TALLER BIOINFORMATICA

Eyder Andres Espinosa Acosta.

1. Alineamiento de secuencias:

TCATAGCTCCGATCCGTTCCGTTCAATCAATGTACCTGGCGGCCATTCGTTCAACGGACGTCCAACCGGG
AATATCACGACGAGTGGGTCCTCGGTGCGCGTGGAAGGGAGATCGGCGTTCACCTCTGCGATGCTCGACC
GCACTCGAACCCCCGTCAAAATGCTAGCCATACCGTTTTGGCAATATCTCTCAACGTGGTTCCGCATGGC
GTGCCGAACTGTCCCAAAGGCGAATGGGACACCAAGCTCCCGCAAAGTTGGAGTCAAAGCACCGACCGAG
TGAGCGATGCCCATTCGCTCCAGATCGGGCCGCACCGCGTATAAGCCCAGTTCAGCCACAAGGAGATCAG
TCTCACCAACCTTAATGAAACGGCGCAACACGCCCATGTGGCTTGCTATCCCGACCGAGTCGTAAGCAAT
TGCGCGGCGTTCCGGTCTCGCGCCGGCCCAACTGCGGCCACCCTCAAATGGTTTCGCGTGGAACGCTCCT
GTGGGCCCATAGGATTTTCGAAAAAATTCTGAGAGCTCCTGGTGGTCTGCACGTTCCAGCTGATTTTCCC
AGCATAGCTTCCACTGCACTTTTAAGGACAT

a) Genbank: CP019486.1
b) Sinorhizobium meliloti
c) nodulation protein A (plasmid) [Sinorhizobium meliloti].
d) cataliza la transferencia de un grupo acilo graso Factor Nod, beta- (1,4) -N-acetil
glucosamina oligosacárido

2. Diseño de primer.

Se seleccionaron los siguientes parámetros:

3. Evaluando la especificidad. Se ingresa la secuencia de nucleótidos obtenidos en la sección
anterior. Se desea evaluar la especificidad en todas las especies de Sinorhizobium.
 Por la figura anterior, se observa que los primers no pueden ser utilizados para amplificar
todas las especies de Sinorhizobium. Además, el tamaño de los amplicon es de 219 bp.

4. Especificidad usando BLAST. Para el primer-F. Realizando el alineamiento

 Se encontraron valores entre 0,29 y 72. El valor E es un parámetro, indica la significancia
estadística de cada uno de los alineamientos hechos, de modo que entre más pequeño sea su
magnitud, más significativo es el alineamiento.
Punto 2. (FJ236988.1 ) El código de acceso corresponde a Lupinus Albus. La base de datos
corresponde al GenBank. El (.1) al final del código indica que corresponde a la primera versión
realizada de la secuencia.
Revisando la información indicada en la interfaz, se observa que este gen contiene 2 exones. Se
diseñarán los primers teniendo en cuenta únicamente la región codificante(exones) y con las
siguientes especificaciones del programa.