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Manualpdbv PDF
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Instrucciones de utilización
En primer lugar pulsa en el menú File del programa Swiss PdbViewer 3.7. Se
abrirá un menú en el que la primera opción es Open PDB File. Entonces se
aparecerá una ventana en la que tendrás que seleccionar el correspondiente
archivo en formato PDB.
Una vez seleccionado el archivo, se abrirán dos ventanas. Una que mostrará la
estructura de la proteína y la otra que corresponde al panel de control (“Control
panel”) en el que como veras se muestra la información correspondiente a cada
aminoácido de la proteína con la que se va a trabajar. Además también
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aparecerá en la parte superior de la pantalla la ventana de barra de
herramientas (toolbar).
Barra de
Estructura de Panel de control
heramientas
la Proteína
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También, colocando el cursor sobre el correspondiente aminoácido en el
Control panel y dando al botón derecho del ratón la proteína se orienta de
manera que ese aminoácido es el que queda más próximo al observador.
Ribn (representación de
estructura 2ª en cinta)
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Colocando el cursor sobre la correspondiente función (en la parte de arriba de
la columna sobre el nombre que la define) y apretando el botón derecho del
ratón se aplica esa función a todos los aminoácidos seleccionados (pasan a
estar en letras rojas). Por ejemplo, botón derecho sobre “ribbons” marcaría
con una cinta la estructura de la región correspondiente a los aminoácidos
seleccionados. Para deseleccionar la función sitúate sobre cualquiera de las
marcas (clicks) seleccionadas y presiona botón derecho + shift –
mayúsculas.
seleccionado marcado
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Igualmente si hay varias subunidades en el modelo con el que se está
trabajando, el aminoácido aparecerá marcado con una A, B etc en función de la
cadena a la que pertenezca.
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Esta función puede combinarse con otra que permite mostrar los aminoácidos
con los que establecen puentes de hidrógeno esos residuos mediante el
comando display y selccionando show only H-bonds from selection. De esa
manera aparecerán lo puentes de hidrógeno que establecen los aminoácidos
seleccionados con los que tiene alrededor. A su vez esa función se puede
combinar con show only groups with visible H-bonds. De esa manera
tendremos marcados solo los aminoácidos con los que establecen puentes de
hidrógeno los que nosotros teníamos seleccionados. Este tipo de funciones
permite centrarse específicamente en la región de la proteína en la que
estemos interesados.
Aminoácidos
Puentes de seleccionados
hidrógeno
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Coloreado
Color
by secondary structure Lámina β amarillo
α- hélice rojo
Resto gris
By chain Toda la proteína amarillo (y si hay varias
cadenas cada una en un
color)
By type Aminoácidos acidos rojo
Aminoácidos básicos azul
Polares amarillo
Hidrofóbicos gris
By CPK carbonos blanco
oxígenos rojo
nitrógenos azul
azufre amarillo
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Coloreado y accesibilidad
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o, pulsando sobre el mismo botón seleccionar el comando accesible que
muestra la zona de ese residuo que es accesible al medio
Nota: (La superficie de van der Waals se encuentra a la distancia del radio de
van der Waals e incluye la superficie total de los átomos seleccionados –
excepto cuando las superficies de superponen. Por el contrario, la superficie
accesible al disolvente se encuentra a una distncia de cada átomo del radio de
van der Waals más 1,4 Å, pero incluye sólo la superficie con la cual una
molécula de disolvente de forma esférica podría entrar en contacto).
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