Amaya Amador empieza su relato en el ambiente de una de las oficinas de las
compaas, en la que un jefe gringo Mister Still intenta convencer al
terrateniente Luncho Lpez para que le venda sus tierras a la compaa bananera. En su intento para convencerlo le ayudan dos amigos de Lpez: Sierra y Cantillano, quienes ya vendieron sus tierras e intentan influenciar a su amigo para que haga lo mismo, pero l se rehusa tercamente.
Despus de la reunin con los terratenientes, aparece en mala facha el seor Martn Samayoa, quien despus de haber derrochado el dinero que le dio la compaa por su terreno, buscaba la ayuda de Mister Still para que le diera un trabajo de capataz, pero ste lo despreci y lo mand a buscar trabajo de pen. Desalentado por el desaire y sin dinero, Samayoa tuvo la suerte de conocer al campeo Mximo Lujn, quien lo llev a vivir a su casa, un lugar miserable en el que viva hacinado con otros trabajadores de la bananera y le consigui trabajo como regador de veneno.
El capataz de la compaa, que le dio el trabajo a Samayoa, y para el cual trabajaba tambin Mximo Lujn, era un hondureo que hablaba con acento agringado, por que era tanto su servilismo que quera imitar a sus jefes, con lo que se ganaba el desprecio y la burla de los que para l trabajaban, aunque por razones obvias no se atrevan a decrselo de frente.
En cada episodio del libro siempre hay alguna injusticia de parte de la Compaa que provoca la indignacin de los campeos. Aunque no todos tienen la misma conciencia de su situacin, hay quienes se han acostumbrado a la opresin, la ven como lo ms normal del mundo, y no protestan. Pero el grupo de Mximo Lujn va adquiriendo cada vez ms conciencia social. En contra de los que proponen la violencia ciega como respuesta a la opresin como el viejo Lucio Pardo Lujn propone que la victoria de la clase obrera reside en su capacidad de organizacin, y que hasta que no hayan creado su propio partido poltico y derribado a la dictadura no podr haber un cambio en las condiciones de vida de los campeos.
La lectura de unos peridicos obreros, que Lujn comparte en tertulias por las noches con sus compaeros, le confirman en sus convicciones revolucionarias y le ofrecen nuevas perspectivas. La muerte de un compaero regador de veneno Don Braulio produce indignacin y hace reflexionar a los campeos. Frente al cadver de su compaero, quien muri doblegado por la tuberculosis en plena faena, Lujn dice: Este hombre fue uno de los tantos engaados y explotados. Puso su fuerza vital en las plantaciones, primero con el anhelo de hacer fortuna y, despus, por la necesidad de ganar un mendrugo. Se lo comi el bananal! Muri de pie, con la escopeta en la mano, sirviendo a los amos extranjeros.
Sobre los partidos polticos tradicionales: el Partido Nacional y el Partido Liberal, Lujn opina que tienen la misma esencia: oligarqua; padecen la misma enfermedad: demagogia; y sirven al mismo patrn: las Compaas Bananeras... En poltica necesitamos algo distinto al caudillismo tradicional, al compadrazgo, al paternalismo de las gorgueras. Necesitamos que los anhelos de las masas trabajadoras se plasmen en un ideal poltico, y este ideal, en un verdadero partido de los trabajadores, partido revolucionario de verdad. Ya no debemos creer en los hombres-dolos: de sus promesas est llena nuestra historia poltica.
Las mujeres tambin son vctimas de la opresin capitalista de las bananeras. La miseria obliga a muchas campeas a dedicarse a la prostitucin. A una mujer del grupo de Lujn Catuca Pardo el capitn Bentez la viola, la deja embarazada y luego no se hace cargo del nio. Un jefe gringo Mster Jones se enamora de Juana, otra mujer del grupo de Lujn, pero sta tiene marido, por lo que rechaza sus ofrecimientos. Ante esto, otro jefe gringo decide mandar a matar al marido para dejarle abierto el camino a su compaero. Luego de un tiempo, Juana hace un acuerdo de sexo regular para el gringo enamorado a cambio de dinero, adems de un trabajo como regadora de veneno. Esto lo hizo para ayudar al hijo de Catuca. Juana nunco supo quien haba matado a su marido. El agringado capitn Bentez tambin estuvo involucrado con ese asesinato.
Al terrateniente Luncho Lpez lo convencen para que trabaje como productor independiente de banano, con un acuerdo con la compaa. Luncho Lpez se ilusiona con su nuevo papel de empresario bananero, pero la compaa no le provee de los insumos acordados y le hace caer en la ruina. Ah se da cuenta que lo engaaron para hacerlo caer en la quiebra para forzarlo a vender su propiedad. Pero Lpez aun as se niega tercamente a venderles. Ante esta negativa, el gobierno nacionalista interviene, y amenaza quitarle sus tierras por la fuerza. Luncho Lpez muere de tristeza, por que l haba sido un gran defensor de la dictadura nacionalista. Ah se dio cuenta de la actitud aptrida de las autoridades del gobierno.
Los otros terratenientes Sierra y Cantillano terminan en la ruina luego de ser estafados en un negocio por Estanio Prraga, un abogado de la Compaa que tambin era diputado del Congreso Nacional. Estanio Prraga era el abogado que haba engaado a Luncho Lpez. Sierra y Cantillano terminan pidiendo trabajo de peones en la compaa, como ya le haba tocado a Martn Samayoa.
La situacin de los trabajadores empeora cuando suben de precio los productos de los comisariatos, que eran propiedad de la misma compaa. A los trabajadores el gobierno les cobra impuestos para crear escuelas y hospitales, y sin embargo no reciben ninguno de esos servicios.
Cuando muere un conductor de una gra en un accidente, un jefe gringo se enoja con el difunto por echar a perder la mquina con valor de miles de dlares y grita encolerizado: Mejor se hubieran matado cien desgraciados!. Esto provoca una gran indignacin de los trabajadores que no soportan tantas vejaciones, por lo que deciden ir a la huelga. Y deciden nombrar a Mximo Lujn como director de la misma, quien acepta el cargo a pesar de que piensa que la huelga se ha hecho en forma prematura.
Lo que sucede a continuacin le da la razn a Lujn. La huelga es rpidamente reprimida por los militares. A los compaeros de Lujn se los llevan presos, y a l lo matan y lo entierran debajo de una mata de pltano.
El viejo Lucio Pardo, como venganza de la muerte de Lujn, a quien le tena aprecio como si fuera un hijo, hace volcar el motocarro en el que se conducan un jefe gringo: Mster Foxer; dos capataces: Encarnacin Bentez y Carlos Palomo; y el coronel que mat a Lujn. Todos ellos mueren en el accidente. Los jefes gringos quieren dar un castigo ejemplar, y por medio de torturas pretende hacer confesar a Lucio y sus amigos sin lograrlo. Pero los ex-terratenientes Sierra y Cantillano, que no son tan fuertes, confiesan bajo tortura un crimen que no cometieron. Ya iban a matar a Sierra y Cantillano cuando Lucio Pardo, con el fin de liberar a los inocentes, se presenta ante sus verdugos para confesar que l fue el autor del atentado. Lucio Pardo muere ahorcado a mano de los militares.
El libro se cierra con los amigos recordando a Mximo Lujn y su legado: La prisin verde no es solo oscuridad. Mximo encendi en ella el primer hachn revolucionario. Otros cientos de hermanos se encargarn de mantenerlo enhiesto.
Los campos bananeros son descritos en la novela como una prisin verde, por la misteriosa atraccin que ejercen sobre los trabajadores que viven ah, quienes a pesar de ser explotados y vejados en ellos, sienten el impulso a quedarse trabajando ah a pesar de todas las dificultades.