Alumno: Gutiérrez Vázquez Carlo Iván. Parcial: 2 . No.

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Descripción de Tarea: Artículo (actividad).
Fecha de Asignación: 23 de Abril de 2018. Fecha de Entrega: 30 de Abril de 2018.

SÍNTESIS DEL ARTÍCULO

En el artículo se puede observar el cómo los balances estequiométricos en procesos de

fermentación son esenciales para su entendimiento y/o aplicación. El hecho de poder usar
esta herramienta nos brinda la determinación de los flujos en la red de reacciones bioquímicas
es el análisis de flujos metabólicos, en el cual los flujos intracelulares son calculados usando
un modelo estequiométrico que describe la bioquímica del microorganismo.
En pocas palabras se presenta una revisión de las metodologías de análisis de consistencia y
análisis de flujos metabólicos y su aplicación a sistemas de fermentación.
Los procesos dentro de un tanque de reacción, son caracterizados por el crecimiento de una
población de microorganismos, que degradan uno o varios sustratos para formar algún
producto en específico.
El cálculo de los flujos metabólicos es una herramienta que nos permite organizar el
conocimiento metabólico de un microorganismo en una red de reacciones bioquímicas y
provee una medida del grado de ajuste entre varias vías metabólicas. En pocas palabras nos
permite calcular el posible comportamiento de mis componentes dentro del reactor y la
velocidad en la que estos se producen o consumen.
Una forma para la determinación de los flujos en la red de reacciones bioquímicas es el
análisis de flujos metabólicos (AFM), en el cual los flujos intracelulares son calculados
usando un modelo estequiométrico que describe la bioquímica del microorganismo. También
nos dice que en algunos casos el modelo estequiométrico usado y los flujos extracelulares
nos pueden permitir los flujos extracelulares no medidos o los que sí fueron medidos pero se
omitieron al momento de hacer los cálculos.
En resumen no puede ayudar a:
 Calcular flujos extracelulares no medidos
 Calcular rendimientos teóricos máximos
 Identificar vías alternativas
 Identificación de puntos ramificados de control metabólico
El Análisis de consistencia de datos experimentales puede realizarse aplicando la
redundancia de datos, esta nos ayuda para medir la misma variable, o cuando las mediciones
obtenidas guardan ciertas restricciones, tales como cumplir con balances elementales.
También nos menciona que en el modelo de caja negra todas las reacciones celulares son
agrupadas en una sola reacción y el método básicamente consiste en la validación de balances
elementales, considerando a la biomasa como una caja negra que intercambia materiales con
el medio. Se define a rs como tasa específica de consumo de sustrato, a rp como tasa
específica de formación del producto y a 𝜇 como la acumulación de biomasa que se da en la
caja negra. Además nos dice que ya que todas las reacciones celulares están agrupadas en
una sola reacción, los coeficientes estequiométricos de la reacción global están dados por los
coeficientes de rendimiento con respecto a la biomasa.
Se explica la composición general de la biomasa y como puede variar, nos menciona además
como se calculan los grados de libertad lo cual ya se había visto antes en clase y si se tienen
exactamente F tasas de reacción medidas, es posible calcular las demás, pero no hay
redundancias para validar la consistencia de los datos. Nos menciona la importancia de medir
los grados de libertad antes de comenzar a hacer los cálculos y nos explica las condiciones
de un sistema en el cual tenga mayor cantidad de mediciones experimentales que de grados
de libertad (un sistema sobre determinado) y que clase de mediciones se pueden hacer con
este.
Para el caso de estudio, el análisis de los datos comienza planteando los balances elementales
de C, H, O y N, lo cual se conoce como modelo de caja negra, considerando todos los
compuestos que intervienen en el proceso, expresados en base C-mol, y sus tasas netas de
consumo/producción. Cada renglón de la matriz E contiene los coeficientes estequiométricos
de un balance elemental (de arriba a abajo, C, H, O y N) y cada columna contiene los
coeficientes de la fórmula, en base C-mol, de los compuestos que intervienen en el proceso.
Una vez hechas las ecuaciones y obteniendo la medición de los compuestos necesarios para
la formación de una matriz el sistema es sobre determinado y puede validarse la calidad de
los datos experimentales, calculándose el índice de consistencia en el modelo de caja negra.
Se explica en si el proceso como tal para resolver un caso en un reactor con las condiciones
bajo estudio. Tamnién nos dan lo que contienen las matrices E calculable y medible. La
matriz Em contiene los coeficientes de la composición elemental de los compuestos medidos
y el vector rm contiene las tasas de consumo/producción de tales compuestos.
Por su parte, la matriz Ec contiene los coeficientes de la composición elemental de los
compuestos no medidos, mientras que el vector rc contiene las tasas de consumo/producción
de los compuestos no medidos.
Una vez que la consistencia de los datos experimentales se ha validado y la red de reacciones
bioquímicas ha sido determinada, la información se colecta en una matriz estequiométrica
(A). Las tasas de reacción, o flujos metabólicos, son calculadas con base en una suposición
de estado pseudoestacionario para las concentraciones intracelulares de los metabolitos.
Como entrada para los cálculos se utiliza un conjunto de flujos extracelulares medidos,
típicamente tasas de consumo de sustratos y tasas de secreción de productos.
El producto final del cálculo es un mapa de flujos metabólicos que muestra la tasa (es decir
el flujo) a la cual ocurre cada una de las reacciones. Si la matriz estequiométrica es singular,
dos o más reacciones son linealmente dependientes y no existe una solución única del
sistema.
Es importante señalar que cualquier modelo estequiométrico debe sujetarse a un análisis de
sensibilidad, para lo cual el primer indicador es el número de condición (C) de la matriz
estequimétrica. El análisis de sensibilidad del vector de flujos calculados (x) con respecto al
vector de las tasas medidas (r) se hace calculando la matriz. Flujos metabólicos intracelulares
puede basarse en igual número de balances de metabolitos, o en un número menor o mayor
de tales balances, dependiendo del número de mediciones disponibles.
Para la validación del modelo estequiométrico al trabajar con un sistema sobre determinado,
es posible eliminar de manera selectiva una de las tasas medidas del vector xm, para validar
el modelo. Cuando se selecciona cualquiera de los compuestos medidos, el error de
estimación debe ser similar al correspondiente error de medición.
Se concluye que se ha descrito la aplicación de balances estequiométricos a procesos de
fermentación, como un método sistemático, que resulta valioso para la validación de los datos
experimentales, así como para el estudio de redes metabólicas.

CÓDIGO PARA EL CÁLCULO DE VELOCIDADES

Em=[1 1 1 1 1 1;2 1.81 2 2 2 2;1 0.52 1 2/3 .5 2/5;0 0.21 0 0 0
0];%Emedible
Ec=[0 1 0;3 0 2;0 2 1;1 0 0]; %Ecalculable

Emt=transpose(Em);%E.M.Transpuesta
Ect=transpose(Ec);%E.C.Transpuesta

%rc=-(inv(Ec*EcT))* (EcT*Em*rm)
rm=[1;1;1;1;1;1];
rc=-(inv(Ect*Ec))*Ect*Em*rm;

%PseudoInversa
A=(inv(Emt*Em))*(Emt);

COMBINACIONES PARA QUE EL DETERMINANTE =

CERO

A=
Lactato
1.0000 1.0000 1.0000 1.0000
Biomasa
2.0000 1.8100 2.0000 2.0000
Acetato
1.0000 0.5200 1.0000 0.6667
Propionato
0 0.2100 0 0

B=

1.0000 1.0000 1.0000 1.0000 Lactato

2.0000 2.0000 2.0000 2.0000 Acetato

1.0000 1.0000 0.5000 0.4000 Butirato

0 0 0 0 Valerato
 C=

1.0000 1.0000 1.0000 0 Lactato

2.0000 2.0000 0 2.0000 Valerato

1.0000 0.4000 2.0000 1.0000 CO2

0 0 0 0 H20

D=

1 1 0 1 Lactato

2 2 3 0 Acetato

1 1 0 2 NH3

0 0 1 0 CO2

E=

1.0000 1.0000 0 1.0000 Valerato

2.0000 2.0000 3.0000 2.0000 Lactato

0.4000 1.0000 0 1.0000 NH3

0 0 1.0000 0 Acetato

 Todas las matrices expuestas en el documento otorgan un determinante 0 por lo que

no pueden tener inversa
 Para estructurar las matrices se tomó en cuenta las propiedades de las matrices y las
condiciones para que el determinante sea igual a cero
 Dada la matriz si una columna tiene solo ceros la determinante será cero
 Si se usa como parámetros calculables el lactato y acetato los dos juntos,
independientemente si no existe una fila o columna con solo ceros aun así la
determinante será cero
 Para que la matriz calculable se le pueda obtener la inversa entonces los parámetros
calculables deben cumplir las siguientes condiciones:
 1-por lo menos se deberá escoger como calculable el amonio o biomasa así la matriz
no tendrá un fila con ceros
2.-Solo se podrá escoger como parámetro calculable al lactato o acetato uno de los
dos, nunca los dos a la vez ya que de lo contrario su determinante será cero.

CÁLCULO DE LA PSEUDOINVERSA

1 1 1 1 1 1 0 1 0
2 1.81 2 2 2 2 3 0 2
E=
1 0.52 1 0.66 0.5 0.4 0 2 1
0 0.21 0 0 0 0 1 0 0

qc= EcT (-(EcTEc)-1) Em qm

CASO 1:

1 1 1 0 0
2 1.81 2 3 2
Ec=
1 0.52 1 0 1
0 0.21 0 1 0
𝑞𝑝
𝑞𝑏
qm=𝑞𝑣
𝑞𝑐

1 1 1 1
2 2 2 0
Em=
0.5 0.4 0.66 2
0 0 0 0
1 2 1 0 1 2 1 0
1 1 1 0 0 1 1 1 1 𝑞𝑝
1 1.81 0.52 0.21 1 1.81 0.52 0.21
2 1.81 2 3 2 -1 2 2 2 0 𝑞𝑏
qc= 1 2 1 0 (-(1 2 1 0 * ) * *
1 0.52 1 0 1 0.5 0.4 0.66 2 𝑞𝑣
0 3 0 1 0 3 0 1
0 0.21 0 1 0 0 0 0 0 𝑞𝑐
0 2 1 0 0 2 1 0
 1 2 1 0
3 5.81 2.52 0.21 1 1 1 1 𝑞𝑝
1 1.81 0.52 0.21
5.81 24.2761 6.9412 3.3801 -1 2 2 2 0 𝑞𝑏
qc=1 2 1 0 (-( ) ) *
2.52 6.9412 3.2704 0.1092 0.5 0.4 0.66 2 𝑞𝑣
0 3 0 1
0.21 3.3801 0.1092 1.0441 0 0 0 0 𝑞𝑐
0 2 1 0
1 2 1 0
1.5 −7 13 21 1 1 1 1 𝑞𝑝
1 1.81 0.52 0.21
−7 90.5357 −177.6428 −273.1071 2 2 2 0 𝑞𝑏
qc= 1 2 1 0 (-( ) *
13 −177.6428 349.4285 535.9285 0.5 0.4 0.66 2 𝑞𝑣
0 3 0 1
21 −273.1071 535.9285 824.8214 0 0 0 0 𝑞𝑐
0 2 1 0
1 2 1 0 𝑞𝑝
−6 −7.3 −3.92 27.5
1 1.81 0.52 0.21 𝑞𝑏
85.25 103.0142 56.8271 −362.2857
qc=1 2 1 0 (-( )∗ 𝑞𝑣
−167.5714 −202.5142 −111.6628 711.8571
0 3 0 1 𝑞𝑐
−257.25 −310.8428 −171.5014 1092.857
0 2 1 0
𝑞𝑝
-3.07142 -3.78571 -1.92857 14.78571 𝑞𝑏
qc= -( 7.14285 8.57142 4.85714286 -28.5714 * 𝑞𝑣 )
-3.07142 -3.78571 -1.928571 14.78571 𝑞𝑐

CASO 2: -1.5 -1.8 -1.02 6

1 1 1 1 1 1 0 1 0
2 1.81 2 2 2 2 3 0 2
E=
1 0.52 1 0.66 0.5 0.4 0 2 1
0 0.21 0 0 0 0 1 0 0

Ec=
1 1 1 1 0

2 2 1.81 2 2
0.66 0.5 0.52 1 1
0 0 0.21 0 0

Em= 1 0 1 1
2 3 2 0
1 0 0.4 2
0 1 0 0

𝑞𝑙
𝑞𝑛
qm=
𝑞𝑣
𝑞𝑐
 1 2 0.66 0 1 2 0.66 0
1 1 1 1 0 1 0 1 1 𝑞𝑙
1 2 0.5 0 1 2 0.5 0
2 2 1.81 2 2 -1 2 3 2 0 𝑞𝑛
qc= 1 1.81 0.52 0.21(-(1 1.81 0.52 0.21* ) )∗ ∗
0.66 0.5 0.52 1 1 1 0 0.4 2 𝑞𝑣
1 2 1 0 1 2 1 0
0 0 0.21 0 0 0 1 0 0 𝑞𝑐
0 2 1 0 0 2 1 0

1 2 0.66 0
1.9345 −1.5736 2.1472 −0.9660 1 0 1 1 𝑞𝑙
1 2 0.5 0
−1.5736 2.1671 −3.8343 −1.6909 2 3 2 0 𝑞𝑛
qc= 1 1.81 0.52 0.21(- )∗ ∗
2.1472 −3.8343 7.6687 3.8343 1 0 0.4 2 𝑞𝑣
1 2 1 0
−0.9660 −1.6909 3.8343 32.3561 0 1 0 0 𝑞𝑐
0 2 1 0

1 2 0.66 0 𝑞𝑙
0.9345 −5.6869 −0.3537 6.2290
1 2 0.5 0
−1.0736 4.8105 1.2269 −9.2423 𝑞𝑛
qc= 1 1.81 0.52 0.21(- )∗
2.1472 −7.6687 −2.4539 17.4846 𝑞𝑣
1 2 1 0 𝑞𝑐
−0.5136 27.2831 −2.8142 6.7026
0 2 1 0

0.2044 −1.1271 0.4805 −0.7157 𝑞𝑙

−0.1390 0.099 0.8732 −3.5132 𝑞𝑛
qc= -( )∗
3.74𝐸 − 16 4.7619 6.66𝐸 − 16 −1.11𝐸 − 15 𝑞𝑣
0.9345 −3.7345 −0.3537 5.2290 𝑞𝑐

CASO 3:

1 1 1 0 0
2 0 2 3 2
Ec=
1 2 0.4 0 1
0 0 0 1 0
1 1 1 1
1.81 2 2 2
Em=
0.52 1 0.5 0.66
0.21 0 0 0
𝑞𝑥
𝑞𝑎
qm=𝑞𝑏
𝑞𝑝

1 2 1 0 1 2 1 0
1 1 1 0 0 1 1 1 1 𝑞𝑥
1 0 2 0 1 0 2 0
2 0 2 3 2 -1 1.81 2 2 2 𝑞𝑎
qc= 1 2 0.4 0(- (1 2 0.4 0* ) )* *
1 2 0.4 0 1 0.52 1 0.5 0.66 𝑞𝑏
0 3 0 1 0 3 0 1
0 0 0 1 0 0.21 0 0 0 𝑞𝑝
0 2 1 0 0 2 1 0
 1 2 1 0
1.1080 −0.1811 −0.4703 0.5435 1 1 1 1 𝑞𝑥
1 0 2 0
−0.1811 0.1506 −0.0174 −0.4520 1.81 2 2 2 𝑞𝑎
qc= 1 2 0.4 0(-( )* *
−0.4703 −0.0174 0.4354 0.0522 0.52 1 0.5 0.66 𝑞𝑏
0 3 0 1
0.5435 −0.4520 0.05226 2.3562 0.21 0 0 0 𝑞𝑝
0 2 1 0
1 2 1 0 𝑞𝑥
0.6496 0.2752 0.5104 0.4351
1 0 2 0 𝑞𝑎
−0.0124 0.1027 0.1114 0.1087
qc=1 2 0.4 0(- )*
−0.2644 −0.0696 −0.2874 −0.2177 𝑞𝑏
0 3 0 1
0.2472 −0.3083 −0.3344 −0.3261 𝑞𝑝
0 2 1 0

0.3603 0.4111 0.4459 0.4348 𝑞𝑥

0.1206 0.1358 −0.0644 −0.0003 𝑞𝑎
qc=-( ∗ )
0.5189 0.4529 0.6184 0.5655 𝑞𝑏
0.21 5.55𝐸 − 17 0 0 𝑞𝑝