FTG-8025/08 - Desarrollo e implementacin de

herramientas genmicas de avanzada para

contribuir a la adaptacin de la caficultura al
cambio climtico
Enero 1, 2008

Convocatoria 2008
TEMAS
ANDESCAFCENTRO AMERICA Y EL CARIBE

PAISES
COLOMBIACOSTA RICAESTADOS UNIDOSFRANCIAHONDURASPANAMREPUBLICA DOMINICANA

FUENTE DE FINANCIAMIENTO: FONTAGRO

RECURSOS SOLICITADOS US$: 500000
RECURSOS CONTRAPARTIDA US$: 1000000
MONTO TOTAL ESTIMADO US$: 2000000
PERIODO DE EJECUCIN (MESES): 36

RESUMEN EJECUTIVO
El cultivo del caf es de importancia estratgica para la estabilidad econmica, social y poltica de la
mayora de los pases miembros del FONTAGRO (10 de los 15 pases miembros) debido a que es uno
de los principales productos agrcolas de exportacin y generacin de divisas de la zona. Amrica Latina
(a travs de la produccin combinada de Brasil, Colombia, Mxico, Per y Central Amrica (Guatemala,
Honduras, Costa Rica, Salvador y otros) es el principal productor en el mundo de Coffea arabica. Esta
especie es altamente apreciada en el mercado mundial por su mejor calidad y representa 70% del
Mercado. Despus de Brasil, Colombia es el segundo productor mundial de C. arabica (12.4 millones de
sacos de 60 kg). Otros pases productores en Amrica Latina en orden de produccin son Mxico (4.5
millones de sacos de 60 kg), Guatemala (4.0), Honduras (3.83), Per (3.19), Costa Rica (1.88),
Nicaragua (1.75) y Salvador (1.47); y en menor escala Ecuador (0.95), Venezuela (0.87), Repblica
Dominicana (0.50), Paraguay (0.35) y Panam (0.15) (http://www.ico.org ).

A pesar de la gran importancia a nivel econmico y social para ms de 60 pases en desarrollo del
mundo, el caf ha recibido muy poco apoyo internacional para estudios moleculares genticos y
genmicos. Dadas las condiciones especficas de temperatura, humedad y suelos que requiere el caf,
se anticipa que el cambio climtico afectara negativamente la produccin a nivel mundial
particularmente en Amrica Latina. El cultivo del caf est localizado entre las latitudes 25 N y 25 S y
requiere condiciones ambientales muy especficas (temperatura, lluvias, luminosidad, suelos, etc.) para
su produccin comercial. Avances significativos en el estudio del genoma del caf y su biologa debern
lograrse en los prximos aos para incrementar calidad, productividad y proteger el cultivo de daos
causados por insectos, enfermedades y estrs abitico asociado a cambios climticos (e.g. variabilidad
en la temperatura ambiente, precipitacin, sequas, salinidad, etc.).
El proyecto propuesto: Desarrollo e implementacin de herramientas genmicas de avanzada para
contribuir a la adaptacin de la caficultura al cambio climtico contribuir a travs de un mejor
conocimiento del genoma del caf al desarrollo de variedades resistentes y mejor adaptadas a cambios
climticos y a una mayor utilizacin y preservacin del germoplasma del gnero Coffea. Este proyecto se
desarrollar mediante un Consorcio de Investigacin liderado por Colombia a travs de la Federacin
Nacional de Cafeteros de Colombia (FNC), el Centro Nacional de Investigaciones de Caf (CENICAFE)
y la Universidad de Cornell con la participacin de 10 pases miembros de FONTAGRO: Colombia,
Costa Rica, Ecuador, Honduras, Nicaragua, Panam, Paraguay, Per, Repblica Dominicana, y
Venezuela. Esta alianza nos permitir tener un mayor impacto a nivel de cooperacin regional
hemisfrica para promover tecnologas genmicas innovadoras que garanticen la sostenibilidad futura de
la caficultura Latinoamericana. CATIE participar en el proyecto por su inters en caracterizacin,
preservacin y utilizacin de una de las colecciones internacionales ex situ de germoplasma de Coffea
ms grandes del mundo y su participacin facilitar exploracin de germoplasma de Coffea para
estudios de adaptabilidad a cambio climtico. El seguimiento cientfico del proyecto ser hecho por el
Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT).
Dado el incremento en el consumo del caf en los ltimos aos, las innovaciones tecnolgicas basadas
en un mayor conocimiento del genoma del caf sern esenciales en el contexto de cambios climticos
para poder cumplir las exigencias de los consumidores. El uso de tecnologa genmica de avanzada
para el desarrollo de variedades resistentes de mayor calidad y productividad permitir responder al
desafo del Mercado mundial que consume alrededor de 120 millones de sacos por ao y registra un
crecimiento de casi el 2% anual. Adems tecnologas genmicas de avanzada permitirn promover el
consumo de caf de calidad para garantizar la sostenibilidad futura de la industria.

Nuestro objetivo es acelerar el conocimiento del genoma del caf y la exploracin y utilizacin de
germoplasma, mediante: 1) la construccin del mapa fsico del caf basado en las dos especies
diploides que originaron la especie tetraploide (Coffea arabica): C. eugenioides y C. canephora; 2) el uso
de las nuevas tecnologas de secuenciacin para dilucidar los genes que estn presentes en el genoma
del caf. Este conocimiento nos permitir localizar los genes de importancia econmica en la produccin
de caf y su posterior manipulacin en los programas de seleccin de nuevas variedades. Las
variedades mejoradas son la alternativa ms econmica y la tecnologa de ms fcil transferencia para
manejar problemas de enfermedades y plagas, as como aspectos de calidad tales como tamao de
grano y caractersticas organolpticas. Por ser un cultivo perenne, el mejoramiento de variedades de
caf es un proceso muy lento, que adems requiere de extensos lotes experimentales y mediciones
durante varias cosechas. La genmica, permite la identificacin y localizacin de genes de importancia y
su caracterizacin rpida en progenies de inters y es por lo tanto una herramienta esencial para asistir
al mejoramiento gentico del caf y de otros cultivos perennes.

En la actualidad los caficultores no cuentan con variedades resistentes al ataque de plagas y

enfermedades cuya incidencia aumentara en el caso del cambio climtico y eso con llevara al empleo
excesivo del control qumico con sus impactos ambientales. En consecuencia, es crtico para la
sostenibilidad futura de la produccin de caf generar soluciones que incluyan el desarrollo y utilizacin
de herramientas novedosas de genmica y tecnologa de avanzada ya que los mtodos tradicionales no
han sido eficaces por ser costosos, lentos y no efectivos. Los beneficios directos sern el desarrollo de
herramientas genmicas que permitan acelerar la produccin de variedades con resistencia a insectos y
enfermedades y explorar a nivel de plasticidad y adaptacin la utilizacin de germoplasma para evitar
reduccin significativa a nivel de produccin y calidad permitiendo la produccin sostenible del caf.
ORGANISMO EJECUTOR
1. Federacin Nacional de Cafeteros (FEDECAFE) - Bogot, Colombia
Nombre y Apellido del Contacto: Gabriel Cadena
Cargo: Director CENICAF
Email:
Telfono:
Pas: Colombia
Nombre y Cargo de la Mxima Autoridad de esta Institucin: Gabriel Silva, CEO

ORGANISMOS CO-EJECUTORES
1. Instituto del Caf de Costa Rica (ICAFE) - San Jos, Costa Rica
Nombre y Apellido del Contacto: Ronald Peters
Cargo: Director Ejecutivo
Email:
Telfono:
Pas: Costa Rica
Nombre y Cargo de la Mxima Autoridad de esta Institucin:
2. Centro Agronmico Tropical de Investigacin y Enseanza (CATIE) - Turrialba, Costa
Rica
Nombre y Apellido del Contacto: Andreas W. Ebert
Cargo: Coordinador Unidad de Recursos Genticos y Biotecnologa
Email:
Telfono:
Pas: Costa Rica
Nombre y Cargo de la Mxima Autoridad de esta Institucin:
3. PROMECAFE (PROMECAFE) - Ciudad de Guatemala, Guatemala
Nombre y Apellido del Contacto: Guillermo Canet
Cargo: Secretario Ejecutivo, Promecaf/IICA
Email:
Telfono:
Pas: Guatemala
Nombre y Cargo de la Mxima Autoridad de esta Institucin:
4. Ministerio de Desarrollo Agropecuario () - Panam, Panama
Nombre y Apellido del Contacto: Jorge Alemn
Cargo: Director de Cooperacin Internacional
Email:
Telfono:
Pas: Panam
Nombre y Cargo de la Mxima Autoridad de esta Institucin:
5. Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT) - Cali, Colombia
Nombre y Apellido del Contacto: Joe Tohme
Cargo: Lder de Proyecto de Agrodiversidad y Biotecnologa
Email:
Telfono:
Pas: Colombia
Nombre y Cargo de la Mxima Autoridad de esta Institucin:
6. Consejo Dominicano del Caf (CODOCAFE) - Santo Domingo, Repblica Dominicana
Nombre y Apellido del Contacto: Richard Peralta
Cargo: SubDirector
Email:
Telfono:
Pas: Repblica Dominicana
Nombre y Cargo de la Mxima Autoridad de esta Institucin:
7. Instituto Hondureo del Caf (IHCAFE) - Tegucigalpa, Honduras
Nombre y Apellido del Contacto: Mario Ordez
Cargo: Gerente Tcnico
Email:
Telfono:
Pas: Honduras
Nombre y Cargo de la Mxima Autoridad de esta Institucin:

ORGANISMOS ASOCIADOS
1. Institut de Recherche pour le Dveloppement (IRD) - Marseille, France
Nombre y Apellido del Contacto: Philippe Lashermes
Cargo: Director of Research
Email:
Telfono:
Pas: Francia
Nombre y Cargo de la Mxima Autoridad de esta Institucin:
2. Cornell University () - Ithaca, NY, United States
Nombre y Apellido del Contacto: Marcela Yepes
Cargo: Co-coordinadora de la Colombian Coffee Genomics Initiative
Email:
Telfono:
Pas: Estados Unidos
Nombre y Cargo de la Mxima Autoridad de esta Institucin:
3. Center for Bioinformatics and Computational Biology - University of Maryland (CBCB) -
College Park, United States
Nombre y Apellido del Contacto: Steven Salzberg
Cargo: Director
Email:
Telfono:
Pas: Estados Unidos
Nombre y Cargo de la Mxima Autoridad de esta Institucin:
4. Arizona Genomics Institute (AGI) - Tucson, United States
Nombre y Apellido del Contacto: Rod Wing
Cargo: Director
Email:
Telfono:
Pas: Estados Unidos
Nombre y Cargo de la Mxima Autoridad de esta Institucin:
ANTECEDENTES Y JUSTIFICACIN
El caf representa todava uno de los capitales sociales y estratgicos ms importantes para varios pases
Latinoamericanos a pesar de la diversificacin de productos de exportacin en las ltimas dcadas. El
comercio internacional del caf ocupa el segundo lugar en importancia despus del petrleo en el mercadeo
mundial de commodities (productos generadores de divisas) con un valor estimado de ms de $70 billones
de dlares (produccin mundial 120 millones de sacos de 60 kg en el 2007). El caf es cultivado por ms de
60 pases (la mayora pases en desarrollo) en zonas tropicales de Africa, Centro y Sur Amrica, y Asia. En el
mundo hay ms de 10 millones de hectreas cultivadas en caf y ms de 120 millones de personas
dependientes del cultivo (http://www.ico.org ). La especie tetraploide Coffea arabica (cultivada entre los 1000
y 2000 metros de altura sobre el nivel del mar) y la especie diploide C. canephora (conocida como robusta,
cultivada por debajo de los 700 metros sobre el nivel del mar) son las nicas dos especies del gnero Coffea
que se producen comercialmente y representan respectivamente 70 y 30% del mercado internacional. C.
arabica es cultivada principalmente en LatinAmrica y es apreciada en el mercado internacional por su
calidad superior de taza. C. canephora es cultivada tanto en Africa como en Asia. Brasil es el primer
productor de caf del mundo y produce tanto C. arabica como C. canephora con una produccin combinada
de 33.7 millones de sacos de 60 Kg. Colombia es el segundo productor del mundo de C. arabica (12.4
millones de sacos de 60 kg) y Vietnam es el primer productor del mundo de C. canephora (15.9 millones de
sacos de 60 Kg) (http://www.ico.org ). El gnero Coffea pertenece a la familia Rubiaceae de las
Angiospermas (plantas que producen flores) con ms de 600 gneros y 13.500 species (Clifford and Wilson,
1985). El gnero Coffea incluye ms de 100 especies diploides excepto por Coffea arabica la nica especie
tetraploide del gnero (Engelmann et al. 2007).C. arabica se origin hace aproximadamente 10.000 aos de
la fusin de dos especies diploides ancestrales C. canephora y C. eugenioides (Lashermes et al.1999). C.
canephora est distribuda largamente en los bsquedos tropicales bajos de Africa occidental y central,
mientras C. eugenioides, est ms adaptada a las regiones ms secas y fras, y se encuentra en las regiones
altas de montaa en Africa cercana a la zona donde se origin C. arabica La especie C. arabica se origin en
las montaas de Etiopia (probablemente en la provincia de Kaffa), el sureste de Sudn, y la parte norte de
Kenia. Del noreste del Africa, el caf se difundi a la Pennsula Arbica donde en el siglo XV se registr por
primera vez su consumo como bebida y continu su dispersin en el siglo XVI a Turqua, Siria y Egipto donde
aparecieron las primeras coffee houses (salones de caf), lugares de reunin similares a las tabernas. Los
salones de caf fueron introducidos en Europa y en Amrica en el siglo XVII donde se hizo popular el
consumo del caf.<br /> <br /> Los holandeses llevaron el caf de la Pennsula Arbica (desde el Puerto de
Mocka en Yemen) a la India y a la Isla de Java (Indonesia) a fines del siglo XVII. En poco tiempo las colonias
holandesas en India e Indonesia se convirtieron en las exportadoras de caf para Europa. A comienzos del
siglo XVIII, los holandeses introdujeron plantas de caf de Java al Jardn Botnico de Amsterdam de donde
algunas plantas fueron enviadas a Francia. A comienzos del siglo XVIII, los franceses trajeron plantas de
caf a su colonia en Martinica de donde el cultivo se difundi a otras islas del Caribe. Los holandeses
introdujeron el caf en su colonia en Surinam de donde se expandi el cultivo a la Guayana francesa y a
Brasil

FIN DEL PROYECTO

El objetivo de este proyecto es garantizar a travs de tecnologa genmica de avanzada la competitividad y
sostenibilidad de la produccin de caf de alta calidad en el Mercado mundial (mediante la reduccin en los
costos de produccin, el desarrollo de variedades resistentes y ms adaptadas a stres biticos/abiticos, el
aumento en la produccin y el nfasis en calidad) en el contexto de cambios climticos. En el caso del caf,
un conocimiento ms profundo del genoma podr ayudarnos al desarrollo de variedades que sean ms
adaptables a cambios climticos. La adaptacin planificada a estos efectos permitir anticiparnos mediante el
desarrollo de variedades tolerantes a estrs abitico y resistentes a plagas y patgenos para reducir los
efectos combinados del cambio climtico que podran

PROPSITO
Uno de los logros e impacto directo ms importantes de este proyecto piloto ser el crear una red de
colaboracin tcnica y cientfica de excelencia entre los pases productores de caf miembros de
FONTAGRO para garantizar a travs de un mayor conocimiento/ dilucidacin del genoma del caf el
desarrollo de herramientas genmicas de avanzada que constituyan la base para acelerar el mejoramiento
futuro del caf en el contexto de sostenibilidad y adaptacin a cambios climticos. La tecnologa genmica de
avanzada permitir acelerar el desarrollo de variedades resistentes y ms adaptadas a stres bitico
(insectos y patgenos) y abitico (exceso de lluvias, incremento o reduccin de temperatura, dficit hdrico;
cambios en la dinmica fsica, qumica o microbiolgica del suelo.

COMPONENTES
El programa cuyo objetivo es profundizar en el conocimiento del genoma del caf tiene tres componentes
generales:
1. La construccin del mapa fsico del caf C. arabica basado en libreras genmicas de largo inserto BAC de
sus dos parentales ancestrales diploides: C. canephora y C. eugenioides. El mapa fsico del caf construdo
a partir de sus ancestros diploides servir de base para la secuenciacin del genoma del caf dada la
complejidad gentica del tetraploide C. arabica.
2. Secuenciacin del genoma del caf utilizando las nuevas tecnologas de secuenciacin con nfasis en
ensamblaje, anotacin y caracterizacin de reas del genoma que contengan genes de importancia para la
produccin de caf en el contexto de cambio climtico.
3. Desarrollo de herramientas genmicas de avanzada para caracterizacin, conservacin, y utilizacin de
germoplasma de Coffea que permitan el desarrollo y mejoramiento gentico de variedades con potencial de
adaptacin a efectos de cambios climticos (temperatura, sequa, inundaciones, etc.).
ACTIVIDADES Y METODOLOGA
Nuestro objetivo es acelerar el conocimiento del genoma del caf y la exploracin y utilizacin de
germoplasma, mediante: 1) la construccin del mapa fsico del caf basado en las dos especies diploides
que originaron la especie tetraploide Coffea arabica: C. eugenioides y C. canephora; 2) el uso de las nuevas
tecnologas de secuenciacin para dilucidar los genes que estn presentes en el genoma del caf; 3) el
desarrollo de herramientas genmicas para caracterizacin de germoplasma. Este conocimiento nos
permitir localizar los genes de importancia econmica en la produccin de caf y su posterior manipulacin
en los programas de seleccin de nuevas variedades.

RESULTADOS ESPERADOS Y PRODUCTOS A OBTENER POR CADA COMPONENTE

1) Construccin del mapa fsico del caf basado en los ancestros diploides de C. arabica: C. canephora y C.
eugenioides para permitir estudios estructurales y funcionales a nivel genmico, as como para servir de base
para la secuenciacin del genoma del caf utilizando las nuevas tecnologas de secuenciacin. 2) Integracin
a nivel informtico de los recursos genmicos que se desarrollarn para las tres libreras BAC de C. arabica,
C. canephora, C. eugenioides para permitir por primera vez anlisis de genmica comparativa entre estas
tres especies del gnero Coffea. Nota: La librera BAC de C. arabica que se utilizar en este proyecto fu
construda, fingerprinted y BAC end sequenced en la Universidad de Arizona a travs de un proyecto
colaborativo con CENICAFE co-financiado por la Federacin Nacional de Cafeteros de Colombia y el
Ministerio de Agricultura. La construccin de la librera BAC de C. canephora que se usar en este proyecto
fu contratada en la Universidad de Arizona con financiacin del IRD/CIRAD. 3) Obtencin de nuevos
marcadores moleculares para las tres especies que servirn para relacionar (anchoring) la informacin del
mapa gentico molecular y el mapa fsico de C. arabica, C. canephora, C. eugenioides 4) Los nuevos
marcadores y la integracin del mapa fsico y gentico del caf facilitarn la clonacin de genes que se
complementar con estudios citolgicos FISH/GISH (Herrera et al. 2006, 2007) para mapeo fsico de
regiones genmicas que codifiquen caractersticas de inters en cromosomas especficos. 5) Adaptacin de
las nuevas tecnologas de secuenciacin para secuenciar el genoma del caf con nfasis en areas del
genoma de inters para adaptacin a cambio climtico. 6) Se desarrollarn e implementarn herramientas
bioinformticas para ensamblaje y anotacin de las secuencias del genoma de C. arabica basado en los
subgenomas de las dos especies diploides parentales. 7) Desarrollo de herramientas genmicas de
avanzada para caracterizacin, conservacin, y utilizacin de germoplasma de Coffea en programas de
mejoramiento gentico de variedades con potencial de adaptacin a efectos de cambios climticos
(temperatura, sequa, inundaciones, etc.). Este trabajo incluir la caracterizacin de polimorfismos de inters
para adaptacin a cambio climtico en germoplasma usando las nuevas tecnologas de secuenciacin. En
colaboracin con Cornell University, CENICAFE, IRD y CATIE se analizarn varias colecciones de
germoplasma de Coffea para facilitar su caracterizacin, preservacin y utilizacin futura a travs de mapeo
de asociacin y estudios de linkage disequilibrium con nfasis en adaptacin a efectos de cambios
climticos. La construccin del mapa fsico del caf basado en las dos especies diploides que originaron
Coffea arabica