Unidad de Aprendizaje 1

Aminocidos y Protenas

DBIO 1037

Resultado de Aprendizaje de la
Unidad 2
El alumno :
Analiza la importancia de los
niveles superiores de
organizacin estructural de
las protenas, considerando
los tipos de aminocidos
involucrados y las
interacciones con su medio
ambiente

Recursos Cognitivos

Aminocidos, clasificacin, estructura, propiedades cido

base y esencialidad en el ser humano.

Enlace peptdico. Estructura primaria de protenas.

Estructuras de orden superior.

Factores que afectan la estructura proteica.

Estructura de protenas y relacin con su funcin biolgica.

Regulacin alostrica de protenas.

Fundamentos tericos de las principales tcnicas de estudio

las protenas.

de

Protenas

Heteropolmeros lineales de aminocidos unidos por

enlace peptdico.

Constitudas slo por veinte tipos de aminocidos.

En la naturaleza, existen unos 300 tipos de aminocidos,

pero slo 20 forman protenas, los dems tienen otras
funciones.

Si el polmero tiene hasta 50 aminocidos:

pptidos ( chicos, medianos, grandes)

Si tiene ms de 50 aminocidos : protenas

(tamao muy variable)

Protenas

La clula puede sintetizar muchas distintas protenas

a partir de la diferente combinacin y secuencia de los
mismos 20 aminocidos.

La diversidad de funciones que exhiben las protenas ,

est relacionada directamente con la posibilidad de
combinacin de sus bloques estructurales.

La funcin de una protena depende de su

estructura tridimensional y sta depende de la
secuencia de aminocidos.

La secuencia de aminocidos est determinada por la

secuencia de bases del DNA (secuencia gentica).

Modelo estructura
tridimensional de
la mioglobina

Aminocidos
Los ms comunes corresponden a las unidades
estructurales de las protenas.
Corresponden a 20 a L-aminocidos.
Hay muchos otros aminocidos, menos comunes:

Algunos se producen por modificacin qumica de aminocidos

proteicos: Hidroxilacin, fosforilacin, carboxilacin, etc.

Otros tienen otras funciones ( no por ello menos importantes)

Aminocidos no proteicos que

diversas funciones importantes:

a aminocidos ( Ornitina, citrulina)

b aminocidos ( b alanina como parte del cido
pantotnico)

g aminocidos (GABA).

cumplen

Existen derivados de aminocidos por prdida de uno de

sus grupos funcionales:
Si se pierde el grupo amino : cetocidos
Si se pierde el grupo carboxilo :aminas

Caractersticas estructurales de los

Aminocidos

Tienen en comn el que poseen un grupo amino, un

grupo carboxilo, un tomo de Hidrgeno y un
grupo distintivo R, unidos a un mismo Carbono
(carbono a ).

Se diferencian en su grupo radical, el que vara en

estructura, tamao y carga elctrica, lo que afecta su
solubilidad en agua.

Caractersticas estructurales de los

Aminocidos

En solucin, a pH neutro son iones dipolares

(zwitterion).

Caractersticas estructurales de los

Aminocidos
Molecularmente tetradrico.
el Ca es quiral (cuatro sustituyentes
diferentes) , por lo que todos tienen
actividad ptica ( excepto Gly) .

Slo los estereoismeros L,forman

las protenas.

Clasificacin de los aminocidos segn las

propiedades de su cadena lateral
Apolares :

Alifticos : glicina, alanina, valina, leucina,

isoleucina, prolina, metionina

Aromticos: fenilalanina, tirosina, triptfano.

Polares neutros: serina, treonina, cistena,

asparagina, glutamina.
Con carga:

cidos : asprtico, glutmico

bsicos : lisina, arginina, histidina.

Existen muchas clasificaciones y todas

son arbitrarias , lo importante es
comprender las propiedades de los
aminocidos...

Otra clasificacin segn caractersticas de R:

Con grupo R con carga :
cidos (carga negativa a pH neutro).
bsicos (carga positiva a pH neutro ).
Con grupo R polar sin carga.
Casos especiales
Con grupo R apolares o hidrfobos.

Las cistenas se
pueden oxidar
formando puentes
disulfuros entre
distintas partes de
una protena.

Otra clasificacin
Aminocidos esenciales
Adultos

Nios en
crecimiento

Lactantes
prematuros

Isoleucina
Leucina
Lisina

Arginina
Histidina

Cistena
Tirosina

Metionina
Fenilalanina

Treonina
Triptofano
Valina

Ion dipolar o zwiterion

pKa
NH3+
NH3+

H
- C - COOR

Estado de ionizacin : vara con el pH

pKa COOH
Tiene pKa
slo si es
capaz de
ionizarse

Un zwitterion
puede actuar como cido : donante de protones.

puede actuar como base : aceptor de protones.

Si R= CH3. El aminocido es ALANINA

Es un aminocido simple monoaminomonocarboxlico
Es un cido diprtico , cuando est totalmente
protonado (a pH cido) y liberar dos protones al ir
subiendo el pH.

Punto isoelctrico de un aminocido

Es el pH al cual la carga neta
es CERO.

Predomina la especie neutra.

Punto isoelctrico
Alanina

NH3+ - CH - COOH (Carga neta +1)

CH3
NH3+ - CH - COOCH3

NH2 - CH - COOCH3

pKaCOOH=2.34

(Carga neta 0)
pKa NH3+=9.7

(Carga neta -1)

Calculando el punto isoelctrico de la alanina...

pI

pKaCOOH + pKaNH+3

pI

2.34 + 9.7

6.0

Concentraciones relativas de las 3 formas de

glicina, en funcin del pH.

Punto isoelctrico Histidina

 El punto isoelctrico de una protena depender del nmero

y tipo de aminocidos con radicales con carga.

NIVELES DE ORGANIZACIN DE PROTENAS

Cuatro rdenes de estructura :

https://www.youtube.com/watch?v=lijQ3a8yU
YQ

Estructura Primaria
Es la secuencia de los aminocidos que forman
la protena. Los aminocidos estn unidos por
enlace peptdico.

La estructura primaria determina la estructura

tridimensional de la protena.
La estructura tridimensional permite realizar la
funcin de la protena.

Prof. Tatiana Zuvic M.

Recursos Cognitivos

Aminocidos, clasificacin, estructura, propiedades cido base y

esencialidad en el ser humano.

Enlace peptdico. Estructura primaria de protenas.

Estructuras de orden superior.

Factores que afectan la estructura proteica.

Estructura de protenas y relacin con su funcin biolgica.

Regulacin alostrica de protenas.

Fundamentos tericos de las principales tcnicas de estudio

las protenas.

de

Estructura de un a aminocido

R
H
H
H

Ca
H

C O
O

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Formacin del enlace peptdico

O
Aspartate C
H
H

C
Ca

H
Alanine
H

Ca

+
- H N
H N H C O
H C O
Sntesis por
H
H
O
O
+

deshidratacin

H2O
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Enlace peptdico
O

O
Dipptido
aspartilalanina

H
H

C
C

H
C

H Ca

Ca

H N H C
H
O

N H C O
O

Peptide bond

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Enlace peptdico

Es enlace covalente ( fuerte)

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Caractersticas:
Enlace peptdico
Enlace amida entre el a -carboxilo de un
aminocido y el a- amino del otro.
Enlace entre C carbonlico y N tiene
caracterstica parcial de doble enlace
Generalmente tiene configuracin trans.

Polar sin carga

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Cmo se nombra el pptido?

N-

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Estructura Secundaria
Son formas regulares de plegado de la cadena
polipeptdica (repeticin de ciertos ngulos) .
Estn dadas por enlaces de Hidrgeno entre los
residuos de amincidos prximos entre s en la
secuencia lineal. Existen dos estructuras peridicas
polipeptdicas:
a) la hlice a.

b) la hoja plegada b.
Adems:
hlice de colgeno
Irregularmente estructurada
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a- Hlice
Estructura espiral : cadena polipeptdica enrollada en
forma compacta
Estabilizada por puentes de Hidrgeno entre el
Oxgeno carbonlico y el Hidrogeno amida que forman
parte del esqueleto peptdico.
Estos puentes de Hidrgeno se forman intracadena .
Oxgeno del CO enlazado al H del NH situado 4
residuos hacia adelante en la secuencia lineal.
Tiene 3.6 residuos aa por vuelta de la hlice.

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a- Hlice

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a- Hlice
Esta estructura secundaria est presente en
diferentes proporciones en las distintas protenas:

Fibrona :0%
Mioglobina y Hemoglobina: 75 %
Queratina : casi 100 % ( rica en Ala,Val, Leu, Ile, Met,
and Phe)
-Existen superhelicoides de a Hlice : miosina y
tropomiosina, queratina

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Mioglobina

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Hoja b plegada
Es estabilizada por puentes de Hidrgeno entre
los grupos NH y CO de todos los enlaces
peptdicos.
Difiere de la hlice a en que es una lmina en vez
de un cilindro.
Cadena polipeptdica est completamente
extendida.
Las cadenas adyacentes en una hoja plegada b
pueden orientarse en la misma direccin (hojas b
paralelas) o en direcciones opuestas (hojas b
antiparalelas
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Hoja plegada b

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a Helice
b Hoja
plegada

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Hlice de colgeno

Colgeno: protena fibrosa. Componente de la piel,

hueso ,tendones ,cartlagos y dientes. Es la protena
ms abundante en los mamferos.
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Estructura secundaria no repetitiva o

irregularmente estructurada
Tiene estructura de cuerda , pero de ninguna
manera es al azar.
Menos estructura regular que las anteriores.

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Estructura terciaria
Se refiere a las relaciones espaciales entre los
elementos de la estructura secundaria.
Las estructuras secundarias se organizan en
dominios: unidades compactas con estructuras
relativamente independientes, pero conectadas
mediante el esqueleto polipeptdico

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Estructura terciaria
Originada por distintas interacciones casi
siempre entre aminocidos alejados en la
secuencia lineal.
Puentes disulfuro (enlace covalente)
Interacciones hidrofbicas

Interacciones inicas
Puentes de Hidrgeno
Interacciones de Van der Waals

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Visin tridimensional de una protena

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Estructura cuaternaria
(no todas las protenas la tienen)
Las protenas que poseen ms de una cadena
polipeptdica pueden presentar otro nivel de
organizacin estructural.
A cada cadena polipeptdica se le llama
subunidad.
Estructura cuaternaria : se refiere al
ordenamiento espacial de las subunidades y a la
naturaleza de sus contactos mutuos.
Estabilizada por las mismas fuerzas de
interaccin que la estructura terciaria.
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Estructura cuaternaria

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Desnaturalizacin de las protenas

Consiste en la prdida de la estructura

tridimensional ( nativa) y con ello en la prdida de la
funcin de la protena.
Es el desenrollamiento y desorganizacin de las
estructuras secundaria y terciaria.

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Denaturacin de protenas

Es inducida por diversos

agentes: calor, cidos o bases
fuertes, b-mercaptoetanol, urea,
detergentes inicos, solventes
orgnicos, metales pesados.

Casi siempre es
irreversible, algunas
excepciones:

Hidrlisis de una protena

Consiste en la ruptura del enlace peptdico, lo

cual puede ser ocasionado por mtodos
qumicos o enzimticos.

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Clasificacin de las protenas

Segn su composicin

Simples y complejas

Segn su forma

Globulares y fibrosas

Segn tengan o no
estructura cuaternaria

Monmeras (sin
estructura cuaternaria)
y oligmeras (con
estructura cuaternaria)

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Clasificacin de las protenas

Segn su funcin

Transporte
Enzimas
Reserva o almacenamiento
Estructural
Defensa
Control del crecimiento y
diferenciacin.
Hormonas
Toxinas
Generacin y transmisin
impulso nervioso
Contraccin muscular

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Relacin estructura y funcin de

algunas protenas de inters
biolgico

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Interaccin de protenas en la contraccin muscular

Receptores de membrana y transduccin de

seales

Enzimas

Participacin de protenas en el citoesqueleto

Participacin de protenas en flagelos bacterianos

Albmina

Mioglobina
Hemoglobina

Insulina
Enzimas ( Unidad III )

Colgeno : protena fibrosa

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Protenas
globulares

ALBMINA

Es la protena ms abundante de la sangre

Se sintetiza en el hgado ( representa de toda la

sntesis proteica heptica).

Se sintetiza como preproalbmina. Es pequea

(PM 69.000).

Sntesis disminuida en ciertas enfermedades

hepticas y en desnutricin.

ALBMINA
Funciones:
1. Transporte (cidos grasos libres, bilirrubina,
ciertos frmacos)

2. Contribuye a la osmolaridad del suero

ALBMINA

Utilidad diagnstica
1. Se cuantifica en la sangre
(albuminemia) para
diagnosticar alteraciones
hepticas y nutricionales.
2. Se cuantifica en la orina
(microalbuminuria) para
diagnosticar alteraciones
renales (nefropata diabtica).

Funcin de las globinas en el transporte y reserva

de oxgeno
Corresponden a MIOGLOBINA y
HEMOGLOBINA.

Tienen como grupo prosttico al

grupo Hem.
Suministran el Oxgeno para el
metabolismo oxidativo.
Mioglobina es monmero,
hemoglobina es tetrmero.

Comparacin entre mioglobina y

hemoglobina

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Grupo Hem
Componente no polipeptdico

De ste grupo, depende la capacidad de mioglobina y

hemoglobina para enlazar Oxgeno.

Le confiere a la mio y hemoglobina su color

caracterstico.
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Grupo HEM

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Grupo HEM

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MIOGLOBINA

Funcin : facilita el transporte y almacena O2 en

el msculo.
Protena monomrica estructuralmente similar, a
una cadena individual de la molcula de
hemoglobina.
Une un grupo Hem

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HEMOGLOBINA
Protena globular de PM 64.450, se encuentra
exclusivamente dentro de los glbulos rojos.
Es un tetrmero : dos tipos de globinas: a y b (2a y
2b).
Cada subunidad une un grupo Hem.
Funciones :Transportar O2 del aparato respiratorio a
los tejidos y Transportar CO2 y protones desde los
tejidos a los pulmones para ser excretados.
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Unin de oxgeno a mioglobina y hemoglobina.

Mioglobina une slo una molcula de oxgeno.

Hemoglobina puede unir cuatro y la unin es
cooperativa y afectada por otras molculas (efectores
alostricos).
Mioglobina tiene mayor afinidad por el oxgeno que
hemoglobina, no tiene cooperatividad , ni es modulada
alostricamente.

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Curvas de saturacin de
oxgeno para mioglobina y
hemoglobina

Mioglobina:

hiperblica

Hemoglobina: sigmodea
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Cooperatividad: Las subunidades de la protena contribuyen

unas a otras para ejercer su funcin

La hemoglobina une al
Oxgeno con afinidad
creciente
(Cooperatividad)

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The change in hemoglobin quaternary structure

during oxygenation.

HEMOGLOBINA: PROTENA
ALOSTRICA
Curva de unin al oxgeno es afectada por O2, el pH,
pCO2, y la disponibilidad de 2,3 bisfosfoglicerato
(efectores alostricos)
H+ y CO2 promueven liberacin de O2 . Es el llamado
efecto Bhr.
O2 promueve liberacin de H+ y CO2 ( en capilares
alveolares)

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Efecto Bohr

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Alosterismo: Efecto de una molcula sobre la

funcin de una protena al unirse en un lugar
diferente al sitio donde tiene su funcin.

Efectores alostricos de la hemoglobina:

O2

pH
Presin CO2
2,3 bisfosfoglicerato

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Transporte de CO2
H2O+ CO2(g)

H2CO3

H+ + HCO3-

Disminucin del pH hace disminuir la afinidad de la

hemoglobina por el oxgeno.
La unin del bicarbonato genera cargas negativas en
las cadenas de la hemoglobina que estabiliza los
puentes salinos entre las cadenas y que
disminuye la afinidad por el oxgeno.

Alosterismo:

Efecto del 2,3 BPG sobre la

hemoglobina

Efectos combinados
del CO2 y BPG sobre
la unin a oxgeno
por la hemoglobina

Cmo se transporta el CO2?

La mayor parte se transporta como bicarbonato.

El resto es transportado por la hemoglobina en forma
de carbamato unido a los grupos aminoterminales de la
hemoglobina.

Ello hace que disminuya la afinidad de esta protena

por el oxgeno ( Se fomenta la liberacin de O2 cuando
CO2 es abundante)
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Unin de monxido de Carbono a hemoglobina

CO se une muy fuerte pero reversiblemente a la

hemoglobina.
Si se une uno o ms CO , los hem restantes se unen
ms fuertemente al O2 y se cambia la forma de la curva
de sigmodea a hiperblica.
Resultado : La hemoglobina no puede liberar el
Oxgeno.

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INSULINA

Su funcin metablica es muy amplia y compleja,

dando como resultado la regulacin de los niveles de
glucosa plasmtica.

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INSULINA
Hormona proteica, muy pequea aprox. 6000 de Peso
molecular
Se produce en el pncreas (Islotes de Langerhans).
Est formada por dos cadenas peptdicas que tienen 3
puentes disulfuro, uno intracatenario y dos
extracatenarios).

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Procesamiento de
la insulina

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Protena fibrosa que tiene funciones estructurales en el organismo.

Exhibe propiedades mecnicas nicas que resultan de su

estructura tridimensional tan particular.
Es la protena ms abundante en el organismo humano.
( 25 % de la masa total )
Debe ser capaz de soportar grandes fuerzas , para lo cual ha sido
diseada como una protena larga con secuencia aminoacdica
repetitiva
Tropocolgeno : Tres cadenas polipeptdicas ( 1000 aa ) se
enrollan unas en las otras en forma de triple hlice de colgeno

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COLGENO
Las tres cadenas peptdicas se mantienen unidas mediante
puentes de Hidrgeno entre las cadenas y tambin enlaces
covalentes entre lisinas modificadas.
Se sintetiza como precursor ( procolgeno )
Secuencia de aminocidos : rica en Glicina y Prolina. Cada tercer
residuo es glicina. (35% Gly, 11% Ala, and 21% Pro and 4-Hyp)
La prolina est en mucho mayor proporcin que en otras protenas.
Tambin contiene hidroxiprolina y hidroxilisina, aminocidos que no
estn presentes en otras protenas.
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Prof. Tatiana Zuvic M.

Prof. Tatiana Zuvic M.

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COLGENO
Patologas asociadas a defectos en la
hidroxilacin de sus residuos:
Defecto en la hidroxilacin de la prolina y
lisina por deficit de Vitamina C.
Defecto en la hidroxilacin de la lisina, por
deficit de enzima lisil hidroxilasa.

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Sndrome
Ehlers Danlos

Escorbuto

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Tcnicas de estudio de las

protenas
Se vern distintas tcnicas de estudio que se basan en
separar protenas, aprovechando sus diferentes
propiedades:
-tamao
-carga
-afinidad.
Estas tcnicas son:
-Cromatografa
-HPLC
-Electroforesis

Cromatografa
Incluye diversos mtodos que consisten en separar una de
las sustancias de una solucin mediante la adsorcin
selectiva a una fase estacionaria.
La fase mvil lleva la muestra a travs de la fase
estacionaria. La mvil corresponde a un fluido y la
estacionaria es slida.
Clasificacin:
Cromatografa plana:
-Cromatografa en papel
-Cromatografa en capa fina
Cromatografa en columna.
-Cromatografa de lquidos
-Cromatografa de gases

Cromatografa plana:

Cromatografa en columna
Cromatografa de intercambio inico

Cromatografa de afinidad

Cromatografa de exclusin en gel.

Cromatografa de intercambio inico

Se utilizan resinas de intercambio ionico.

Son policationes ( intercambio aninico) o polianiones
( intercambio catinico)
Separa a las protenas de acuerdo a su carga elctrica.
La carga de la matriz de la columna as como la carga de las
protenas depender del pH del solvente y de su fuerza inica
(proporcional a la concentracin de iones).

Cromatografa de intercambio inico

Cromatografa de afinidad

Se utilizan matrices que llevan unidas de manera covalente

molculas especficas ( ligando) que tienen afinidad por una o
ms de las protenas de una mezcla.
Al atravesar la columna el ligando unido
se une a la la protena afn, y deja pasar
el resto.
Algunos ejemplos de ligandos: Anticuerpos,
sustratos de ciertas enzimas,etc.
Mtodo muy especfico.

al gel se une

Cromatografa de exclusin o filtracin en gel

Se utilizan geles porosos.

Existen de distinto tamao de poro.

Mtodo separa por tamao molecular.
Se puede calibrar con molculas de tamao
conocido y se pueden determinar pesos moleculares
de los componentes que se separan.

Cromatografa de exclusin o filtracin en gel

HPLC

Sigla del ingls High Perfomance Liquid

Chromatography)
Muy utilizada actualmente
Funciona a alta presin
Permite separar mezclas complejas

Electroforesis

Tcnica de separacin de molculas por carga

elctrica y tamao ( protenas y cidos
nucleicos)
Importancia del soporte y del buffer que lo
baa ( papel, gel)

Electroforesis de
protenas plasmticas

Se muestran diferentes
geles.

Densitograma de un perfil electrofortico de

protenas plasmticas.

Western Blot
Las protenas se separan mediante electroforesis en geles de

poliacrilamida.
Posteriormente se transfieren a una membrana de
nitrocelulosa mediante la aplicacin de un campo elctrico
perpendicular al gel.
Se revelan mediante autoradiografa, quimioluminiscencia u otro
mtodo ( indirecto por Ac, por ej.)

Se denominan diferente si se trata de otras macromolculas:

DNA : Southern Blot
RNA : Northern Blot

Isoelectroenfoque

Es una electroforesis efectuada en un

gradiente de pH.
La molcula se desplaza en el campo
elctrico slo hasta que alcanza su punto
isoelctrico.

Isoelectroenfoque

Ejemplo de un esquema de purificacin de una

protena X