Quimica Biologica (Librosmedicospdf - Net)

QUIMICA soree ee Antonio Blanco | Gustavo Blanco EW race amareIndice http://booksmedicos.blogspot.com Introduccion Tabla periddica de los elementos CS HNAWARWNS SN NNN AARGNNAS 17. 18. 1 20. 2 22. 23. 24. 25. ‘© NS Composicién quimica del organismo Agua Protefnas Hidratos de carbono Lipidos Acidos nucleicos Elementos de termodinamica y cinética bioquimicas Enzimas Oxidaciones bioldgicas. Bioenergética Membranas . Digestion. Absorcién . Metabolismo . Metabolismo de hidratos de carbono . Metabolismo de lipidos . Metabolismo de aminodcidos Metabolismo del hemo Metabolismo de purinas y pirimidinas Regulacidn del metabolismo La informacién genética. Replicacién y transcripcién La informacién genética. Biosintesis de proteinas . Bases bioquimicas de la endocrinologia Vitaminas Balance hidromineral Bioquimica de tejidos Bases moleculares de la inmunidad Bibliografia Indice alfabético 125 145 169 i) 213 219 251 285 31) 321 329 345 367 465 499 535 57] 601Introduccién http://booksmedicos.blogspot.com Campo de estudio de la Quimica Biolégica La Quimica Bioldgica, ciencia que procura explicar los procesos vitales a nivel molecular, comprende dos grandes dreas: una esta destina- da al estudio de los componentes de los seres vivos y ha sido llamada Bioquimica estdtica 0 descriptiva, la otra investiga las tansformacio- nes quimicas que acontecen en los sistemas bio- Idgicos y suele denominarse Biogufmica dindmica. Ambas han sido escenario de un asombro- so desarrollo en los tltimos cien aijos. Bioquimica descriptiva. El conocimiento de los componentes de !os seres vivos ha demanda- do intensos esfuerzos de investigacién. La em- presa es ardua, dada la complejidad de fa materia viviente. Aun el organismo unicelular mas simple contiene miles de sustancias diferentes. E] estudio de cada uno de los constituyentes exige su identificacién, separacién, purificacién, determinacién de estructura y propiedades. Al comienzo los bioquimicos trataron con las sustancias mas sencillas, que podian extraerse fé- cilmente de Jos tejidos animales o vegetales, o bien obtenerse por descomposicién de sustancias mas complejas. Como en otras disciplinas cientfficas, el avance de la Quimica Bioldgica ha ido de la mano de los progresos tecnoldgicos. La disponibilidad de instrumental y métodos cada vez mas sensibles, penetrantes y resolutivos permitio superar limitaciones y enfrentar el desaffo de moléculas de organizacién mas complicada. La separacién, pu- rificacién y andlisis de macromoléculas (protet- nas, 4cidos nucleicos y polisacaridos) se convirtieron en moneda corriente en los laboratorios bioquimicos gracias a nuevos recursos técnicos. En este campo hemos asistido a progresos ¢x- traordinarios en los ultimos setenta afos. El conocimiento de la estructura de molécu- las que desempefian un papel protagénico en los procesos bioldgicos permitid adentrarse en su intimidad, interpretar sus funciones sobre bases mas firmes y explicar sus mecanismos de accién. Bioquimica dindmica. En todo ser vivo ocurren a cada instante innumerables reacciones quimicas, cuyo estudio se engloba bajo el nombre de metaholismo. Naturalmente, los primeros interrogantes es- (aban relacionados con los cambios que experi- mentan las sustancias incorporadas con los alimentos y con el origen de los productos de dese- cho; mas tarde se encar6 e) estudio de la sintesis de los componentes del organismmo. Gran parte de las preguntas fueron encontrando respuestas. El gran desarrollo de los estudios metabdlicos fue favorecido por el progreso de la enzimologta. El mejor conocimiento de las enzimas, catalizadores de las reacciones bioquimicas, ha sido factor decisivo en la actuaj comprensién de los fe- némenos bioldgicos. La mayor parte de las conversiones quimicas en los seres vivos se cumple en forma gradual, a wavés de series de reacciones 0 vias metabdlicas, que en etapas sucesivas convierten el compuesto inicial en un producto final determinado. Desde las primeras observaciones en la segunda mitad del siglo XIX hasta la actualidad, los hallazgos de miles de investigadores han ido brindando una visién de la gran variedad y complejidad de esas vias y de sus interrelaciones. Esto se suele representar en tos Ilamados “ma- pas metabédlicos” que muestran, como en una in- trincada red caminera, la existencia de intercone- xiones, desvios y encrucijadas en los recorridos que pueden cumplir algunos compuestos. El conjunto da la impresién de una gran maraiia y es dificil concebir la posibilidad de su funcionamiento ordenado. Sin embargo, en el individuo 12 QUIMICA BIOLOGICA normal todo transcurre con un ritmo y en una medida exquisitamente adaptados a las necesidades de cada céluJa en particular y del organismo en general. Esto indica la existencia de dis positivos de control que ordenan el “trdnsito” a lo largo de Jas distintas vias metabélicas. La in- vestigacién de los procesos de regulacién e in- tegracion ha sido particularmente activa en los Uiltimos cincuenta afos. Se han puesto en evidencia miiJtiples y sutiles mecanismos de modu- lacién de la actividad de enzimas, con los cuales se logra adecuar el flujo de compuestos a través de una via determinada a las necesidades loca- les en un momento dado. Ademas. en los seres multicelulares, los sistemas nervioso y endocrino aseguran el funcionamiento integrado del organismo. Ante determinados estimulos, estos sistemas liberan sustancias intermediarias 0 mensajeros guimicos (neu- rotransmisores, hormonas, citoquinas y otros factores) que ponen en marcha, con gran selectivi- dad, sistemas de transmision de sefales desde el exterior al interior de las células y provocan respuestas definidas. Los datos disponibles actualmen- te en el campo de fa transmisién de sefiales muestran una Namativa complejidad, expresada por la diversidad de integrantes de esos sistemas y por sus frecuentes conexiones e interacciones. La unidad del mundo biolégico. Del cimu- Jo de conocimientos adquiridos surge Ja siguiente evidencia: a pesar de Ja enorme diversidad existente en el mundo de los seres vivos, hay una notable unidad en las estructuras y en los mecanismos bdsicos sobre los cuales asienta y transcurre la vida. Asi, las macromoléculas fundamentales de los organismos vivientes, vale decir, Jas proteinas y los dcidos nucleicos, son distintas de especie a especie y aun de individuo a individuo. Pero la estructura badsica es la misma en todas ellas: estan construidas por el ensamble de unidades idénticas para todos los seres, siguiendo un mismo plan general. Todas las proteinas existentes en Ja naturaleza resultan del enlace, en extensas cadenas, de veinte unidades fundamentales (aminodcidos). Todos los acidos nucleicos estan compuestos por Ja unién, en larguisimas hebras, de cuatro unidades constitutivas (nucledtidos). Los mecanismos metabdJicos, por su parte, también mvestran gran semejanza en especies filogenéticamente muy distantes. Las reacciones mediante las cuales el miisculo esquelético humano deriva energia para su contraccién repro- ducen, en casi todas sus etapas, las transformaciones que la levadura y otros microorganismos promueven durante el proceso de fermentacidn. La comprensién del funcionamiento de vias metabdlicas en tejidos de seres multicelulares de gran complejidad se alcanzé en muchos casos estudiando organismos mds simples que realizan iguales transformaciones. EI organismo como maquina transforma- dora de energia. De acuerdo con sus requerimientos, los organismos pueden dividirse en au- tétrofos y heterdtrofos. Los vegetales verdes son autétrofos, pueden sintetizar compuestos orgdnicos complejos (hidratos de carbono, grasas, acidos nucleicos y proteinas) a partir de sustancias inorgdnicas muy simples (agua, didxido de carbono, nitrégeno, fosfatos). La energia para estas sintesis proviene del sol. Los animales multiceluJares, en cambio, son heterdtrofos, dependen de la ingesta de compuestos producidos por otvos seres. Normalmente la dieta incluye hidratos de carbono, lipidos, proteinas y otros factores indispensables Ilamados vilaminas, ademas de agua y algunos minerales. Estos nutrientes pueden ser utilizados en Ja sintesis de los componentes del propio organismo, o degradados con produccién de energia, nece- saria para la realizacién de los nuiltiples traba- Jos (mecdnico, osmético, quimico, etc.) que se cumplen en las células. Pucde decirse, en general, que los cambios expcrimentados por las sustancias incorporadas al organismo con los alimentos tienden a cumplir dos fines principales: a) obtencidn de mate- tia prima para la sintesis de las moléculas pro- pias y b) transferencia de Ja energia contenida en esas sustancias. Estas dos actividades basicas son interdependientes. En efecto, la produc- cidn © sintesis de nuevas estructuras requiere energia y, por lo tanto, depende de los procesos que pueden proveerla. A su vez, la captacién y la conversiOn de energia exigen la presencia de mo- léculas catalizadoras especificas (enzimas) y de atras sustancias que deben ser sintetizadas. E} aprovechamiento de la energia contenida en diversos componertes de la dieta representa una parte muy importante de las actividades celulares. Los organismos vivos pueden ser consi- derados verdaderas maquinas convertidoras de energia. Las reacciones quimicas llamadas exer- gonicas, esto es, las que transcurren con libe- racion de energia, frecuentemente se acoplan con otras que la requieren (endergénicas), por ejemplo, la produccién de moléculas que captan, retienen y pueden ceder esa energia cuando sea nece- saria. Existen varias de estas moléculas; la principal de ellas en todas las especies vivientes es la adenosina trifosfato 0 ATP, e| mas importante por- tador de energia guimica facilmente utilizable.Capacidad de reproduccién. Una propiedad distintiva de los seres vivos es su capacidad de teproducirse y de crear, generacién tras genera- ci6n, otros organismos semejantes a sus antece- sores en estructura externa e interna y en caracterfsticas fisiolégicas. Ello és posible gracias a Ja transmisidn de ca- racteres heredables, contenidos como informa- cién genética en las enormes moléculas de dcido desoxirribonucleico (ADN) constituyentes de los cromosomas. Esa informacion esta representada por la secuencia de nucledtidos de] ADN, la cuaj es transmitida de padres a hijos y de cé- lula a célula, y en tiltima instancia expresada por la sintesis de proteinas con caracteristicas uni- cas para cada especie o aun para cada individuo. El “cédigo” o “lenguaje” con el cual se ins- cribe la informacién genética de} ADN es uni- versal, es decir, es practicamente e] mismo para todos Jos seres vivos. Esto sefiala nuevamente la unidad de] mundo bioldgico, nos habja de un origen comun de toda fa materia viviente. Los cambios (mutaciones) operados en el “mensaje genético” a través de millones y millones de afios, han creado la actual diversidad y las caracterfsticas peculiares adquiridas por cada especie durante ese proceso de evolucidn. E} avance de los conocimientos en esta area ha sido realmente notable en las ultimas déca- das. No sdlo se ha logrado una mejor compren- sién de los mecanismos responsables de ta trans- misiOn y eventual modificacién de los caracte- res hereditarios, también se han creado posibili- dades de aplicacién inimaginables hasta hace pocos afios. En el seno de la Bioquimica se ha desarrollado una nueva disciplina, la Biologia Molecular, que cuenta en su haber con aportes sorprendentes, como el descifrar la secuencia completa del ADN gue constituye el genoma humano, el manipular genes y crear organismos con propiedades inéditas. Mas alla de los indudables beneficios que las conquistas de la Biologia Molecular pueden re- portar a la Humanidad, se plantean problemas de orden ético que el cientifico no debe soslayar. Los limites de la Quimica Biolégica. Los avances de ta Quimica Biolégica han posibilita- do ja apertura de nuevos horizontes y han im- pulsado el desarrollo de otras disciptinas, como la Biologfa Celular. E] resultado ha sido una gran expansion de la Bioqufmica hacia los territorios de reciente conquista de la Biologia Molecular y hacia zonas de interdependencia y superpasi- cién con la Biologia Celular. Los limites se han INFRODUCCION 3 tornado imprecisos; en la actualidad, un texto de Quimica Bioldgica no puede eludir la “inva- sida” de areas det conocimiento que no hace mucho le eran ajenas. Reduccionismo - Complejidad. Los resultados de la investigacién cientifica permiten dis- poner en la actualidad de explicaciones satisfac- torias acerca de las propiedades y funciones de Jas biomoléculas. La Bioquimica uene hoy una s6lida base experimental. fruto de una concep- cién reduccionista en el estudio e interpretacién de los fenémenos. Esta estrategia ha demostrado notable eficiencia en la adquisicién de nuevos conocimientos. A partir de los resultados obtenidos con moléculas aisladas y sistemas reconstituidos in vitro, se han elaborado modelos gue intentan describir la situacion in vivo. A medida que estos modelos se enriquecen. en detalles se hace mds evidente la complejidad de los sistemas biolégicos. Paraddjicamen- te, Jos logros del reduccionismo han puesto de manifiesto sus limitaciones. Resulta ahora indu- dable que una entidad tan extraordinariamente compleja como un ser vivo no puede definirse por la simple suma de sus componentes. E) funcionamiento integrado de esos componentes genera multitud de interaeciones y nuevas va- riables cuyo analisis y comprensién se tornan cada vez mds dificiles. Al igual que en casi todas Jas areas del saber, también para los fendmenos bioldgicos la complejidad ofrece un nuevo escenario de discusién. Es otro gran desafio a la mente humana. Estos desaffos son precisamente e] motor de Ja Cien- cia, ef estimulo de su incesante busqueda de explicaciones de la realidad. El fruto cierto de esa btisqueda es Ja continua expansién de las fronteras del conocimiento. La Quimica Biolégica y el médico. Induda- blemente, el progreso de la Quimica Biolégica ha sido uno de los factores que mas han aporta- do al desarrollo actual de la medicina. Las disciplinas médicas se han beneficiado significativamente con tas contribuciones de esta ciencia basica y todo indica que ellas serdn aun mas trascendentes en el futuro. Esto impone al médico ja responsabisidad inejudible de poseer una sélida preparacién en ciencias basicas. En la Quimica Bioldgica no sélo encontraré fundamentos para !a interpretacién racional de Jos fendmenos fisiolégicos y patolé- gicos, sino ademas el acicate para una actitud inquisitiva, que haga de su actividad una permanente adquisicién de nuevos conocimientos.SZIEISW ON = Saploje}sa|/\ sojejoyy UNLUOD SBLY O 2)/QB}S9 SELL OdoIOS! Jap CONWOIE Osad jo URDIPUT sisajugued ayjUa SOIDWINN: “pg usasod ou anb (4g) £6 4 (Nd) 6 & PE waasod OW ab (GL) $9.4 (Ud) 6S VN SO} O1d99x9 “guapadoid OJUaWa]9 [9 UD anb jens! 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Sdélo una pequefia proporcién de ellos, a los cuales se los denomina elementos bidgenos, participan en la composicién de organismos vivientes. En mamiferos, animales de gran complejidad, se ha demostrado la pre- sencja de apenas veinte elementos, cuatro de los cuales (oxfgeno, carbono, hidrégeno y nitrége- no) representan alrededor del 96% del peso corporal total (ver tabla 1-1). Tabla 1-1. Composicién elemental del organismo humano (expresada en porcentaje del peso corporal) Elementos primarios _Oxigeno 65.0% Nitrégeno 3,0 % Carbono 18,5 Caleio LS Hidrégeno 10,0 Fésforo 1,0 Elementos secundarios “Poiasio 9.30% Clore 0.15% Aaufre 0,25 Magnesio 0,05 Sodio 0,20 _ Hierro 0,005 Oligoelementos 0.001% | Zine _“Vestigios 0,0002 alto Festigios 0,00004 libdeno —Vestigios — 0,00003 Con excepcidn del yodo (ntimero atémico 53), los 4tormos que intervienen en la constitucién del cuerpo humano son miembros de los primeros cuatro perfodos de la Tabla Periddica y tienen numeros atémicos inferiores a 31. De los cuatro elementos mas abundantes, el oxigeno es el de ntimero até6mico mas elevado (8). Aexcepcién del oxigeno, esos elementos fundamentales no son los predominantes en la corteza terrestre. Esto indica la cxistencia de ventajas selectivas que los convirtieron en Jas unidades basicas de la materia viva. Por ejemplo, pese a Ja abundancia de silicio en la materia inerte de la corteza terrestre (en ésta el Si representa mas de! 21% del peso total), Ja vida se ha desarrollado alrededor de compuestos que tienen al elemento carbono como integrante esencial. El silicio pertenece al mismo grupo que el carbono y comparte muchas de sus propiedades. Sin embargo, el carbono presenta cualidades dis- tintivas: sus uniones son ms estables, puede unirse en largas cadenas y producir ramificaciones, forma enlaces dobles y triples, se asocia covalentemente a muchos otros atomos y adopta distintas conformaciones espaciales. Estas caracteristicas confieren al carbono un potencia) no igua- jado por elernento alguno para generar multitud de combinaciones diferentes. La seleccién de los demas elementos que acompafian al carbono como componentes de la materia viva se explicarfa por el tamafio de sus Atomos y por su aptitud para compartir electrones en unjones covalentes. La pequefiez at6mica aumenta la estabilidad de los enlaces y hace mas jntensas las interacciones moleculares.8 QUIMICA BIOLOGICA Con un criterio cuantitativo, los clementos bidgenos pueden clasificarse en tres categorias: A) Primarios. Son el oxigeno, el carbono, ei} hidrégeno y el nitrégeno. A este grupo suelen agregarse también el calcio y el fésforo. En conjunto, estos seis elementos representan mas del 98% de} peso corporal total. El oxigeno y el hidrégeno forman la molécula de agua, la sustancia mas abundante de} organismo. Los elementos carbono, oxigeno, hidrége- no, nitrégeno y fdsforo participan en la constitu- cién de las moléculas orgdnicas fundamentales de la materia viva. El calcio se halla principal- mente en tejido dseo y, al estado idnico, intervie- ne en muchos procesos fisioldgicos. B) Secundarios. E) potasio, el azufre, el sodio, el cloro, el magnesio y el hierro pertenecen a esta categoria, Se encuentran en cantidades por- centualmente mucho menores que las indicadas para los anteriores. Forman sales y iones inorganicos, e integran moléculas organicas. El Nat y el CI son los principales iones extra- celulares y el K* es el principal ion intracelular. El Mg” es indispensable en numerosas reacciones catalizadas por enzimas. El Fe es componente esencial de sustancias muy importantes, entre ellas la hemoglobina. El S forma parte de casi todas las proteinas y de otras moléculas de inte- rés bioldgico. C) Oligoelementos. También denominados microconstituyentes, elementos oligodinamicos 0 vestigiales, estan presentes en los tejidos en cantidades extremadamente pequefias en relacién con la masa total. El yodo es constituyente de la hormona tiroi- dea. Los otros (Cu, Mn, Co, Zn y Mo), aun en cantidades infimas, son indispensables para el desarrollo normal de las funciones vitales. Casi todos son factores necesarios para la actividad de catalizadores bioldgicos (enzimas). Compuestos biolégicos Los elementos quimicos mencionados se encuentran formando diferentes compuestos de tipo inorgdnico u orgdnico. Entre los compuestos inorgdnicos, el agua es de extraordinaria importancia, no sdlo por su cantidad, ya que constituye el 65% del peso corporal de un adulto, sino también por las numerosas funciones que desemperia. En segundo lugar, en tér- minos cuantitativos, se hallan los sélidos minerales que participan en la formacién de tejidos du- ros coo huesos y dientes. Los compuestos inorganicos que predominan en estos tejidos son fosfatos de calcio insolubles. El resto de componentes inorgdnicos, en su mayor parte, esta disuelto en los liquidos corporales y protoplasmas celulares; muchos forman iones esenciales para el mantenimiento de las funciones vitales. En los compuestos orgdnicos, el carbono es elemento constituyente obligado. Representan la mayor parte de los sélidos del organismo. A este grupo de sustancias pertenecen compuestos de gran jerarquia funcional, como las protefnas y los dcidos nucleicos. Por su parte, Jos hidratos de carbono y Jos lipidos son sustancias de importancia metabdlica y estructural, y constituyen el material de reserva energética de] organismo. Existen también otras moléculas, fuera de Jas mencionadas, que desempefian importantes funciones, como vitaminas, algunas hormonas y pigmentos. La tabla 1-2 indica la composicién porcentual de algunos tejidos humanos. Las cifras representan valores aproximados y tienen por objeto dar una idea de la participacién de cada uno de los compuestos mencionados en la cons- tituci6n de los tejidos. Tabla 1-2. Composicién guimica de tejidos humanos (las cifras indican porcentaje del peso del tejido) _ Masculo 75,0 chs 3.0 18,0. 10 12,0 &0 Us 10 En los capitulos siguientes se consideran la estructura y propiedades de los principales grupos de sustancias componentes de la materia viva.CAPITULO 2 Agua http://booksmedicos.blogspot.com EI agua es el componente mds abundante del organismo humano. Alrededor del 65% del peso corporal esté representado por agua. Los restantes constituyentes de las células y Ifquidos bioldgicos se encuentran inmersos en un medio acuoso que condiciona sus propiedades y comportamiento. No existe proceso vital alguno que pueda concebirse independientemente de la partici- pacion directa o indirecta del agua. Esta sustancia posee propiedades excepcio- nales. Por ejemplo, su punto de fusién (0°C), de ebullicién (100°C) y su calor de vaporizacién (40,71 kJ/mol) son notablemente elevados si se los compara con los de otros compuestos de masa molecular similar. Estas y otras caracteristicas un tanto “aberrantes” del agua pueden explicarse cuando se conoce su estructura molecular. En el agua (H,O), el oxigeno esta unido, mediante enlaces covalentes simples, a dos atomos de hidrédgeno. Como el oxigeno es mas electronegativo que el hidrégeno, el par de electrones compartido en cada uno de los enlaces esta desplazado hacia el nicleo del oxigeno. Se crea una carga parcial electronegativa en la vecindad del nticleo del O y otra electropositiva alrededor del nucleo del H, reducido casi a un proton “des- nudo”. Individualmente, los enlaces son de caracter polar (covalente polar o electrocovalente). La molécula de agua es polar Si los tres Atomos que componen la molécula estuviesen dispuestos en linea recta (H—O-H), la resultante o “centro de gravedad” de las cargas positivas estaria situado en el centro de la molé- cula, coincidiendo con la carga negativa. La mo- lécula resultarfa apolar. como sucede en otros compuestos que poseen enlaces electrocovalen- tes, como el didxido de carbono (CO,) o el tetracloruro de carbono (CCl,) por ejemplo. Se ha determinado que en la molécula de agua los dos enlaces O-H no se encuentran en linea. sino formando un Angulo de [04,5° entre si (fig. 2-1). La carga negativa se encuentra alrededor del vértice de 1a mofécula, mientras la resultante de las cargas positivas puede concebirse ubicada en el punto medio de la linea que une los dos nt- cleos de hidrégeno. Se forma asi un dipolo y la molécula, si bien en conjunto es eléctricamente neutra, resulta polar (fig. 2-3). oO AN 104,5° . an H Fig, 2-1. Disposicién de los dtomos en la molécula de agua. _ me ¢ — Fig, 2-2, Modelos moleculares de] agua. A la izquierda, se muestra un modelo de esferas y varillas; a la derecha, un modelo espacial leno. En rojo, el dtomo de oxigeno. Fig, 2-3. Distribucién de las cargas eléctricas en la molé- cula de agua.10 QUIMICA BIOLOGICA La polaridad de las moléculas de agua permite que ellas puedan atraerse electrostaticamen- te entre sf. La carga parcial positiva de un hidr6é- geno en una molécula es atraida por la carga parcial negativa del oxigeno de otra molécula, esta- bleciéndose asf un enlace o puente de hidrdgeno (fig. 2-4). Enlace de hidrégeno La unién “puente de hidrégeno” que se forma entre moléculas de agua no es privativa de éstas. Existe también en otros compuestos, algunos de gran importancia bioldgica, como se vera mas adeJante. El enlace o puente de hidrdgeno se forma facilmente entre un dtomo electronegativo (comun- mente O o N) y un dtomo de hidrdgeno unido covalentemente a otro atomo electronegativo. La unién es mas estable cuando Ios tres elementos interesados en ella, es decir, los dos 4tomos electronegativos y el H intermedio, estan colo- cados en la misma linea (fig. 2-4). Este tipo de unién permite la interaccién de las moléculas de agua y explica las “anomalias” en las propiedades de esta sustancia. En realidad, su comportamiento no corresponde al que se esperaria de un compuesto con la férmula H,0, sino al de complejos poliméricos (H,0),, que se forman en el agua, especialmente en sus estados sélido y liquido. E} cardcter direccional del enlace de H determina ciertas relaciones geométricas en las asociaciones polimoleculares de] agua. Se puede concebir a la molécula de agua como inscripta en un tetraedro, con el Atomo de oxigeno en el centro. Los enlaces O-H se dirigen hacia dos de los vérti- °S Pig, 2-4. Enlace de hidnigeno C i’ entre dos moléculas de agua. Fig, 2-5. Estructura tetraédrica H de la molécula de agua. ces del tetraedro y los electrones no comparti- dos que le restan al] oxigeno, situados en orbitales hibridos sp*, estén orientados hacia los otros dos vértices del tetraedro (fig. 2-5). Debido a esta dis- posicién tetraédrica, cada molécula de agua puede formar puentes de hidrégeno con otras cuatro (fig. 2-6). “@ 2 9 f Fig. 2-6. Asociaci6n entre moléculas de agua. Los puentes de hidrégeno, indicados en rojo, siguen la disposici6n tetraédrica. En el agua s6lida (hielo) las moléculas se disponen de esta manera, originando un conjunto ordenado en una trama cristalina regular. Las moléculas se mantienen a distancias fijas entre si, determinadas por la jongitud de los enlaces. Las que no estan unidas por puentes de H pueden aproximarse hasta una distancia de 0,45 nm. La red cristalina del hielo presenta relativamente mas espacio vacio que e] agua liquida, en ta cual las moléculas no asociadas por enlaces H poseen mas libertad y pueden acercarse. Esto explica por qué el hielo es menos denso que el agua liquida. En ef agua liquida se pierde ese alto grado de ordenamiento. pues aunque las moléculas siguen asociadas (se calcula que, término medio, cada molécula esta unida a otras 3,4), los puentes de hidrégeno sonmuy inestables; se forman y se rompen con gran rapidez, razén por Ia cual se dice que los agrupamientos moleculares son “fluctuantes” u “oscilantes”. Esta ted dindémica gue forman fas moléculas de agua unidas por puentes de H explica los valores elevados de calor de vaporizacién y punto de ebullicién. Se requiere una cantidad muy grande de energia para vencer esas atracciones intermoleculares, que no existen en otras sustancias de masa molecular parecida. Las uniones H explican también la elevada ten- si6n superficial de! agua y su alla viscosidad compa- radas con las de la mayoria de liquidos orgdnicos. Sin embargo, debido a la fluctuacién permanente de los puentes de H en el agua liquida, ésta presenta mayor fluidez. es decir menor viscosidad, que la correspondiente a moléculas poliméricas. El agua como solvente El cardcter polar de las moléculas de agua es res- ponsable de interacciones con otras sustancias que en- tren en relacion con ellas. Logicamente, estas interacciones dependen de Ja naturaleza de {a otra sustancia. a) Compuestos idnicos. En general, Jas sustancias idnicas son solubles en agua. En cristales de este tipo de compuestos (ej. NaC), las atracciones electrostaticas entre Jas iones constituyentes (Na* y Cl) mantienen una red a}tamente ordenada. Cuando estos cristales sé ponen en contacto con agua, se produce una alteracién en la organizacién de las moléculas de ambos compuestos. Las moléculas dipolares de! agua son atra(das por los iones con fuerza suficiente como para disociarlas de sus uniones. Los iones se van ro- deando de moléculas de agua, lo cual debilita la fuerza de atraccién con los iones de carga contraria en el cristal y terminan por separarse y dispersarse en el solvente. Los iones en soluci6n acuosa se encuentran hidratados, esto es, rodeados por una capa 0 “aureo- Ja” de moléculas de agua. Los cationes (por ej. Na*, K*, Ca*, Mg™ entre los inorgénicos; grupos amina —NH,* entre los orgdnicos) atraen la zona de carga parcial negativa de la molécula de agua. Los aniones (por ej. Cl, HPO, HCO, . entre los inorganicos; grupos carboxilato -COO™ entre los orgdnicos) atraen Ja zona de carga positiva del dipolo (fig. 2-7). b) Compuestos polares no idnicos. En el caso de alcoholes. aldehidos o cetonas, por ejeroplo, el agua puede formar enlaces de hidrdégeno cov los grupos Oo Fig. 2-7. Interaccién de iones con el solvente agua. A la izquierda, jon Na* hidratado: a la derecha, ion Cl hidratado. AGUA VW hidroxilos 0 carbonilos presentes en esas molécu- las (fig. 2-8), lo cual facilita su disolucién. CH,- GH,- O-H: Fig. 2-8. Formacién de enlaces de hidrégeno (trazados €n rojo) entre agua y un alcohol (arriba) y entre agua y una Cetona (abajo). Los compuestos iénicos y polares no idnicos, en general, son hidréfilos pues pueden interaccionar con las moléculas de agua y formar soluciones estables. c) Compuestos apolares. Este tipo de sustancias, como los hidrocarburos por ejemplo. resultan practicamente insolubles en agua, pues no puede establecerse uni6n 0 atraccidn entre sus moléculas y las de agua. Se Jas llama sustancias hidrdfobas, generalmente se disuelven bien en solventes orgdnicos no polares 0 poco polares (ej. benceno, fetracloruro de carbono, cloroformo). Las moléculas apolares pueden ejercer entre si atracciones de un tipo denominado inieracciones hidrofobicas. d) Compuestos anfipdticos. Existen sustancias que poseen grupos hidréfobos e hidréfilos en la misma molécula, per ejemplo, los fosfolipidos o las sales de 4cidos grasos de cadena larga con metales monova- lentes (jabones de Nao K). Este tipo de sustancias son denominadas anfifilicas 0 anfipdticas, En contacto con agua se colocan con su porcién hidrofilica dirigida hacia la superficie de! agua o sumergida en ella, mientras el resto apolar se proyecta hacia el exterior de la fase acuosa (fig. 2-9 A), Cuando estas moléculas se encuentran en el seno del agua, pueden formar agrupa- ciones esféricas Namadas micelas. Las cadenas apolares se dirigen hacia el interior de la micela, mu- tuamente atrafdas por interacciones hidrofdbicas. Los extremos hidrofilicos de la molécula quedan expuestos hacia la fase acuosa e interaccionan con ella (fig. 2- 9B), lo cual asegura la estabilidad de las micelas. El agua como electrélito Se [aman electrdlitos las sustancias que en solu- cién acuosa se disocian en,particulas con carga eléc- trica 0 iones. Estas soluciones tienen la propiedad de permitir el paso de corriente eléctrica, Si se preparan soluciones de igual molaridad de diferentes electrdlitos, se Jas somete a la accidén del mismo potencial eléctrico y se mide la intensidad de la corriente que atraviesa cada una de las soluciones, puede comprobarse que algunas de ellas son excelentes conductores, mientras otras conducen muy pobremente12 QUIMICA BIOLOGICA Extremo polar Cadena apolar agua > la corriente eléctrica, De acuerdo con este criterio, se puede dividir a los electrdlilos en fuertes y débiles. Por ejemplo, una solucién de HC} 1 M es mucho mejor conductora que una de dcido acético (CH, COOH) | M. Esto indica que en la solucién de HCI debe haber mayor ntimero de iones que en la de dcido acético, ya que cuanto mayor sea la cantidad - de iones disponibles para transportar Ja corriente eléctrica, mayor sera la conductividad. Ambas soluciones se prepararon disolviendo el mismo nimero de moléculas por litro (1 mol de sustancia o 6,022 x 10** moléculas); por lo tanto, la mayor conductividad de Ja solucién de HCl prueba que éste se ha disociado en iones en mayor proporcién que el dcido acético. El primero es un electrélito fuerte, mientras en el segundo, un electrélito débil, sdlo una pequeria parte del total de moléculas disueltas se separa en iones. Constante de equilibrio EI proceso de ionizacién puede asimilarse a una reaccién quimica, la cual se presenta como una reaccion reversible en el caso de los electrdlitos débiles, En los electrélitos fuertes, se considera que practicamente todas las moléculas se dividen en iones y la reacci6n transcurre en un solo sentido: HCL > Hr+Cl Si designamos AB a la molécula de un electrélito débil que se disocia parcialmente en iones A* y B~ la notacion sera: AB = A*+B™ La reaccién de separacién de la molécula AB en iones prosigue hasta cierto limite, en el cual coexisten en fa solucién moléculas enteras y iones, cuyas cantidades relativas ya no cambian mas. Se dice que se ha alcanzado un equtlibrio. Los valores de concentracion de los iones y de las moléculas enteras en el equilibrio dependen de la naturaleza del electrélito, de la concentracién inicial de sustancia y de la temperatura. Para un sistema en equilibrio quimico, a una determinada temperatura, existe Fig. 2-9. Representaci6n esquematica de una molécula anfipatica (arriba izquierda). A. Disposicién de moléculas anfipaticas en la interfase agua- aire. B. Micela de moléculas B anfipaticas en el seno de] agua. una relacién numérica constante entre sus componentes, relacién que se satisface siempre, independientemente de las concentraciones iniciales de sustancia. Esta relacién es la constante de disociacion (Kg). representada por la ecuacién: « - AB) dis [AB] (Los corchetes se utilizan para indicar concentra- cidn. [A*] [B-] y [AB] significan concentraciones de A*, B- y AB respectivamente.) E] equilibrio es dinamico; constantemente se disocian moléculas enteras en jones y éstos se recom- binan para formar moléculas. En equilibrio, ambos procesos ocurren a igual velocidad, razén por la cual las concentraciones de cada uno de los integrantes del sistema permanecen invariables. En la reaccién de disociacién del electrdjito débil AB: \ AB > AT + B La velocidad (V,) con la cual transcurre la reaccidn de ionizacién (reaccidn {), sera igual a: V, = k, [AB} Donde k, es un valor constante, caracteristico para cada sustancia a una temperatura dada y [AB] es la concentracién molal de AB. Para la reaccidn inversa (reaccién 2), Ja velocidad V, con la cual A* y Bo se asocian para formar AB es: V,= k, [A*][B] En estado de equilibrio, las velocidades de la reaccion directa c inversa son iguales (V, = V2), por Jo tanto: k, [AB] = k [A*] [B'] de donde: KIB) k, \AB]k,/k, es un cociente entre dos constantes; por lo tanto es otra constante, a la que se designa K 0 Kg,. Luego: (‘1B [AB] E} valor numérico de Ja constante de disociacién de un electrélito da idea de su grado de ionizacién. Cuanto menor sea Ky, mds débil sera el electrélito. Una K,, de valor préximo a la unidad indica que el electrélito esta extremadamente disociado. Cuando Ky, tiene un valor de alrededor de 10, el electrdlito esta précticamente ionizado en forma total. En Jos sistemas biolégicos, se puede considerar fuerte a un electrélito cuando su K,,, es mayor de 0,0001 0 104%. Cuando la K,,, es menor de 10“, se puede afirmar que Ja sustancia no es un electrélito. Los electrélitos débi- les tienen valores de K,;, interrnedios entre los citados. Cuando se conoce la constante de disociacién de un electrdlito, se puede calcular con bastante aproxi- macidn la concentracién de cada uno de los iones y la de moléculas enteras en una solucién, siempre que se conozca también la concentracién inicial de sustancia. Equilibrio de ionizacién del agua El agua se disocia muy débilmente generando iones hidrégeno 0 protones y iones hidroxilo, segtin la reaccion: H,O 2 Ht+OH- La representacion del ion H* como una entidad independiente no es correcta. El protén rapidamente reacciona con moléculas de agua. Tratando de dar una version mas exacta del estado del H*, muchos autores se refieren al ion hidronio (H;,O*) resultante de [a unién del protén a una molécula de agua. En realidad, es més correcta la notacidn {H (H,O),}*. A los fines pric- ticos, seguiremos utilizando H*, pero advirtiendo que se trata sdlo de un simbolo, sin existencia independiente. La constante de disociacién del agua se expresa por la ecuacién: _ (HOH «HO El valor de K,,, se ha determinado por medici6n de Ja conductividad eléctrica del agua pura. Si se conoce la conductividad de los iones, es posible calcular la concevtracién de los mismos en el agua. En el agua pura a 25°C, la [H*] es 0,0000001 0 107 M; por supvesto, la [OH7} es igual, ya que al disociarse el agua genera e] mismno numero de OH™ que de H’. El valor de K,,, para el agua pura es muy pequefio y varia con la temperatura. Por ejemplo, es 1.8 x L0'°M a 25°C y 4,3 x 106 M a 37°C. De acuerdo con estas cifras, el agua no deberia ser considerada un electrdlito. * La escritura de ntimeros muy pequefios puede simpli- ficarse mediante el uso de potencias de base 10 con exponente negativo (ver Apéndice, pag. 18), AGUA 13 Sin embargo, pese a su mindscula magnitud, esta constante de disociacién tiene una enorme importancia en biologia. En las secciones siguientes se considerard con algtin detalle este tema y el de la concentracién de los iones del agua. El lector podra preguntarse por qué se dedica tan- ta atencidn al H* generado por la disociacién del agua, cuando su concentracién es de una magnitud al parecer despreciable. Resulta que las variaciones de [H*}, atin mintisculas, suelen tener efectos muy notables en los sistemas bioldgicos. Los iones hidrégeno son muy pequefios (estén constituidos por un protén) y poseen, comparativamente con otros iones, una gran densidad de carga, que crea gradientes eléctricos significativos a su alrededor. Por esta razén pueden influix marcadamente, por ejemplo, sobre enlaces de hidrégeno que contribuyen a mantener Ja estructura y conformacién de macromoléculas de importancia bioldgica, o sobre el estado de disociacién de grupos funcionales criti- cos para el comportamiento de ciertas moléculas. Como el peso molecular del agua es 18 daltons (1 mol de agua = 18 g), la concentracién molal de agua en el agua pura es mayor de 55,5 (en 1.000 g de agua hay 1.000/18 = 55,55555... moles). De los 55,5 moles, s6lo 0,0000001 mol se encuentra disociado, lo cual equivale a decir que s6lo una molécula cada 555,5 millones se separa en iones. Si en la ecuacién de la constante de disociacion del agua se traspone el tér- mino [H,O], se tiene: Kq, [1,0] = [H*} (OH) La cantidad de moléculas ionizadas es insignifi- cante en relacidn con et total, razon por la cual puede considerarse, sin cometer error apreciable, que el proceso de disociacién no modifica la concentracién de moléculas enteras [H,O], la cual se mantiene practicamente constante. En la ecuacién anterior tenemos el producto de una constante (Ky;,) por otra [H,O], que resulta en una nueva constante, designada K,: Ky, (HO) = K, «Ky = [H*} [OH] La constante K, es designada producto idnico del agua, su valor a 25°C es: K,, =[H*][OH™] = 0,0000001 = 0,0000001 =107 x107 =10" En el agua pura [H*] = [OH], de modo que en la ecuacién puede sustituirse [OH] por [H*] 0 viceversa: K, =(1 JI‘) ~ ()=/K, o K, =[OH|[OH"] (OH ]=/K,, El valor de K,, es constante tanto en el agua pura como en cualquier soluci6n acuosa. Todo aumento en la concentracién de uno de los dos iones de] agua oca- sionard una disminucidén inmediata en la concentra- cién del otro ion por desplazamiento del equilibrio hacia la formacién de moléculas enteras y el producto iénico permanecerd invariable. Si, por ejemplo, se di-14 QUIMICA BIOLOGICA suelve en agua un soluto electrolftico capaz de disociarse dando iones hidrégeno, como el HCI por ejemplo (HC] — H* + Cl), la concentracién de H* sera mayor en esta solucién que en el agua pura. El valor de] producto idnico tenderd a restablecerse por e] aumento de Ja velocidad de Ja reaccién de asociacién de iones H* e OH para formar moléculas enteras. En consecuencia, la concentracién de iones OH> disminuira hasta alcanzar el equilibrio cuando el valor de K,, sea 104 (a 25°C). Asi, si al agregar HCI fa concentracién de H* aumenta a 10! M (1 mi- !lén de veces supetior a la del agua pura a 25°C), la de iones OH’ tendra que reducirse a un valor de 10” (un millén de veces menor que la del agua pura). El producto idnico se mantendra constante: K, = JO'x 10 = 1014 Andlogo reajuste en la concentracién de iones H* se prtoducira si se disuelven en agua electrdlitos que aumen- ten la concentracién de OH” (ej. NaOH > Nat + OH). Como consecuencia del incremento de [OH] se pro- ducird una disminuci6n en Ja concentracién de H* por formaci6n de moléculas enteras (HO) en cantidad suficiente para mantener el valor de K,. Acides y bases Una solucion es neutra cuando su concentra- cién de iones hidrégeno es igual a la de iones hidroxilo. El agua pura es neutra porque en ella [Aj = (OH-]. El valor 1 x 107 M para [H*] 0 [OH] en e] agua pura es el correspondiente a 25°C y varia notablemente con la temperatura ({H*] 0 (OH-] = 3,4 x 10% a O°C y 8,8 x 107 a 100°C). Cuando en una solucién la concentracién de iones hidrégeno es mayor que la de iones hidroxilo, se dice que es dcida. En cambio, se llama bdsica 0 alcalina a la solucién cuya con- centracién de iones hidrégeno es menor que la de iones hidroxilo. Estos conceptos nos permiten adelantar defi- niciones practicas de dcidos y bases: Acidos son sustancias que, al ser disue}tas en agua 0 soluciones acuosas, producen aumento de la concentracién de hidrogeniones. Bases 0 dlcatis son sustancias que, al ser disueltas en agua o soluciones acuosas, producen dis- minucién de la concentracién de hidrogeniones. Segtin Bronsted y Lowry, dcidos son todos los compuestos 0 iones capaces de ceder protones (H*) al medio y bases son los que pueden aceptar protones del medio. Aqui la definicién se ha extendido a iones, por ej. HSO,- y NH,*, que pueden ceder un ion H* en solucién. En cuanto a las bases, es usual considerar a los hidréxidos de metales alcalinos como bases tipicas (ej. NaOH), pero estrictamen- te, segtin Bronsted y Lowry, la base es el ion OH™ que esas sustancias Jiberan en solucién. Es el OH- el que puede tomar un H* de la solucién y formar agua. Asimismo todos los iones que pueden captar H*, como CO,” 0 Cl, son bases. Cuando una molécula o anién puede tomar un H* (base de Bronsted-Lowry), se forma su “acido conjugado”. Ej.: Base Proton conan do OW + H > HO Ng + aw > NH CO,” + Hw > HCO; Cuando un 4cido pierde un hidrogenién, se forma su “base conjugada”. E}.: Acido Protén conta da HCl 3 H + cr H,SOQ, + H + HSOW HNO; 34> r NOs” Fuerza de acidos y bases La fuerza de un acido o la de una base esta determinada por su tendencia a perder o a ganar protones. Como electrélitos que son, los acidos pueden dividirse en fuertes (HC\, H,SO,, HNO) y débiles (H,PO,, CH,-COOH, H,CO,). Las moléculas de los primeros se disocian en forma practicamente total al ser disuel- tos en agua. Los segundos sdlo ionizan una pequefia propercidén de sus moléculas. De aqui que, para una misma concentracién de dcido, la concentracién de iones hidrégeno sea mayor en las soluciones de acidos fuertes que en las de débiles. La capacidad de un 4cido para perder protones (fuerza acida) se expresa por su constante de disocia- cin (Ky, 0 mejor K,). Si Namamos HA al acido: _ OIA] THAI Mientras mayor sea e] valor de K, mas facilmente el 4cido cederd protones. En general, las K, de los acidos fuertes alcanzan valores tan grandes (]0? a 10!°), que para los fines practicos tienen poco significado. Se considera por ello que cualquier Acido fuerte esta 100% disociado en soluciones acuosas diluidas. Los dcidos débiles, por el contrario, se disocian parcialmente y el valor numérico de la constante de disociacién es muy pequeiio. KHt} fo 4 Fl i ddl | pH O 1 2 3 4 5 6 Acidez creciente AGUA 15 10° 10? 10% 104 105 106 107 10% 140°° 10-10 40-1 10-12 10°13 40-14 ITI d dd tl 7 8 9 10 11 12 #43 14 Alcafinidad creciente Neutro (a 25°C) Fig. 2-10. Correspondencia entre valores de [H*] y de pH. Las bases también pueden dividirse en fuertes (NaOH, KOH, Ca(OH)),, etc.) y débiles (NU,, trimetilamina, anilina, etc.). Las primeras se disocian compietamente en solucién. Al igual que para acidos débiles, las constantes de disociacién de las bases dé- biles (K,) reflejan e) grado de ionizacién. Una generalizacién util acerca de las fuerzas relativas de los pares Acido-base es: si un Acido es fuerte, su base conjugada es débil; si una sustancia es una base fuerte, sv dcido conjugado es débil. Concepto de pH Como el producto idnico del agua [H*][OH} tiene una magnitud constante a una determinada temperatura, basta conocer la concentracién de uno de los iones para deducir Ja del otro; no es necesario indicar la de ambos. En la practica, se ha difundido la costumbre de hacer referencia a Ja concentracién del ion hidrégeno. El manejo de magnitudes tan pequefias como las que alcanza la [H*] resulta engorroso, razén por la cual se procuré siempre buscar formas mas simples de expresién. Con ese propésito, el bioquimico da- nés Sgrensen propuso en 1909 la notacién pH, que tuvo amplia aceptacién y es la forma mds comtinmente utilizada para indicar la concentracion de iones hidrégeno. Para obtener el valor de pH se realiza una doble transformacion del valor de [H*]. Primero se toma la inversa de la concentracién de H’ y, luego, el ogaritmo de base 10 de esa inversa. Entonces, se puede definir ef pH como el logaritmo de Ja inversa de la concentracién de iones hidrégeno 0, en otros términos, el logaritmo negativo de la concentracion de H*. pH = log —log [H™] Enel caso del agua pura a 25°C [H*] = [OH] = 107M, por lo tanto: pH = log = log =log10° =7 (H'} 10 La misma notacion puede ser vsada para otras cantidades como [OH"], K,,, K,; se tendra entonces pOH, pK,, pK,, etc. 1 OH = lo, K, = log — P 8 PS, eK [OH] 4 Es conveniente tener presente las siguientes ca~ racteristicas de la notacién pH: a) No hay relacién directa entre las magnitudes de [H+] y de pH. Cuando el valor de [H*] aumenta, el de pH disminuye y viceversa. Ademds, como la escala de pH es logaritmica (no aritmética como la de [H*}), todo aumento © disminucién de una unidad en el pH indica un cambio de 10 veces en la [H*], dos unidades de pH corresponden a 100 de [H*], tres a 1000, etc. (fig. 2-10). b) Un pH igual a7 sdlo indica neutralidad a 25°C. Como la [H*] cambia con fa temperatura, también lo hace el valor de pH. El agua pura (neuira) tiene un pH de 7,5 a 0°C y de 6,1 a 100°C. A Ja temperatura de! cuerpo humano, 37°C, el pH neutro es 6.8. c) Habitualmente se dice que el pH de una solu- cién puede variar entre 0 y 14 como valores limite. Este rango cubre practicamente la totalidad de los casos que (endremos ocasién de tratar. Por ejemplo, tos valores de pH de 0 a 14 abarcan el rango de concentraciones de H> que van desde la de una solucién | M de un 4cido fuerte (pH = 0) en un extreme, hasta la de una soluci6n | M de una base fuerte (pH = 14) en el otro. Sin embargo. teéricamente [a escala puede ex- tenderse mas alld de esos limites. Al parecer, los valores de [H*] extremos que pueden obtenerse en soluciones acnosas son 10" y 15 M, que corresponden a pH IS y -1.2 respectivamente. Soluciones amortiguadoras Soluciones amortiguadoras, “buffers” o “tam- pones” son aquellas que reducen los cambios en la conceniracion de iones hidré6geno que podria pro- ducirles el agregado de pequefias cantidades de electrolito acido o alcalino. En otros términos, fre- nan las desviaciones de{ pH que fa adicién de un Acido 0 una base ocasionaria en el medio. En general, una solucién amortiguadora (tam- bién llamada sistema amortiguador) esta constituida por una mezcla de un electrélito débil (aci-16 QUIMICA BIOLOGICA do 0 basico) y una sal del mismo que acttia como electrolito fuerte. Ejemplos: Acido carb6nico - Bicarbonato de sodio H,CO, / NaHCO, Acido acético - Acetato de sodio CH,-COOH / CH;-COONa Fosfato monosédico - Fosfato disddico NaH, PO, / Na, HPO, Amoniaco - Cloruro de amonio NH, / NH, Cl Mecanismo de la accién amortiguadora de un “buffer”. Si se prepara una solucién de dcido carbé- nico, éste se disocia en jones bicarbonato (HCO;>) e hidrégeno (H"*), de acuerdo con la siguiente reaccién: H,CO, & HCO, + Ht La constante de disociacién del acido estara dada por la relacion: K, 1800. TIA) {H,CO,} Por tratarse de un electrdlito débil, en la situacién de equilibrio el nimero de iones es muy escaso com- parado con el de moléculas enteras. Si a esta solucién se le agrega una sal del mismo Acido, se constituye un sistema “buffer” 0 amortiguador. La sal sddica, por ejemplo, es un electrdlito fuerte que se disocia totalmente en anidn bicarbonato y catién sodio: NaHCO, > HCO, +Na* Puede advertirse que los dos componentes del sistema originan ion bicarbonato al disociarse; ambos poseen un ion en comtn. Como la adicién de Ja sal produce un incremento en la concentracién del ion HCO, en la solucién y el valor de la K, del dcido debe mantenerse, hay un desplazamiento del equilibrio de disociacidn del dcido carbénico hacia la formacién de moléculas enteras (efecto del ion comin), por lo cual disminuye ta ioniza- cién del H,CO,, al punto que practicamente puede considerarse a todo el dcido a} estado no disociado. Se genera asi una nueva situacion de equilibrio, ca- racterizada por Ja alta concentracién de iones bicarbonato y de moléculas enteras de dcido y por la escasa concentracién de iones hidrdégeno. Si a esta solucidn se le agrega un Acido fuerte (HCI, por ej.), e] aumento en la concentracién de jones hidrégeno que el mismo provoca, desplaza el equilibrio hacia Ja formacién de moléculas enteras de Acido carbénico, con lo cual la concentracién de éstas aumenta y la de iones bicarbonato disminuye. HC1+HCO, > H,CO, + CI En otros términos, gran parte de los iones hidré- geno procedentes del acido clorhidrico son fijados por el ion bicarbonato, dando acido carbénico no disociado. Por Jo tanto, el aumento en la concentracién de iones hidrégeno en la solucién es muy escaso y el pH casi no se modifica. Si, en cambio, al sistema buffer se le adiciona una base (NaOH, por ej.), se generan iones OH” que son fijados por los iones hidrégeno de la solucién para dar agua. Ello provoca un desplazamiento del equilibrio de disociacién del acido carbdnico hacia la derecha, generando nuevos iones hidrégeno que se combinan con OH: NaOH + H,CO, > HCO, + Na*+H,O En consecuencia, el aumento en Ja concentracién de iones OH™ en Ja solucidn es escaso y, por consi- guiente, el pH solo se altera levemente. PH de las soluciones amortiguadoras. En un sistema constituido por un Acido débil y su sal, es posible calcular el pH a partir de la constante de disociacién del a4cido y de las concentraciones iniciales del dcido y de la sal. Supongamos un “buffer” formado por el dcido débil HA y su sal, NaA. El] dcido débil se disocia de acuerdo con la ecuacién: HA =A’ + it Su constante de disociacion sera: _ IAI) ° [HA] La sal se comporta como electrélito fuerte y se di- sociard de acuerdo con Ia ecuaci6n: K NaA > A+ Nat Por tratarse de un electrélito fuerte, se disocia totalmente, de manera que en la solucién la concentra- cidn de iones negativos A’ y la concentracién de iones Na* seran iguales a la concentracién inicial de Ia sal. Comp el ion A’ es comin al dcido y a la sal, la alta concentracién del mismo en la solucién (procedente de la disociacién total de la sal) provoca un desplazamiento del equilibrio de disociacién de] dcido hacia la formacién de moléculas enteras. En la mayorfa de los casos, esta situaci6n hace que prdcticamente todo el 4cido quede no disociado y Ja concentracién de mo- léculas enteras de dcido puede considerarse igual a la concentraci6n inicial del mismo. En sa ecuacion de equilibrio de disociacién de] acido, podemos reemplazar la concentracién de ion A7 por la concentracién inicial de la sal y la concentra- cién de moléculas enteras HA, por la concentracién inicial del dcido: [sal][H™} . [acido] K despejando (H*]: TH") = [acido] xK, {sal}iomando logaritmo de la inversa: 1 [sal] 1 log ——— + log — [acide] eK, los iH) Como log 1/ [H*] = pH y log I/K, = pK,, se tiene: _ fsal} pH= pK, + log Fioido] E] pH de una mezcla amortiguadora es igual al pK del Acido (pK,) mas el logaritmo del cociente entre la concentracién inicial de Ja sal y la concen- traci6n inicial del dcido. Esta ecuacidn es conocida como ecuacién de Henderson-Hasselbaich. La capacidad amortiguadora de un sistema “buffer” frente a dcidos © bases varia segtin las concentraciones relativas del Acido con respecto a las de Ia sal enel sistema. Es maxima cuando fa concentracién del acido es igual a la de Ja sal. En este caso, el cociente [sal] / [Acido] es igual a | y, como logaritmo de | es igual a cero, de acuerdo con la ecuacién de Henderson- Hasselbalch, el pH es igual al pKa. La afirmacién anterior podria ser reformulada del siguiente modo: la capacidad de un sistema amortiguador para frenar los cambios de pH producidos en el medio por Ja adicidn de dcidos 0 bases, es maxima cuando el pH del buffer es igual al pK del Acido componente de! mismo. Curva de titulacién de dcidos y bases La titulacidn dcido-base es un procedimiento que permite determinar la concentracién o “titulo” de una soluci6n acida (0 basica) por la adicién de una cantidad medida y equivalente de una solucidén basica (0 dcida). Sea una solucién 4cida o basica de la cual se parte inicialmente, la titulacién implica una reaccién de neutralizacién. Cuando se combina igual nimero de equivalentes de dcido y de base, se esté en el punto de equivalencia. A medida que transcurre Ja reaccién se producen cambios progresivos en ef pH del medio y cuando se llega al punto de equivalencia, una pequefia cantidad adicional de acido o base causa un cambio répido y marcado de pH. Los valores de pH en cada paso de la titulacién pueden ser determinados mediante métodos potenciométricos. La marcha de este proceso de neutralizaci6n puede representarse mediante Jas Ilamadas curvas de titu- laci6n, en las cuales se indican los cambios producidos en ef pH, en funcién del volumen de solucién acida o basica de concentracién conocida que se agrega. Los valores de pH se indican sobre el eje de ordena- das y los voltimenes de dcido o base afiadidos, sobre e] de abscisas (fig. 2-11). En el curso de la valoracién de un dcido 0 una base débil por una base 0 Acido fuerte, se forma en el medio un sistema buffer, la concentracién de cuyos componentes va cambiando AGUA 17 100 % CH, 50 % CH; ~COO~ 50 % CH3 — COOH ‘ t 8 8 7 6 pH 5 ‘4 3 pH = pK = 4,76 2 1 100 % CH3 — COOH 5 10 Volumen NaOH 0,1 N agregado (ml) Fig. 2-11. Curva de titulacién de dcido acético. E) area en rosa indica la zona de amortiguacién. a medida que avanza la titulacién.’Los cambios de pH que se producen en las distintas etapas de la neutralizacién aportan datos de interés relacionados con la capacidad amortiguadora del sistema. Analizaremos a continuacién una curva de ti- tulacién de un dcido débil, tomando como ejemplo la neutralizacién de 10 ml de Acido acético 0,1 N mediante el agregado de solucién de NaOH 0,1 N El acido acético se disocia débilmente, dando iones Ht y acetato (CH,— COO’): CH,-COOH = H*+CH,-COO- La constante de disociacién del dcido estar4 representada por la relacién: _ [H"][CH, - C007} [CH, - COOH] El valor de K, del Acido acético a 25°C es 1,74 x 105 M yelde pK, es 4,76 En el sistema intervienen dos equilibrios, e) de di- sociacién del acido acético, ya sefialado, y el de ionizacién del agua de la solucién (K,, = (H*] {OH™)), que se han de cumplir a lo largo de la titulaci6n. Para simplificar, s6{o atenderemos al del Acido. Antes de iniciar la adici6n de NaOH, e} pH del medio es el correspondiente al de la solucién 0,1 N de cido acético. Al agregar NaOH, se produce Ja reaccisn: CH,-COOH + NaOH - CH, COO- + Nat +H,0 Los OH” afiadidos se combinan con H* para formar moléculas de H,O. La disminucién de [H*] es com- pensada por la disociacién del acido para formar acetato (sal). El valor de K, se mantiene. E] Acido dé- bil que queda sin neutralizar, mas el acetato que se forma, constituyen un sistema amortiguador cuyo pH puede ser calculado aplicando la ecuacién de Henderson-Hasselbalch. Cuando se ha llegado a neutralizar e) 50% del acido originalmente presente, existira en el medio igual cantidad de acido y de acetato (sal). En este punto, el valor de] pH coincidira con el pK, (4,76) (fig. 2-11).18 QUIMICA BIOLOGICA Si se contintia la titulaci6n, el acido restante se convierte gradualmente en acetato hasta neutrali- zarse totalmente cuando el nimero de equivalentes de base iguala al de dcido existente al comienzo de (a experiencia. En este momento se produce una brus- ca inflexién hacia arriba de la curva; se ha )legado al punto de equivalencia. El pH en este punto no es el correspondiente a ja neutralidad, sino que esta desplazado hacia et lado alcalino (8,72). Esto se debe a la hidr6lisis del acetato, que produce aumento de [OH]: CH,- COO" + H,O = CH;—COOH + OH- Resulta de interés destacar el aplanamiento de la curva a ambos Jados de! punto medio de titulacién (fig. 2-11). En una zona que abarca aproximadamente una unidad de pH por arriba y por debajo de ese punto medio, las adiciones de alcali producen relativamente menos variacién del pH que hacia los extremos de la curva. Ello indica que la capacidad amortiguadora de! sistema buffer formado es mayor en esa zona y que depende del valor de la relacién [sal] / [Acido]. E} rango dentro del cual el sistema es efectivo va desde el valor 1/10 hasta 10/1 en Ja retacién [sal] / [Acido] y la capacidad es méxima cuando el cociente es igual a 1 (pH = pK,). Aplicando estos valores a la ecuacién de Henderson-Hasselbalch: [sal] [Acido] pH = pk, + log para {sal] / [acido) = 1/10: pH = pk, + log = pK, + log lo" = pK, -1 para [sal] / [Acido] = 1: pH = pK, + logl=pK, + 0=pK, para [sal] / [Acido] = 10/1: pH =pK, + log “- pk, + log10' = pK, +! Como conclusién, puede afirmarse que un buffer tiene mayor capacidad de amortiguacién dentro del ‘rango de pH comprendido entre + 1 + pK, del sistema. APENDICE Expresién de concentraciones Concentracién es la relacién entre cantidad de soluto y la de solucién o de solvente. Se utilizan distintas tipos de expresidn. Concentracién porcentual. Para Jos componentes de lfquidos biolégicos es comin indicar la cantidad de soluto (en masa: g, mg, 1g, ng) disuelta en 100 partes de solvente (en volumen: 100 mL; se ha difundido el uso de una unidad equivalente, el decilitro: 1 dL = 0,1 litro = 100 mL). Molaridad. Una cantidad de cualquier elemento igual a su peso atémico en gramos (Atomo gramo) contiene 6,022 x 10” dtomos (mimero de Avogadro). Por ejemplo, en | g de 'H oen 12 g de °C existe el mismo ntimero de atomos: 6,022 x 107. Una cantidad de cualquier compuesto igual a su peso molecular en gramos (molécula gramo) posee 6,022 x 10 moléculas. Por ejemplo, 180 g de glucosa (CgH).0,), 60 g de urea [CO(NH,),], 0 142 g de Na,HPO,, contienen 6,022 x 10 moléculas. Puede definirse a un mol como la cantidad de materia que posee un ntimero de Avogadro de particulas (electrones, iones 0 moléculas). Frecuentemente se usa una unidad mil veces menor, el nilimol (mmol). En ciertos casos es necesario recurTir a unidades atin menores, como el micromol (umol), igual a 10 mol, o el nanomol (nmol), igual a 10° mol. Molaridad es el ntimero de moles de soluto existente en un litro de solucidn y se indica por la notacién. M (m maytiscula). Una solucién | M contiene un mo! de soluto disuelto en | lito de solucién: una 0,5 M contiene medio mol por litro; una 3 M, tres moles por litro. Si se tiene una solucién 0,2 M de CaC1,, su concentracion sera de 0,2 mol de cloruro de calcio por litro de solucién. Como esta sal se disocia segtin la ecuacion: CaCl, > Ca** + 2Ch la concentracién de ion calcio en Ja solucién sera 0,2 M, ya que se forma igual ntimero de iones calcio que el de moléculas originalmente presentes en la solucién (suponiendo total disociacidén). En cambio, cada molécula de CaCl, origina dos iones cloruro, de modo que la concentracién de Cl serd 0,4 M. La molaridad corresponde a fa relacion: _ Moles Volumen (en litros) La cantidad de moles existentes en una masa dada de sustancia se calcula por la relacién: Masa (g) Peso molecular (g/mol) Dadas las bajas concentraciones de algunos iones o sustancias en lfquidos bioldgicos, resulta a veces mas conveniente expresarlas en milimoles (concentracién milimolar o mM) o en micromoles (concentracién micromolar o LM) por litro. Para calcular la molaridad de una solucién cuando se conoce su concentracién en gramos por litro, se aplica la formula: tracion (g/] Molaridad (M/L) = Concentracton (g/L) Peso molecular (g/mol)Generalmente, las concentraciones de muchas sustancias en liquidos orgdnicos se dan en mg por 100 mL o aL. Es preferible expresar la molaridad en milimoles por litro (concentracién mM) que se calcula a partir de Ja concentracién en mg por dL utilizando {a formula: Concentracion (mg/dL) x 10 Molaridad (mM/L) = Peso molecular (g/mol) Por ej., la concentracién de calcio en plasma es 10 mg por dL o 100 mL (peso atomico del Ca: 49). Su molaridad en milimoles por litvo (mM) sera: 10x10 | mM MolaridadG@mM) = Molalidad. Es el nimero de moles de solute por 1.000 g de solvente. Se indica con el simbolo m (m mintiscula). Esta notacién tiene la ventaja de que la concentraci6n no es influida por la temperatura y es util para los cdlculos de puntos de ebullicién o de congelamiento de soluciones. En la practica quimica, sin embargo, se utilizan mas frecuentemente soluciones molares, pues es comun utilizar unidades de volumen al preparar soluciones. En este caso, es importante indicar la temperatura a la cual fue preparada la solucidn. Equivatentes. Es habitual expresar concentraciones en términos de equivalente quimico (Eq). Un equivalente gramo 0 peso equivalente es e] peso en gramos de un elemento, ion o compuesto que puede des- plazar a, o combinarse con, | g de bidrégeno u 8 g de ox{geno. En reacciones de éxidorreduccién, | Eq es la cantidad de sustancia que gana o pierde un mol de electrones. En reacciones dcido-base, 1 Eq es la cantidad de dcido 0 base que Jibera o capta un mol de protones. El peso equivalente es en realidad una unidad reactiva; de alli su utilidad en quimica. Expresando la concentracién en Eq es posible comparar el nimero de unidades quimicas que se combinan. Un Eq de un agente oxidante reacciona exactamente con ] Eq de un reductor. Un Eg de acide es neutralizado precisamente por | Eq de base. Un Eq de Nase combina exactamente con | Eq de Cl, de bicarbonato o de fosfato. El peso equivalente de un elemento se calcula di- vidiendo su peso atémico por el ntimero de electrones (n) que un Atomo de elemento gana o pierde al reaccionar. Para acidos 0 bases, se divide el peso de un mol por el ntimero de protones (7) que cada molécula de acido o base cede o acepta. En el caso de un ion, se divide el peso de un mo! por el ntiimero de cargas eléc- tricas (7) que posee. Asi, un equivalente de sodio es 23/1 = 23 g; un equivalente de cloruro, 35,5/1 = 35,5 g; un equivalente de calcio, 40/2 = 20 g; un equivalente de bicarbonato (CO;H). 61/1 = 61 g; un equivalente de fosfato (PO,*), 95/3 = 31,6 g. Como las concentraciones de electrélitos en los Jiquidos orgdnicos son bajas, se acostumbra expresarlas en miliequivalentes (mEq) por litro. Un miliequi- valente es la milésima parte de un eguivalente. Frecuentemente, la concentracién de un determinado ion en liquidos bioldgicos es indicada en AGUA 19 miligramos por dL y resulta necesario convertir esta expresién en miliequivalentes por litro. La formula de conversién que se utiliza en ese caso es la siguiente: n (mg/dL) x 10 x = mEq por litro Peso atéimico Ejemplos: la concentracién de sodio en plasma es de 322 mg por dL. Expresada en mEq por litro, dicha concentracién sera: 322% 10x =- 140 mEq por litro La concentracion de calcio en plasma es de |0 mg por dL. Expresada en mEq/L sera: 2 - 10x10 x <= 5 mEq por hitro Potencias de 10 Los ntimeros de muchas cifras pueden expresarse, més simplemente, como potencias de 10: 10.000.000 = 10? 7.320.000 = 7,32 x 10° 0,00001 = 10% 0,00000732 = 7,32 x 10° 1/10.000.000 = 0,0000001 = 107 1/10.000 = 0,0001 = 10 Muttiplicacién de potencias de 10 E! producto de potencias de 10 es igual a una potencia de LO cuyo exponente es el resultado de Ja suma algebraica de los exponentes de los factores: £08 x 10° = 10" 10° x 10’ = 107 10* x 10% = 10°? 108 x 10°? x 107 = 1077 Divisidn de potencias de 10 El producto de potencias de 10 es igual a una potencia de 10 cuyo exponente es el resultado de la diferencia entre Jos exponentes de dividendo y divisor: 105+ 109= 10~ 10° = 104= 10'° Concepte de logaritmo Logaritmo de un numero es ej exponente al que hay que elevar la base para obtener ese niimero. En las paginas precedentes hemos utilizado logaritmos decimales, en los cuales la base es 10. En este caso, entonces, logaritmo es el exponente al cual hay que elevar la base 10 para obtener ese numero. E] logaritmo de {0 es la unidad: log 10 = log 10! =20 QUIMICA BIOLOGICA El logaritmo de 1 es 0: log 1 =log 10°=0 El logaritmo de un producto es igual a la suma de los logaritmos de los factores: log (ax b) = loga+logb El logaritmo de un cociente es igual a la diferencia de los logaritmos de dividendo y divisor: loga+b=loga—logb RESUMEN Alrededor del 65% del peso corporal de un adulto humano estd representado por agua. El punto de fusidn, el de ebullicién, e! calor de vaporizacién, etc., del agua son mds altos que los de otras sustancias comparables. Esas propiedades se explican si se tiene en cuenta la estructura molecular del agua. Los elementos que Ja constituyen (H-O-H) se disponen formando un Angulo de 104,5°, lo cual determina que el conjunto sea polar, ya que la carga negativa (alrededor del vértice, formado por e] O) y la resultante de Jas cargas positivas de los niicteos de H estan localizadas en sitios distintos. Esta distribucién de cargas permite la formacién de enlaces de hidrdgeno entre las moléculas (1a carga positiva de un H de una molé- cula es atraida por la negativa del O de otra). Se pueden formar asf complejos de formula (H,O),. Estos complejos poliméricos son mas comunes en el agua sdlida (hielo) y liquida que en el vapor de agua. Cada molécula de agua puede formar “puentes de hidrégeno” con otras cuatro. En el hielo se forma una trama cristalina regular, con distancias fijas entre las moléculas. En el agua liquida, los puentes de H se forman y sé rompen con facilidad (en)aces “oscilantes” o “fluctuantes”) y las moféculas tienen libertad para acercarse mas, raz6n por ta cual el agua liquida es mas densa que el hielo. Gracias a su cardacter polar, las moléculas de agua interactian con las de otras sustancias. Los compuestos idnicos y los polares no idnicos establecen atracciones electrostaticas y puentes de hidrdégeno, respectivamente. con las moléculas de agua y forman con ellas soluciones estables. Se dice que son sustancias hidrofilas. Los compuestos apolares, en cambio, son hidréfobos y no se disuelven en el agua. Hay sustancias anfipaticas, que presentan grupos hidréfilos ¢ hidréfobos en una misma molécula (por ejempl fosfolfpidos, jabones de Na o de K). En el agua estas sustancias forman micelas, en las cuales las molécu- las estan orientadas, con sus grupos polares dirigidos hacia la superficie, en contacto con el medio acuoso. E] agua es un electrélito débil. Se disocia en iones hidrdgeno e hidroxilo. En el agua pura a 25°C, la concentracién de iones hidrégeno [H*} es 0,0000001 m o 107 m. Obviamente, la de iones hidroxilo [OH] es igual. E} producto [H*] x [OH-} es un valor constante, designado producto idnico del agua (K,). Su valor a 25°C es: K,, = [H*] x [OH") = 107 x 107 = 10°'*. Esta constante se mantiene tanto en el agua pura como en soluciones acuosas. Por ta razén, cuando se agrega en solucién acuosa una sustancia que produzca aumento de [H*] 0 de [OH], inmediatamente ocurre una disminucién de {OH™] o de [H*], respectivamente, para que e) valor del producto [H"] x [OH] siga siendo 10"*. Acidos y bases. Cuando [H*] es igua} a [OH], la solucidn es neurra. Toda sustancia que al disolverse en e] agua produzca aumento de [H*} es dcida; las que disminuyen la [H*] son bases 0 dlcalis. Segin Bronsted y Lowry, son 4cidos los compuestos 0 iones capaces de ceder protones (H*) a lasolucién, y bases, los que pueden aceptar protones del medio. Para simplificar la expresién de [H*] se propuso la notacion pH. El pH corresponde al logaritmo de la inversa de la (H*] 0, en otros términos, al logaritmo negativo de [H*]. Para el agua pura a 25°C, {H*] = 107 m y el pH =-log 107 = 7. A esta temperatura, son dcidas las soluciones que tienen pH por debajo de 7, y alcalinas o basicas, las de pH superior a7. Soluciones amortiguadoras o buffers. Reducen los cambios en la [H*) producidos por adicién de aci~ dos © bases. Una solucién o sistema buffer est4 generalmente constituido por una mezcla de un electrélito débil (mas cominmente un 4cido débil) y una sal de éste que acttia como electrélito fuerte. El pH de las soluciones amortiguadoras puede ser calculado conociendo la constante de disociacién del acido (K,) y las concentraciones iniciales del Acido y de la sal. La ecuacién de Henderson-Hasselbalch expresa esa relacién: pH = pK, + log [sal] . [écido} Las soluciones amortiguadoras tienen mayor capacidad de amortiguacién dentro del rango de pH comprendido entre + 1 + pK,. La curva de titulacién de dcidos débiles se obtiene representando en un sistema de coordenadas los cambios de pH producidos al neutratizar un acide débil mediante una base fuerte. Las concentraciones de los componentes del sistema buffer que se forma en el curso de la titulacién van cambiando a medida que se agrega base. Se observa que la capacidad de amortiguacién es maxima cuando el pH es igual al pK,. -CAPITULO 3 Proteinas http://booksmedicos.blogspot.com Las proteinas ocupan un lugar de maxima importancia entre las moléculas constituyentes de Jos seres vivos. En los vertebrados, las proteinas son los compuestos orgdnicos mds abundantes, pues representan alrededor del 50% del peso seco de los tejidos. Practicamente todos los procesos bioldgicos dependen de la presencia y/o actividad de este tipo de sustancias. Bastan algunos ejemplos para dar idea de la variedad y trascendencia de funciones a eJlas asignadas. Son protefnas casi todas las enzimas, catalizadores de reacciones quimicas en organismos vivientes; muchas hormonas, reguladores de actividades celulares; la hemoglobina y otras moléculas con funciones de transporte en Ja sangre; anticuerpos, encargados de acciones de defensa natural contra infeccio- nes 0 aggntes extrafios; los receptores de las cé- lulas, a los cuales se fijan moléculas capaces de desencadenar una respuesta determinada; la actina y |a miosina, responsables fmales del acor- tamiento del musculo durante Ja contraccién; el colégeno, integrante de fibras altamente resisten- tes en tejidos de sostén. Se ha avanzado enormemente durante los ultimos 50 afios en el conocimiento de este grupo de sustancias; hoy es posible interpretar mecanismos fntimos que condicionan muchos procesos vitales y, sobre todo, demostrar la estrecha relacién existente entre estructura molecular y funcién. Uno de los problemas mas dificiles planteados inicialmente a Jos investigadores en este campo fue aislar y purificar una determinada proteina a partir de la complejisima mezcla de moléculas que constituye la materia viva. El perfeccionamiento de méto- dos de separacién ha permitido obtener proteinas al estado puro. cristalino, apto para e! estudio de su estructura y propiedades. Todas las protefnas contienen carbono, hidré- geno, oxigeno y nitrégeno y casi todas poseen también azufre. Si bien hay ligeras variaciones en diferentes proteinas, el contenido de nitrége- no representa, término medio, 16% de la masa total de la molécula; es decir, cada 6,25 g de proteina contienen 1 g de N, E} factor 6,25 se utiliza para estimar la canudad de proteina existente en una muestra a partir de la medicién del N de la misma. Las proteinas son macromoléculas formadas por aminodcidos Las protefnas son moléculas de enorme tamafio; pertenecen a la categoria de macromolé- culas, constituidas por gran numero de unidades estructurales. En otros términos, se trata de polimeros (poli: muchos; meros: partes). Debido a su gran tamafio, cuando estas molécu- las se dispersan en un solvente adecuado, forman obligadamente soluciones coloidales, con caracteristicas que las distinguen de las soluciones de moléculas pequefias Por hidrélisis*, las moléculas proteinicas son escindidas en numerosos compuestos relativamente simples, de pequefio peso, que son las unidades fundamentales constituyentes de la macro- molécula. Estas unidades son los aminodcidos, de los cuales existen veinte especies diferentes. Cientos o miles de estos aminodcidos pueden participar en la formacién de Ja gran molécula polimérica de una proteina. Como los aminoacidos son los bloques unita- ris 0 “ladrillos” con los cuales se construye el gran edificio molecular de las protefnas, se considerara en primer término su estructura y propiedades. * Se denomina hidrélisis a la ruptura de un enlace covalente por adicién de agua: R-R’+H.OH — RH+R’OH. 2122, QUIMICA BIOLOGICA AMINOACIDOS Los aminoacidos constituyentes de protefnas son compuestos con un grupo acido, carboxilo (-COOH) y un grupo bdsico, amina (—-NH,), unido al carbono o (el carbono © de un Acido orga- nico es el inmediato al carboxilo). Son, entonces, O-aminodcidos y su férmula general es: f HN-C—H COOH donde R corresponde a la cadena lateral, diferente para cada uno de los veinte aminodcidos distintos que se obtienen de fa hidrélisis de proteinas. De acuerdo con la formula general presentada, todos Jos aminodcidos (excepto glicina, en la cual R es un hidrégeno) tienen las cuatro valencias ” del carbono « saturadas por grupos diferentes. Este hecho determina la existencia de dos isé- meros Opticos, con configuracién espacial distinta, para cada aminodcido. Isomerta dptica Se denomina isémeros a compuestos diferentes con la misma férmula molecular. Contienen igual ndmero y clase de dtomos, pero unidos entre sf de manera distinta. Cuando difieren en su disposicién espacial, se tienen is6meros espaciales 0 estereo- isémeros, categoria a la cual pertenecen los isémeros dpticos. Segiin la teorfa tetraédrica. los cuatro enlaces de! dtomo de carbono son equivalentes y orientados hacia los vértices de un tetraedro regular. Cuan- do cada una de Jas valencias esta saturada por elementos © grupos atémicos diferentes, la molécula yesulta asimétrica. Se dice en ese caso que el carbo- ho es ayimétrico. Por ejemplo, en el aminodcido alanina: T° H:N-C—H COOH el carbono en rojo es asimétrico porque estd unido a cuatro grupos atémicos distintos (-H, -CH,, -NH, y -COOH). Los grupos unidos al carbono asimétrico central pueden ser dispuestos en el espacio de dos maneras diferentes. De ello resultan dos moléculas. cada una de las cuales es la imagen en el espejo de la otra. Estos is6meros no son superponibles; guar- dan entre si la misma relacién existente entre la mano izquierda y la derecha, de allf el nombre de compuestos quirales dado a este tipo de isémeros (del griego kiros: mano). Se los conoce también como isémeros dpticos, enantiomorfos 0 enantidmeros. La figura 3-] presenta los dos isémeros épticos de la alanina. Pig. 3-1. Enantiémeros de alanina. Isémeros de este tipo poseen muchas de sus propiedades quimicas iguales y propiedades fisicas idénticas, excepto su capacidad para desviar el plano de vibracién de la luz polarizada en uno u otro sentido. Luz polarizada. Un haz de luz ordinaria esté compuesto por vibraciones dispuestas en todos los planos que se intersectan en el eje de propagacién del haz (fig. 3-2). Se llama luz polarizada a aquella cuyas vibraciones ocupan sélo uno de esos planos. Se puede obtener luz polarizada haciendo pasar un haz de luz ordinaria a través de un prisma de Nicol (dis- positivo construido con cristales de calcita). o de un material sintético Namado Polaroid. La luz que ha atravesado estos medios esté constituida por vibraciones en un solo plano. A. Representacién ideatizada de un haz de luz . Se indican algunos de los infinitos planos que se intersectan en c] eje de propagacién del haz y en los cuales tienen lugar las vibraciones que componen la luz. B. Haz de luz polarizada. Las vibraciones sélo ocupan un plano. Los circulos a la derecha representan el corte uans- versal ideal del haz de tuz. Actividad éptica. Si un haz de luz polarizada atraviesa una solucién de un compuesto quiral, €l plano de vibracién es rotado sobre su eje y desviado a otra posicién (fig. 3-3). Se dice que la sustancia es opticamente activa. Por convencién, cuando el giro tiene el sentido det movimiento de las agujas de} reloj, se lo considera hacia la derecha 0 positivo (+); !a rota- ci6n en sentido contrario es izquierda 0 negativa (—).Fig. 3-3. Rotacién de Ja luz polarizada. El plano de vibracién de la Juz, después de atravesar el tubo que contiene una solucién de una sustancia 6pticamente activa, es desviado de su posicidn original (en este caso, hacia la derecha). Los compuestos que desvian hacia la derecha el plano de vibracién de la luz polarizada se Ilaman dextrorrotatorios 0 dextrdgiros y los que lo rotan hacia fa izquierda son levorrotatorios o levégiros. La magnitud de la rotacién se determina mediante un aparato llamado polarimetvo, que permite medir el Angulo del giro producido en el plano de fa luz. En condiciones determinadas de temperatura, longitud de onda de la luz incidente, concentracién de sustancia en la solucién y espesor de solucién recorrido por la luz, cada compuesto produce un giro definido del plano de la luz polarizada, correspondiente a la rotacidn especifica, caracteristica para cada sustancia 6pticamente activa. Los dos is6meros 6pticos de un mismo compuesto desvian la luz polarizada en un dngulo exactamente igual, uno hacia la derecha (dextrégiro) y el otro hacia la izquierda (levégiro). Notacién. Los isémeros dpticos se distinguen por la configuracién de los cuatro sustituyentes en torno al atomo de carbono quiral 0 asimétrico, lo cual se puede determinar mediante estudios de difraccién de rayos X. El compuesto de referencia es el gliceraldehido. Los dos isémeros dpticos de esta sustancia, uno levégiro y otro dextrdgiro, se designan anteponien- do al nombre las letras L y D respectivamente y sus férmulas se indican de la siguiente manera: H H ¢ / ooo C=O, TOS MiP ese CH20H CH2OH L-gliceraldehido D-gliceraldehido Ej isémero L es representado con el] hidroxilo unido al carbono asimétrico hacia la izquierda y el isémero D, con dicho grupo hacia la derecha. Por convencién, todos los compuestos de con- figuraciédn comparable a la del L-gliceraldehido, son denominados L, aun cuando no sean levégiros, y los relacionados con la disposicién espacial del D- gliceraldehido, son Jlamados D aunque no sean dextrégiros. De este modo, D y L denotan {a confi- guracién, y no corresponden en todos los casos a compuestos dextrégiros y levégiros respectivamente. Por esta raz6n se debe indicar el sentido de la rotacidn con un signo (+) o (-) a continuacién de la PROTEINAS 23 letra. La L-alanina, por ejemplo, tiene una rotacién especifica de +1,8°; su notacién es L(+)-alanina. CHg CHa HN-C-H H=G=NH, COOH COOH L-alanina D-alanina Para evitar las ambigiiedades de la designacién D-L, se ha propuesto otro sistema, llamado RS. En este texto seguiremos utilizando Ja notacién D-L. Todos los aminodcidos, excepto la glicina. presentan is6meros D y L. Los aminodacidos isoleucina y treonina tienen un segundo carbono asimétrico ade~ mas del o, razén por la cual existen cuatro is6meros de cada uno. Sdlo uno de esos cuatro participa en Sa constitucién de proteinas. Las células de los seres vivos distinguen con gran eficiencia los estereoisémeros. S6lo los aminoacidos de configuracién L son incorporados a proteinas y presentan mayor interés en bioguimica humana. A ellos nos referiremos casi exclusivamente en lo sucesivo. En los casos en los cuales no se an- lepone letra al nombre, debe entenderse que se trata de L-aminodcidos. Clasificacién de aminodcidos De los c-aminodcidos obtenidos por hidrdlisis de protefnas, la mayoria posee un grupo dcido carboxilo y un grupo basico amina, raz6n por la cual se los considera neutros. Dos de ellos tienen un grupo carboxilo adicional que les confiere cardcter 4cido, mientras otros poseen grupos basicos adicionales. Dos de los aminoacidos contienen azufre en su molécula, Finalmente hay uno, denominado prolina, en el cual el carbono adya- cente al de la funcién carboxilo forma parte de un ciclo. A continuacidn se presentan los aminodcidos constituyentes de proteinas, agrupados segtin las caracteristicas de sus cadenas Jaterales. Habitual- mente se utilizan notaciones abreviadas, una de tres y otra de una letra, para indicar cada aminodcido. Ambas figuran al pie de la formula respectiva. Las cadenas laterales se representan en rojo.24 QUIMICA BIOLOGICA (minodcidos alifaticos neutros n cadena no p Glicina posee sdlo un hidrédgeno ademas de los grupos carboxilo y amina; estos grupos polares predominan claramente en su molécula. Alanina, con un metilo como cadena Sateral, es mas soluble en agua que los siguientes, en los cuales -la cadena hidrofdébica es de mayor tamafio. Valina, leucina e isoleucina tienen cadenas apolares ramificadas. CH H.N-G—H HaN—G—H COOH COOH Glicina o glicocola Alanina (Gly - G) (Ala - A) H ~H Cr i HoN ~¢ —H COOH Valina (Val - V) HC CH Ta | CH | CH—-CH3; | } HN GH HN-C-H COOH COOH Leucina Isoleucina (Leu -L) (lle - T) Aminodcidos alifaticos neutros cen cadena polar no ionizable Serina y treonina contienen en su cadena Ja- teral una funcién hidroxile que les otorga caracter polar. CH. CH. | CH-OH Treonina (Thr - T) Serina (Ser - S) Aminodcidos neutros aromdticos Fenilalanina posee un nticleo bencénico y triptdfano, el nucleo heterociclico indol; ambos apolares y marcadamente hidréfobos. Tirosina tiene un hidroxilo fendlico que le da polaridad. Por encima de pH LO libera un proton y adqutere carga negativa. he \ HN CH HaN-G-H COOH COOH Fenilalanina Tirosina (Phen - F) (Tyr - Y) ie = H ¢ — COOH I] ae, H N’ j H Triptéfano (Trp - W) Los aminodcidos aromaticos absorben fuertemente la luz en la regi6n ultravioleta del espec- tro (280 nm). Esta propiedad es usada para detectar la presencia de proteinas en una muestra. Aminodcidos con azufre Cisteina contiene el grupo —SH (sulfhidrilo), ligeramente polar; a pH 9 libera un protén. La cadena lateral de metionina es apolar. —CH; CH2:—SH HN-G—H HiN-C-H COOH COOH Cisteina Metionina (Cys-C) (Met - My Aminodcidos dcidos (dicarboxilicos) Acido aspdrtico y dcido glutdmico son aminodcidos con un carboxilo adicional que puedeliberar un protén y adquirir carga negativa al pH de los liquidos bioldgicos. A menudo se los designa con el nombre de la forma ionizada, aspartato y glutamato. COOH | CH: C H H.N-C—H HN-G—H I COOH COOH Acido aspartico Acido glutamico (Asp - D) (Giu - E) Asparragina y glutamina son derivados de los aminodcidos dcido aspartico y glutamico respectivamente; poseen funcién amida en el carbono distal al Ca. A diferencia de sus analogos acidicos, asparragina y glutamina no tienen carga en su cadena-lateral, pero son decididamente polares )—NH CO— NH ¢ H NCH HNC ~H COOH COOH a Asparragina Glutamina (Asn - N) (Gln - Q) Aminodcidos basicos Son aminodcidos con carga positiva al pH rei- nante en las célutas. Lisina, con una funcién amina adicional, y arginina, con un grupo guanidino, pueden aceptar protones. CH CH HN-C-H HiN-C—H COOH COOH Lisina Arginina (Lys - K) (Arg - R) Histidina tiene e] niicleo heterociclico imidazol, uno de cuyos nitrégenos puede adquirir una PROTEINAS 25 carga positiva. El] pK de ionizaci6n del imidazol en la cadena de histidina es de alrededor de 6,0. Todos los aminodcidos basicos son fuertemente polares. ve c — COOH H Histidina (His - H) En la proteina del colageno se encuentra hidroxilisina, derivado de la lisina con un hidroxilo en el carbono 5 (los carbonos de la cadena se cuen- tan a partir del que posee la funcidn carboxilo). Prolina En Ja prolina e] carbono o y el nitrégeno a é) unido estan incluidos en un ciclo pirrolidina. El compuesto tiene cardcter alifatico. N _7_ COOH H H bE} 4-hidroxiprolina Algunos autores consideran que el nitrégeno forma una funcién imino (=NH), razon por la cual jlaman a la prolina iminodcido. La inclusion del carbono ay el N en el anillo otorga a las uniones de esos atomos mayor rigidez que la existente en los otros aminodcidos. En algunas proteinas se encuentra un derivado hidroxilado de la prolina, la hidroxiprolina. Otros aminodcidos Los aminodcidos presentados participan en Ja constitucién de protefnas. Algunos de ellos suelen sufrir modificaciones por adicién covalente de diferentes grupos. Por ejemplo, ademas de 4-hidroxiprolina y 5-hidroxilisina, ya mencionados, fosfoserina, y y-carboxiglutaémico. 12—H2N i HOOC H—c4oH ‘ ' CHz a i CH CH i HN — ¢ -H —C-H HAN ~¢ COOH COOH Acido. 5-hidroxilisina y-carboxiglutamico26 = QUIMICA BIOLOGICA Existen otros aminodcidos biolégicamente importantes, como B-alanina, D-alanina, sarcosina, y-ami- nobutfrico, D-acido glutdmico, ornitina, homoserina, tiroxina, citrulina (pag. 293), homocisteina (pag. 300), a los cuales se los encuentra libres o integrando moléculas no protefnicas. @ 12— 0 — PO3H2 Chis N2 H2N — c —H CHe COOH COOH O-fosfoserina B-alanina CHs CH2—NHp ‘ ot i ot COOH COOH Sarcosina Acido ‘y-aininobutirico GH ~NHz CHe OH Ee HoN— ¢ —H COOH Oo Omitina ! or CH2—OH LJ CH, CHe HNC -H HN CTH COOH COOH Hamoserina Tiroxina Propiedades de aminodcidos Las propiedades de la cadena de cada amino- Acido permiten predecir su comportamiento. El grupo sulfhidrito de cistefna es altamente reactivo y con facilidad se combina con otro similar para formar uniones disulfuro (-S—S-). Dos cistefnas ligadas por este tipo de enlace covalente forman, cistina. CH: =S-—8= re | H2N ~¢CH HN-G-H COOH COOH Cistina E] grupo carboxilo adicional de acidos aspartico y glutamico, ademds de otorgarles caracter 4ci- do, da a estos aminoacidos la propiedad de interactuar con sustancias basicas para formar uniones de tipo salino. También pueden establecer atracciones electrostaticas de este tipo los aminoacidos diaminados. Las caracteristicas de las cadenas laterales permiten agrupar los amninodcidos en: Polares: glicina, serina, treonina, cistefna, tirosina, acido aspdrtico, dcido glutdémico, asparragina, glutamina, lisina, histidina y arginina. Apolares: alanina, valina, leucina, isoleucina, metionina, fenilalanina, tript6fano y prolina. Propiedades dcido-base de aminodcidos La existencia, en una misma molécula, de grupos acido y basico, da a los aminodcidos propiedades eléctricas particulares. Como se ha visto, el grupo carboxilo se comporta como dcido o dador de protones: -COOH > -COO- + H* el grupo amina acepta protones; acttia como base: -NH, + Ht — -NH;,* En las férmulas precedentes se ha presentado a los aminodcidos con sus funciones no ionizadas, situacién improbable en los medios biolégicos. En realidad, al estado cristalino o en soluciones acuosas, estos compuestos se encuentran disociados, con cargas positiva y negativa sobre la misma molécula. Por esta raz6n, se dice que los aminodcidos son iones dipolares, anfolitos 0 anfoteros. El vocablo aleman zwitterion también se utiliza para designar este tipo de iones. Por ello, es mds correcto representar a los ot-amino- Acidos como iones dipolares (en rojo, }os grupos disociados): R | *H3N -C—H ! coo" En soluciones acidas fuertes, el ion dipolar capta un ion hidrégeno o protén a nivel de su carboxilo, ef cual, en esas condiciones, se comporta como una base. El aminodcido se convierte entonces en un ion con carga positiva 0 cation, es decix, migra hacia e] cétodo si se establece un campo eléctrico en la solucién.i : I *H,N-C—H +H’ > "HIN- CH I coo- COOH En solucién alcalina, el proton de la funcién -NH,* reacciona con iones hidroxilo para formar agua y e] aminodcido queda cargado negativamente (ion negativo 0 anidn). Es decir, a un pH fuertemente alcalino, el grupo -NH,* se comporta como acido, f j "HaN —G—H + OH" > HN C—H + 20 coo" coo” La carga eléctrica del aminodcido depende del pH de! medio en el cual esta disuelto. Si la con- centracidn de iones hidrégeno aumenta en el medio, los iones -COO- (carboxilato) captan protones, disminuyen progresivamente las formas iéni cas dipolares y se forman cationes. En cambio, cuando disminuye la concentracién de H*, esto es, aumenta la de OH”, los grupos -NH;* ceden H*, pierden su carga y se forman aniones. Hay un valor de pH, caracteristico para cada aminoacido, en el cual Ja disociacién de cargas positivas y negativas se iguala y, por lo tanto, la PROTEINAS 27 carga total del aminoacido es nula. A este valor de PH se lo denomina punto isoeléctrico (pHi o pl). En estas condiciones, el aminoacido no tiende a desplazarse hacia ninguno de los polos cuando se establece un campo eléctrico a través de la solucion. En los aminodcidos dicarboxilicos o diaminados existe un grupo disociable adicional. Al ana- lizar el comportarniento del acido aspartico, por ejemplo, se puede comprobar que en un medio Acido fuerte est completamente protonado. Si se alcaliniza la solucién por adicién de una base fuerte (NaOH), el aminoacido cedera protones. El acido aspartico forma sucesivamente distintas especies iénicas a medida que el pH aumenta (fig. 3-4). Andloga comprobacién se puede hacer con aminoacidos diaminados como, por ej., Ja lisina (fig. 3-5). Curva de titulacién de aminodcidos El estudio de las curvas de titulacién de acidos y bases débiles, consideradas en el capitulo anterior, tiene interés para comprender el comportamien- to dcido-base de esas sustancias en solucién. Ana- lizaremos la curva correspondiente a un aminodcido con dos grupos ionizables y tomaremos como ejemplo la alanina (*H,N-CHR-COO*, R corresponde a metilo en la alanina). GOOH GOoH GOO" GOs CHe + OH CHe + OH" GH + OH" GHe TWN-C-H +H H-C—H +H eo =H +H H2N-C—H COOH COO- coo" coo" pH 2.9 . ~ CD pl (0) Cl) (-2) Fig. 3-4. Efecto def pH del medio sobre la carga eléctrica del dcido aspartico. Entre paréntesis. valor y signo de la carga neta. CH.NHS* CHANHs CHANHS” CHaNHo GHe He GH CHe CH: OH, CHs + OH: CH + OH" CH: CHs +H* CHz +H CHs +H* CH HaN CH “Ha = G—H H:N-C=H HaN-C—H COOH coo- coo" Ccoo- (+2) (+1) " io (1) Fig. 3-5. Efecto del pH de! medio sobre la carga eléctrica de la lisina. Entre paréntesis, valor y signo de Ja carga neta.28 = QUIMICA BIOLOGICA Los equilibrios de disociacién para cada uno de Jos grupos ionizables del aminodcido se indican en Jas ecuaciones siguientes: Para e! carboxilo: *H,N-CHR-COOH = *H,N-CHR-COO-+H* [("H,N-CHR~Coo"][H" J [' H,N-CHR -COOH] Para la amina: *H,N-CHR-COO- = H,N-CHR-COO- +H" _ [H,N-CHR - COO") (H"] ["H,N-CHR -COO"} K 2 En una solucién de alanina en agua pura, las dos funciones del aminodcido estén ionizadas y el pH del medio es el correspondiente al punto isoeléc- Wico de alanina (pH = 6,02). A partir de este punto se pueden realizar dos titulaciones por separado, la del grupo —COO-, que se comporta como una base al aceptar protones y la del grupo —NH,*. que actiia como Acido débil, liberando H*. Para la primera neu- tralizacién puede utilizarse una solucidn de HCI y para la segunda, una de NaOH. La representacién conjunta de los cambios de pH producidos en el curso de ambas valoraciones da una curva bifdsica (fig. 3-6). Antes de agregar HCl, todas las moléculas def aminoacido se encuentran al estado de ion dipolar (pH = 6,02 = pHi). La adicién de dcido aumenta la concentracién de H* del medio y determina la acep- tacién de protones por parte de grupos -COO-. Al llegar a pH 2,34, la mitad de los grupos -COOH presentes se encuentra al estado no disociado; las con- 13 | | HyN-CHR-COO"~, i pll= pk, =9,69 | + H, N-CHR-COO™ +H, N-CHR-COO™ | pH = pl = 6,02 H4-*HN-CHR-COO” | | tH N-CHR-COO™_ *Hy N-CHR-COOH | 4 pH = pK, = 2.34 *\ Hy N-CHR-COOH Volumen HCl (mi) Volumen NaOH (mi) Fig. 3-6. Curva de titulacién de alanina. centraciones de las formas *H;N-CHR-COOH y *H,N-CHR-COO- se igualan. Dicho valor de pH corresponde al pK del carboxilo (pK,). Si se continua agregando Acido, se alcanza un punto en el cual practicamente todas las moléculas de aminodcido estan protonadas (‘H;N-CHR-COOH), situacién que corresponde al extremo inferior de la grafica. La mitad superior de la curva se obtiene por titu- lacién con NaOH. A partir del pHi, e) aumento de la concentraci6n de OH™ provocado por la adicién de} alcali, determina la sustraccién de H* de] medio para formar agua. Esto crea una nueva situacién de equilibrio, en Ja cual los grupos —-NH,* se comportan como dcido débil, liberando protones. E] punto medio de esta segunda fase se alcanza cuando las concentraciones de los iones *H,N-CHR-COO- y H,N-CHR-COO- son iguales, lo cual sucede a pH 9,69, valor igual al pK del grupo —NH,‘ de la alanina (pK,). Si se continia afiadiendo NaOH hasta total neutralizacién, los grupos NH,* terminan por liberar sus H* y el compuesto queda finalmente desproto- nado (H,N-CHR-COO°). La curva de titulacién permite determinar los valores de pK de cada uno de los grupos ionizables del aminodcido. El aplanamiento de la gréfica en las cercanfas de los puntos correspondientes a Jos pK, indica que el aminodcido puede actuar como amortiguador o buffer en esas dos zonas de pH. La grafica indica también el pHi en el punto de inflexién que separa Jas dos fases de la curva. Todos los aminodcidos neutros, es decir, Jos que poseen una cadena lateral no ionizable, dan curvas de titulacién similares a las de alanina. Los valores de pK, (del grupo carboxilo inmediato al Ca) de los distintos aminodcidos, si bien son ligeramente diferentes entre si, son todos préximos a 2; Jos valores de pK, (del grupo amina unido al Co) varian entre 9 y 10. Los aminodcidos con un tercer grupo ionizable en la cadena lateral dan curvas de titulacién trifasicas y tienen tres valores de pK. Ademdas de los amino- Acidos dicarboxilicos y de los bdsicos, deben in- cluirse en este grupo cisteina y tirosina, cuyos grupos ~SH y fenol, respectivamente, actiian como acido débil. En general. los valores de pK para los grupos ionizables se encuentran alejados del pH habitual en nuestro organismo (cercano a la neutralidad). A esto hace excepcién la histidina, en la cual uno de los N dei nticleo imidazol puede captar un protén. Como el pK de ese grupo tiene un valor de 6,0, la histidina es el Gnico aminodcido que actia como amortiguador a} pH fisiolégico. Propiedades quimicas de aminodcidos Los aminodcidos participan en muchas reacciones quimicas. Algunas de ellas comprenden a los grupos amina 0 carboxilo unidos al carbono o, otras son especificas de determinadas cadenas laterales y sirven para identificar en una muestra la existencia de up aminodcido en particular.Un reactivo muy utilizado para el reconocimien- to de G-aminodcidos es la ninhidrina, El grupo o- amina da con esta sustancia un compuesto de in- ienso color pirpura. La prolina, en cambio, da un producto color amarillo. La ninhidrina no sdélo se utiliza para reconocimiento de aminodacidos, sino también en determinaciones colorimétricas de su conceniracién. La reaccién es notablemente sensi- ble y permite medir muy pequefias cantidades de aminodcidos (del orden nanomolar, 10° mol). Atin mayor sensibilidad se ha alcanzado con el uso de técnicas de deteccién de fluorescencia. Los aminodcidos reaccionan con o-ftalaldehido para dar un derivado inddlico fluorescente. Con estos métodos jas determinaciones de aminodcidos han alcanzado un extraordinario poder. Las técnicas fluorométricas permiten medir concentraciones menores de 10°" molar, Uno de fos grandes problemas en el estudio de proteinas ha sido separar y determinar los distintos aminodcidos en una mezcla compleja de todos ellos como, por ejemplo, Ja resultante de la hidrdlisis total de una proteina mediante tratamiento con dcido con- centrado. La introduccién de métodos croma- tograficos, como cromatografia en papel, en capa delgada y en columnas de intercambio idnico, ha significado un extraordinario avance en este campo. La gran sensibilidad de estas técnicas permite identificar aminodcidos aun en infimas concentraciones. PEPTIDOS Union peptidica Los aminodcidos pueden establecer enlaces covalentes entre el grupo carboxilo de uno y el nitrégeno del grupo o-amina de otro. Esta uni6n, denominada peptidica, es de tipo amida y se produce con pérdida de agua (fig. 3-7). El producto formado cuando se unen de esta manera dos aminodcidos se Hama dipéprtido. Es posible seguir agregando unidades aminoacidicas R R' | ! HSN EH + *H3N ~¢OH > COO" Coo" Fig. PROTEINAS 29 con el mismo tipo de unidn para formar tripép- tidos, tetrapéptidos, pentapéptidos, etc. En general, se denominan polipéptidos los polimeros formados por mas de diez aminodcidos unidos por enlaces peptidicos. Cuando la cadena polipeptidica tiene masa molecular mayor de 6.000 Da (daltons) (lo cual corresponde a polimeros de mas de 50 unidades aminoacidicas), !a molécula es considerada una proteina. Por debajo de esa masa, se acostumbra designar péptidos a estos compuestos. No hay un limite preciso entre péptidos y proteinas; el de 6.000 Da es arbitrario y se ha elegido porque es la masa aproximada de insulina, hormona producida en el pancreas y primera proteina cuya estructura completa fue conocida con exactitud*. Toda cadena polipeptidica tiene un extremo en el cual queda un aminodcido con su grupo O-amina libre; por convenci6n, se constdera a éste como el comienzo de la cadena y se lo Nama extremo amino-terminal o N-terminal, La otra punta posee libre ef grupo carboxilo unido al carbono 0; es el extremo final, carboxilo-terminal o C-terminal. Los aminoacidos constituyentes de péptidos o proteinas pierden en la union peptidica un H del grupo amina y OH de} carboxilo; por ello, una vez integradas en la cadena, las unidades que forman el polimero son restos 0 residuos de aminodcidos. Nomenelatura Los péptidos se nombran siguiendo el orden de los restos de aminodcidos integrantes a partir del que posee e] grupo G-amina libre. Los residuos de aminodcidos se indican por la raiz de su nombre seguida por el sufijo “i”, El ultimo residuo (con el grupo carboxilo libre) se menciona con su nombre completo. Por ejemplo, en el caso del hexapéptido formado por serina, acido aspartico, tirosina, lisina, alanina y cisteina (fig. 3-8), el nombre seré seril- aspartil-tirosil-lisil-alanil-cisteina, que puede abreviarse ser-asp-tyr-lys-ala-cys, o SDYKAC. R I “H3N-C—H R’ | | . + H20 CO—HN—-C-H | CcOoOo- yg. 3-7. Unién peptidica. * Masa molecular es la masa de una molécula expresada en daltons (Da) 0 unidades de masa atémica (uma). El dalton © uma se define como 1/12 de la masa de un dtomo de °C. Frecuentemente se utiliza el méltiplo kilodalton (kDa = 1.000 Da). También se expresa la masa como masa molecular relativa (Ms), relacién entre la masa de una molécula y 1/12 de la masa de un 4tomo de "'C. Mr es una magnitud adimensional30 QUIMICA BIOLOGICA OH CHOH = COO" *H;N-C—H CH, bo —HN—- ¢ -H CH, | CO—HN-C-~H J CO-—HN-C—H i gis CO-HN=C-H — CHy~SH cO~HN-C-H boo Fig. 3-8. Hexapéptido seril-aspartil-tirosil-lisil-alanil-cisteina. La sucesion de uniones peptidicas (en rojo) forma fa “columna vertebral” de la molécula. Propiedades acido-base Los grupos carboxilo y a-amina interesados en las uniones peptidicas han perdido OH e H respectivamente y ya no pueden ionizarse. Las propiedades 4cido-base de los péptidos estan determinadas por los grupos amina y carboxilo ter- minales y por los grupos ionizables de las cadenas laterales de sus residuos aminoacidicos (-COOH, —NH,, —SH). El pH del medio influye sobre la magnitad y el signo de Ja carga neta de un péptido de manera andloga a la descripta para aminoacidos. Los péptidos poseen también un punto isoeléctrico, que es el pH en el cual existe un equilibrio entre cargas positivas y negativas. COO" , | + —Cc- Resto H3N c H glutamil CH, 1 i §° NH Resto I cisteinil CH ~CH2—-SH Go NH Resto glicina CHe CcOoOo- Glutatidn reducido -glutamil-cisteinil-glicina Péptidos de importancia bioldgica En ta naturaleza, tanto en vegetales como en animales, existen muchos péptidos que cumplen importantes funciones. Forman un conjunto muy variado en composicion y funciones. Si bien en general estan constituidos por aminodcidos unidos como se ha descripto anteriormente, algunos de ellos suelen presentar caracteristicas peculiares, como uniones peptidicas atipicas, presencia de aminodcidos 0 derivados de aminodacidos no habituales en protefnas, for- macién de estructuras ciclicas, etc. En muchos de ellos se ha podido establecer con precisién la relacion entre numero y calidad G00" COO" “HaN—G—H “HAN C—H it ct it it co co ha he GH —CH)— S—S—-CH; — GH Go Go NH NH it it coo" Coo" Glutatién oxidadede aminodcidos constituyentes, ordenamiento y disposicién espacial de los mismos y actividad bioldgica de la molécula, ratificando la importancia de los aspectos estructurales de estos compuestos como determinante de su papel funcional. Uno de los péptidos mas ampliamente distri- buidos en la naturaleza, pues se encuentra en bac- terias, vegetales y animales, es el glutatidn. Se trata de un tripéptido, formado por dcido glutamico, cisteina y glicina, en ese orden. E] acido glutdmico se une por su carboxilo ¥ 0 distal, al grupo amina de la cistefna; no se trata de una unién peptidica tipica. Al oxidarse forma un puente disulfuro (-S—S—) con otra molécula de glutatién; la reaccién es reversible. La especie reducida posee el grupo -SH libre, mientwas la oxidada tiene el enlace disulfuro. Ei glutatién participa en sistemas enzimaticos de 6xido-reduccién. Es importante para mantener reducidos grupos ~SH de protefnas. En glébulos PROTEINAS 31 rojos y otras células contribuye a prevenir dafios oxidativos. Existen muchos péptidos que cumplen funciones como hormonas 0 factores liberadores de hormonas. La tabla 3-1 presenta una lista de algunas hormonas peptidicas. Owo grupo interesante de péptidos es el de las encefalinas, presentes en el sistema nervioso central; producen analgesia al unirse a receptores especificos en células del cerebro. Muchos antibidticos, sustancias producidas por microorganismos con efectos téxicos sobre otros microorganismos, son péptidos o contienen un componente peptidico como parte de su molécula. Algunos de estos antibidticos tienen una estructura ciclica y a menudo contienen D-aminoacidos. Ciertas especies de hongos producen péptidos altamente t6xicos para el ser humano (amanitina). Esta breve enumeracién da idea de la diversidad de funciones de este tipo de sustancias. Tabla 3-1. Algunas hormonas peptidicas IM de aminoacidos Nombre : Puncion ge __ constitiyen tes s eee = = Angiotensina IT 8 Hipertensora Vasopresina 3 Regulacion balance hidrico Ositocina 2 F Estimula contracci on uterina Bradicinina 3 Hipotensora Calidina 10 Hipotensora ? Estimula secrecién HCl en estémago Melanocito estimulante (8 MSE) 18 Tncrementa depdsito de melanina Secretina aT Estimula secrecién jugo pancredtico Glucagén 29 Hiperglucerniante Calcitonina 32 Disminuye nivel de Ca en sangre Colecistoquinina-pancreozimina 33 Estimula contraccién de vesicula biliary secreciéa de enzimas pancreaticas Adrenocorticotrofina 39 Estimula corteza suprarrenal32 QUIMICA BIOLOGICA PROTE. Propiedades generales de las proteinas Propiedades dcido-base Los conceptos expuestos en Ja seccién de péplidos se aplican también a proteinas. En fa cadena polipeptidica, los restos de grupos carboxilos y G-amina interesados en uniones peptidicas no son ionizables. Sdlo pueden diso- clarse aquellos que se encuentran libres, como el grupo @-amina del extremo N-terminal y el carboxilo del extremo C-terminal. Obviamente, esos dos grupos, por si solos, no tendrian gran incidencia en las propiedades dcido-base de una macromolécula. La carga eléctrica de una protefna depende de la jonizacién de los grupos disociables existentes en las cadenas taterales de los restos aminoacidicos componentes. La presencia de abundantes residuos de lisina, arginina o histidina en Ja molécula le otorgan caracter basico. Lisina y arginina poseen grupos amina adicionales que aceptan protones y adquie- ren carga positiva. Histidina posee el ntcleo imidazol, uno de cuyos nitrégenos puede fijar un protén. Si, en cambio, hay predominio de restos aspartato y glutamato en una proteina, ésta tendra propiedades acidicas, debidas al carboxilo adicional de esos aminodcidos, capaz de liberar ion hidrégeno y adquirir carga electronegativa. El grupo fendlico de tirosina y el sulfhidrilo de cistefna tienen caracter débilmente Acido. La presencia de esos grupos confiere a Jas proteinas capacidad amortiguadora o buffer, ya que captan o liberan protones, segtin la mayor 0 menor concentracién de iones H* en el medio. Sin embargo, en los limites de pH de las células (aproximadamente entre 6,0 y 8,0), sdlo los restos de histidina actuan significativamente como amoctiguador, pues el pK de la funcién ionizable de su nicleo imidazol (pK= 6,0) esta mas proxi- mo a aquellos valores de pH. En solucién francamente 4cida, Ja mayor parte de los grupos amina libres captan iones hidré- geno, mientras la mayorfa de los grupos acidicos estén no disociados. En estas condiciones, la proteina presenta una carga neta positiva. Por e] contrario, en una solucién fuertemente alcalina los grupos amina libres ceden protones, quedan no ionizados, y los grupos carboxilo se disocian. En medio alcalino, la protefna exhibe una carga total o neta de signo negativo. Sia.una solucién de protefna de pH netamente acido se le agrega dlcali, de modo que el pH suba progresivamente, se produciran cambios en la magnitud y signo de la carga neta, pues los grupos ionizables de la proteina irén liberando iones hidrégeno. La carga positiva inicial de Ja proteina se reduce, pues los grupos mas acidicos (COOH) ceden sus protones y sc hacen electronegativos. En el curso de la adicion de alcali, llega un momento en el cual el ntimero de cargas positivas es igual al de cargas negativas. En este instante, la molécula tiene carga total igual a cero. El pH de ta solucion en el cual la carga neta es nula, se conoce como punto isoeléctrico y se indica con e] simbolo pHi o pl. Si el pH del medio sigue aumentando, también liberan protones los grupos de caracter Acido mds débil (-SH, fenol, -NH,*) y ‘a proteina se torna progresivamente mas electronegativa. Dos protefnas con diferente cantidad de grupos dcidos y basicos libres, tendran distinta carga neta a un determinado pH. La magnitud de la carga eléctrica de una proteina es proporcional a Ja diferencia entre el pH del medio y su pHi. Sera tanto mds electropositiva cuanto mds acido sea el medio con respecto al punto isoeléctrico; por otro lado, ja carga electronegativa sera tanto mayor cuanto mas alcalino sea el pH de] medio con relacién al pHi de la proteina. Electroforesis Si se somete una solucién de proteina a la ac- cién de un campo eléctrico en un medio cuyo pH sea Acido con respecto al punto isoeléctrico de la proteina, ésta se desplaza hacia et polo negativo o cétodo (gracias a su carga positiva, se comporta como catién). Cuando el pH esta por encima det punto isoeléctrico, la protefna migra hacia e} polo positivo o dnodo, pues su carga sera negativa (se comporta como anién). En el punto isoeléctrico, la proteina no posee carga y permanece inmédvil. La migraci6n por accién de un campo eléctrico se conoce con el nombre de electroforesis. En una mezcla de dos o mas proteinas de pHi diferentes, disue]ta en un medio de determinado pH, las diferencias entre este pH y el pHi de cada proteina seran distintas y por ello el valor de su carga neta y su velocidad de migracién en el campo eléctrico serdén también distintos. Este fenémeno constituye el fundamento de una técnica muy utilizada para separacion de proteinas: el fraccionamien- to electroforético. El electroenfoque es una variante de [a electroforesis en la cua) el medio en donde se produce la separacién cambia su pH en forma gradual (gradiente de pH). Cuando la proteina en migracién alcanza la zona de pH correspondiente a su pHi, se detiene.Masa molecular Las proteinas difieren considerablemente entre si en forma, tamatio y masa molecular. Las proteinas mas pequefas tienen alrededor de 6.000 Da, mientras las de mayor tamafio aleanzan varios millones. Conociendo la masa molecular de una proteina sé puede establecer aproximadamente e] nimero de aminodcidos que Ja integran. Basta dividir su masa por 120, valor promedio para Jos restos amino- actdicos. La determinacién de la masa molecular se puede realizar por diferentes métodos. Uno de ellos es la ultracentrifugacién, que emplea un aparato capaz de desarrollar altisimas velocidades y fuerzas cen- irffugas de 500.000 o mas veces la fuerza de la gravedad. Esta técnica permite el estudio de la velocidad de sedimentacién de una proteina en solucién. La proteina, sometida a esa enorme fuerza centrifu- ga, tiende a sedimentar con una velocidad proporcional a su masa. Otros métodos, como cromatografia de filtracién en geles, electroforesis en geles, centrifugacién en gradientes de densidad, etc., resultan mas accesibles y permiten conocer con bue- na aproximacién la masa molecular de protefnas. Solubilidad Gran parte de las protefnas son solubles en agua o en soluciones acuosas. La estabilidad de estas soluciones se debe a varios factores. Uno de los mas importantes es la propiedad de las particulas dispersas de interactuar con moléculas de solven- les polares como el agua, que forman una cubierta o aureola denominada capa de solvatacion (de hidra- tacién cuando el] solvente es agua). Gracias a su alta constante dieléctrica, ef agua aisla entre si a grupos de cargas opuestas en diferentes moléculas ¢ impide que éstas tiendan a agregarse y precipitar. La presencia de grupos funcionales ionizados, como —NH,* y -COO- y de otros grupos polares (-OH, -SH, =NH) atrae moléculas de agua, que se orientan a su alrededor. formando una capa de hidratacion. Las diferencias de soSubilidad entre distintas proteinas pueden deberse a su diverso grado de hidratacién, determinado por el némero de grupos polares. Es necesario tener en cuenta también la presencia de grupos no polares que repelen el agua ({nticleos aromaticos, cadenas alifaticas), cuyo numero y distribucién influyen cn el grado de solvatacidn. Otro factor de estabilidad es Ja carga eléctrica neta o total de la molécula, de igual signo para todas las partfculas de una misma protefna y, por lo tanto, origina fuerzas de rechazo mutuo e impide su agru- pamiento y precipitacién. El valor de la carga neta puede ser diferente para distintas proteinas en similares condiciones de medio y ello explica su diferente grado de soJubilidad. Esta solubilidad varia con el pH, Ja temperatura y la presencia de sales inor- PROTEINAS 33 ganicas © solventes no polares en el medio. La con- ducta frente a estos factores es distinta para difc- rentes protefnas, lo cual se aprovecha en métodos de fraccionamicnto, tales como la precipitacién selectiva mediante agregado de sales 0 solventes no polares en diversas condiciones de concentracién, pH y temperatura. Efecto del pH. El pH es un factor importante en la solubilidad de una proteina por cuanto de él depende la magnitud de la carga eléctrica neta de la molé- cufa. La carga eléctrica total de una molécula proteinica es nuta en su punto jsoeléctrico y, en consecuencia, la solubilidad serd minima a ese pH. Esta propiedad puede ser utilizada para separar proteinas de una mezcla modificando el pH hacia valores cn los cuales una de ellas tiende a precipitar, mientras las restantes, de diferente pHi, no son afec- tadas (separaciGn isoeléctrica). En ef pHi ‘a carga neta es cero, Jas fuerzas de repulsidn intermoleculares desaparecen y la preci- pitacién puede producirse directamente o luego de la adici6n de agentes que actiien sobre la capa de solvatacidn. Efecto de sales. A bajas concentraciones, las sales favorecen la solubilidad de muchas proteinas pues los iones inorgdnicos interaccionan con fos grupos ionizados de las moléculas preteinicas. El fendmeno es mas notable en proteinas con marcado cardcter dipolar, es decir, en aquellas en cuya molé- cula las cargas de signo contrario se distribuyen asimétricamente. La adicién de sales neutras reduce la atraccion electrostaética entre esas moléculas y favorece {a estabilidad de la solucién. Sin embargo, a medida que se aumenta la concentracién de sal, sus iones ejercen atraccién sobre las moléculas de agua de la capa de solvatacion y tienden a despojar a Ja proteina de su cubierta hidratante. En consecuencia, su solubilidad decrece. Cuando la concen- tracién de sal alcanza cierto valor, estos efectos se hacen suficientemente intensos como para provo- car la precipitacién de Ja proteina. Los sulfatos de amonio, sodio 0 magnesio, y el hiposuifito de sodio son, entre otras, las sales mas utilizadas para obtener precipitaciones selectivas. En efecto, cuando se agrega una de estas sales a soluciones de mezclas de proteinas, se puede obtener precipitacion de las diferentes frac- ciones a medida que se alcanzan distintas concentraciones de sal en ef medio; a este método de separacién se lo llama fraccionamiento satino. Estos métodos resultan convenientes. pues las proteinas no son alleradas y pueden ser redisue]- tas sin mengua de sus propiedades. Efecto de solventes poco polares. El agregado de solventes poco polares (etanol, acetona, etc.) a soluciones de protcinas disminuye su solubilidad y produce precipitacién cuando Ja concentracién del solvente alcanza ciertos valores, vatiables segtin la proteina considerada. La precipitaci6n se acompa- fa de alteracion de Ja protefna (desnaturalizacién), a menos que se trabaje a temperaturas muy bajas. Si a una solucién compleja de proteinas se le agrega34 QUIMICA BIOLOGICA etanol en forma paulatina, se van creando condiciones de solubilidad diferentes para distintas proteinas y se obtiene precipitacién selectiva de las mis- mas (fraccionamiento alcohélico). E} etanol tiene una constante dieléctrica menor gue e] agua; por esta razon, disminuye el poder aislante del medio, lo cual permite la atraccién de grupos con carga opuesta y favorece la produccién de agrupamientos moleculares que tienden a precipitar. Para lograr la preci- pitaci6n fraccionada es necesario realizar cuidado- Sos ajustes de temperatura y pH a fin de evitar ja desnaturalizacién y acentuar cl efecto de disminu- cién de Ja carga total de las moléculas de prote/na. Didlisis - Ultrafiltracién La mayoria de Jos sistemas biolégicos son soluciones complejas que contienen solutos de bajo peso molecular junto con macromoléculas. Median- te un proceso llamado didlisis, es posible separar las moléculas_pequetas. Se utilizan membranas po- rosas, como celofan y otros materiales sintéticos, qué actian a la manera de un tamiz: permiten el paso de agua y moléculas de bajo peso y retienen ma- cromolééilas. A este tipo de membranas se las Ia- ma semipermeables. _ Si-seé coloca ‘dentro de‘un saco de celofén una soluciédn compleja como suero sangufneo y se lo sumerge en agua pura, van pasando al exterior, a través de la membrana, las sustancias de molécula peqnesia (iones inorganicos, glucosa, urea, etc.), mientras en el saco dializador quedan encerradas las_proteinas, para las cuales ta membrana cs imper- meable. Renovando repetidamente el agua que ro- dea e] saco de dialisis, se ega a extraer la casi totalidad de los solutos difusibles originalmente presentes en la muestra de suero. Una variante de este método es la ultrafiltracion, en la cual_se utiliza un_sistema filtrante, dotado de una placa porosa que acttia Como membrana semi- permeable. Después de agregar al filtro la solucién compleja, se aplica una diferencia de presidn a ambos lados de la membrana, ya sea aumentando la presion sobre la solucidn, o realizando ej vacio del otro lado de la placa filtrante. Pasaran a través del filuo agua-y_sustancias de bajo peso. Este método, ademas de separar las fholéculas pequéfias_permite concentrar-las-macromoléculas por sustraccién .del solvente, lo cual es util cuando se desea estudiar proteinas en una solucién en la cual se encuentran muy diluidas. Forma molecular Cada proteina tiene, al estado natural, una forma molecular caracteristica. De acuerdo con esto - se consideran dos grandes categorias: globulares y fibrosas. Proteinas globulares. Son aquellas en las cuales la molécula se pliega sobre sf misma para formar un conjunto compacto semejante a un esfe- roide u ovoide, con sus tres ejes de similar longitud. En general, son protefnas de gran actividad funcional; enzimas, anticuerpos, hormonas, hemoglobina, etc., pertenecen a este grupo. Son selu- bles en medios acuosos. Proteinas fibrilares 0 fibrosas. En ellas jas cadenas polipeptidicas se ordenan paralelamente, formando fibras 0 laminas extendidas, en las cuales e] eje longitudinal predomina notoriamente sobre los transversales. En general, son poco so- jubles o insolubles en agua y participan en la cons- titucidn de estructuras de sostén, como fibras del tejido conjuntivo y otras formaciones tisulares de gran resistencia fisica. Estructura molecular La estructura de proteinas es muy compleja, raz6n por la cual resulta conveniente describirla en distintos niveles de organizacién: L. Estructura primaria. Se refiere al nimero e identidad de los aminodcidos que componen la molécula y al ordenamiento o secuencia de esas unidades en la cadena polipeptidica. La unién peptidica sélo permite formar estructuras linea- les; por ello, las cadenas no presentan ramifi ciones. 2. Estructura secundaria. Disposicién espacial regular, repetitiva, que adopta la cadena polipeptidica, generalmente mantenida por enlaces de hidrégeno. 3. Estructura terciaria. Arquitectura tridimensional completa de la protefna. 4. Estructura cuaternaria. Se aplica sdlo a proteinas constituidas por dos o mas cadenas polipeptidicas y refiere a la disposicién espacial de esas cadenas y a los enlaces que se establecen entre ellas. Estructura primaria Cuando se somete una proteina a hidrdlisis completa, quedan en libertad los aminodcidos constituyentes, los cuales pueden ser entonces identi- ficados y su cantidad determinada. Por ejemplo, Ja insulina bovina, pequefia proteina de masa proxima a 6.000 Da, est4 constituida por 3 unidades de alanina, | de arginina, 3 de asparragina, 6 de cisteina, 3 de fenifalanina, 4 de glicina, 4 de acido glutamico, 3 de glutamina, 2 de histidina, | de isoleucina, 6 de leucina, 1 de lisina, | de prolina, 3 de serina, 4 de tirosina, 1 de treanina y 5 de valina. Es ésta la composicién global deaminodcidos, informacién de interés sin duda, pero que nada dice acerca de la manera en la cual las unidades se disponen en la cadena 0, en otros términos, sobre su secuencia u ordenamiento. A esla secuencia nos referimos al hablar de estructura primarta. Cada proteina se caracteriza por poseer una composicién definida de aminoacidos y especialmente por la secuencia segtin Ja cual las unidades se ordenan. Ef ordenamiento de los aminoacidos en cada una de las proteinas sintetizadas por un organismo se realiza segun instrucciones contenidas en los genes. El orden de las unidades constituyentes de] material genético (nucledtidos de] ADN) puede asimilarse a un “mensaje en c6- digo” gue indica la secuencia en la cual deben ensamblarse los aminodcidos (ver pag. 367). Veinte aminodcidos diferentes pueden consti- tuir, al asociarse mediante enlaces peptidicos, mo- léculas de protefnas de cientos y hasta miles de unidades; el numero de asociaciones diferentes icdricamente posible es enorme. Para dar una idea de Ja magnitud de esos ntimeros, basta calcular las combinaciones distintas que se pueden obtener con los veinte aminodcidos, formando cadenas en las cuales solo se presente una vez cada uno de ellos. El resultado es 2 x 10!* variedades diferentes. ;Y eso es para un icosapéptido (20 aminodcidos), molécula pequefia comparada con el promedio de las protefnas (mas de 300 ami nodcidos)! Si se aumenta el ntimero total de unidades y se da la posibilidad de repetir cualqutera ue ellas en distintas proporciones, puede obtenerse una cantidad cast infinita de poffmeros diferentes. Sin embargo, debe aclararse que no todas las combinaciones posibles se dan en la naturale- Za, porque muchas de ellas no tienen capacidad funcional alguna. No obstante, es evidente el enorme potencial de variacién molecular implicito en la estructura de proteinas. Determinacién de la estructura primaria. Esta- blecer la estructura primaria cs un paso fundamen- tal en e] estudio de moléculas protefnicas, razén por la cual se han invertido muchos esfuerzos con ese propdsilo. La primera protefna cuya secuencia se conocid con exactitud fue Ja insulina bovina, cuya composi- cidén global ya se ha indicado. Este importantisimo hito de la bioquimica moderna se debe al investiga- dor inglés Sanger, quien en ta década de] 50 desa- rrol6 un método basado en Ja reaccién con |-flior- 2,4-dinitrobenceno. En medio alcalino, este compuesto reacciona con el grupo O-amina terminal de las cadenas peptidicas. Después de hidrélisis dcida det péptido, se identifica por cromatografia ef resto aminoacidico N-terminal, pues es el tinico que se encuentra como dinitrofenil derivado. PROTEINAS 35 Otros reactivos utilizados para identificar residuos N-ferminales son el cloruro de dansilo, el cloruro de dabsilo y el fenilisotiocianato. Este wiltimo fue propuesto por Edman para determinar la secuencia. La técnica, conocida como degradacidén de Edman, tiene ventajas sobre las anteriormente usa- das porque el derivado del fenilisotiocianato con el aminodcido N-terminal es separado por hidrélisis acida suave, sin afectar las uniones peptidicas del resto de la cadena. El método permite identificar or- denadamente, uno a uno, los amisodcidos integrantes de un polipéptido. En la practica se lo aplica a fragmentos resultantes del tratamiento de la proteina con reactivos quiticos y enzimas que producen hidrdlisis selectiva de determinadas uniones peptidicas. Una vez re- suelta la secuencia de aminodcidos de los distintos segmentos, es posible conocer la disposicién de esos trozos en la molécula original y establecer Ja estructura primaria de la proteina completa. Existen equipos secuenciadores que realizan automaticamente la determinacién de la estructura primaria de polipéptidos de regular tamafio. Ac- tualmente se emplean métodos indirectos, utilizando téc- nicas de ingenieria genética. Se aisJa el gen que conticne la informacién para sintetizar la proteina, se determina en él la secuencia de nuclestidos y, a partir de ella, se dedu- ce laestructura primaria de la proteina. Con los métodos hoy disponibles, resulta mds facil establecer la secuencia de nuclestidos en el ADN que Ja de aminodcidos en un polipéptido. Se conoce la secuencia de aminodcidos de muchos miles de moléculas polipeptidicas y el mimero sigue aumentando répidamente. Es también posible sintetizar guimicamente poli- péptidos. E] método mids efectivo es la sintesis en fase sdlida, consistente en fijar el aminodcido C-terminal de la cadena a un soporte adecuado (resina sintética); Jucgo se hacen reaccionar los arninoacidos uno a uno para format los enlaces peptidicos con Ja secuencia deseada. Merrifield, creador del método, logré sintetizar con él una enzima de 124 residuos, la ribonucleasa. importancia de la estructura primaria de proteinas La secuencia de aminodcidos de una protefna es el principal determinante de su conformacion, propiedades y caracteristicas funcionales. Los requerimientos estructurales para que una protefna cumpla correctamente su papel fisiolé- gico son muy rigurosos. No sélo es necesario mantener el nimero y tipo de aminodcidos constituyentes; ademas, cada uno de ellos debe ocu- par una posicién definida en la cadena. Altera- ciones en ese ordenamiento, 0 sustituciones de aminoacidos, pueden afectar la capacidad funcional de la molécula y hasta tornarla inutil, Como se verd mas adelante, las células sinte- tizan sus protefnas ensamblando aminoacidos segtin instrucciones precisas. Estas instrucciones estén contenidas en el Acido desoxirribonucleico (ADN) que forma el material genético.36 = QUIMICA BIOLOGICA Modificaciones de ese material (mutaciones) pueden conducir a “errores” en la s{ntesis y ala produccion de proteinas anormales. Existe un importante grupo de enfermedades hereditarias que reconoce este origen, En general, la estructura primaria de una proteina encargada de una funcién determinada, es idéntica en todos los individuos de la misma especie, pero presenta diferencias con la proteina homéloga de otras especies. Sin embargo, existen proteinas que difieren aun entre individuos de una especie. Estas diferencias inter e intraespecificas tienen gran interés desde el pun- to de vista médico. El organismo humano, y el de otros animales, tiene capacidad para detectar la entrada de proteinas extrafias, distintas en estructura primaria de jas constituyentes de sus propios tejidos, e¢ iniciar una respuesta llamada reaccion inmunitaria. Esta reaccion lleva a la pro- duccién de anticuerpos especificos, con capacidad para unirse a la proteina “intrusa” y promo- ver su destruccién. Este tipo de respuesta es uno de Jos mecanismos de defensa natural contra agentes extrafios (ver pag. 571 y siguientes). Proteinas como hemoglobina, que cumplen ja misma funcion en distintos animales, presentan diferencias interespecificas en su estructura primaria. Sin embargo, todas las hemoglobinas exhiben notables semejanzas: poseen cadenas polipeptidicas de longitud idéntica o casi idénti- ca; en muchas posiciones de la cadena coinciden los mismos restos aminoacidicos; su conforma- cién general es muy similar, etc, Estas similitu- des sugieren que las hemoglobinas de distintas especies derivaron de un gen ancestral comin. La diversificacién de] material genético, por mu- tactones sucesivas en el curso de la evolucién, ha generado la variedad existente. En este sentido, tiene pasticular interés el andlisis comparativo de las secuencias de aminodcidos en proteinas homélogas presentes en organismos de diversos niveles de la escala biolédgica. Una protefna muy estudiada desde este punto de vista es el citocromo c, ampliamente distribuido en la naturaleza. Se ha determinado la secuencia de esta molécula, formada por 104 aminodcidos, en numerosas especies. En todas eflas se com- prueba la existencia de 27 posiciones ocupadas siempre por los mismos aminodcidos. Estos sitios invariables son los mas estrechamente relacionados con la funcién. En las restantes posiciones puede haber diferencias y éstas son tanto mas marcadas cuanto mas alejadas en la escala filogenética estan las especies a las cuales pertenecen. Por ejemplo, el citocromo c de caballo difiere del de levadura en 48 restos aminoacidicos, mientras el de pollo y el de pato tienen sdlo 2 aminodcidos distintos. Con los datos de diferencias en la secuencia de protefnas se construyen Arboles filogenéticos que permiten inferir el curso de su evolucién y hasta estimar la época probable en la cual distintos organismos comenzaron a dife- renciarse de un antecesor comin. Estructura secundaria La disposici6n espacia! que adopta la cadena polipeptidica depende de Ja orientacién de los enlaces entre los 4tomos -C-N—Co— que se su- ceden en forma repetitiva constituyendo la “co- Jumna vertebral” de la proteina. El enlace peptidico posee un cardcter intermedio entre e} de un enlace simple y uno doble, lo cual otorga cierta rigidez a la unidn C-N y no permite Ja rotacidn libre de esos dtomos. Esta limitacién tiene varias consecvencias: a) Los cuatro atomos directamente vinculados con el enlace peptidico (C, O. Ne H) y los dos carbonos c& unidas al C y al N se encuentran en un mismo plano (fig. 3-9). b) El O del carbonilo (=CO) y el H unido al nitré- geno quedan en posici6n trans, al igual que los dos carbonos &. c) La cadena lateral (R) y el H unidos a los carbonos o se proyectan fuera del plano que contiene a los otros 4tomos. Las uniones de los carbonos & (Ca-C y N-Ca) son simples (tipo sigma) y permiten libre rota- cién (fig. 3-10). En consecuencia, la orientacién que adopten esos enlaces determinara la disposi- cidéa de la cadena en el espacio. ~ R (A) o Fig. 3-9. Modelo molecular de una unién peptidica. Los cuatro atomos directamente vinculados a) enlace peptidica (C, O, N ¢ H) se encuentran en el mismo plano, al igual que los Ca unidos al C y al N. Los Co: pueden rotar libremente.Fig. 3-10. Rotacién de los enlaces en uniones peptidicas. S6lo pueden rotar las uniones N-Ca y Ca-C=0; los dngu- los de rotacién son designa- dos @ (phi) y y (psi) respectivamente. Se muestra la conformacion extendida, en la cual @ y y tienen un valor de +180°.'C: negro, O: rojo, N: gcis, H: blanco, cadenas Jate- rales: rosado. Uno de los métodos que mas ha contribuido al conocimiento de la estructura de proteinas ha sido el de difraccién de rayos X. El estudio mediante rayos X de cristales de proteinas altamente purifica- das, permite obtener diagramas de difraccidn, en los cuales es posible reconocer la disposicién espacial de los dtomos que-componen la molécula. Otras téc- nicas utilizadas en el andlisis estructural de proteinas son dispersién dptica rotatoria, dicrofsmo cir- cular. resonancia nuclear magnética y espectrometria de masa. La descripcién de estos métodos escapa a nues- tros propdsitos. O R'H H O RH H O RH 1o\ tod AY OY Gc CG N GC GC N COE SINS NS NSNINSI NSS Cc oN © GC N C CG ON Po A aK l H O HR H O HR H g. 3-[1. Representacién simplificada de un trozo de polipéptido. R', R®.R', etc., indican las cadenas laterales de residuos aminoacidicos. La figura 3-11 muestra una representacién simplificada de la cadena polipeptidica; en realidad, el esqueleto basico de la cadena es mejor esquematizado por una sucesidn de planos arti- culados a nivel de los carbonos a, que pueden formar distintos 4ngulos entre sf (fig. 3-12). A fines de la década del 40, Pauling y Corey realizaron un andlisis de longitudes de enlaces y de los angulos formados por los mismos. Estu- dios mediante difraccién de rayos X confirma- PROTEINAS 37 ron los modelos teéricos y permitieron a esos autores proponer dos tipos de estructuras perid- dicas, repetitivas, para las protefnas: la hélice & y Ja hoja plegada 0 émina f (las letras a y B sélo indican el orden en el cual ambas estructuras fueron propuestas por los investigadores mencionados). Hélice co. Frecuentemente la disposicién de ta cadena determina su enrollamiento sobre un eje central, como si estuviese envolviendo un ci- lindro (fig. 3-13). Una vuelta completa de la héli- ce cubre una distancia de 0,54 nm a Jo largo del eje y requiere 3,6 restos aminoacidicos. Esto significa que cada residuo abarca una altura de 0,15 nm y un 4ngulo de 100° alrededor del eje. El giro se hace en e] sentido de las agujas del reloj y por ello se dice que la héfice es dextrdgira o derecha. Este tipo de estructura secundaria se mantiene por uniones puente de hidrdgeno. El enlace de hidrdégeno se establece entre dos Atomos electronegativos. En la cadena polipeptidica, el hidrégeno unido al N de un resto amina es atrafdo por el oxigeno de un grupo carbonilo (fig. 3-14). En Ja hélice, cada grupo =CO puede formar un enlace de este tipo con el grupo =NH del resto aminoacidico situado cuatro lugares mas adelante en la cadena, cuando ésta ha dado una vuelta completa y ambos grupos quedan vecinos (figs. 3-13, 3-15). La disposicién trans de esos grupos penmite Ja formacion del puente. Aunque aislada- mente el enlace de hidrégeno es débil, Ja existencia Pig, 3-12, Representacién esquematica de un trozo de cadena polipeptidica extendida, en la Cual se indican los planos que comprenden a todos los dtomos interesados en cada union peptidica. C: negro, O: rojo, N: gris, H: blanco, cadenas laterales: rosado.38 QUIMICA BIOLOGICA Fig. 3-13. Representacién esquematica de un segmento de cadena polipeptfdica enrollada en hélice @. R indica cadenas laterales de restos aminoacidicos. Las fineas de puntos rojos representan los puentes de hidrégeno que estabilizan la hélice. No se muesiran elementos situados detrds de la hélice. de gran cantidad de ellos a lo largo de la hélice hace de ésta una estructura muy estable y compacta. Para que la hélice o& pueda formarse, la estructura primaria debe cumplir ciertas condiciones. Por ejemplo, la presencia de prolina es in- compatible con la hélice o& pues provoca una tor- sién de la cadena que interrumpe la reguiaridad en la orientacién de los enlaces. El carbono ©, incluido en el nucleo pirrolidina de este aminoacido, no puede rotar, forzando una posicién fija en la cadena. Por otra parte. la presencia de res- fos voluminosos, con carga (como los de argini- ha, lisina, dcido glutamico), localizados proximos entre si, originan fuerzas electrostaticas que afec- tan la disposicién espacial de la cadena e impi- den la formacién de hélices @. / \ H-N C-R \ / C=OrH—N R-C C=O \ / Fig. 3-14. Puente de hidrégeno (eu rojo) entre grupos atémicos de la cadena peptidica. Fig, 3-15. Modelo molecular con esferas y varillas de una hélice a. R representa cadenas laterales de los restos aminoacidicos. Las lineas de puntos rojos indican los puentes de hidrégeno que estabilizan la hélice (imitado de Corey y Pauling).PROTEINAS 39 Lamina B. La cadena polipeptidica se encuentra aqui mds extendida que en fa hélice a. Cada iduo aminodcido cubre un espacio de 0,35 nm en lugar de 0.15 nm como en Ja hélice a. Cuando dos o mas cadenas asf extendidas se aparean, pueden establecerse entre ejlas puentes de H en- grupos =NH de una con grupos =CO de otra. ¢ forman asi estructuras laminares que presentan un plegamiento en zigzag, como muestran las s. 3-16 y 3-17 (estructura en lamina plegada). Si las cadenas apareadas tienen el mismo sentido (N-terminal > C-terminal), se tas llama parale- las; si marchan en direcciones opuestas, son antiparalelas. A veces, una cadena puede hacer un giro y volver sobre sf misma, formando una hor- quilla. En este caso el apareamiento ser antiparalelo. En ciertas proteinas se presentan otros tipos de estructura secundaria. Una de ellas es la héli- ce del colageno, que se consideraré més adelante. * Fig. 3-17. Modelo molecular con esferas y varillas de dos tipos de lamina B. A la izquierda cadenas antiparalelas; a la derecha, parale- las. Las flechas indican la direccién N-terminal + C-terminal. C: esferas negras, cadenas laterales: rosa- das: oxigenos: rojas; nitrégenos: grises; e hidrégenos: blancas (imitado de Pauling). 3-16. Esquema de un segmento de lamina § formada por dos cadenas polipeptidicas apareadas. Los enlaces de geno que mantienen esta estructura estan indicados por trazos rojos. Las cadenas laterales de aminodcidos (R) se ‘uentran alternativamente por arriba y por debajo de la lamina plegada. Disposicién al azar. Puede suceder que la cadena polipeptidica no posea una estructura regular, en cuyo caso se habla de disposicién o enrollamiento al azar. Esto no significa, sin embargo, que la cadena siga una orientacién impre- visible; en general, se tiende a adoptar la orienta- cién espacial termodinamicamente mas favorable. En una misma molécula suelen encontrarse distintos tipos de estructura secundaria. Una proteina globular, por ejemplo. no podria estar constituida en su totalidad por una hélice &, pues en ese caso habria un gran predominio del eje longitudinal y su forma corresponderia a una pro- tejna fibrosa. Frecuentemente se encuentran hé- lices & en varios segmentos de una molécula, co- nectadas entre sf por (rozos de disposicién al azar. Las proteinas globulares presentan habitualmente segmentos en hélice, en lamina plegada y al azar (fig. 3-20) y en algunos casos toda Ja molé-40 QUIMICA BIOLOGICA cula se dispone al azar. Las proteinas fibrosas presentan exclusivamente estructuras ¢n hélice 0 en ldmina 8. Estructura terciaria La arquitectura total de la molécula proteinica determina una conformacidn tridimensional ca- racterfstica para cada una de ellas. De acuerdo con la forma final se clasifica a las protefnas en globulares y fibrosas. En Jas protefnas fibrosas 0 fibrilares bastan las estructuras secundarias descriptas para explicar su conformacién. Toda la molécula puede disponerse en hélice, o en lamina plegada, lo cual determina franco predominio del eje longitudinal sobre los transversales. En Jas proteinas globulares, en cambio, si bien pueden existir porciones de la cadena que adop- tan estructuras en hélice o: o en lamina 8, son ne-- cesarios segmentos dispuestos al azar entre las zonas esttucturadas para permitir las acodaduras y plegamientos indispensables a fin de alcanzar con- formaci6n esferoidal. La disposict6n tridimensional! finalmente adoptada por la molécula no es fortuita. Se mantiene gracias a uniones e interacciones de las cadenas laterales de residuos aminoacidicos del polipéptido. También es necesario tener en cuenta factores de orden termodinamico. La forma mas estable es aquella de menor energia libre. Las fuerzas responsables del mantenimiento de la estructura terciaria son de distinto tipo: a) Fuerzas de atraccion o repulsién elec- trostatica. Grupos con carga eléctrica, como los -NH,* de lisina y arginina, pueden enfrentarse HOCH: con grupos de signo opuesto (-COO- de aspartato y glutamato), formando enlaces iénicos, de tipo salino, capaces de mantener aproximadas zonas distantes de ]a cadena. Si los grupos tienen igual signo, ef efecto serd de repulsion y aleja- miento de los sectores correspondientes. b) Enlaces de hidrégeno. El oxigeno del carbonilo de un carboxilo libre de residuos aspartico 0 glutamico, o un nitrégeno del nticleo imidazol de histidina, pueden atraer el hidrdége- no de grupos —OH de serina, treonina 0 tirosina, estableciendo puentes de H. Notese que se trata de uniones entre grupos distintos de Jos que estabilizan las estructuras secundarias hélice & 0 lamina B. c) Presencia de cadenas hidrofébicas o hidrofilicas. La presencia de restos hidrofébicos como los de leucina, isoleucina, valina, metionina, fenilalanina, triptéfano, etc., tiene gran importancia como determinante de la conformacién de proteinas en solucién acuosa. Las cadenas laterales apolares tienden a alejarse del contacto con el agua y provocan plegamientos que agru- pan restos hidréfobos en e} interior de la molécu- ia. La proximidad de esos grupos genera fuerzas de atraccién, |lamadas de van der Waals*. Por otro lado, las cadenas laterales con grupos hidréfilos (-COO-, -NH,’, —OH, etc.) tien- ‘de van der Waals. La nube electronica de cada ‘tomo sufre fluctuaciones que generan asimetrias transitorias en la distribucion de la carga cléctrica (dipoles). Cuando des tomas no winidos entre si por enfaces covalentes se aproximan atuina distancia suficientemente pequeiia (0.3 a 0,4 nm). el dipolo de un dtomo induce una perturbacidn en la densidad electrénica del otro y genera (uerzas atractivas. Si los étomos se acercan demasiado, predomina la repulsion entre las cargas negativas de los orbitales electrénicos. Fig. 3-18, Fuerzas que mantienen la estructura terciaria de una cadena polipeptidica. I. Atracciones electrostaticas. II. Puente de hidrégeno. If. Interacciones de cadenas © grupos no polares. [V. Puente disulfuro. V. Grupos hidrofilicos orjentados hacia el exterior (modificado de Anfinsen).

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