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Autores:
M. en C. Addy Cecilia Helguera Repetto
Para guardar la
secuencia en formato
de texto se tiene que
seleccionar la opcin
FASTA (1).
1
2
Se muestra una
pgina en la cual
aparece la
secuencia
completa del gen,
la cual se guarda
como File (1) en
formato FASTA (2).
Seleccionar la
opcin
Nucleotide
blast.
Se puede escribir
el nmero de
acceso de la
secuencia en
estudio o bien la
secuencia en
formato FASTA.
2
Escoger la base de datos en
donde queremos realizar la
bsqueda (others).
Dar la orden BLAST.
Seleccionar multiple
alignment mode (modo de
alineamiento mltiple).
En alignment
(alineamiento) (1)
seleccionar Do
Complete alignment
(Hacer el alineamiento
completo) (2).
4
Posteriormente aparece un recuadro
en el cual se indica en donde y con
que extensiones se guarda el
dendrograma (*.dnd) (3) y el
alineamiento *.aln) (4) y finalmente
seleccionar align (alineamiento)
(5).
Posteriormente
aparece una
pantalla con las
secuencias del
alineamiento.
1- Cerrar archivo
del alineamiento.
2- Se muestra una
ventana en la cual se
aceptan los cambios
Hechos.
1- Abrir el archivo
convertido a formato
MEGA.
Seleccionar el
cdigo gentico
standard (1) y
cerrar la ventana (2).
Se realiza el estudio
filogentico por medio
del mtodo del vecino
ms cercano.
Primero se va a la opcin
de Phylogeny
(Filogenia) (1) y despus
se selecciona el modelo
Neighbor-Joining
(vecino ms cercano) (2).
determinar el nmero de
Se requiere bajar
la secuencia del
gen, como ya se
ha hecho con
anterioridad.
En esta
informacin se
puede observar
que el gen
completo consta
de 2526 pb.
Se muestra como
resultado una hoja que se
proporciona informacin
general de la secuencia,
es importante seleccionar
la regin codificante
marcada como CDS.
La secuencia se
guarda en los
formatos FASTA.
La secuencia
se guarda en
los formatos
FASTA
y texto .
Se inserta el nmero de
acceso o la secuencia de
aminocidos.
La pantalla se actualiza
automticamente para
mostrar las protenas
relacionadas.
En esta pantalla se
observan los
alineamientos
significativos con
las diferentes
protenas.
http://expasy.org/
Ir a
proteomics
En la pgina
de Proteomics:
1- Seleccionar
Protparam.
1- Pegar la secuencia
de la protena.
2- Elegir compute parameters.
2
3
Ir a proteomics (1) y
seleccionar protein
sequences and
identification (2).
Ir a PeptideCutter
Identificacin de
potenciales sitios
de corte
Pegar la secuencia
de la protena (1).
Presionar perform (3).
Seleccionar la (s)
enzimas y/o los
qumicos que deseamos
probar (2).
Ir a
1. Proteomics
2. Protein structure
3. Ir a swiss-model repository
Pegar la secuencia
de la protena.
Protena
Estructura
terciaria
1. proteomics
3. Ir a swiss model
Workspace
2. Protein structure
Trabajar en
Automated mode
1.
2.
3.
Ir a http://www.fruitfly.org/
En el inferior de
la pagina seleccionar
Analysis Tools
(herramientas de anlisis).
Punto de inicio
de la transcripcin.
3. Introducir la secuencia
del gen.
4. Seleccionar la secuencia.
5- Ir a Sequence (secuencia).
6. Seleccionar load DNA1
(descargar DNA1).
7. Elegir from selection
(desde seleccin).
8- Aparece un recuadro.
Oprimir el botnaceptar.
9- Ir a DNA1.
Secuencia de RNA.
1- Colocarse en el espacio
en blanco y presionar el
botn derecho del ratn.
Aparece un cuadro.
2- Seleccionar New file
(Archivo nuevo).
Se muestra el archivo.
9- Elegir structure(s)
(estructura(s)).
Comienza a calcular
la estructura.
Resultado
Estructura secundaria
del RNA.