Facultad de Ingeniera

Escuela Profesional de Ingeniera Electrnica Telecomunicaciones

Proyecto Electrnico / Telecomunicaciones 1

Evaluacin Parcial

Sistema porttil de adquisicin de

imgenes y cuantificacin de fluorescencia
orientado a brindar informacin
caracterstica para la deteccin de
Plasmodium spp y diagnstico rpido de la
malaria
Autor(es):
Alonso S. Snchez Huapaya
Sergio A. Serpa Pinillos
Profesor:
Guillermo L. Kemper Vsquez

Mayo, 2015

1.-Situacin Problemtica y Definicin del Problema

1.1.-Situacion Problemtica
La malaria o paludismo es una enfermedad causada por el parsito
Plasmodium spp, el cual infecta el mosquito Anopheles, que se alimenta del
torrente sanguneo de los humanos. El paludismo se transmite en zonas
tropicales y subtropicales, donde las condiciones de temperatura, humedad y
precipitacin permiten a los mosquitos sobrevivir y multiplicarse, y a los
parsitos completar su ciclo de vida en los mosquitos. La mayor transmisin de
malaria se encuentra en frica Subsahariana y en algunas partes de Oceana 1.
Segn la Organizacin Mundial de la Salud (OMS), hay aproximadamente 3300
millones de personas en 97 pases en riesgo de padecer paludismo, y 1200
millones cuyo riesgo es elevado (ms de 1 caso de paludismo por cada 1000
habitantes al ao)2.
A pesar de esto, ha habido mejoras en el control de vectores (mosquitos
Anopheles), diagnstico y tratamiento. Particularmente para el diagnstico,
desde el 2010 ha habido un aumento en la proporcin de casos sospechosos a
los que se les ha realizado pruebas de diagnstico antes de realizar
tratamiento, con 96 de 97 pases en riesgo adoptando la poltica de realizar
dichas pruebas a todos los casos sospechosos. La regin frica de la OMS ha
mostrado el mayor aumento de la proporcin: de 47% en el 2010 a 62% en el
2013. Esto se debe sobre todo al aumento en el uso de pruebas de diagnstico
rpido (RDTs), que se ha duplicado desde el 2010 hasta aplicarse en el 52% de
casos en el 20133.
A escala global, se identifica una tendencia creciente en tanto las ventas de
RDTs como en la distribucin de las mismas por parte de los Programas
Nacionales de Control de Malaria (NMCPs, por sus siglas en ingls). Por un lado,
se reporta un incremento de 46 millones (2008) a 319 millones (2013) de RDTs
vendidas mundialmente, tanto para clientes del sector privado como pblico.
Por otro lado, el incremento de RDTs distribuidas por NMCPs tuvo un
crecimiento reportado de 200 000 (2005) a 160 millones (2013). La diferencia
entre el nmero de RDTs vendidas y RDTs distribuidas se puede deber a

1 Cfr. Centers for Disease Control and Prevention

2 Cfr. Organizacin Mundial de la Salud, p. 4
3 Cfr. Organizacin Mundial de la Salud, p. 14

retrasos en la cadena de suministro. Sin embargo, la tendencia creciente es

innegable en ambos casos4.
Adicionalmente, la calidad de las RDTs contina siendo alta desde el 2008,
fecha en la cual la OMS, la Foundation for Innovative New Diagnostics (FIND), el
Special Programme for Research and Training in Tropical Diseases (TDR) y los
Centros para el Control y Prevencin de Enfermedades (CDC) iniciaron las de
pruebas de control de calidad de RDTs. Las pruebas realizadas en el 2013
muestran un alto nivel de deteccin para densidades de parsitos de 2000
parsitos/L. Sin embargo, para densidades menores (200 parsitos/L) las
pruebas mostraron un 76% (Plasmodium falciparum) y tan solo 42%
(Plasmodium vivax) de deteccin5.
No obstante la calidad actual de las RDTs comerciales, existen retos
relacionados a los parmetros estadsticos de las pruebas y factores
bioqumicos y genticos del parsito que deben ser superados para mejorar
significativamente dichas pruebas. En cuanto a los parmetros estadsticos,
existe una considerable variabilidad en las especificidades, sensibilidades,
nmero de falsos positivos y negativos. Respecto a los parmetros bioqumicos
y genticos, se tiene que uno de los antgenos empleados para la deteccin del
Plasmodium (PfHRP2) presenta alta variabilidad gentica. Adems, muchas
veces persiste la presencia de antgenos en el torrente sanguneo despus de
la eliminacin de los parsitos6.
Por las limitaciones expuestas, actualmente an se considera la microscopa
como el estndar de oro para el diagnstico de malaria. Sin embargo, este
mtodo requiere tcnicos altamente capacitados, infraestructura adecuada,
tiempo para obtener los resultados y demanda varias horas de trabajo. Estos
requerimientos son difciles de cumplir en zonas rurales y periurbanas, donde
el paludismo es endmico. Entonces, cuando se requiere emplear una RDT, es
difcil asegurar el cumplimiento de las especificaciones dadas por la OMS,
debido a la variabilidad de parmetros estadsticos entre una prueba y otra.
Estas especificaciones son: deteccin de 100 parsitos/L sensibilidad mnima
del 95% respecto a la microscopa y especificidad mnima del 90% para todas
las especies de malaria. Por ello, es urgente encontrar nuevos mtodos que
permitan asegurar estos parmetros7.
4 Cfr. World Health Organization, p. 20
5 Cfr. World Health Organization, p. 22
6 Cfr. Mouatcho y Goldring, p. 1491
7 Cfr. Mouatcho y Goldring, p. 1492

En este contexto, el Centro de Investigacin de la Universidad Peruana de

Ciencias Aplicadas (UPC) se encuentra desarrollando un biosensor fluorescente
para un biomarcador de Plasmodium spp, que tenga menores limitaciones
respecto a los usados en las RDT comerciales. El objetivo es que dicho
biosensor forme parte de una RDT por fluorescencia en el futuro, para
emplearse en zonas de riesgo de malaria. Este se basa en una protena a la
que se le adicionar una molcula fluorescente. Para cuantificar la
fluorescencia,
el
Centro
de
Investigacin
cuenta
con
algunos
espectrofotmetros: Beckman DU640, Agilent Cary 4 y el nuevo NanoDrop
3300 Thermo. Sin embargo, estos no son adecuados para emplearse como
parte de una RDT, debido a su alto costo, tamao inadecuado y/o complejidad
de uso. Por ejemplo, el NanoDrop 3300 (el nico que no est fuera de
circulacin) tiene un costo de aproximado de $12500 y requiere de
conocimientos tcnicos para preparar y colocar la muestra a analizar. El
Beckman DU640 mide 53 cm x 69 cm x 58 cm y pesa 20 kg.
Por otro lado, en el mercado no hay pruebas de diagnstico rpido que
empleen fluorescencia y hayan sido probadas por la OMS (Information note on
recommended selection criteria for procurement of malaria rapid diagnostic
tests. WHO 2014). Esto imposibilita que puedan adquirirse equipos que renan
las caractersticas necesarias para formar parte de una RDT con fluorescencia.
La razn es que la fluorescencia cuenta con relativamente poco tiempo de
aplicacin en el diagnstico en medicina, a comparacin de la colorimetra
empleada en las RDTs comerciales. Finalmente, la opcin de cuantificar la
fluorescencia de manera visual est limitada por la poca habilidad del ser
humano para cuantificar magnitudes continuas con exactitud.
As, aparece la necesidad de desarrollar un sistema que cuantifique
dicha fluorescencia, para asegurar la objetividad de la prueba.
1.2.-Definicin del Problema
1.2.1.-rbol del Problema

1.2.2.-Problema General
Ineficiente mtodo de cuantificacin de fluorescencia
orientado a brindar informacin caracterstica en la prueba
de diagnstico rpido (RTD) de Plasmodium spp en el Centro
de Investigacin de la Facultad de Ciencias de la Salud de la
UPC.
1.2.3.-Problema Ingenieril

Qu consideraciones tecnolgicas e ingenieriles de diseo

electrnico y de software se tienen que llevar en cuenta, a
fin de desarrollar un mtodo de cuantificacin de
fluorescencia
orientado
a
brindar
informacin
caracterstica para la deteccin de plasmodium spp
que satisfaga los requerimientos de
velocidad,
portabilidad y precisin con el objetivo de mejorar la
calidad de diagnstico de Malaria en zonas rurales
del Per?

2.-Estado del Arte

2.1.-Productos y soluciones existentes
Fluorospectrmetro: NanoDrop 3300
Son sistemas utilizados para verificar las concentraciones selectivas de
ADN, ARN y protenas. Utilizando un sistema de retencin de muestras
patentado minimiza el lmite de deteccin de masas y aumenta la
sensibilidad, lo que permite medicin de muestras con un volumen de
aproximadamente 1L. Este producto se muestra en la figura 2.1.

Fig. 2.1. NanoDrop 3300

Ventajas

Cuenta con leds UV, azul y blanco, cubriendo un gran rango de

longitudes de onda.
No necesita filtros ni monocromadores.
Posibilidad de medir varios fluoroforos con una sola muestra.
Permite visualizar datos espectrales y de cuantificacin.
Reducido tamao y peso.

Desventajas
Permite el anlisis de una sola muestra.
Requiere utilizacin de instrumentos
colocacin de muestras.

de

precisin

para

la

 Tiempo de espera de resultados: 5-10 segundos.

Alimentacin por puerto USB, limita la portabilidad del equipo.
Requiere de un perifrico externo para la visualizacin de
resultados.
Tiene un costo de aproximadamente $12500
Este producto no es utilizado por el Centro de Investigacin de la UPC
pues no integra todas las consideraciones necesarias para que sea parte
de una RDT (portabilidad, fcil uso, bajo costo).
Espectrmetro: Beckman DU 600
Es un espectrmetro controlado por microprocesadores destinado a
usarse en procedimientos cuantitativos y cualitativos de investigaciones
biolgicas e industriales que requieran medidas espectromtricas en la
regin UV-Visible del espectro electromagntico. Se muestra este
producto en la figura 2.2.

Fig. 2.2. Beckman DU 600

Ventajas

Rango de longitudes de onda: 190-1100 nm.

Realiza escaneo de las longitudes de onda en absorbancia y
transmitancia.
Almacena la informacin automticamente para su manipulacin
(ploteos, tabulaciones, etc).
Permite visualizar datos espectrales y de cuantificacin.

Desventajas
Permite el anlisis de una sola muestra.
Requiere capacitacin para la utilizacin del dispositivo.
Alimentacin por toma de corriente, limita la portabilidad del
equipo.
Requiere de un perifrico externo para la visualizacin de
resultados y para la interaccin con sistema.
Es de gran tamao (53x69x58 cm) y peso (20 Kg)

 Tiene un costo de aproximadamente $2800.

Este producto tampoco es utilizado por el Centro de Investigacin de la
UPC pues, al igual que el anterior, no integra todas las consideraciones
necesarias para que sea parte de una RDT (portabilidad, fcil uso, bajo
costo).

2.2.-Publicaciones Cientficas/Ingenieriles
Ata Khan et al. (2014), en la publicacin titulada Detection and
Characterization of antinuclear antibody using Fluorescence Image Processing
en la International Conference on Robotics and Emerging Allied Technologies in
Engineering (iCREATE), presenta una tcnica de segmentacin, deteccin y
cuantificacin de anticuerpos antinucleares presentes en las muestras de
sangre colocadas en celdas HEp-2. El mtodo propone un algoritmo de
procesamiento basado en la intensidad de la fluorescencia, convirtiendo la
imagen capturada a escala de grises y binario para eliminar la informacin de
tono y saturacin mientras retienen la luminancia. En algunos casos los
resultados mostrados son satisfactorios llegando al 98.52% de eficiencia. Sin
embargo, en pruebas donde la concentracin de anticuerpos antinucleares es
mucho mayor, se producen falsos positivos, lo cual hace que los resultados no
sean tan precisos respecto al desempeo del mtodo propuesto.
Khongsuwan et al. (2011), en la publicacin Counting Number of Points
for Acne Vulgaris Using UV Fluorescence and Image Processing, presenta un
mtodo para el conteo de puntos de Acn Vulgaris basado en ecualizacin de
histograma, transformada de mximos extendida y etiquetado. Se emplean
imgenes en escala de grises, pues toda la informacin de inters se encuentra
en la seal de luminancia. La ecualizacin se realiza mediante un algoritmo
adaptivo con limitacin de contraste. La transformada de mximos es los
mximos regionales de la transformada H. El etiquetado se realiza considerado
8-adyacencia. La exactitud (83.75%), precisin (85.04%) y sensibilidad
(98.22%) obtenidas son aceptables. No obstante, slo se emplearon 10
imgenes de muestra, lo cual hace que los resultados no sean tan
concluyentes. Adems, no se considera el parmetro de especificidad para
validar el mtodo.
Le et al. (2011), en la publicacin titulada Research on method of LEDinduced chlorophyll fluorescence spectrum and image information acquisition,
presenta un mtodo para anlisis de fluorescencia de clorofila inducida por
LED, empleando espectroscopia y procesamiento de imgenes. El sistema de
adquisicin de imagen est formado por un LED ([455, 460] nm), una cmara

CMOS MV-2000UC, un filtro pasa banda ([600, 700] nm) y una PC. Se toman
varias imgenes en un perodo de tiempo no especificado para su posterior
anlisis. Para el procesamiento de cada imagen adquirida, se emplea un
algoritmo de mejora con falso color a escala de grises. Para determinar los
pxeles de fluorescencia, se binariza la imagen con el mtodo de Otsu.
Finalmente, se calcula el promedio de la intensidad de cada pixel de
fluorescencia en toda la imagen y se analizan los resultados. La publicacin
afirma que los resultados obtenidos se corroboran con una curva de dinmica
de fluorescencia inducida en clorofila, pero no muestra dicha curva en ninguna
parte. Adicionalmente, no se muestra ningn parmetro estadstico de
validacin para el mtodo propuesto.
3.-Justificacin
El producto final resuelve la solucin problemtica planteada, debido a
que permitir:

Incrementar la portabilidad respecto a equipos existentes. Los

equipos existentes (como los descritos en el punto 2.1.) tienen
limitaciones de portabilidad debido a la necesidad de una red
elctrica para su funcionamiento y, algunas veces, debido a un gran
tamao. El equipo a desarrollar funcionar con bateras recargables y
tendr un tamao relativamente pequeo.
Disminuir la necesidad de personal especializado. El sistema a
desarrollar podr ser utilizado tan solo siguiendo una serie de pasos
sencillos. Adems, al finalizar el anlisis, el equipo devolver los
resultados en un formato fcil de leer y sin requerir mayor
interpretacin.
Aumentar el nivel de precisin en mediciones realizadas por
varias personas. El sistema brindara informacin base para un
diagnstico. Al contar con esa informacin, los diagnsticos
realizados por varias personas especializadas ser menos variable.
Disminuir la influencia de factores externos que afecten la
cuantificacin. El recinto de captura ser un ambiente controlado
donde las fuentes de error sern mnimas. Adems, el micro arreglo
donde se colocarn las muestras contar con puntos de control o
referencia para el algoritmo de procesamiento.

Adicionalmente, el desarrollo del producto final implica resolver diferentes

problemas de ingeniera, como son:

Diseo del recinto. Se tendrn que considerar restricciones de

forma, tamao y disposicin de los componentes.

Diseo del sistema de iluminacin. Se tendrn que tomar en

cuenta factores como el consumo de energa, intensidad y
uniformidad de iluminacin, longitudes de onda emitidas.
Diseo del sistema de captura. Respecto a la cmara, se
considerarn restricciones de resolucin, facilidad de configuracin,
enfoque mnimo, rea de captura, longitudes de onda capturadas.
Respecto a los filtros pticos, se tomarn en cuenta las longitudes de
onda de paso y transmitancia.
Algoritmos de procesamiento de imgenes. Se debern
considerar restricciones de carga computacional (tiempo y memoria).
Sistema de conectividad. Se tomarn en cuenta el consumo de
energa, alcance, velocidad de conexin y empleo de una banda de
frecuencia libre.
Diseo de interfaz grfica de usuario. Deber ser fcil de usar y
atractivo a la vista.
Sistema de alimentacin. No deber contaminar el medio
ambiente, deber brindar un voltaje constante en el tiempo, deber
ser de una potencia adecuada y deber ser recargable.

Adems, es un problema planteado directamente por el Centro de

Investigacin de la UPC, quien apoyar el proyecto brindando el
financiamiento para la adquisicin de materiales, infraestructura y asesora
tcnica respecto a los aspectos biofsicos del problema. La inversin
estimada es de S/. 2000, monto que puede ser afrontado por la institucin
patrocinador.
As mismo, el producto propuesto presenta un gran mercado potencial
de ventas, ya que segn cifras de la OMS, la venta, distribucin y uso de las
RDTs en el mundo est en aumento. Con un total de ventas de 319
millones el 2013 en comparacin a las 46 millones del 2008 y con un
incremento en la distribucin de 200 000 en el 2005 a 160 millones en el
2013 se evidencia que el mercado para las RDTs presenta gran demanda.
Tambin, el desarrollo del producto final va a permitir mejorar la calidad
de los diagnsticos de malaria en el Per, brindar un diagnstico ms rpido
al paciente y llegar a lugares donde no se cuenta con la tecnologa
adecuada para este tipo de diagnstico apostando por la inclusin social
Finalmente, la solucin planteada tendr un aporte tecnolgico
importante, pues desarrollar tcnicas de captura y procesamiento de
imgenes con fluorescencia, la cual viene aplicndose cada vez ms no solo
en el rea de la medicina, sino tambin en otras. Adems, emplear un
sistema embebido con menos de 5 aos en el mercado, y que cuenta con
muchsimas aplicaciones a nivel de aficionado, pero tiene mucho potencial

para aplicaciones de mayor complejidad, que incluso puedan llevarse al

mercado.
4.-Objetivos
4.1.-rbol de Objetivos

4.2.-Objetivo General
Desarrollo de un mtodo eficiente de cuantificacin de
fluorescencia orientado a brindar informacin caracterstica en la
prueba de diagnstico rpido (RTD) de Plasmodium spp en el
Centro de Investigacin de la Facultad de Ciencias de la Salud de
la UPC.
4.3.-Objetivos Especficos

Implementar un sistema de captura que posibilite la

obtencin de una imagen de calidad y permita el filtraje de
color adecuado. Indicador: Un sistema de adquisicin
de imgenes debidamente configurado y calibrado
con opcin de filtrado de color.
Disear un sistema de iluminacin que permita la excitacin
uniforme de los fluoroforos y no genere gran consumo de
potencia. Indicador: Sistema de iluminacin diseado
e implementado con un consumo de corriente no
mayor a 300 mAh
Implementar un sistema de energa no contaminante capaz
de alimentar a todo el sistema durante el proceso de
obtencin y envi de datos. Indicador: Un sistema de
energa que utilice bateras Li-Poly (Litio polmero)
no contaminante y que tenga un consumo de
corriente mximo de 1.5 Ah
Implementar un sistema de transmisin de datos capaz de
enviar informacin a un servidor para su almacenamiento.
Indicador: Un sistema de transmisin de datos capaz
de conectarse a un servidor de internet.
Desarrollar un sistema de procesamiento ptimo que
permita analizar la fluorescencia emitida por la muestra y
haga un anlisis de la misma. Indicador: Algoritmo de
procesamiento de imgenes que cuantifique la
fluorescencia en la muestra.
Disear una interfaz visual simple y entendible por
cualquier usuario a travs de un perifrico, a partir del cual
se decidirn todas las acciones del sistema. Indicador:
Interfaz sencilla desarrollada con las opciones de
realizar una prueba nueva, ver historial de
pruebas, configuracin de sistema y apagar
sistema.
Disear una estructura capaz de albergar la muestra a
analizar, el sistema de captura, el sistema de iluminacin,
sistema de energa, sistema de transmisin de datos,

sistema de procesamiento y el perifrico de interfaz visual.

Indicador:
Estructura
implementada
con
las
siguientes caractersticas: dimensiones no mayores a
15x15x15 cm, cajn para la muestra, una pantalla no
mayor a 6 pulgadas en la parte superior.
Validar los resultados de las pruebas realizadas con las
muestras de control. Indicador: Reporte de validacin
de pruebas.
Mantener permanente coordinacin con el equipo de
proyecto del laboratorio para elevar la probabilidad de uso
del sistema. Indicador: Actas de reunin con el equipo
de laboratorio.

5.-Descripcin de la solucin propuesta

5.1.-Descripcin
5.1.1.-Diagrama de bloques pictrico

Fig. 5.1. Diagrama de bloques pictrico del sistema

Fig. 5.2. Representacin pictrica del equipo: mitad inferior

Fig. 5.3. Representacin pictrica del equipo: mitad superior.

Fig. 5.4. Representacin pictrica del equipo: corte sagital, lado derecho

Fig. 5.5. Representacin pictrica del equipo: corte sagital, lado izquierdo

Fig. 5.6. Representacin pictrica del equipo: vista de planta, mitad inferior y
superior

Fig. 5.7. Representacin pictrica del equipo: vista inferior de la mitad superior

5.1.2.-Funcionamiento
i) Encender el sistema (switch a ON) y esperar el aviso de Listo
en la pantalla. Dar clic en Continuar. Se visualizaran las
opciones Prueba Nueva, Ver Historial de Pruebas,
Configuracin del sistema y Apagar.
ii) Si se quieren configurar las opciones de red del sistema, elegir
Configuracin del sistema. Caso contrario, ir al punto (v).
iii) Para visualizar las redes Wi Fi disponibles, seleccionar Buscar
redes. Caso contrario, seleccionar Volver e ir al punto (i).
iv) Esperar que el sistema muestre las redes disponibles, en caso
las haya. Si se encuentra la red deseada, hacer doble click y
esperar a que se establezca la conexin y aparezca el mensaje
Dispositivo conectado. Caso contrario, la pantalla mostrar un
mensaje de No hay redes disponibles y la opcin Volver.
v) Si se quiere visualizar los resultados de una prueba anterior
almacenados en el sistema, seleccionar la opcin Ver historial de
pruebas. Caso contrario, seguir en el punto (ix).
vi) Los resultados de la prueba que se deseen visualizar se vern
en la pantalla tras elegir la prueba correspondiente y darle clic.
vii) Si se quiere enviar estos resultados a un servidor en Internet y
el equipo est conectado a una red, elegir Subir resultados. Caso
contrario, seguir en el punto (ii).
viii) Esperar el aviso de Resultados enviados en la pantalla. Dar
clic en Continuar.
ix) En caso se quiera realizar una prueba nueva, dar clic en
Prueba nueva; se mostraran las opciones Iniciar prueba y
Cancelar. Si se quiere visualizar otros resultados anteriores, ir al
paso (ii). Si se ha finalizado de usar el sistema, ir al paso (xx).
x) Abrir el contenedor del micro arreglo.
xi) Colocar el micro arreglo con las muestras de control y muestras
a analizar.
xii) Cerrar el contenedor.
xiii) Desde la pantalla del sistema, seleccionar Iniciar prueba.

xiv) Se encendern los LEDs de iluminacin para generar la

fluorescencia de los compuestos presentes en el arreglo.
xv) Tras N segundos, el sistema tomar la foto para el anlisis, la
cual se mostrar en la pantalla.
xvi) El Raspberry Pi 2 procesar la imagen con el algoritmo de
cuantificacin de fluorescencia desarrollado.
xvii) Al finalizar el procesamiento, se ver el aviso de Prueba
finalizada en la pantalla, el resultado del anlisis y las opciones
de Almacenar resultados, Enviar resultados y Descartar. En
caso se emplee la opcin Enviar resultados, esperar el mensaje
de fin de envo y seleccionar Continuar. En caso se seleccione
Almacenar resultados, ir al punto (xix). En caso se elija
Descartar, ir al punto (xx).
xix) Se almacenarn los resultados en la tarjeta SD del Raspberry
Pi 2. Al culminar, se regresar al men principal.
xx) Para apagar el sistema, elegir la opcin Apagar. Esperar
hasta que la pantalla est apagada para mover el switch a OFF.
5.1.3.-Dispositivos y componentes a utilizar

Sistema embebido

Tabla 5.1. Comparacin de sistemas embebidos

Raspberry Pi
Hardkernel
BeagleBone
2
Conclusin
ODROID C1
Black Rev C
Model B
Procesador
Amlogic
Broadcom
Sitara
Entre los 3
S805 de
BCM2836
AM3358
sistemas
cuatro
cuatro ncleos Cortex A8 @
embebidos, el
ncleos
Cortex A7 @
1 GHz
ODROID C1
Cortex A5 @
900 MHz
tiene el
1.5 GHz
GPU PowerVR
procesador de
GPU Dual Core
SGX530 @
mayor
GPU Dual
VideoCore IV
200 MHz: 1.6
velocidad,
Core Mali@ 250 MHz:
GFLOPS,
mientras el
450 @ 500
24 GFLOPS,
OpenGL-ES
Raspberry Pi 2
MHz: 14.6
OpenGL-ES
2.0
B tiene el GPU
GFLOPS,
1.1/2.0 y
ms poderoso.
OpenGL-ES
OpenVG 1.1
CONCLUSIN:
2.0 y
ODROID C1 o
OpenVG 1.1
RASPBERRY

PI 2 B

RAM

Pines de
entrada y
salida y otros
perifricos

1GB DDR3
@ 792MHz

19 GPIOs,
2x I2C, 1x
SPI, 2x
UART, 2x
ADC, 4x
USB.
Puerto extra
para
depurado.
(UART)
Reloj RTC,
receptor de
IR

1GB LPDDR2
@ 400 MHz

26 GPIOs, 1x
UART
(depuracin),
1x SPI, 2x I2C,
PCM/I2S, 4x
USB, 2x PWM,
CSI (interfaz
para cmara)
y DSI (interfaz
para pantalla).

512MB
DDR3L @ 303
MHz (606
MHz al usarse
el bus
DDR3L)

65 GPIOs, 6x
UART, 1x I2C,
2x SPI, 7
entradas
analgicas,
2x USB, 8x
PWM.

El ODROID
tiene la misma
RAM que el
Raspberry Pi 2,
pero al ser
DDR3 el acceso
es mucho ms
rpido. Sin
embargo, la
RAM del
Raspberry
(LPDDR2) es de
bajo consumo
de potencia.

CONCLUSIN:
RASPBERRY
PI 2 B por un
menor
consumo de
potencia.
Si bien el
Beaglebone
Black C tiene
muchos ms
puertos de E/S
y perifricos
que los otros
dos sistemas
embebidos, el
Raspberry Pi
tiene una
interfaz
dedicada para
la cmara y
otra para una
pantalla LCD.
CONCLUSIN:
RASPBERRY

Potencia

Almacenamie
nto

Comunidad

5V va jack
DC .
Consumo
tpico: 0.5A
@ 5V

5V va micro
USB
Consumo
tpico: 0.8A @
5V

Socket para
mdulos
eMMC de
8/64Gb
Toshiba o
16/32Gb
Sandisk
iNAND
Extreme.
Slot SD con
soporte para
modelos
UHS-1

Conector para
tarjeta micro
SD

Comunidad

Mayor

5V va Jack
DC. Consumo
de 210 mA
460 mA
segn nivel
de actividad.

Dispositivo
eMMC de 4
GB embebido
en la tarjeta
(booteo por
default se
realiza desde
aqu).
Conector para
tarjeta
MicroSD
(booteo
secundario).

PI 2 B por las
interfaces
para cmara
y pantalla
Si bien el
consumo de
potencia entre
los 3
dispositivos es
similar, el
Beaglebone
Black presenta
el menor de los
3.
CONCLUSIN:
BEAGLEBONE
BLACK C por
menor
consumo de
potencia en
general.
Tanto el
ODROID como
el Beaglebone
Black emplean
(o pueden
emplear)
tarjetas eMMC.
El Beaglebone
viene con un
mdulo eMMC
de 4 GB
incorporado, lo
que facilita el
uso inicial.
CONCLUSIN:
BEAGLEBONE
BLACK C por
venir con
tarjeta eMMC
integrada.
Definitivament

muy activa
en los foros
de OdroidC1 y el
canal de IRC
#odroid

comunidad
hasta la
actualidad
para una
placa de
desarrollo.
Mayormente
en los foros de
Raspberry pi

Comunidad
activa en el
grupo de
Google+.

e, el Raspberry
Pi cuenta con
la mayor
comunidad
hasta ahora
entre los
sistemas
embebidos
comparados.
CONCLUSIN:
Raspberry Pi
2B

En conclusin, se utilizar el Raspberry Pi 2, ya que es superior en las

caractersticas como procesador, consumo de potencia de la memoria RAM,
pines de entrada y salida y otros perifricos, pero principalmente por contar
con la mayor comunidad, esto permitir un gran respaldo, ya que al encontrar
una problemtica con el uso del sistema, se podr contar con la opinin de
muchas personas experimentadas o interesadas en el tema.
5.1.4.-Limitaciones de la solucin

El sistema diseado no realiza un diagnstico, solo se limita a brindar

informacin relevante sobre el estado de la muestra analizada.
Es posible realizar el anlisis de hasta 6 muestras por vez.
El consumo mximo de corriente del sistema ser de 1.5 Ah,
aproximadamente.
5.1.5.-Resultados esperados

Se espera que los datos de intensidad de fluorescencia obtenida por el

dispositivo, sean equivalentes a las pruebas realizadas en laboratorio por parte
del equipo del Centro de Investigacin UPC, con la finalidad de que la
informacin obtenida por la solucin propuesta pueda ser utilizada para
determinar un diagnstico ms acertado sobre la presencia y estado de
malaria.
5.2.-Metodologia de diseo e implementacin
5.2.1.-Descripcin
Etapa 1: Levantamiento de informacin y caracterizacin
de las propiedades pticas de los fluorforos a ser
empleados.

Identificacin de espectros de excitacin y emisin de los

distintos fluorforos propuestos por el Centro de
Investigacin.
Anlisis tcnico del espectro de emisin de los LEDs
monocromos y del espectro de transmitancia de los filtros
pticos a elegir.

Etapa 2: Diseo y fabricacin de la estructura para el

alojamiento del arreglo y del recinto de adquisicin y
procesamiento de imgenes.

Pruebas de adquisicin de imgenes para determinar

distancia entre la cmara y el arreglo para una imagen de
calidad adecuada.
Diseo de la estructura tomando en cuenta dimensiones del
arreglo, distancia respecto a la cmara, disposicin de los
LEDs y ubicacin de la pantalla.
Fabricacin de la estructura y recinto diseados, incluyendo
soportes para la muestra, cmara, iluminacin, pantalla y
sistema embebido.
Prueba de adquisicin de imgenes para verificar que la
imagen obtenida cumple con el requerimiento del Centro de
Investigacin.
Ajustes para adecuar la captura de imagen y desarrollo de
la segunda versin de prototipo.

Etapa 3: Implementacin de los sistemas de alimentacin,

conectividad inalmbrica y visualizacin de imgenes.

Disear e incorporar el sistema de alimentacin con batera

y elevador de voltaje al sistema anterior.
Adecuar la antena WiFi en un lugar apropiado de la
estructura.
Adecuar la interfaz grfica solo para visualizacin de
capturas.
Ajustes finales y obtencin de la estructura final.

Etapa 4: Desarrollo de algoritmos de deteccin y

cuantificacin de fluorescencia y diseo del formato de
presentacin de resultados.

Caracterizacin de fluorescencia en imgenes digitales

RGB: evaluacin de tonalidades
Desarrollo de algoritmos de preprocesamiento de la imagen
digital: conversin a escala de grises, ecualizacin de

histograma, umbralizacin local y global, reduccin de ruido

por filtraje morfolgico.
Desarrollo
de
algoritmos
de
procesamiento
para
cuantificacin de fluorescencia: etiquetado, recorte de la
imagen en otras ms pequeas separando cada muestra
del micro arreglo, cuantificacin de intensidad de cada
imagen pequea recortada.
Validacin y ajuste final de los algoritmos de cuantificacin
de fluorescencia.

Etapa 5: Desarrollo del aplicativo final de software y

validacin del producto final.

Desarrollo de la interfaz visual: Configuracin, opciones de

usuario, visualizacin de informacin, resultados a travs de
grfico y valores numricos, almacenamiento y envi de
informacin. Validacin y aprobacin.
Depuracin de los algoritmos de deteccin que conformaron
el aplicativo final del software.
Validacin del producto final por parte del Centro de
Investigacin de la UPC. Ajustes finales

En la figura 5.8. se muestra un diagrama de flujo de las etapas generales de

diseo e implementacin.

Desarrollo de algoritmos de deteccin y

cuantificacin de fluorescencia y diseo del
formato de presentacin de resultados.
Implementacin de los sistemas de alimentacin,
conectividad inalmbrica y visualizacin de
imgenes.
Diseo y fabricacin de la estructura para el
alojamiento del arreglo y del recinto de adquisicin
y procesamiento de imgenes.
Levantamiento de informacin y caracterizacin de
las propiedades pticas de los fluorforos a ser
empleados.
Desarrollo del aplicativo final de software y
validacin del producto final.

Etapa
1
Etapa
2
Etapa
3
Etapa
4
Etapa
5

Fig. 5.8. Metodologa de diseo e implementacin

6.-Breve Descripcin del Marco Terico
Malaria:

La malaria o paludismo es una enfermedad causada por el parsito

Plasmodium spp, el cual infecta el mosquito Anopheles, que se alimenta del
torrente sanguneo de los humanos. Como el parsito en cuestin se aloja en
los glbulos rojos de la persona infectada, la malaria tambin puede
transmitirse por transfusiones de sangre, trasplante de rganos o al compartir
jeringas contaminadas. Adicionalmente, tambin se puede transmitir de una
madre embarazada al feto antes o durante el parto 8.
Los sntomas usualmente son fiebre, escalofros, dolores de cabeza,
dolor muscular y agotamiento. Si la infeccin no es tratada adecuadamente,
puede causar fallas en el sistema renal, convulsiones, coma y muerte.
Comnmente los sntomas se presentan de 10 das a 4 semanas tras la
infeccin, pudiendo ocurrir a los 7 das o hasta al ao. Ciertas especies de
Plasmodium pueden estar latentes en el hgado de la persona infectada desde
varios meses hasta 4 aos, tiempo tras el cual salen de hibernacin, invaden
los glbulos rojos y la persona recae en la enfermedad 9.
Todos los sntomas clnicos del paludismo son causados por la etapa
eritroctica parsito cuando este se encuentra dentro del glbulo rojo. Es aqu
cuando libera sustancias txicas, como el pigmento hemozona, que se
acumulan en el glbulo infectado. Tras ocurrir la lisis de la clula, estos
compuestos se liberan al torrente sanguneo y estimulan a los macrfagos
clulas del sistema inmunolgico- a producir citoquinas y otros factores
inmunes que producen fiebre e influyen sobre otros factores patofisiolgicos de
la enfermedad10.
Biosensores, aptmeros y aplicaciones:
Un biosensor es un equipo analtico capaz de convertir una respuesta biolgica
en una seal cuantificable y procesable. Tpicamente, se compone de las
siguientes partes: i) receptores que se unan especficamente al compuesto
especfico, ii) la interfaz donde el evento biolgico ocurre, produciendo una
seal capturada por iii) el elemento transductor, cuya seal suele convertirse a
una electrnica para su posterior acondicionamiento y procesamiento 11.
Usualmente, estos biosensores son altamente selectivos pues se disean para
unirse con alta afinidad a la molcula deseada. Los elementos de
8 Cfr. Centers for Disease, Control and Prevention
9 Cfr. Centers for Disease, Control and Prevention
10 Cfr. Centers for Disease, Control and Prevention
11 Cfr. Grieshaber et al 2008

reconocimiento ms usados son enzimas, cidos nucleicos, anticuerpos y

receptores12. La figura 6.1. ilustra una enzima, la 6.2. dos cido nucleicos y la
6.3., un anticuerpo. De todos estos, el biosensor en desarrollo emplear cidos
nucleicos conocidos como aptmeros.

Fig. 6.1. Estructura de la triosafosfato isomerasa. En

http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/1c/TPI1_structure.png
/310px-TPI1_structure.png

Fig. 6.2. Fragmento de cido ribonucleico (ARN) y cido desoxirribonucleico

(ADN). En
http://media1.shmoop.com/images/biology/biobook_dna_graphik_3.png

12 Cfr. Grieshaber et al 2008

Fig. 6.3. Molcula de inmunoglobulina .En

http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3b/Inmunoglobulina.p
ng/320px-Inmunoglobulina.png
Un aptmero es un cido nucleico de cadena nica (ss por sus siglas en ingls,
single-strand), elaborado a partir de libreras combinatorias de oligonucletidos
de ADN o ARN, a travs de un proceso conocido como SELEX (Systematic
Evolution of Ligands by EXponential enrichement)13. Cuentan con ventajas
frente a otros elementos de reconocimiento, como mayor facilidad de sntesis,
menor variabilidad de lote a lote, entre otras. A la par, tienen una afinidad y
selectividad de unin con el objetivo comparable con las de los anticuerpos. La
figura 6.4. muestra un aptmero ARN de color amarillo, unindose con biotina,
ilustrada como esferas verde, azul y rojo.

Fig. 6.4. Aptmero ARN para biotina. En

http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/46/Aptamer_biotin.png
Debido a estas caractersticas, se han desarrollado diversos sensores
basados en aptmeros para diferentes objetivos moleculares. Junto con dichos
sensores, existen varias tcnicas de deteccin, como por fluorescencia,
electroquimioluminiscencia, entre otros. Entre estos mtodos, los que emplean
fluorescencia son los ms usados, por su sensibilidad, robustez y facilidad de
observacin. Estos, a su vez, pueden dividirse en los que utilizan aptmeros
con etiquetas fluorescentes, y los que no utilizan etiquetas fluorescentes 14.
Cada categora tiene ventajas y desventajas segn la aplicacin para la que se
les desee usar.
Entre las aplicaciones de los llamados aptasensores15, predominan las de
aplicaciones clnicas, en la industria alimentaria y en el monitoreo ambiental.
Dentro de las aplicaciones para el monitoreo de la salud, se tienen el uso de
13 Cfr. Cai et al 2011, pp. 1-2
14 Cfr. Cai et al 2011, p. 2
15 Cfr. Bora et al 2012, p. 9

aptasensores para deteccin de biomarcadores. El principio es similar al de la

interaccin antgeno-anticuerpo: las propiedades de unin de los aptmeros
dependen de la plasticidad conformacional y de los pliegues tridimensionales
del mismo16. Algunas investigaciones recientes demuestran que se puede
obtener deteccin de biomarcadores con concentraciones en el orden de los
pM (picomolaridad)17.
Biomarcadores:
De manera general, un biomarcador es cualquier signo mdico un indicador
objetivo y observable del estado mdico de un paciente- que puede ser medido
precisa y reproduciblemente. Segn una definicin de la OMS, un biomarcador
incluye casi cualquier medicin que refleje una interaccin entre un sistema
biolgico y un riesgo potencial, que puede ser qumico, fsico o biolgico. La
respuesta medida puede ser funcional y fisiolgica, bioqumica a nivel celular o
una interaccin molecular18. Es decir, puede considerarse desde la presin
arterial de un paciente, hasta la presencia de cierta protena caracterstica de
un antgeno en una muestra de sangre. Particularmente para este trabajo, el
biomarcador en cuestin ser una molcula presente en alguna parte de la
clula del parsito Plasmodium, ya sea una enzima de la membrana celular o
una protena en el citosol de la clula.
Fluorescencia:
La fluorescencia es el resultado de un proceso que ocurre en ciertas molculas
conocidas como fluorforos o fluorocromos. En el primer paso del proceso,
fotones son suministrados por alguna fuente externa y absorbidos por el
fluorforo, creando electrones en estado excitado. A continuacin, hay un lapso
de tiempo de 1 a 10 nanosegundos en el que el estado excitado se mantiene.
Durante este perodo, puede que los electrones bajen a un estado excitado de
menor energa, disipando parte de la absorbida. Tambin pueden ocurrir otros
procesos para retornar al estado inicial, como quenching por colisin, FRET
(fluorescence resonance energy transfer), y otros. Finalmente, los electrones
en el estado excitado de menor energa regresan a su estado inicial liberando
fotones de fluorescencia. Estos fotones, al provenir de un estado de energa
menor que el inicial, tienen menos energa que los fotones absorbidos y, por
ende, una mayor longitud de onda. Este desplazamiento en la longitud de onda

16 Cfr. Bora et al 2012, p. 10

17 Cfr. Bora et al 2012, p. 10
18 Cfr. Strimbu y Tavel (2011)

se conoce como desplazamiento de Stokes 19. Los procesos de quenching y

FRET se ilustran en la figura 6.5.

Fig. 6.5. Grficas de los fenmenos de quenching y FRET. En

https://www.lifetechnologies.com/content/dam/LifeTech/Images/integration/Typ
es-of-Quenching-400px.jpg
En fluorforos poliatmicos, el proceso descrito anteriormente ocurre para cada
tomo de la molcula, generando la excitacin de electrones y emisin de
fotones en distintas longitudes de onda, lo cual se representa con un espectro
de excitacin y emisin20. La figura 6.6. muestra los espectros de excitacin
(lnea punteada) y emisin (lnea continua) de un fluorforo a ser usado en el
Centro de Investigacin de la UPC para la prueba en desarrollo. La figura 6.7.
muestra tambin estos espectros, para otro flurforo a emplear.

19 Cfr. Thermo Fisher Scientific

20 Cfr. Thermo Fisher Scientific

Fig. 6.6. Alexa Fluor 488, de Invitrogen. En

http://www.lifetechnologies.com/pe/en/home/life-science/cell-analysis/labelingchemistry/fluorescence-spectraviewer.html
ATTO 488, de la empresa ATTO-TEC

Fig. 6.7. ATTO 488, de ATTO-TEC. En https://www.attotec.com/attotecshop/product_info.php?info=p99_atto488.html&XTCsid=2c4fa54a19dbce9ebbb056bce79fddcd

Light Emitting Diode (LED):

Un diodo emisor de luz (LED, por sus siglas en ingls), son diodos que, al
polarizarse en directa, emiten energa en forma de luz. Suelen fabricarse de
elementos capaces de radiar energa en un amplio espectro de longitudes de
onda. Algunos elementos para fabricar LED son el galio, arsnico y el fsforo.
Cada uno permite que el diodo emita luz tanto en el espectro visible (rojo,
verde, amarillo, azul, naranja) como en el infrarrojo (cercano, medio y lejano) y
el ultravioleta21. La figura 6.8. ilustra distintos LEDs comerciales.

21 Cfr. Bates y Malvino (2007), p. 153

Fig. 6.8. LEDs en distintos empaques y de distintos colores. En

http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/9/9e/Verschiedene_LEDs.jpg
Filtros pticos:
Un filtro ptico es aqul que permite el paso de ciertas longitudes de onda
(transmisin) y bloquea el paso de otras. Los filtros ms sencillos se componen
de materiales absorbentes, como vidrios dopados; filtros ms complejos como
los de interferencia emplean varias capas de material dielctrico para causar
interferencia constructiva y destructiva, para lograr el objetivo deseado. Se
pueden categorizar en tres tipos, segn la forma de su curva de transmisin:
paso alto (longpass), paso bajo (shortpass) y paso banda (bandpass)22. Los
filtros paso alto permiten el paso de longitudes de onda mayores a la de corte;
los paso bajo, de longitudes de onda menores a la de corte; los paso banda,
permiten el paso de luz entre una longitud de onda inferior y una superior. Las
figuras 6.9. y 6.10. muestran las curvas de transmitancia de filtro pasa altas y
pasa bajas, respectivamente, de la empresa THORLABS; la figura 6.11. ilustra
una curva de tranmisin referencial para un filtro pasa banda.

22 Cfr. HORIBA

Fig. 6.9. Curva de transmisin para un filtro paso alto de la empresa

THORLABS. En
https://www.thorlabs.com/images/TabImages/LongpassTransmission_780.jpg

Fig. 6.10. Curva de transmisin para un filtro paso bajo de la empresa

THORLABS. En
https://www.thorlabs.com/images/TabImages/ShortpassTransmission_780.jpg

Fig. 6.11. Curva de transmisin referencial de un filtro paso banda. En

http://www.globalspec.com/ImageRepository/LearnMore/20131/fig-1of_lgb777c33a55dd448ab42da9dde91735dc.gif

Procesamiento de imgenes digitales:

El procesamiento de imgenes digitales comprende el uso de algoritmos
computacionales para crear, procesar, comunicar y mostrar imgenes
digitales23. Las imgenes digitales se conforman de pxeles picture elements.
Cuando la imagen es en blanco y negro, cada pxel se representa con 8 bits;
cuando es a color, cada uno se representa con 24 bits (8 bits para cada
componente de color). La captura y conversin de las intensidades de luz a
seales elctricas se realizan en sensores de captura de imgenes. Estos
pueden agruparse en 2 familias: CCD (dispositivos de carga acoplada chargecouple device) y CMOS (semiconductor de xido de metal complementario complementary metal-oxide semiconductor). Dichos sensores se agrupan en
arreglos matriciales, ilustrados en la figura 6.12., donde un pxel se captura con
un sensor para cada componente de color (rojo, verde y azul), en el caso de
que la captura sea a color. La seal de intensidad luminosa capturada es
convertida a electricidad y luego digitalizada con una profundidad de 8
bits/pxel (blanco y negro) o 24 bits/pxel (color rojo, verde y azul).

Fig. 6.12. Patrn de Bayer en sensor de captura. En

http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/1c/Bayer_pattern_on_sensor_
profile.svg
Una vez digitalizada la imagen, la primera cuestin antes de realizar cualquier
operacin de procesamiento es qu modelo de color se va a emplear. Un
modelo de color es un modelo matemtico que busca representar la
informacin de colores en tuplas numricas, usualmente de formadas por 3 o 4
nmeros. Algunos modelos de color ampliamente usados son:

RGB (Red, Green, Blue), en el que los arreglos de sensores realizan la

captura, mostrado en la figura 6.13.
HSV o HSL (hue, saturation, value/lightness), mostrado en la figura 6.14.

23 Cfr. MathWorks

YCbCr (luminance, blue chrominance, red chrominance). La figura 6.15.

muestra una imagen y su descomposicin en las componentes de este
espacio de color.

Fig. 6.13. Representacin del espacio de color RGB. En

http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/c2/AdditiveColor.svg

Fig. 6.14. Representacin de los espacios de color HSL y HSV. En

http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/a0/Hsl-hsv_models.svg

Fig. 6.15. Imagen a color y sus componentes Y, Cb y Cr. En

http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d9/Barns_grand_tetons_YCb
Cr_separation.jpg
Es posible convertir entre los distintos modelos de color a travs de las
siguientes relaciones matemticas:

RGB y HSI/HSV:

H=

{2 , B ,GB>G , donde =cos

0.5 [ ( RG )+ ( RB ) ]

( RG )2 + ( RB ) ( GB )

Ec. 6.1. Conversin de RGB a H

S=1

3 min ( R , G , B )
R+G+ B
Ec. 6.2. Conversin de RGB a S

I=

R+ G+B
,V =max ( R , G, B)
3

Ec. 6.3. Conversin de RGB a I o V

'

RGB e YCbCr: Las componentes Cb y Cr se calculan de Pb y Pr aplicando

escalamiento y desplazamiento, segn el estndar de conversin
aplicado. La prima indica que se ha aplicado correccin gamma.
'

'

Y =K R R + ( 1K R K B ) G + K B B

'

Ec. 6.4. Conversin de RGB a Y

1 B' Y '
Pb=
2 1K B
Ec. 6.5. Conversin de RGB a Pb

1 R' Y '
Pr
2 1K R
Ec. 6.6. Conversin de RGB a Pr
Una vez decidido el modelo de color sobre el que se va a trabajar, se
aplican las tcnicas de procesamiento convenientes. Usualmente, estas se

pueden dividir en tcnicas de pre-procesamiento y procesamiento. Las tcnicas

de pre-procesamiento se encargan de preparar la imagen para el algoritmo de
procesamiento principal: eliminacin de ruido, ecualizacin de histograma,
binarizacin, etc. Las mismas tcnicas de pre-procesamiento pueden
emplearse para diferentes aplicaciones, y su uso generalmente depende de las
condiciones de captura y del sensor utilizado. Las tcnicas de procesamiento
realizan las operaciones centrales y dependen de la aplicacin deseada.
Raspberry Pi:
El Raspberry Pi es una computadora de bajo costo y de tamao reducido,
desarrollado en el Reino Unido por la Raspeberry Pi Foundation. Es fabricado y
vendido en asociacin con los distribuidores industriales internacionales
Premier Farnell/Element 14, RS Components y Egoman Technology Corp 24.
Actualmente, existen 2 versiones (Raspberry Pi 1 y 2). El Raspberry Pi 1 cuenta
con 3 modelos: A menor capacidad computacional y menor consumo de
energa-, B mayor capacidad y consumo que el A- y B+ -el ms poderoso y
que ms consumo de los 3. El Raspberry Pi 2 cuenta slo con un modelo (B). La
figura 6.16. muestra el Raspberry Pi 2 Modelo B.

Fig. 6.16. Raspberry Pi 2 Modelo B. En

http://www.adafruit.com/images/1200x900/2358-03.jpg
Respecto al software, las distribuciones de sistemas operativos oficiales para
Raspberry Pi son Raspbian, Ubuntu Mate, Snappy Ubuntu Core, OpenElec,
OSMC, Pidora y RISC OS. De todos estos sistemas operativos, solo RISC OS no
es una distribucin de Linux25. Particularmente la versin Raspbian, incluye un
entorno integrado de desarrollo (IDE integrated development environment)
para Python 2.7 y Python 3.2, una plataforma de aprendizaje de programacin
llamada Scratch, la plataforma de computacin matemtica Mathematica
24 Cfr. Raspberry Pi Foundation
25 Cfr. Raspberry Pi Foundation

Wolfram y varias otras aplicaciones para distintas funciones (editores de texto,

navegador web, etc.). En la figura 6.17 se puede visualizar el escritorio de la
distribucin Raspbian.

Fig. 6.17. Escritorio de Raspbian. En

http://u.jimdo.com/www47/o/s77a3ed6833a65c43/img/i9be6be4ed9e505d9/14
23203066/std/image.jpg
Respecto al hardware, y particularmente para el Raspberry Pi 2 Modelo B:
revisar el punto 5.1.3., tabla 5.1.
7.-Aplicaciones y Usuarios Potenciales del Proyecto
El producto final tiene como objetivo la cuantificacin de la fluorescencia
orientada a brindar informacin caracterstica para el diagnstico de malaria,
sin embargo, puede ser utilizado para el estudio y/o anlisis de diversos
parsitos, protenas, genes o cualquier molcula a la cual se le pueda asociar
un aptmero fluorescente; esto permitir el anlisis de la concentracin de la
molcula en cuestin en la muestra deseada, siempre y cuando las muestras
sean colocadas en un microarreglo de 3x3. Los usuarios potenciales del
producto son todos los centros mdicos, desde grandes hospitales, clnicas, as
como pequeas postas en las zonas rurales del Per.
8.-Viabilidad
8.1.- Viabilidad tcnica:
Se estima que para desarrollar el proyecto, se requerirn principalmente
conocimientos de desarrollo de software, procesamiento de imgenes y
manufactura; otros conocimientos necesarios en menor medida son circuitos
analgicos y de potencia, configuracin de redes. Estos conocimientos se han
desarrollado en los siguientes cursos:

Desarrollo de software: Programacin avanzada de computadoras,

Procesamiento Avanzado de Seales e Imgenes.
Procesamiento de imgenes: Procesamiento avanzado de seales e
imgenes.
Manufactura: Tecnologas de Fabricacin y Manufactura
Circuitos analgicos y de potencia: Dispositivos analgicos,
Electrnica de Potencia
Configuracin de redes: Redes de comunicaciones
Adems, se contar con acceso a equipamiento de la universidad, como son
osciloscopios, multmetros, computadoras, herramientas y espacios de trabajo.
Los componentes a adquirir se pueden comprar o en distribuidores locales o
importar del extranjero con facilidad, pues no se requieren permisos
especiales.
Finalmente, se concluye que tcnicamente el proyecto es viable, pues se
tienen los conocimientos necesarios para su desarrollo, se cuenta con la
infraestructura adecuada y la adquisicin de materiales no presenta mayores
inconvenientes.
8.2.- Viabilidad econmica:
A continuacin, se presenta el costo estimado del proyecto, tanto de los
materiales para la construccin del prototipo como los equipos para el
desarrollo del mismo.

Tabla 8.1. Presupuesto estimado del proyecto

Nombre
Costo aproximado ($)
Prototipo (ver punto 10)
500
Osciloscopio
1000
Multmetro
200
Taladro de mesa
300
MATLAB y toolboxes (licencias)
1100
TOTAL
3100
La universidad aportar con equipos (osciloscopio, multmetro, taladro) y
paquetes de software (MATLAB y ToolBoxes). Por otro lado, el costo del
prototipo ser cubierto enteramente por el Dr. Pohl Miln, investigador del
Centro de Investigacin de la UPC, quien ha obtenido un financiamiento del
Consejo Nacional de Ciencias y Tecnologa (CONCYTEC) y de Grand Challenges
Canada, de $100 000 dlares canadienses.

Respecto al mercado potencial para este producto, se cuentan con cifras

de la OMS, de su Reporte Anual de Malaria 2014, donde indican que la venta,
distribucin y uso de las RDTs en el mundo se encuentran en aumento. Por un
lado, se observa un incremento en las ventas reportadas a nivel global de 46
millones en el 2008 a 319 millones en el 2013. Esta informacin es brindada
por los fabricantes de RDTs, en ventas tanto al sector pblico como privado. Por
otro lado, tambin hay un incremento en la distribucin de RDTs a nivel global,
de menos de 200 000 en el 2005 a 160 millones en el 2013. Estos datos
corresponden a RDTs distribuidas por los Planes Nacionales de Control de
Malaria (NMCPs), que slo representan al sector pblico. Es evidente que el
mercado para las RDTs presenta una gran demanda que no presenta signos de
desaceleracin26.
8.3.- Viabilidad social:
Al culminarse exitosamente, el proyecto beneficiar a la sociedad, pues se
contar con un sistema para diagnstico rpido que mejore las caractersticas
de las RDTs comerciales (variabilidad, sensibilidad, especificidad, etc.).
Adems, el equipo no colocar en riesgo a las personas, pues simplemente se
necesita tomar una pequea muestra de sangre para ser analizada. No se
emplean tcnicas invasivas y el riesgo del equipo en si es mnimo. Se concluye
que el proyecto es socialmente viable.
8.4.- Viabilidad operativa:
Los requerimientos operativos para el funcionamiento del producto son,
bsicamente, acceso a una conexin elctrica de 220VAC para la carga de las
bateras y acceso opcional a Internet para enviar los resultados del anlisis. Por
tanto, se puede concluir que es viable operativamente.

9.-Cronograma Semanal de Desarrollo del Proyecto

Semana
Semana 1

Tabla 9.1. Cronograma Semanal

Rango de Fecha
Actividad
Reunin con el Jefe del
23/03/2015
proyecto para analizar
29/03/2015
los requerimientos del
producto finalInvestigacin sobre las

26 Cfr. World Health Organization, p 21

Semana 2

30/03/2015 5/04/2015

Semana 3

06/04/2015
12/04/2015

Semana 4

13/04/2015
19/04/2015

Semana 5

20/04/2015
26/04/2015

Semana 6

27/04/2015
03/05/2015

Semana 7

04/05/2015
10/05/2015

Semana 8

11/05/2015
17/05/2015

Semana 9

18/05/2015
24/05/2015

Semana 10

25/05/2015
31/05/2015

Semana 11

01/06/2015
07/06/2015

Semana 12

08/06/2015
14/06/2015

caractersticas de los
fluorforos
Investigacin sobre las
longitudes de onda
emitidas por los LEDs y
filtradas por los Filtros
pticos
Estudio e investigacin
sobre tcnicas de
cuantificacin de
fluorescencia
Pedido de compra de los
LEDs, Raspberry Pi 2,
filtros pticos y bateras
Pedido de compra de la
pantalla tctil y diseo
virtual del primer
modelo del recinto
Pruebas con la cmara,
para obtener
informacin de distancia
y enfoque
Reunin informativa con
todo el equipo para
discutir avances
Inicio de construccin
del recinto y carga del
sistema operativo del
Raspberry Pi 2
Finalizacin de
construccin del recinto.
Instalacin del entorno
de programacin en el
Raspberry Pi 2.
Instalacin del
Raspberry Pi 2, cmara y
pantalla en el recinto.
Pruebas de iluminacin.
Pruebas finales de
iluminacin. Ajustes
finales de distancia
cmara-muestra y
disposicin de LEDs en
el recinto.
Inicio de elaboracin de

Semana 13

15/06/2015
21/06/2015

Semana 14

22/06/2015
28/06/2015

Semana 15

29/06/2015
05/07/2015

Semana 16

06/07/2015
12/07/2015

la interfaz grfica
(primera versin).
Finalizacin de la
primera versin de
interfaz grfica. Reunin
con todo el equipo para
mostrar interfaz.
Aplicacin de
correcciones y mejoras a
la interfaz grfica
(segunda versin).
Pruebas finales de todo
el sistema de captura,
iluminacin e interfaz
grfica.

10.-Presupuesto Econmico del Proyecto

Nombre

Tri
Colored
LED
EpoxyEncase
d LED
LED
with a
Glass
Lens.
EpoxyEncase
d LED
2"
Square
OG515
Colored
Glass
Filter,

Tabla 10.1. Presupuesto econmico del proyecto

Costo
Cost
Descripci
Uso
Cnt Unitari
o
n
.
o
Total
($)
($)
627.5/525/
467.5 nm,
Iluminacin
1
29.00
29.0
Qty. of 5
0
465 nm, 20
mW, TO-1
Iluminacin
1
22.00
22.0
3/4, Qty. of
0
5
470 nm,
Iluminacin
1
55.84
55.8
170 mW,
4
TO-39
375 nm,
2.5 mW, T1 3/4
515 nm
Longpass

Comentari
os

THORLABS

THORLABS

THORLABS

Iluminacin

11.00

55.0
0

THORLABS

Filtro ptico

70.08

70.0
8

THORLABS

2"
Square
GG400
Colored
Glass
Filter

400 nm
Longpass

Filtro ptico

70.08

70.0
8

THORLABS

Plataforma de
Procesamiento,
Control de
Iluminacin e
Interfaz Grfica

39.95

39.9
5

Adafruit

Perifrico de
Interfaz Visual

44.95

44.9
5

Adafruit

Fuente de
Alimentacin

12.95

25.9
0

SparkFun

Broadcom
BCM2836
cuatro
ncleos
Cortex A7
@ 900 MHz

Raspbe
rry Pi 2
Model B

PiTFT Assemb
led
480x32
0 3.5"
Polymer
Lithium
Ion
Battery

1GB
LPDDR2 @
400 MHz
26 GPIOs,
1x UART
(depuraci
n), 1x SPI,
2x I2C,
PCM/I2S,
4x USB, 2x
PWM, CSI
(interfaz
para
cmara) y
DSI
(interfaz
para
pantalla).
TFT+Touch
screen for
Raspberry
Pi

2000mAh

Polymer
Lithium
Ion
Battery
Pololu
5V
Step-Up
Voltage
Regulat
or
U3V50F
5

SparkFu
n LiPo
Charger
Basic MicroUSB
SparkFu
n USB
LiPoly
Charger
- Single
Cell

1000mAh

Fuente de
Alimentacin

9.95

19.9
0

SparkFun

5V Step-Up
Voltage
Regulator

Regulador de
Voltaje de 3.7V
a 5.7V

13.95

27.9
0

Pololu

LiPo
Battery
Charger

Cargador de
Baterias

7.95

15.9
0

SparkFun

LiPoly
Battery
Charger

Cargador de
Baterias

14.95

29.9
0

SparkFun

TOTAL : $506.40
Cabe destacar que estos gastos sern cubiertos por el Centro de Investigacin
UPC, por lo que se considerara un coste de $0 para la realizacin de este
proyecto.

11.-Descripcion del Producto Final de Proyecto

Electrnico\Telecomunicaciones 1
11.1.- Diagrama pictrico:

 Desarrollo del aplicativo final de software y validacin del producto

final.
Desarrollo de algoritmos de deteccin y cuantificacin de
fluorescencia y diseo del formato de presentacin de resultados.
Implementacin de los sistemas de alimentacin, conectividad
inalmbrica y visualizacin de imgenes.
Diseo y fabricacin de la estructura para el alojamiento del arreglo
y del recinto de adquisicin y procesamiento de imgenes.
Levantamiento de informacin y caracterizacin de las propiedades
pticas de los fluorforos a ser empleados.

Etapa
5
Etapa
4
Etapa
3
Etapa
2
Etapa
1

11.2.- Diagrama de bloques metodolgico:

Se desarrollar todo el sistema de captura y parte de la interfaz grfica (slo
mostrar las imgenes adquiridas). En la figura 11.1., se visualiza el producto
final del curso resaltado de color verde.
Fig. 11.1. Diagrama pictrico del producto final del curso.

Fig. 11.2. Diagrama de bloques metodolgico

En la figura 11.2. se observa el diagrama de bloques metodolgico, con las
partes a completar en el curso resaltadas de color azul.
11.3.- Descripcin:
El producto final de Proyecto Electrnico 1 realizar las siguientes funciones:

Mostrar una interfaz grfica preliminar slo para la toma y visualizacin

de imgenes.
Almacenar la muestra a analizar en un cajn del tamao apropiado.
Controlar el sistema de iluminacin para la excitacin de los fluorforos.
Capturar la imagen de la muestra fluorescente, filtrando las longitudes
de onda que correspondan.
Mostrar la imagen capturada en la pantalla del equipo.

12.-Conclusiones y Comentarios Finales

La malaria es una enfermedad de prevalencia mundial, que afecta sobre

todo a pases en vas de desarrollo.
En los ltimos 6 aos, los pases en riesgo han mejorado
significativamente el nmero de casos sometidos a diagnstico.
Esto se explica por un incremento en el nmero de pruebas de
diagnstico rpido tanto vendidas como distribuidas internacionalmente.
El Centro de Investigacin de la UPC se encuentra desarrollando una
nueva plataforma para ser incorporada en una prueba de diagnstico
rpido con fluorescencia.
Requieren un sistema capaz de cuantificar esta fluorescencia, pues las
soluciones existentes no cumplen con sus requerimientos.

La problemtica que se desprende es que que hay un ineficiente

mtodo de cuantificacin de fluorescencia orientado a brindar
informacin caracterstica en la prueba de diagnstico rpido (RTD) de
Plasmodium spp en el Centro de Investigacin de la Facultad de Ciencias
de la Salud de la UPC.
La solucin que se propone logra cubrir los requisitos puestos por el
Centro de Investigacin. Adems, el presupuesto del proyecto puede ser
cubierto por dicha institucin.
El objetivo general del proyecto es el de desarrollar un mtodo eficiente
de cuantificacin de fluorescencia orientado a brindar informacin
caracterstica en la prueba de diagnstico rpido (RTD) de Plasmodium
spp en el Centro de Investigacin de la Facultad de Ciencias de la Salud
de la UPC.
La solucin propuesta emplear un sistema de captura con la cmara
Raspberry Pi Camera y filtros pticos; un sistema de iluminacin con

LEDs de una longitud de onda especfica; un sistema de procesamiento

con el Raspberry Pi 2 Modelo B.
El proyecto es viable tcnica, econmica, social y operativamente.

13.-Referencias Bibliogrficas
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Questions (FAQs). En http://www.cdc.gov/malaria/about/faqs.html. Consulta el 4
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http://www.cdc.gov/malaria/about/distribution.html. Consulta el 4 de mayo del
2015.
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2015.

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