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Cintica Qumica
Una vez analizadas todas estas variables para una reaccin dada (variaciones de la velocidad en funcin de
cada una de ellas), podemos llegar a algunas conclusiones:
Mecanismo cintico, orden de unin y liberacin del sustrato y el producto, respectivamente. Nmero
de etapas, de intermedios de reaccin. Complejos enzima sustrato que se forman.
Concentraciones fisiolgicas de P y S (mediante anlisis in vitro).
Sentido fisiolgico de la reaccin. Tambin por anlisis in vitro, teniendo en cuenta las
concentraciones fisiolgicas.
Tambin in vitro podemos averiguar los potenciales de regulacin de inhibidores y/o activadores.
Mediante el anlisis cintico podemos averiguar los potenciales de los aminocidos implicados en el
mecanismo cataltico.
Velocidad inicial
Cuando hablamos de velocidad de reaccin, siempre nos referiremos a velocidad inicial, salvo que digamos lo
contrario. La velocidad inicial tiene la ventaja de ser constante en unas condiciones dadas ([S], [E], [P], T, pH,
etc.). Se define como la tangente a la curva definida por las ecuaciones de velocidad ([S], [P] Vs t) a tiempo 0.
Aunque la definicin parece no tener sentido, grficamente si lo tiene, (mirar hojas). La desaparicin de S y la
aparicin de P frente al tiempo muestran un tramo lineal, que se corresponde con la velocidad inicial y, por
tanto:
Ecuacin de Velocidad
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K es la constante de velocidad de la reaccin y la concentracin de A es la inicial, como indica el subndice, el
cual no se volver a colocar.
Ordenes de reaccin
La ecuacin de velocidad, siempre va a presentar esa forma V=K[S], pudiendo estar la concentracin elevada
al cuadrado, o estar multiplicada por la de otro cosustrato, (en el caso de reacciones ms complejas).
Se define como orden de reaccin total, la suma de los exponentes a los que se encuentran elevadas las
concentraciones que aparecen en la ecuacin de velocidad. En este caso simple, el orden es uno. Si
recordamos de QumicaFsica, el coeficiente al que se eleva la concentracin en la ecuacin de velocidad de
las etapas elementales coincide con el coeficiente estequiomtrico del mismo. Esto no quiere decir que
coincidan con los de la ecuacin global.
Es el caso ms simple (si exceptuamos las de orden 0 de las que ya hablaremos). Analizando las unidades de
la constante de velocidad vemos que: K = Molar/minutos/Molar = minutos1. Ms genricamente, las
unidades de K es tiempo1 para las reacciones de primer orden.
Si representamos las velocidades obtenidas a diferentes concentraciones, vemos una lnea recta, cuya
pendiente es K, la constante de velocidad.
De este modo vemos que las unidades de K de una reaccin de segundo orden son M1tiempo1. La
representacin grfica, (V Vs [A]) no da en este caso una lnea recta, sino una parbola, como se ve en las
hojas.
El anlisis, no suele coincidir con idnticas concentraciones de los sustratos, de modo, que lo que se hace es
mantener una de las dos constante. Esto se consigue aadiendo uno de los dos en exceso, con lo que podemos
considerar su variacin constante con el tiempo.
Al ser constante, la concentracin de ese sustrato se incluye en la constante de velocidad, que ahora
denominamos K'.
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Esta reaccin se denomina de 1er orden aparente o pseudoprimer orden, siendo K' la constante de primer
orden aparente, con unidades de constante de primer orden, tiempo1.
Reacciones de orden 0
Como ya adelantbamos, la mayor simplicidad cintica, est en este tipo de reacciones. Como se
sobrentiende, se trata de una reaccin en la cual la velocidad es independiente de las concentraciones de los
sustratos.
De este modo, la representacin grfica de la [S] Vs t, nos da una lnea horizontal, clara idea de independencia
de la velocidad con respecto a la concentracin de sustrato.
Si la velocidad no depende de las concentraciones de sustrato, la nica forma de hacerla variar, ser mediante
cambios en la temperatura, el pH o la concentracin de enzima, inhibidores o potenciadores.
Podramos encontrarnos reacciones de orden 3 o 4, pero al igual que sucede con la cintica inorgnica, al
escoger las etapas elementales, el orden se reduce a 1 o 2.
Reacciones enzimticas
La representacin de la velocidad inicial frente a diferentes concentraciones de sustrato, define dos reas de
interpretacin sencilla y una intermedia de interfase:
Viendo esta grfica, se observa como a concentraciones bajas de sustrato, tenemos una cintica de primer
orden, mientras que a concentraciones altas, se satura la enzima, obteniendo una reaccin de orden 0.
A este tipo de cintica se la denomina cintica hiperblica. Si recordamos, hay otro tipo de cintica, la
alostrica, con una representacin sigmoidea. Hay que aclarar que no todas las enzimas alostricas dan
representaciones sigmoideas y que hay enzimas sin regulacin alostrica con representacin sigmoidea.
Tema 3
Ecuacin de Michaelis
A principios de este siglo, se empezaron a proponer modelos cinticos, pero fueron Michaelis y Menten los
que a travs de una propuesta cintica, encontraron una respuesta matemtica a la representacin hiperblica.
Modelo cintico
El planteamiento que propusieron se basaba en la etapa limitante. Se consider una primera etapa rpida de
formacin del complejo ES con constantes de formacin K1 y de disociacin K "1. Y una lenta de formacin
del producto que actuar de etapa limitante. Hay que decir que ninguna formacin de producto se realiza
realmente en un solo paso, pero la simplificacin facilita enormemente los clculos matemticos.
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A la hora de buscar la ecuacin de velocidad, slo cogemos la reaccin con constante K2, debido a que
consideramos velocidad inicial y, por tanto, no hay producto a t=0. Esto, imposibilita la reaccin contraria.
Escogemos entonces esta reaccin por ser la etapa lenta, obteniendo esta ecuacin de velocidad:
Cuando aumenta la concentracin de sustrato, toda la enzima se encuentra saturada y, por tanto, la velocidad
se hace independiente de [S], con lo que es de orden 0. En esta etapa [ES]max=[E]o=[E]Total y
consiguientemente, la velocidad es la velocidad mxima alcanzable a esa concentracin de enzima. La
ecuacin de velocidad nos queda como sigue:
Relacionar la velocidad con la concentracin de enzima no es muy conveniente, es mejor relacionarlo con la
[S].
Modelos tericos
Aproximacin al equilibrio
E + S ES E + P
Como se ve, esto implica o favorece, segn se mire, el establecimiento de un equilibrio, con las constantes de
formacin y disociacin del complejo ES. La evolucin de las especies E y S, para dar el complejo ES se da a
razn de milisegundos. De este modo, no podemos observar lo que ocurre en los primeros momentos de la
reaccin, cuando, dependiendo de la concentracin de sustrato que introduzcamos, conseguiremos saturar o no
la enzima. Como he dicho no veremos la evolucin inicial (desaparicin de la enzima libre y aparicin del
complejo en funcin de [S]). Si conseguimos saturar la enzima, evidentemente, a pocos milisegundos, la [E]
libre se aproximar a 0 y la [ES], a la [E]o.
Este principio, nos facilita los clculos. Comenzamos estableciendo la constante de equilibrio:
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Sabemos que [E] = [E]T [ES], de modo que sustituimos [E] en la ecuacin anterior:
bien, ya tenemos el valor de [ES], ahora lo sustituimos en la ecuacin de velocidad de la etapa lenta, que
hemos dicho que es la de la reaccin:
De este modo, concluimos que la ecuacin de velocidad, tambin llamada Ecuacin de Michaelis segn el
modelo de aproximacin al equilibrio es:
En esta ocasin, la quinta premisa, sera que la velocidad de formacin y desaparicin (para dar P E + S), es
la misma. Esto supone que [ES] se mantiene constante. En este supuesto, no mantenemos que la formacin de
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producto es despreciable y, por tanto, no partimos de la misma ecuacin a la hora de sacar la ecuacin de
velocidad.
Como hacamos en QF, con este modelo, igualamos las velocidades, y de la ecuacin resultante despejamos
[ES], igual que hacamos antes:
A partir de ah, los pasos son anlogos a los realizados en el modelo anterior, con las mismas sustituciones:
[E] = [E]T [ES] en la ecuacin anterior, y todo, una vez despejado [ES], en la ecuacin de velocidad de la
etapa lente, que sigue siendo V= K 2 [ES].
La Vmax sigue siendo K 2 [E]T, pero ahora no hay una K S, sino una relacin de las constantes que hemos
considerado en el modelo cintico. A esta se la llama Km o constante de Michaelis. La ecuacin resultante es
la misma que la anterior, salvo que hemos complicado el valor de la constante de K S a Km
Tambin a esta se la denomina Ecuacin de Michaelis, ya que evidentemente la anterior y esta, son
ecuaciones idnticas, correspondientes a hiprbolas. K S se puede considerar un extremo particular de Km, en
condiciones de K 2 << K 1 (condiciones para la aproximacin al equilibrio). Por esto, tambin puede ser
llamada Km.
Una vez determinadas las ecuaciones que definen la cintica enzimtica, vamos a la interpretacin cintica
que se hace de cada uno de los parmetros que aparece en ellas.
Significados cinticos
La velocidad mxima, da la ecuacin de la recta asntota, a la cual tender la velocidad cuando [S] tienda a ",
pero que nunca podr alcanzar. Por esto se la denomina en ingls limiting rate. Como se ve en la grfica, la
proyeccin sobre el eje [S] de la mitad de la velocidad mxima nos da el valor de Km.
Significado cintico de Km
, sin embargo, en un caso ms general, como en la aproximacin al estado estacionario Km es una funcin de
las constantes implicadas en la formacin y desaparicin del complejo
Significados matemticos
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Aunque de ellos ya hemos hablado anteriormente, a la hora de introducir la representacin grfica, volvemos a
tratarlos, ahora con un poco de ms rigor.
Significado matemtico de Km
A partir de ahora veremos para que nos sirven los valores cinticos:
Utilidad de Kcat
Poder o capacidad cataltica: Se define una vez que el sustrato est unido al centro activo como el
nmero de molculas de sustrato transformadas por centro activo en unidad de tiempo.
Rango de valores que suele presentar: Siempre en tiempo1, suele oscilar entre 101 y 107 s1.
Teniendo mayor poder cataltico aquellas que rondan 107 s1.
Si la enzima tiene varios centros activos: En un ensayo cintico, conocemos [E], [S], y sus pesos
moleculares. Con la expresin de Vmax que hemos descrito, el valor de Kcat que hayamos, (Kcat =
Vmax/[E]T) implica a toda la enzima, tanto si es multimrica como con un solo centro activo.
Entonces se define como poder cataltico por molcula de Enzima o Kcat molecular. Por ello hay que
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intentar incorporar el nmero de centros activos a la expresin de la velocidad, para que esta sea
correcta. Evidentemente, para conseguir el Kcat por centro activo Kcat,C..A.. no hay ms que dividir
el molecular por el nmero de centros activos. Kcat, Este se define en ingls como turnover number y
en espaol, esto se traduce como constante cataltica, nmero de recambio, ndice de recambio o
actividad molecular.
Se define como el tiempo empleado en la transformacin de 1 molcula de sustrato por centro activo. Para
ello realizamos la inversa de Kcat, con lo que el resultado nos da en segundos. Con una valor de constante
cataltica de 105, nos dara un valor de 10 s. Si este es el orden de magnitud de todo el proceso (de E + S a E
+ P), imaginemos el tiempo de las etapas elementales.
Aunque el parmetro tiene mucho sentido para una enzima, su aplicacin es menos aparente. Para determinar
la actividad y la Ae, de una preparacin dada, hay que trabajar necesariamente en condiciones de Vmax, lo
que implica saturacin por sustrato.
Actividad: Se define como cantidad de enzima activa en condiciones de saturacin, como hemos dicho
antes. Se mide en Unidades internacionales (U), de modo que: 1U = 1mol min1. Tambin podemos
encontrarla como Katal, (mol s1). Pero es una medida del orden de 6.000.000 mayor, con lo que se utiliza
menos. En algunas analticas se dan valores de U por litro o 100 ml, indicando la cantidad de enzima en ele
volumen.
Actividad Especfica: Como vimos en Metodologa, es la actividad (concentracin de enzima activa) con
respecto al total de protena. Act/mg de protena. Nos sirve para determinar la pureza de diferentes muestras
en experimentos de purificacin. Siempre hay que tener en cuenta que durante un proceso de purificacin,
la actividad especfica tiene que aumentar, ya que se supone que mantenemos constante la actividad
(numerador) pero reducimos el denominador (mg de protena).
Esto se hace sustituyendo [S] en la ecuacin de M&M el valor de Km aumentado varias veces, de modo que:
Pero trabajar a altas concentraciones de sustrato, no siempre es posible, ya que puede ser que Km = 10 "5 M,
y entonces [S] para alcanzar un 99% de Vmax sera de 1 mM. Pero si Km = 10"3, la concentracin de sustrato
para alcanzar un 99% de Vmax sera de 100 mM, extremadamente alta. Esto implica, que adems de alejarse
de las concentraciones fisiolgicas, llegamos al que se denomina mximo de Fuerza Ionica, del que no se
puede pasar en un ensayo cintico. Este mximo es de 150 mM, que aunque podamos pensar que an nos
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quedan 50 mM, hay que tener en cuenta, que se aade tampn (3 " 20 mM) y muy posiblemente iones como
cofactores de la enzima.
En estos casos, trabajaremos a 20 " 25 Km, lo que implica llegar slo al 90 o 95% de Vmax, pero es mucho
mejor as.
Se denomina constante de disociacin aparente porque slo es Ks en el caso especfico de la aproximacin del
equilibrio de M&M, mientras que en modelos ms complejos, como el de la aproximacin del estado
estacionario,
El modelo de Michaelis es vlido para determinar Km por muy complicado que sea el mecanismo, ya que se
observa que:
Constante de especificidad
Unidades: Como razn entre dos constantes, tiene como unidades M"1 s"1 (concentracin"1
tiempo"1). Debido a estas unidades, se trata de una constante de velocidad de 2 orden aparente. Hay
que tener en cuenta que no es una constante cintica en s, sino la razn de muchas (recordar las que
ya se incluyen en Km y Kcat).
Constante de especificidad: Nos define la eficiencia, no el poder cataltico de la enzima. Habamos
dicho que se trataba de una constante de velocidad de segundo orden aparente, pero no solo por las
unidades, sino por el resultado de sustituir [ES] ([ES] = [E] [S] / Km) en la ecuacin genrica de
velocidad (v = Kcat [ES]). Esto da como resultado la velocidad de una reaccin qumica de segundo
orden aparente (ya que aparece la enzima y el sustrato). Esta velocidad tiene una constante de
proporcionalidad Kcat/Km que nos marca la eficiencia de los encuentros de E y S para dar
productos. Una alta eficiencia implica un valor alto del cociente, y esto se puede conseguir, bien con
una alta Kcat, bien con una Km baja, no se trata ms que jugar con los dos elementos de la fraccin.
Mximo valor de la constante de especificidad: Lo nico que hay que hacer es desglosar las
constantes cinticas que componen tanto Kcat, como Km. El resultado:
. Hay que recordar que k1 nos indica la tendencia de la enzima a unir sustrato, por lo que es lgico que no
pueda haber ms de un 100% de eficiencia, ya que eso implicara que una vez el sustrato en el centro activo,
este se transformara en producto, sin opcin a salir. Ahora es intuitivamente ms fcil entender que es, lo que
nos marca la relacin entre las constantes Kcat y Km.
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Kcat/Km como constante de especificidad: En efecto, y como ya hemos avanzado, esta constante
nos da la eficiencia de los choques entre la enzima y el sustrato. como ya sabemos hay enzimas
capaces de catalizar una misma reaccin sobre dos sustratos distintos. uno de estos ejemplos es la
hexoquinasa, capaz de fosforilar en C6 tanto a la fructosa como a la glucosa. una pregunta que se
puede platear es A que sustrato prefiere?. Para averiguarlo, se pone en un mismo tubo de ensayo la
enzima, el sustrato 1 y el 2. Se formar entonces una especie de ciclo, donde la enzima libre podr
escoger entre S1 o S2, compitiendo ambos por el C.A. Tendremos entonces dos velocidades de
conversin a productos v1 y v2, ambas caracterizadas por la ecuacin
. Recordamos ahora que Kcat/Km era la constante de velocidad de los encuentros E S, y ser
especfica para cada sustrato. Pero ya que la cantidad de E es la misma para las dos ecuaciones,
podemos eliminarlaal divisir las dos velocidades. Si adems consideramos Vo, lo que nos permite
considerar constantes las [S], tanto de uno como de otro, y aadimos la misma concentracin de
ambos sustratos, el resultado es que tambin podemos eliminar [S] de las ecuaciones, ya que sern
iguales. El resultado de tanta eliminacin y suspuesto es el siguiente:
Esta relacin nos da la respuesta a la pregunta que planteamos antes, ya que sin ms que calcular Kcat y Km
en un ensayo cinetico, a igual concentracin de E y de S para ambos sustratos, podremos predecir a cual
preferir la enzima. Si v1/v2 > 1, significar que v1 > v2 y, por tanto, que (Kcat/Km)S1 > (Kcat/Km)S2. Si la
constante de especificidad es mayor para uno que para otro, significa que el rendimiento de los encuentros
entre la enzima y ese uno es mayor, o lo que es lo mismo que la enzima lo prefiere como sustrato. Y es pos
esto que se le denomina constante de especificidad, porque nos permite saber cual es el sustrato ms
especifico para la enzima.
Ecuacin de Haldane: Podramos plantearnos dejar que la ecuacin llegara al equilibrio, o lo que es
lo mismo, que la velocidad de retorno hacia el sustrato, a partir del producto k2 sea significativa. Eso
hara que la reaccin fuera ahora:
E + S ES E + P
Estamos en el equilibrio, de modo que [S] y [P] son constantes, como plantebamos en la ecuacin de M&M.
Esto significa que podemos suponer Vo y, por tanto, plantear las velocidades de transformacin de S a P y
viceversa en forma de ecuacin de Michaelis. El equilibrio nos permite igualar estas velocidades y utilizar
Keq, que como sabemos no es modificable por la enzima. El resultado de englobar y desarrollar todas estas
ecuaciones se muestra a continuacin:
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La ecuacin de Haldane, nos indica que si la eficiencia para un determinado sentido es alta, para mantener el
equilibrio, la otra no puede ser aleatoria, ya que son proporcionales, sino que debe ser baja.
Siempre hay que recordar que la afinidad de la enzima por el sustrato, no nos la da Km, sino Ks, la constante
de disociacin que incluye las constantes implicadas en el equilibrio, y solamente esas (k1 y k"1), no como
Km que incluye tambin las constantes de la reaccin siguiente. Claro est que hay un caso en el que s se
puede decir, el ms sencillo, la aproximacin al equilibrio.
La falta de exactitud de la representacin de los datos formando una hiprbola, puede llevar a error en los
valores de los parmetros cinticos, bastante significativos en algunos casos.
Para determinar Vmax hay que llegar a saturacin, algo no siempre posible ya que podramos rebasar el
mximo de FI si Km es alta.
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El hecho de tener que hallar Km a partir del valor de Vmax amplia notablemente el error, adems de estar
totalmente vinculado al trazo de la curva que hallas dibujado.
En conclusin, es preferible utilizar la representacin hiperblica nicamente para orientarse acerca de los
posibles valores que puedan tomar Vmax y Km, pero no para determinarlos.
y = ax + b
y = 1/v x = 1/[S]
a = Km/Vmax b = 1/Vmax
Tal vez una de las formas ms utilizadas, pero se intenta eliminar ya que oculta los errores experimentales.
Eadie"Hofstee
y = ax + b
y = v x = v/[S]
a = "Km b = Vmax
Hanes"Woolf
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y = ax + b
y = [S]/v x = [S]
a = 1/Vmax b = Km/Vmax
La ms recomendada ya que no esconde los errores experimentales como la de inversos ni los potencia como
las otras, se quedan como lo que son.
Eisenthal y Cornish"Bowden
y = ax + b
y = v x = [S]
a = v/[S] b = v
ENZIMOLOGA
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Cintica
Vo
[S]o
Tramo lineal
1er orden
Tramo independiente
orden 0
K"1
K2
13
K1
Vmax
Vo
[S]o
[S]=Km
k1
k2
1/v
k"2
k"1
1/[S]
"1/Km
1/Vmax
Km/Vmax
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v/[S]
"1/Km
"Km
Vmax
[S] /v
[S]
"Km
Km/Vmax
1/Vmax
v4 v3 v2 v1
Vmax
Km
[S]
Se rechaza
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