FACULTAD DE QUMICA - UNAM Estrada Garca Mara Regina Grupo: 2 Fisiologa Microbiana

HERRAMIENTAS COMPUTACIONALES VAS BIOQUMICAS

PARA EL DISEO SINTTICO DE

En la actualidad la biologa sinttica se ha desarrollado ampliamente, por lo cual ha surgido la necesidad de crear herramientas computacionales ms eficaces para: Modelar posibles vas bioqumicas. Probar diseos nuevos involucrando no solo las vas metablicas, sino tambin las enzimas que en ellas participan. Todo esto modelado en un organismo especfico, lo cual ayudara al desarrollo tambin en el campo de la microbiologa sinttica. Uno de los objetivos de la biologa sinttica es disear y comprender los mecanismos metablicos de los microorganismos ampliamente usados en la sntesis de productos como los biocombustibles o algunos frmacos. El diseo de vas bioqumicas est basado en experimentos de prueba y error por lo cual se necesita mucho tiempo, con el fin de considerar todos los factores que intervienen en ellas. PREDICCIN Y PRIORIZACIN DE POSIBLES VAS. El diseo de estas vas no se limita a las existentes en la naturaleza si no que se buscan nuevas alternativas tomando en cuenta los principios para optimizar su eficiencia termodinmica. En aos pasados se han desarrollado predicciones computacionales basadas en la adicin de enzimas nuevas. En la actualidad se han creado nuevas herramientas complejas para encontrar todas las vas posibles.

SOFTWARE PARA LA IDENTIFICACIN DE VAS METABLICAS Y SU CLASIFICACIN. El primer y ms sencillo sistema para la identificacin de vas es from metabolite to metabolite (FMM), donde uno puede buscar posibles vas y combinarlas para compararlas. Las desventajas de este sistema es que es limitado ya que solo da a las vas termodinmicamente posibles, sin embargo da un panorama general de las posibles rutas metablicas. Un mtodo ms avanzado es BNICE el cual tiene la ventaja de no estar restringido por una base de datos especfica, por lo tanto, se pueden predecir vas desconocidas siempre y cuando sean qumicamente posibles. Otro sistema de prediccin es: DESHARKY que est basado en reacciones enzimticas la cual es ms til cuando se trabaja con un organismo determinado para un compuesto conocido. CRITERIO PARA LA CLASIFICACIN DE VAS El proceso de priorizacin de vas se basa en 5 criterios entre los cuales estn incluidos: La especificidad del organismo y la longitud de la va la cual est estrechamente relacionada con el costo energtico de la reaccin. Todos y cada uno de estos algoritmos y herramientas proveen una informacin til para la biologa sinttica ya que combinando todas sus ventajas podemos hacer posible la exploracin de vas ms verstiles y efectivas. MODELOS METABOLICOS EN ORGANISMOS Para predecir una va es necesario tomar en cuenta el organismo en el que se va a trabajar ya que estos pueden producir efectos en lo que se quiere disear. Una de las primeras cosas que deben tomarse en cuenta es que el organismo cuente con las enzimas necesarias para llevar a cabo la reaccin. MDELO METABLICO DE ESCALA GENMICA Algunos modelos pueden prevenir el comportamiento de una va en un determinado organismo basndose en la secuencia de las bases del genoma sin embargo los experimentos son complejos y difciles de integrar al investigar el mapa metablico de un microorganismo.