Mesa redonda

Aspectos físicos de la genómica computacional Moderador: José L. Oliver

Los biólogos se enfrentan actualmente a una formidable avalancha de datos provenientes de la genómica
y del desarrollo de instrumentos capaces de describir los procesos biológicos con un detalle impensable
hace unos años. Predecir la forma en que los genes, las proteínas y los metabolitos se integran en redes
complejas de interacciones para hacer funcionar al sistema completo requiere técnicas habituales en
física pero muy poco utilizadas en biología. La interacción entre física y biología se ha hecho más
necesaria que nunca para determinar también cuando conviene simplificar y cuando es mejor generalizar
para buscar principios unificadores. En esta mesa redonda se discutirán cuatro aspectos que son un buen
ejemplo de la creciente interacción entre ambas disciplinas.

El primer aspecto, que abordará José Mª Carazo, Jefe de la Unidad de Biocomputación del Centro
Nacional de Biotecnología de Madrid, son las técnicas de minería de datos genómicos. El título de la mesa
redonda podría inducir a pensar en algún tipo de modelización que se pudiera construir en torno a los
estudios genómicos computacionales y que incidiera en nuestra capacidad de predicción del
comportamiento de estos sistemas. En realidad, la situación práctica es bien distinta, asentada sobre la
base del estudio de sistemas muy complejos de los que desconocemos buena parte de sus componentes
y de las relaciones entre ellos. De esta forma, el análisis se centra, sobre todo, en técnicas de minería de
datos que permitan encontrar patrones ocultos para, en base a estos patrones, empezar humildemente a
organizar y comprender la información genómica que nos rodea.

La exploración de códigos ocultos en al ADN será también el tema que abordará Pedro Bernaola-
Galván, del Dpto. de Física Aplicada II de la ETSI de Telecomunicación de la Universidad de Málaga. El
problema principal para identificar palabras o motivos en el ADN es que se trata de un texto ‘sin comas’,
es decir, no existen espacios ni ninguna otra señal de puntuación que permita individualizar las palabras,
por lo que las técnicas lingüísticas habituales de análisis semántico y extracción de palabras clave no son
aplicables. Sin embargo, ciertas técnicas derivadas de la estadística de niveles energéticos en sistemas
desordenados pueden utilizarse con éxito para extraer palabras clave en el ADN. La relevancia de una
palabra en un texto tiene relación con su distribución espacial a lo largo del mismo. Las palabras
irrelevantes se distribuyen de forma aleatoria, mientras que las relevantes aparecen agrupadas o
’clusterizadas’. Esto se puede aprovechar para identificar palabras o motivos significativos desde el punto
de vista funcional, como por ejemplo las secuencias de ADN implicadas en el control de la expresión
génica.

Los métodos para el estudio del proceso de splicing, por el cual los intrones se extraen de la molécula
precursora del RNA mensajero, serán abordados por Eduardo Eyras, del Grupo de Informática
Biomédica de la Universidad Pompeu Fabra de Barcelona. La complejidad del mecanismo de splicing hace
complicado su estudio a nivel genómico. Primero porque es difícil determinar todas las secuencias que
podrían jugar un papel en la regulación del splicing; y segundo porque aún encontrando una secuencia
conocida, es difícil determinar si en dicho contexto esa secuencia actuará como señal de splicing. Se
presentarán algunos de los métodos de la genómica computacional en el estudio de la regulación del
splicing. Algunos de estos métodos están basados en los modelos físicos de interacción de moléculas,
mientras otros se basan en un análisis estadístico de la secuencia de ADN. Dichos métodos, aún
simplificando la complejidad del mecanismo, permiten entender en parte las decisiones de la célula
durante el procesamiento del RNA y el papel del splicing en la regulación de la expresión génica.

El último aspecto que se abordará en esta mesa redonda, por parte de Niurka Rodríguez Quintero, Dpto.
de Física Aplicada I, E.U.P., Universidad de Sevilla, son los modelos físicos de la transcipción del ADN. Los
sistemas físicos se extienden desde lo “más pequeño” hasta lo “más grande”. Para poder estudiar estos
sistemas los físicos los “disectan” o desagregan en sus componentes, algo que no siempre es posible —
debido no sólo al gran número de componentes, sino también a la interrelación que estos manifiestan
entre sí— y que nos ha conducido hasta el concepto de complejidad. Sin lugar a dudas, el ADN es un
sistema dinámicamente y funcionalmente complejo. Presentaremos algunos ejemplos que muestran
claramente esta doble complejidad, centrándonos en el proceso de transcripción en el ADN. Sobre este
proceso, discutiremos las características fundamentales de dos tipos de modelos físicos, relacionados con
la propagación de las ondas no lineales y con el efecto ratchet. Mostraremos cómo algunos de estos
modelos han “evolucionado” a medida que se ha obtenido información genética sobre el ADN y cómo
esta “evolución” ha llevado a la “crisis” de los mismos. De forma paralela presentaremos el surgimiento
de nuevos modelos fundamentados en los motores moleculares y en otro fenómeno físico relacionado
con el transporte de tipo ratchet en sistemas no lineales.