Manual del programa DMDP.

Dinámica molecular de potenciales discontinuos.

May 21, 2014

2

Gustavo A. Chapela,
Departamento de Fı́sica,
Universidad Autónoma Metropolitana-Iztapalapa,
Av. San Rafael Atlixco 186, Col. Vicentina,
México 09340 D.F.,
México
gchapela@xanum.uam.mx
Contenido

I Descripción del programa DMPD 9

I.1 Ventanas de inicio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
I.1.1 Ventana de inicio principal ”DMPD” . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
I.1.1.1 La pestaña de ”Crear” . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
I.1.1.2 La pestaña de ”Correr” . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
I.1.1.3 La pestaña de ”Ver” . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
I.1.2 Gráficas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
I.2 El menú . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
I.2.1 Botones de acción rápida . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18

II Creación de nuevas moléculas, átomos y potenciales 19

II.1 Crear una especie molecular nueva . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21

III Crear una corrida nueva 25

IV Ejemplo de corrida en el cluster 35

IV.1 Instalación del programa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
IV.2 Correr el programa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
IV.3 Análisis de resultados . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

A Definiciones de algunos potenciales 37

B Descripción del método de DMPD 39

C Especies moleculares disponibles 41

III.1 Potenciales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42

3
4 CONTENIDO

III.2 Especies átomicas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43

III.3 Especies moleculares . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44

D Contenido de los archivos de creación de una corrida 51

Lista de figuras

I.1 Ventanas de inicio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

I.2 Menú principal (arriba), Botones de acción rápida (en medio) e Identifi-
cador (abajo) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
I.3 Proyectos, Series y Corridas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
I.4 Pestaña de ”Crear” . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
I.5 Pestaña de ”Correr” . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
I.6 Pestaña de ”Ver” . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
I.7 Ventana de ”Átomos” (izquierda) y ventana del ”Perfil de densidad” (derecha) 16
I.8 Menú ”Corrida” (izquierda) y menú ”Serie” (derecha) . . . . . . . . . . . . 17
I.9 Menú ”Proyecto” (izquierda) y menú ”Herramientas” (derecha) . . . . . . 17

II.1 Ventana ”Nueva especie molecular” . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20

II.2 Especies moleculares disponibles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
II.3 Ventana ”Nueva especie molecular” . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
II.4 Ventana ”CLPC” al inicio (izquierda) y ventana ”CLPC” final (derecha) . 22
II.5 Ventana ”Nueva especie molecular” ”CLPC” sin ”Guardar” . . . . . . . . 23

III.1 Ventana del programa ”DMDP0” . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

III.2 Ventanas de Inicio con la pestaña de ”Correr” seleccionada . . . . . . . . . 26
III.3 Ventanas de Inicio con la pestaña de ”Crear” seleccionada y con cambios
de temperatura, densidad y número de iteraciones . . . . . . . . . . . . . . 27
III.4 La pestaña de ”Crear” con la selección de la primera especie molecular y
del número de moléculas actualizado a 50 por caja, para un total de 100
moléculas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
III.5 La pestaña de ”Crear” con la selección de ambas especies moleculares . . . 29

5
6 LISTA DE FIGURAS

III.6 La pestaña de ”Crear” con mensaje de la creación de una serie . . . . . . . 30

III.7 La pestaña de ”Crear” con mensaje de la creación de una corrida . . . . . 31
III.8 La pestaña de ”Crear” con la ventana de los coeficientes kij abierta . . . . 32
III.9 La pestaña de ”Crear” con la ventana de los coeficientes kij modificada . . 33
III.10La pestaña de ”Correr” lista para ejecutarse . . . . . . . . . . . . . . . . . 34

III.1 Graficas de los potenciales de ejemplo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43

III.2 ”PatchY90 5 (0 0 1) 5 (0 1 2 3 4) 8 0.1 1 0 0 1004 1006 1008 1010 0.3” . 50

IV.1 Ventana del programa ”DMDP0” . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51

IV.2 Contenido de la carpeta ”Archivos” . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
IV.3 Contenido del archivo ”DatosFormDatosDeCorrida.txt” . . . . . . . . . . . 52
IV.4 Contenido del archivo ”PosicionesIniciales.txt” . . . . . . . . . . . . . . . . 53
IV.5 Contenido de los archivos ”TipoDeCorrida.txt” y ”VelocidadesIniciales.txt” 53
IV.6 Contenido de las carpetas ”Cluster” e ”Instalación” . . . . . . . . . . . . . 54
IV.7 Contenido de la carpeta ”Proyectos” . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
IV.8 Contenido de la carpeta ”Proys” . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
IV.9 Contenido de la carpeta ”ProyectosAnalisis” . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
Lista de tablas

7
8 LISTA DE TABLAS
Capı́tulo I

Descripción del programa DMPD

El DMPD es un programa diseñado para hacer simulaciones de dinámica molecular de

potenciales discontinuos, tales como los de esferas duras (ED), pozos cuadrados (PC) y
cualquier potencial continuo que haya sido discretizado. Como ejemplo de éstos últimos
está el de Lennard-Jones (LJ). En el Apéndice A se incluyen las definiciones detalladas de
algunos de ellos. El método básico de simulación molecular es el publicado por Alder et al.1
aplicable a ED y PC. Se basa en el cálculo de los tiempos de colisión entre las partı́culas
que componen la muestra y su resolución. También es la llamada por simulación guiada
por eventos (colisiones) por Rapaport.2 En el Apéndice B se encuentra una descripción
del método basado en Chapela et al.3 El programa está organizado, por orden jerárquico,
en proyectos, series y corridas. Los proyectos son grandes recipientes de series con sus
respectivas corridas, que generalmente, contienen un solo sistema: ED, PC, Cadenas, etc.
Las series pueden cambiar todo con gran libertad y las corridas solo admiten cambios de
temperatura, densidad y número de iteraciones. Se abundará en el tema al describir la
pestaña de crear, correr y ver en sus respectivas secciónes. La dimensión del sistema, las
moléculas y su número, el tamaño de la caja de simulación, el método de generación de
la configuración inicial, el tipo de ensamble usado en las corridas (NVE, NPT, Gibbs,...),
etc, son variables que se pueden controlar desde estas ventanas.
Las ventanas de inicio del programa ”DMPD” se muestran en la Fig. I.1. A la ventana
principal ”DMPD” se unen, a la izquierda, dos ventanas gráficas: ”Atomos” y ”Perfil de
densidad”. La ventana principal tiene un menú (parte alta de la Fig. I.2) en la parte
superior que se describirá en la sección El menú. Debajo de éste se encuentran los botones
de acción rápida (parte baja de la Fig. I.2) descritos en la Sección I.2.1.

9
10 CAPÍTULO I. DESCRIPCIÓN DEL PROGRAMA DMPD

Fig. I.1: Ventanas de inicio

A la izquierda se hayan tres elementos que presentan los proyectos, las series y las
corridas, respectivamente, de arriba hacia abajo (Fig. I.3). Al pulsar el ratón sobre
cualquiera de ellos una corrida es seleccionada. Si se pulsa una corrida, ésta se abre sin
cambiar la serie y el proyecto ya seleccionados. Si la serie o el proyecto son pulsados, se
selecciona el proyecto o serie correspondiente abriendo la serie y la corrida previamente
seleccionadas, según se haya pulsado el proyecto (se cambian la serie y la corrida) o la
serie (se cambia solo la corrida). En la parte de arriba, a la derecha de los elementos
descritos anteriormente, está el identificador con los nombres del proyecto, serie y corrida
seleccionados. A su derecha está un botón que dice ”Ejecutar”, cuya función es ejecutar
la corrida seleccionada. Abajo del identificador se encuentran las pestañas cuyos tı́tulos
son: ”Crear”, ”Correr” y ”Ver”. La primera sirve para crear corridas, la segunda para
correrlas y la tercera solo para verlas. Al seleccionar una corrida se actualizan las otras
dos ventanas, la de ”Átomos” y la del ”Perfil”. Los controles a la derecha tiene varias
funciones que van desde el control del termostato y barostato hasta el cambio de densidad
y temperatura de la corrida elegida, pasando por el tamaño de la caja y las corridas de
Gromacs, las cuales serán descritas en la sección Las pestañas.
 11

Fig. I.2: Menú principal (arriba), Botones de acción rápida (en medio) e Identificador
(abajo)

Fig. I.3: Proyectos, Series y Corridas

12 CAPÍTULO I. DESCRIPCIÓN DEL PROGRAMA DMPD

I.1 Ventanas de inicio

Las ventanas de inicio son tres, dos gráficas y una de control. Las gráficas muestran una
imagen de los átomos (arriba) y el perfil de densidad (abajo). La ventana de control es
la ”DMPD” que controla las corridas de dinámica molecular discontinua versión 4. Éstas
ventanas y sus componentes serán descritas en la siguientes secciones.

I.1.1 Ventana de inicio principal ”DMPD”

La ventana de inicio ”DMPD” es la ventana principal del programa. Como se describe
brevemente arriba y se observa en la Fig. I.1 la ventana de inicio ”DMPD” tiene, en la
parte alta, el menú principal (Fig. I.2 parte alta) y los botones de acción rápida (Fig. I.2
parte media). A la izquierda los elementos que contienen los proyectos, las series y las
corridas de arriba a abajo (Fig. I.3). En el centro el identificador (Fig. I.2 parte baja),
que da los nombres del proyecto, la serie y la corrida elegidas y a su derecha está el botón
de ”Ejecutar”, que es un botón de acción rápida para ejecutar la corrida elegida. Abajo
del identificador están las pestañas: ”Crear”, ”Correr” y ”Ver” que hacen justamente
eso, crean, corren y ven una corrida. Para acceder a cada una de estas pestañas basta
con pulsar su nombre. Las pestañas son una parte muy importante del programa y se
describen a continuación.

I.1.1.1 La pestaña de ”Crear”

La pestaña de ”Crear” se usa para crear corridas. Sus elementos a la izquierda son
tres. El panel de ”Propiedades” va primero, seguido hacia abajo por los dos paneles
de ”Dimensiones y partı́culas” y ”Cajas” a la derecha. El panel de ”Iteraciones” cierra
esta columna. A la derecha se encuentra el panel de ”Datos iniciales”. Abajo, con el
tı́tulo de ”Elegir moléculas”, se encuentran dos paneles para escoger moléculas (arriba) y
átomos (abajo). A la extrema derecha están diversos elementos de control que incluyen
controles de ”Gromacs”, ”Mezclar” y ”Param Mez”. En esta misma columna hacia abajo
se encuentran los controles de las ”Frecuencias” del ”Termostato” y del ”Barostato”, las
dimensiones de la caja ”Dim. Caja”, el número de partı́culas por caja ”# part’s x caja”,
corrida de inicio ”Corrida de inicio” y los datos del proyecto ”Proy”, la serie ”Serie” y
la corrida ”Corr”, además del número de lı́neas de la configuración inicial ”Nlin1”. En
I.1. VENTANAS DE INICIO 13

Fig. I.4: Pestaña de ”Crear”

realidad el único que se utiliza para elegir es el panel de las moléculas el de los átomos
no se usa. El encabezado de ”Esp’s Molec’s Ex” representa las moléculas existentes en
la memoria del programa. El otro encabezado de ”Esp’s Molec’s Ele” representa las
moléculas elegidas para la corrida que se va a crear. En el panel de ”Propiedades” se
introducen la temperatura y la densidad de la corrida. La presión se usará cuando se tenga
funcionando el ensamble NPT. Las dimensiones del sistema, el número de moléculas por
caja, el número de cajas total y de cajas llenas se definen en los paneles de ”Dimensiones
y partı́culas” y ”Cajas”. Los números de partı́culas o moléculas disponibles en la caja ”#
Part’s x caja” corresponden a la selección en el panel de ”Posiciones” localizado en el panel
de ”Datos iniciales”. Las iteraciones de la corrida se fijan en el panel de ”Iteraciones”.
Valores tı́picos se muestran en la Figura 2 La pestaña de ”Crear” para una corrida de
producción. Las velocidades se fijan al azar y el tipo de corrida es el del micro canónico,
que en realidad corresponde al NVT si el control del ”Termostato” en el panel de ”Control
de T y P” a la derecha, se encuentra marcado y una frecuencia, normalmente de 100
colisiones, en el panel de ”Frecuencias” para el ”Termostato”. El panel de ”TMaxColis”
fija el tiempo máximo que se aplica a la tabla de colisiones. Ningún tiempo de colisión
mayor a TMaxColis se incluye en la tabla de colisiones. Las cajas de la derecha con tı́tulos
”Dim”. Caja” hasta ”Proy”, ”Serie”, ”Corr” y ”Nlin” son informativas. Los últimos dos
renglones de la pestaña son para localizar grupos de moléculas, la primera, y la segunda
regresa el nombre completo de la especia molecular escogida en la tabla ”Esp’s Molec’s
14 CAPÍTULO I. DESCRIPCIÓN DEL PROGRAMA DMPD

Ex”. Entre los paneles de moléculas existentes y elegidas, están cuatro controles con
los signos ”>”, ””, ”<”, ”” de arriba para abajo. Los dos primeros botones cargan
moléculas nuevas para la corrida a crear y los dos últimos descargan moléculas de la
corrida a crear. Los dos primeros botones controlan el flujo de moléculas de la caja de
existentes hacia la caja de elegidas, el primero mueve una molécula elegida y el segundo
mueve todas las moléculas elegidas de izquierda a derecha. Los otros dos botones hacen
lo mismo en sentido contrario, de derecha a izquierda. La única caja que realmente se usa
es la de las moléculas existentes. Al cargar moléculas a la corrida a crear las otras cajas
se actualizarán de manera automática.

I.1.1.2 La pestaña de ”Correr”

Fig. I.5: Pestaña de ”Correr”

La pestaña de ”Correr” presenta el panel de ”Propiedades” modificado para los fines

de la corrida. A las propiedades de temperatura, densidad y presión, fijas para la corrida
en curso, se agregan propiedades calculadas como: la tensión superficial y energı́a interna
instantáneas, ası́ como el diámetro de referencia en unidades de la caja y la arista de la caja
en unidades del diámetro. Se repiten el número de átomos y de moléculas de la corrida.
En el panel de abajo se dan los ”Promedios de propiedades”, que incluyen la temperatura,
densidad, presión, tensión superficial, energı́a interna, densidad del lı́quido, densidad del
vapor y el factor s2 para definir el estado sólido. Siguen las iteraciones, el número de
iteraciones del bloque en turno de la corrida ”Numero”, las máximas iteraciones del bloque
I.1. VENTANAS DE INICIO 15

”Maximas”, las iteraciones cuando se imprimen resultados parciales ”Parciales”, las de

refresco de las imágenes atómicas ”Imagenes” y del cálculo de los perfiles de densidad
”Clac. perfs”. Los bloques totales de la corrida a ejecutar ”Blqs Tot”, el número de
bloques que se han calculado ”Bloques” y el total de bloques que se han acumulado para la
corrida ”Blqs Corr”. El panel de ”Energias y suma de velocidades” incluye la energı́a total
”Total”, la cinética ”Cinética”, la potencial ”Potencial” y la suma de velocidades ”Suma
vel’s”, que debe ser siempre una fracción ı́nfima. El panel de ”Tiempos” da los tiempos
de la simulación de la corrida en pico segundos ”De corr [ps]”, el tiempo de colisiones en
segundos ”De colis [s]” y el tiempo del reloj de la corrida en segundos ”De reloj [s]”. La
diferencia entre éstos dos últimos es el invertido en la elaboración de las gráficas y en otras
tareas que no son estrictamente el cálculo de las colisiones. El panel de ”Ciclos” presenta
los número de ciclos cortos y largos ası́ como el número promedio de colisiones en la tabla
de colisiones y el número de vecinos cercanos en la tabla correspondiente. Los paneles de
abajo sirven para controlar la salida del programa. ”Escribe” controla la escritura al disco
de los resultados, las posiciones de las partı́culas, los perfiles. Eligiendo ”Todos” marca
todas las casillas de ”Escribe”. ”Muestra” controla si se muestran los objetos incluidos y
”Dibuja” la forma de presentar las gráficas. El panel ”Controles” maneja la posibilidad
de calcular la corrida con la tabla de vecinos o sin ella, si se optimiza el ”TMaxColis” o
se fija en la caja de abajo junto con el diámetro de corte. éste no debe rebasar la mitad
de la caja cúbica. ”Centro de masa” controla la forma de calcular el centro de masa de
la gota.

I.1.1.3 La pestaña de ”Ver”

En esta pestaña no se puede cambiar nada. Sólo se pueden ver los elementos que integran
la corrida. Es idéntica a la pestaña de ”Crear”.

I.1.2 Gráficas
Las ventanas de las gráficas (ver Fig. I.7) son dos: la de arriba (a la izquierda en la Fig.
I.7) dibuja los ”Átomos” y la de abajo (a la derecha en la Fig. I.7) el ”Perfil de densidad”
o la ”Función de correlación radial”. El menú de la ventana de átomos contiene cuatro
elementos: ”Archivar”, ”Propiedades”, ”Herramientas” y ”Ayuda”. ”Archivar” contiene
el elemento ”Salir” que cierra la venta. ”Propiedades” contiene los elementos de ”Tamaño
16 CAPÍTULO I. DESCRIPCIÓN DEL PROGRAMA DMPD

Fig. I.6: Pestaña de ”Ver”

Fig. I.7: Ventana de ”Átomos” (izquierda) y ventana del ”Perfil de densidad” (derecha)

de los átomos” y ”Ligaduras”. El primero permite que se cambie el tamaño relativo de

los átomos y el segundo que se dibujen o no las ligaduras de las moléculas. El tamaño
relativo de los átomos se puede cambiar también con la barra de control a la derecha
arriba de la imagen. El elemento ”Herramientas” contiene dos vista del diagrama: ”XY”
o ”ZY” que permite cambiar la perspectiva de la figura. ”Ayuda” contiene los elementos
de ”Ayuda” y ”Acerca de...” (no implementados (NI)). La ventana del perfil de densidad
no tiene menú.
I.2. EL MENÚ 17

I.2 El menú
El menú principal contiene seis elementos: ”Corrida”, ”Serie”, ”Proyecto”, ”Ver”, ”Her-
ramientas” y ”Ayuda”.

Fig. I.8: Menú ”Corrida” (izquierda) y menú ”Serie” (derecha)

”Corrida” (panel izquierdo Fig. I.8) contiene a su vez: ”Nueva”, ”Nueva de una
existente” (NI), ”Eliminar última”, ”Ejecutar” y ”Salir”. ”Nueva” abre una nueva corrida
para crear. ”Eliminar última” elimina la última corrida de la Serie y Proyecto elegidos.
Debe pulsarse con cuidado pues no hay forma de deshacer la acción una vez realizada.
”Ejecutar”, ejecuta la corrida elegida y ”Salir” termina el programa.
”Serie” (panel derecho Fig. I.8) contiene los elementos ”Nueva”, ”Abrir” y ”Eliminar
última”. ”Nueva” y ”Abrir” no están implementados y ”Eliminar última” tiene la misma
función que en ”Corrida”. Debe pulsarse con cuidado pues no hay forma de deshacer la
acción una vez realizada.

Fig. I.9: Menú ”Proyecto” (izquierda) y menú ”Herramientas” (derecha)

”Proyecto” (panel izquierdo Fig. I.9) contiene los elementos ”Nuevo”, ”Abrir” y ”Elim-
inar último”. ”Nuevo” y ”Abrir” no están implementados y ”Eliminar último” tiene la
18 CAPÍTULO I. DESCRIPCIÓN DEL PROGRAMA DMPD

misma función que en ”Corrida” y ”Serie”. Debe pulsarse con cuidado pues no hay forma
de deshacer la acción una vez realizada.
”Herramientas” (panel derecho Fig. I.9) contiene cinco apartados: ”Nuevos...”, ”Copiar
proyectos” (NI), ”Actualizar...”, ”Crear...” y ”Gibbs Ensamble” (NI). En el apartado de
”Nuevos...”, se tiene la creación de ”Nueva molécula”, ”Nuevo átomo” y ”Nuevo poten-
cial”. Estos elementos sirven para crear nuevas moléculas, átomos y potenciales. En la
siguiente sección de Botones de acción rápida se describe su funcionamiento en detalle.

I.2.1 Botones de acción rápida

Los botones de acción rápida proporcionan una forma expedita de acceder a algunas
instrucciones del menú. Las dos primeras no están implementadas. Los tres discos sigu-
ientes crean Moléculas, átomos y potenciales, respectivamente de izquierda a derecha.
Su funcionamiento se describe en la siguiente sección. El siguiente muestra la tabla de
posiciones de los átomos y la última cierra el programa.
Capı́tulo II

Creación de nuevas moléculas,

átomos y potenciales

En este capı́tulo se describe el funcionamiento de los elementos del ”Menú” y de los

”Botones de acción rápida” que crean moléculas, átomos y potenciales. El más importante
y más usado es el de ”Crear molécula” (primer botón a ala izquierda), ya que éste tiene la
capacidad de crear, no sólo moléculas, sino los átomos y potenciales que sean necesarios,
es decir, que no existan en el archivo del programa.
Al pulsar el botón o el elemento del menú de ”Crear molécula” aparece la ventana
”Nueva especie molecular” la cual tiene una serie de elementos que ayudan a diseñar
nuevas moléculas. A la izquierda se encuentran los paneles de control y al derecha los de
información. En la parte superior derecha se la caja con la leyenda ”Número de molécula”,
que da el número de la especie molecular elegida. Bajo ésta se encuentra el indicador del
número de moléculas de esta clase, indicada por el recuadro que se encuentra a la extrema
derecha. En el caso de la figura es de todas las clases de moléculas y dice que hay ”1488”
especies moleculares guardadas en los archivos del programa. Abajo de indicador del
número de especies moleculares se encuentra la plantilla que contiene los datos del especie
elegida. El caso que se muestra en la figura corresponde a la primera especie molecular, la
”Mancuerna rı́gida vibrante”. Los primeros doce renglones siempre son los mismos datos
de la molécula en turno. El contenido de estos once renglones es : ”Número”, ”Especie”,
”Peso Molecular”, ”# de especie”, ”Molécula número”, ”Composición”, ”Masa”, ”Clase
de potencial”, ”# de átomos”, ”# de ligaduras”, ”# de ángulos” y ”# de Diedros”.
Siguen los átomos, las ligaduras con los átomos ligados y el potencial de ésta y se termina

19
20CAPÍTULO II. CREACIÓN DE NUEVAS MOLÉCULAS, ÁTOMOS Y POTENCIALES

Fig. II.1: Ventana ”Nueva especie molecular”

con la posición inicial de los átomos en la molécula. A la izquierda de esta ventana está
la ventana de la nueva especie a generar. Arriba a la izquierda se encuentran los botones
que controlan la acción una vez cerrada la ventana del la nueva especie de moléculae
elegida en el recuadro principal. Al cerrar la ventana, la ventana de la nueva especie se
encontrará actualizada y lista para ser guardada si es que no existe en los archivos del
programa. Si ese es el caso, se deberá pulsar el botón de ”Guardar” que hará permanente
los cambios de los archivos de potenciales, átomos y moléculas necesarias para la nueva
especie creada. En la siguiente sección se incluye un ejemplo de creación de una especie
molecular nueva.
El elemento mas importante es el de ”Especies disponibles”. Es una caja que con-
tiene la especies disponibles en el programa en orden alfabético. Aquı́ se da una breve
descripción de cada una del las especies moleculares disponibles y en el apéndice C se dan
mas detalles de cada una de ellas. ”Cadena” crea una cadena, ”CLPC” es una cadena
lineal pozo cuadrado, ”CLPCAng” es una ”CLPC” con un ángulo entre cada elemento de
la cadena, ”CLPCP” es una ”CLPC” con una cabeza formando una letra P, ”CLPCQ” es
una ”CLPC” con una cabeza formando una letra Q, ”CLPCS” es una ”CLPC” con una
cabeza formando una letra S, ”CLPCY” es una ”CLPC” con un Yukawa en la cabeza,
II.1. CREAR UNA ESPECIE MOLECULAR NUEVA 21

Fig. II.2: Especies moleculares disponibles

”ED” es una molécula con un potencial de esfera dura, ”Janus” es una molécula parchada
con una mitad atractiva y otra repulsiva, ”MVPV” es una mancuerna vibrante de po-
zos cuadrados, ”Patch120” es una molécula con dos parches en un ángulo de 120 grados,
”Patch180” es una molécula con dos parches en un ángulo de 180 grados, ”Patch90” es una
molécula con dos parches en un ángulo de 90 grados, ”PatchPiram” es una molécula con
parches formando una pirámide, ”PAtchPotAng” es una molécula con parches con ángulo
y potencial a definir, ”PatchTetra” es una molécula con parches formando un tetrahedro,
”PatchY90” es una molécula con parches de Yukawa en un ángulo de 90 grados y ”PC”
es una molécula que interacciona con potencial de pozo cuadrado.

II.1 Crear una especie molecular nueva

En esta sección se presenta un ejemplo del proceso de creación de un especie molecular
nueva. La especie que se creará será una cadena lineal de pozo cuadrado con cuatro
partı́culas en tres dimensiones, cuyos elementos son tangenciales y es totalmente flexible.
El primer paso es pulsar el botón de crear una nueva molécula, el primer cı́rculo a la
izquierda en el cintillo de botones de acción rápida.
La ventana de ”Nueva especie molecular” se abre, Fig. II.3, y en la caja de ”Especies
disponibles” se deberá escoger la especie ”CLPC”. Al hacer esto, se abrirá la ventana
”CLPC” (ver Fig. II.4 panel izquierdo), que contiene una ventana principal de ”Datos
de una CLPC” donde se hará la definición de datos de la especie. Como se desea una
cadena de 4 elementos o átomos, la primer lı́nea ”# de átomos” se deberá cambiar a 4.
22CAPÍTULO II. CREACIÓN DE NUEVAS MOLÉCULAS, ÁTOMOS Y POTENCIALES

Fig. II.3: Ventana ”Nueva especie molecular”

Fig. II.4: Ventana ”CLPC” al inicio (izquierda) y ventana ”CLPC” final (derecha)

La segunda lı́nea ”Homonuclear” deberá ser 1 pues se desea una cadena homo nuclear.
La tercera lı́nea ”Tangente” deberá ser 1 ya que se desea una cadena tangente. La cuarta
lı́nea ”Rı́gida” deberá ser 0 ya que se desea una cadena flexible. La lı́nea ”# de especies ”
deberá ser 1 ya que se desea una cadena homo nuclear. El renglón ”Cadena” deberá decir
1-1-1. Los demás renglones están correctos y solo falta pulsar la tecla de ”Retorno” para
obtener la pantalla ”CLPC” (ver Fig. II.4 panel derecho), donde ya se han registrado los
cambios requeridos. En esta pantalla, la casilla ”Si # > 0 ya existe”, tiene el número 0,
indicando que dicha especie no existe en la memoria del programa. Se procede a cerrar la
ventana con lo que se actualiza la ventana de ”Nueva especie molecular” (ver Fig. II.5),
sobre todo la caja de ”Especies disponibles”. Después de revisar el contenido de esta caja
II.1. CREAR UNA ESPECIE MOLECULAR NUEVA 23

se debe pulsar el botón de ”Guardar”, lo que almacena la nueva especie en los archivos del
programa. La especie se almacena con el número 1489 con el nombre ”CLPC-4-(1-1-0)-
1-(1-1-1-1)-3-0.1-1-1.5-1”. El último paso es cerrar la ventana ”Nueva especie molecular”
para finalizar el proceso.
El nombre de la molécula,”CLPC-4-(1-1-0)-1-(1-1-1-1)-3-0.1-1-1.5-1”, contiene los prin-
cipales elementos de su conformación. ”CLPC” la identifica como una molécula de ca-
dena lineal de pozo cuadrado. El número 4 siguiente dice que es una molécula de cuatro
monómeros conformando una cadena ”(1-1-0)” de monómeros homonucleares, tangentes
y flexibles. Los tres números en el paréntesis indican si la cadena es homonuclear, tangent
y rı́gida. Los dos primeros números son 1 indicando que se cumplen las condiciones de
homonuclearidad y tangencia. El terce número es un 0 indicando que la condición de
rigidez no se cumple. La molécula es flexible. El siguiente 1 es el número de especies y el
paréntesis indica la especie de cada monómero. El 3 es el número de ligaduras y el 0.1 es
la distancia del pozo de vibracin de las ligaduras. El nombre termina con la descripción
pozo cuadrado de la única especie de la cadena. Es un pozo de diámetro 1, de alcance
1.5 y de profundidad 1. Si hubiera mas especies se deberı́an especificar los potenciales de
cada una de ellas.

Fig. II.5: Ventana ”Nueva especie molecular” ”CLPC” sin ”Guardar”

24CAPÍTULO II. CREACIÓN DE NUEVAS MOLÉCULAS, ÁTOMOS Y POTENCIALES
Capı́tulo III

Crear una corrida nueva

Fig. III.1: Ventana del programa ”DMDP0”

A continuación se crea una corrida para ejemplificar este proceso. Se crea una mezcla
de PC en dos dimensiones. Ambas especies tienen un diámetro σ = 1, un alcance λ/σ =
1.5 y 2, respectivamente y una profundidad del pozo de  = -1 y -0.6, respectivamente.
La temperatura reducida es de T ∗ = 0.6 y la densidad reducida ρ∗ = 0.4. Se usan dos
cajas cúbicas con 50 partı́culas cada una. Las iteraciones máximas son 50,000,las parciales
5,000, las imágenes se producen cada 500 colisiones y se efectúan 3 bloques.

25
26 CAPÍTULO III. CREAR UNA CORRIDA NUEVA

El programa se denomina ”DMPD0” (ver Fig. III.1). Al abrir el directorio donde está
instalado el programa ”DMPD0” se tiene un conjunto de cinco directorios y un ejecutable,
”DMPD.exe”, que sirve para correr el programa. Los cinco directorios son: ”Archivos”,
”Cluster”, ”Instalación”, ”Proyectos” y ”ProyectosAnalisis”, cuyos contenidos se de-
scriben en el Apéndice C. Al dar doble pulsación sobre el programa ”DMPD.exe” para
ejecutarlo, se abren las ”Ventanas de inicio”, con la pestaña ”Correr” seleccionada, que
se ven en la Fig. III.2. Hay que asegurarse de que la pestaña de ”Crear” esté selec-
cionada. En caso de no estarlo, debe pulsarse la pestaña de ”Crear” para que aparezca
su contenido, como se muestra en la Fig. III.3.

Fig. III.2: Ventanas de Inicio con la pestaña de ”Correr” seleccionada

Debe notarse que en el identificador de la Fig. III.3 el número de la corrida se ha

actualizado y ahora presenta la Corrida3 de la Serie3 del Proyecto1. El nombre de la
Corrida3 se actualiza de forma automática para quedar como: ”PC 1 1.5 -1/PC-1-1.5-1
T=0.600 D=0.400 P=0 X1=0.500” que contiene los componentes del sistema a simular
”PC 1 1.5 -1/PC-1-1.5-1”, la temperatura ”T=0.600”, la densidad ”D=0.400”, la presión
”P=0” y la fracción mol de los componentes ”X1=0.500”, ya que se trata de una mez-
cla equimolar. Las propiedades que no modifican el número y el nombre de la Serie,
temperatura, densidad e iteraciones ya aparecen cambiadas en la Fig. III.3. Se fija la
 27

Fig. III.3: Ventanas de Inicio con la pestaña de ”Crear” seleccionada y con cambios de
temperatura, densidad y número de iteraciones

temperatura ”T=0.600”, la densidad ”D=0.400” y los números de iteraciones como sigue:

máximas = 50,000, parciales = 5,000, imágenes = 500 y bloques totales = 3. Ésto quiere
decir que se ejecutan 3 bloques de 50,000 colisiones, se refrescan los datos parciales cada
5,000 colisiones y las imágenes cada 500.
Los cambios siguientes, que corresponden a las especies moleculares y al número de
moléculas, ası́ como el número de cajas llenas y totales, si actualizan el número y el
nombre de la Serie. En la Fig. III.4 los números de moléculas se fijaron en 50 con 2 cajas
llenas de 2 cajas totales para hacer un gran total de 100 moléculas y hay una sola especie
molecular que es ”PC 1 2 -0.6”. El nombre de la serie queda: ”PC 1 2 -0.6 Di=2 NA=100
NM=100 NC=2” con la identificación de la especie molecular ”PC 1 2 -0.6” seguida de las
dimensiones del sistema ”Di=2”, el número de átomos ”NA=100”, el número de moléculas
”NM=100” y el número de cajas totales ”NC=2”.
El cambio del número de moléculas totales, que depende de las posiciones iniciales
elegidas y de la dimensionalidad del sistema, se hace en el recuadro de ”Dimensiones y
partı́culas”. Al abrir la caja del ”# de Part’s x caja” se despliega una lista de los números
de moléculas elegibles para el tipo de ”Posiciones” que se haya en la primera casilla del
28 CAPÍTULO III. CREAR UNA CORRIDA NUEVA

Fig. III.4: La pestaña de ”Crear” con la selección de la primera especie molecular y del
número de moléculas actualizado a 50 por caja, para un total de 100 moléculas

recuadro de ”Datos iniciales”, colocado arriba a la derecha de la pestaña de ”Crear”. En

este ejemplo las posiciones son fcc.
Para actualizar las especies moleculares debe vaciarse la caja de ”Esp’s Molec’s Ele”
presionando el botón ”” que está en la parte más baja entre los elementos ”Esp’s Molec’s
Ex” y ”Esp’s Molec’s Ele”. Una vez vacı́a la caja de ”Esp’s Molec’s Ele” se procede a
elegir las especies requeridas. En la parte baja de la pestaña de ”Crear” se tienen dos
lı́neas de texto que facilitan esta tarea. La de arriba se usa para elegir las especies que
coincidan con el texto ingresado en esa lı́nea de texto y la de abajo reproduce la especie
que se haya seleccionado en la caja ”Esp’s Molec’s Ele”. En este caso se desea incorporar
las especies ”PC 1 2 -0.6” y ”PC 1 1.5 -1”, por tanto se ingresa el texto ”PC 1 2 -” lo
que reduce la lista de las especies existentes ”Esp’s Molec’s Ex” a nueve especies que
inician con el texto ingresado. Lo que difiere es la profundidad del pozo, la lista contiene
las siguientes profundidades: ”-0.0095, -0.1, -0.2, -0.25, -0.3, -0.4, -0.6, -0.8 y -0.95”. Se
elige la especie con pozo ”-0.6” y se presiona el segundo botón de arriba para abajo con
la imagen ”>” para trasladar la especie de ”Esp’s Molec’s Ex” a ”Esp’s Molec’s Ele”. En
la Fig. III.4 se muestra la pestaña de ”Crear” al final de estos eventos.
 29

Fig. III.5: La pestaña de ”Crear” con la selección de ambas especies moleculares

Para la segunda especie se ingresa el texto ”PC 1 1.5 -” en la primera lı́nea de texto en
la parte baja de la pestaña ”Crear”, lo que deja solo cuatro especies en la caja de especies
existentes con profundidades de pozo: ”-0.1, -0.5, -1 y -3”. Se elige la especie ”PC 1 1.5 -
1”, que se reproduce en la segunda lı́nea de texto en la parte más baja de la pestaña
”Crear”. La Fig. III.5 muestra esta situación. Los nombres de la serie y la corrida se
han actualizado en forma automática para quedar como: ”PC 1 2 -0.6/PC 1 1.5 -1 Di=2
NA=100 NM=100 NC=2” para la serie y ”PC 1 2 -0.6/PC 1 1.5 -1 T=0.600 D=0.400
P=0 X1=0.500” para la corrida.
Si ahora se pulsa el botón de ”Ejecutar” en la parte derecha arriba del pestaña ”Crear”
se abre un mensaje informando la creación de una serie y preguntando acerca del deseo de
continuar (ver Fig. III.6). Al presionar el botón de ”Ok” o pulsar la tecla de ”Retorno”,
se abre la Fig. III.7 donde se informa la creación de una corrida y preguntando acerca
del deseo de continuar. Al presionar de nuevo el botón de ”Ok” o pulsar la tecla de
”Retorno”, se abre la Fig. III.8 done se encuentra abierta la ventana de las constantes kij
que modifican las reglas de Lorentz-Berthelot (LB) para las profundidades de los pozos
de potencial. Si dos especies i y j de PC tienen profundidades de pozo i y j la regla de
√
LB dice que la interacción de la especie i con la especie j es: ij = i j . Esta regla de
30 CAPÍTULO III. CREAR UNA CORRIDA NUEVA

Fig. III.6: La pestaña de ”Crear” con mensaje de la creación de una serie

√
mezclado se transforma de la siguiente manera: ij = (1 − kij ) i j donde la constante
kij es una transformación de la regla de LB. Los valores de 0 ≤ kij ≤ 1. Si kij = 0 LB se
aplica como siempre y las especies i y j interaccionan como dos PC y si kij = 1 entonces
las especies i y j interaccionan como ED en vez de PC. Para cualquier valor intermedio
la interacción fluctuará linealmente entre la ED y el PC completo cumpliendo LB. Para
lograr que las especies i y j interaccionen como ED hay que fijar la k(0,1) = 1 y dejar las
otras dos igual a zero. Eso se ve en la Fig. III.9. Lo único que resta es cerrar la ventana
de las constantes kij , ya sea pulsando la ”X” en su parte derecha arriba u oprimiendo la
tecla de ”Retorno”. Al cerrase la ventana de las constantes kij se cierra tambén la pestaña
de ”Crear” y se abre la pestaña de ”Correr”. La nueva corrida está creada y lista para
correr como se aprecia en la Fig. III.10, donde puede apreciarse la figura de los átomos
de la nueva corrida. Al ejecutar la nueva corrida se puede controlar si los resultados se
guardan o solo se ejecutan sin guardar los resultados para continuar la corrida en otro
momento. Para hacer esto se debe quitar la selección de la casilla ”Resultados” en la caja
”Escribe” abajo a la izquierda de la pestaña ”Correr”.
Para correr el programa basta con presionar el botón de ”Ejecutar” para ver que las
figuras se actualicen cada número de colisiones en que se refrescan las imágenes de los
 31

Fig. III.7: La pestaña de ”Crear” con mensaje de la creación de una corrida

átomos. Las corridas del programa en un sistema Windows se hacen para orientar las
corridas definitivas. pro ejemplo, en caso de estar buscando un efecto especial de una
molécula parchada, se pueden llevar a cabo simulaciones en una computadora personal
con pocas partı́culas y colisiones para ver si el efecto deseado ya está presente o deben
probarse otros arreglos de parches con caracterı́sticas diversas. Al momento de encontrar
el comportamiento deseado, las corridas se pueden trasladar al cluster donde se llevarán
a cabo corridas en varios procesadores, que además de ser más rápidos lo hacen con mas
partı́culas y colisiones. Una corrida tı́pica en en computadora personal podrá tener hasta
500 átomos con una decena de bloques no mayores a un millón de colisiones cada uno.
En cambio la tı́pica corrida en el cluster podrá tener hasta 5,000 átomos con 25 bloques
de 25 millones de colisiones.
32 CAPÍTULO III. CREAR UNA CORRIDA NUEVA

Fig. III.8: La pestaña de ”Crear” con la ventana de los coeficientes kij abierta
 33

Fig. III.9: La pestaña de ”Crear” con la ventana de los coeficientes kij modificada
34 CAPÍTULO III. CREAR UNA CORRIDA NUEVA

Fig. III.10: La pestaña de ”Correr” lista para ejecutarse

Capı́tulo IV

Ejemplo de corrida en el cluster

Como ejemplo se presenta una corrida de la mezcla de partı́culas con PC en dos dimen-
siones creada en el capı́tulo III. Para poder correr el programa en el cluster hay que
instalarlo primero junto con los procedimientos de apoyo para efectuar corridas. El pro-
ceso de instalción se describe en la sección IV.1. La corrida se presenta en la sección IV.2
y el análisis de los resultados en la sección IV.3. El uso de los procedimientos de apoyo
se ejemplifican en cada una de las secciones.

IV.1 Instalación del programa

EL programa

IV.2 Correr el programa

IV.3 Análisis de resultados

Análisis de los resultados el análisis de los resultados se efectúa por medio de funciones
de Mathematica.

35
36 CAPÍTULO IV. EJEMPLO DE CORRIDA EN EL CLUSTER
Apéndice A

Definiciones de algunos potenciales

A continuación se presentan las definiciones de algunos de los potenciales discontinuos

empleados en las simulaciones. La ED, el PC, el Yukawa (Y), el de Lennard-Jones (LJ)
son algunos de éstos. También se dan las definiciones de los potenciales de PC de algunas
moléculas parchadas y lineales.

37
38 APÉNDICE A. DEFINICIONES DE ALGUNOS POTENCIALES
Apéndice B

Descripción del método de DMPD

El cálculo de los tiempos de colisión y la solución de ésta se describen con detalle a

continuación.

39
40 APÉNDICE B. DESCRIPCIÓN DEL MÉTODO DE DMPD
Apéndice C

Especies moleculares disponibles

Al momento de escribir este manual se dispone de 35 especies moleculares, 8 especies

atómicas y 9 potenciales en los archivos del programa. Se trata de especies genéricas las
que a su vez tienen varias especies especı́ficas cada una. Se dan a continuación los úmerod
ed especies genéricas seguidas por el numero de especies especı́ficas que tiene cada una de
ellas.

Las especies moleculares genéricas son 35: ”Cadena”, 20, ”Cervantes”, 34, ”CLED”, 1,
”CLPC”, 243, ”CLPCAng”, 9, ”CLPCP”, 12, ”Jagla-11”, 0, ”CLPCS”, 13, ”CLPCY”, 40,
”ED”, 14, ”Janus”, 34, ”Key”, 3, ”LJ”, 112, ”MVPC”, 214, ”Patch120”, 1, ”Patch180”,
24, ”Patch90”, 22, ”PatchPiramPC180”, 1, ”PatchPiramPC36”, 1, ”PatchPiramPC45”,
2, ”PatchPiramPC60”, 3, ”PatchPiramPC90”, 20, ”PatchPotAngPC20”, 2, ”PatchPotAngPC30”,
2, ”PatchPotAngPC45”, 1, ”PatchPotAngPC60”, 5, ”PatchPotAngPC90”, 11, ”Patch-
PotAngY60”, 4, ”PatchPotAngY90”, 2, ”PatchTetraPC120”, 3, ”PatchY90”, 7, ”PC”,
578, ”SHS”, 7, ”Skibinsky”, 16, ”Y”, 556.

Las especies genéricas atómicas son 8: ”Cervantes”, 34, ”ED”, 35, ”LJ”, 112, ”Jagla11”,
1, ”PC”, 341, ”SHS”, 7, ”Skibinsky”, 16, ”Y”, 483.

Los potenciales genéricos son 9: ”Cervantes”, 34, ”ED”, 35, ”Intra”, 291, ”Jagla11”,
1, ”LJ”, 112, ”PC”, 330, ”SHS”, 7, ”Skibinsky”, 16, ”Y”, 483.

Se descrbirán a continuación las especies genéricas y se darán algunos ejemplos es-

pecı́ficos.

41
42 APÉNDICE C. ESPECIES MOLECULARES DISPONIBLES

III.1 Potenciales
Se presentan los potenciales genéricos (9) primero. ”Cervantes” (34) son potenciales de
hombro con pozo cuadrado. Un ejemplo se da a continuación.

”Cervantes”, (34) ”ED”, (35) ”Intra”, (291) ”Jagla11”, (1) ”LJ”, (112) ”PC”, (330)
”SHS”, (7) ”Skibinsky”, (16) ”Y”, (483)

36, ”Cervantes I 1”, ”Discontinuo”, 36, 3, 1, 1.3, 1.6, 10000, 0.12, -1

476, ”ED 0.1”, ”Discontinuo”, 476, 1, 0.1, 10000, 0, 0

206, ”Intra-1.0-0.1”, ”Discontinuo”, 206, 2, 0.95, 1.05, 10000, 0

15, ”Jagla11”, ”Discontinuo”, 15, 11, 1, 1.1, 1.22, 1.34, 1.46, 1.58, 1.7, 2.06, 2.34, 2.62,
2.9, 10000, 3.5, 2.75, 2, 1.25, 0.5, -0.25, -1, -0.75, -0.5, -0.25

70, ”LJ Disc 26”, ”Discontinuo”, 70, 26, 1, 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 2, 2.1,
2.2, 2.3, 2.4, 2.5, 2.6, 2.7, 2.8, 2.9, 3, 3.1, 3.2, 3.3, 3.4, 3.5, 16128, 1751.84, 254.991, 42.9489,
6.63612, 0, -0.983372, -0.890965, -0.657017, -0.460687, -0.320337, -0.224208, -0.158851, -
0.114147, -0.0832161, -0.0615234, -0.0460947, -0.0349685, -0.0268379, -0.0208216, -0.0163169,
-0.0129066, -0.010298, -0.00828342
-0.00671338, -0.00547944

209, ”PC-1-1-1.5”, ”Discontinuo”, 209, 2, 1, 1.5, 10000, -1

369, ”SHS 1.005”, ”Discontinuo”, 369, 2, 1, 1.005, 10000, -14.1421

20, ”Skibinsky i”, ”Discontinuo”, 20, 3, 1, 1.4, 2.1, 10000, 2, -1

99, ”Y Disc 21 3.9”, ”Discontinuo”, 99, 21, 1, 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 1.7, 1.8, 1.9, 2,
2.1, 2.2, 2.3, 2.4, 2.5, 2.6, 2.7, 2.8, 2.9, 3, -1, -0.616, -0.382, -0.239, -0.15, -0.095, -0.06,
-0.038, -0.025, -0.016, -0.01, -0.007, -0.004, -0.003, -0.002, -0.001, -0.001, 0, 0, 0, 0
III.2. ESPECIES ÁTOMICAS 43

Fig. III.1: Graficas de los potenciales de ejemplo

III.2 Especies átomicas

Se presentan las especies atómicas genéricos (8) primero. ”Cervantes” (34) son las es-
pecies atómicas de hombro con pozo cuadrado. Un ejemplo se da a continuación.

”Cervantes”, (34) ”ED”, (35) ”LJ”, (112) ”Jagla11”, (1) ”PC”, (341) ”SHS”, (7) ”Skib-
insky”, (16) ”Y”, (483)

40, ”Cervantes I 1”, 1, 40, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, ”Cervantes I 1”, 36

339, ”ED 0.1”, 1, 339, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, ”ED 0.1”, 476

44 APÉNDICE C. ESPECIES MOLECULARES DISPONIBLES

74, ”LJ Disc 26”, 1, 74, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, ”LJ Disc 26”, 70

19, ”Jagla11”, 1, 19, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, ”Jagla11”, 15

188, ”MRV-PC”, 1, 188, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, ”MRV-PC”, 185

254, ”SHS 1.005”, 1, 254, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, ”SHS 1.005”, 369

24, ”Skibinsky i”, 1, 24, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, ”Skibinsky i”, 20

103, ”Y Disc 21 3.9”, 1, 103, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, ”Y Disc 21 3.9”, 99

III.3 Especies moleculares

Se presentan las especies moleculares genéricas (35) primero. ”Cadena” (20) son las es-
pecies moleculares de cadena. Un ejemplo se da a continuación.

”Cadena”, 20, ”Cervantes”, 34, ”CLED”, 1, ”CLPC”, 243, ”CLPCAng”, 9, ”CLPCP”,

12, ”Jagla-11”, 0, ”CLPCS”, 13, ”CLPCY”, 40, ”ED”, 14, ”Janus”, 34, ”Key”, 3,
”LJ”, 112, ”MVPC”, 214, ”Patch120”, 1, ”Patch180”, 24, ”Patch90”, 22, ”PatchPi-
ramPC180”, 1, ”PatchPiramPC36”, 1, ”PatchPiramPC45”, 2, ”PatchPiramPC60”, 3,
”PatchPiramPC90”, 20, ”PatchPotAngPC20”, 2, ”PatchPotAngPC30”, 2, ”PatchPotAngPC45”,
1, ”PatchPotAngPC60”, 5, ”PatchPotAngPC90”, 11, ”PatchPotAngY60”, 4, ”Patch-
PotAngY90”, 2, ”PatchTetraPC120”, 3, ”PatchY90”, 7, ”PC”, 578, ”SHS”, 7, ”Skib-
insky”, 16, ”Y”, 556.

1469, ”Cadena 3 (1 1 1) 1 (1 1 1) 3 0.1 Y-Disc-2-(-1)-26-3.8-0.05-A 2”, 3, 1469, 0, 0, 3,

”DiscontinuoM”, 3, 3, 0, 0, 640, 640, 640, 1, 2, 1063, 2, 3, 1063, 1, 3, 1085, 0, 0, 0, 1, 0,
0, 2, 0, 0

58, ”Cervantes I 1”, 1, 58, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, 0, 0, 0, 40, 0, 0, 0

III.3. ESPECIES MOLECULARES 45

480, ”CLED-4-0.05-0.4”, 4, 480, 0, 0, 4, ”DiscontinuoM”, 4, 5, 0, 0, 401, 401, 401, 401, 1,

2, 424, 2, 3, 424, 3, 4, 424, 1, 3, 424, 2, 4, 424, 0, 0, 0, 0.35, 0.194, 0, 0.7, 0, 0, 1.05, 0.194, 0

210, ”CLPC-0.4-0.8-0.2 3A”, 3, 210, 0, 0, 3, ”Discontinuo”, 3, 2, 0, 0, 192, 192, 192, 1, 2,

189, 2, 3, 189, 0, 0, 0, 0.4, 0, 0, 0.8, 0, 0

592, ”CLPCAng-3-(1-1-1)-1-(1-1-1)-3-0.1-90-1-1.5-1”, 3, 592, 0, 0, 3, ”DiscontinuoM”, 3,

3, 0, 0, 269, 269, 269, 1, 2, 582, 2, 3, 582, 1, 3, 583, 0, 0, 0, 0.7071, 0.7071, 0, 1.4142, 0, 0

612, ”CLPCP-4-(1-1-1)-1-(1-1-1-1)-5-0.1-1-1.5-1”, 4, 612, 0, 0, 4, ”DiscontinuoM”, 4, 5,

0, 0, 269, 269, 269, 269, 1, 2, 206, 2, 3, 206, 3, 4, 206, 1, 3, 283, 2, 4, 589, 0, 1, 0, 0, 0, 0,
1, 0, 0, 2, 0, 0

37, ”Jagla11”, 1, 37, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, 0, 0, 0, 19, 0, 0, 0

614, ”CLPCS-5-(1-1-1)-1-(1-1-1-1-1)-7-0.1-1-1.5-1-1-90”, 5, 614, 0, 0, 5, ”DiscontinuoM”,

5, 7, 0, 0, 269, 269, 269, 269, 269, 1, 2, 206, 2, 3, 206, 3, 4, 206, 4, 5, 206, 1, 3, 283, 3, 5,
283, 2, 4, 589, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 2, -1, 0

1128, ”CLPCY-3-(1-1-1)-2-(2-1-1)-3-0.1-1-1-1-Y-Disc-2-(-1)-26-3.8-0.05-A- 2”, 4, 1128, 0,

0, 4, ”DiscontinuoM”, 3, 2, 0, 0, 640, 699, 699, 1, 2, 206, 2, 3, 206, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0

390, ”ED 0.1”, 1, 390, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, 0, 0, 0, 339, 0, 0, 0

545, ”Janus-1-0-0-0.1-0.9-1-0.2-0.1”, 2, 545, 0, 0, 2, ”DiscontinuoM”, 2, 1, 0, 0, 401, 422,

1, 2, 259, 0, 0, 0, 0.2, 0, 0

667, ”Key-9”, 9, 667, 0, 0, 9, ”DiscontinuoM”, 9, 36, 0, 0, 269, 269, 269, 269, 269, 269,
269, 269, 269, 1, 2, 206, 1, 3, 289, 1, 4, 295, 1, 5, 289, 1, 6, 206, 1, 7, 206, 1, 8, 289, 1, 9,
283, 2, 3, 206, 2, 4, 289, 2, 5, 295, 2, 6, 289, 2, 7, 206, 2, 8, 283, 2, 9, 289, 3, 4, 206, 3, 5,
289, 3, 6, 295, 3, 7, 283, 3, 8, 206, 3, 9, 289, 4, 5, 206, 4, 6, 289, 4, 7, 289, 4, 8, 206, 4, 9,
283, 5, 6, 206, 5, 7, 289, 5, 8, 283, 5, 9, 206, 6, 7, 283, 6, 8, 289, 6, 9, 206, 7, 8, 206, 7, 9,
206, 8, 9, 206, 1., 0., 0., 0.5, 0.866025, 0., -0.5, 0.866025, 0., -1., 0., 0., -0.5, -0.866025, 0.,
46 APÉNDICE C. ESPECIES MOLECULARES DISPONIBLES

0.5, -0.866025, 0., 0.502295, 0.29, 0.815, -0.502295, 0.29, 0.815, 0., -0.58, 0.815

92, ”LJ Disc 26”, 1, 92, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, 0, 0, 0, 74, 0, 0, 0

213, ”MVPC-0.25-0.1”, 2, 213, 0, 0, 2, ”Discontinuo”, 2, 1, 0, 0, 194, 194, 0, 0, 0, 0.25, 0,

0, 0, 0, 0

695, ”Patch120-4-(0-0-1)-2-(0-1-1-1)-6-0.1-1-0-0-0.1-1-1-0.3”, 4, 695, 0, 0, 4, ”Discontin-

uoM”, 4, 6, 0, 0, 434, 469, 469, 469, 1, 2, 261, 1, 3, 261, 1, 4, 261, 2, 3, 219, 2, 4, 219, 3,
4, 219, 0, 0, 0, -0.3, 0, 0, 0.15, 0.259808, 0, 0.15, -0.259808, 0

591, ”Patch180-3-(0-0-1)-2-(1-0-1)-3-0.1-1-0-0-0.1-0.6-8-0.3”, 3, 591, 0, 0, 3, ”Discontin-

uoM”, 3, 3, 0, 0, 432, 434, 432, 1, 2, 261, 2, 3, 261, 1, 3, 267, 0, 0, 0, 0.3, 0, 0, 0.6, 0, 0

1150, ”Patch90-5-(0-0-1)-2-(0-1-1-1-1)-8-0.1-1-0-0-0.1-1-1-0.3”, 5, 1150, 0, 0, 5, ”Discon-

tinuoM”, 5, 8, 0, 0, 434, 880, 880, 880, 880, 1, 2, 261, 1, 3, 261, 1, 4, 261, 1, 5, 261,
2, 3, 263, 3, 4, 263, 4, 5, 263, 2, 5, 263, 0, 0, 0, 0.3, 0, 0, 1.83691*10− 17, 0.3, 0, -0.3,
3.67382*10− 17, 0, -5.51073*10− 17, -0.3, 0

1456, ”PatchPiramPC180 5 (0 0 1) 3 (0 1 1 2 2) 10 0.1 1 1 0 0.1 0.5 -1 0.9 0.9 0 0.45 0.1”,

5, 1456, 0, 0, 5, ”DiscontinuoM”, 5, 10, 0, 0, 1083, 1021, 1021, 1091, 1091, 1, 2, 264, 1,
3, 264, 1, 4, 264, 1, 5, 264, 2, 3, 1278, 2, 4, 1362, 2, 5, 1362, 3, 4, 1362, 3, 5, 1362, 4, 5,
1278, 0, 0, 0, 0, 0.45, 0, 0, -0.45, 0, 0.45, 0, 0, -0.45, 0, 0

1451, ”PatchPiramPC36 13 (0 0 1) 3 (0 1 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2) 78 0.1 1 1 0 0.1 0.6 -1 0.6 0.6 0 0.3”,

13, 1451, 0, 0, 13, ”DiscontinuoM”, 13, 78, 0, 0, 1083, 1020, 1085, 1020, 1085, 1085, 1085,
1085, 1085, 1085, 1085, 1085, 1085, 1, 2, 1291, 1, 3, 1291, 1, 4, 1291, 1, 5, 1291, 1, 6,
1291, 1, 7, 1291, 1, 8, 1291, 1, 9, 1291, 1, 10, 1291, 1, 11, 1291, 1, 12, 1291, 1, 13, 1291,
2, 3, 1346, 2, 4, 1347, 2, 5, 1311, 2, 6, 1348, 2, 7, 1349, 2, 8, 1350, 2, 9, 1351, 2, 10, 1351,
2, 11, 1350, 2, 12, 1349, 2, 13, 1348, 3, 4, 1346, 3, 5, 1347, 3, 6, 1352, 3, 7, 1347, 3, 8,
1353, 3, 9, 1354, 3, 10, 1354, 3, 11, 1353, 3, 12, 1347, 3, 13, 1352, 4, 5, 1346, 4, 6, 1355,
4, 7, 1356, 4, 8, 1357, 4, 9, 1358, 4, 10, 1358, 4, 11, 1357, 4, 12, 1356, 4, 13, 1355, 5, 6,
1358, 5, 7, 1357, 5, 8, 1356, 5, 9, 1355, 5, 10, 1355, 5, 11, 1356, 5, 12, 1357, 5, 13, 1358,
III.3. ESPECIES MOLECULARES 47

6, 7, 1340, 6, 8, 1305, 6, 9, 1341, 6, 10, 1066, 6, 11, 1341, 6, 12, 1305, 6, 13, 1340, 7, 8,
1340, 7, 9, 1305, 7, 10, 1341, 7, 11, 1066, 7, 12, 1341, 7, 13, 1305, 8, 9, 1340, 8, 10, 1305,
8, 11, 1341, 8, 12, 1066, 8, 13, 1341, 9, 10, 1340, 9, 11, 1305, 9, 12, 1341, 9, 13, 1066, 10,
11, 1340, 10, 12, 1305, 10, 13, 1341, 11, 12, 1340, 11, 13, 1305, 12, 13, 1340, 0, 0, 0, 0.3,
0, 0, 0.242705, 0.176336, 0, 0.0927051, 0.285317, 0, -0.0927051, 0.285317, 0, 0.277164, 0,
0.114805, 0.114805, 0, 0.277164, -0.114805, 0, 0.277164, -0.277164, 0, 0.114805, -0.277164,
0, -0.114805, -0.114805, 0, -0.277164, 0.114805, 0, -0.277164, 0.277164, 0, -0.114805

1450, ”PatchPiramPC45 11 (0 0 1) 3 (0 1 2 1 2 2 2 2 2 2 2) 55 0.1 1 1 0 0.1 0.6 -1 0.6 0.6 0 0.3”,

11, 1450, 0, 0, 11, ”DiscontinuoM”, 11, 55, 0, 0, 1083, 1020, 1085, 1020, 1085, 1085, 1085,
1085, 1085, 1085, 1085, 1, 2, 1291, 1, 3, 1291, 1, 4, 1291, 1, 5, 1291, 1, 6, 1291, 1, 7, 1291,
1, 8, 1291, 1, 9, 1291, 1, 10, 1291, 1, 11, 1291, 2, 3, 1340, 2, 4, 1305, 2, 5, 1341, 2, 6, 1342,
2, 7, 1305, 2, 8, 1343, 2, 9, 1343, 2, 10, 1305, 2, 11, 1342, 3, 4, 1340, 3, 5, 1305, 3, 6, 1344,
3, 7, 1305, 3, 8, 1345, 3, 9, 1345, 3, 10, 1305, 3, 11, 1344, 4, 5, 1340, 4, 6, 1305, 4, 7,
1305, 4, 8, 1305, 4, 9, 1305, 4, 10, 1305, 4, 11, 1305, 5, 6, 1345, 5, 7, 1305, 5, 8, 1344, 5,
9, 1344, 5, 10, 1305, 5, 11, 1345, 6, 7, 1291, 6, 8, 1292, 6, 9, 1066, 6, 10, 1292, 6, 11, 1291,
7, 8, 1291, 7, 9, 1292, 7, 10, 1066, 7, 11, 1292, 8, 9, 1291, 8, 10, 1292, 8, 11, 1066, 9, 10,
1291, 9, 11, 1292, 10, 11, 1291, 0, 0, 0, 0.3, 0, 0, 0.212132, 0.212132, 0, 1.83691*10− 17,
0.3, 0, -0.212132, 0.212132, 0, 0.259808, 0, 0.15, -4.82443*10− 17, 0, 0.3, -0.259808, 0, 0.15,
-0.259808, 0, -0.15, 2.11346*10− 16, 0, -0.3, 0.259808, 0, -0.15

1449, ”PatchPiramPC60 9 (0 0 1) 3 (0 1 2 1 2 2 2 2 2) 36 0.1 1 1 0 0.1 0.6 -1 0.6 0.6 0 0.3”,

9, 1449, 0, 0, 9, ”DiscontinuoM”, 9, 36, 0, 0, 1083, 1020, 1085, 1020, 1085, 1085, 1085,
1085, 1085, 1, 2, 1291, 1, 3, 1291, 1, 4, 1291, 1, 5, 1291, 1, 6, 1291, 1, 7, 1291, 1, 8, 1291,
1, 9, 1291, 2, 3, 1291, 3, 4, 1291, 4, 5, 1291, 2, 5, 1066, 6, 7, 1305, 7, 8, 1305, 8, 9, 1305,
6, 9, 1305, 2, 4, 1066, 3, 5, 1066, 6, 8, 1066, 7, 9, 1066, 2, 6, 1066, 2, 7, 1066, 3, 6, 1066,
3, 7, 1066, 4, 6, 1066, 4, 7, 1066, 5, 6, 1066, 5, 7, 1066, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.3, 0, 0, 0.15, 0.259808, 0, -0.15, 0.259808, 0, -0.3,
-9.64886*10− 17, 0, 0.212132, 0, 0.212132, -0.212132, 0, 0.212132, -0.212132, 0, -0.212132,
0.212132, 0, -0.212132

1413, ”PatchPiramPC90 7 (0 0 1) 3 (0 1 2 1 2 2 2) 11 0.1 1 1 0 0.1 0.3 -1 0.5 0.5 0 0.45”,

7, 1413, 0, 0, 7, ”DiscontinuoM”, 7, 11, 0, 0, 1083, 1023, 1084, 1023, 1084, 1084, 1084,
48 APÉNDICE C. ESPECIES MOLECULARES DISPONIBLES

1, 2, 1293, 1, 6, 1293, 2, 3, 1298, 3, 4, 1298, 4, 5, 1073, 2, 5, 1298, 2, 4, 1073, 3, 5,

1073, 6, 7, 1073, 5, 6, 1298, 5, 7, 1298, 0, 0, 0, 0.45, 0, 0, 2.75536*10− 17, 0.45, 0, -0.45,
5.51073*10− 17, 0, -8.26609*10− 17, -0.45, 0, 2.75536*10− 17, 0, 0.45, -8.26609*10− 17, 0,
-0.45

1440, ”PatchPotAngPC20 5 (0 0 1) 2 (0 1 1 1 1) 10 0.1 1 1 0 0.1 0.3 -1 0.45”, 5, 1440,

0, 0, 5, ”DiscontinuoM”, 5, 10, 0, 0, 1083, 1023, 1023, 1023, 1023, 1, 2, 1293, 1, 3, 1293,
1, 4, 1293, 1, 5, 1293, 2, 3, 1334, 3, 4, 1335, 4, 5, 1334, 2, 5, 1335, 2, 4, 1073, 3, 5, 1073,
0, 0, 0, 0.45, 0, 0, 0.422862, 0.153909, 0, -0.45, 5.51073*10− 17, 0, -0.422862, -0.153909, 0

1438, ”PatchPotAngPC30 5 (0 0 1) 2 (0 1 1 1 1) 10 0.1 1 1 0 0.1 0.5 -1 0.35”, 5, 1438,

0, 0, 5, ”DiscontinuoM”, 5, 10, 0, 0, 1083, 1021, 1021, 1021, 1021, 1, 2, 1330, 1, 3, 1330,
1, 4, 1330, 1, 5, 1330, 2, 3, 1331, 3, 4, 1330, 4, 5, 1331, 2, 5, 1330, 2, 4, 1076, 3, 5, 1076,
0, 0, 0, 0.303109, 0.175, 0, -0.303109, 0.175, 0, -0.303109, -0.175, 0, 0.303109, -0.175, 0

1405, ”PatchPotAngPC45 5 (0 0 1) 2 (0 1 1 1 1) 8 0.05 1 0 0 0.1 0.3 -1 0.45”, 5, 1405,

0, 0, 5, ”DiscontinuoM”, 5, 8, 0, 0, 434, 1023, 1023, 1023, 1023, 1, 2, 1288, 1, 3, 1288, 1, 4,
1288, 1, 5, 1288, 2, 3, 1295, 3, 4, 1296, 4, 5, 1295, 2, 5, 1296, 0, 0, 0, 0.45, 0, 0, 0.318198,
0.318198, 0, -0.45, 5.51073*10− 17, 0, -0.318198, -0.318198, 0

1338, ”PatchPotAngPC60 5 (0 0 1) 2 (0 1 1 1 1) 10 0.1 1 0 0 0.1 1 -1 0.3”, 5, 1338, 0,

0, 5, ”DiscontinuoM”, 5, 10, 0, 0, 434, 881, 881, 881, 881, 1, 2, 261, 1, 3, 261, 1, 4, 261, 1,
5, 261, 1, 6, 261, 2, 3, 263, 3, 4, 263, 4, 5, 263, 2, 5, 263, 3, 4, 263, 0, 0, 0, 0.15, 0.259808,
0, -0.15, 0.259808, 0, -0.15, -0.259808, 0, 0.15, -0.259808, 0

1337, ”PatchPotAngPC90 5 (0 0 1) 2 (0 1 1 1 1) 8 0.1 1 0 0 0.1 1 -1 0.3”, 5, 1337, 0, 0,

5, ”DiscontinuoM”, 5, 8, 0, 0, 434, 881, 881, 881, 881, 1, 2, 206, 1, 3, 206, 1, 4, 206, 1, 5,
206, 2, 3, 283, 3, 4, 283, 4, 5, 283, 2, 5, 283, 0, 0, 0, 6.12303*10− 17, 1, 0, -1, 1.22461*10− 16,
0, -1.83691*10− 16, -1, 0, 1, -2.44921*10− 16, 0

1371, ”PatchPotAngY60 5 (0 0 1) 5 (0 1 2 3 4) 8 0.1 1 0 0 1013 1015 1017 1019 0.3”, 5,

1371, 0, 0, 5, ”DiscontinuoM”, 5, 8, 0, 0, 434, 1013, 1015, 1017, 1019, 1, 2, 261, 1, 3, 261,
1, 4, 261, 1, 5, 261, 2, 3, 263, 3, 4, 263, 4, 5, 263, 2, 5, 263, 0, 0, 0, 0.15, 0.259808, 0, -0.15,
III.3. ESPECIES MOLECULARES 49

0.259808, 0, -0.15, -0.259808, 0, 0.15, -0.259808, 0

1369, ”PatchPotAngY90 5 (0 0 1) 2 (0 1 1 1 1) 8 0.1 1 0 0 1002 0.3”, 5, 1369, 0, 0, 5,

”DiscontinuoM”, 5, 8, 0, 0, 434, 1002, 1002, 1002, 1002, 1, 2, 261, 1, 3, 261, 1, 4, 261, 1,
5, 261, 2, 3, 263, 3, 4, 263, 4, 5, 263, 2, 5, 263, 0, 0, 0, 0.3, 0, 0, 1.83691*10− 17, 0.3, 0,
-0.3, 3.67382*10− 17, 0, -5.51073*10− 17, -0.3, 0

1418, ”PatchTetraPC120 5 (0 0 1) 2 (0 1 1 1 1) 10 0.1 1 1 0 0.1 0.5 -1 0.45”, 5, 1418,

0, 0, 5, ”DiscontinuoM”, 5, 10, 0, 0, 1083, 1021, 1021, 1021, 1021, 1, 2, 1293, 1, 3, 1293,
1, 4, 1293, 1, 5, 1293, 2, 3, 1314, 3, 4, 1314, 4, 5, 1314, 2, 5, 1314, 2, 4, 1314, 3, 5, 1314,
0, 0, 0, 0.259808, 0.259808, 0.259808, -0.259808, -0.259808, 0.259808, -0.259808, 0.259808,
-0.259808, 0.259808, -0.259808, -0.259808

1304, ”PatchY90 5 (0 0 1) 5 (0 1 2 3 4) 8 0.1 1 0 0 1004 1006 1008 1010 0.3”, 5, 1304,

0, 0, 5, ”DiscontinuoM”, 5, 8, 0, 0, 434, 1004, 1006, 1008, 1010, 1, 2, 261, 1, 3, 261, 1, 4,
261, 1, 5, 261, 2, 3, 263, 3, 4, 263, 4, 5, 263, 2, 5, 263, 0, 0, 0, 0.3, 0, 0, 1.83691*10− 17,
0.3, 0, -0.3, 3.67382*10− 17, 0, -5.51073*10− 17, -0.3, 0

206, ”MRV-PC”, 2, 206, 0, 0, 2, ”Discontinuo”, 2, 1, 0, 0, 188, 188, 1, 2, 185, 0, 0, 0, 0.75,

0, 0

293, ”SHS 1.005”, 1, 293, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, 0, 0, 0, 254, 0, 0, 0

42, ”Skibinsky i”, 1, 42, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, 0, 0, 0, 24, 0, 0, 0

121, ”Y Disc 21 3.9”, 1, 121, 0, 0, 1, ”Discontinuo”, 1, 0, 0, 0, 103, 0, 0, 0

50 APÉNDICE C. ESPECIES MOLECULARES DISPONIBLES

Fig. III.2: ”PatchY90 5 (0 0 1) 5 (0 1 2 3 4) 8 0.1 1 0 0 1004 1006 1008 1010 0.3”

Apéndice D

Contenido de los archivos de

creación de una corrida

Al abrir el directorio (ver Fig. IV.1) donde está instalado el programa DMPD0 (se re-
comienda el directorio base), se tiene un conjunto de cinco directorios y un ejecutable,
”DMPD.exe”, que sirve para correr el programa. Los cinco directorios son: ”Archivos”,
”Cluster”, ”Instalación”, ”Proyectos” y ”ProyectosAnalisis”.

Fig. IV.1: Ventana del programa ”DMDP0”

En ”Archivos” (ver Fig. IV.2) se encuentran quince archivos de texto con los datos
almacenados en el programa. Los archivos son: ”DatosFormDatosDeCorrida.txt”, ”Es-
peciesAtomicasExistentesTabla.txt”, ”EspeciesAtomicasExistentes.txt”, ”EspeciesMolec-

51
52APÉNDICE D. CONTENIDO DE LOS ARCHIVOS DE CREACIÓN DE UNA CORRIDA

ularesExistentesTabla.txt”, ”EspeciesMolecularesExistentes.txt”, ”NumeroDeParticulas2c.txt”,

”NumeroDeParticulas2t.txt”, ”NumeroDeParticulas2.txt”, ”NumeroDeParticulas3c.txt”,
”NumeroDeParticulas3t.txt”, ”NumeroDeParticulas3.txt”, ”PosicionesIniciales.txt”, ”Po-
tenciales.txt”, ”TipoCorrida.txt” y ”VelocidadesIniciales.txt”. Estos archivos no deben
cambiarse a mano, el programa se encarga de mantener sus datos.

Fig. IV.2: Contenido de la carpeta ”Archivos”

Fig. IV.3: Contenido del archivo ”DatosFormDatosDeCorrida.txt”

El archivo ”DatosFormDatosDeCorrida.txt” (ver Fig. IV.3) contiene un conjunto de

claves booleanas utilizadas por la forma de datos de corrida ”FormDatosDeCorrida”. Las
especies atómicas y moleculares se encuentran en los archivos de texto: ”EspeciesAtomica-
sExistentesTabla.txt”, ”EspeciesAtomicasExistentes.txt”, ”EspeciesMolecularesExisten-
tesTabla.txt”, ”EspeciesMolecularesExistentes.txt”. Los primeros sólo tienen los nom-
bres de las especies y los segundos incluyen todos los datos de ellas (las terminadas con
”Tabla”). Se anima al usuario a explorar estos archivos, con el debido cuidado de no
 53

modificar su contenido. Los archivos de ”NumerosDeParticulas” se incluyen en dos y tres

dimensiones para los cristales cuadrado (c), triangular (t) y ”fcc” (cúbico centrado en la
cara por sus siglas en inglés ”faced center cubic”) sin ningún sufijo. Estos archivos con-
tienen los números de moléculas que corresponden a cada cristal en dos y tres dimensiones
para un número n de lı́neas de 1, 2,..., n.

Fig. IV.4: Contenido del archivo ”PosicionesIniciales.txt”

El archivo de ”PosicionesIniciales.txt” (ver Fig. IV.4) contiene diez tipos de arreglos

para las posiciones iniciales. ”CapasCP” acomoda las moléculas (copolı́meros) por capas
de la misma forma que la anterior ”Capas” . Dos apartados especiales para moléculas lin-
eales, cuadrada y triangular, se incluyen al final. El archivo de ”Potenciales.txt” contiene
los potenciales que están disponibles en el programa.

Fig. IV.5: Contenido de los archivos ”TipoDeCorrida.txt” y ”VelocidadesIniciales.txt”

El archivo ”TipoDeCorrida” (ver Fig. IV.5 panel izquierdo) contiene los tipos de
corrida que pueden realizarse con el programa. De hecho, sólo los tipos ”Micro canónico”
y ”Temperatura constante” están disponibles en esta versión del programa. El último
archivo es el de ”VelocidadesIniciales.txt” (ver Fig. IV.5 panel derecho) que contiene los
54APÉNDICE D. CONTENIDO DE LOS ARCHIVOS DE CREACIÓN DE UNA CORRIDA

tipos de velocidades iniciales que se pueden escoger. ”Al Azar” es la única opción que
está implementada en esta versión.

Fig. IV.6: Contenido de las carpetas ”Cluster” e ”Instalación”

Las carpetas de ”Cluster” e ”Instalación” (ver Fig. IV.6 panel izquierdo y derecho,
respectivamente)contienen los archivos para ser instalados en un cluster para correr el pro-
grama en una computadora paralela. La carpeta ”Cluster” contiene las carpetas ”dmpd”
y ”Proyectos” que deberán ser copiadas al directorio raı́z en el cluster. La carpeta ”dmpd”
contiene a su vez dos carpetas ”procs” y ”progs” que contienen los procedimientos de Linux
y los programas en fortran para ejecutar el programa en el cluster, respectivamente. Los
programas en fortran deben ser compilados localmente en el cluster para que se puedan
utilizar. Los procedimientos se instalan con el archivo ”.bashrc” (recursos del shell bash)
que debe ser copiado también en el directorio raı́z de la cuenta en donde se correrá el
programa.
La carpeta de ”Instalación” contiene los programas de instalación del los programas
”FileZilla” y ”putty”, que son dos programas de uso libre. ”FileZilla” sirve para transferir
archivos de una computadora corriendo Windows al cluster que corre Linux y ”putty”
provee una ventana en Windows conectada al cluster. Estos dos programas hay que
ejecutarlos al instalar el programa DMPD0 por primera vez en una computadora con
Windows.
Las carpetas de ”Proyectos” y ”ProyectosAnalisis” contienen, la primera, ”Proyectos”,
los Proyectos con sus correspondientes Series y Corridas, incluidos todos los datos tal y
como se transfieren del cluster. La carpeta ”ProyectosAnalisis” contiene los análisis de
cada una de las corridas.
La carpeta ”Proyectos” (Fig. IV.7) contiene seis carpetas. ”Archivos”, ”Propiedades”,
”Proyectos0”, ”Proyectos1”, ” Proyectos2” y ” Proys”. ”Archivos” contiene dos archivos
de texto ”Archivo.txt” y ”Bloques.txt”, que son dos archivos donde se guarda la historia
 55

Fig. IV.7: Contenido de la carpeta ”Proyectos”

de las corridas que se hacen con el programa. ”Propiedades” contiene a su vez dos
archivos de texto ”Densidades.txt” y ”Temperaturas.txt” donde se guardan las últimas
densidades y temperaturas de la última isoterma o isócora ejecutadas. ”Proyectos0” es
una carpeta de un proyecto auxiliar que se utiliza para inicializar los proyectos en el
programa. ”Proyectos1” y ” Proyectos2” son las carpetas de los proyectos 1 y 2 que
contiene esta versión como ejemplos.

Fig. IV.8: Contenido de la carpeta ”Proys”

La carpeta ”Proys” (Fig. IV.8) contiene cinco archivos de texto que se utilizan
para guardar información acerca del último proyecto y las últimas serie y corrida que
se abrieron. ”Proyectos” contiene una lista de los proyectos vigentes en el programa.
”ProyectoSerieCorrida” y ” ProyectoSerieCorridaF” contienen el último proyecto, serie
y corrida que se abrieron, para el programa y para la versión en fortran, respectiva-
mente. ”ProyectosNum” contiene los nombres de los proyectos y su numeración. ”Proyec-
tosSerieElegida” contiene la última serie elegida de cada uno de los proyectos vigentes.
La carpeta de ”ProyectosAnalisis” (Fig. IV.9) contiene un conjunto de cuadernos de
Mathematica que se utilizan en el análisis de las corridas efectuadas en el cluster. Aquı́
sólo se describe someramente su función y en el Capı́tulo IV.3 se incluye una descripción
completa, con ejemplos de su uso.
56APÉNDICE D. CONTENIDO DE LOS ARCHIVOS DE CREACIÓN DE UNA CORRIDA

Fig. IV.9: Contenido de la carpeta ”ProyectosAnalisis”

El archivo de excel ”A Corridas DMPD0 2013” incluye la bitácora de las corridas

realizadas en el cluster. ”AnalisiDeProyectoDMPDFortTanh” se usa para analizar un
proyecto completo corrido en el cluster. ”AnalisisDeSerieDMPDFort” analiza cada serie
por medio del programa ”AnalisisDMDPFort”. ”AnalisisProyectos1” y ” AnalisisProyec-
tos3” dan un resumen de los bloques ejecutados de cada Corrida, Serie y Proyecto que se
requiera y sus funciones se encuentran en ”AnalisisProyectosFunciones”. ”ColoresMarcas”
contiene la definición de algunos colores y marcadores para graficar.
”CrearPelı́culaP1S1C1” es un ejemplo de pelı́cula que se crea con las funciones definidas
en el cuaderno ”CrearPelı́culaDibujarPosicionesFunciones”. ”DMPDFortAnalisis.m” con-
tiene la funciones que apoyan a todos los demás cuadernos, el cual se opera a través de
”DMPDFortPaquete”, que debe ejecutarse dos veces antes que cualquier otro cuaderno.
”DMPDFortLimpia” es un cuaderno de utilerı́a para el programa ”AnalisisDMPDFort”.
”ProyectosNombres” genera una lista de los nombres de los proyectos vigentes, escribiéndolos
en el archivo ”ProyectosNombres.txt”. El archivo ”psc” contiene datos de la última Cor-
rida ejecutada con su respectiva Serie y Proyecto.
Bibliography

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