Universidad Centroccidental “Lisandro Alvarado”

Decanato de Ciencias de la Salud

UNIDAD I
Analizar la dinámica y regulación de las rutas
metabólicas en un individuo sano

Dra. Graciela Dellán Rodríguez

Programa de Medicina
Sección de Bioquímica
2012
Conceptos básicos de termodinámica aplicada a los
sistemas biológicos

• Metabolismo
• Ruta metabólica
– Clasificación según su objetivo
• Catabólica
• Anabólica
• Anfibólica
• Energía libre de Gibbs
 Conceptos básicos de termodinámica aplicada a los
sistemas biológicos

●
Metabolismo
– (Del gr. μεταβολή, cambio, e -ismo): conjunto de
reacciones químicas que efectúan constantemente
las células de los seres vivos con el fin de sintetizar
sustancias complejas a partir de otras más simples,
o degradar aquellas para obtener estas
●
Metabolismo intermediario
– Destino de los componentes de la dieta después de la
digestión y absorción

– Se denomina metabolismo intermediario, debido a que el

metabolismo procede de modo escalonado a través de
muchos intermediarios

– Estudia:

●
Rutas metabólicas

●
Relaciones entre estas

●
Mecanismos que las regulan
●
Ruta o vía metabólica
– Definición:
●
Secuencia de reacciones químicas consecutivas
catalizadas enzimáticamente y encaminadas a
alcanzar una TRANSFORMACIÓN QUÍMICA
ESPECÍFICA

E1 E2 E3
S A B P

– S: sustrato
– P: producto
– A y B: intermediarios
●
Ruta o vía metabólica
– El P de una reacción es el S de la siguiente
– Son sistemas termodinámidos abiertos
– Hay reacciones próximas al equilibrio y alejadas
de este
●
Ruta o vía metabólica
– TRANSFORMACIÓN QUÍMICA ESPECÍFICA:
●
Desdoblamiento de grandes moléculas en
otras más pequeñas
– Catabólicos
– Degradativos
– Oxidación
●
Síntesis de moléculas mayores o más
complejas a partir de las moléculas más
pequeñas
– Anabólicos
– Sintéticos
– Reducción
●
Ruta metabólica
– Clasificación de las de vías metabólicas, según su
objetivo:
●
Catabólicas:
– Vías de oxidación
– Producen energía
●
Anabólicas:
– Vías de síntesis
– Consumen energía
●
Anfibólicas:
– Vías mixtas (tienen ambas funciones)
– Encrucijadas metabólicas
Rutas anabólicas y catabólicas ocurren:
De manera “paralela”
Son reguladas de manera independiente y
Usualmente en compartimientes celulares diferentes
 Conceptos básicos de termodinámica

●
Energía libre de Gibbs:
– Energía libre estándar
– Energía libre estándar fisiológica
– Energía libre real
– Energía libre real en condiciones fisiológicas
 Conceptos básicos de termodinámica

●
Termodinámica:
– Ciencia que estudia los cambios energéticos que
acompañan los cambios físicos y químicos
●
Bioenergética o termodinámica bioquímica:
– Ciencia que estudia los cambios energéticos que
acompañan a las reacciones bioquímicas
– Permite explicar porque unas reacciones pueden
producirse y otras no
 Conceptos Importantes

1. Sistema:
– Aquella parte o porción FRONTERA
del universo bajo UNIVERSO

estudio.
SISTEMA
2. Frontera:
– Separa el sistema de los AMBIENTE
alrededores o del
ambiente.
3. Ambiente o alrededores:
– El resto del universo.
 Conceptos Importantes

4. Tipos de sistemas:
– Sistema aislado:
●
Aquel sistema donde no existe intercambio de
masa, ni de calor entre el sistema y el ambiente a
través de la frontera
– Sistema cerrado:
●
Hay intercambio de calor (o energía), pero no de
masa
– Sistema abierto:
●
Hay intercambio de masa y de calor (o energía)
Tipos de Sistemas
 Conceptos Importantes

5. Estado: es la condición de un sistema

●
Esta condición se describe por un conjunto de propiedades
macroscópicas.
●
Estas propiedades, son necesarias para definir completamente
el sistema
– Presión
– Temperatura
– n [moles]
– Estado físico
 Conceptos Importantes

6. Función de estado (o variable de estado): son las propiedades

de un sistema que dependen únicamente del estado inicial y final
del sistema
– El cambio en esa función de estado, X, está dado por:
● ∆X = X2 – X1
●
Siendo:
– X1: estado inicial y
– X2: estado final
 Conceptos Importantes

Las funciones de estado son variables termodinámicas y son las

siguientes:
– Entalpía: se define como el cambio calórico a presión
constante (calor liberado o absorbido)
– Entropía: se define como una medida de desorden
molecular de un sistema
– Energía interna: suma de la energía de translación,
rotación y vibración de las moléculas.
– Energía libre: energía útil para realizar trabajo
 Leyes de la Termodinámica
Los sistemas biológicos cumplen con las leyes
generales de la termodinámica
 Primera Ley
Ley de Conservación de la Energía
●
La energía no se puede crear ni destruir sino que solamente se
transforma
●
La energía del universo es constante (no se pierde ni se gana)
●
La energía total de un sistema más la de su entorno permanece
constante
●
La energía puede ser transferida en forma de trabajo o en forma
de calor
●
Cuando un mol de sustancia A, se transforma en B, el cambio de
energía química es igual al calor producido (o consumido), más el
trabajo realizado en (o por) la reacción
 Primera Ley
Ley de Conservación de la Energía
●
ENTALPIA (H)
– El cambio de entalpia para un proceso a presión constante,
se define como el calor liberado o absorbido por el
sistema en el proceso químico
– Calor producido (o absorbido) en una reacción cuando no se
realiza trabajo en ella
– ΔH de una reacción viene determinada por la siguiente
formula: ΔH= q – w
●
Donde:
– q: calor
– w: trabajo
 Primera Ley
Ley de Conservación de la Energía
●
ENTALPIA (H)
– Si el sistema pierde calor:
●
ΔH ‹ 0 (negativo) y
●
el proceso es exotérmico
● ∆X = X2 – X1 = 5-10 = -5
– X2= 5 (H: estado final)
– X1 = 10 (H: estado inicial)
Una reaccion exotérmica no necesariamente es espontánea
 Primera Ley
Ley de Conservación de la Energía
●
ENTALPIA (H)
– Si el sistema gana calor:
●
ΔH › 0 (positivo) y
●
el proceso es endotérmico
● ∆X = X2 – X1 = 10-5 = 5
– X2= 10 (H: estado final)
– X1 = 5 (H: estado inicial)
Una reaccion exotérmica no necesariamente es espontánea
 Segunda ley
de la
termodinámica

Los cambios
físicos y
químicos
espontáneos
tienen una
dirección que no
puede ser
explicada por la
primera ley de la
termodinámica
 Segunda Ley

●
En la naturaleza, los procesos espontáneos, tienen cierta
dirección natural que no se puede explicar con base en la
primera Ley de la Termodinámica
●
La segunda ley de la termodinámica identifica un factor que
explica procesos espontáneos
●
Este factor se conoce como ENTROPÍA:
●
La ENTROPÍA (S) se define como una medida
de desorden molecular de un sistema
 Segunda Ley

●
La ENTROPÍA es una función de estado que provee un
criterio general para identificar:
●
1. El estado de equilibrio y
●
2. La dirección de la espontaneidad
 Segunda Ley

●
En un proceso espontáneo la entropía del Universo aumenta
●
En equilibrio la entropía se mantiene constante
●
Para decidir si una reacción es o no espontánea, hay que tomar en
consideración el cambio en entropía total (∆Stotal)

∆Stotal = ∆Ssistema + ∆Sambiente ≥0

Donde:
– ∆Ssistema: cambio de entropía del sistema
– ∆Sambiente: cambio de entropía del ambiente
 Segunda Ley

●
Los criterios de espontaneidad son:

●
∆Stotal > 0 espontáneo (irreversible)

●
∆Stotal = 0 equilibrio (reversible)
●
Entropía como criterio de espontaneidad:
– Es útil en sistemas aislados
– En sistemas que no están aislados, no es útil pues debemos
tomar en cuenta el cambio en entropía del sistema y del
ambiente.
●
Como la mayoría de los sistemas de interés en química no están
aislados, es difícil evaluar el cambio total en entropía

manera práctica, NO se podrá usar la entropía

como criterio de espontaneidad

●
Surge entonces una nueva propiedad termodinámica que combina la
1era y la 2da ley de la termodinámica:

Energía Libre de Gibbs, (G)

 Energía Libre de Gibbs
●
Energía libre de Gibbs
– Es una función de estado
– En la que se combina:
●
la entropia
●
la entalpía y
●
tiene las mismas unidades que estas
– Se utiliza para predecir si una reacción es espontánea
o está en equilibrio
– Está definida como : ∆G = ∆H -T∆S
●
ENERGÍA LIBRE DE GIBBS

– ∆G = ∆H - T∆S

●
∆G: variación de energía (se expresa en calorías)

●
∆H: variación de entalpia (se expresa en calorías)

●
T: temperatura absoluta (25ºC o 298ºK)

– ∆S: variación de entropía (se expresa en calorías/ºK)

 ENERGÍA LIBRE DE GIBBS

●
El cambio de energía libre (∆G):

– Es la porción del cambio de energía interna, de un sistema

que esta disponible para realizar trabajo.

– Es la fracción de la variación total de energía que es capaz

de efectuar trabajo a medida que el sistema tiende al

equilibrio a temperatura, presión y volumen constantes.

– Es la energía útil también conocida en los sistemas

químicos como potencial químico.

Energía Libre de Gibbs

ΔG ΔS

ΔH

∆H = ∆G + T∆S

∆G = ∆H - T∆S
●
Si ∆G para una reacción a T y P constante es:
– Negativa:la reacción puede ocurrir espontáneamente con
pérdida de energía libre y es llamada EXERGÓNICA
●
∆G < 0
●
Si además es de gran magnitud la reacción es
esencialmente irreversible
– Positiva: la reacción no ocurre espontáneamente, solo se
realizará si gana energía y es llamada ENDERGÓNICA
●
∆G > 0
– Es cero: la reacción está en equilibrio y ningún cambio neto
tiene lugar y es reversible. Una vez alcanzado el equilibrio,
no hay energía disponible para realizar trabajo.
●
∆G = 0
 ENERGÍA LIBRE DE GIBBS

●
Los sistemas vivientes se encuentran alejados del equilibrio
para poder realizar trabajo
●
Cuanto más alejado esté el sistema del equilibrio, más
trabajo podrá realizar
●
Los seres vivos mantienen los procesos permanentemente,
alejados del equilibrio, en lo que se conoce como el estado
estacionario
 Reacción
exergónica

∆G◦ = G◦ productos - G◦ reactivos ‹ 0

 Reacción
endergónica

∆G◦ = G◦ productos - G◦ reactivos › 0

 Energía libre estándar (∆G°)

●
Esta es una constante cuyo valor es característico para una
reacción química determinada
●
Constituye una medida del descenso de energía libre de la
reacción, cuando se permite que tenga lugar en condiciones
estándar, es decir cuando la concentración de sustratos y
productos es 1 M
●
Estas condiciones estándar se definen de manera arbitraria:
– concentración 1M
– 298°K (25 °C)
– 1 atm de presión
– Si hay protones en la reacción, el pH= 0
 Energía libre estándar fisiológica (∆G°')

●
Todas las concentraciones son 1 M, exceptuando la
concentración de protones, que se establece como [H+]= 10-7
●
Si en la reacción considerada no intervienen los protones,
entonces ∆G° = ∆G°'
 Energía libre en condiciones no estandar (∆G real)

Es la suma de dos términos:

●
∆G°
●
Concentración de reactivos y productos al inicio de la reacción

∆G es función del ∆G◦ y de las

concentraciones de reactivos y productos
 Energía libre real en condiciones fisiológicas
(en condiciones no estandar)

Es la suma de dos términos:

●
∆G°
●
Concentración de reactivos y productos al inicio de la reacció
●
Sin embargo, en las condiciones celulares, las [S] y de [P],
permanecen practicamente constantes
 Conceptos básicos de termodinámica

●
Energía libre de Gibbs:
– Energía libre estándar
– Energía libre estándar fisiológica
– Energía libre real
– Energía libre real en condiciones fisiológicas
Como pueden medirse las variaciones de energía libre (∆G)

La reacción dada puede transcurrir hasta el equilibrio.

En el equilibrio ∆G real= 0 y el sistema ya no es capaz de realizar trabajo
Como pueden medirse las variaciones de energía libre (∆G)

concentración de reactivos y
Keq =
productos en el equilibrio

Cuando ∆G real = 0, la variación de energía

libre depende de la concentración de reactivos
y productos en el equilibrio
Como pueden medirse las variaciones de energía
libre (∆G)
●
Variación de Energía libre estándar (∆G°)
– Se puede calcular a partir de la constante de
equilibrio:
●
∆G°= - R.T. ln Keq o también
●
∆G°= - 2,303.R.T. log Keq
●
Donde:
– Constante de los gases R= 1,987 cal.mol-1.K-1
– Temperatura absoluta T= 298 °K o 25 °C
– Ln Keq = logaritmo neperiano de la constante de
equilibrio
– Se expresa en calorías/mol
Como se logran los procesos endergónicos????
●
Si en la célula la manipulación de concentraciones es limitada,
entonces como se logran los procesos endergónicos????
– Se logran por acoplamiento a procesos exergónicos
– Procesos que liberan energía se usan para llevar a cabo
procesos que requieren energía
– El cambio neto es exergónico
 Acoplamiento de reacciones

Glicerol-3-P + H2O Glicerol + Pi ∆G◦1 = - 2,2 kcal/mol

ATP ADP + Pi
∆G◦2 = - 7,3 kcal/mol

Glicerol + Pi Glicerol-3-P + H2O ∆G◦1 = + 2,2 kcal/mol

 Acoplamiento de reacciones

Glicerol + Pi Glicerol-3-P + H2O ∆G◦1 = + 2,2 kcal/mol

ATP ADP + Pi
∆G◦2 = - 7,3 kcal/mol

Glicerol + ATP Glicerol-3-P + ADP

∆G◦ = ∆G◦1 + ∆G◦2

∆G◦ = + 2,2 Kcal/mol + (- 7,3 Kcal/mol)

∆G◦ = + 2,2 Kcal/mol - 7,3 Kcal/mol)

∆G◦ = - 5,1 Kcal/mol

 Acoplamiento de reacciones
Eficiencia del acoplamiento

Glicerol + ATP Glicerol-3-P + ADP

∆G◦ = - 5,1 Kcal/mol de la reacción acoplada

Energía utilizada = 2,2 Kcal/mol

Energía disponible = 7,3 Kcal/mol

7,3 Kcal/mol 100%

2,2 Kcal/mol X

X=30,14%
 Compuestos ricos en energía

Glucosa-6-P + H2O Glucosa + Pi ∆G◦1 = - 3,2 kcal/mol

ATP ADP + Pi
∆G◦2 = - 7,3 kcal/mol

Glucosa + Pi Glucosa-6-P + H2O

∆G◦1 = + 3,2 kcal/mol

 Compuestos ricos en energía

Glucosa + Pi Glucosa-6-P + H2O ∆G◦1 = + 3,2 kcal/mol

ATP ADP + Pi
∆G◦2 = - 7,3 kcal/mol

Glucosa + ATP Glucosa-6-P + ADP

∆G◦ = ∆G◦1 + ∆G◦2

∆G◦ = + 3,2 Kcal/mol + (- 7,3 Kcal/mol)

∆G◦ = + 3,2 Kcal/mol - 7,3 Kcal/mol)

∆G◦ = - 4,1 Kcal/mol

 Acoplamiento de reacciones
Eficiencia del acoplamiento

Gluosa + ATP Glucosa-6-P + ADP

∆G◦ = - 4,1 Kcal/mol de la reacción acoplada

Energía utilizada = 3,2 Kcal/mol

Energía disponible = 7,3 Kcal/mol

7,3 Kcal/mol 100%

3,2 Kcal/mol X

X=43,8%
 Conceptos básicos de termodinámica aplicada a los
sistemas biológicos

●
Estado de equilibrio vs estado estacionario
●
Reacciones reversibles vs reacciones irreversibles
●
Reacciones cercanas al equilibrio vs reacciones alejadas
del equilibrio
●
Ruta metabólica
– Secuencia de reacciones químicas consecutivas
catalizadas enzimáticamente
– El P de una reacción es el S de la siguiente
– Son sistemas termodinámidos abiertos
– Hay reacciones próximas al equilibrio y alejadas de
este

E1 E2 E3
S A B P
●
Estado de equilibrio
– Definición:
●
El equilibrio químico es un estado del sistema en el que
no se observan cambios a medida que transcurre el
tiempo
●
La velocidad de la reacción directa es igual a la
velocidad de la reacción inversa

Reacción directa

A B

Reacción inversa
●
Estado de equilibrio
●
Las reacciones químicas pueden alcanzar un
estado de equilibrio que se caracteriza porque
las concentraciones de los reactivos y de los
productos permanecen inalteradas a lo largo del
tiempo.
●
No hay interconversión neta entre los reactivos
●
Estos sistemas no pueden realizar trabajo útil
(∆G = 0)
●
Estado estacionario
– Definición:
●
Se dice que un sistema físico está en estado
estacionario cuando las características del
mismo no varían con el tiempo, pero se
encuentran alejadas del equilibrio
●
La velocidad de transformación de S a P es
constante
●
Para efectos del organismo como un todo, la
composición del medio interno permanece
constante. Esto corresponde a la definición
de HOMEOSTASIS
 aA + bB cC + dD
●
Reacciones reversibles ●
– Una reacción reversible es
una reacción química que
se efectúa en ambos
sentidos, es decir los
productos reaccionan
entre sí y regeneran a los
reactivos
– ∆G ≈ 0
aA + bB cC + dD
Reacciones irreversibles
– Una reacción irreversible
es una reacción química
que se verifica en un
solo sentido, es decir,
se prolonga hasta
agotar por lo menos una
de las sustancias
reaccionantes
– ∆G◦ <<< 0
– Espontáneos
●
Reacciones cercanas al equilibrio
●
∆G ≈ 0
●
Velocidad de las reacciones directa e inversa similares y
muy superiores al flujo global de la vía
●
Permitan fácil inversión de la vía
●
Dependen de la relación entre [S] y [P], es decir
pequeños cambios en la concentración de estos,
modifican el flujo
●
NO regulan las vías metabólicas
●
Reacciones alejadas del equilibrio
●
∆G ‹‹ 0 (muy alto y negativo)
●
Velocidad de reacción directa mucho mayor que la de la
reacción inversa (mas de 103 veces)
●
Determinan la direccionalidad de la vía
●
No dependen de la relación entre [S] y [P]
●
REGULAN las vías metabólicas
 E1 10,01 E2 100 E3 10,1
S A B P
0,01 90 0,1
FLUJO NETO: 10

E con baja actividad (baja [E] en el tejido)

E1 Flujo va a la derecha
S A Velocidad es baja
Alejada del equilibrio La velocidad de la reacción directa: similar a la velocidad de flujo
La velocidad de la reacción inversa: 1000 veces menor

E2
A B Tanto la velocidad de la reacción directa, como la velocidad de la
reacción inversa son altas y similares (la diferencia en las
Próxima al equilibrio velocidades es de apenas 10%)
Actividad enzimática alta

E3 La velocidad de la reacción directa: similar a la velocidad de flujo

B P La velocidad de la reacción inversa: 100 veces menor
Alejada del equilibrio Esta reacción no esta tan alejada del equilibrio como la priemra
●
Reacciones cercanas al equilibrio
– Г≈ keq
– ∆G ≈ 0
– E con alta actividad, en comparación con otras E de la vía
– Velocidad de las reacciones directa e inversa similares y muy
superiores al flujo global de la vía
– Permitan fácil inversión de la vía.
– Dependen de la relación entre [S] y [P], es decir pequeños cambios
en la concentración de estos, modifican el flujo
– No sensibles a regulación alostérica
– NO regulan las vías metabólicas
●
Reacciones alejadas del equilibrio
– Г ‹‹ Keq
– ∆G ‹‹ 0 (alto y muy negativo)
– E con baja actividad y saturada: por lo tanto, [S] se mantiene alta y la
[P] se mantiene baja
– Velocidad de reacción directa mucho mayor que la de la reacción
inversa (mas de 103 veces)
– Determinan la direccionalidad de la vía
– No dependen de la relación entre [S] y [P]. La [S] se mantiene
alta y la [P] se mantiene baja
– Son sensibles a regulación alostérica
– REGULAN las vías metabólicas
Reacciones que determinan la velocidad de flujo de una ruta metabólica

●
Reacción generadora de flujo ●
Reacción limitante de flujo
– Características: – Características:
●
De no equilibrio ●
De no equilibrio
●
Km <<< [S] ●
Km <<< [S]
●
E saturada por el sustrato-vía ●
E saturada por el sustrato
●
Cinética de orden cero ●
Cinética de orden cero
●
Sustrato-vía: el S que va a ●
Un cambio en la actividad de
determinar el flujo de la enzima que cataliza la
materia a través de la vía reacción DETERMINA
UNA VARIACIÓN DEL
FLUJO METABÓLICO
Entalpía

Q W

ΔH

∆H = Q - W

Q = calor
W = trabajo