UNAM - DGAPA: FQ Lino Joel Reyes Trejo

Introduccin al Modelado Molecular UNAM - DGAPA: FQ

Universidad Nacional
Autnoma de Mxico




Facultad de Qumica



TALLER








Introduccin al Modelado Molecular











PONENTE:

Dr. Lino Joel Reyes Trejo


APOYO TCNICO:
Alumna: Cuautle Hernndez Nrida Yasmn
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TALLER
Introduccin al Modelado Molecular

La utilizacin intensiva de la computadora ha transformado la actividad cientfica,
convirtiendo la computacin en una disciplina con sus propios mtodos y soluciones.
Indiscutiblemente, una de las reas de mayor impacto tanto a nivel acadmico como a nivel
industrial es lo que se ha denominado Quimica Computacional. Actualmente existe un inters
creciente en las universidades, la industria petrolera y farmacutica por desarrollar experiencia del
conjunto de tcnicas y herramientas en el rea de la quimica computacional.

Esta disciplina se extiende ms all de los lmites tradicionales que separan la qumica, la
fsica, la biologa y la ciencia de la computacin, permitiendo la investigacin de molculas y
macromolculas mediante una computadora, cuando la investigacin en el laboratorio sea
inapropiada, impracticable o imposible:

La qumica computacional incluye aspectos como:

El modelado molecular por computadora
Los modelos computacionales
El diseo de sntesis orgnica
La busca de datos en bases qumicas

El modelado molecular computacional abarca un amplio rango de mtodos matemticos que
pueden dividirse en dos grandes categoras:

La mecnica molecular: que aplica las leyes de la fsica clsica al ncleo molecular sin
considerar explcitamente a los electrones.
La mecnica cuntica: se basa en la ecuacin de Schrdinger para descubrir una molcula
con tratamiento directo de la estructura electrnica y que se subdivide a su vez en dos clases,
segn el tratamiento realizado, mtodos semiempricos y mtodos ab-inito (desde el
principio).

El presente taller tiene como objetivo proveer las destrezas mnimas necesarias para la
utilizacin de herramientas computacionales orientadas al estudio de estructuras moleculares, as
como algunas de sus propiedades fsicas y qumicas. Se pretende tambin que el participante haga de
la quimica computacional una herramienta mas a la par de las tcnicas utilizadas experimentalmente
para estudiar propiedades moleculares.

El contenido del taller ser el siguiente:

Construccin de una serie de molculas
Anlisis conformacional
Estructura de mnima energa (optimizacin)
Anlisis de propiedades estructurales (distancias y ngulos de enlace)
Anlisis de propiedades electrnicas (cargas y orbitales moleculares)
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INTRODUCCIN AL MANEJO DE PC SPARTAN PRO

Entrar y Salir del programa

Para entrar al programa, dar clic en el botn Inicio; despus, en Todos los Programas y finalmente
en PC Spartan Pro. Para salir del programa, seleccionar Exit en el men File.

Barra de Mens

Mediante la barra de mens se puede accesar a varias funciones del programa, por ejemplo, el men
SETUP da las siguientes opciones:






Barra de Herramientas

La barra de herramientas permite un acceso directo a las funciones incluidas en los mens de File,
Geometry y Build

Algunos de los conos ms usados son:




Nuevo Ver Romper Enlace

Abrir Agregar Minimizar ngulo de Enlace

Cerrar Eliminar Reaccin ngulo Dihedro

Guardar como Formar enlace Distancia de Enlace


rea de Edicin

En el lugar en que se insertan tomos, fragmentos, anillos y/o grupos para construir
molculas.

Cuadro de Herramientas

Contiene las pestaas Entry, Expert y Peptide.
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Uso del Teclado y Ratn

En la tabla 1 se muestran las funciones del ratn de dos botones.

Tabla 1.
Usos del ratn y teclado en PC Spartan Pro.
(a)
X/Y = sobre el plano XY, el cual es el plano de la pantalla
(b)
= sobre el eje Z.

El botn izquierdo del ratn se usa tanto para sealar (ya sean objetos grficos u opciones de
men) como para rotar objetos, y el botn derecho es usado para la traslacin de objetos as como
para aumentar o disminuir su tamao. Las funciones de rotacin y translacin pueden ser
modificadas al presionar alguna tecla especfica del teclado como Shift, Control y Alt.

Sin presionar ninguna tecla, el botn izquierdo del ratn permite mover libremente al objeto
seleccionado sobre el plano XY, el cual corresponde a la pantalla; el botn derecho permite trasladar
las figuras sobre este mismo plano (XY). Al presionar la tecla Shift, el botn izquierdo proporciona
una rotacin sobre el eje Z, el cual se encuentra perpendicular a la pantalla y el botn derecho
modifica el tamao de las molculas en estudio.
NOTA: En el modo visualizar, se modifica el tamao de todas las figuras mostradas en la pantalla;
en el modo de construccin, se modifica el de todos los fragmentos

En el modo visualizar, al presionar la tecla Control en conjunto con el botn izquierdo e
derecho, se realiza un movimiento libre y una traslacin en el plano XY de todas las molculas
abiertas que se visualizan, de manera que se observa un efecto global. Tambin se logra un efecto
global en la rotacin sobre el eje Z con el botn izquierdo y las teclas Control + Shift.

En cambio, en el modo construir se realizan las mismas acciones (rotacin y traslacin) de
los fragmentos seleccionados. As mismo, en este modo con el botn izquierdo y las teclas Control
+ Shift se logra una rotacin de un fragmento o de una molcula especfica. Estas opciones son muy
tiles cuando se quiere llevar a cabo una reaccin y acomodar en un lugar determinado a una
molcula.

Al presionar la tecla Alt junto con los botones izquierdo y derecho, slo tiene un efecto en el
modo construir. Con el primero se puede rotar y con el segundo se puede aumentar y disminuir el
tamao de un enlace seleccionado.

Teclado Botn Izquierdo Botn Derecho
-
Seleccionar, Movimiento libre X/Y
(a)
Translacin X/Y
Shift
Rotacin Z
(b)
Aumento/Disminucin de Tamao
Modo Visualizar ( Activado)
Control
Movimiento libre X/Y Global Traslacin X/Y Global
Control+Shift
Rotacin Z Global Aumento/Disminucin de Tamao
Modo Construir ( Activado)
Control
Movimiento libre X/Y de un Fragmento Traslacin X/Y de un Fragmento
Control+Shift
Rotacin Z de un Fragmento Aumento/Disminucin de Tamao
Alt
Rotacin de un enlace Alargamiento de Enlace
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Construccin de una molcula sencilla: Acrilonitrilo (H
2
C=CH-CN).

Mediante el estudio del Acrilonitrilo se mostrar la manera de construir molculas en PC
Spartan Pro, as como la forma de realizar clculos qumico cunticos.
1.- Hacer clic
1
en (Nuevo).
En el lado derecho de la pantalla aparecer un cuadro de herramientas que contiene tres pestaas:
Entry, Expert y Peptide. Cada pestaa contiene un cuadro superior en el que se puede
previsualizar el tomo o especie a insertar en el rea de edicin.



En la opcin Entry se encuentran los principales tomos utilizados en el modelaje qumico,
as como algunos grupos funcionales y anillos. En Expert es posible dar caractersticas especficas a
cada tomo de la tabla peridica, como hibridacin y geometra. Adems, contiene algunos ligandos
utilizados en compuestos de coordinacin. En Peptide pueden construirse polipptidos y protenas
con estereoqumica definida.

2.- Hacer clic en (carbono sp
2
).
3.- Hacer clic en cualquier parte de la pantalla.
2

4.- Rotar el tomo:
Arrastrar el ratn mientras se oprime el botn izquierdo.

1
Cuando se indique Hacer clic, realizarlo con el botn izquierdo del ratn, a menos que se pida lo contrario.
2
Se refiere a realizar la accin en el rea de edicin.
rea de Edicin
Barra de Mens
Barra de Herramientas
C
u
a
d
r
o

d
e

H
e
r
r
a
m
i
e
n
t
a
s

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5.- Mover el tomo:
Arrastrar el ratn mientras se oprime el botn derecho.
6.- Cambiar el tamao del tomo:
Presionar y dejar oprimida la tecla Shift.
Arrastrar verticalmente el ratn mientras se oprime el botn derecho.
7.- Girar el tomo sobre el eje Z
3

Presionar y dejar oprimida la tecla Shift.
Arrastrar verticalmente el ratn mientras se oprime el botn izquierdo.

El carbono sp
2
insertado tiene sus valencias libres. Esto se indica con las lneas terminales
de color amarillo. Sobre cada valencia se pueden ir aadiendo ms tomos.

8.- Como el botn (carbono sp
2
) sigue seleccionado, hacer doble clic en la doble valencia libre
(lneas amarillas) del carbono anteriormente insertado. Esto har que se forme la molcula del
eteno:








9. - Hacer clic en el botn en la parte inferior derecha de la pantalla.
10. - Seleccionar al grupo Cyano.










11.- Hacer clic en una de las cuatro valencias libres del eteno. Con esta accin se termina de
construir la molcula del Acrilonitrilo.
12.- Hacer clic en el botn (Minimizar), al hacer esto el programa ayuda a visualizar la
estructura y calcula la energa de tensin de la molcula (8.65 Kcal/mol).
13.- Dar clic en (ver) de la barra de herramientas. Con esta accin desaparece el cuadro de
herramientas, quedando en la pantalla el modelo de esferas y barras del acrilonitrilo.

3
El plano de la pantalla en que se observan los tomos y molculas corresponde del plano XY.
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NOTA: El programa automticamente coloca hidrgenos en las valencias libres, por lo que no hay
necesidad de agregar cada uno de ellos.








14.- Hacer clic en el men Model y seleccionar, por separado, Wire (lneas), Ball and Wire (esferas
y lneas), Tube (tubos), Ball and Spoke (esferas y barras) y Space Filling (espacio relleno).
NOTA: El modelo de esferas y barras es predeterminado para nuevas molculas.




Wire Ball and Wire Tube









Ball and Spoke Space Filling

(





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Medicin de distancias y ngulos de enlace
1.- Ir al men Geometry, seleccionar la opcin Measure Distance (o hacer clic en [distancia de
enlace] en la barra de herramientas).









2.- Seleccionar dos tomos consecutivos (unidos por un enlace) de la molcula. Al hacer esto, cada
tomo adquirir un color dorado y la distancia entre ellos aparecer en la parte inferior derecha de la
pantalla.
Otra manera de medir la distancia de enlace, es seleccionando la lnea de enlace deseado. As, la
lnea de enlace tendr un color dorado y en la parte inferior derecha de la pantalla aparecer lo
siguiente:



3.- Para medir el ngulo de enlace, dar clic en (o seleccionar la opcin Measure Angle del men
Geometry). Despus, seleccionar en orden consecutivo tres tomos. En la parte inferior derecha de
la pantalla, aparecern los tomos seleccionados y el ngulo presente entre ellos.

Optimizacin de geometra y Momento dipolar
1.- Terminado esto ir al men Setup, seleccionar la opcin Calculations...
2.- En el cuadro Setup Calculations seleccionar:
En Calculate: escoger la opcin Equilibrium Geometry.
En with: escoger Hartree-Fock y 3-21G(*)
En Compute: activar las opciones E. Solvation y Elect. Charges.
En Print, activar la casilla Atomic Charges.
3.- Hacer clic en OK.









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4.- Hacer clic en Submit en el men Setup.
5.- Guardar el archivo.
6.- Dar clic en Output, en el men Display.
7.- Aparecer un cuadro que mostrar los resultados de los clculos, entre ellos la energa de
solvatacin de la molcula, la carga de los tomos, el momento dipolar, entre otras propiedades. Una
vez revisado el cuadro, cerrarlo.
8.- Hacer clic en Properties, en el men Display.
9.- En este cuadro pueden verse algunas propiedades de la molcula, como su energa, dipolo, peso,
rea y volumen.
10.- Hacer clic en el men Model y elegir la opcin Dipole. (Sin cerrar el cuadro Molecule
Properties)
11.- Esto hace que aparezca una flecha sobre la molcula que indica el sentido y direccin del
momento dipolar. Esto solo ocurre cuando la molcula es visualizada como Wire y Ball And
Wire
12.- Desactivar la opcin Dipole para que desaparezca la flecha.









13.- Sin cerrar el cuadro Molecule Properties, seleccionar cualquier tomo.
14.- Aparecer el cuadro Atom Properties, en el puede observarse la quiralidad, peso y carga del
tomo seleccionado.
15.- Cerrar el cuadro de Atom Properties.

Clculo de Mapas de Potencial Electrosttico (MEP)
1.- Hacer clic en la opcin Surfaces ya sea en el men Setup o Display.
2.- Dar clic en el botn aparecer al cuadro Add Surface.
En Surface elegir la opcin density.
En Property elegir la opcin potential.
En Resolution no seleccionar opcin, aunque puede elegir una de las siguientes: Low (8x
Faster), Medium, Intermediate (4x Slower) y High (8x Slower).
3.- Hacer clic en OK.
4.- En el cuadro Surfaces List se aparecer indicada la superficie anteriormente agregada.
NOTA: En caso de haber insertado alguna superficie no deseada, en el cuadro Surface List se puede seleccionar dicha
superficie y hacer clic en el botn para as eliminarla.
5.- Sin cerrar el cuadro de Surfaces List, ir al men Setup y seleccionar la opcin Submit
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H
O
H
C
O
OCH
2
CH
3
H
3
C
C
H
3
C CH
3
O
6.- En el cuadro de Surfaces List se ha coloreado de amarillo un cuadro, indicando as que ese
mapa ha sido calculado correctamente. En caso de que el cuadro no se coloree de amarillo,
quiere decir que el programa no pudo calcular dicho mapa.
7.- Activar el cuadro amarillo, haciendo clic en el. De esta manera aparecer el MEP de la
molcula.
8.- Hacer clic en cualquier parte del mapa.
9.- En la parte inferior derecha de la pantalla aparecern varias opciones: Dots, Mesh, Solid y
Transparent.
10.- Seleccionar cada una de ellas por separado. Observndose lo siguiente:
Dots (Puntos) Mesh (Red)






Solid (Slido) Transparent (Transparente)






Las regiones azules corresponden a una deficiencia electrnica; en cambio las regiones
rojas corresponden a una concentracin electrnica.

EJERCICIOS

Construir las molculas siguientes y realizar lo mismo que se hizo con la molcula de acrilonitrilo.

1.- Agua
2.- etanol CH
3
-CH
2
-OH
3.- Diclorometano Cl
2
CH
2

4.- Acetona


5.- Acetato de etilo
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Agradecimiento:
(1) Spartan 04 Windows (Tutorial and Users Guide). Wavefunction, Inc. 2001-2004

Bibliografa.

(1) Garnet, P. J.; Hackling, M. W. Students alternative conceptions in chemistry: A review of research and
implications for teaching and learning. Stud. Sci. Ed. 1995, 25, 69 65.
(2) Gabel, D. L.; Sherwood, R. The effect of student manipulation of molecular models on chemistry achievement
according to Piagetian level. J. Res. Sci. Teach. 1980, 17(1), 75 81.
(3) Aduldeka, S.; Akhter, P.; Field, P.; Nagle, P.; OSullivan, E.; OConno, K.; Hathaway, B. J. The use of desktop
molecular modeler software in the teaching of structural chemistry. J. Chem. Educ. 1991, 68(7), 576 583.
(4) Fleming, S. A.; Hart, G. R.; Savage, P. B. J. Chem. Educ. 2000, 77, 790 793.
(5) Levine, I. N. Quantum Chemistry; Prentice Hall, 2001.
(6) Feller, S. E., Richard, D. F. y McKinney, P. C., J. Chem. Ed. 2004, 81, 283 287.
(7) McMurry, J. Organic Chemistry; Brooks/Cole, 2000, p. 24.

Sitios de Inters:

Algunos programas gratuitos para visualizar estructuras moleculares en tercera dimensin:
Chimera: http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ ;
Pymol: http://pymol.sourceforge.net/ ;
Raster 3D: http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/