La primera secuencia del genoma pblica para Coffea arabica , la

especie responsable de ms del 70 por ciento de la produccin mundial

de caf, fue dado a conocer hoy por investigadores de la Universidad de
California, Davis.
Los fondos para la secuenciacin fue proporcionada por el grupo Suntory, una compaa de
alimentos y bebidas internacional con sede en Tokio.
Ya est disponible para su uso inmediato por los cientficos y los criadores de plantas de todo
el mundo, la nueva secuencia del genoma se ha publicado en Phytozome.net , la base de
datos pblica para la genmica de plantas comparativos coordinados por el Departamento de
Instituto Conjunto del Genoma de Energa de Estados Unidos.
Los detalles de la secuencia se presentarn el 15 de enero en la planta y la Conferencia
Genoma Animal en San Diego.
La secuenciacin del C. arabica genoma es particularmente significativo para California,
donde las plantas de caf se cultivan comercialmente por primera vez en el territorio
continental de Estados Unidos y se est convirtiendo en una industria de la especialidad-caf.
"Esta nueva secuencia del genoma de Coffea arabica contiene informacin crucial para el
desarrollo de alta calidad, variedades de caf resistentes a las enfermedades que pueden
adaptarse a los cambios climticos que se espera poner en peligro la produccin mundial de
caf en los prximos 30 aos", dijo Juan Medrano, un genetista en la universidad de California
en Davis Facultad de Ciencias Agrcolas y ambientales y co-investigador en el esfuerzo de
secuenciacin.
"Esperamos que la C. arabica secuencia de tiempo beneficiar a todos los involucrados con el
caf - de los productores de caf, cuyos medios de vida estn amenazados por las
devastadoras enfermedades como la roya, a los procesadores y consumidores de caf en todo
el mundo", dijo.
La secuenciacin se llev a cabo a travs de una colaboracin entre Medrano, cientficos de
plantas Allen Van Deynze y Dario Cantu y postdoctoral becario de investigacin Amanda
Hulse-Kemp, todos de la Universidad de California en Davis.
Desafo amistoso lleva a C. arabica secuenciacin:

Hace algunos aos, Medrano - naci y creci en productora de caf Guatemala - fue instado
por los colegas de Amrica Central para considerar la introduccin de tecnologas genmicas
para mejorar la C. arabica .
En 2014, los investigadores secuenciaron en otras partes del genoma de Coffea canephora comnmente conocida como el caf robusta y se utiliza para la fabricacin de mezclas de caf
y caf instantneo. Ha habido, sin embargo, no pblicamente secuencia del genoma accesible
para el mayor valor y ms genticamente complejo C. arabica .
Medrano estaba intrigado con el reto de secuenciar C. arabica , sino como un genetista animal
se experimenta en la genmica de la ganadera - no los cultivos.
Sin inmutarse, le dio un golpecito rpidamente la experiencia de mejorador molecular de Van
Deynze, director de investigaciones de la semilla de la UC Davis Centro de Biotecnologa y
director asociado del Centro de Mejoramiento de Plantas de UC Davis, as como Cantu, un
genetista de plantas en el Departamento de UC Davis de Viticultura y enologa.
La secuenciacin se cruza nacimiento de cultivo de caf de California:
Coincidentemente, el equipo de investigacin de la UC Davis se introdujo a agricultor Jay
Ruskey, que con la ayuda de la Universidad de California Extensin Cooperativa, asesor
agrcola de Marcos Gaskell, fue creciendo las primeras plantas comerciales de caf en la parte
continental de Estados Unidos en su Buena granja Tierra Organics norte de Santa Brbara.
El caf es un cultivo tropical, se cultiva tradicionalmente en todo el mundo en una franja
geogrfica que se extiende no ms de 25 grados al norte o al sur del ecuador. Pero en la
granja de la costa central de Ruskey, rboles de caf estn produciendo granos de caf de alta
calidad en una latitud de 19 grados norte de cualesquiera otras plantaciones de caf
comercial.
Ruskey tambin ha plantado rboles de caf en otras 20 granjas se extienden desde San Luis
Obispo al sur de San Diego, el lanzamiento de lo que l cree que va a convertirse en una
nueva industria de especialidades de caf-para California.
Trabajar con Ruskey, los investigadores de UC Davis recogieron material gentico - ADN y
ARN - muestras de diferentes tejidos y etapas de desarrollo de 23 rboles de caf Geisha que
crecen en buenas Organics Land. Geisha, conocida por sus cualidades aromticas nicas, es
un alto valor de C. arabica variedad que se origin en las montaas del oeste de Etiopa.

El material vegetal de uno de los rboles - UCG-17 Geisha - se utiliza para el desarrollo de
la C. arabica secuencia del genoma.
Coffea arabica 's genoma complejo:
C. arabica es un cruce hbrido derivado de otras dos especies de plantas: C. canephora (caf
robusta), y la C. eugenioides estrechamente relacionados. Como resultado de que el cruce
hbrido, C. arabica genoma complejo 's tiene cuatro juegos de cromosomas - a diferencia de
muchas otras plantas y los seres humanos, que tienen slo dos juegos de cromosomas.
secretos genticos reveladas en la variedad Geisha:
Utilizando la tecnologa de secuenciacin desarrollado por Pacific Biosciences de Menlo Park,
California, los investigadores de UC Davis estima que UCG-17 Geisha tiene un genoma
compuesto por 1,19 mil millones de pares de bases - alrededor de un tercio a la del genoma
humano.
El estudio utiliz una combinacin de las ltimas tecnologas para la secuenciacin del
genoma y del genoma de montaje de la cola de pato de Genmica de Santa Cruz, California,
revelando un estimado de 70,830 genes predichos.
En el futuro, los investigadores se centrarn en la identificacin de los genes y las vas
moleculares asociadas con la calidad del caf, con la esperanza de que esto es necesario
para una mejor comprensin de las caractersticas de sabor del caf Geisha.
Se han secuenciado las muestras de otros 22 rboles de caf Geisha para obtener una visin
de la variacin gentica dentro de esa variedad y entre otras 13 C. arabica variedades, que
tambin ser importante para las plantas que pueden resistir la enfermedad y hacer frente a
otros problemas ambientales en desarrollo.
La secuenciacin del genoma cruciales para la industria mundial:
Jos Kawashima, presidente y CEO de Mi Cafeto Co. Ltd. en Tokio, una empresa lder en
especialidades de caf en Japn, hizo hincapi en la importancia del descubrimiento para
todos los niveles de la produccin mundial de caf.
"Despus de haber trabajado en la industria del caf desde hace ms de 40 aos y visit
fincas de caf en todo el mundo, nunca he sido testigo de tantas calidad de C. arabica fincas
de caf bajo coaccin debido al deterioro de las cuestiones sociales y los impactos del cambio

climtico", dijo Kawashima, que no estuvo involucrado directamente en el esfuerzo de

secuenciacin del genoma.
"Por lo tanto, es urgente que este descubrimiento cientfico puede utilizar para implementar
mejoras prcticas a nivel de finca para sostener el futuro de la industria del caf," dijo
Kawashima. "Si puede lograr la sostenibilidad a nivel del productor de caf, a continuacin, los
amantes del caf en los pases consumidores puedan seguir disfrutando de caf de calidad."
esfuerzo de secuenciacin financiado por Suntory:
Los fondos para el proyecto de secuenciacin fue proporcionada por el grupo Suntory, a travs
de su Centro de Innovacin Global Suntory Limited, con sede en Kyoto, Japn.
El C. arabica secuenciacin fue de particular inters para el grupo Suntory, cuyas marcas
incluyen muchas bebidas de caf, que se comercializan en Japn.
"Anticipamos que el anlisis funcional de los genes identificados por la C.
arabica secuenciacin conducir al desarrollo de nuevas variedades de caf resistentes a las
enfermedades con caractersticas de sabor y aroma mejoradas", dijo Yoshikazu Tanaka,
director general senior de Global Innovation Center Suntory Limited.
"El Grupo Suntory continuar sus esfuerzos de investigacin y desarrollo para identificar las
frmulas y materias primas para la creacin de las bebidas de caf que tengan un valor
aadido ms alto, con un enfoque en la seguridad, la seguridad y el buen gusto", dijo Tanaka.

La roya es una enfermedad del caf, presente en Guatemala desde el ao 1980. Afecta hojas maduras
principalmente. Segn el grado de severidad puede provocar una intensa cada de hojas y prdidas en la
produccin. En los aos 2010 y 2011 se observaron repuntes de roya en diferentes regiones del pas,
notndose que no existe un patrn definido en su comportamiento, an para la misma finca, y de un ao para
otro. Adems del uso preventivo de fungicidas, el manejo debe incluir monitoreo de la enfermedad
(muestreos), y buenas prcticas de cultivo, con nfasis en una fertilizacin balanceada. Las parcelas con una
alta produccin (carga) son ms susceptibles a la enfermedad.

Biologa y Desarrollo de la Roya del Caf

Los primeros sntomas de la enfermedad aparecen en el envs o cara inferior de las hojas, donde se
observan inicialmente manchitas plidas que con el tiempo aumentan de tamao y se unen formando las
caractersticas manchas o lesiones amarillo-anaranjado, con apariencia de un polvo fino. Ah se producen
las esporas o semillas del hongo. Con el tiempo las manchas ms viejas de roya van adquiriendo un color
pardo o necrtico, donde sobrevive el hongo en las hojas (vivas) para el siguiente ciclo (inculo residual).

En la siguiente estacin de lluvias se reactiva la esporulacin del hongo en las lesiones necrosadas,
inicindose un nuevo ciclo de la enfermedad. La germinacin de esporas es favorecida en temperatura de
22C, condiciones de obscuridad, periodo de mojado mnimo de 6 horas. Luego de la germinacin, el hongo
penetra en las hojas a travs de las aberturas naturales (estomas) situadas en la cara inferior de las hojas
maduras.
Entre los factores que influyen en el desarrollo o curva de la enfermedad estn: la acumulacin de humedad,
variaciones de temperatura cercanas a los 22C, mojado foliar, variaciones bruscas del ambiente, alta carga
fructfera, edad de la planta, poca de cosecha, fertilizacin deficiente y el inculo primario (cuya mayor fuente
es el inculo residual).