Tema 22.Biorremediacin: aspectos generales. Biorremediacin de: metales pesados, vertidos de petrleo, xenobiticos.

Fitorremediacin

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Biorremediacin

Biorremediacin: utilizacin de organismos vivos para reducir o eliminar riesgos medioambientales resultantes de la acumulacin de compuestos qumicos txicos y otros residuos peligrosos.

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Factores que determinan la eficacia de la biorremediacin:

I) Propiedades del contaminante: bsicamente nos referimos a su biodegradabilidad. Por ejemplo, si nos referimos al petrleo, los hidrocarburos lineales se degradan ms rpidamente que los ramificados. La presencia de dobles enlaces, anillos aromticos y diversas sustituciones qumicas hacen una molcula ms resistente a su biodegradacin II) Presencia de comunidades microbianas adecuadas: los microorganismos pueden ser autctonos (biorremediacin intrnseca, atenuacin natural) o aadidos al sistema para mejorar la degradacin (bioaumentacin). III) Disponibilidad del contaminante: es un factor crtico, tan importante como la presencia de comunidades microbianas adecuadas. Depende de su solubilidad, estado de oxidacin, adsorcin a componentes del suelo. IV) Naturaleza del medio contaminado: puede afectar al crecimiento microbiano y al metabolismo del compuesto en cuestin. Por ejemplo, permeabilidad, temperatura, presencia o ausencia de nutrientes orgnicos, oxgeno u otros aceptores de electrones, pH, etc. V) Toxicidad: la toxicidad de un compuesto afecta a la capacidad de organismo para asimilarlo.

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Tipos de biorremediacin atendiendo a la comunidad microbiana

I) Atenuacin natural (= biorremediacin natural o intrnseca): es la llevada a cabo por los organismos autctonos del medio afectado por lo que depende de las habilidades metablicas de stos. Bsicamente se distinguen dos modelos: aerbica y anaerbica. II) Bioestimulacin: introduccin de modificaciones en el medio ambiente (aporte de nutrientes, aireacin, etc) para favorecer o potenciar la biorremediacin intrnseca. En muchos casos ser suficiente aadir aceptores de electrones (oxgeno, nitratos, etc) pero en otros hay que aportar nutrientes (como N y P), ajustar el pH, aportar cometabolitos, etc. III) Bioaumentacin: consiste en la adicin de microorganismos especializados al medio con el fin de potenciar la remediacin.

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Procesos in situ y ex situ

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Procesos in situ y ex situ

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nutrientes

Pump and treat

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Cometabolismo y sintrofismo

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a) Cometabolismo: el fundamento de este fenmeno consiste en que los enzimas del inicio de una ruta metablica (p.ej. las oxigenasas implicadas en el metabolismo aerobio de los hidrocarburos) pueden no tener una especificidad demasiado estricta, es decir, un mismo enzima puede degradar distintos compuestos. De este modo se iniciara la degradacin de un compuesto que no sustenta el crecimiento del microorganismo en cuestin. b) Sintrofa: accin concertada de diferentes microorganismos sobre un sustrato (s) mediante la combinacin de sus actividades metablicas, lo que permite su degradacin. Un requisito importante de este fenmeno es la proximidad fsica, que minimiza la distancia a la que los compuestos difunden entre las clulas que establecen una relacin sintrfica, las cuales se benefician mutuamente de dicha relacin. Un ejemplo lo vimos en la formacin de metano en los digestores anaerobios.

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Biofiltracin
Biofiltracin: bsicamente consiste en pasar el gas contaminado a travs de un medio poroso en el cul anida la biomasa que lleva a cabo la degradacin de los txicos a productos no nocivos. Esta tecnologa es reciente y se usa para cargas volumtricas altas que posean bajas concentraciones del contaminante. Requiere una gran superficie (hasta 3.000 m2). Es muy econmica: los costes totales () por cada 1.000 m3 tratados varan en un rango entre 0,4-2,4 en biofiltracin frente a 7,5 para la absorcin y 11,4-14,6 en la adsorcin En la biofiltracin los diversos microorganismos biodegradan los compuestos contaminantes transformndolos en otros subproductos como CO2, vapor de agua y biomasa entre otros. Es particularmente eficaz sobre compuestos orgnicos simples como alcoholes, aldehdos, cetonas y algunos aromticos como xileno o tolueno. Lecho poroso: turba, compost, estircol+serrn, etc. Necesidad de humidificacin. Se produce un lixiviado. Alta eficiencia (usualmente entre 95 y 99%).

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Biofiltracin

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Biorremediacin de metales pesados

Necesarios como oligoelementos pero txicos a partir de ciertas concentraciones. Acciones txicas: generacin de especies txicas de oxgeno uniones a grupos SH de protenas: inactivacin de stas. Son especies qumicas no biodegradables: pueden cambiar de estado de oxidacin. La biodisponibilidad del metal depende del estado de oxidacin y ste depende de las condiciones fsico-qumicas. En funcin del estado de oxidacin y los compuestos que est formando, un microorganismo puede realizar distintas acciones: Movilizacin del metal. Inmovilizacin del metal. Transformacin en una especie voltil.

Biolixiviacin. Biorremediacin.

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Biorremediacin de metales pesados

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Biorremediacin de metales pesados

a) Bioadsorcin: es un fenmeno ampliamente estudiado en la biorremediacin de diversos metales pesados como el cadmio, cromo, plomo, nquel, zinc y cobre. Los metales se adsorben pasivamente sobre componentes de la pared celular polianinica microbiana o sobre los exopolisacridos (tambin cargados negativamente). Es un proceso rpido, que no se ve afectado por inhibidores del metabolismo pero s por las condiciones fsico-qumicas (como el pH o la fuerza inica). Es un proceso reversible y puede ocurrir con material vivo o muerto. b) Secuestro intracelular: este mecanismo celular involucra un sistema de transporte de membrana que internaliza al metal pesado presente en el entorno celular con gasto de energa. Este consumo energtico se genera a travs del sistema H+-ATPasa. Una vez incorporado el metal pesado al citoplasma, ste es secuestrado por la presencia de protenas ricas en grupos sulfhidrilos llamadas metalotionenas (cuya expresin se potencia en presencia de metales pesados) o tambin puede ser compartimentalizado dentro de una vacuola, como ocurre en hongos.

AlgaSORB

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Biorremediacin de metales pesados

c) Precipitacin extracelular: los microorganismos son capaces de precipitar metales y radionucleidos en forma de carbonatos e hidrxidos, mediante un mecanismo de resistencia codificado en plsmidos. Este mecanismo aparece por el funcionamiento de una bomba que expulsa el metal txico presente en el citoplasma hacia el exterior celular en contracorriente a un flujo de H+ hacia el interior celular. Esto produce una alcalinizacin localizada sobre la superficie celular externa y en consecuencia la precipitacin del metal pesado. Otra forma de precipitar los metales es a travs de la formacin de sulfuros o fosfatos, como resultado de alguna actividad enzimtica celular. d) Transformacin intracelular del metal: este proceso involucra un cambio qumico sobre el metal pesado, como por ejemplo en el estado de oxidacin o metilacin. Esta transformacin biolgica de los metales pesados que resultan txicos mediada por enzimas microbianas puede dar como resultado compuestos poco solubles en agua o bien compuestos voltiles. El ejemplo ms claro es el ciclo del Hg en la naturaleza, donde la bacteria Pseudomonas aeruginosa puede reducir el catin Hg2+ a Hg0. Otros organismos pueden metilar el Hg2+ dando como producto el CH3Hg+ y (CH3)2Hg, que son voltiles y muy txicos.

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Biorremediacin de metales pesados

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Las protenas Mer (resistencia a mercurio)

Simon Silver and Le T. Phung A bacterial view of the periodic table: genes and proteins for toxic inorganic ions J Ind Microbiol Biotechnol (2005) 32: 587605

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Biodetoxificacin de mercurio

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Pilot plant for bioremediation of mercury-containing industrial wastewater I. Wagner-Dbler Appl Microbiol Biotechnol (2003) 62:124133

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Composicin del petrleo

Hidrocarburos saturados (alifticos, lineales o ramificados, desde 1 a 50 C y cicloalcanos): 55-70% Hidrocarburos aromticos monocclicos (benceno, tolueno, etilbenceno y xileno, BTEX) y policclicos (hasta 5 anillos, PAHS): 20-30% Asfaltenos y resinas: 4-20%

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Diversidad de microorganismos que degradan petrleo

Se ha estudiado la diversidad de microorganismos con capacidad de degradar componentes del petrleo tanto por: a) Mtodos clsicos: cultivos de enriquecimiento en medios sintticos con hidrocarburos. Inconveniente: no selecciona los microorganismos con mejores capacidades sino aquellos que mejor crecen en el medio diseado. En suelos se han aislado bacterias de los gneros Pseudomonas, Burkholderia, Acinetobacter, Sphingomonas y diversos hongos. En muestras de agua marina, bacterias de los gneros Alcanivorax, Cycloclasticus, Oleiphilus, Oleispira, Neptunomonas, Planococcus, Marinobacter, Vibrio, Pseudoalteromonas, Marinomonas o Halomonas. b) Tcnicas moleculares: p.ej., clonacin de los genes de ARNr 16S. Ha ampliado mucho el conocimiento sobre el espectro de bacterias presentes en ambientes contaminados con petrleo, pero esta tcnica no evidencia cules estn degradando hidrocarburos. Recientemente se ha ideado una tcnica que consiste en suministrar (en una pequea zona controlada) un hidrocarburo marcado con 13C: las bacterias que lo asimilen incorporarn en su ADN el C radioactivo. Tras un perodo adecuado de crecimiento, se asla directamente el ADN de la muestra contaminada y se separa el ADN radioactivo del que no lo es en funcin de su diferente densidad. A partir del ADN radioactivo, se amplifican y clonan los genes de ARNr 16S que correspondern nicamente a las bacterias que estn asimilando los hidrocarburos. Es una tcnica muy laboriosa, slo al alcance de unos pocos laboratorios.

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Bacterias hidrocarbonoclsticas
Son verdaderos especialistas en degradar hidrocarburos (no metabolizan ni azcares, ni aminocidos ni otras fuentes de C habituales). Destacan los gneros Alcanivorax (especializados en degradar alcanos) y Cycloclasticus (asimila slo hidrocarburos aromticos). En ambos casos se trata de bacterias marinas que estn presentes en pequeas proporciones en el agua de mar pero que llegan a ser predominantes en aguas contaminadas con petrleo. Se piensa que en aguas no contaminadas se alimentan de los hidrocarburos producidos por algas y otros organismos marinos.

Alcanivorax

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Degradacin aerbica de hidrocarburos

I. Degradacin de alcanos: en la inmensa mayora de los casos, los microorganismos metabolizan los alcanos transformndolos en cidos grasos mediante la oxidacin progresiva de uno de los grupos metilo terminal. Realmente la enzima clave es la primera, la alcano hidroxilasa, que mete un grupo alcohol en dicho carbono. Es una monooxigenasa (a partir de O2, mete un tomo de oxgeno en dicho tomo de C, y el otro tomo de O es reducido a agua). Las dems enzimas que participan son ms habituales.

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Degradacin aerbica de hidrocarburos

II. Degradacin de compuestos aromticos: los anillos aromticos son qumicamente muy estables debido a su peculiar estructura en la que los electrones de los orbitales estn compartidos entre todos los carbonos del anillo. Sin embargo, algunos microorganismos han desarrollado estrategias para desestabilizar dicha estructura electrnica y romper el anillo En condiciones aerbicas, bsicamente el proceso consiste en la introduccin de uno o dos grupos OH mediante monooxigenasas o dioxigenasas (realmente hacen falta dos grupos OH, as que slo se mete uno cuando ya hay uno presente como es el caso del fenol). La estructura resultante es menos estable (ahora presenta dos dobles enlaces permanentes en vez de los tres oscilantes previos) y es atacada por una segunda dioxigenasa que ya abre el anillo y genera un compuesto que puede ser metabolizado mediante el ciclo de de Krebs. Hay dioxigenasas que abren el anillo en la posicin orto (entre los C 1y 2) y otras que lo hacen en la posicin meta (entre los C 2 y 3).

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Degradacin aerbica de hidrocarburos

Con frecuencia las enzimas de rutas de degradacin de compuestos orgnicos tienen una especificidad relajada y pueden actuar sobre una cierta variedad de sustratos. Un ejemplo claro es la ruta de biodegradacin de tolueno y xileno codificada en el opern tol del plsmido pWW0 de Pseudomonas putida. Esta ruta, muy bien caracterizada, permite a la bacteria asimilar como fuente de C: tolueno, m-xileno, p-xileno, 1,2,4,-trimetil-benceno, 3-etil-tolueno, benzoato, 3-metil-benzoato, 4-metil-benzoato, 3,4-dimetil-benzoato y 3-etil-benzoato. La ruta superior (upper) conlleva la oxidacin de un grupo metilo a cido (como en los alcanos) y empieza con una oxigenasa. A continuacin sigue una rura meta u orto como la que vimos antes para el fenol o para el cido benzoico.

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Degradacin aerbica de hidrocarburos

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Degradacin anaerbica de hidrocarburos

b) Rutas anaerbicas: se conocen bastantes microorganismos capaces de degradar anaerbicamente hidrocarburos, si bien las rutas no estn totalmente caracterizadas. Estas rutas tienen mucha importancia en el ciclo del C. La degradacin anaerbica es un proceso ms lento que la aerbica. Adems de otras estrategias para las oxidaciones iniciales, requieren aceptores finales de electrones distintos del oxgeno: menos energa, es decir, velocidad de crecimiento (y de asimilacin) ms lenta. I. Degradacin de alcanos: se ha visto en dos bacterias, una sulfatorreductora y una desnitrificante (nitrato-reductora). Al parecer el mecanismo de activacin del alcano implica la adicin de una molcula de fumarato, de modo que se forma un dicido que probablemente es metabolizado por la va de oxidacin de los cidos grasos. Evidentemente pueden existir rutas diferentes.

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Degradacin anaerbica de hidrocarburos

II. Degradacin de compuestos aromticos: las rutas mejor caracterizadas, como la del tolueno de diversas bacterias sulfatorreductoras y desnitrificantes, tambin implican la adicin de un fumarato al tolueno, seguido de la activacin con el CoA. Tras una serie de pasos adicionales se forma una molcula de benzoil-CoA que ya es susceptible de perder la aromaticidad mediante procesos de reduccin que eliminan dos de los tres dobles enlaces de la molcula. Por supuesto existen otras rutas para otros compuestos aromticos.

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Genes implicados en la degradacin de hidrocarburos

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Genes implicados en la degradacin de hidrocarburos

Cabe destacar que los plsmidos catablicos relacionados con la degradacin de hidrocarburos fueron los primeros que se descubrieron (plsmidos SAL y OCT en 1972-73, por el grupo del Dr. Chakrabarty) y dieron luz a la posibilidad de la transmisin horizontal de rutas catablicas. Adems, estn relacionados con la primera patente que se hizo de un ser vivo tras una dura batalla legal que se gano en 1980 en el Tribunal Supremo de EEUU y que sin duda tuvo que ver con el desarrollo de la Biotecnologa a nivel industrial. La patente de Chakrabarty (asignada a General Electric que era la empresa para la que trabajaba) se bas en la construccin de una estirpe de Pseudomonas que portaba 4 plsmidos con distintas rutas metablicas para la degradacin de diversos componentes del petrleo.

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Grandes vertidos

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Biorremediacin de xenobiticos

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La actividad industrial genera miles de compuestos qumicos no naturales, es decir, xenobiticos. Estos compuestos tienen una elevada capacidad contaminante dado que, al contrario que los compuestos naturales, presentan una mayor o menor resistencia a la biodegradacin (recalcitrancia). Dentro de los compuestos xenobiticos, los ms importantes desde un punto de vista cuantitativo son los derivados aromticos clorados y nitrogenados, base de la industria de fabricacin de explosivos, colorantes, herbicidas, plaguicidas, disolventes, aislantes, adhesivos, etc. No obstante, algunos compuestos clorados y nitrogenados son de origen natural, lo que justifica la existencia en la naturaleza de rutas degradativas ms o menos elaboradas para estos xenobiticos.

Persistencia Fenmenos de bioacumulacin y de incrementos de concentracin en la cadena alimentaria Escasa biodegradabilidad Estructuras complejas Toxicidad Baja solubilidad en agua

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Biorremediacin de xenobiticos

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Algunos compuestos aromticos clorados pueden mimetizar hormonas y actuar como tales (xenohormonas). As, los PCBs, dioxinas y furanos se han relacionado con problemas de infertilidad, desarrollo de tumores, desarrollo inadecuado del sistema nervioso central, etc.

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Biodegradabilidad

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Mecanismos de dehalogenacin
Oxidativa: el halgeno es eliminado y reemplazado por dos iones hidroxilo. Por eliminacin: eliminacin simultnea de un halgeno y del in hidrgeno adyacente. Hidroltica (sustitutiva): sustitucin del halgeno por un in hidroxilo. Reductora: es reemplazado por un in hidrgeno.

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Degradacin de PCP
Herbicida y fungicida usado en la conservacin de la madera, contaminante perteneciente a las listas negras. Debido a su toxicidad su produccin ha cesado en Europa. Se han aislado diversos microorganismos que pueden degradar PCP bien en condiciones aerbicas bien en condiciones anaerbicas; por ejemplo, las bacterias Flavobacterium, Arthrobacter y Rhodococcus y el hongo blanco Phanerochaete. En la degradacin aerobia, la deshalogenacin se produce por oxigenasas que hidroxilan el anillo aromtico; despus dicho anillo tambin ser escindido por accin de oxigenasas. En la degradacin anaerobia el proceso empieza con deshalogenacin reductora.

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Degradacin de bifenilos

Fig. 1 Pathway for biphenyl degradation and genetic organization of the bph gene clusters of Burkholderia sp. LB400 (Erickson and Mondello 1992; Hofer et al. 1994), Pseudomonas putida KF715 (Hayase et al. 1990; Nishi et al. 2000), Rhodococcus sp. strain M5 (Peloquin and Greer 1993; Labbe et al. 1997), Rhodococcus sp. strain RHA1 (Masai et al. 1995; Takeda et al. 2004) and Achromobacter georgiopolitanum KKS102 (Kimbara et al. 1989; Kikuchi et al. 1994; Ohtsubo et al. 2001)

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Degradacin de PCBs

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Dietmar H. Pieper Aerobic degradation of polychlorinated biphenyls Appl Microbiol Biotechnol (2005) 67: 170191

Fig. 2 Transformation of selected polychlorinated biphenyl (PCB) congeners and of dibenzo-p-dioxin by biphenyl 2,3-dioxygenases of a Burkholderia sp. LB400 (Haddock et al. 1995; Seeger et al. 1995, 1999), b Pseudomonas pseudoalcaligenes KF707 (Suenaga et al. 2002) and c Phe227Val and Phe377Ala mutants of KF707 dioxygenase (Suenaga et al. 2002). Unstable intermediates are enclosed in brackets

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Fitorremediacin
Consiste en el empleo de plantas para la eliminacin, degradacin o contencin de contaminantes en suelos, sedimentos y aguas. Las plantas extraen del suelo y de las aguas los contaminantes a travs de la adsorcin o absorcin directa de sus races o mediante mecanismos de accin combinada con microorganismos asociados que viven en las races de las plantas (fitoestabilizacin, fitofiltracin). A veces, posteriormente se almacenan en races, tallos y hojas (fitoextraccin), se transforman en otros compuestos propios de cada planta (fitodegradacin) o son volatilizados a la atmsfera por transpiracin (fitovolatilizacin). Es una tcnica no destructiva, pasiva, basada en la energa solar que constituye una alternativa a los mtodos fsicos y qumicos y tambin frente a la remediacin por microorganismos. Uso in situ. Metales, disolventes, explosivos, pesticidas, hidrocarburos, lixiviados, etc. Bajo coste. Visulamente agradable. Beneficiosa para el suelo. Tambin puede servir para combatir la polucin atmosfrica.

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Fitorremediacin

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Fitorremediacin

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