ENZIMAS

ENZIMAS
MSc Ana C. Colarossi
Dpto de Bioqumica, Biologa
Molecular y Farmacologa
Introduccin
Introduccin
En los diversos compartimientos celulares transcurre
un gran nmero de reacciones qumicas que
proporcionan a la clula energa y los componentes
necesarios para su mantenimiento.
La vida depende de la existencia de catalizadores
poderosos y especficos
ENZIMAS
ENZIMAS
Protenas que funcionan como
catalizadores biolgicos
Ribozimas son molculas de
RNA que funcionan como
catalizadores biolgicos
Estructura de las enzimas
Puede estar formada por:
Una cadena peptdica
(estructura terciaria)
Varias cadenas peptdicas:
estructura cuaternaria)
El sitio activo es el sitio unin del sustrato a la enzima y donde
se lleva a cabo la catalisis
Es necesario el arreglo tridimensional adecuado de los
aminocidos que forman la cadena polipeptdica de la enzima
para lograr la actividad funcional correcta
Caractersticas generales de las enzimas
Caractersticas generales de las enzimas
No sufren modificacin al final de la reaccin.
No cambian la constante de equilibrio de una
reaccin qumica.
Son muy especficas.
Aceleran varios ordenes de magnitud mayor con
respecto a la reaccin no catalizada.
Actan en condiciones moderadas de presin y
temperatura.
Incrementos de velocidad
Incrementos de velocidad
producidos por enzimas
producidos por enzimas
Anhidrasa carbnica 10
7
Carboxipeptidasa A 10
11
Fosfoglucomutasa 10
12
Ureasa 10
14
Ke
A B
S representa el (los) reactante(s)
(llamado sustrato)
P representa el (los) producto(s)
Reacciones qumicas son reversibles,sin embargo las
enzimas pueden catalizar una reaccin de manera
reversible o irreversible
S+E P+E
Ke
Representacin de la reaccin qumica catalizada por
una enzima:
Representacin de una reaccin qumica:
Ejemplo de reaccin catalizada de manera reversible
por una enzima
LDH
LDH
Ejemplo de reaccin catalizada de manera irreversible por una enzima
Isoenzimas
Las isoenzimas o isozimas son enzimas que
difieren en la secuencia de aminocidos, pero que
catalizan la misma reaccin qumica. Estas enzimas
suelen mostrar diferentes parmetros cinticos , o
propiedades de regulacin diferentes.
La existencia de las isoenzimas permite el ajuste del
metabolismo para satisfacer las necesidades
particulares de un determinado tejido o etapa del
desarrollo.
Muchas enzimas requieren cofactores para su
actividad:
Pueden ser de naturaleza.
Inorgnica
Orgnica (coenzimas)
Trminos relacionados con la accin enzimtica
Apoenzima:
Referido solo a la parte proteica de la enzima
Holoenzima:
Es la protena unido a una coenzima y/o in metlico
Grupo Prosttico:
Componente orgnico unido fuertemente (covalentemente) a la
apoenzima. Es frecuente la confusin entre cofactor y grupo
prosttico, pero la diferencia radica en la fuerza de su unin a la
enzima
Trminos relacionados con la accin enzimtica
Son molculas orgnicas inorgnicas, cuya presencia es
necesaria para que la enzima sea activa.
Cofactor:
a) Iones inorgnicos
Fe
2+
, Mg
2+
, Mn
2+
, Zn
2+
etc.
b) Complejos orgnicos (Coenzimas)
Vitaminas hidrosolubles
Nomenclatura
Nombre Trivial: sufijo asa (ej. Ureasa, Hexoquinasa)
Nombre Sistemtico: El nmero de clasificacin es
una serie de 4 dgitos que designan la clase,
subclase,sub-subclase y nmero de orden de la
enzima dentro de la clasificacin internacional que va
precedido por las siglas EC
Nomenclature Committee of the
International Union of Biochemistry and Molecular
Biology (NC-IUBMB)
EC 1 OXIDOREDUCTASE
EC 1.4 Acting on the CH-NH
2
group of donors
EC 1.4.1 With NAD
+
or NADP
+
as acceptor
Examples:
EC 1.4.1.1 alanine dehydrogenase
EC 1.4.1.2 glutamate dehydrogenase
EC 1.4.1.3 glutamate dehydrogenase [NAD(P)+]
EC 1.4.1.4 glutamate dehydrogenase (NADP+)
EC 1.4.1.5 L-amino-acid dehydrogenase
EC 1.4.1.6 deleted, included in EC 1.4.4.1
EC 1.4.1.7 serine 2-dehydrogenase
EC 1.4.1.8 valine dehydrogenase (NADP+)
EC 1.4.1.9 leucine dehydrogenase
.
http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/enzyme/
Las enzimas son clasificadas por la reaccin que catalizan
1. Oxido-Reductasas
1. Oxido-Reductasas
Peroxidasa.- Utilizan como oxidante H
2
O en lugar de oxgeno.
Ejm NADH Peroxidasa, citocromo oxidasa
NADH+H
+
+ H
2
O
2
--------- NAD
+
+ 2H
2
O
Catalasa.- Transforma dos molculas de H
2
O
2
en dos molculas de
agua con desprendimiento de oxgeno.
H
2
O
2
+ H
2
O
2
----------2H
2
O + O
2
2. Transferasas
Transfieren grupos funcionales de un donante a un aceptor,
estos grupos funcionales pueden ser un carbono, grupos
aldehdos o cetnicos, fosfatos, aminos etc.
a) Aminotransferasas.- Transfieren grupos aminos de un
aminocido a un alpha ceto cido.
b) Quinasas.- Transferencia de un grupo fosforilo del ATP a
una molcula sustrato.
c) Glucosiltransferasa.- Transferencia de glucosa activada
(UDP-Glucosa) a la cadena creciente de glucogeno.
2. Transferasas
3. Hidrolasas
Catalizan reacciones de hidrlisis
4. Liasas
Enzimas que remueven o agregan los elementos del agua,
amonio o CO
2
. Ejm descarboxilasas, deshidratasas etc.
5. isomerasas
Catalizan isomerizacin de varios tipos que incluyen:
a) Epimerasas: Catalizan la inversin a nivel del carbono
asimtrico.
b) Mutasas: Hacen la transferencia intramolecular de un grupo
funcional.
c) Interconversion Aldosa-Cetosa
d) Interconversin de Cis-Trans
5. isomerasas
6. Ligasas
Formacin de enlaces con ruptura de enlaces de alta energa
(ATP)
E
S
E y S tienen forma
complementaria
Modelo de la llave y cerradura
S
E
S
+
Modelo del
sitio
inducido
E
II.CINETICA ENZIMATICA
II.CINETICA ENZIMATICA
Estudia la velocidad de las reacciones
catalizadas enzimticamente
Los principios generales de las
reacciones qumicas se aplican
tambin a las reacciones enzimticas
Definicin de la velocidad de reaccin
V= -d[S]
=
d[P]
dt dt
Conceptos bsicos de cintica qumica
Conceptos bsicos de cintica qumica
Las reacciones qumicas se clasifican en:
Monomoleculares, bimoleculares y trimoleculares
segn el nmero de reaccionantes sea uno, dos o
tres.
A P
A+B P
A+B+C P
Las reacciones qumicas tambin se clasifican en:
reacciones de orden cero, primer orden, segundo
orden y tercer orden dependiendo de cmo la
velocidad de reaccin es influenciada por la
concentracin de los reaccionantes. V
=
-d[S]
=
d[P]
dt dt
Conceptos bsicos de cintica qumica
Conceptos bsicos de cintica qumica
En una reaccin de orden cero, la velocidad de
formacin del producto es independiente de la
concentracin de sustrato: v = k
En una reaccin de primer orden la velocidad de
formacin de los productos es directamente
proporcional a la concentracin del sustrato: v = k [A]
Una reaccin de segundo orden es aquella en la que la
velocidad de formacin del producto depende
de la concentracin de dos sustratos (como en
una reaccin de condensacin): v = k [A
1
] [A
2
]
del cuadrado de la concentracin de un nico
sustrato (reaccin de dimerizacin): v = k [A]
2
Factores que afectan la velocidad de
Factores que afectan la velocidad de
una reaccin
una reaccin
enzimtica
enzimtica
1. Concentracin de Enzima
2. Concentracin de sustrato
3. pH
4. Temperatura
5. Presencia de Inhibidores
Factores que afectan la velocidad de
Factores que afectan la velocidad de
una reaccin
una reaccin
enzimtica
enzimtica
1. Concentracin de Enzima
2. Concentracin de sustrato
La derivacin de la ecuacin se basa en:
1) que la concentracin de S es mayor que la
concentracin de E
2) La concentracin de Producto al inicio de la
reaccin es insignificante
3) el paso limitante de la velocidad es la
transformacin de ES a E+P
Modelo Cintico de
Modelo Cintico de
Michaelis
Michaelis
-
-
Menten
Menten
En equilibrio rpido:
En estado estacionario:
Se puede asumir:
En equilibrio rpido:
Ks
=
K
2 =
[E] [S] [ES ]
=
[E][S]/Ks
K
1
[ ES]
Si v
o
=k
3
[ES] V
o =
k
3
[ES]
[E]
t
[E]+ [ES
Si k
3
[E]
t
= V
max
V
o =
[ES]
V
max
[E]+ [ES]
V
o =
[E][S]/Ks V
o =
[S]/Ks
V
max
[E]+ [E][S]/Ks V
max
1 + [S]/Ks
V
o =
V
max
[S]
Ks + [S]
s
s
En estado estacionario:
K
1
[E] [S] = k
2
[ES] + K
3
[ES] [ES] =K
1
[E] [S]
(k
2
+ K
3
)
Si v
o
=k
3
[ES] V
o =
k
3
[ES]
[E]
t
[E]+ [ES
Si k
3
[E]
t
= V
max
V
o =
[ES]
V
max
[E]+ [ES]
V
o =
K
1
[E][S]/(k
2
+ K
3
) V
o =
[S]/Km
V
max
[E]+ K
1
[E][S]/(k
2
+ K
3
) V
max
1 + [S]/Km
V
o =
V
max
[S] K
m=
(k
2
+ K
3
)
Km + [S] K
1
Estado estacionario: La concentracion del complejo ES se
Mantiene constante en el tiempo
Ecuacin de la velocidad de una reaccin Ecuacin de la velocidad de una reaccin enzimtica enzimtica
Por qu determinar Km?
K
m
es una medida de la afinidad de la enzima por
el sustrato cuando k
3
<k
2.
K
m=
(k
2+
k
3
)/k
1
K
m
establece un valor aprox. para el valor
intracelular de sustrato
K
m
es constante para una enzima dada, permite
comparar enzimas de diferentes organismos o
tejidos o entre distintas protenas
Un cambio en el valor de K
m
es un modo de
regular la enzima
K
cat/
K
m
es una medida de la eficiencia cataltica
K
3 =
k
cat
V
max =
K
cat
Et
K
cat=
V
max
/Et Nmero de recambio
Tomando las inversas de la ecuacin de velocidad, tenemos: Tomando las inversas de la ecuacin de velocidad, tenemos:
Plot Plot de de Lineweaber Lineweaber- -Burk Burk
3. pH del medio
3. Efecto del pH del medio
El sitio activo de la enzima esta frecuentemente
compuesto de grupos ionizables que deben estar en
la forma inica adecuada para mantener la
conformacin, unir los sustratos o catalizar la
reaccin.
La actividad de la enzima debe ser medida al pH
ptimo
4. Efecto de la Temperatura
A medida que aumenta la temperatura por lo general
aumenta la actividad catalitica dentro del margen de
estabilidad de la enzima
Ecuacin de Arrhenius: log k= -Ea 1 + log A
2.3RT T
La forma integrada: log k
2
= Ea T
2
-T
1
k
1
2.3R T
2
T
1
Ea = 2.3RT
2
T
1
log k
2
T
2
-T
1
k
1
Ea = 2.3RT
2
T
1
log Q
10
10