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5) Protenas
I-5 PROTENAS
CONCEPTO Y CARACTERSTICAS Concepto: Se pueden definir como polmeros formados por la unin, mediante enlaces peptdicos, de unidades de menor masa molecular llamadas aminocidos.
Son molculas muy complejas. Su masa molecular es muy elevada, normalmente est comprendida entre 6000 da y 10 6 da, son macromolculas. Algunas protenas estn constituidas por la unin de varios polmeros proteicos que en ocasiones pueden tambin contener otras molculas orgnicas (lpidos, glcidos, etc). En este ltimo caso reciben el nombre genrico de prtidos. Las protenas son las molculas orgnicas ms abundantes en las clulas, ms del 50% del peso seco de la clula son protenas. Estn constituidas, fundamentalmente, por C, H, O y N y casi todas tienen tambin azufre. Algunas tienen, adems, otros elementos qumicos y en particular: P, Fe, Zn o Cu. El elemento ms caracterstico de las protenas es el nitrgeno. Son los compuestos nitrogenados por excelencia de los seres vivos. Las protenas son molculas especficas que marcan la individualidad de cada ser vivo. Son adems de una gran importancia porque a travs de ellas se va a expresar la informacin gentica, de hecho el dogma central de la gentica molecular nos dice:
DNARNAProtena
FUNCIONES GENERALES
Las protenas estn entre las sustancias que realizan las funciones ms importantes en los seres vivos. De entre todas pueden destacarse las siguientes: - De reserva. En general las protenas no tienen funcin de reserva, pero pueden utilizarse con este fin en algunos casos especiales como por ejemplo en el desarrollo embrionario: ovoalbmina del huevo, casena de la leche y gliadina del trigo. - Estructural. Las protenas constituyen muchas estructuras de los seres vivos. Las membranas celulares contienen protenas. En el organismo, en general, ciertas estructuras -cartlago, hueso- estn formadas, entre otras sustancias, por protenas.
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- Enzimtica. Todas las reacciones que se producen en los organismos son catalizadas por molculas orgnicas. Las enzimas son las molculas que realizan esta funcin en los seres vivos. Todas las reacciones qumicas que se producen en los seres vivos necesitan su enzima y todas las enzimas son protenas. - Homeosttica. Ciertas protenas mantienen el equilibrio osmtico del medio celular y extracelular. - Transporte, de gases, como es el caso de la hemoglobina, o de lpidos, como la seroalbmina. Ambas protenas se encuentran en la sangre. Las permeasas, molculas que realizan los intercambios entre la clula y el exterior, son tambin protenas. - Movimiento. Actan como elementos esenciales en el movimiento. As, la actina y la miosina, protenas de las clulas musculares, son las responsables de la contraccin de la fibra muscular. - Hormonal. Las hormonas son sustancias qumicas que regulan procesos vitales. Algunas protenas actan como hormonas, por ejemplo: la insulina, que regula la concentracin de la glucosa en la sangre. - Inmunolgica. Los anticuerpos, sustancias que intervienen en los procesos de defensa frente a de los agentes patgenos, son protenas.
LOS AMINOCIDOS
Son las unidades estructurales que constituyen las protenas. Todos los aminocidos que se encuentran en las protenas, salvo la prolina, responden a la frmula general que se observa en la figura. A partir de ahora nos referiremos exclusivamente a los aminocidos presentes en las protenas de los seres vivos. Estos, como indica su nombre, tienen dos grupos funcionales caractersticos: el grupo carboxilo o grupo cido (-COOH), y el grupo amino (-NH2 ). La cadena carbonada de los aminocidos se numera comenzando por el grupo cido, siendo el carbono que tiene esta funcin el carbono nmero 1, el grupo amino se encuentra siempre en el carbono 2
Fig. 1 cido.
COOH HN C H
Fig. 2 L-prolina; aminocido polar no ionizable. Es el nico aminocido que no responde a la frmula general.
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o carbono . Por lo tanto, los aminocidos tienen en comn los carbonos 1 (grupo carboxilo) y 2 (el del grupo amino) diferencindose en el resto (R) de la molcula. En la frmula general de la Fig. 1 , R representa el resto de la molcula. R puede ser desde un simple H- , como en el aminocido glicocola, a una cadena carbonada ms o menos compleja en la que puede haber otros grupos aminos o carboxilo y tambin otras funciones (alcohol, tiol, etc.). Las protenas delos seres vivos slo tienen unos 20 aminocidos diferentes, por lo que habr nicamente 20 restos distintos. Es de destacar el hecho de que en todos los seres vivos slo se encuentren los mismos 20 aminocidos. En ciertos casos muy raros, por ejemplo en los venenos de algunas serpientes, podemos encontrar otros aminocidos diferentes de estos 20 e incluso aminocidos que no siguen la frmula general. La mayora de los aminocidos pueden sintetizarse unos a partir de otros, pero existen otros, aminocidos esenciales, que no pueden ser sintetizados y deben obtenerse en la dieta habitual. Los aminocidos esenciales son diferentes para cada especie, en la especie humana, por ejemplo, los aminocidos esenciales son diez: Thr, Lys, Arg, His, Val, Leu, Ileu, Met, Phe y Trp.
CH3 CH3
OH
Grupo I: Aminocidos apolares. Aminocidos cuyo resto R no es polar. Esto es, no posee cargas elctricas en R al tener en l largas cadenas hidrocarbonadas. Estos aminocidos, si estn en gran abundancia en una protena, la hacen insoluble en agua. Grupo II: Aminocidos polares no ionizables. Poseen restos con cortas cadenas
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hidrocarbonadas en las que hay funciones polares (alcohol, tiol o amida). Contrariamente al grupo anterior si una protena los tiene en abundancia ser soluble en agua.
COOH
Grupo III: Aminocidos polares cidos. Pertenecen a este grupo aquellos aminocidos que tienen ms de un grupo carboxilo. En las protenas, si el pH es bsico o neutro, estos grupos se encuentran cargados negativamente. Grupo IV: Aminocidos polares bsicos. Son aquellos aminocidos que tienen otro u otros grupos aminos. En las protenas, estos grupos amino, si el pH es cido o neutro, estn cargados positivamente.
H2N
C CH2 COOH H
H2O H3O+
Fig. 8 Ionizacin del grupo amino suplementario de un aminocido polar ionizable cido.
Excepto en la glicocola, en el resto de los aminocidos el carbono (el carbono que lleva la funcin amino) es asimtrico. La molcula ser pticamente activa y existirn dos configuraciones: D y L. Normalmente en los seres vivos slo encontramos uno de los ismeros pticos. Por convenio se considera que los aminocidos presentes en los seres vivos pertenecen todos ellos a la serie L. No obstante, en los microorganismos (paredes bacterianas, antibiticos generados por bacterias) existen aminocidos no proteicos pertenecientes a la serie D.
H2N
H2 O OH-
Fig. 9 Ionizacin del grupo amino suplementario de un aminocido polar ionizable bsico.
OH C H C R
D aminocido
OH O NH2 H2N C C R
L aminocido
O H
Fig. 10 Asimetra de los aminocidos. Todos los aminocidos, excepto la glicocola, son asimtricos. De las dos formas, la D y la L, en los seres vivos slo existe, normalmente, la L.
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Aminocidos del Grupo I (apolares)
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COOH H2N-C-CH3 H
Alanina-Ala
COOH H 2N C CH2 CH H
Leucina-Leu
CH3 CH3
COOH HN C H
Prolina-Pro
COOH H 2N C CH2 H
H 2N
Triptfano-Trp
COOH H2N C H H
Glicocola-Gly
Asparragina-Asn
Glutamina-Gln
COOH H2N C CH2 H COOH H2N C CH2 CH2 CH2 NH C NH2 H COOH H2N C CH2 CH2 CH2 CH2 NH2 H
Lisina-Lys
N N H
Histidina-His
NH
Arginina-Arg
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EL ENLACE PEPTDICO
Cuando reacciona el grupo cido de un aminocido con el grupo amino de otro ambos aminocidos quedan unidos mediante un enlace peptdico. Se trata de una reaccin de condensacin en la que se produce una amida y una molcula de agua. La sustancia que resulta de la unin es un dipptido.
H H N H C R1
Aminocido 1
O C O H + H N H
H C R2
O C O H
Aminocido 2
H2 O H H N H C R1 H C R2
O C N H
dipptido
O C O H
Fig. 12
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enlace C-N del enlace pept dico se comporta en cierto modo como un doble enlace y no es posible, por lo tanto, el giro libre alrededor de l. 3 0) Todos los tomos que estn unidos al carbono y al nitrgeno del enlace peptdico mantienen unas distancias y ngulos caractersticos y estn todos ellos en un mismo plano.
Fig. 14
Fig. 15 un pptido.
2 aa 3 aa de 4 a 10 aa de 10 a 100 aa ms de 100 aa
Toda cadena polipeptdica tendr en uno de sus extremos un aminocido con el grupo amino libre. Este ser el aminocido amino terminal (H-). En el otro extremo
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quedar libre el grupo carboxilo del ltimo aminocido, aminocido carboxilo terminal (-OH). Toda cadena proteica tendr por lo tanto una polaridad indicada mediante una H- y un -OH. Ejemplo: H-Gly-Ala-Pro-Leu-Trp-Met-Ser-OH. Muchas sustancias naturales de gran importancia son pptidos; por ejemplo: ciertas hormonas, como la insulina, que regula las concentraciones de glucosa en la sangre y que est formada por dos cadenas de 21 y 30 aminocidos unidas por puentes disulfuro; la encefalina (5 aminocidos) que se produce en las neuronas cerebrales y elimina la sensacin de dolor o las hormonas del lbulo posterior de la hipfisis: vasopresina y oxitocina (9 aa) que producen las contracciones del tero durante el parto; tambin son pptidos algunos antibiticos como la gramicidina.
I) NIVEL O ESTRUCTURA PRIMARIA- Viene dada por la secuencia: orden que siguen los aminocidos de una protena. Va a ser de gran importancia, pues la secuencia es la que determina el resto de los niveles y como consecuencia la funcin de la protena.
La alteracin de la estructura primaria por eliminacin, adicin o intercambio de los
Fig. 18 La insulina, una hormona de carcter peptdico, est formada por dos cadenas polipeptdicas.
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aminocidos puede cambiar la configuracin general de una protena y dar lugar a una protena diferente. Como, adems, la funcin de la protena depende de su estructura, un cambio en la estructura primaria podr determinar que la protena no pueda realizar su funcin. Veamos, a continuacin, un ejemplo de estructura primaria: H-Ala-Gly-Ser-Lys-Asp-Asn-Cys-Leu-Met-AlaIle-Trp-Gly-......-Pro-Asn-Glu-OH
II) NIVEL O ESTRUCTURA SECUNDARIALas caractersti cas de los enlaces peptdicos imponen determinadas restricciones que obligan a que las protenas adopten una determinada estructura secundaria.
sta puede ser en hlice , hlice de colgeno o en conformacin . Es de destacar que las tres son configuraciones en hlice diferenciandose en el nmero de aminocidos por vuelta (n) y en el dimetro de la hlice. En la hlice , n=4; en la hlice de colgeno, n=3 y en la conformacin , n=2. A continuacin estudiaremos solo la hlice y la conformacin por ser las configuraciones ms frecuentes.
Fig. 19 ubicuitina.
Modelo de cintas de la
Fig. 20 1) Hlices alfa; 2) conformaciones beta; 3) enlaces de hidrgeno; 4) puentes disulfuro; 5) zonas irregulares.
a) Estructura en hlice . Se trata de la forma ms simple y comn. En este tipo de estructura la molcula adopta una disposicin helicoidal, los restos (R) de los aminocidos se sitan hacia el exterior de la hlice y cada 3,6 aminocidos sta da una vuelta completa.
Este tipo de organizacin es muy estable, porque permite la formacin de puentes de hidrgeno entre el grupo C=O de un aminocido y el grupo N-H del cuarto aminocido situado por debajo de l en la hlice.
Fig. 21 Hlice alfa. Mediante flechas se indican algunos enlaces de hidrgeno. R) restos de los aminocidos.
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mol cula proteica, o una parte de la mol cula, adoptan una disposicin en zig-zag. La estabilidad se consigue mediante la disposicin en paralelo de varias cadenas con esta conformacin, cadenas que pueden pertenecer a protenas diferentes o ser partes de una misma molcula. De esta manera pueden establecerse puentes de hidrgeno entre grupos C=O y -N-H. Los restos van quedando alternativamente hacia arriba y hacia abajo. No obstante, si la molcula presenta prximos entre s restos muy voluminosos o con las mismas cargas elctricas se desestabilizar.
Fig. 22 Visin superior de una hlice alfa. Los nmeros indican los aminocidos.
Fig. 23 Conformacin beta o lmina plegada beta. En la figura se observan dos fragmentos de lmina plegada beta asociados por enlaces de hidrgeno.
Una mol cula no tiene que estar constituida exclusivamente por un tipo de conformacin. Lo normal es que las molculas proteicas presenten porciones con hlices , otras partes con conformaciones y partes que no tienen una conformacin definida y que se llaman zonas irregulares.
III) NIVEL O ESTRUCTURA TERCIARIA- Las protenas no se disponen linealmente en el espacio sino que normalmente sufren plegamientos que hacen que la molcula adopte una estructura espacial tridimensional llamada estructura terciaria. Los pliegues que originan la estructura terciaria se deben a ciertos aminocidos, como: la prolina, la serina y la isoleucina, que distorsionan la hlice generando una curvatura.
La estructura terciaria se va a estabilizar por la formacin de las siguientes interacciones: 1) Enlaces o puentes de hidrgeno. 2) Interacciones cido base. 3) Puentes disulfuro. Estos ltimos se forman entre grupos -SH pertenecientes a dos molculas de cistena que reaccionan entre s para dar cistina.
Fig. 24 Estructura de una protena. a) hlices alfa; b) conformaciones beta; c) zonas irregulares.
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-Cis-SH + HS-Cis- ----- -Cis-S-S-CisEn la estructura terciaria los restos se van a disponer en funcin de su afinidad con el medio. En medio acuoso, los restos hidrfobos se sitan hacia el interior de la molcula mientras que los restos hidrfilos lo hacen hacia el exterior. Bsicamente se distingen dos tipos de estructura terciaria: la filamentosa y la globular, aunque muchos autores consideran que las protenas filamentosas son protenas que carecen de estructura terciaria.
Fig. 25 Estructura terciaria de una protena. a) hlices alfa b) conformaciones beta; c) zonas irregulares.
Las protenas con conformacin filamentosa suelen tener funcin estructural, de proteccin o ambas a la vez y son insolubles en agua y en soluciones salinas. Por ejemplo, tienen esta conformacin: la betaqueratina, el colgeno y la elastina. Las protenas con conformacin globular suelen ser solubles en agua y/o en disoluciones salinas. Son globulares las enzimas, las protenas de membrana y muchas protenas con funcin transportadora. Las protenas globulares suelen tener diferentes fragmentos con alfa-hlices y conformaciones beta, pero las conformaciones beta suelen disponerse en la periferia y las hlices alfa en el centro de la molcula. Adems, las protenas globulares se doblan de tal manera que, en solucin acuosa, sus restos hidrfilos quedan hacia el exterior y los hidrfobos en el interior y, por el contrario, en un ambiente lipdico, los restos hidrfilos quedan en el interior y los hidrfobos en el exterior.
IV) ESTRUCTURA CUATERNARIA- Cuando varias cadenas de aminocidos, iguales o diferentes, se unen para formar un edificio proteico de orden superior, se disponen segn lo que llamamos estructura cuaternaria. Tambin se considera estructura cuaternaria la unin de una o varias protenas a otras molculas no proteicas para formar edificios macromolculares complejos. Esto es frecuente en protenas con masas moleculares superiores a 50.000
Cada polipptido que interviene en la formacin de este complejo proteico es un protmero y segn el nmero de protmeros
Glcido
Glcido
Fig. 26 Los anticuerpos tienen estructura cuaternaria pues estn formados por la unin, mediante puentes disulfuro, de cuatro protmeros o dominios; dos de cadena larga y dos de cadena corta
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tendremos: dmeros, tetrmeros, pentmeros, etc. La asociacin o unin de las molculas que forman una estructura cuaternaria, se consigue y mantiene mediante enlaces de hidrgeno, fuerzas de Van der Waals, interacciones electrostticas y algn que otro puente disulfuro . Un ejemplo de estructura cuaternaria es la hemoglobina, formada por las globinas o parte proteica (dos cadenas alfa y dos cadenas beta, con un total de 146 aminocidos) ms la parte no proteica o grupos hemo. O los anticuerpos, formados tambin por cuatro cadenas, dos cadenas cortas y dos largas.
Fig. 27
Modelo de anticuerpo.
Solubilidad. Las protenas solubles en agua, al ser macromolculas, no forman verdaderas disoluciones sino dispersiones coloidales. Cada macromolcula proteica queda rodeada de molculas de agua y no contacta con otras macromolculas gemelas con lo que no puede producirse la precipitacin. Especificidad. La especificidad de las protenas puede entenderse de dos maneras. Por una parte, existe una especificidad de funcin. Esto es, cada protena tiene una funcin concreta, diferente, normalmente, de la del resto de las molculas proticas. Esta es la razn de que tenganos tantas protenas distintas, unas 100 000. Ahora bien, ciertas protenas que realizan funciones similares en los seres vivos, por ejemplo: la hemoglobina de la sangre, presentan diferencias entre las distintas especies. Estas diferencias se han producido como consecuencia del proceso evolutivo y cada especie o incluso cada individuo, puede tener sus propias protenas especficas. No obstante, estas diferencias se producen en ciertas regiones de la protena llamadas sectores variables de las que no depende directamente se funcin. Mientras que otros sectores, de los que si depende la funcin de la protena, tienen siempre la misma secuencia de aminocidos. La especificidad de las protenas depender por lo tanto de los sectores variables y a ellos se deben, por ejemplo, los problemas de rechazos en los transplantes de rganos.
Por ejemplo: La insulina consta de 51 aminocidos en todos los mamferos, que estn distribuidos en dos cadenas, de 21 y 30 aminocidos respectivamente, unidas mediante dos enlaces disulfuro; de stos 51 aminocidos, la mayora son los mismos
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en todas las especies, pero unos pocos (tres de la cadena corta) varan de unas a otras.
Especies A8 Thr Thr Thr Ala His Ala
Aminocidos A9 Ser Ser Gly Gly Asn Ser A10 Ile Ile Ile Val Thr Val B30 Ala Thr Ala Ala Ala Ala
Los diferentes papeles biolgicos de stas molculas van a depender de la forma que adopten en su conformacin espacial.
Actividad enzimtica
Temperatura ptima
Fig. 29 Variacin de la actividad de una enzima con la temperatura. A partir de 451C la enzima se desnaturaliza, por alterarse su conformacin, y al destruirse el centro activo deja de actuar.
tiempo La funcin de las protenas depende de su conformacin. Algunas protenas, particularFig. 30 Variacin en la actividad de una enzima medida en funcin de la cantidad de mente las enzimas, tienen una o varias substrato (ligando) transformado a 37oC. En t zonas en su molcula de las que depende su se ha aumentado la temperatura hasta 70oC. funcin llamadas: centro activo o locus. El centro activo de la protena acta unindose a la molcula sobre la que se va a realizar la tranformacin, molcula que llamaremos ligando, que debe encajar en el centro activo.
El ligando y el centro activo interaccionan mediante fuerzas qumicas. Estas interacciones se deben a que ciertos radicales de los aminocidos de la protena, que
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estn en el centro activo de la molcula, tienen afinidad qumica por determinados grupos funcionales presentes en el ligando. Algunas veces la unin protena-ligando es irreversible como ocurre con las reacciones antgeno-anticuerpo. Otras veces es perfectamente reversible. Los aminocidos cuyos restos constituyen el centro activo pueden estar muy distantes unos de otros en la secuencia primaria de la protena, pero que debido a los pliegues y repliegues de la estructura terciaria, quedan localizados, espacialmente, muy prximos unos de otros y, sobre todo, formando una especie de hueco donde encajar el ligando. El resto de los aminocidos de la protena tienen como misin mantener la forma y la estructura que se precisa para que el centro activo se encuentre en la posicin correcta. Para que una protena y un ligando se unan o se reconozcan deben establecerse entre ambas molculas varios puntos de interaccin del tipo enlaces dbiles, especialmente fuerzas de Van der Waals, puentes de hidrgeno, etc.
Ligando o sustrato
La conformacin de una protena y por lo tanto su centro activo y su funcin pueden alterarse si se producen cambios en las estructura primaria. As, por ejemplo, en la anemia falciforme, el 6 1 aminocido de una de las cadenas proteicas que forman la hemoglobina, el glutmico, ha sido sustitudo por valina. Como consecuencia la hemoglobina pierde su funcionalidad y no puede transportar convenientemente el oxgeno y los heritrocitos (glbulos rojos) adquieren forma de hoz. Como ya hemos visto, la conformacin puede tambin alterarse si la protena se desnaturaliza por la accin de agentes como el calor y los cidos y las bases fuertes. La desnaturalizacin irreversible destruye el centro activo y la prote na no puede ya realizar su funcin.
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