Principios en mapeo de caracteres cuantitativos

Taller: Mapas de ligamiento gentico, QTLs, bases de datos y vas

metablicas en Arabidopsis thaliana: del modelo a la prctica
Motivacin
El mejoramiento gentico en plantas se ha utilizado con el fin de incrementar la
productividad en los cultivos. En el pasado los caracteres a mejorar eran
mayormente gobernados por un gen; ahora los fitomejoradores lidian con
caracteres complejos gobernados por varios genes, denominados caracteres
polignicos. Es por esto que se han desarrollado metodologas para identificar
los loci responsables de dichos caracteres cuantitativos; a esta metodologa se
le denomina mapeo de caracteres cuantitativos (abreviado QTL por su
significado en ingls Quantitative trait loci). El mapeo de QTLs es un paso
preliminar

para

trabajar

con

mejoramiento

asistido

por

marcadores

moleculares, una herramienta de la gentica moderna. Por lo tanto es

importante comprender dicha tcnica y as entrar en la era del mejoramiento
molecular de plantas.
Objetivo general
Entender el principio, manejar conceptos y software relacionados con mapeo
de QTLs y su aplicacin en el mejoramiento asistido por marcadores
moleculares en plantas.
Objetivos especficos
a) Entender los principios del mapeo de QTLs
b) Aprender a manipular poblaciones segregantes para mapeo de QTLs
(en este caso la poblacin segregante Ler/Cvi de Arabidopsis thaliana).
c) Aprender a utilizar bases de datos, mapas genticos y datos de locus
para mapear QTLs.
d) Entender el uso de QTLs en el mejoramiento de plantas.

Ejercicio 1. Marcadores y concentracin de Magnesio

Se realiz un experimento en donde se creci la poblacin segregante LerAn1 de Arabidopsis en suelo. Dicha poblacin est compuesta por 120 RILs
(Recombinant inbred lines). En dicha poblacin se cuantific la concentracin
de distintos minerales. En el archivo de excel Mapeo de QTLs, en la hoja de
clculo Marcadores, usted puede encontrar la concentracin de Mg para cada
lnea recombinante, adems se presentan los polimorfismos para 3 marcadores
diferentes (SNP105, CF7M19 y nga6).

P1. Cul de los tres marcadores

presenta diferencias en la concentracin de Mg entre los alelos parentales?

Estime las medias y desviaciones estndar de cada marcador (acorde a los
alelos parentales) y grafique dichos datos.
De esta manera usted ha encontrado un marcador que afecta la concentracin
de Mg, bsicamente es un QTL, ya que es un marcador molecular que
presenta diferencias para un caracter cuantitativo. Esta es una manera de
mapear los QTLs presentes para un caracter, sin embargo es un proceso
tedioso ya que debera repetirse 80 veces aproximadamente (el nmero de
marcadores). Adems, podra no detectar QTLs fantasma, es por esto que el
uso de programas para mapeo de QTLs facilita y maximiza el mapeo de QTLs.
Ejercicio 2. Mapeo de caracteres con distribucin normal
Antes de empezar con el anlisis de los QTLs por medio del software
MapQTL6, primero se debe determinar si los datos presentan una distribucin
normal. Para esto trabaje con el software InfoStat. Copie los datos presentes
en el archivo de excel Mapeo de QTLs en la hoja de clculo Magnesio. Pegue
los datos en una nueva hoja de clculo (Archivo/Nueva tabla/Pegar con
nombres de columnas). Realice un histograma (Grficos/Histograma/Variable Y
= P); utilice un mnimo de 12 clases. El histograma ayuda a visualizar si los
datos son normales o no. De presentarse una forma de campana en el grfico
se puede pensar que los datos son normales. Para respaldar sus
observaciones realice una prueba de Shapiro Wilks (Estadsticas/Inferencia
basada en una muestra/Prueba de Normalidad Shapiro Wilks). La hiptesis
nula es que los datos tienen distribucin normal, es decir, un P > 0.05 significa

que los datos no difieren de una distribucin normal. P2. Presentan normalidad
los datos?
De presentar una distribucin normal, dirjase al programa MapQTL6
(Programas/Kyasma/MapQTL6).

Empiece un nuevo proyecto (File/New

Project). Ahora tiene que introducir los datos de los locus para esto haga clic en
el botn con una flecha roja.

Una vez all, busque en las carpetas del curso el archivo LerAn (JoinMap
Locus Genotypes File) y abra dicho archivo.

El entorno del programa se debe ver de la misma manera que se presenta a

continuacin:

Ahora se deben de abrir los datos cuantitativos, para esto haga clic
nuevamente en la flecha roja y abra el archivo Magnesio (MapQTL
Quantitative Data File). Cuando se pregunte el nombre de la poblacin al que
debe ir el archivo siempre debe escribirse LerAn.

El entorno del programa se debe ver de la misma manera que se presenta a

continuacin:

El siguiente paso es introducir el mapa de ligamiento. Para esto tiene que hacer
clic en la pestaa Maps y dar clic en el botn con la flecha roja.

Ahora el programa ya se encuentra listo para realizar el mapeo de QTLs

afectando la concentracin magnesio.
Para empezar con el anlisis, debe hacer clic con el botn derecho del mouse
sobre los mapas a evaluar (estos cambian a color rojo, violeta).

Seguidamente, se debe hacer clic derecho sobre la base de datos que se

quiere analizar y hacer clic en la opcin Analyse for QTLs.

Ahora se debe seleccionar en la pestaa de Analysis la opcin Interval

Mapping. P3. Qu es el mapeo en intervalos y porqu se realiza? Una vez
seleccionado se puede oprimir el botn de calcular

En este momento tome su tiempo para entender cada una de las pestaas
presentadas en el entorno del programa. La pestaa Project presenta un
resumen de cada uno de los pasos que se han realizado hasta el momento. En
Notes

se

pueden

escribir

notas

que

van

ser

guardadas

para

proyectos/anlisis posteriores. En Population se muestra un resumen de los

datos introducidos para realizar el mapeo. Traits, Genotypes y Map, muestran
de manera detallada los datos suministrados para el mapeo; cabe mencionar
que Map presenta una opcin para marcar loci que pueden servir como
cofactores al realizar MQM mapping. La pestaa Session indica los

parmetros utilizados para realizar el mapeo. Los resultados son mostrados en

las pestaas Results y Results charts. Se dice que un QTL es significativo
cuando su valor de LOD es mayor a 2.5 (Permutation test es una opcin que
permite estimar el valor de LOD al que se mapea un QTL, sin embargo no se
recomienda hacer en esta prctica ya que su anlisis puede durar hasta 1
hora!). P4 Cuntos QTLs afectan la concentracin de Mg? En qu
cromosoma se encuentran? Cules son los marcadores ms cercanos al
QTL? Qu es el valor de lod? Qu es el % Exp.?

Ejercicio 3. Mapeo de caracteres con datos sin distribucin normal

En el ejercicio anterior usted mapeo QTLs de datos que presentaban una
distribucin normal. Ahora debe realizar el mapeo con datos provenientes de
porcentajes de germinacin (conteos). Para esto debe cuantificar la
germinacin de la poblacin segregante LerCvi que estuvo germinando con y
sin vernalizacin. La vernalizacin en arabidopsis se realiza a 4C durante 5-7
das. Luego las semillas se germinaron a 25 C.
Una vez que ha evaluado y tabulado todos los datos, realice un histograma y
una prueba de Shapiro Wilks para determinar si los datos cumplen con una
distribucin normal. P5. Tienen los datos una distribucin normal? Existen
diferencias de germinacin entre los tratamientos con y sin vernalizacin?
Difieren los valores de germinacin para las lneas parentales? Determine
promedios por lneas y transfiera los datos a un archivo que el programa
MapQTL6 pueda reconocer (MapQTL quantitative data file), utilice la hoja de
datos localizada en la hoja de clculo germinacin.
El procedimiento para realizar el mapeo es el mismo del ejercicio 2, la nica
diferencia es que el tipo de anlisis utilizado, el cual es Kruskall wallis en lugar
de interval mapping. Adems los mapas de ligamiento y datos de locus van a
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ser diferentes (utilice los archivos LerCvi_1_2, LerCvi-3_4, LerCvi_5). Cabe

mencionar que al utilizar este tipo de anlisis no se va a contar con valor LOD,
sino que se va a tener un valor de K, por lo que la significancia para mapear un
QTL debe de incrementarse. P6. Hay diferencias entre los QTLs mapeados
con y sin vernalizacin? Hay loci pleiotrpicos?
Hasta este punto usted ha sido capaz de mapear caracteres cuantitativos, esto
es, relacionar valores cuantitativos de un fenotipo con marcadores moleculares.
El mapeo de QTLs por s slo es una herramienta muy til para mejoramiento
gentico, ya que permite identificar los marcadores moleculares (loci) que
afectan un carcter cuantitativo de inters. Es relevante mencionar que los
QTLs mapeados para un determinado carcter deben ser confirmados. El uso
de NILs (Near isogenic lines) es una buena opcin, adems se debe de
estudiar posibles efectos epstaticos entre los distintos QTLs. Tambin, si las
poblaciones segregantes crecen en distintos ambientes es posible determinar
interacciones QTL ambiente.
El manual y ms informacin del software MapQTL6 estn disponibles en el
siguiente link: http://www.kyazma.nl/index.php/mc.MapQTL/sc.General/
En el link se puede descargar un programa de prueba. Para ms informacin o
referencias se recomienda visitar el sitio http://www.kyazma.nl/