Bioinformática

Introducción a la Bioinformática

Puntos a tratar:


Bioinformática: síntesis de la revolución de la biología molecular y de la

informática


El análisis computacional de secuencias


Retos de la bioinformática: la integración de los diferentes niveles de

complejidad de los sistemas biológicos

 Introducción a la Bioinformática

GENOMAS
 Codificación de la información

 Sistemas vivos: información digital cuaternaria

(A,T,G,C) en secuencias unidimensionales de

monómeros

 Ordenadores: información digital binaria en ristras de 0

y1
 Bioinformática

Bioinformática: síntesis de la revolución de la biología molecular y de la informática

Definición:

La disciplina científica que engloba todos los aspectos de la adquisición, procesamiento, distribución,

análisis, interpretación e integración de la información biológica


Biología molecular

Fundamentos de redes

Bases de datos

Aplicaciones bioinformáticas
 Bioinformática

Bioinformática: síntesis de la revolución de la biología molecular y de la informática

Nueva disc iplina


Aproximación que cruza la arena tanto experimental como teórica: experimentos realizados “in silico”


Nueva disciplina

Curriculum:

Licenciado en Ciencias de la Vida

Máster en computación

Doctor en análisis de secuencias
 Bioinformática

1951
1951 1953
1953 Estructura
Estructura del
del DNA
DNA
Hitos
Primera proteína secuenciada
1977
1977
de la Bioinformática
Secuenciación del DNA
1982
1982

GenBank, EMBL, DDBJ

1986
1986

Secuenciación automatizada de DNA

1990
1990

Algoritmos FASTA y BLAST

1991
1991

WWW
1995
1995

Primer genoma completo

2000
2000

Primer cromosoma humano

2001
2001

Borrador Genoma Humano

2003
2003

Genoma Humano completo

2005
2005
 El problema

Fenotipo

DNA

Clarividencia
René Magritte
 Bioinformática

Propiedades de la información biológica

L a in for mac ión b io ló gic a


Existe una relación entre estructura molecular y función en el sentido más amplio:

DNA --> Fenotipo (todos los niveles)


La complejidad de los datos biológicos


El crecimiento explosivo de los datos biológicos
 El crecimiento explosivo de datos

Hace ... Antes Ahora

Nucleótidos 26 años 680338 pb > Miles de
(1982) (GenBank) millones
Proteínas 26 años 1500 300.000
DNA continuo 16 años 73 kb > 270 Mbases

SNPs 16 años centenares 11 millones

Genomas 11 años 0 387
microorganism Organismos
os
Expresión 10 años Limitado Torrente de
pocos genes datos
(microchips)
 La avalancha de datos

La Bioinformàtica es crucial para tranformar el

torrente de datos brutos en conocimiento

biológico

David B. Searls
 Bioinformática

Los métodos computacionales se han convertido en algo

Biologia Computacional
intrínseco de la investigación biológica moderna, y su

importancia sólo puede incrementar conforme aumenta la

importacia de los métodos a gran escala de generación de

datos, la complejidad de los datos y la sofisticación de

nuestras preguntas

Francis S. Collins
 Tres vertientes del análisis bioinformático:


Manejo de volúmenes

masivos de datos


Análisis e interpretación

de resultados

experimentales


Modelo de sistemas

biológicos

 Bases de datos

DB

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi
 Secuenciación del genoma
(Aproximación aleatoria, Celera)

Potencia de cálculo

Ordenador Compaq de 800 procesadores

Alfa EV6 y EV7 con una arquitectura de 64

bits y más de 80 terabytes de memoria (5

veces la biblioteca del congreso)

 Análisis de genomas

Genome sequence

Predicted genes

Translation

Proteome

All-against-all Protein
Database Search
Comparison Comparison
Similarity Of
Within Between
searrch² Clusters 5
Proteome 1,3 Proteomes 1,4

Proteome Proteome Proteome Proteome Proteome

1 2

SwissProt
Database of
Proteome Database of Cluster
PDBsequences
Proteome 2
database Proteome 1 Database
Translated

ESTs

.....
Proteome
Or
Genómica comparativa

Metodología con una sensibilidad y precisión comparable o

superior al análisis experimental

Genoma ratón 14% menor genoma humano (2,5 Gb vs 2,9 Gb)

90% ambos genomas presentan sintenia

A nivel nucleotídico 40% GH se alinea con GR

Tasa substitución neutra 0,5 por sitio. Doble ratón que humanos

% genoma sometido a selec purificadora >5%

Evolución no uniforme del genoma

Ambos ~ mismo número genes, 30.000. 80% único ortólogo, sin homología <1%
 Genómica comparativa

¿Qué cambios genéticos nos

hacen humanos

Chimpancé vs Homo sapiens

 Base genética de la individualidad humana

AGAGTTCTGCTCG

AG G GTTATG C G C G
SNPs
Single Nucleotide Polymorphism

AGAGTTCTGCTCG AGAGTTCTGCTCG

AG G GTTATG C G C G AG G GTTATG C G C G
 Base genética de la individualidad humana

International HapMap Project (http://www.hapmap.org)

Expresión (DNA microarrays: Molecular portraits)
 Proteómica Redes de interacción

Redes de interacción de

proteínas

(Gavin et al. Nature 2002)

Máquina multiproteínas

232 máquinas de 12
Bioinformática

MAKING CONNECTIONS This network graph shows causal connections among 30,512 genes, 31,459 proteins, and 5,824 small molecules in

Genstruct's model, which contains 136,362 causal connections that can be evaluated to explain the molecular state changes observed in

large-scale systems biology experiments. The red connections represent inhibitions; green, activation; light blue, reaction; dark blue, a

product; yellow, catalysis; orange, binding; and black, gene product relations.

COURTESY OF GENSTRUCT
 Bioinformática

Modelo de sistemas biológicos

E-Cell (Masaru Tomita)

 Bioinformática

Entendiendo la célula
 Bioinformática

¿Qué gran panorámica emergerá del océano de datos biológicos

a. La complejidad no es reducible

b. Nuevos principios generales de organización de lo biológico

 Bioinformática

Sistema biológico

(Organismo)

Aproximación reduccionista Aproximación sintética interdisciplinar

(Experimentos) (Bioinformática: Biólogos, médicos, matemáticos, físicos, informáticos,)

Bloques de construcción

(Genes/Moléculas)
 Bioinformática
-omics
Nivel de análisis Definición Estatus Método análisis

Genoma Conjunto completo de los Independiente del contexto Secuenciación sistemática del
genes de un organismo o sus DNA
organelas

Transcriptoma Conjunto completo de los RNA Dependiente del contexto (el Matrices de hibridación
mensajeros presentes en una complementos de RNAs varía SAGE
célula, tejido o órgano según cambios en la fisiología, Análisis Northern a gran
el desarrollo o patologías escala

Proteoma Conjunto completo de Dependiente del contexto Electroforesis en gel

proteínas presentes en una bidimensional, fingerprinting
célula, tejido o órgano de péptidos
Análisis de dihíbridos

Metaboloma Conjunto completo de Dependiente del contexto Espectrofotometría de

metabolitos (intermediarios infrarrojos
de bajo peso molecular) Espectrofotometría de masas
presentes en una célula, Espectrofotometría resonancia
tejido o órgano magnético nuclear

Interactoma
 La Bioinformática en la investigación clínica

La intersección de la genómica y bioinformática en la práctica

clínica es una necesidad que debe incorporarse en la

investigación médica si que quiere que la revolución

genómica incida efectivamente en la medicina

Chris Gunter

Nature 2004, 429: 439

 Perspectivas de la Biotecnología

El ‘guru’ JUAN ENRIQUEZ

Ex-Director del Harvard Business School´s Life Science Project y,

actualmente, es CEO de Biotechconomy

Conocer el lenguaje de los genes es dominar

el futuro

Código digital cuaternario

 La Bioinformática hoy

Herramientas bioinformáticas
Datos Conocimiento
 Bioinformática

Conclusiones

En la era postgenómica de

la investigación Biomédica

• El tratamiento y análisis masivo de información es parte de la práctica de la investigación biomédica actual

• El disponer de recursos bioinformático integrados y de gran capacidad para el tratamiento y análisis de información

biomédica es hoy una necesidad primaria de la investigación biomédica

• Los investigadores precisan conocimientos y capacidades para el análisis e interpretación bioinformático mediante

programas de formación

• Desarrollo de análisis de sistemas dinámicos complejos

• Colaboración multidisciplinar

• Estilo de vida en la red

Are you ready?