residuos con carga positiva a pH 7,00
(c) Residuos con carga negativa a pH 7,00
(d) Residuos con grupos aromáticos.

24. Describa las principales etapas de la síntesis de péptidos en fase sólida.

25. Dado el siguiente péptido:

Ser − Ala − His − T rp − M et − Gly − Lys − P he − T hr − Glu

Indique:

(a) Carga neta del mismo a pH 5,00 y pH 11,00.

(b) Residuos polares no cargados.
(c) Fragmentos obtenidos con quimiotripsina.
(d) Si se repite tres veces la secuencia para formar una hélice �, calcule en Å la longitud de la hélice formada.

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26. Dado el siguiente péptido:

Glu − Gly − Ser − Leu − T rp − His − Gly − Arg − P ro

(a) Calcular el pI del péptido.

(b) Indicar los restos alifáticos hidrofóbicos.
(c) Indicar la carga neta del péptido a pH 3, pH 8 y pH 11.

27. Dado el siguiente péptido:

Glu − T rp − Ser − His − Ala − T hr − Gly − Arg − Ile − Gly

(a) Indicar la carga neta del péptido a pH 3, pH 8 y pH 11.

(b) Calcular el pI.
(c) Indicar los aminoácidos hidrofóbicos alifáticos.

28. Los individuos que padecen de anemia falciforme tienen aumentada la concentración de 2,3 BPG en sus eritrocitos.
Discuta si esta condición es perjudicial o beneficiosa para los enfermos.
29. Verdadero o Falso. Justifique.

(a) Ser, Leu y Glu son aminoácidos con grupos R no polares.

(b) La mioglobina tiene mayor afinidad por el O2 que la hemoglobina.
(c) La hemoglobina posee mayor afinidad por el O2 a pH 7,00 que a pH 7,60.

30. Indique cuál es la opción correcta y justifique.

(a) Hélice 3,6/4,4 en proteínas de mamíferos.

(b) Enlace peptídico en proteínas cis/trans.
(c) Residuos polares sin carga: Tyr/Pro/Val/Ser/Thr/Asn.
(d) Ramachandran: las regiones pintadas son prohibidas/permitidas.
(e) �-queratina está entrecruzada por Cys/Lys.

31. Describa la estructura química y las características del enlace peptídico.

32. ¿En qué consiste la desnaturalización de las proteínas?
33. Indique diferencias entre la hélice � y la hélice 310 .
34. Señale cuáles son los efectores alostéricos de la hemoglobina y su mecanismo.
35. ¿Cómo afecta el aumento de CO2 a las curvas de saturación de O2 de la mioglobina y la hemoglobina?
36. A partir del péptido

Asp − P ro − Gly − His − P he − M et − Asp

(a) Señalar qué fragmentos se obtienen a partir de la reacción del péptido con:
i. carboxipeptidasa.
ii. quimiotripsina.
iii. BDNF.
iv. BrCN.
(b) Determinar la carga del péptido a pH 5,00.

37. ¿Cómo se secuencia una proteína de aproximadamente 100 aminoácidos? ¿De qué muestra se parte? Describa
todos los pasos a seguir.
38. Hemoglobina: moduladores que aumentan la liberación de oxígeno en los tejidos. Grafique la curva.
39. Compare las curvas de unión de oxígeno a la hemoglobina para un individuo en reposo y uno haciendo ejercicio
intenso. Explique la ventaja fisiológica de las diferencias observadas.

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40. Dos hombres tienen una competencia en Ecuador a 3700 metros de altitud. Uno decide viajar 10 días antes de la
competencia a Ecuador y entrenarse allá, mientras que el otro decide irse 20 días a Mar del Plata a entrenarse y
el día anterior a la competencia viaja a Ecuador. ¿Cuál de los dos se encontrará más adaptado? Explicar según
transferencia de oxígeno.

41. ¿Cuáles son las interacciones que estabilizan la estructura terciaria de una proteína?
42. ¿Cómo se une el hierro al anillo protoporfirínico del grupo hemo? ¿Por qué?

43. ¿Cómo son las interacciones antígeno-anticuerpo?

44. ¿Qué aminoácidos absorben a 280 nm?

45. Indique las características de la Pro.

46. ¿Cómo puede desestabilizarse químicamente una proteína?

47. ¿Cuáles son los aminoácidos que predominan en una hoja �?

48. Defina dominio y motivo de una proteína.