Ponce naci por un decreto del destino, en la ciudad minera de
Fresnillo, estado de Zacatecas, al norte de Mxico, el 8 de diciembre de 1886. Sus padres, Felipe de Jess Ponce, quien realizaba trabajos de modesto tenedor de libros en la estacin minera de Proao, la de mayor produccin de plata en el pas; y doa Mara de Jess Cullar, originarios deAguascalientes, retornaron a la hidroclida ciudad con la proteccin del gobernador de esa entidad Francisco Rangel, cuando el infante Manuel Mara, el duodcimo de sus hijos, apenas contaba con algunos meses de edad. La aficin de doa Mara de Jess por la msica influy decididamente en el destino de cuatro de sus hijos: Mara del Refugio, Josefina, Jos Braulio y Manuel Mara Ponce Cullar. Este ltimo inici sus estudios de piano con su hermana Josefina, conocida como Pepita, recibiendo, asimismo, instruccin musical de Mara del Refugio, Cuquita reconocida docente, pianista, compositora y redactora del texto Estudio Pianstico Beethoven. Manuel Mara a los seis aos de edad interpretaba enzarzadas melodas como La zacatecana y Amor secreto con la gua de solfeo del maestro Hilarin Eslava. A los diez aos sus padres y hermanos mayores le situaron como pupilo con el licenciado Cipriano vila, abogado y maestro de piano. Fue integrante del Coro Infantil del Templo San Diego de Aguascalientes, ayudante de rgano y titular de este instrumento desde 1898. En 1900 viaj a Ciudad de Mxico, iniciando estudios con los maestros Vicente Maas, Eduardo Gabrielli y Paulo Bengardi. Seguidamente ingres en el Conservatorio Nacional de Msica en 1901, donde permaneci hasta 1903. En 1904, fue a estudiar cursos superiores a la Escuela de Msica de Bolonia, en Italia con Enrico Bossi y Luigi Torchi. Posteriormente viaj aAlemania, donde permaneci entre 1906 y 1908 y se perfeccion en el piano con el maestro Martin Krause, pedagogo en el Conservatorio Stern y director de la Liszt Verein en Leipzig y antiguo discpulo del pianista Franz Liszt. Y regres finalmente a Mxico, donde se dedic a la enseanza, a la composicin y a dar conciertos.