Se aplica en casi todos los sectores productivos, tanto de uso como de consumo humano.

En el sector alimenticio se destaca en la producción de colorantes, gomas o gelificantes,

potenciadores del sabor, aromatizantes, saborizantes, acidulantes, como el ácido cítrico,
enzimas, aditivos, etcétera. En el sector de edulcorantes,por ejemplo, la proteína
taumatina, extraída de una fruta, ha sido ya expresada en varios microorganismos. En el
sector agro-pecuario, la domesticación por el hombre de plantas para la producción
agrícola fue un largo proceso que tuvo consecuencias evolutivas, en muchas especies.
En nuestros días, la biología molecular ofrece la posibilidad de alterar o modificar las
propiedades genéticas de una manera totalmente dirigida. La modificación genética se
inició en la década de los años 70, con la creación plantas transgénicas y el mejoramiento
genético de algunas plantas, para hacerlas resistentes a las enfermedades, a los insectos
y a las condiciones ambientales adversas, como son las sequías o las heladas, etcétera.
Además también se ha aplicado la biología molecular para reducir el uso de productos
agroquímicos, fertilizantes y pesticidas. En el sector pecuario ha contribuido a que se
produzca un crecimiento más acelerado del tamaño de algunas especies de peces o a una
mayor producción de leche de las vacas o en la calidad de la carne de animales como los
cerdos. Esto se ha conseguido por medio de la utilización de hormonas en la fase de
crecimiento del ganado. En el sector de la salud, la biología molecular, nació ante la
demanda de antibióticos que se produjo durante la guerra mundial de 1939. Se diseñaron
estrategias para conseguir mejoras genéticas de las cepas microbianas y lograron crear
aminoácidos, vitaminas, vacunas y un largo etcétera. Las nuevas vacunas de ADN o ARN
surgen para dar respuestas de inmunización, contra ciertas enfermedades. Las vacunas
genéticas, como por ejemplo, los plásmidos, es decir, unos pequeños anillos de ADN que
provienen de una bacteria, usados para vacunar, han sido alterados para portar unos
genes específicos, de proteínas fabricadas por agentes patógenos con capacidad para
despertar al sistema inmunitario y gracias a su manipulación, han perdido esos genes
donde se encuentra la información de la enfermedad, es decir, preparan al cuerpo para
dar batalla a la posible invasión de patógenos. En el sector farmacéutico, la bilogía
molecular permite que se puedan desarrollar fármacos más efectivos y que ocasionen
menos efectos adversos.