ImageJ User Guide

Parte I
Introduccin
Esta parte proporciona informacin bsica sobre ImageJ instalacin, solucin de
problemas y estrategias de actualizacin. Discute Fiji y ImageJ2 as como
software de terceros en relacin con ImageJ. Siendo imposible de documentar
todas las capacidades de ImageJ sin explorar aspectos tcnicos de
procesamiento de imgenes, tambin se proporcionan recursos externos
permiten a los lectores que deseen conocer ms acerca de procesamiento de la
seal digital.
1 Introduccin
ImageJ es un programa de anlisis procesamiento de imagen de dominio de
pblico Java e inspirada en NIH Image para Macintosh. Se ejecuta, ya sea como
un applet en lnea o como una aplicacin descargable, en cualquier
computadora con un Java 1.5 o posterior de la mquina virtual. Distribuciones
descargables estn disponibles para Windows, Mac OSX y Linux. Puede
mostrar, editar, analizar, procesar, guardar e imprimir 8 bits, 16 bits y las
imgenes de 32 bits. Puede leer muchos formatos de imagen como TIFF, GIF,
JPEG, BMP, DICOM, FITS y "en bruto". Es compatible con "las pilas" (y
hyperstacks), una serie de imgenes que comparten una sola ventana. Es de
multiproceso, por lo que las operaciones que requieren mucho tiempo, como la
lectura de archivos de imagen se pueden realizar en paralelo con otros
operaciones1.
Se puede calcular el rea y las estadsticas de valor de pxel de selecciones
definidas por el usuario. Puede medir distancias y ngulos. Puede crear
histogramas de densidad y grficos del perfil de lnea. Es compatible con las
funciones de procesamiento de imgenes estndar tales como manipulacin
del contraste, la nitidez, suavizado, deteccin de bordes y el filtrado de la
mediana.
Se hace transformaciones geomtricas como el escalado, rotacin y volteado.
Imagen puede ser ampliada hasta 32: 1 y bajar a 1: 32. Todas las funciones de
anlisis y de procesamiento estn disponibles en cualquier factor de
ampliacin. El programa soporta cualquier nmero de ventanas (imgenes) al
mismo tiempo, limitado slo por la memoria disponible.

La calibracin espacial est disponible para proporcionar mediciones

dimensionales del mundo real en unidades como milmetros. Densidad o
calibracin de escala de grises tambin est disponible.
ImageJ fue diseado con una arquitectura abierta que proporciona
extensibilidad a travs de plugins de Java. Plugins de adquisicin
personalizada, anlisis y procesamiento se pueden desarrollar utilizando
construidor de ImageJ en el editor y compilador de Java. Plugins Escrito por el
usuario permiten resolver casi cualquier procesamiento o anlisis de los
problemas de imagen.
Al ser software open source de dominio pblico, un usuario ImageJ tiene las
cuatro libertades esenciales definidos por el Richard Stallman en 1986: 1) La
libertad de ejecutar el programa, con cualquier propsito; 2) La libertad de
estudiar cmo funciona el programa, y cambiarlo para que haga lo que quieras;
3) la libertad de redistribuir copias para que pueda ayudar al prjimo, y 4) la
libertad de mejorar el programa, y poner sus mejoras a disposicin del pblico,
de modo que toda la comunidad se beneficie.
Al ser software open source de dominio pblico, un usuario de ImageJ tiene
cuatro ImageJ esenciales que se est desarrollando en Mac OSX utilizando su
editor y compilador de Java, adems del editor de BBEdit y la herramienta de
construccin Ant. El cdigo fuente est disponible gratuitamente. El autor,
Wayne Rasband (wsr@nih.gov), es un voluntario especial en el Instituto
Nacional de Salud Mental, Bethesda, Maryland, EE.UU..
2 Instalacin y Mantenimiento de ImageJ
ImageJ se puede descargar desde http://imagej.nih.gov/ij/download.html. Los
detalles sobre cmo instalar ImageJ en Linux, Mac OS 9, Mac OS X y Windows
[1] estn disponibles en http: / / imagej.nih.gov / ij / doc / install / (Ayuda.
Instalacin ... de comandos). Especialmente tiles son la solucin de problemas
especficos de la plataforma y las secciones de problemas conocidos.
Instalacin de Fiji se describe en http://fiji.sc/wiki/index.php/Downloads.
El paquete descargado puede no contener las ltimas correcciones de errores
por lo que se recomienda actualizar ImageJ justo despus de una primera
instalacin. Actualizando IJ consiste slo en correr ayuda. Actualizar ImageJ. . . ,
Que instalar la ltima ij.jar en la carpeta ImageJ (en Linux y Windows) o dentro
del ImageJ.app (en Mac OS X).
Help -> Update ImageJ
Ayuda. Actualizar ImageJ. . . se puede utilizar para actualizar (o downgrade) el
archivo ij.jar lanzar actualizaciones o compilaciones diarias. Actualizaciones de
versin se anuncian con frecuencia en el sitio web de noticias IJ y se etiquetan

alfabticamente (por ejemplo, v 1.43m). Normalmente, estas versiones

contienen varias nuevas caractersticas y correcciones de errores, que se
describen en detalle en la pgina de Noticias ImageJ. Construcciones diarias,
por otro lado, se etiquetan con subndices numricos (por ejemplo, v 1.43n4)
ya menudo son puestos en libertad sin documentacin. Sin embargo, si est
disponible, las notas de la versin para construcciones diarias se pueden
encontrar en http://imagej.nih.gov/ij/source/release-notes.html. Cuando
termina un ciclo de liberacin (v. 1.42 finaliz con 1.42q, v 1.43 con 1.43u, etc)
se crea un paquete de instalacin, se puede descargar desde
http://imagej.nih.gov/ij/download.html. Por lo general, este paquete viene con
una pequea lista de complementos (macros, scripts y plugins).
Ver tambin: Luts, Macros y herramientas Updater, un conjunto de
herramientas macro que realiza en vivo-actualizacin de macros que aparecen
en el sitio web ImageJ

2.1 ImageJDistributions
ImageJ por s sola no es tan poderoso: es la verdadera fuerza es el vasto
repertorio de plugins que extienden la funcionalidad de ImageJ ms all de su
ncleo bsico. Los muchos cientos, probablemente miles, plugins de libre
disposicin de los contribuyentes de todo el mundo juegan un papel
fundamental en el xito de ImageJ [22]. Ejecucin de la Ayuda. Actualizar
ImageJ. . . Sin embargo, no se actualizar ninguno de los plugins que haya
instalados 1.
ImageJ complementos (plugins, scripts y macros) estn disponibles de varias
fuentes (pgina plugins de ImageJ [Ayuda. Plugins ...], ImageJ Informacin y
Documentacin Portal y la pgina web de Fiji, entre otros), realizar
actualizaciones manuales de una tarea de enormes proporciones. Esta sola
razn, hace que sea muy conveniente el uso de ImageJDistributions incluido
con una coleccin pre-organizado de add-ons.
A continuacin se muestra una lista de los proyectos ms relevantes que se
ocupan de la difcil tarea que parece de organizar y mantener ImageJ ms all
de sus fundamentos. Si usted es un cientfico de la vida y tienen dudas acerca
de que la distribucin de elegir usted debe optar por Fiji. Est muy cuidada,
ofrece un actualizador automtico, la mejora de las capacidades de scripting y
viene con plugins de gran alcance. Adaptaciones ms especializadas de ImageJ
se discuten en los paquetes de software construido sobre ImageJ.
Fiji

Fiyi (Fiji es apenas ImageJ-Pilas incluidas) es una distribucin de ImageJ junto

con Java, Java 3D y varios plugins organizados en una estructura de men
coherente. Citando sus desarrolladores, "Fiji compara con ImageJ como Ubuntu
se compara con Linux". El objetivo principal de Fiji es ayudar a la investigacin
en ciencias de la vida, la orientacin registro de la imagen, la costura, la
segmentacin, extraccin de caractersticas y visualizacin 3D, entre otros.
Tambin soporta varios lenguajes de scripting (BeanScript, Clojure, Jython,
Python, Ruby, consulte Scripting en otros idiomas). Es importante destacar que
Fiji se suministra con un prctico de actualizacin que sabe si los archivos
estn al da, obsoletos o modificados localmente. Documentacin completa
est disponible para la mayora de sus plugins. El proyecto Fiji se present en
pblico por primera vez en el usuario ImageJ y Developer Conference en
noviembre de 2008.
MBF ImageJ
El ImageJ paquete MBF o ImageJ de Microscopa (antes FICA-ImageJ) cuenta con
una coleccin de plugins y macros, recopilado y organizado por Tony Collins en
la instalacin MacBiophotonics de la Universidad McMaster. Se acompaa de un
completo manual que describe cmo utilizar el paquete con los datos de
imagen de microscopa de luz. Es un gran recurso para los microscopistas, pero
no se mantiene activa, a la zaga del desarrollo de base ImageJ
Tenga en cuenta que usted puede aadir plugins de MBF ImageJ a Fiji, que
combina lo mejor de ambos programas.
En realidad, puede utilizar mltiples distribuciones ImageJ simultneamente,
armar su propio paquete ImageJ reuniendo los plugins que mejor sirvan a sus
necesidades (probablemente, alguien en su institucin ya inici una?) O crear
enlaces simblicos a compartir plugins entre diferentes instalaciones.
2.2 Programas relacionados
2.2.1 Los paquetes de software construido sobre ImageJ
Bio7 Bio7 es un entorno de desarrollo integrado para el modelado ecolgico
con una atencin en el modelado basado individual y modelos espacialmente
explcitos. Bio7 caractersticas: anlisis estadstico (usando R), estadstica
espacial, la comunicacin rpida entre R y Java; BeanShell y apoyo maravilloso,
el anlisis de sensibilidad con un editor de diagrama de flujo integrado y la
creacin de modelos 3D OpenGL (Jogl) (vase tambin RImageJ en ImageJ
Interoperabilidad).
3 Obtencin de ayuda
3.1 Ayuda de Anlisis de Imgenes

A continuacin se muestra una lista de recursos en lnea (sin ningn orden en

particular) relacionados con el procesamiento de imgenes y anlisis de
imgenes cientficas, complementando la lista de recursos externos en el sitio
web IJ.
imagingbook.com
Web site of Digital Image Processing: An Algorithmic Introduction using Java by
Wilhelm
Burger and Mark Burge [11]. This technical book provides a modern, selfcontained, introduction
to digital image processing techniques. Numerous complete Java
implementations
are provided, all of which work within ImageJ.
Hypermedia Image Processing Reference (HIPR2)
Developed at the Department of Artificial Intelligence in the University of
Edinburgh,
provides on-line reference and tutorial information on a wide range of image
processing
operations.
IFN wikipage
The Imaging Facility Network (IFN) in Biopolis Dresden provides access to
advanced
microscopy systems and image processing. The website hosts high quality
teaching material
and useful links to external resources.
stereology.info
Stereology Information for the Biological Sciences, designed to introduce both
basic and
advanced concepts in the field of stereology.

3.2 Ayuda en ImageJ

A continuacin se muestra una lista de los recursos de ayuda ImageJ que
complementan esta gua (ver Formatos Gua).
Documentacin especfica de los usos avanzados de ImageJ (programacin de
macros, desarrollo de plugins, etc) se discute en Ampliacin de ImageJ.
1. The ImageJ online documentation pages
Can be accessed via the Help . Documentation. . . command.
2. The Fiji webpage:
http://fiji.sc/
3. The ImageJ Information and Documentation Portal (ImageJ wikipage):
http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php
4. Video tutorials on the ImageJ Documentation Portal and the Fiji YouTube
channel:
http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=video:start&s[]=video and
http://www.youtube.
com/user/fijichannel. New ImageJ users will probably profit from Christine
Labnos video

tutorial.
5. The ImageJ for Microscopy manual
http://www.macbiophotonics.ca/imagej/
6. Several online documents, most of them listed at:
http://imagej.nih.gov/ij/links.html and http://imagej.nih.gov/ij/docs/examples/
Utilizando listas de correo
Si usted est teniendo problemas con ImageJ, debe indagacin acerca de ellos
en la lista apropiada.
La lista de correo ImageJ es un foro sin moderador suscrito por una comunidad
de usuarios bien informados todo el mundo con t2000 usuarios avanzados y
desarrolladores. Para que sus preguntas sean respondidas con prontitud debe
tener en cuenta lo siguiente:
1 . Leer los archivos de documentacin (descritos anteriormente en esta
seccin ) antes de publicar . Porque siempre habr un desfase natural entre la
aplicacin de las principales caractersticas y su documentacin , puede ser
aconsejable consultar brevemente el sitio web de noticias ImageJ ( Ayuda.
ImageJ News ... ) .
2 . Consulte la lista de archivos de correo ( Ayuda. Lista de correo ... ) . La
mayora de sus preguntas tal vez ya han sido contestadas .
3 . Si usted piensa que usted est frente a un error tratar de actualizar a la
ltima versin de ImageJ ( Ayuda.
Actualizar ImageJ . . . ) . Tambin debe comprobar si se est ejecutando la
ltima versin de la mquina virtual de Java para su sistema operativo . Las
instrucciones detalladas sobre cmo enviar un informe de error se encuentran
en http://imagej.nih.gov/ij/docs/faqs.html # bug .
4 . Recuerde que en la mayora de los casos usted puede encontrar respuestas
dentro de su propia instalacin ImageJ incluso sin conexin a Internet desde la
heurstica para encontrar comandos o escribiendo macros se han mejorado
significativamente en las versiones posteriores (vase Bsqueda de comandos
y ampliar ImageJ ) .

Parte II
Trabajar con ImageJ
Esta parte presenta algunos aspectos bsicos de ImageJ para que pueda
utilizar el software de manera ms eficiente. Tambin introduce algunos
trminos y conceptos importantes que se utilizan en esta gua.

Es posible evitarlo si ya utiliza el programa de manera eficiente y est

familiarizado con trminos tales como pilas virtuales, Hyperstacks, Pseudocolor
Imgenes, imgenes compuestas de color o selecciones compuestas ..
4 Uso de mtodos abreviados de teclado
Usted aprender ms y ms combinaciones de teclas al utilizar ImageJ, porque
(casi) todos los accesos directos se encuentran a lo largo de los mens ImageJ.
Del mismo modo, en esta gua cada comando tiene su tecla de acceso directo
que aparece en su nombre (flanqueado por corchetes).
Tenga en cuenta que la notacin para estos atajos de teclado entre maysculas
y minsculas, Es decir, Shift-modificadores no se mencionan explcitamente (a
mayscula mediante Shift-A) y se supone que requieren que la tecla de control
de accesos directos en Edit Options Misc. . . est desactivada (es decir,
excepto cuando se usa el Editor IJD o la herramienta de texto, usted no tendr
que mantener pulsada la tecla Control para utilizar los accesos directos del
men).
Por ejemplo, el comando Edit Invert [I] puede ser evocado presionando
que si requieren que la tecla control para
comprobar los atajos. La lista completa de atajos de ImageJ (ver Mtodos
abreviados de teclado) se puede recuperar en cualquier momento utilizando los
plug-ins. Utilities Plugins Utilities List Shortcuts. . . command.
Hay tres teclas modificadoras en ImageJ:
control
(Tecla de comando en los teclados de Apple) denotado por "Ctrl" o
en este
documento. Aunque una tecla de control est normalmente presente en los
teclados de Apple, en un ordenador Macintosh con ImageJ la tecla Comando
Comando reemplaza la funcionalidad de la tecla de control de otros sistemas
operativos. En aras de la simplificacin, 'Ctrl' siempre se referir tanto a lo
largo de esta gua.

Shift
Alt

5 Comandos de Bsqueda
Navegando a travs de la extensa lista de comandos ImageJ, macros y plugins
pueden ser bastante engorroso. A travs de ella comando integrado Buscador /
Launcher [48], ImageJ ofrece una expedita alternativa que le permite recuperar
los comandos extremadamente rpido: Plugins . Utilities . Find
Commands. . . [l].
Adems, cuenta con una funcin ImageJ encontrar que localiza macros, scripts
y cdigo plugins (java). Archivos en su computadora: los Plugins Utilities
Search. . . comando. Dado que la mayora de los archivos de origen IJ contienen
circunstanciada comentarios, usted puede utilizar esta utilidad para recuperar
archivos relacionados no slo con una rutina de procesamiento de imgenes
(por ejemplo, el fondo o co-localizacin) (e.g., background or co-localization),
sino tambin a un contexto prctico, tales como radiografa, celular o
histolgico radiogram, cell or histology. De hecho, los archivos de origen
ImageJ contienen anotaciones detalladas tiles para los desarrolladores y
usuarios regulares que quieren saber ms acerca de las rutinas ImageJ y
algoritmos.

6 Deshacer y Rehacer

Probablemente, la primera cosa que se nota es que ImageJ no tiene un gran

buffer de deshacer / rehacer. Deshacer (Edit. Deshacer [z]) se limita
actualmente a la ms reciente edicin de la operacin / filtrado de imgenes.
Con el tiempo se dar cuenta que esto es necesario para minimizar la
sobrecarga de memoria. Sin embargo, con IJ 1.45 y posteriores, Deshacer [z]
es, en la mayora de los casos, se puede deshacer y se puede aplicar a varias
imgenes si Mantenga mltiples buffers deshacer se comprueba en; E dit
Options Memory & Threads. . .
Si no puede recuperarse de un error, siempre se puede utilizar File Revert
[r]para restablecer la imagen he aqu su ltimo estado guardado. Para las
selecciones, Edit Selection Restore Selection [E] se puede utilizar para
recuperar cualquier seleccin misdealt.
En ImageJ el equivalente a "rehacer" es el proceso. Repita el comando [R], que
re-corre el comando anterior utilizado (saltarse Edit. Deshacer [z] y el archivo.
Abierto ... [o] comandos).