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com

Aplicación de Estado del arte secuenciación tecnologías a la alimentación indígena fermentaciones

Sacha AFT van Hijum 1 , 2 , 3 , Elaine E Vaughan 4 y Rudi F Vogel 5

fermentada alimentos y las bebidas son una parte integral de la dieta humana a nivel mundial. La
comprensión de las interacciones microbianas dentro de estas fermentación ecosistemas se
requiere para ofrecer productos seguros con deseable propiedades de consumo, y por otra
parte, el mantenimiento de estos tradiciones. Se requieren herramientas eficaces para la
documentación de culturas en productos fermentados tradicionales y artesanales, para calidad y
seguridad sensorial mejoras, en algunos casos para diseño cultivo iniciador para comercialización
y potencialmente para secundario los sistemas alimentarios sostenibles. Aquí se traza la desarrollos
de tecnologías moleculares basados ​en la secuencia de la investigación de la diversidad y
funcionalidad de la microbiota en tradicional o alimentos fermentados indígenas y bebidas. los oportunidades
durante el procesamiento. Culturability se asume a menudo incorrectamente para estos
de phylobiomics, metagenómica y metatranscriptomics para enriquecer nuestro conocimiento de
la fermentación microbiano Se presentan los ecosistemas.
direcciones
1 NIZO Comida Investigación, Centro de Genómica Kluyver de Fermentaciones Industriales, PO
TICES con la urbanización, diseño cultivo iniciador, y si la dirección de calidad y seguridad
mejoras sensoriales. Por otra parte, se espera que la población mundial para superar 9 mil
millones en 2050 colocación aumentando la presión sobre los recursos alimentarios, y la
tecnología de fermentación indígena podría aplicarse a dar una menor dependencia de la
carne y para ayudar en la reducción de residuos de alimentos de ese modo el apoyo a
sistemas alimentarios sostenibles [ 2 ]. Los consorcios microbianos que generan las fi
productos fermentados NAL van desde bacterias simples a muy complejo que abriga de
ácido láctico, otras bacterias, levaduras y mohos, y variando en abundancia y diversidad
microbios y la falta de conocimiento previo de su presencia, la selectividad de los medios
de cultivo y la interdependencia microbiano, puede dar una visión seriamente filtra y
potencialmente información engañosa. Durante la última década la aplicación de
tecnologías moleculares para la comunidad microbiana pro fi ling que complementan los
estudios que el cultivo haya vigilancia de los ecosistemas de fermentación y
caracterización de las especies microbianas como un primer paso en este proceso
facilitado en gran medida.

Box 20, 6710 BA Ede, Países Bajos

2 centro de molecular y Biomolecular Informática de la Universidad de Radboud Centro Medico, PO

Box 9101, Nijmegen, Países Bajos

3TI Comida y Nutrición, PO Box 557, 6700 AN Wageningen, Países Bajos

4 Unilever I + D, Olivier van Noortlaan 120, 3133 AT Vlaardingen, Países Bajos

En esta revisión se traza la evolución de las tecnologías moleculares para la

5 Technische Università t Mu nchen, Lehrstuhl fu r Technische Mikrobiologie, Weihenstephaner
investigación de la diversidad de microbios en los alimentos tradicionales o indígenas
Steig 16, 85350 Freising, Alemania
fermentados, con un énfasis particular en la aplicación de nuevas tecnologías de

Correspondiente Autor: van Hijum, Sacha AFT ( svhijum@cmbi.ru.nl ) secuenciación para generar phylobiomes, metagenomes y metatranscriptomes junto
con los análisis de la post-secuenciación asociado, y en ideas de profundidad en los
genomas microbianos responsables. A lo largo de esta revisión nos referimos a tabla 1 para
Corriente en opinión Biotecnología 2013, 24: 178 - 186 la terminología. En adición, Las figuras 1 y 2 presentar una visión esquemática de las

Esta revisión viene de un número temático sobre biotecnología de los alimentos

tecnologías y los análisis post-secuenciación que se podrían emplear para entender la
microbiota y su relación con las fermentaciones y cómo éstos están vinculados a los
Editado por Elaine E Vaughan y Jeroen Hugenholtz
objetivos de investigación, respectivamente.
Para completar ver el panorama general Problema y el Editorial

Disponible sexta línea septiembre 2012

0958-1669 / $ - see front matter, # 2012 Elsevier Ltd. Todos los derechos reservados.

http://dx.doi.org/10.1016/j.copbio.2012.08.004
comunidad microbiana pro fi ling
comunidad Molecular pro fi ling para alimentos fermentados iniciado alrededor de hace
una década cuando se utilizó PCR para amplificar regiones variables de genes 16S rRNA
Introducción de ADN total y electroforesis en gel desnaturalizante en gradiente (DGGE) para visualizar
Los alimentos fermentados y las bebidas son un patrimonio cultural en la mayoría civilizaciones
pro fi les de los alimentos fermentados como el pozol (masa de maíz) y quesos
[ 1 ]. A partir de la prima disponible localmente materiales, una diversidad de sustratos, artesanales [ 3,4 ]. Un aspecto clave fue que identificación de los microbios por
incluyendo verduras, granos, legumbres, leche y carne son fermentados o bien espontáneamente,
secuenciación de ARNr 16S, ya sea por aislamiento banda de geles o utilizando
a través back-vaciar el recipiente o por arranque añadiendo culturas que puede crear notablemente
bibliotecas de clones, puso de relieve los sesgos introducidos mediante el cultivo solo en
diferentes productos con cualidades sensoriales interesantes y mejor comida la relación con la abundancia de tipos microbianos e incluso la detección de microbios
seguridad. UN descripción del microorganismos y penetración en su interacciones dentro específicos. Posteriormente, los enfoques de secuenciación se aplican a numerosos
de estos fermentaciones es esencial para mantener prác- tradicional y artesanal alimentos fermentados que describen la fuerza

Corriente en opinión Biotecnología 2013, 24: 178 - 186 www.sciencedirect.com

 Estado-de-arte secuenciación enfoques para la fermentación de alimentos van Hijum, Vaughan y Vogel 179

tabla 1

Explicación de tecnologías, métodos y software adecuados para la investigación de las fermentaciones indígenas. La aplicación de estos, y otros enfoques, en la investigación del complejo fermentaciones
se muestra en la Figura 1

Nombre Descripción Referencia

Tecnología / método
Illumina técnica de secuenciación generando millones de corto lee de un solo carril hasta 100 pb. http://www.illumina.com
Roche 454 de generación de técnica de secuenciación aproximadamente un millón ya lee (450 - 700 pb) a partir de una placa de secuenciación. http://www.my454.com

DGGE de ARNr 16S Permite '' comunidad fi toma de huellas digitales '' por PCR amplificado de ADN de 16S o 18S ARNr de las comunidades microbianas mixtas [4-6]
para visualizar las variaciones de la diversidad microbiana y dar una estimación de riqueza / abundancia de miembros microbianas

predominantes.

ARDRA análisis de restricción de ADN ribosomal fi ed Ampli. Una adaptación de la longitud de fragmentos de restricción polimorfismo para [ 17 ]
crear 'huellas digitales' del gen 16S rRNA que puede ser analizada sobre gel de agarosa.

16S ADNr secuenciación La secuenciación de amplicones de PCR basado en uno o múltiples variable (V) las regiones en el gen 16S bacteriano. Estos amplicones [ 7,9 - 14,18,31 ]
pueden ser secuenciados con por ejemplo 454 o emparejados extremo 100 pb extremo emparejado Illumina. En el último caso, el amplicón

16S se lee desde ambos lados donde la elección de las piezas regiones V representados por los dos lados es crítica.

RNA-seq Aplicación de secuenciación de próxima generación de cDNA se transcribió inversamente el ARN. [ 45 ]

La metagenómica Aplicación del método (s) de secuenciación para ADN obtenido directamente a partir de una muestra ambiental dada. La
secuenciación lee puede ser utilizado o ensamblados en contigs para determinar la prevalencia de marcos de lectura abiertos que
especifican funciones moleculares.

Montaje Alineación de la secuencia lee y su integración en secuencias contiguas más grandes (contigs). Para muestras metagenomic, la
complejidad de la población microbiana, plataforma de secuenciación y la profundidad de secuenciación dicta éxito montaje, es
decir la longitud, la tasa de error, la presencia de secuencias quiméricas (lee de origen diferente, por especies de instancia, se
unió en un contig), y la cobertura de los contigs de todo el metagenoma.

Software
Trinidad Asamblea de ADN copia (a transcripción inversa RNA) en contigs. [ 46 ]
MEGAN Metagenoma analizador. Taxonómicamente secuencias de ADN fi cación es (lee o contigs) basado en la alineación de secuencias [ 47 ]
en una base de datos de referencia (por ejemplo NCBI nr o base de datos no redundante), funcionalmente anotar estos clasi fi ed lee
con la jerarquía de semillas fue así como la visualización en mapas KEGG.

MG-RAST Metagenoma rápida anotación utilizando el servicio de tecnología del subsistema para el almacenamiento y anotación de secuencias [ 48 ]
metagenome.
InterPro base de firmas de proteína integrativa. Puede ser utilizado para anotar ORFs representados en contigs o lee con los dominios de [ 49 ]
proteínas. Si es posible, se anota proteínas con clases ontología de genes y los números de Proteína de enzima Clasi fi cación
(EC).
iPath Interactivo explorador vía metabólica. Permite el mapeo leer la abundancia de diferentes muestras de mapas metabólicos. [ 50 ]

Choque-Comunidad anotación Metagenomics y herramienta de análisis [ 51 ]

RDP El Proyecto de base de datos ribosomal. Base de datos y herramientas de análisis para el análisis de genes 16S rRNA. También cuenta con el http://rdp.cme.msu.edu/
er fi cación RDP que permite taxonómica clasificacion de secuencias de ADN.

QIIME Insights cuantitativos en Ecología Microbiana. Un paquete de análisis y la tubería para las secuencias de 16S rRNA. [ 52 ]

estructura y dinámica de los taxones presentes, a menudo con sorprendente los
resultados. Cabe destacar las fermentaciones de masa fermentada, cual desarrollarse a
partir de muy diversa microbiota sobre mezcla de agua y diferentes harinas a
notablemente define las comunidades microbianas estables y de dominado por muy
pocas o incluso individuales cepas a largo plazo de nuevo slopping procedimientos [ 5,6 ].
Más recientemente, secuenciación de PCR-amplificado gen rDNA regiones se han
utilizado para caracterizar y pro fi le microbiana fermentación los ecosistemas. Aunque
a menudo se refiere como el metagenoma o para el método de secuenciación utilizado
actualmente, es decir, pirosecuenciación, el término 'Phylobiome' proporciona una
mejor descripción en términos de refiriéndose al filogenia o taxones información
generado. Un número cada vez mayor de alimentos fermentados, con un enfoque
reciente sobre los tipos asiáticos fueron analizados con esta técnica incluyendo
pulque (bebida alcohólica) [ 7 ], Kimchi (col y rábano) [ 8 ], Narezushi (sh fi) [ 9 ],
Doenjang (pasta de soja) [ 10 ], O kochujang (pimiento rojo, arroz, soja la mezcla) [ 11 ],
Mariscos [ 12 ], Y salvado de arroz [ 13 ]. Tabla 2 resume las principales conclusiones de
estos 16S estudios basados ​rRNA-secuenciación. Con frecuencia, las fermentaciones
tradicionales de Asia son dos fermentaciones paso de renderizado Descripción de la
ecología microbiana en relación con las condiciones de fermentación exigentes.
Emplean una preparación de arranque separado como se describe en la
secuenciación de makgeolli (bebida fermentada) inoculado con nuruk (comprimido
con almidón hecho de trigo o grist) [ 14 ]. Para el análisis de la phylobiome de cacao

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180 Comida biotecnología

Figura 1

Alimentos / bebidas de fermentación

muestras deformación

/ Illumina) Aislado de

nucleicos
ARN total ADN total minería DNA
de extracción (Illumina) ácidos
16S rDNA conjuntos de datos de expresión de cribado
secuenciación de RT-PCR secuenciación fenotipado de alto rendimiento de secuenciación (454

(454 / Illumina) biblioteca metagenómica

DGGE, secuenciación (454) PCR
In silico, secuencia o a base de

ideas
transcriptoma pangenoma phylobiome (Pan) genoma
funcionales

(A) (Trinity) TC (A) (SMASH / MG-RAST) TC Clonación ARDRA TC Microbe microbica & A (Celera / SOAP) FA (ISGA)
(MEGAN) FA (MEGAN) FA (MG-RAST / (RDP / QIIME) Microbe-sustrato interacciones genómica comparativa
(MG-RAST / InterPro) InterPro) condiciones de fermentación

metatranscriptome
metagenoma phylobiome ecofisiología ecotipo

ecología

Current Opinion in Biotechnology

Fluir diagrama de la aplicación de técnicas de secuenciación de nueva generación a describir y entender consorcios microbianos en los ecosistemas de fermentación. Azul: materiales biológicos. Verde: técnica de análisis de alto
rendimiento se aplica a materiales biológicos. Secuenciación: 454 durante más tiempo lee (alineación columna vertebral reconstrucción; mejor anotación funcional y asignación taxonomía). Illumina para una mayor profundidad de
secuenciación y mapeo de columna vertebral. Naranja: ecosistema comprensión después de aplicar técnicas de análisis para los datos generados. A = leen montaje; en cuenta que dependiendo del nicho, leer longitud, y presencia de
columna vertebral secuencias puede que no sea necesario realizar leer montaje; TC = leer asignación taxonómica; FA = funcional anotación, las estrategias de anotación bacterianas se describen en esta revisión [ 44 ]. Para una
descripción de los términos utilizados, véase tabla 1 . Las líneas discontinuas indican dónde (Pan) genoma información puede ser utilizada para la interpretación de los datos de secuenciación de los distintos niveles. Para (pan)
genoma de montaje Celera o De SOAP puede ser utilizado y para la predicción de la función de genes el servidor anotación ISGA.

frijol fermentación taxón-indicativo datos de secuenciación se obtenido de metagenoma

esta última puede explicar la detección rara de especies fi dobacterias bi hasta ahora
secuenciación [ 15 ]. unculturable como se describe en el reciente análisis de ke fi r [ dieciséis ]. Por lo tanto, los
protocolos experimentales y tuberías postsequencing, así como métodos de tipificación
secuenciación Los estudios pueden enriquecer nuestro conocimiento de la biodiversidad dentrocomo ARDRA necesitan ser sintonizado para abordar estas cuestiones [ 17 ] ( Figura 1 ). La
de fermentada ecosistemas proporcionado diversos aspectos son Tomar en cuenta. Secuenciación
combinación de puntos de vista de estructura de la comunidad y el potencial funcional a
enfoques para los genes 16S o 18S ARNr son útiles principalmente para discernir diferente partir de cepas bacterianas y metagenomes permitiría comprender el impacto de las
géneros o en el mejor de especies dentro de la fermentación. Son influida por la elección condiciones de fermentación en la composición de la microbiota y el metabolismo [ 18 ].
y la selectividad de la cebadores, secuenciación leer longitud, y los algoritmos / utiliza
bases de datos. Este último elegantemente se ha demostrado para bacterias y hongos comunidades
en la fermentación de cacao [ 15 ]. profundidad de secuencia o variando eficacia de DNA extracción
a partir de diferentes grupos bacterianos pueden afectar análisis cuantitativo de la phylobiome.
los Genómica de microbios de fermentaciones tradicionales

Como fermentaciones indígenas generalmente albergan pocas especies, en relación con otros

ecosistemas microbianos tales como

Corriente en opinión Biotecnología 2013, 24: 178 - 186 www.sciencedirect.com

 Estado-de-arte secuenciación enfoques para la fermentación de alimentos van Hijum, Vaughan y Vogel 181

Figura 2 metabolismo como desencadenantes visibles para su competitividad y la adaptación a

sus respectivos fermentaciones de alimentos. Como un caso único hasta ahora, la
estabilidad genómica y prevalencia en escala industrial fermentación de alimentos no
Objetivo estéril se ha demostrado para una cepa de L. sanfranciscensis. Dos aislados de esta

Transcripción-omics
comparativa

Banco de cribado

Diseño factorial
cepa se obtuvieron de tal fermentación con una distancia oportuna de 18 años
16S perfiles
Genómica

Gen-fenotipo
(Meta)

genómica

(meta)

(alrededor de 50 000 generaciones de propagación continua) y sus genomas se

• •
• •
• •
• •
pareo
secuenciaron [ 25 ]. Ambos genomas fueron casi idénticos y difieren ligeramente (577 pb)
en su aproximadamente 1.3 Mb cromosomas, lo que indica una fuerte capacidad de
adaptación al entorno masa fermentada. La disponibilidad de más genomas de estas
• •
especies puede permitir a los estudios evolutivos más detallados como se ha
Rendimiento
demostrado recientemente para el simbionte intestino L. reuteri en el tracto intestinal de
la seguridad
los seres humanos [ 26 ] Y el rastreo de L. reuteri masa madre aísla a su origen roedor [ 27 ].
optimización de

• • • •
productos

variedad de

• • • • • • • Robustez
Las secuencias del genoma disponibles de microbios fermentativos codifican información
vital relativa nichos especí fi genes c metabólicos. figura 3 muestra una comparación de
• • • • La explotación de la potencial metabólico de L. lactis KF147 y L. sanfranciscensis. El metabolismo versátil de la
interacción planta L. lactis KF147 permite que prosperar bajo condiciones cambiantes que se enfrenta
en la superficie de la planta [ 19 ]. L. sanfranciscensis por otro lado es una cepa altamente
Current Opinion in Biotechnology
especializado, adaptado para el crecimiento durante la fermentación de masa fermentada,
ejemplificado por su único metabolismo del glutamato / glutamina, esencial para la
Las estrategias que se podrían utilizar para lograr un objetivo determinado en la fermentación. los estrategias
involucran diferentes métodos dependiendo del objetivo. Secuenciación (de aislados bacterianos o
fermentación de cereales ( figura 3 ) [ 24 ].

metagenoma), comparativo genómica, ARNr perfilado, y transcriptómica se muestran también en Figura 1 .

Banco detección: cribado de un banco de microorganismos para deseado por propiedades métodos de
selección de alto rendimiento, tales como fenotípica ensayos. El diseño factorial: un diseño experimental en la
que diferentes factores son variados con el fin de determinar (interactuar) factores que conducen a la propiedad
deseada de una cepa bacteriana o fermentación. Gene -
El costo reducir rápidamente de una secuencia de genoma bacteriano hoy permite la
secuenciación de la cepa de aislados múltiples para fines comparativos, que se pueden
fenotipo pareo: correlacionar la presencia de genes o la transcripción de genes a fenotípica mediciones. aplicar para establecer el núcleo del genoma o ecotipo. La viabilidad de la genómica

definición de un ecotipo es proporcionada por la secuenciación del genoma comparativa de Lactobacillus

brevis, que comprende cepas adaptadas a múltiples nichos ecológicos, por ejemplo, el
intestino humano o el suelo, secuenciación y genómica comparativa de aislamientos crecimiento en la cerveza debido a la presencia o ausencia de funciones esenciales,
de fermentaciones es un enfoque poderoso para descubrir cómo el potencial incluyendo transportadores de salto, envoltura celular Modificación y sistemas de
metabólico codificada por individuo genomas afecta a la fermentación ( Figura 1 ). fosfotransferasa para la supervivencia en este entorno [ 28 ]. Aplicación de técnicas de
Como seguimiento del primer genoma secuenciación de una leche fermentada ácido reconocimiento de patrones [ 29 ] Para microbiota pro fi les de fermentaciones diferentes
láctico bacteria Lactococcus lactis, numerosos consumible bacterias fermentativas se que son funcionalmente equivalentes podría revelar dependencias entre todavía diferentes
han secuenciado (véase además NCBI genomas: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ (incluso especies cruzadas) microbios funcionalmente equivalentes,. Aplicación de
genoma / browse / ) Que ayudará anotación y enriquecer nuestra conocimiento. Entre diferentes ecotipos que consisten de estos microbios funcionalmente equivalentes en la
ellas se encuentran una planta asociada L. lactis [ 19 ], Lactobacillus curvatus ( salchicha)fermentación podría conducir a productos fermentados similares. Además, las secuencias
[ 20 ], Lactobacillus pentosus ( aceituna) [ 21 ], leuconostocs (kimchi) y fermentativa Bacillus
del genoma proporcionan oportunidades para aplicar RNA-seq de microbios específicos c
subtilis ( soja) [ 22 ]. En contraste, hay bastante un hueco con respecto a la genómica dentro de fermentaciones como se muestra elegante para un microbioma intestino humano
de fermentativa levadura en estos tradicional fermentaciones, así como la hongos. modelo en ratones gnotobióticos tras el tratamiento con un consorcio de cepas de leche
fermentada [ 30 ].

UN completo análisis con respecto a especí adaptación fi c a la fermentación medio

La metagenómica y metatranscriptomics
ambiente se ha realizado utilizando comparativo el análisis genómico para Lactobacillus
sakei de la carne la fermentación [ 23 ] y L. sanfranciscensis hablaba del tradicional trigo
La determinación de cómo las bacterias interactúan y la presencia de cadenas tróficas en
y centeno masas madre [ 24 ]. esto hizo hincapié especializada azúcar, estos consorcios puede ser estudiado con metagenómica y / o técnicas
aminoácidos y ácido nucleico metatranscriptomics ( Figura 1 ). De forma análoga a los ecotipos, un metagenoma
necesario

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182 Comida biotecnología

Tabla 2

Mayor hallazgos de basados ​en la secuenciación de la comunidad de perfiles de fermentaciones indígenas

Fermentado tipo de alimento El análisis molecular Las principales conclusiones Referencia

técnica

pulque (alcohólico bebida) 16S rRNA secuenciación de genes Gran biodiversidad descubierto, lo que se conoce como '' regionalidad ''. Las principales especies identi fi cadas por la [7]
amplicón, ARDRA secuenciación del 16S clonar bibliotecas eran

Lactobacillus acidophilus, Leuconostoc mesenteroides, Gluconobacter oxydans y Hafnia alvei

kimchi (Repollo, rábano) 16S rRNA secuenciación de genes dinámica de la comunidad estudiaron a fi nd diferencias entre kimchi inoculado no starterinoculated [ 14 ]
amplicón y en las primeras etapas de la fermentación, pero en general no hubo diferencias significativas en
las fases tardías. Kimchi está dominado por Leuconostoc, Lactobacillus, y Weissella

Narezushi (fi sh) 16S rRNA secuenciación de genes cambios dependientes del tiempo detectados, lactobacilos aumento de la fase de fermentación temprana, [9]
amplicón alta variación entre los productos analizados.
Lactobacillus plantarum y Lactobacillus brevis dominar el proceso como identificado por el cultivo

Doenjang (pasta de soja)
Kochujang (roja pimienta, arroz, haba de
soja mezcla)
16S rRNA secuenciación de genes Alta diversidad de especies de bacterias descubiertas en muestras artesanales, que se conoce como '' [ 10 ]
amplicón regionalidad ''. marcas comerciales contenidas comunidades microbianas dominadas por simples Tetragenococcus
y
Estafilococo
16S rRNA secuenciación de genes [ 11 ]
Bacillaceae mostró la mayor abundancia en la mayoría de las muestras, excepto uno, en el cual leuconostocaceae
amplicón eran dominantes. Los segundos más dominantes familias bacterianas ampliamente diferían entre las
muestras (regionales) y se incluye Paenibacillaceae, Lactobacillaceae, Enterococcaceae o

Staphylococcaceae
Mariscos 16S rRNA secuenciación de genes Los tipos predominantes incluyen arqueas halófilas relacionado con la familia Halobacteriaceae; [ 12 ]
amplicón DGGE Crenarchaeota varios mesófilos inculto descubierto por primera vez en los alimentos fermentados

Nukadoko (salvado de arroz) 16S rRNA secuenciación de genes Estructura y dinámica de la comunidad bacteriana estudiados, revelando estabilización de alta [ 13 ]
amplicón biodiversidad de lactobacilos al papel predominante de (inoculado) Lactobacillus namurensis y Lactobacillus
acetotolerans durante los ciclos de refresco y fermentación

Nuruk / Makgeolli (almidón comprimidos
de arranque / bebidas fermentadas
hechas en esto)
Grano de cacao
Fungal región espaciadora 2 y 16S desplazamiento hacia la comunidad Saccharomyces y bacterias del ácido láctico durante la fermentación [ 14 ]
rRNA secuenciación de genes con Saccharomycetaceae fi significativamente creciente, y el mayor filo de bacterias de las muestras
amplicón pasando de gramo- proteobacterias a
Firmicutes
(Por ejemplo, 16S rRNA) El análisis de secuenciación metagenomic identi fi ed Hanseniaspora uvarum, Hanseniaspora [ 15 ]
opuntiae, Saccharomyces cerevisiae, Lactobacillus fermentum, y Acetobacter pasteurianus como
secuencias de Taxon-indicativo metagenomic
datos la especie dominante

no consulte taxones y una consorcio de diferentes taxones puede tener una funcionalmente
similar metagenoma. La primera base de secuenciación metagenómica estudio reportado
para las fermentaciones tradicionales era realizado para kimchi, que resalta la predominante
microbiano poblaciones mesenteriodes Leuconostoc y Lactobacillus sakei en kimchi [ 31 ].
muchos phagerelated secuencias eran detectados lo que sugiere que los fagos podría desempeñar
fuerte de transcriptoma L. plantarum y L. fermentum en el ecosistema estabilizado [ 33 ]. Un
un activo y importante papel durante la fermentación del kimchi. En el futuro los estudios
superiores profundidad secuenciación podría permitir una mayor descripción cuantitativa y
precisa de el abundancia de grupos funcionales fi cos más pequeños y más de en los
genes diferente los puntos de tiempo en un proceso de fermentación que se proporcionar
más información sobre el potencial funcional.
graminis, Lactobacillus curvatus, Weisella viridescens, y
Weisella menor, había relativamente alta actividad transcripcional y presumiblemente
todavía contribuido al proceso de fermentación [ 32 ]. metatranscriptomics basado en
microarrays también se ha realizado para la masa madre mostrando la contribución más
análisis en profundidad de la mismo conjunto de datos reveló la activación de la utilización
de hidratos de carbono alternativas a la glucosa (por ejemplo, almidón y maltosa) y la
conversión ácidos amino durante la fermentación de masa fermentada [ 34 ]. Aunque
metatranscriptomics basado en microarrays pueden revelar información valiosa, que
adolece de potenciales falsepositives debido a los límites de la hibridación cruzada y
diseño de la sonda de detección de nuevo la biodiversidad.

Otra faceta de añadir a la complejidad de las fermentaciones es la presencia de bacteriófagos

Metatranscriptome secuenciación podría proporcionar una visión más amplia sobre procesos
metabólicos y las cadenas tróficas durante indígena (fermentaciones Figura 1 ). Un / virus. El análisis metagenomic de viromes de camarón fermentado, kimchi y
metatranscriptomics análisis de kimchi utilizando un enfoque de microarrays sauerkraut se ha descrito [ 35 ]. Estas fermentaciones fueron dominados por
también ha sido descrito que indicó que más adelante en el kimchi junto a la viromes relativamente simple en comparación con los de otros entornos tales
como el intestino humano y agua de mar. Esta re fl eja la relativamente
fermentación L. mesenteriodes y L. sakei Menos abundante microorganismos a saber Lactobacillus

Corriente en opinión Biotecnología 2013, 24: 178 - 186 www.sciencedirect.com

 Estado-de-arte secuenciación enfoques para la fermentación de alimentos van Hijum, Vaughan y Vogel 183

figura 3

La biosíntesis de glicanos y
Metabolismo
Metabolismo de
nucleótidos

Metabolismo de cofactores y
vitaminas

La biosíntesis de otros metabolitos

secundarios
Metabolismo de Metabolismo de los
Aminoácidos
lípidos carbohidratos

Metabolismo de los

Metabolism

Energy

B C)

El metabolismo de terpenoides y policétidos

(A El metabolismo de otro
aminoácido
La biodegradación xenobióticos y
Metabolismo

Current Opinion in Biotechnology

Ilustración de iPath 2.0 del software (véase también tabla 1 ) Para la comparación de metabolismo de la planta asociada bacterias de ácido láctico fermentativa, a saber, L. lactis

KF147 y L. sanfranciscensis TMW 1,1304. Asignación de reacciones metabólicas se realiza en base a KEGG Orthology (KO) números, que se obtuvieron de la página web KEGG ( http://www.genome.jp/kegg/ko.html
). reacciones metabólicas se indican mediante líneas con los colores: azul (presente sólo en
L. sanfranciscensis), verde (presente sólo en L. lactis) y rojo (presente en ambas cepas). Reacciones específicas para L. sanfranciscensis son: A, de aminoácidos que incluye glutamina / glutamato metabolismo (CE 2.6.1.19), esencial en la

fermentación de cereales; B, el metabolismo del fosfato de inositol (CE 4.1.2.29), precursor de los carbohidratos metabolismo; y DO, nitrógeno / propanoato de metilo o el metabolismo butanoato / taurina (CE 2.6.1.18, EC 2.6.1.19, EC 2.6.1.55,

respectivamente). La dispersa y reacciones aisladas son probablemente debido a un remanente de la evolución en curso dirigidas a la reducción de la diversidad de anotación o inconsistencias metabólicos. Estas mapas metabólicos

Descripción general de poder obtener una visión reconocible del metabolismo de los cuales reacciones específicas todavía pueden ser analizados en detalle. Los datos experimentales pueden ser superpuestos en estos mapas, por ejemplo

por la coloración reacciones basada en la presencia y el uso de grosor de la línea para indicar leer abundancia en (meta) genomas o la actividad transcripcional.

sencillo bacteriano especies composición de muchas fermentaciones tradicionales en general que Por otra parte, como la secuenciación de reducir los costes, la secuenciación profunda
consiste en unas pocas especies dominantes. Como se tomaron muestras de un solo punto seguida de software para in silico eliminar rRNAs y tRNAs se puede aplicar [ 38 ]. El
en el tiempo en este estudio, sin fago-microbio interacciones o dinámica pudieron efecto de ADN extracelular libre o de ADN de microorganismos muertos en abundancia
metagenoma pro fi les durante fermentaciones todavía tiene que ser considerado y
determinarse. Los fagos pueden afectar fermentaciones, como lo sugiere el análisis de la L. sanfranciscensis
genoma [ 24 ]. Sin embargo, fagos no podían ser demostrado ser de (medible) importancia en puede ser sustancial. La comparación de los rRNAs obtenidos por transcriptionPCR
inversa (que representa bacterias activas) para rDNA (todas las bacterias) durante la
la de masa fermentada la fermentación [ 36 ]. Si son cultivos iniciadores de fi nido para indígena fermentaciones,
a continuación, los fagos también presumiblemente necesitar ser controlada como en la producción de queso artesanal indica una sucesión con sustancialmente diferente de la
industria láctea la industria [ 37 ]. actividad metabólica de los grupos de bacterias detectadas durante el proceso de
fermentación [ 3 ]. En metagenómica de comunidades complejas, esto puede ser dirigida
por la aplicación de monoazida de propidio, que penetra en las células con membranas
comprometidas (presumiblemente células muertas '') y se une al ADN inhibiendo de
este modo PCR ampli fi cación y secuenciación [ 39 ].
UN desafío para metatranscriptomics es el enriquecimiento del ARN mensajero de especialmente
bacterias que es actualmente siendo abordadas por diversas kits comerciales que
selectivamente eliminar rRNAs o eucariota poli-A mRNA.

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184 Comida biotecnología
La determinación de la mejor secuenciación y enfoque de análisis para tradicional fermentacionesEE.UU.: CRC Press; 2010.
depende en gran medida de la complejidad y la diversidad de la ecosistema ( Figura 1 ).
Cuando un complejo consorcio (Varios géneros) se prevé, preliminar basado ADNr pro fi
ling puede dar una visión general antes concentrándose en secuenciación y genómica
comparativa de específica (Dominante) de los aislamientos; secuenciación
metagenómica haría dar adicional ideas; esto podría lograrse, por ejemplo, por Roche
454 de columna vertebral construcción seguido de metatranscriptomics utilizando
Illumina 100 pb extremo emparejado (PE) lee. los columna vertebral construcción sería muy
parecida a la descrito para el intestino metagenoma [ 40 ] y resulta en anotada (fragmentos
de) ORFs. los metatranscriptomics Illumina lee podía posteriormente ser asignada a la columna
vertebral de determinar la abundancia de lectura (actividad). Cuando un menor complejidad
del ecosistema es fermentado era de esperar, por ejemplo, para queso o posterior en
los puntos de tiempo masa fermentada o kimchi fermentación, entonces la
secuenciación profundidad para el metagenoma podría aumentarse utilizando 100 pb
PE Illumina y mapear estos lee a conocida o genomas preferiblemente aislados de la
fermentación. UN exhaustivo visión general de estos conjuntos de datos complejos en
una metabólico perspectiva podría ser generada mediante el uso de ejemplo iPath (ver figura
3 para un ejemplo). Esta haría permitir que una investigador para elevar los análisis de
las listas de genes a utilizando el contexto metabólico real de estas genes en junto con
una variedad de parámetros experimentales mesurado.
9. Kiyohara M, Koyanagi T, Matsui H, Yamamoto K, Tome H, Katsuyama Y, Tsuji A, Miyamae H,
conclusiones
los último secuenciación tecnologías se utilizan cada vez más para estudiar el phylobiomes
y genomas de bacterias en tradicional comida y bebida fermentaciones. La
metagenómica y metatranscriptomics enfoques están empezando a aparecer por estos ecosistemas
y puede ser muy poderosa para ganando penetraciones como se describió
anteriormente para el kimchi y de masa fermentada. Estas enfoques se pueden anticipar
para proporcionar numeroso ideas importantes: por ejemplo, en la de fi nición cultivo condiciones
11. Nam YD, Park SL, Lim SI: composición microbiana de la
para las bacterias hasta ahora no cultivados: información para determinar los
parámetros de la fermentación críticos conmovedor calidad; y para determinar las
12. Roh SW, Kim KH, Nam YD, Chang HW, Parque EJ, Bae JW:
interacciones, y cadenas posiblemente tróficos, entre las bacterias dentro de estas fermentación
ecosistemas [ 41 ]. Estos enfoques serán impulsado por la tremendos avances en secuenciación
que es continuamente cada vez más baratas, y en tiempo real Más accesible con diseño
de dispositivos portátiles de la tamaño de un USB tarjeta de memoria [ 42 ]. aplicación
más generalizada de herramientas bioinformáticas (véase también tabla 1 ) combinado con
nube informática [ 43 ], Así como el tiempo dedicado a en profundidad análisis y interpretación
de los datos generados se maximizar el percepciones derivadas de tales estudios.
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