Herramientas de análisis de

secuencias de adn
Maria del Pilar Marquez Campos 101 QFB
 Bioinformática
Entiende las correlaciones, las estructuras y los patrones de los datos biológicos.
Lo componen:
- El desarrollo de herramientas informáticas y bases de datos.
- - La aplicación de estas en la generación de conocimientos biológicos
para comprender mejor los sistemas vivos.
El desarrollo de herramientas incluye el software de grabación de secuencias,
el análisis estructural y funcional de estas, así como la construcción y la
conservación de bases de datos biológicas.
Abarca

Algoritmos para a analizar y Herramientas estadísticas

Desarrollo de determinar sus relaciones para identificar e interpretar
bases de datos con datos biológicos conjuntos de datos
 incluye
Análisis de secuencias
de adn
alineación de secuencias,
El análisis de la secuencia de ADN, es el
la búsqueda en la base de descubrimiento de similitudes funcionales y
datos de secuencias. estructurales, y las diferencias entre múltiples
secuencias biológicas
descubrimiento de patrones
Se ha encontrado que dos secuencias similares
poseen el mismo papel funcional. secuencias de
reconstrucción de las diferentes organismos similares, son secuencias
relaciones evolutivas homólogas; otro termino relacionado es la similitud de
secuencias que corresponde al porcentaje de
formación y la
residuos alineados, similares en propiedades
comparación del genoma.
fisicoquímicas tales como el tamaño, el costo, y la
hidrofobicidad.
La comparación de la secuencia de ADN está
centro del análisis bioinformática y el proceso más
fundamental en esté es la alineación de secuencias.
 Tecnologías computacionales
aplicadas ala bioinformática

bodegas inteligencia minería bases de datos

de datos artificial de datos (BD) relacionales
y semánticas
 Bases de datos
Las estructuras que utiliza son ficheros planos,
relacionales y orientados a objetos.
En base a su contenido:
-Primarias (contienen datos biológicos originales)
-Secundarios(Información procesado
computacionalmente)
-Especializadas (tienden a un investigación en
particular)
Actualmente esta la necesidad de conectar las
anteriores bases de datos. . Es conveniente que
las entradas en una base de datos sean de
referencia cruzada y vinculadas a las entradas
relacionadas en otras bases de datos que
contengan información adicional.
Una solución para estandarizar la
comunicación entre bases de datos en
sistemas distribuidos, es el uso de un
lenguaje de especificación llamado CORBA,
otro protocolo que ayuda es el XML.
Bodegas de datos
Conjunto de datos integrados orientados a
una materia, que varían con el tiempo y
que no son transitorios, los cuales
soportan el proceso de toma de
decisiones de la administración.
los requerimientos de este campo exigen
el almacenamiento de grandes volúmenes
de datos, con múltiples dimensiones, de
periodos de tiempo extensos y con
formatos heterogéneos al igual que sus
fuentes.
Wang et al: describe su propuesta de
modelamiento multidimensional para datos
biomédicos, basados en el esquema
BioStar.
Ligand Depot: es una fuente de datos
integrados para encontrar información
acerca de moléculas pequeñas, proteínas
y ácidos nucleicos.
 Minería de datos Maquinas de aprendizaje
Estudio de técnicas para extraer proceso adaptativo que permite a las computadoras
información valiosa de una gran aprender de la experiencia, con el ejemplo y por analogía. La
cantidad de datos biológicos. Para ello, red neuronal es una de las máquinas de varios enfoques
son necesarias herramientas de
de aprendizaje que se han aplicado con éxito a la solución
software eficientes que permitan
de una amplia variedad de problemas bioinformáticas.
recuperar datos, comparar secuencias
biológicas, descubrir patrones y Soft Computing
visualizar el descubrimiento del
conocimiento. Como los son: KDD,KDT y La técnicas más usadas son los Sistemas expertos, los cuales se
construyen mediante la recopilación de conocimientos de expertos
estadística en la minería de datos.
humanos específicos. Los problemas se resuelven extrayendo la
Las herramientas de software que
bodegas
facilitan la investigación pueden
descripción de la situación oculta, en términos de los factores y
las normas que coinciden con el comportamiento del experto
de datos
clasificarse: humano.
a. Herramientas de recuperación de
datos. MATLAB
b. Comparación de la secuencia y las Entorno de computación y desarrollo de aplicaciones totalmente
herramientas de alineación integrado orientado para llevar a cabo proyectos en donde se
c. Herramientas de descubrimiento encuentren implicados elevados cálculos matemáticos y la
de patrones visualización gráfica de los mismos.
d. Herramientas de visualización.