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Artculo de revisin

Biologa molecular

Deteccin e identificacin de bacterias causantes


de enfermedades transmitidas por alimentos mediante
la reaccin en cadena de la polimerasa
Rafael Antonio Rojas-Herrera, Tania Gonzlez-Flores*

RESUMEN ABSTRACT

La lucha contra los microorganismos patgenos, causantes Struggle against food-borne pathogenic microorganisms
de enfermedades transmitidas por alimentos (ETA) requiere is based on plausible policies for sanitary inspection, thus
de procedimientos adecuados de inspeccin sanitaria, lo que leading to the development of faster and more effective
ha llevado al desarrollo de mtodos cada vez ms rpidos y methods for detecting and identifying hazardous bacteria
efectivos para la deteccin e identificacin de bacterias noci- in those areas where biological hazard pose a security
vas en las reas en las que la seguridad biolgica es de mu- problem. Identification techniques based on culture me-
cha importancia. Las tcnicas de identificacin basadas en thods and phenotypic characteristics of bacteria are tedious
el cultivo y las caractersticas fenotpicas de las bacterias and can overtake weeks, making them unpractical for ana-
son laboriosas y pueden requerir varias semanas para obte- lyzing perishable foodstuff such as dairy, meat, poultry
ner resultados, lo cual no resulta viable cuando se analizan and fish. The application of culture-independent methods
alimentos perecederos como los lcteos y la carne fresca. La such as the polymerase chain reaction (PCR) can help to
aplicacin de mtodos de deteccin independientes de culti- solve this problem. Current efforts are aimed to the esta-
vo, como la reaccin en cadena de la polimerasa (PCR) pue- blishment of international standards for the application of
de ayudar a resolver los problemas antes mencionados, aun PCR-based methods for the detection of pathogenic bacte-
cuando es necesario que estos mtodos cuenten con una va- ria in foods. In this paper, the usefulness and advantages/
lidacin internacional. En el presente trabajo se revisa la disadvantages of PCR as a tool for the identification of
utilidad, ventajas y desventajas de la PCR como herramien- pathogenic bacteria in foodstuff, as well as the new trends
ta para la deteccin e identificacin de bacterias patgenas of its application and current efforts toward international
en muestras de alimentos, as como las nuevas tendencias standardization of protocols are reviewed.
en el uso de estas herramientas moleculares de diagnstico
y los esfuerzos actuales tendientes a su estandarizacin in-
ternacional.

Palabras clave: PCR, deteccin, bacterias patgenas, ali- Key words: PCR, detection, pathogenic bacteria, food.
mentos.

INTRODUCCIN sultan extremadamente difciles de eliminar de los ali-


mentos, lo que origina diversas enfermedades en los
Las bacterias pueden ocasionar enormes prdidas eco- consumidores.
nmicas no slo porque deterioran los productos ali- Una de las principales fuentes de contagio con bac-
menticios, sino que, adems, algunas patgenas re- terias patgenas es el consumo de alimentos contami-

* Unidad Sureste. Centro de Investigacin y Asistencia en Tecnologa y Diseo del Estado de Jalisco, A. C. Av. Normalistas 800 S.H.
Colinas de la Normal. Guadalajara, Jalisco, Mxico.
edigraphic.com
Correspondencia:
Dr. Rafael Antonio Rojas-Herrera. Unidad Sureste. Calle 30 Nm. 151 x 7 y 7-A. Colonia Garca Giners. Mrida, Yucatn, Mxico.
97070. e-mail: rrojas@ciatej.net.mx

Recibido: 02-06-2005
Aceptado: 07-02-2006

Volumen 31 No. 2 Abril-Junio 2006. p. 69-76 69


Rafael Antonio Rojas-Herrera y col. MG

nados, entre los que se pueden mencionar pescados y ca, fue descubierta a finales de los aos 70 en Cana-
mariscos,1-4 productos crnicos y avcolas, productos d. Por otra parte, la cepa enterohemorrgica (EHEC)
lcteos, vegetales,5 huevos frescos6 e incluso la miel de O157:H7 se aisl por primera vez en 1975 y se identi-
abeja.7 Se ha demostrado que los alimentos se pueden fic en 1982 como un patgeno importante presente
contaminar durante su procesamiento o por el empleo en los alimentos.9 Estas bacterias, adems de las cito-
de materia prima contaminada pues algunas de estas toxinas, pueden producir otros factores virulentos
bacterias constituyen parte de la flora normal de aves, como la intimina, la hemolisina y protenas asocia-
cerdos y ganado. Tambin se ha sugerido la posibili- das a la virulencia.10,11
dad de contaminacin en alimentos deshidratados, de- De acuerdo al Servicio de Inspeccin y Seguridad
bido a un manejo domstico inadecuado.8 Alimenticia (FSIS: Food Safety Inspection Service)
Las enfermedades transmitidas por alimentos (ETA) del Departamento de Agricultura de los Estados Uni-
continan siendo una amenaza a la salud pblica en dos (USDA), la presencia de al menos 1 unidad for-
todo el mundo y son una causa importante de morbi- madora de colonias (UFC) de E. coli O157:H7 en la
lidad. Aunque la mayora son leves y se asocian a sn- carne molida de res constituye un factor de riesgo
tomas gastrointestinales agudos tales como diarrea y para el consumidor,12 lo que implica entonces dispo-
vmito, en algunas ocasiones la ETA es mucho ms ner de mtodos con niveles de sensibilidad adecuados
severa y peligrosa para la vida, especialmente en ni- a estas exigencias.
os, y la infeccin puede ocasionar enfermedades cr- Por otra parte, este microorganismo contina
nicas.5 siendo un desafo a la seguridad alimenticia debido a
En el presente trabajo se revisa la utilidad, venta- la amplia diversidad de tipos dentro de la especie, que
jas y desventajas de la PCR como herramienta para van desde comensales inofensivos hasta patgenos
la deteccin e identificacin de bacterias patgenas humanos. Esta misma situacin se observa entre las
en muestras de alimentos, as como las nuevas ten- especies del gnero Vibrio con algunas cepas que son
dencias en el uso de estas herramientas moleculares utilizadas como probiticos en la alimentacin de ca-
de diagnstico y los esfuerzos actuales tendientes a marones,13 mientras que Vibrio cholerae es el agente
su estandarizacin internacional. causal del clera que puede transmitirse a los huma-
nos por el consumo de pescado o mariscos contami-
ETIOLOGA DE LAS ETA nados. En otros gneros, como Bacillus14 y Enteroc-
cocus,15 tambin se incluyen bacterias tiles en la
En aos recientes, la etiologa de las ETA ha cam- produccin de alimentos y patognicas para los seres
biado, a la vez han surgido patgenos nuevos o cepas humanos.
ms agresivas y resistentes a los antibiticos. Entre
las enfermedades que son catalogadas como emergen- DETECCIN DE PATGENOS
tes se incluyen la ocasionada por Escherichia coli en- EN ALIMENTOS
terohemorrgica (particularmente el serovar
O157:H7), Campylobacter jejuni y Salmonella typhi- La deteccin y la enumeracin de microorganismos en
murium del tipo definitivo (DT) 104.5 Las bacterias alimentos o en superficies que tienen contacto con ali-
ms frecuentemente asociadas a casos de infecciones mentos constituyen una parte importante de cualquier
por consumo de alimentos contaminados aparecen esquema de control de calidad. Debido a esto es nece-
enlistadas en el cuadro I. La participacin de E. coli sario implementar tcnicas de deteccin para efectuar
en las enfermedades humanas ha sido reconocida la vigilancia y el control de dichos microorganismos y
prcticamente desde su descubrimiento. En aos re- prevenir las enfermedades que stos producen. El esta-
cientes la industria de alimentos ha reenfocado su blecimiento de medidas de control apropiadas requiere
atencin sobre este microorganismo como una causa de mtodos confiables de diferenciacin entre bacterias
de morbilidad y mortalidad significativa y reconoce patgenas y no patgenas, as como de bacterias ubi-

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su valor como un indicador del estado higinico de
muchos tipos de alimentos. Por esa razn, E. coli es
cuas presentes en el suelo, el agua y el tracto gastro-
intestinal,16 lo cual implica que deben ser rpidos y
uno de los patgenos que mayor atencin han recibi- sensibles pero sobre todo altamente especficos.
do y hacia las cuales se ha dirigido la mayor parte de El inters general en los mtodos alternativos de
las investigaciones. deteccin y/o cuantificacin de microorganismos ha
La cepa de E. coli productora de la toxina Shiga sido estimulado en parte por el incremento en la pro-
(STEC), tambin conocida como E. coli verotoxigni- duccin de alimentos y por la aplicacin de procedi-

70 Bioquimia
Deteccin e identificacin de bacterias causantes de enfermedades transmitidas por alimentos

Cuadro I. Algunos protocolos basados en la reaccin en cadena de la polimerasa desarrollados para la deteccin e identificacin
de bacterias patgenas en alimentos.

Trastorno que Posible producto Mtodo


Microorganismo ocasiona portador utilizado Secuencia blanco Referencia

Arcobacter spp. Diarrea, bacteremia Carne de aves ERIC-PCR, Genes


RAPD-PCR 16S y 23S. 50
Bacillus cereus Diarrea, vmitos Arroz, especias, PCR simple Gen gyr B (girasa),
productos lcteos y enterotoxinas y
crnicos hemolisina. 35
Campylobacter Diarrea Carne de aves, cerdo PCR mltiple, Genes hipO, glyA y 51,52
spp. y res, leche cruda PCR semi-anidado sapB2, fla.
Clostridium Botulismo, Pescado, miel, PCR-ELISA, Regiones de los genes
botulinum vmitos alimentos enlatados PCR simple bont (codifican para las 3,4,7
neurotoxinas botulnicas).
Clostridium Diarrea, dolor Carne de res y aves, PCR dplex Gen de la enterotoxina y 41
perfringens abdominal salsas de fosfolipasa.
Escherichia Diarrea, colitis Carne de res y PCR mltiple, Genes de toxinas 9,10,31,53-57
coli hemorrgica, productos lcteos H-CM-PCR, Shiga, shiga-like y
sndrome PCR-TR, RT-PCR, verotoxignica, uidA
hemoltico-urmico QC-PCR (-glucuronidasa),
factores de virulencia,
genes del opern rfb.
Listeria spp. Listeriosis Pat, leche, queso PCR mltiple, Deteccin de factores de 58-60,42
suave, carne, PCR - DGGE, virulencia (gen iap,
mariscos, RT-PCR, PCR hly, inlB, plcA, etc.)
ensalada de col simple, PCR-TR o de protenas de enlace
(gen fbp).
Salmonella spp. Gastroenteritis Carne de res y aves, PCR simple genes 16S y 23S, 61,42
leche, huevos crudos genes que codifican
para las fimbrias.
Shigella spp. Disentera bacilar, Mayonesa, vegetales PCR combinado gen virA. 62,42
fiebre, calambres crudos, leche, aves, con hibridizacin
productos lcteos de ADN,
PCR simple
Staphylococcus Intoxicacin Leche cruda PCR mltiple-ELISA, Genes que codifican 63-66
aureus estafiloccica PCR mltiple para toxinas pirognicas.
Vibrio cholerae Clera Ostras crudas, PCR-TR Secuencia de hemolisina 67
pescado no clsica (hlyA),
protenas de membrana
(OmpW).
Yersinia Yersinoisis Leche o agua PCR-TR Regiones del gen de 68
enterocoltica contaminada, tofu, invasin ail.
canales de cerdo

Abreviaturas:
ERIC = Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus
PCR-TR = PCR en tiempo real
RAPD = Random Amplified Polymorphic DNA
H-CM-PCR = Hibridacin-captura magntica-PCR
QC-PCR = PCR competitivo cuantitativo
RT-PCR = PCR transcriptasa reversa
DGGE = Denaturing Gradient Gel Electrophoresis

mientos de anlisis de riesgos e identificacin y con- identificacin y cuantificacin de aqullos de inters


trol de puntos crticos (ARICPC) por parte de las em- edigraphic.com
para el hombre. Entre estos mtodos destacan la re-
presas productoras.17 accin en cadena de la polimerasa (PCR).
Los avances en la instrumentacin e implementa- La invencin de la reaccin en cadena de la poli-
cin de los descubrimientos de la bioqumica y la bio- merasa18 permite la amplificacin selectiva de secuen-
loga molecular permiten utilizar la informacin ge- cias especficas de ADN que se encuentran en canti-
ntica de los microorganismos como herramientas de dades muy pequeas. Como su nombre indica, se

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basa en la actividad de la enzima:ropADN


odarobale
polimerasa
FDP blancos para el diseo de cebadores especficos de los
que es capaz de sintetizar una cadena de ADN com- serotipos O11128 y O157,29-31 por mencionar algunos
plementaria a otraVCyaedexistente.
AS, cidemihparG
El mtodo de PCR ejemplos. Los genes del opern rfb tambin son tiles
utiliza dos secuencias cortas de oligonucletidos lla- para la identificacin y diferenciacin de los serogru-
madas iniciadores o cebadores que sonarapcomplementa- pos A, B, C2 y D de Salmonella.31
rios a los extremos de la regin de ADN que se pre-
tende amplificar.
acidmoiBDado
arutaretiL
que en :cihpargideM
cada reaccin ambas VENTAJAS Y DESVENTAJAS DE LA PCR
cadenas de ADN pueden servir de molde para la sn-
sustradode-m.e.d.i.g.r.a.p.h.i.c
tesis de su cadena complementaria, el nmero de Las principales ventajas del uso de la PCR en la de-
eventos de replicacin est dado por la expresin 2n, teccin e identificacin de bacterias causantes de
donde n es el nmero de ciclos de amplificacin. Pue- ETA radica en tres aspectos fundamentales: su sensi-
de notarse que despus de 20 ciclos se tendrn ms de bilidad, su especificidad y su capacidad de procesa-
un milln de copias del ADN original. Una explica- miento de grandes cantidades de muestras.
cin amena y detallada de la PCR se puede encontrar Actualmente existen mtodos de PCR establecidos
en Mllis (1999).19 para la deteccin de bacterias especficas que logran
Uno de los factores que llevan al xito en la imple- detectar niveles muy bajos de microorganismos, por
mentacin de la PCR para la identificacin de micro- ejemplo, para E. coli se ha reportado la utilizacin de
organismos patgenos es la eleccin correcta de la se- medios de enriquecimiento seguidos de PCR para la
cuencia blanco. Esta secuencia debe permitir la deteccin de 1 UFC/g de carne de res (15 h de enrique-
identificacin del microorganismo de inters indepen- cimiento)9 y de hasta 3 UFC/25 g de carne molida des-
dientemente de la presencia de otras fuentes de ADN pus de un enriquecimiento de 12 h.10 Adicionalmente
(de microorganismos concomitantes o de la muestra estos mtodos identifican microorganismos que no
misma). Las diferencias en la secuencia de genes or- pueden ser estudiados por tcnicas convencionales o
tlogos pueden servir como herramienta til en la ti- que no pueden cultivarse en substratos artificiales.32
pificacin de diferentes cepas y serotipos de una mis- Por otra parte, la PCR mltiple desarrollada por
ma especie o de especies cercanas filogenticamente. Chamberlain y cols. (1988),33 permite la deteccin si-
multnea de diferentes toxinas y/o factores de viru-
SELECCIN DE SECUENCIAS BLANCOS lencia en una sola reaccin. Paton y Paton (1998)21
Y DISEO DE CEBADORES desarrollaron dos estrategias de PCR mltiple para la
deteccin de stx1, stx2, eaeA y hlyA en un caso y para
Las secuencias ms empleadas para el diseo de ceba- regiones del opern rfb de E. coli O111 y O157 en el
dores han sido las relacionadas con los genes que co- otro. Ambos ensayos fueron efectivos para la detec-
difican para toxinas y protenas antignicas especfi- cin directa y caracterizacin de 52 cepas de STEC
cas (Cuadro I). (serotipos O), aislados de heces humanas, animales
Para la deteccin y diagnstico de E. coli, las se- domsticos y alimentos. La sensibilidad de ambos en-
cuencias blanco por excelencia han sido los genes stx1 sayos fue de 103 UFC.
y stx2 que codifican para las dos variantes de la toxi- El descubrimiento de las ADN polimerasas ter-
na Shiga, STX1 y STX2 respectivamente. La STX1 de moestables34 permiti la automatizacin del proceso a
E. coli es idntica a la que produce Shigella dysente- la vez que redujo el tiempo de ejecucin y permiti un
riae mientras que la homologa entre STX1 y STX2 es aumento significativo en el nmero de muestras que
de 56%.20 Numerosos autores reportan el uso de es- se pueden procesar.
tas secuencias para el diseo de cebadores especficos El desarrollo de mtodos de deteccin que no re-
para la deteccin y diagnstico de STEC, as como de quieren de la separacin de los fragmentos mediante
otros genes que codifican para protenas de virulen- electroforesis ha permitido un aumento considerable
cia accesorias como la eaeA (intimina) y la hlyA (he- en la capacidad de procesamiento de muestras de los
molisina).11,21-25
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El gen wzy (polimerasa) tambin puede ser un
protocolos de PCR. Entre estos mtodos se pueden
mencionar aqullos acoplados a deteccin con anti-
buen blanco para el diagnstico de serotipos O de E. cuerpos (ELISA-PCR) y el PCR en tiempo real.
coli, pues posee muy baja homologa con las secuen- Entre los factores que limitan la aplicacin de la
cias depositadas en las bases de datos, pudindose as PCR en la identificacin de microorganismos patge-
diferenciar los serotipos O111, O157 y O113.26,27 nos en muestras de alimentos destaca la presencia de
Otras regiones del opern rfb han sido usadas como sustancias que pueden ejercer un efecto inhibitorio

72 Bioquimia
Deteccin e identificacin de bacterias causantes de enfermedades transmitidas por alimentos

sobre la reaccin. La existencia de tales inhibidores


sustradode-m.e.d.i.g.r.a.p.h.i.c En aos recientes se ha desarrollado un proyecto
cihpargidemedodabor
en muestras de alimentos, clnicas y ambientales ha europeo denominado Food-PCR cuyo objetivo es fa-
sido reportada por varios autores4,7,35-38 y revisada por cilitar la implementacin de PCR para la deteccin de
Wilson (1997)39 y pueden actuar a diferentes niveles los patgenos Campylobacter spp. termoflico, E. coli
durante el proceso de extraccin y amplificacin de O157, Yersinia enterocoltica, Listeria monocytogenes
los cidos nucleicos y, eventualmente, conducir a la y Salmonella spp., mediante la validacin y estanda-
obtencin de falsos negativos,40,41 por lo que se deben rizacin de las metodologas de PCR.47
tomar precauciones para impedir o limitar su efecto Se han realizado algunos intentos de validacin de
sobre la reaccin.42 Entre los muchos compuestos pruebas de PCR no comerciales, por ejemplo, el grupo
identificados que ejercen un efecto negativo sobre la dirigido por Lbeck (2003) evalu 17 cebadores y
PCR se pueden citar: la hemoglobina, la lactoferri- tres polimerasas para la deteccin de Campylobacter
na,43 los polisacridos, las grasas, protenas y iones en alimentos y desarrollaron un mtodo estandariza-
metlicos presentes en las matrices alimenticias,44 ade- do y especfico para la deteccin de tres de las cepas
ms, algunas sales usadas comnmente en los proto- de este microorganismo ms frecuentemente aisladas
colos de extraccin de cidos nucleicos tambin pue- de los alimentos. Se estudiaron 15 cebadores de la se-
den inhibir la PCR43 (ver Wilson39 para ms detalles). cuencia de 16S rRNA y dos cebadores cuya regin
Sin embargo, aunque los genes que codifican para blanco es el gen 23S rRNA, los probaron contra 150
los factores de virulencia de las EHEC pueden ser de- cepas del patgeno y encontraron que el par OTI559/
tectados por PCR con aceptable sensibilidad, esto no 18-1 es selectivo. Tambin llegaron a la conclusin
implica que el factor de virulencia se exprese. A este que la enzima ms resistente a los inhibidores pre-
respecto, Kudva y cols. (1997)45 demostraron que no sentes en la carne de pollo fue la Tth.48 Para evaluar
todos los aislamientos stx positivos eran capaces de la reproducibilidad del anlisis de PCR desarrollado
expresar la toxina Shiga, mientras que Kehl (2002)20 en el proyecto previo, doce laboratorios participaron
ha sealado que la intimina no es un factor de viru- en un ensayo de validacin y concluyen que el PCR
lencia esencial, lo que implica que la deteccin de ta- diseado puede ser parte de las bases de una herra-
les secuencias puede conducir a resultados falsos o mienta de bsqueda precisa, estandarizada y slida
poco confiables. para la determinacin de cepas enteropatognicas de
Finalmente, el mtodo de extraccin del ADN in- Campylobacter spp. en alimentos.49
fluye notablemente en la ejecucin y sensibilidad de Malorny y cols. (2003)47 realizaron la validacin
la PCR. Por ejemplo, Cornejo y cols. (1998),46 demos- de la metodologa de deteccin de Salmonella entre
traron que con el ADN extrado de muestras de le- 16 laboratorios europeos y encontraron que los ce-
che, utilizando mtodos qumicos, se obtiene una me- badores ms efectivos fueron el 139-141, cuya se-
jor amplificacin que cuando el ADN se extrae cuencia blanco es el gen invA. Se probaron 364 ce-
utilizando microesferas de vidrio. Esto indica clara- pas de Salmonella y se obtuvo una inclusividad del
mente la necesidad de estandarizar un mtodo de ex- 99.6% y una exclusividad del 100%, por lo que des-
traccin de cidos nucleicos considerando la natura- pus de este anlisis exhaustivo, el grupo de trabajo
leza de la muestra, para aumentar as la confiabilidad propone utilizar esta metodologa como un estndar
de los resultados. internacional.

ESTANDARIZACIN Y VALIDACIN DE LOS SITUACIN ACTUAL DEL USO DE LA PCR


PROTOCOLOS BASADOS EN PCR
Actualmente existen 3 fabricantes de estuches co-
Aunque muchos laboratorios de diagnstico alrededor merciales basados en PCR para la deteccin de mi-
del mundo han establecido mtodos de PCR para la de- croorganismos causantes de ETA. 17 El denominado
teccin de patgenos, existen algunos parmetros que BAX (Qualicon, USA) utiliza reactivos en tabletas

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pueden afectar la eficiencia de la reaccin, con lo que
los resultados de las pruebas desarrolladas o publica-
y un termociclador convencional. Las muestras po-
sitivas son visualizadas como bandas en un gel de
das por algn laboratorio en ocasiones pueden ser dif- electroforesis. El sistema no requiere de la extrac-
ciles de reproducir en otros laboratorios. Por lo tanto, cin de ADN. La inclusividad y la exclusividad del
para la adopcin exitosa de metodologas de diagnsti- sistema BAX alcanzan casi el 100%, significando
co basadas en PCR es necesario contar con pruebas de que las tasas de falso positivo y falso negativo son
validacin apropiadas y consensuadas. casi cero. Existen estuches de BAX para Salmone-

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lla, gneros de Listeria, Listeria monocytogenes y sis rutinario de alimentos. Su incorporacin en el


E. coli O157:H7. Las pruebas para Salmonella y E. sector de la industria alimenticia todava requiere de
coli han recibido el Status of Performance Tested la formacin del personal tcnico y la adaptacin de
del Instituto de Investigaciones de la Asociacin los protocolos descritos en la bibliografa cientfica a
Oficial de Qumicos Analticos (AOACRI, por sus la prctica de un laboratorio de anlisis.
siglas en ingls).
El segundo mtodo comercial disponible es el estu-
che Probelia (Sanofi, France), el cual emplea PCR REFERENCIAS
convencional seguido de un inmunoensayo y un sis-
tema de deteccin colorimtrica, esta metodologa sir- 1. Autio T, Hielm S, Miettinen M, jberg A-M, Aarnisalo K,
Bjrkroth J, et al. Sources of Listeria monocytogenes con-
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Deteccin e identificacin de bacterias causantes de enfermedades transmitidas por alimentos

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