INGENIERIA METABOLICA

Extraído del curso: “Systems Biology and Bioengineering”

Bernhard Palsson, Department of Bioengineering, UCSD

BT52A-BT741
 Contenido
• Systems Biology
• Modelos Matemáticos
• Análisis de Flujos Metabólicos
Biología de Sistemas
 Biología de Sistemas
• Involucra el análisis cuantitativo y optimización de procesos
celulares mediante un enfoque sistémico e integrado de la célula y
su funcionamiento.

• El objetivo es entender cómo los distintos componentes celulares

interactúan entre sí en forma coordinada, permitiendo que el
sistema funcione como un todo; lo cual requiere de una
descripción detallada de la interacción y operación de los distintos
módulos funcionales de la célula.

• Para comprender la relación entre genotipo y fenotipo, requiere de

la integración de un enfoque experimental, cuantitativo, con
modelos computacionales de redes celulares y procesos.
 Modelos Matemáticos
• Modelo = Descripción matemática de la realidad

• ¿Porqué y para qué modelar?

– Para integrar la información existente en un todo coherente
(representación del conocimiento)
– Para comprender los componentes e interacciones importantes en un
sistema complejo.
– Para entender las características esenciales del sistema.
– Para descubrir nuevas estrategias.
 Modelos Metabólicos
• ¿Porqué estudiar el Metabolismo?
– El metabolismo representa la “máquina” central
en la “fábrica” celular.
Biocombustibles
• etanol
• H2
Azúcares
Biomateriales
• polilactato

Biochemicals
• enzimas
• fármacos
 Modelos Metabólicos
Se basan en información conocida de las redes
metabólicas de distintos organismos y hacen uso de
generalizaciones y simplificaciones, que se
representan de forma matemática para hacer posible
el análisis y la optimización
– Continuos: Variaciones de concentraciones de enzima en el
tiempo debido a perturbaciones.
– Discretos: Estados metabólicos en función de distintas
condiciones como distintas fuentes de carbono.
– Estequiométricos: Representan la red de reacciones metabólicas
de un sistema.
 Análisis de Flujos Metabólicos
• Método para estimar los flujos metabólicos a partir de
tasas de consumo y producción medidas
experimentalmente.

S  M  P
v1 v2

• Utiliza modelos estequiométricos de las vías y balances

de masa para metabolitos intracelulares
• Suposición principal: estado estacionario del
metabolismo celular
 Análisis de Flujos Metabólicos
RNA P+ GLUC
SOD
0.042 0.006

• Se obtiene un mapa de
0.006
nu aa PRO T
GLUC
0.057 RIBU5P 0.559 4.611
0.234 0.208
0.325 GLUC6P CARB
RIB5P XIL5P
flujos metabólicos que SED7P
0.177

GAP 0.148
FRUC6P
3.844

4.169
LIP

0.177 02 RNA
0.0

permite comparar FRUC6P E4P

2.232

GL IC
GAP

3PG
6.256 nu
0.019

0.028
SOD
0.029 aa

distintas condiciones y
0.105
6.151 0.048
PRO T
PRO T aa SOD 0.029 0.025
0.025 0.004 PEP aa
6.122 0.004
SOD

encontrar posibles LIP

EtO H
0.102
4.130
ACET
0.137
4.267
PIR
0.138

1.470
aa
0.069
0.017

PRO T
0.166

problemas en la vía
AcCoAcit AC
0.063 0.247 AcCoAmit
aa 0.022
0.014 RNA nu 0.724
1.470 NH4 E NH4
0.174
SOD 0.025 8.850
OAC CO2 CO2 E
0.046 aa 1.470
1.397
0.079 MAL ISOCIT
PRO T
1.470
1.397

8.988 FUM AKG 0.121

ATP ADP PRO T
E 3.564 1.349 1.349 0.097
O2 O2 aa
0.023 SOD
SUC SUCCoA
1.345
 Análisis de Flujos Metabólicos
• Balances de masa:
rCO
CH4
rCH4 2CH4  3O2  2CO  4H2O
v1
CO
rCO2
rO2 CO2
O2 1
CO  O2 
v2
CO2 rH20
H2O
2
dCH4
 rCH4  2v 1
dt
dO 2  rO2  3v 1  0,5v 2 dY
dt  Sv  b
dCO  r  2v  v dt
dt CO 1 2

dCO2  rCO2  v 2
dt
dH2O  r  4v
dt H2O 1
Análisis de Flujos Metabólicos
dY dY
 Sv  b     
Estado Estacionar io
0
dt dt

S v = b
 2 0   rCH4  • Tasas específicas vector b
 3  0,5  r  Positivas  producción
   v   O2  Negativas consumo
2  1      rCO 
1

  v 2    • Matriz estequiométrica S
0 1   rCO2  Columnas reacciones
Filas  compuestos
 4 0   rH O 
 2 
Ecuación de Balance Metabólico

r
= S·v
0

v : vector de flujos
r : vector de concentración de metabolitos (flujos medibles)
S: matriz de coeficientes estequiométricos
 Ejercicio 1

Sustrato (S)
1
Metabolito Intracelular 1 (A)
2 3
Metabolito Intracelular 2 (B) Producto 1 (P1)
4
Metabolito Intracelular 3 (C)
5 6
Producto 2 (P2) Producto 3 (P3)
 Reacciones

1
1. S A
2
2. A B
3
3. B P1
4
4. B C
5
5. C P2
6
6. C P3
 Balance Estado Estacionario para Metabolitos
Intracelulares

A: 1 - 2 = 0  1 = 2

B: 2 - 3 - 4 = 0  2 = 3 + 4

C: 4 - 5 - 6 = 0  4 = 5 + 6
 Matriz de Coeficientes estequiométricos

S v = b

-1 0 0 0 0 0 S
0 0 1 0 0 0 P1

0 0 0 0 1 0 P2

P3
S= 0 0 0 0 0 1
1 -1 0 0 0 0 A

0 1 -1 -1 0 0 B
0 0 0 1 -1 -1 C

1 2 3 4 5 6
 Ecuación de Balance Metabólico

Xs -1 0 0 0 0 0 1

Xp1 0 0 1 0 0 0 2

Xp2 0 0 0 0 1 0 3

Xp3 = 0 0 0 0 0 1 4
0 1 -1 0 0 0 0 5
0 0 1 -1 -1 0 0 6
0 0 0 0 1 -1 -1

6 incógnitas, 3 metabolitos en estado estacionario

3 grados de libertad, hay que medir 3 metabolitos:
xs = -1 xp1 = 0.3 xp2 = 0.5
 Ecuación de Balance Metabólico

-1 -1 0 0 0 0 0 1
0.3 0 0 1 0 0 0 2
0.5 0 0 0 0 1 0 3
0 = 1 -1 0 0 0 0 4
0 0 1 -1 -1 0 0 5
0 0 0 0 1 -1 -1 6
 Resultado

1 1 Sustrato (S)
1
1 2 Met Int 1 (A)
0.3 3 1 0.3
Met Int 2 (B) Producto 1 (P1)
0.7 = 4 0.7
Met Int 3 (C)
0.5 5
0.5 0.2
0.2 6 Producto 2 (P2) Producto 3 (P3)
 Ejercicio 2
A B
1 2
NAD+
ATP
NADH
ADP
C
CO2
ADP 4
3
ATP
CO2
D E
ATP
NADH
ADP 5
6 NAD+
CO2
F G
ATP
NADH
7
NAD+
ADP
H
 Reacciones

1
1. A + ATP  C + CO2
2
2. B + NAD+  C
3
3. C  D + ATP
4
4. C  E + CO2
5
5. D + ATP  F + CO2
6
6. D  G + NAD+
7
7. F + ATP  H + NAD+
OJO: Pares de co-factores, como ATP/ADP, NADH/NAD+, etc. incorporan
coeficientes con signo opuesto e idéntico en las ecuaciones estequiométricas. Por lo
tanto, solo se incluye uno de los dos, para evitar aparición de columnas linealmente
dependientes.
 Balance Estado Estacionario para Metabolitos
Intracelulares

C: 1 + 2 - 3 - 4 = 0  1 + 2 = 3 + 4

D: 3 - 5 - 6 = 0  3 = 5 + 6

F: 5 - 7 = 0  5 = 7

ATP: - 1 + 3 - 5 - 7 = 0 
3 = 1 + 5 + 7
NAD+: - 2 + 6 + 7 = 0  2 = 6 + 7
 Matriz de Coeficientes estequiométricos

A B E G H CO2 C D F ATP NAD+

-1 0 0 0 0 1 1 0 0 -1 0
0 -1 0 0 0 0 1 0 0 0 -1
T = 0 0 0 0 0 0 -1 1 0 1 0
0 0 1 0 0 1 -1 0 0 0 0
0 0 0 0 0 1 0 -1 1 -1 0
0 0 0 1 0 0 0 -1 0 0 1
0 0 0 0 1 0 0 0 -1 -1 1
 Ecuación de Balance Metabólico

r
= TTV
0

V : vector de flujos
r : vector de flujos medibles
T: matriz de coeficientes estequiométricos
 Ecuación de Balance Metabólico

RA -1 0 0 0 0 0 0
RB 0 -1 0 0 0 0 0
RE 0 0 0 1 0 0 0 ν1
RG 0 0 0 0 0 1 0 ν2
RH 0 0 0 0 0 0 1 ν3
RCO2 = 1 0 0 1 1 0 0 ν4
0 1 1 -1 -1 0 0 0 ν5
0 0 0 1 0 -1 -1 0 ν6
0 0 0 0 0 1 0 -1 ν7
0 -1 0 1 0 -1 0 -1
0 0 -1 0 0 0 1 1

7 incógnitas, 5 metabolitos en estado estacionario

2 grados de libertad, hay que medir 2 metabolitos:
rA = -2 rB = -3
 Ecuación de Balance Metabólico

-2 -1 0 0 0 0 0 0 ν1
-3 0 -1 0 0 0 0 0 ν2
0 1 1 -1 -1 0 0 0 ν3
0 = 0 0 1 0 -1 -1 0 ν4
0 0 0 0 0 1 0 -1 ν5
0 -1 0 1 0 -1 0 -1 ν6
0 0 -1 0 0 0 1 1 ν7
 Ecuación de Balance Metabólico

-1 0 0 0 0 0 0 -2 ν1
0 -1 0 0 0 0 0 -3 ν2
0 -1 0 1 1 0 1 0 ν3
-1 0 -1 -1 -1 0 -1 0 = ν4
0,5 -0,5 0 0,5 1 -0,5 0,5 0 ν5
-0,5 -0,5 0 -0,5 0 0,5 0,5 0 ν6
0,5 -0,5 0 0,5 0 -0,5 0,5 0 ν7
 Resultado

A B
2 3
NAD+
ATP
NADH
2 ν1 ADP
CO2
C

3 ν2 ADP 2

3 ν3 ATP
3

2 = ν4 CO2
0,5 ν5 ATP
D E

2,5 ν6 0.5
NADH
ADP
0,5 ν7 CO2
2.5 NAD+

F G
ATP
NADH
0.5
NAD+
ADP
H