E.A.P.

de Gentica y Biotecnologa
Curso: Gentica Molecular
Semestre 2013-I

T6. SNPs. Aplicacin en estudios de asociacin

gentica
Gustavo A. Sandoval, MSc
gsandoval@peru.com

Variaciones en el Genoma

Desarrollo de los Marcadores Gentico-Moleculares

Tipo de marcador
DNA RFLPs
1975DNA VNTRs (minisatellites)
1985DNA VNTRs (microsatellites)
(di-, tri- and tetra-repeticiones) 1989DNA SNPs
(single nucleotide polymorphisms) 1998VNTR, variable number of tandem repeats

No. of loci
>105
(potentially)
>104
(potentially)
>105
(potentially)
>106
(potentially)

Qu es un SNP?
Un SNP se define como el cambio en una
base en la secuencia del ADN que ocurre en
una proporcin significativa (ms de 1%) de
una gran poblacin.

SNPs
SNPs son encontrados en
regiones codificantes y (mayormente) no codificantes.

Ocurren con una frecuencia muy alta

cerca de 1 por cada 1000 bases a 1 por cada 100 a 300 bases.

La abundancia de los SNPs y la facilidad con la que pueden

ser medidos los convierten en variaciones genticas
significativas
SNPs cerca a genes particulares actan como marcador para
este gen.
SNPs en regiones codificantes pueden alterar la estructura
proteica del producto gnicos.

SNPs actan como marcadores genticos

Efecto de los SNPs

- Silencioso
- Altera la funcin de la protena:
Directamente : altera una secuencia de
aminocidos
Indirectamente: altera la funcin de la
secuencia regulatoria

Tipos de sustituciones de pares de bases

Tipos de sustituciones de pares de bases

SNPs pueden o no alterar la estructura proteica

Mapas de SNPs

Perfiles de SNPs

Origen de un
Haplotipo

Haplotipo

Ojos negros
Ojos marrones
Ojos negros
Ojos azules
Ojos marrones
Ojos marrones
Secuencia de ADN

1 2 3 4 5 6

SNP 3

Fenotipo

SNP 2

SNP 1

Un grupo de SNPs cercanamente relacionados

localizados en un cromosoma, que tienden a ser
heredados juntos (no fcilmente separados por
recombinacin).

GATATTCGTACGGA -T
GATGTTCGTACTGAAT
GATATTCGTACGGA -T
GATATTCGTACGGAAT
GATGTTCGTACTGAAT
GATGTTCGTACTGAAT

Haplotipos
AG- 2/6
GTA 3/6
AGA 1/6

D = propiedad de algunos genes de

las poblaciones genticas de no segregar de forma
independiente (r < 0.5)

Cromosoma 8

International HapMap Project

http://www.hapmap.org/

International HapMap Project

http://www.hapmap.org/

International HapMap Project

http://www.hapmap.org/

International HapMap Project

http://www.hapmap.org/

SNPs de significancia clnica en:

Reaccin adversa a las drogas
SNPs que alteran la funcin de enzimas del metabolismo de
drogas
Farmacogenmica: propone desarrollar medicamentos
individuales de acuerdo al genotipo del paciente

Predisposicin a enfermedades
Las enfermedades comunes son multifactoriales
SNPs son capaces de localizar genes involucrados en cncer,
anemia, psoriasis, migraa, Alzheimer y diabetes.

Mtodos de identificacin de
SNPs

A) Deteccin de SNPs conocidos

1-Anlisis por PCR acoplado a enzimas de
restriccin.
2-Ensayo de ligamiento de oligonucletidos.
3-High Resolution Melt (HRM) Analysis
4-Secuenciamiento.

1-Anlisis por PCR acoplado con enzimas de

restriccin.
Ms comn.
Especialmente para SNPs conocidos que crean o
suprimen un sitio de restriccin.
Se pueden reconocer diferentes patrones de
digestin.

1. Anlisis por PCR acoplado a enzimas de

restriccin

2-Ensayo de ligamiento de oligonucletidos.

Hibridizacin con sondas especficas

3. Melting
Curve
Analysis

3. High Resolution Melt (HRM) Analysis

Fluorescencia

Derivatizacin

4. Secuenciamiento

B) Identificacin de SNPs nuevos

1- Bsqueda de mutaciones basadas en
conformacin
2-Secuenciamiento

Bsqueda de mutaciones basadas en

conformacin
Polimorfismo de conformacin de cadena
simple (SSCP).
Mtodo ms ampliamente usado.
Principio: el ADN de cadena simple tiende a plegarse
en una estructura compleja lo cual determina la
mobilidad de la cadena de ADN en un gel no
denaturante.

Single-strand conformation polymorphism (SSCP)

2. Secuenciamiento

- Se logr la identificacin de 3.3 millones de SNPs

- 10,654 de estos causan sustitucin de aminocidos en
secuencias codificantes

Thousand Genomes Organization

http://www.1000genomes.org/

10,000 Genomes Project Evolutionary Biology

http://www.genome.gov/

Bases de Datos de SNPs

1. dbSNP (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/)
LocusLink (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/list.cgi)
2. TSC (http://snp.cshl.org/)
3. SNPper (http://snpper.chip.org/bio/)
4. JSNP (http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/search.html)
5. GeneSNPs (http://www.genome.utah.edu/genesnps/)
6. HGVbase (http://hgvbase.cgb.ki.se/)
7. PolyPhen (http://dove.embl-heidelberg.de/PolyPhen/)
OMIM (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM)
8. Human SNP database
(http://www-genome.wi.mit.edu/snp/human/)

dbSNP: Base de Datos de SNPs del NCBI

dbSNP: estadsticas

Visualizacin de SNPs orientados en el gen

Inherited variants:
- Copy number variants
(CNVs)
- SNP
Acquired somatic
variants:
- Gene copy
number aberrations
(CNAs)

Expresion Quantitative
Trait Loci (eQTL)