Sistema de gestión de información de

genomas completos de cepas de

Acinetobacter baumannii para la
identificación, tipificación y seguimiento de
resistencia a antibióticos.

JHON JAIRO DONATO ARIZA

Maestría en Bioinformática
Director: Emiliano Barreto_Hernandez, PhD
Universidad Nacional de Colombia
 AGENDA

PROBLEMÁTICA Y PREGUNTA DE INVESTIGACIÓN

OBJETIVOS

AVANCE
 PROBLEMÁTICA

• Altos índices de resistencia antimicrobiana que se están presentando

y es una preocupación actual de la organización mundial de la salud
(OMS). [1]

• Lineamientos generados por la OMS que exigen a los países contar

con sistemas de información centralizados y estructurados, que
permitan tener información especializada, actualizada y disponible que
sirva de apoyo para la toma de decisiones y definición de estrategias
en diferentes áreas. [2]

• La identificación, la tipificación, el seguimiento y la comparación de las

características bacterianas es un campo de interés mundial que
actualmente enfrenta bastantes restos relacionados con la parte
tecnológica, como el tema de almacenamiento y procesamiento de
grandes volúmenes de información obtenidos de procesos de
secuenciación genómica.

1. OMS Organización mundial de la salud. (2001). Estrategia mundial de la OMS para contener la
resistencia a los antimicrobianos. Suiza: minimum graphics.
2. Organización Mundial de la Salud OMS. (Mayo de 2013). Resistencia a los antimicrobianos. Nota
descriptiva #194. Washington.
PREGUNTA DE INVESTIGACIÓN

¿Que características microbiológicas, clínicas y genómicas

se deben considerar para diseñar e implementar un
sistema de gestión de información de genomas completos
de cepas de Acinetobacter baumannii , que permita
realizar identificación, tipificación y seguimiento de la
resistencia a antibióticos?
 OBJETIVOS

OBJETIVO GENERAL:

Diseñar e implementar un sistema de gestión de

información de genomas completos de cepas de
Acinetobacter baumannii para la identificación, tipificación
y seguimiento de la resistencia a antibióticos.
 OBJETIVOS ESPECIFICOS

• Establecer las características clínicas, microbiológicas y

genómicas necesarias para realizar el seguimiento de las
diferentes cepas de Acinetobacter baumannii, que se
registraran en el sistema de gestión de información.

• Definir las herramientas que se utilizaran para realizar el

seguimiento de las características de las diferentes cepas de
Acinetobacter baumanni que se registraran en el sistema de
gestión de información.

• Diseñar e implementar el sistema de gestión de información

para realizar el seguimiento, identificación y tipificación de
diferentes cepas de Acinetobacter baumanni.

• Evaluar el sistema de gestión de información desde el punto de

vista funcional y no funcional
OBJ1: Establecer las características clínicas, microbiológicas y
genómicas necesarias para realizar el seguimiento de las diferentes
cepas de Acinetobacter baumannii, que se registraran en el sistema de
gestión de información.
OBJ1: Establecer las características clínicas, microbiológicas y
genómicas necesarias para realizar el seguimiento de las diferentes
cepas de Acinetobacter baumannii, que se registraran en el sistema de
gestión de información.

SISTEMA WHONET
OBJ1: Establecer las características clínicas, microbiológicas y
genómicas necesarias para realizar el seguimiento de las diferentes
cepas de Acinetobacter baumannii, que se registraran en el sistema de
gestión de información.
 OBJ1: Establecer las características clínicas, microbiológicas y
genómicas necesarias para realizar el seguimiento de las diferentes
cepas de Acinetobacter baumannii, que se registraran en el sistema de
gestión de información.

Perez, H. (2016). Modelo de resistencia a antibióticos.

 OBJ1: Establecer las características clínicas, microbiológicas y
genómicas necesarias para realizar el seguimiento de las diferentes
cepas de Acinetobacter baumannii, que se registraran en el sistema de
gestión de información.

NIVEL CARACTERISTICAS

• Sexo del paciente,

• Edad del paciente,
• Diagnóstico del paciente,
• Hospital del paciente,
• Departamento del paciente,
• Fecha recepción muestra,
Clínicas • Identificador de la muestra,
• Tipo de muestra recibida,
• Fecha del análisis realizado a la muestra,
• Ciudad del hospital,
• Nivel de atención del hospital,
• Etnia,
• Grupo poblacional.
 OBJ1: Establecer las características clínicas, microbiológicas y
genómicas necesarias para realizar el seguimiento de las diferentes
cepas de Acinetobacter baumannii, que se registraran en el sistema de
gestión de información.

NIVEL CARACTERISTICAS

• Microorganismo,
• Tipo de microorganismo,
Microbiológicas • Serotipo,
• Resistencia a panel de antibióticos,
• tecnología de análisis microbiológico utilizada
• Resultados del proceso de ensamblaje,
• Anotación de genes,
• Regiones codificantes,
Genómicas
• Perfiles alélicos,
• Identificación y tipificación de la bacteria,
• Perfiles de resistencia a antibióticos.
 OBJ2: Definir las herramientas que se utilizaran para realizar el
seguimiento de las características de las diferentes cepas de
Acinetobacter baumanni que se registraran en el sistema de gestión de
información.

PROPÓSITO HERRAMIENTAS

Base de datos • MySQL

Análisis de calidad • FASTQC

Trimming • Sickle
Ensamblaje • Spades
Anotación • Prokka
• MLST , sistema de identificación y
Identificación y tipificación
tipificación de bacterias (Ballen-Mejia 2016),
• Sistema de identificación de resistencia
Identificación de resistencia antibiótica
antibiótica (Pérez-Cardona 2016)
Análisis estadístico de seguimiento • R
OBJ3: Diseñar e implementar el sistema de gestión de información
para realizar el seguimiento, identificación y tipificación de diferentes
cepas de Acinetobacter baumanni.
OBJ3: Diseñar e implementar el sistema de gestión de información
para realizar el seguimiento, identificación y tipificación de diferentes
cepas de Acinetobacter baumanni.
OBJ3: Diseñar e implementar el sistema de gestión de información
para realizar el seguimiento, identificación y tipificación de diferentes
cepas de Acinetobacter baumanni.
OBJ3: Diseñar e implementar el sistema de gestión de información
para realizar el seguimiento, identificación y tipificación de diferentes
cepas de Acinetobacter baumanni.
OBJ3: Diseñar e implementar el sistema de gestión de información
para realizar el seguimiento, identificación y tipificación de diferentes
cepas de Acinetobacter baumanni.