Filogenética basada en características ecológicas y moleculares de especies

de la familia Fabaceae

Córdova Marco1, Garrido Sofía1 y Márquez Paúl1

1
Universidad de las Fuerzas Armadas ESPE, Departamento de Ciencias de la Vida y la Agricultura, Carrera de
Biotecnología, Proyecto Integrador II, Sangolquí, Ecuador, 2018

RESUMEN:

La filogenia permite comprender la evolución de las especies, además de los fenómenos

de extinción masiva, determinando la especiación y supervivencia de los organismos, por lo
tanto, la evolución genera cambios a nivel genético molecular que normalmente se traducen
en cambios físicos. Las características de una especie, se encuentran ligados al ambiente en el
que viva, de ésta manera, ecología y morfología están interrelacionados. Para comprender la
relación que existe entre los tipos de filogenética antes descritos, ésta investigación examina
características ecológicas y moleculares de diez especies de la familia Fabaceae, se determinó
la filogenética respectiva y finalmente se comparó los árboles obtenidos. Se esperaba hallar
una similitud en los resultados, es decir, que tanto el árbol ecológico y molecular sean
exactamente iguales.

ABSTRACT:

The phylogeny allows to understand the evolution of the species, in addition to the
phenomena of mass extinction, determining the speciation and survival of the organisms,
therefore, the evolution generates molecular genetic changes that are normally translated into
physical changes. The characteristics of a species are linked to the environment in which it
lives, in this way, ecology and morphology are interrelated. To understand the relationship
between the types of phylogenetics described above, this research examines ecological and
molecular characteristics of ten species of the Fabaceae family, the respective phylogenetic
was determined and finally the trees obtained were compared. We expected to find a
similarity in the results, that is, that both the ecological and molecular tree are exactly the
same.

INTRODUCCIÓN:

La filogenética es una rama de la biología de mucha importancia, pues posee diversas

aplicaciones, a nivel médico ha permitido comprender el origen, desarrollo y mantenimiento
de las patologías en el ser humano y ha ofrecido vías para detenerlas (Mendoza, Aportes de la
filogenética a la investigación médica, 2012). Además ha posibilitado comprender
fenómenos de extinción masiva que sirvieron como eventos de especiación para organismos
los cuales sobrevivieron ya que se encontraban mejor adaptados al nuevo entorno (Crespo,
2008). Las especies supervivientes fueron evolucionando hasta constituirse como las
conocemos actualmente, generando cambios genéticos que se traducen en cambios físicos
(Li, Shen, Liu, Tang, & He, 2000).
Durante las últimas dos décadas, los trabajos científicos basados en marcadores
moleculares han cobrado gran relevancia (Hillis, 1987), al punto que ha llegado a
considerarse como un método más efectivo que la construcción de árboles a partir de
caracteres morfológicos (Zou & Zhang, 2016) sin embargo, la emisión de conclusiones a
partir de información basada únicamente en marcadores moleculares, resulta insuficiente, en
especial si se trata de un marcador susceptible a cambios como el internal transcribed spacer
(ITS) (Álvarez & Wendel, 2003), por lo que complementar la filogenética molecular, con
filogenética morfológica resulta de gran utilidad (Weins, 2004) y esto se ve reflejado tanto en
trabajos sobre filogenética
El gen Maturase K o abreviado como matk es base como marcador molecular de esta
investigación, este gen es encontrado en el ADN del cloroplastos de la mayoría de plantas
angiospermas (Yu, Xue & Zhou, 2011) es uno de los genes más óptimos que se puede utilizar
en la relaciones entre las especies filogenéticamente (Yu, Xue & Zhou, 2011) ya que este
gen es importante en el aspecto sistemático, moléculas y evolutivo de la planta (Hilu &
Liang, 1997) una de las 47 familias que tienen este gen es la familia Fabaceae (Gao, Sun,
Yao, Song, Zhu, Ma & Chen, 2011).
La importancia de la familia Fabaceae es a escala mundial ya que es fuente esencial en la
alimentación tanto humana, a nivel mundial la haba, Vicia faba L., y el guisante, Pisum
sativum L., contribuyen con una base sustentable en la dieta de las personas (Rodríguez,
2008) como animal que se usan varias plantas como las Fabaceae forrajeras para la
alimentación diaria de proteínas en animales de granja (Gómez, y otros, 2002) , a su vez es
una base económica (Ecología, 1997) para las comunidades a lo largo de todo el planeta
debido a la distribución cosmopolita (Singh, 2004) de esta familia, las especies de esta gran
familia son actores importantes en el ciclo del nitrógeno (Raisman & Gonzalez, 2016).en la
tierra ya que realiza simbiosis con bacterias del género Rhizobium (Raisman & Gonzalez,
2016). Los colores que predominan en las flores son amarillos, rosados y blancos (Rodriguez,
Ortega, & Devesa, 1999)
Dentro de las principales problemáticas de la familia Fabaceae está su gran confusión y
erróneo conocimiento de decirlas leguminosas, (Lewis, Schrire, & Lock, 2005).Para
comprender la relación que existe entre los tipos de filogenética antes descritos, ésta
investigación pretende analizar características ecológicas y moleculares de diez especies de la
familia Fabaceae, determinar la filogenética respectiva y finalmente comparar los árboles
obtenidos. Se espera hallar una similitud en los resultados, es decir, que tanto el árbol
ecológico y molecular sean exactamente iguales

METODOLOGÍA:
 Selección de especies: se seleccionaron 10 especies de la familia Fabaceae, tomado en
cuenta principalmente dos aspectos:
i. Presencia de las especies en el Ecuador.
ii. Disponibilidad de las secuencias del gen matK en el genbank del NCBI.

Filogenética ecológica
Selección y recopilación de datos de características ecológicas: se seleccionar 11
características ecológicas (Tabla 1). Los datos para cada especie fueron obtenidos en base a

Asignación Exposición Precipitaciones ASNM Temperatura pH Tipo de Humedad Salinidad Estaciones Inclinación Domesticación
numérica lumínica suelo anuales del
terreno
1 Alta Hasta 3500 Menor Desde 5°C Desde Seco Alta Salino 2 Cualquier Si
mm de 4 terreno
1000
msnm
2 Media Hasta 2500 Menor Desde 10°C Desde Húmedo Media Sódico 4 Poco No
mm de 5 inclinada
2000
msnm
3 Baja Hasta 1500 Menor Desde 15°C Desde Grava Baja Salino- Llanuras
mm de 6 (seco) sódico
3000
msnm
4 Desde 20° Desde Ácido
7
5 Desde 25° Arcilloso
6 Desde 30°C

revisión bibliográfica dando como resultado la siguiente tabla (ver Anexo 1).
Tabla 1: Codificación numérica a las características ecológicas de datos obtenidos.

Estructura del árbol filogenético: se obtuvo el árbol utilizando como herramienta el

software Mesquite, siguiendo los siguientes pasos:

 Configuración de un nuevo archivo:

i. Se creó un nuevo archivo en el escritorio.

ii. Se hizo la matriz de caracteres seleccionando el número de taxones.
iii. Designando el número de caracteres se nombró a la nueva matriz.

 Construcción de la matriz de caracteres:

i. En las filas de la matriz se colocó a cada especie y en sus columnas a las
características ecológicas seleccionadas.
ii. Se ingresó los datos de las especies, por cada carácter en base a la codificación
numérica (Ver Tabla 1).

 Visualización y análisis del árbol:

i. Finalmente se visualizó el árbol proporcionado con el software en base a los
datos ingresados en la matriz de caracteres.
Filogenética molecular
Selección y recopilación de datos: se ingresó al genbank del NCBI, y se obtuvo la clave
de acceso de cada especie en estudio, dando como resultado la siguiente tabla (Tabla 2):

Tabla 2: Especies seleccionadas con su respectiva clave de acceso en el genbank del NCBI.
Nombre común Nombre científico Clave de acceso
Guaba Inga feuilleei AM920214.1
Espinillo Blanco Acacia farnesiana AY574103.1
Amarillo Centrolobium ochroxylum EU401411.1
Machetillo Senna mollissima AM086876.1
Retama Spartium junceum AY386901.1
Shimbillo Zygia juruana KX374534.1
Carretón Medicago polymorpha AF522104.2
Kudzú Pueraria phaseoloides AB924987.1
Rosa de montaña Brownea grandiceps KX161990.1
Tormentosa Dalbergia frutescens KX816358.1
Mango Mangifera indica AY594472.1

Estructura del árbol molecular: al igual que en el caso anterior, se obtuvo el árbol
utilizando como herramienta el software Mesquite, siguiendo los siguientes pasos:

 Se ingresó a cada clave de acceso descrita en la Tabla 2, y se extrajo datos para la

creación de un documento FASTA en Word (Ver Anexo 2).

 Las secuencias fueron limpiadas en The European Bioinformatics Institute (EMBL-

EBI), con los resultados se realizó un proceso similar al anterior.

 Se abrió el documento que contenía las secuencias limpias en Mesquite. Donde se

desplegó una matriz que contenía a las especies y a su respectiva secuencia.
 Finalmente se visualizó el árbol proporcionado con el software en base a los datos
FASTA ingresados.
Análisis de resultados: Se comparó los árboles filogenéticos obtenidos, en base a
similitudes de clados y divisiones respectivas, afirmando o negando la hipótesis nula
planteada.
RESULTADOS:

Fig.1: Árbol filogenético basado en características moleculares del gen matK.

En primer lugar, la especie de control, Mangifera indica, se divide del grupo de las
especies de la familia Fabaceae, demostrando que el árbol está correcto. A continuación, el
grupo de las especies de Fabaceae se divide en dos grupos compuestos por: Clado 1:
Tritricum turgidum, Puerania phaseloide, Centrolobium ochroxylum, Dalbergia frutescens,
Acacia farmesiana; Grupo 2: Medicago polymorpha, Spartium junteum, Brownea
grandiceps, Senna mollissima, Inga feuillei y Zygia jurana. Luego se produce otra división en
cada grupo, que deja a: Tritricum turgidum y Puerania phaseloide juntas, al igual que a
Centrolobium ochroxylum, Dalbergia frutescens y Acacia farmesiana; en el Clado 2,
Medicago polymorpha, Spartium junteum y Brownea grandiceps permanecen juntas, caso
similar con Senna mollissima, Inga feuillei y Zygia jurana. Finalmente, Centrolobium
ochroxylum, Medicago polymorpha y Senna mollissima se separan de sus grupos y luego se
produce la diferenciación de cada especie en los grupos que han quedado.

Fig.2: Árbol filogenético basado en características ecológicas.

El árbol inicia con la separación de Spartium junceum, seguida de Senna mollissima, y a
continuación se dividen dos clados, el primero formado por Inga feuillei, Puerania
phaseloide y Acacia farmesiana, mientras que el segundo por: Tritricum turgidum,
Centrolobium ochroxylum, Dalbergia frutescens, Medicago polymorpha, Brownea
grandiceps y Zygia jurana. Luego de algunas divisiones, primero Zygia jurana, seguida de
Dalbergia frutescens, después Brownea grandiceps y Acacia farmesiana, hasta que
finalmente se quedan más próximas entre sí: Inga feuillei y Puerania phaseloide;
Centrolobium ochroxylum y Medicago polymorpha.
DISCUSIÓN:
Se observó que entre el árbol filogenético molecular y el árbol ecológico, no existen
semejanzas importantes entre los clados representados, por lo que se debe hacer un recuento
de los factores a favor y en contra de la investigación. En primer lugar, se debe mencionar la
utilización de un solo marcador molecular, como lo es matK; se optó por utilizar este
marcador debido a que en la indagación inicial, matK fue el marcador que era poseído por la
mayoría de las especies, además de que se trata de un gen bastante útil para trabajos
filogenéticos (Yu, Xue & Zhou, 2011). Además, al ser un marcador molecular, es más fiable
que un marcador genético (Chirinos & Jiménez, 2015). Un factor más a tomar en
consideración, es acerca de las características ecológicas utilizadas, pues guardan relación
entre sí, por lo que sus respuestas se encuentran ligadas y no es posible obtener una verdadera
gama de estas, ejemplo de ello son las características ecológicas como: nivel de acidez y pH
del suelo, cuyas respuestas se encuentran ligadas. Otro factor cuyo análisis es importante, es
la presencia de secuencias del ADN que no eran reconocidas por el programa Mesquite
durante la elaboración del árbol molecular, pues ello significa información que no es tomada
en cuenta (Chirinos & Jiménez, 2015) para los resultados arrojados. Sin embargo, el contraste
entre los árboles moleculares y morfológicos (en este caso ecológico) es necesario para poder
tener una mejor visión de la relación entre las especies estudiadas (Zou & Zhang, 2016)
(Weins, 2004), que es el factor en el que radica la importancia del estudio.
En primer lugar, dentro del análisis del árbol basado en características ecológicas, se debe
mencionar la presencia de dos grandes clados, y dos especies Spartium junceum y Senna
mollisima que no se encuentran dentro de ninguno de ellos. Esto indica que no se hallan muy
ligadas a nivel ecológico con las demás especies analizadas, pese a pertenecer a la misma
familia. Sin embargo, esto se encuentra dentro de lo experimentado por otros trabajos (Weins,
2004), indicando únicamente más relación entre unas especies que con otras.
Los marcadores moleculares como matK, determinan la organización genética de una
población determinada y en estudio, sin efecto ambiental (Becerra, Paredes V., Paredes M.,
2000), sin embargo, los resultados de este estudio no demuestro lo antes menciones, puesto
que los árboles de filogenia molecular y ecológica presentan divergencias entre sí.
En el análisis filogenético ecológico y filogenético molecular se debe tener diferentes
puntos de vista. Por un lado, el análisis ecológico utiliza muchos de los criterios que los
científicos conciben son subjetivos (Campbell & Reece, 2005) mientras que lo molecular es
siempre objetivo (Dowell, 2008). En la parte subjetiva de lo filogenético ecológico se puede
evidenciar en la forma que depende del nicho climático, nicho ecológico y la especie en sí;
estos tres son muy fáciles de variar (León E., Nieto A., & at.al.,2010).En la parte objetiva de
la filogenia molecular se puede expresar que los datos que sean recolectados por la
investigación van a determinar el resultado final (Dowell, 2008), es decir, si existe una
mutación dentro de los genes analizados cambiaría la filogenética de toda la investigación
acorde a la mutación (Dowell, 2008). Por lo tanto las convergencias con respecto al árbol
ecológico pueden ser mucho más significativas que las convergencias respecto a un análisis
molecular, dados los errores que pueden ser cometidos durante la investigación al llevar a
cabo una filogenia de carácter ecológico (Wiens, J. J., 2001).
Es importante realizar un análisis filogenético ecológico ya que estos estudios confirman que
es importante la relación de la ecología con la teoría evolutiva (León E., Nieto A., &
at.al.,2010) los análisis moleculares determinan el orden evolutivo de ciertas especies y las
plasman en árboles que representan las relaciones entre especies o genes a través del tiempo
(Dowell, 2008). Ambos crean una imagen en cuanto a la perspectiva de evolución. (Dowell,
2008).
CONCLUSIONES Y RECOMENDACIONES:
Se observó en los resultados que tanto la filogenia basada en características ecológicas
como el árbol basado en características moleculares presentas divergencias entre sí, sin
embargo es importante tomar en cuenta los posibles errores de la investigación. Se
recomienda la utilización de otros marcadores moleculares utilizados en estudios vegetales,
como lo son: rbcL o ITS. El marcador rbcL es recomendado debido a la extensión de los
genes que comprende (Hasebe, Omori, Nakazawa, Sano, & Kato, 1994). Mientras ITS ha
demostrado ser susceptible a alteraciones ambientales (Álvarez & Wendel, 2003), por lo que
sería apto para investigaciones similares. También, se recomienda la realización de otros
análisis filogenéticos de contraste molecular y ecológico en otra u otras familias del reino
plantae, para que sean ratificados o refutados los resultados obtenidos para la familia
Fabaceae.
REFERENCIAS:
Álvarez, I., & Wendel, J. (2003). Ribosomal ITS sequenses and plant phylogenetic inference.
Elsevier, 29, 417-434.

Becerra V., Viviana, & Paredes C., Mario. (2000). Uso de marcadores bioquímicos y
moleculares en estudios de diversidad genética. Agricultura Técnica, 60(3), 270-
281. https://dx.doi.org/10.4067/S0365-28072000000300007

Campbell, N., & Reece, J. (2005). Biología. Pearson.

Chirinos, M., & Jiménez, J. (2015). Transferencia de algunos marcadores moleculares

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Dowell, K. (2008). Molecular Phylogenetics . Obtenido de math.umaine.edu:

http://www.math.umaine.edu/~khalil/courses/MAT500/papers/MAT500_Paper_Phylo
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proteica. Cali: Centro para la Investigación en Sistemas Sostenibles de Producción
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Hasebe, M., Omori, T., Nakazawa, M., Sano, T., & Kato, M. (1994). rbcL gene sequences
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León E., Nieto A., & at.al. (2010). Conservadurismo filogenético del nicho ecológico un
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Lewis, G., Schrire, B., & Lock, M. (2005). La enciclopedia ilustrada de las leguminosas.
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Zou, Z., & Zhang, J. (2016). Morphological and molecular converges in mammalian
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ANEXOS:

Anexo 1: Características ecológicas seleccionadas con sus respectivos datos

Anexo 2: Árboles ecológicos

1. Característica: Exposición lumínica.

2. Característica: pH del suelo.

3. Característica: Tipo de suelo.

4. Característica: Humedad.
5. Característica: Salinidad del suelo.

6. Característica: Temperatura.
7. Característica: Estaciones anuales.

8. Característica: Precipitaciones.
9. Característica: Altura sobre el nivel del mar.

10. Característica: Inclinación del terreno.

11. Característica: Domesticación.