TEMA 5.

Estructura

secundaria, terciaria y cuaternaria de

las protenas.
Fuerzas dbiles que estabilizan la estructura tridimensional. Geometra del enlace
peptdico. Estructura secundaria: hlices alfa, hojas beta y giros beta. Protenas
fibrosas: alfa-queratina, colgeno. Protenas globulares. Estructura terciaria.
Desnaturalizacin y plegamiento. Chaperonas moleculares. Estructura cuaternaria.
Ventajas estructurales y funcionales de la asociacin cuaternaria. Hemoglobina:
estructura y funcin. Efecto Bohr y anemia falciforme

BIOQUMICA-1 de Medicina
Dpto. Biologa Molecular
Jess Navas

ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL
DE LAS PROTEINAS
Cada protena posee una nica estructura 3D.
La estructura 3D de una protena depende de la
secuencia de aacs.
La funcin de una protena depende de su
estructura 3D.
La estructura 3D se estabiliza mediante enlaces
disulfuro y fuerzas no covalentes.
Dentro de la gran variedad de las protenas se
reconocen algunos patrones estructurales
comunes.
TEMA 5

FUERZAS QUE ESTABILIZAN LA ESTRUCTURA TERCIARIA

Asp

Cys

Glu

COO

2
1

CO
O-

Tyr

Val
OH

+
Cys

NH3

Lys

CH3
CH3
CH3

HO

Ser

CH3

Phe

Ile

1. Puentes di-sulfuro
2. Atraccin electrosttica
3. Puentes de hidrgeno
4. Interaccin hidrofbica
TEMA 5

Protenas nativas son las que se encuentran en su conformacin

funcional plegada (la ms estable).
Las interacciones que estabilizan la conformacin nativa de una
protena son los puentes disulfuro y las interacciones no covalentes.
La conformacin ms estable es la que permite la formacin del
mximo nmero de puentes de hidrgeno dentro de la protena.
En general los residuos hidrofbicos quedan orientados hacia el
interior de la protena, lejos del contacto con el entorno acuoso.
Los residuos hidroflicos quedan orientados hacia el exterior.

TEMA 5

EL ENLACE PEPTDICO ES PLANO Y RGIDO

Los seis tomos del grupo peptdico en el mismo plano debido al
carcter de doble enlace parcial del enlace peptdico

("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,

C.M. Saunders College Publishing. 1999.)

TEMA 5

La resonancia de
electrones
confiere al enlace
peptdico carcter
de doble enlace
parcial

Un doble enlace puro C-O permitira

la rotacin alrededor del C-N

Un doble enlace C=N impedira la

rotacin pero en ese caso habra
una carga neta negativa en el O-

La verdadera densidad electrnica es

intermedia. La barrera para la rotacin C-N es
de unos 88 kJ/mol, que es suficiente para
mantener el grupo amido en un plano
TEMA 5

("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisha

C.M. Saunders College Publishing. 1999.)

(casi siempre, excepto con Pro)

Prolina

TEMA 5

("Biochemistry" 5th ed. Berg, Tymoczko

and Stryer. Freeman and Co. 2002)
7

Hay libre rotacin

alrededor de los enlaces
Ca-CO y Ca-N

TEMA 5

( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.

Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)8

Un pptido tiene muchas

conformaciones segn los
ngulos Phi y Psi
(Adopta la ms favorable
desde el punto de vista
energtico = menores
impedimento estrico y
repulsin electrosttica

Planos del
enlace amida

Cadena lateral

Aminocidos
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisha
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)

TEMA 5

Hlice alfa: un puente de H entre el CO de un aminocido y el

NH del cuarto aminocido (i+4) por detrs

( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.

Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)

TEMA 5

10

Hlice alfa:
Un puente de H entre el CO de un
aminocido y el NH del cuarto por
detrs
3,6 AA por vuelta de hlice
1,5 Amstrong (0,15 nm) de distancia
entre vuelta y vuelta
Dextrgira

("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,

C.M. Saunders
TEMA 5College Publishing. 1999.)

11

Hlice alfa

TEMA 5

("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham

C.M. Saunders College Publishing. 1999.) 12

Las cadenas laterales

sobresalen de manera
perpendicular al eje de la
hlice

Hlice anfiptica: un
lado apolar y otro
hidrfobo (flavodoxina)

Hlice apolar
(citrato sintasa)

Hlice polar
(calmodulina)
( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)

TEMA 5

("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham, 13

C.M. Saunders College Publishing. 1999.)

FACTORES QUE AFECTAN A LA

ESTABILIDAD DE LA HELICE ALFA

Repulsin o atraccin electrosttica entre

residuos.
Impedimento estrico (entre residuos
adyacentes y entre residuos separados por 3
4 aminocidos).
La prolina y la glicina tienen un efecto
desestabilizador de la alfa hlice.
TEMA 5

14

Dos protenas formadas mayoritariamente por hlices alfa

Mioglobina
TEMA 5

Bacteriodopsina
("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
15
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)

CONFORMACION EN LAMINA BETA

Esqueleto de la cadena polipeptdica extendido en
zig-zag.
Las cadenas polipeptdicas en zig-zag se disponen
de manera adyacente formando una lmina
estabilizada por puentes de H.
Lminas beta paralelas (cadenas orientadas en la
misma direccin) y antiparalelas (orientadas en
direcciones opuestas).
TEMA 5

16

Hoja beta paralela

3

Hoja beta antiparalela

TEMA 5

("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,

C.M. Saunders College Publishing. 1999.)

17

CONFORMACION EN LAMINA BETA

Esqueleto de la cadena polipeptdica extendido en
zig-zag.
Las cadenas polipeptdicas en zig-zag se disponen
de manera adyacente formando una lmina
estabilizada por pp de H.
Lminas beta paralelas (cadenas orientadas en la
misma direccin) y antiparalelas (orientadas en
direcciones opuestas).
TEMA 5

18

Hoja beta antiparalela

NN

( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.

19
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)

TEMA 5

Hoja beta paralela

NN

TEMA 5

( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.

Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)20

Hlice alfa:
Representacin del esqueleto
N- C - CO

Hlice alfa

Cadena beta
Representacin del esqueleto
N- C - CO y de los C. Los planos amida
quedan perpendiculares a la pgina

Cadena beta: una hoja beta requiere al

menos dos cadenas

21

TEMA 5

GIROS BETA
Son elementos de conexin entre hlices alfa y/o
lminas beta.
Determinan un cambio de direccin de las
cadenas polipeptdicas.
Se forma un puente de hidrgeno entre un residuo
(n) y el situado tres aminocidos despus (n + 3)
La prolina y la glicina abundan en los giros beta
TEMA 5

22

Antiparalela

Giro beta

Paralela

TEMA 5

("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,

23
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)

La probabilidad de formar helice alfa o lmina beta es en cierta

medida predecible a partir de la secuencia de aminocidos, segn
los angulos y

TEMA 5

("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,

24
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)

Frecuencias relativas de la aparicin de aminocidos en estructuras secundarias

Hlice alfa

Glu, Met, Ala, Leu, Lys

TEMA 5

Lmina beta

Giro beta

Phe, Trp, Tyr, Ile, Val, Thr, Cys

("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,
25
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)

Puede haber largos fragmentos de protena sin estructura secundaria definida

Quimotripsina
TEMA 5

("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,

26
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)

ESTRUCTURA TERCIARIA
Estructura espacial de la protena.
Depende de la secuencia de aacs y puede
predecirse. Se determina por difraccin de RX.
Motivo: patrn de plegamiento caracterstico que
aparece en varias protenas.
Dominio: regin de la cadena polipeptdica que
puede plegarse de manera estable e independiente
TEMA 5

27

La secuencia de
aminocidos permite
predecir con cierta
aproximacin la estructura
tridimensional de dominios
no muy grandes de
protenas

("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,

C.M. Saunders College Publishing. 1999.)

TEMA 5

28

Ortlogos y parlogos tienen

estructuras terciarias semejantes

TEMA 5

(Stryer, 2002) 29

TEMA 5

30

31

TEMA 5

Protenas fibrosas y globulares

Fibrosas: constan de un solo tipo de estructura
secundaria. Funcin estructural. Insolubles en
agua. Alfa-queratinas, colgeno y elastina.
Globulares: constan de varios tipos de estructura
secundaria. Solubles en agua. Enzimas y protenas
reguladoras.
TEMA 5

32

COLAGENO
Se encuentra en el tejido conjuntivo de tendones,
cartlagos, matriz orgnica de huesos y crnea del ojo.
Hlice levgira ms compacta que la alfa hlice.
Superhlice dextrgira formada por enrollamiento de 3
hlices (tropocolgeno)
Gli, Ala, 4-0H-Pro, 5-0H-Lys muy abundantes.
El tripptido Gly-X-Pro aparece repetido numerosas
veces a lo largo de la cadena del colgeno
33

TEMA 5

Triple hlice
del
colgeno
Colgeno tipo I: [1(I)]2 2(I): tendones, huesos y piel
Colgeno tipo II: [1(II)]3 : cartlago
Colgeno tipo III: [1(III)]3 vasos, piel recin nacido,
pared intestinal

TEMA
5 ed. Garrett, R.H. and Grisham,
("Biochemistry"
2nd
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)

34

Hlice del
colgeno

Triple hlice
del colgeno

Triple hlice
del colgeno
(corte sagital)

TEMA 5

( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.

Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)35

TEMA 5

36

Hlice alfa

TEMA
5 of Biochemistry Nelson, DL and
( Lehninger
Principles
Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)

Cadena de colgeno

Hlice de colgeno

37

Fibras de
colgeno

TEMA 5

( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.

Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)38

Modificaciones postraduccionales
de aminocidos del colgeno

4-Hidroxi-Pro

3-Hidroxi-Pro

5-Hidroxi-Lys

Lys

Lys

("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,

C.M. Saunders College Publishing. 1999.)

TEMA 5

Puentes de Lys entre cadenas de colgeno

39

ENFERMEDADES DEL COLAGENO

Escorbuto: fragilidad capilar, hemorragias, lesiones
cutneas. Dficit de Vitamina C.
Sndrome de osteognesis imperfecta. Mutacin
Gly988/Cys en el colgeno tipo I. Huesos quebradizos,
deformaciones en el esqueleto (nios de cristal).
Sndrome de Ehler-Danlos. Piel hiperextensible, exceso
de movilidad en las articulaciones. Rotura de arterias y
vejiga (ms graves).
Latirismo. Inhibicin de la lisil oxidasa. Deformacin
de la columna vertebral, luxacin de articulaciones,
desmineralizacin de huesos, hemorragias articulares.
TEMA 5

40

TEMA 5

41

TEMA 5

42
Molecular Biology of the Cell
Alberts et el. Garland. 1994

GLOBINAS

TEMA 5

( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.

Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)43

Grupo hemo: grupo prosttico de la mioglobina y hemoglobina

Anillo plano, hidrfobo

TEMA 5

( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.

Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)44

MIOGLOBINA: 153 aac,17200 Da

TEMA 5

( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.

Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)45

Puente de H entre el O2
y el H de la His

TEMA 5

46
(Mattews and van Holde.
Bioqumica. McGraw-Hill)

Los aminocidos hidrofbicos estn en el interior de la globina

TEMA 5

Hidrofbicos en rojo

Hidroflicos en verde

47

(Mattews-van Holde)
TEMA 5

48

TEMA 5

( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.

Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)49

The tetrameric structure of hemoglobin

TEMA 5

50

Curvas de saturacin de Mb y Hb con oxgeno

Presin parcial de O2 en
capilares de tejidos y msculo
Presin parcial de O2 en
sangre arterial de pulmones

Mioglobina

Saturacin con O2

1,0 0,8 0,6 -

Hemoglobina

0,4 0,2 -

0
TEMA 5

40

80

120 P O2 (mm Hg)

51

La unin del oxgeno provoca un cambio conformacional

en aminocidos cercanos al grupo hemo .........

TEMA 5

52

... Que se transmite a toda la cadena y a las cuatro cadenas

(+O2)

53

TEMA 5

Efecto Bohr y efecto del BPG

Tejidos

26
TEMA 5

Pulmones

100 mm Hg
( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.
54
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)

TEMA 5

TEMA 5

(Mathews -van Holde)

55

(Bioqumica 3 ed. T.M.Devlin56

Ed. Revert. 1999))

Hb fetal (22): His143 / Ser. Menor afinidad por el 2,3-BPG

y por tanto mayor afinidad por el O2

(Mathews -van Holde)

TEMA 5

57

Formacin de fibras
de hemoglobina S

Saliente hidrofbico
(Glu6 Val6 de -globina)
( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.
Nelson,
DL and
TEMA
5 Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)

58

Anemia falciforme

TEMA 5

TEMA 5

(Mathews -van Holde)

59

( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.

Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)60

Identificacin de HbS
por electroforesis

(Modern Genetic Analysis.

A.J. Griffiths et al. Freeman and Co. 1999)

61

TEMA 5

Patologa molecular de la hemoglobina

TEMA 5

62

DESNATURALIZACION DE
PROTEINAS
Prdida de la estructura 3D de una protena.
Cambian las propiedades fsicas, qumicas y
biolgicas.
Se produce por tratamiento con agentes
fsicos y agentes qumicos.

63

TEMA 5

Agentes desnaturalizantes

TEMA 5

cidos y bases fuertes

Disolventes orgnicos (alcoholes, cetonas, cloroformo)
Detergentes (SDS)
Agentes reductores (mercaptoetanol)
Compuestos polares neutros (urea, guanidina)
Sales a elevada concentracin
Aumento de temperatura
Agresin mecnica (agitacin, trituracin)
64

Desnaturalizacion
y renaturalizacin
de la RNasa

TEMA 5

( Lehninger Principles of Biochemistry 3th.ed.

65
Nelson, DL and Cox, M.M. Worth Publishers, 2000.)

PLEGAMIENTO DE LAS
PROTEINAS
Para que las protenas funcionen correctamente han de
plegarse y alcanzar el estado nativo, su conformacin
ms estable.
En el proceso de plegamiento de algunas protenas
intervienen las chaperonas (HSPs, disulfuro-isomerasa),
que ayudan a plegarse a otras protenas.
Enfermedades por plegamiento anormal de protenas:
Creutzfeldt-Jacob (encefalopata espongiforme),
Alzheimer, esclerosis lateral amiotrfica, Parkinson.
TEMA 5

66

Formacin rpida de estructuras

secundarias locales

Formacin de dominios a travs de

la agregacin cooperativa de
ncleos de plegamiento

Formacin de glbulo fundido

Ruta de plegamiento
de protenas

Ajuste de la conformacin
de los dominios

Protena plegada final

TEMA 5

("Biochemistry" 2nd ed. Garrett, R.H. and Grisham,

67
C.M. Saunders College Publishing. 1999.)