INFORME DE BIOLOGIA MOLECULAR LABORATORIO Nº 2

BIOINFORMATICA

LABORATORIO Nº 2

BIOINFORMATICA

Contreras Jiménez Marisol (1611233)1∗ , Villamizar González Marcela (1611259)2*, Toloza

Mondragón Daniel (1611267) 3*, Ardila Rico Daniela (1611260) 4*, Vanegas Parada
Wanderley (1611282)5∗

Biología molecular, grupo 3B.

Profesora: Liliana Yaneth Suárez Contreras.

Ingeniería Biotecnológica, Facultad ciencias agrarias y del ambiente.

Universidad Francisco de Paula Santander.

RESUMEN

La bioinformática es la ciencia que utiliza los métodos matemáticos, estadísticos y

computacionales que pretenden solucionar problemas biológicos e información relacionadas
particularmente y es de gran importancia pues aporta a los investigadores técnicas y
herramientas de procesamiento y visualización. El presente informe detalla los procesos y la
utilización de medios informáticos para procesar los contenidos curriculares de las diferentes
materias, así como para aprender el manejo de bases de datos bioinformáticas básicos tales
como EMBL-EBI, NCBI, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, DDBJ Center, UNIPRONT, entre
otros necesarios para el desarrollo del estudiante que se transformarán en recursos educativos
con los que el alumnado no solo adquirirá nociones básicas sobre el uso y manejo de estos
programas que les serán requeridos en su vida profesional como científicos, sino que les servirá
para afianzar y contextualizar conceptos relacionados con el propio proceso. Partiendo de
diferentes objetivos, el alumnado será capaz de desarrollar una estrategia que le reporte una
gran cantidad de información sobre estos usando únicamente medios informáticos.

PALABRAS CLAVES: Bioinformática, base de datos, ciencia, métodos, técnicas.

INTRODUCCION
La bioinformática es una industria 'de base', con muchas iniciativas y un sentido generalizado
de propiedad de recursos en donde las ciencias de la vida dependen en gran medida de las
tecnologías de alto rendimiento para comprender, las implicaciones funcionales de la estructura,
expresión, regulación y variación de genes sobre la salud humana, el bienestar y el medio
ambiente (1. May, 2014). En respuesta, existen muchas herramientas de software y bases de
datos que se han desarrollado para gestionar y analizar los datos. Esto presenta un gran desafío,
no solo para los científicos, quien debe encontrar soluciones relevantes en un océano de
posibilidades, sino también para "bioinformáticos de cuello azul" (como acuñado por Brad
Chapman, http://bcb.io) quienes deben resolver una serie de problemas técnicos, ya que
construye protocolos utilizables y flujos de trabajo de recursos técnicamente diversos (2.

Biología Molecular
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Parnell, 2011). Se han realizado muchos esfuerzos que ayudan a las personas a
encontrar y usar software y bases de datos bioinformáticos.
La Bioinformática es el uso de técnicas computacionales, matemáticas y estadísticas para el
análisis, interpretación y generación de datos biológicos. Estudia la minería de datos de ácidos
nucleicos, proteínas, lípidos, azúcares y metabolitos mediante diferentes aproximaciones. Hoy
día, la bioinformática se aplica en un amplio abanico de estudios para dilucidar desde la función
de un gen (3. GODDARD, 2017) a la dinámica de las poblaciones microbianas en sus entornos
naturales (4. XIAO M., 2017), llegando al cénit de la investigación actual, la biología de
sistemas. De hecho, es una parte fundamental de ésta última, pues las integraciones de métodos
computacionales con los resultados experimentales obtenidos a partir de técnicas de alto
rendimiento pasan inexorablemente por la bioinformática.

OBJETIVOS
 Al instruir al alumno de cómo se realiza el manejo de aplicaciones mediante programas
computarizados en las aplicaciones de biología molecular y genética. Se enseña
programas que hacen más fácil su desarrollo y sus diferentes datos biológicos.
 Analizar y aprender a manipular las herramientas informáticas y bases de datos.
 Participar en la búsqueda necesaria para la construcción de herramientas
bioinformáticas que permitan resolver un problema biológico dado.
 Seleccionar uno de los programas bioinformáticos, para ejecutar las investigaciones al
tema correspondiente además lograr obtener resultados confiables y extrapolables en un
proyecto de investigación dado.

MATERIALES Y REACTIVOS
 Bata de laboratorio.
 Libreta de apuntes.
 Computador

PROCEDIMIENTO
 Realizar una inducción de las diferentes bases de datos implicadas en la práctica de
laboratorio de bioinformática, reconociendo así su utilidad correspondiente a cada una
de ellas, observando sus servicios y demás aportes.
 También se reconocerá el funcionamiento de cada una de ellas en base a cada tema de
interés en donde se buscara un artículo científico referente a cada tema asignado en clase
con el fin de observar y aprender el tema de bioinformática.

Biología Molecular
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RESULTADOS Y DISCUSION
PLATAFORMAS VIRTUALES
Figura 1. EMBL creada en el año
1974.
Figura 2.NCBI creada en el año 1988. una recopilación de enfermedades genéticas humanas en
Figura 3. NAR publicada por Oxford biología sintética; biología computacional; regulación
University Press en enero de 1993.
Figura 4.PubMed creada en el año
1996.
Figura 5.Uni Prot creada en el año
2002.
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FUNCIÓN
El Instituto Europeo de Bioinformática de EMBL (EMBL-
EBI) es una organización científica financiada con fondos
públicos que brinda servicios datos, herramientas de software
de código abierto e infraestructura de 'big data' a la comunidad
mundial de investigación en ciencias de la vida, libre de
cargar.
El Centro Nacional para la Información Biotecnológica o
National Center for Biotechnology Information (NCBI) es
parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados
Unidos, una rama de los Institutos Nacionales de Salud con la
misión de ser una importante fuente de información de
biología molecular. Almacena y constantemente actualiza la
información referente a secuencias genómicas en GenBank,
un índice de artículos científicos referentes a biomedicina,
biotecnología, bioquímica, genética y genómica en PubMed,
OMIM, además de otros datos biotecnológicos de relevancia
en diversas bases de datos.
Nucleic Acids Research (NAR) publica los resultados de
investigación de vanguardia sobre los aspectos físicos,
químicos, bioquímicos y biológicos de los ácidos nucleicos y
las proteínas implicadas en el metabolismo y/o las
interacciones de los ácidos nucleicos. Permite la publicación
rápida de artículos en las siguientes categorías: química y
genética, cromatina y epigenética; integridad, reparación y
recopilación del genoma; genómica; biología molecular;
enzimas de ácidos nucleicos; ARN y biología estructural.
Motor de búsqueda de libre acceso a la base de datos
MEDLINE que comprende más de 28 millones de citas y
resúmenes de artículos de investigación biomédica. Esta tiene
alrededor de 4800 revistas publicadas en estados unidos y en
más de 70 países de todo el mundo desde 1966 hasta la
actualidad.
Repositorio central de datos sobre proteínas creados por la
combinacon de swiss-prot,TrEMBL y PIRt. Esto lo convierte
en el recurso líder mundial almacenando información sobre
proteínas, que abarca funciones, comportamientos,
interacciones, beneficios y afecciones, se encuentran desde
artículos, revistas y entre otros ensayos.
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Base de datos bioinformática en línea y el repositorio principal

de datos genéticos y moleculares para la familia
Drosophilidae. Para la especie y el organismo modelo más
extensamente estudiados. La información en flybase proviene
de una variedad de fuentes que van desde proyectos de
genoma a gran escala hasta la literatura de investigación
primaria, incluyendo fenotipos mutantes, caracterización
molecular de alelos mutantes, patrones de expresión,
Figura 6.FlyBase creada en el año
construcción e inserciones transgénicas.
1900.

TABLA 1. Plataformas básicas virtuales con bases de datos destinadas para investigación
con el fin de obtener actualización de artículos, libros, revistas, entre otros a nivel mundial
de forma gratuita.
La bioinformática, en sentido amplio, se podría definir como la disciplina científica que utiliza
la tecnología de la información para organizar, analizar y distribuir información biológica, con
la finalidad de responder preguntas complejas en biología, es decir, una disciplina que engloba
métodos matemáticos, estadísticos y computacionales para solucionar problemas biológicos
usando ADN, ARN, secuencias de aminoácidos e información relacionada (5. Baxevanis AD,
2004).
Las principales aplicaciones de la bioinformática son la gestión, la simulación, la minería de
datos y el análisis de la información generada en el PGH, con aplicación también en la
predicción de estructuras proteicas, estudios de secuencias y otras actividades derivadas de la
investigación en biología. Debido a que en sus orígenes a través de la bioinformática
principalmente se desarrollaban bases de datos genómicas y proteómicas y se construían
herramientas software para el análisis y presentación de dichos datos, se la sigue considerando
como un campo de apoyo más que como una "ciencia" en sentido real. El fin último de la
bioinformática es extraer conocimiento a partir de una gran cantidad de datos para obtener una
representación de las células y organismos así como predecir sistemas de gran complejidad,
como son las redes de interacción en los procesos celulares y el fenotipo de los organismos (6.
Óscar Coltell, 2008)
No existen dudas acerca del avance que ha supuesto la bioinformática en el desarrollo de la
genética y de las ciencias de la salud, a partir del avance de la tecnología, que ha dado lugar a
la posibilidad del estudio de las secuencias y cuantificación de ácidos nucleicos como se
muestra a continuación:
De acuerdo a los objetivos establecidos en la práctica, se obtuvieron unos resultados exitosos
ya que gracias a esto se obtuvo unas plataformas virtuales del cual están especializado en el
ámbito investigativo donde podemos acceder a unas investigaciones bien sea artículos, libros,
review y etc. Donde podemos tener una amplia área de conocimiento para sustentar trabajos,
tesis, artículos, que pueden ser apoyado u mejorados de acuerdo a otros resultados obtenidos
por otros investigadores y de acuerdo a esto, enviar nuestros posibles artículos o investigaciones
de ámbito lucrativos que pueda ser beneficioso para otras personas.

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Otra parte de la practica era escoger 5 artículos que fueran de un tema especial que fue
dado en clases por grupos del cual, el tema de nuestro grupo era la electroforesis, pero de estos
5 artículos solo se presentaba 1 para sustentarlo a la clase y estos eran los artículos interesantes
1. Performance of probe polymerization-conjunction-agarose gel electrophoresis in the
rapid detection of KRAS gene mutation
2. The Gel Electrophoresis Markup Language (GelML) from the Proteomics Standards
Initiative
3. Northern Lights test: a versatile method for the integral detection of DNA damage
4. Characterization of chlorophyll binding to LIL3
5. Production of fluorescent antibody-labeling proteins in plants using a viral vector and
the application in the detection of Acidovorax citrulli and Bamboo mosaic virus
Estos 5 artículos fueron las opciones a tomar para posiblemente presentar a nuestros
compañeros 1 solo artículo del cual tiene que ser interesante tanto el método de trabajo utilizado
como también el objetivo principal que tenga el articulo pero que también tenga el uso de
electroforesis mostrando imágenes que puedan sustentar el uso de este método como tal, donde
en una decisión grupal el articulo con el que decidimos trabajar fue, (Northern Lights test: a
versatile method for the integral detection of DNA damage), donde habla sobre un método
particular implementado para la identificación del daño en el DNA donde estos son ocasionados
por factores como la genotoxicidad detectando la inestabilidad del genoma y evitar a futuro
problemas como el cáncer que son ocasionadas por celular dañinas.

ANEXOS:
Northern lights assay: a versatile method for comprehensive detection of DNA damage
(Nucleic Acids Research, 2018, doi: 10.1093|nar|gky645)

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CONCLUSIONES
 Gracias a la bioinformática, hace que a la hora de búsqueda de datos biológicos sea más
flexible ya que permite el desarrollo con diversas herramientas que se compone de bases
de datos.
 El desarrollo de la bioinformática es necesario para la búsqueda de avances
significativos en investigación de temas.
 Con todas las indicaciones requeridas, se lleva a cabo un buen manejo en la utilización
de diferentes herramientas de búsqueda, orientadas por el maestro.
 Con el uso de estas bases de datos se puede lograr obtener una información importante,
para realizar proyectos de grados, tesis e informes de laboratorios, gracias a su contenido
que es de gran ayuda.

BIBLIOGRAFÍAS
1. May,M. (2014) Life science technologies: Big biological impacts from big data. Science,
344, 1298–1300.
2. Parnell,L.D., Lindenbaum,P., Shameer,K., Dall’Olio,G.M., Swan,D.C., Jensen,L.J.,
Cockell,S.J., Pedersen,B.S., Mangan,M.E., Miller,C.A. et al. (2011) BioStar: an online question
& answer resource for the bioinformatics community. PLoS Comput. Biol., 7, e1002216.
3. GODDARD, A.D., BALI, S., MAVRIDOU, D.A., LUQUE-ALMAGRO, V.M., GATES,
A.J., DOLORES ROLDÁN, M., NEWSTEAD, S., RICHARDSON, D.J., y FERGUSON, S.J.
(2017). The Paracoccus denitrificans NarK-like nitrate and nitrite transportersprobing nitrate
uptake and nitrate/nitrite exchange mechanisms. Mol Microbiol, 103(1):117-133
4. XIAO M., YANG J., FENG Y., ZHU Y., CHAI X., y WANG Y. (2017). Metaproteomic
strategies and applications for gut microbial research. Appl Microbiol Biotechnol, 101(8):3077-
3088.
5. Baxevanis AD, Ouellette BF, Boguski M. Bioinformatics: a practical guide to the analysis
of genes and proteins. 3rd ed. New York: John Wiley and Sons, Inc., 2004; 1-2.
6. Óscar Coltell, María Arregui, Antonio Fabregat, Olga Portolés. Rev Méd Chile (2008); 136:
645-652 from http://dx.doi.org/10.4067/S0034-98872008000500015

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