MACROMOLÉCULAS: ÁCIDOS

NUCLÉICOS Y CÓDIGO GENÉTICO

1- Preguntas clave
2- Acidos nucléicos:
- Azúcares
- Bases pirimidínicas y purínicas
- Nucleósido y nucleótido
- Polimerización de los nucleótidos
3- Estructura del DNA
4- RNA: diferencias con el DNA
5- Código genético
6- Resumen y conceptos
7- Bibliografía

1
Preguntas clave (s.XIX):
• ¿cómo puede la información biológica
plasmarse en un SOPORTE físico/químico?
• ¿cuál es el “material” genético?
– Debe ser “estable”, replicable, contener
compleja información y acomodar
mutaciones que den cuenta de la evolución.
• ¿cómo puede transmitirse/copiarse de manera
fidedigna de padres a hijos?
El descubrimiento de la estructura primaria del
DNA marca un hito en la historia de la biología

2
El DNA es el material genético:
1928: Prueba experimental de
la función genética del DNA:
Frederick Griffith (el material genético
puede ser transferido de una bacteria a otra).

Década 1940: DNA es el

material genético

1953: Rosalind Franklin:

difracción de rayos X.

1953: Watson y Crick: estructura

primaria del DNA (la “doble
hélice”): DNA consiste en dos hebras de
nucleótidos formando una hélice con los
azúcares y fosfatos en el exterior y las bases
en el interior.
3
 ACIDOS NUCLEICOS
DNA Y RNA
POLINUCLEÓTIDOS = polímeros de nucleótidos

Azúcares:

4
 Bases pirimidínicas y purínicas

DNA: A, G, C Y T Síntesis de purinas y pirimidinas

RNA: A, G, C Y U
5
 Azúcares: Ribosa y Desoxirribosa
Los carbonos de las pentosas se denominan “prima”
para diferenciarlos de los átomos de las bases
nitrogenadas. 5’
4’ 1’
3’ 2’
1’
(RNA)

4’

RIBOSA RIBOSA
(lineal < 1%) (cíclica: enlace hemiacetal (DNA)
1’-4’)
Proyección de
Haworth
El 2’OH de la ribosa (RNA) no existe en la deoxi-
ribosa (DNA) que es menos reactiva por carecer de 1
grupo
6 OH.
 NUCLEÓSIDO = base + azúcar pentosa (enlace N-glicosídico)
NUCLEÓTIDO = nucleósido (base+azúcar) + fosfato (éster)

BASE->NUCLEOSIDO NUCLEÓTIDOS

ADENINA->ADENOSINA AMP, ADP, ATP

Enlace
N-glucosídico

GUANINA->GUANOSINA GMP, GDP, GTP

Los nucleósidos se
nombran añadiendo el
sufijo -osina a las purinas
o -idina a las pirimidinas.

CMP, CDP, CTP

CITOSINA->CITIDINA

URACILO->URIDINA
UMP, UDP, UTP
7
(TIMINA->TIMIDINA) (TMP, TDP, TTP)
Polimerización de nucleótidos
Enlace fosfodiéster:
Grupo fosfato unido al
3’OH de una pentosa y
al 5’OH de la siguiente

8
 Esqueleto del DNA

9
 WATSON Y CRICK”:
Explicación a las Complementariedad de las
“Reglas de Chargaff”: la bases: A=T y C=G para dar pares
cantidad de A es igual a de bases con la misma longitud
(1,08 nm)
la de T y la de C a la de
G en el DNA

DOBLE CADENA

1,08 nm 1,08 nm

C G
10
T A
Las cadenas del DNA son antiparalelas
y complementarias

3’ OH
5’ OH (Pi)

3’ OH 5’ OH (Pi)
11
 GEOMETRÍA DE LOS
PARES DE BASES

•Sólo ciertos apareamientos entre las bases

permiten la formación de puentes de
hidrógeno que mantienen una distancia de
1,08 nm entre los dos C1’ de las pentosas.

•El esqueleto exterior está formado por las

pentosas-fosfato y el interior por las bases
nitrogenadas (asociadas por puentes de H y
fuerzas de Van der Waals)

•Para acomodar estos apareamientos las

dos cadenas del DNA deben correr de
manera anti-paralela (3’->5’ y 5’->3’).

•Apareamiento completo de las dos hebras

sólo se puede establecer si los pb van
girando unos con respecto a otros (DOBLE
HÉLICE)
12
SURCOS MAYOR Y
MENOR

Interior hidrofóbico,
exterior hidrofílico,
estabilidad. Carga
negativa
La geometría del pb 2,2 nm
determina la disposición
espacial relativa de las dos
22A
hebras en el DNA y es la
causa a nivel molecular de
la presencia de surcos
menor y mayor
1,2 nm
12A

13
DNA no estructura estática. Conformaciones del DNA
in vivo (complementariedad, antiparalelismo,
helicidad, etc):

-Forma B- DNA: fisiológica alta cantidad agua,

dextrógira

-Forma A-DNA: condiciones de baja humedad y

dúplex DNA-RNA o RNA-RNA: más ancha y corta,
mayor número de bases por vuelta. Dextrógira

-Forma Z-DNA: control expresión génica y

recombinación, es levógiro: más estrecha y larga.

14
15 http://www.imb-jena.de/IMAGE_DNA_MODELS.
 Molecular structure of nucleic acids.
A structure for deoxyribose nucleic acid.
Nature 171: 737-738 (1953).
Watson JD, Crick FH.

“No ha escapado a nuestra

apreciación que el apareamiento
específico que proponemos
sugiere inmediatamente un posible
mecanismo para copiar material
genético.”
16
 El “dogma central” de la biología

REPLICACIÓN

TRANSCRIPCIÓN

TRADUCCIÓN

17
 Convenciones:
•Una secuencia de nucleótidos se escribe siempre de 5’ a
3’ (sentido de la transcripción y la traducción)

•Suele utilizarse la abreviatura en inglés de “ácido

(deoxi)ribo nucleico” (DNA y RNA en vez de ARN y ADN).

•Se utilizan las abreviaturas de las 4 bases del DNA

(ACTG) para definir la secuencia codificante de un gen.

•La longitud de las moléculas de DNA y RNA suele

medirse en “pares de bases” (pb o bp).

18
RNA: diferencias con el DNA
•Ribosa: 2’-OH (mayor labilidad, el DNA
debe ser más estable para poder
“heredarse”)

•Uracilo (en vez de Timina en el DNA) y

presencia de otras bases atípicas

•Longitud: RNA 102-103 nt / DNA 103-108 nt

•Cadenas lineales, de hebra sencilla

19
 ESTRUCTURA DEL RNA
Estructura secundaria Estructura terciaria en L:
en trébol:

“horquillas”

Tallos+bucles

20
 El “código genético”
• Es el conjunto de pautas que rigen la
transferencia de la información contenida en
el DNA para la síntesis de proteínas

• Es UNIVERSAL (casi)

• “Correlación” entre la secuencia de

nucleótidos del DNA y la secuencia de
aminoácidos en las proteínas que codifica.

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Características del código genético:

- “codón”. 20 aminoácidos
Los codones del código son tripletes (secuencia de
3 nucleótidos): 4 nt, 42=16 (insuficiente), 43=64

-Especifíca un aminoácido (aa)

- El código genético es REDUNDANTE

Hasta seis codones diferentes pueden codificar
para el mismo aminoácido.

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 -Existen 3 marcos o pautas de lectura
Experimento con secuencias repetidas de 3 nt:

• Codón de iniciación = AUG (Met -metionina- o N-

fMet)
• Codones “sin” sentido (STOP)
– Hay tres codones que indican la terminación
de la cadena (UAA, UAG, UGA)
– No codifican para ningún aminoácido.
23
 TAA
ATT

UAA

STOP

24
25
 RESUMEN Y CONCEPTOS
-COMPONENTES DEL DNA y RNA: pentosas, bases y fosfato.
-NOMBRES DE LAS 4 BASES, CARACTERISTICAS
GENERALES Y APAREAMIENTOS
-ESTRUCTURA BASICA DEL DNA Y SU RELEVANCIA
BIOLOGICA:
-COMPLEMENTARIEDAD: POSIBILIDAD DE COPIA
-POLINUCLEOTIDO: CADA MOLECULA ES UNICA
-APAREAMIENTOS SIEMPRE IGUALES: CODIGO UNIVERSAL
-DIFERENCIAS DNA Y RNA: U/T, RIBOSA/DEOXIRIBOSA,
LABILIDAD DEL RNA/ESTABILIDAD DEL DNA, ETC.
-CONCEPTO DE CODON Y CODIGO GENETICO.

26
PAGINAS WEB Y BIBLIOGRAFIA RECOMENDADA:

Essays on the History of Biochemistry

An interview with James Watson
http://www.imb-jena.de/IMAGE_DNA_MODELS. http://www.accessexcellence.org/AB/CC/watson.html
An interview with Francis Crick
htmlhttp://c3.biomath.mssm.edu/knex/supercoil.knex. http://www.accessexcellence.org/AE/AEC/CC/crick.html
A copy of the classic Watson and Crick paper
http://biocrs.biomed.brown.edu/Books/Chapters/Ch 8/DH-Paper.html
htmlhttp://academy.d20.co.edu/kadets/lundberg/dnapic2. Nucleotides and Nucleic Acids
An introduction to X-Ray Crystallography
http://www-structure.llnl.gov/Xray/101index.html
htmlhttp://202.213.175.11/NDB/NDBATLAS/index.html Nucleotides in 3D
http://www.nyu.edu/pages/mathmol/library/dna/
More nucleotides in 3D
Biochemistry http://info.bio.cmu.edu/Courses/BiochemMols/BuildBlocks/Nucs.html
Biochemistry, 3/E Nucleotide structures
http://esg-www.mit.edu:8001/esgbio/lm/nucleicacids/nucleicacids.html
Author: Christopher K. Mathews, Structure of Nucleic Acids
Charles M. Grisham Kensal E. van Holde, A superb animated primer on DNA, genes and heredity
Reginald H. Garrett Kevin G. Ahern, http://vector.cshl.org/dnaftb/
Profile of Oswald Avery
Release Date: http://www.profiles.nlm.nih.gov/CC/
Publisher: Benjamin Cummings
19 October, 1998 An interview with James Watson
ISBN: http://www.accessexcellence.org/AB/CC/watson.html
Published: 11/30/1999
0030223180 An interview with Francis Crick
http://www.accessexcellence.org/AE/AEC/CC/crick.html
Publisher: ISBN: 0-8053-3066-6 A copy of the classic Watson and Crick paper
Brooks Cole http://biocrs.biomed.brown.edu/Books/Chapters/Ch 8/DH-Paper.html
Ooops! Left and Right Handed DNA
http://www.lecb.ncifcrf.gov/~toms/LeftHanded.DNA.html
http://www.web.virginia.edu/heidi/home.htm capitulos 12
y 29

http://bcs.whfreeman.com/lodish5e/ CHAPTER 4
Classic experiments: Cracking the genetic code
27