Docking molecular

Acoplamiento molecular o Docking (del inglés, anclarse). En el campo del Modelado molecular, este es un
método que predice la conformación preferida de una molécula, al estar unida a otra, con el fin de formar
un complejo estable. El conocimiento de la orientación preferida a su vez puede ser usada para predecir la
fuerza de la asociación o la afinidad de enlace entre dos moléculas, usando por ejemplo, las funciones de
puntuación (o funciones de scoring)

El acoplamiento molecular es usado para predecir la

orientación del enlace de una molécula pequeña, que
serán candidatos a fármacos, con la proteína que será
donde ejercerán su acción, con lo que se podrá predecir
la afinidad y la actividad de la molécula pequeña. Y es
por eso que este método tiene un rol muy importante en
el diseño racional de fármacos. Dada la importancia
biológica y farmacéutica, se han hecho grandes esfuerzos
buscando mejorar el método usado para predecir el
acoplamiento molecular.
3. EXPERIMENTAL
3.1. Preparación de Estructura de Proteínas y Compuestos Naturales

Las estructuras cristalinas de proteínas se

obtuvieron del Protein Data Bank (PDB)

PBP1a 3UDI
Alr 2RJG
Ddl 2ZDQ
IARS 1JZQ
DNA girasa 3TTZ
TopoIV 3RAE
DHPS 2VEG
DHFR 3SRW
 ligandos cocristalinos
penicilina G (PNM) Ddl
N - [isoleucinil] - N '- [adenosil] -diaminosufona (ILA) IARS
2 - [(3 S , 4 R ) -4 - ácido {[(3,4-dicloro-5-metil- 1H -pirrol-2-il) carbonil] ADN girasa
amino} -3-fluoropiperidin-1-il] -1,3-tiazol-5-carboxílico (07N)
(3 S ) -9-fluoro-3-metil-10- (4-metilpiperazin-1-il) -7-oxo-2,3-dihidro-7 H - TopoIV
[ 1 , 4 ] oxazino [2 , Ácido 3,4-ij] -quinolin-6-carboxílico (LFX)
pterin-6-il-metil-monofosfato (PMM) DHPS
7- (2-etoxinaftalen-1-il) -6-metilquinazolina -2,4-diamina (Q27) DHFR
Se separaron de la proteína correspondiente y se usaron para realizar la validación de acoplamiento

Todas las moléculas de agua cristalizada se eliminaron de todas las estructuras excepto en tres casos:
 128 de 3SRW
 A-2049 de 2VEG
 A-2 de 3TTZ
Se descubrió que estas moléculas de agua son esenciales para una postura de acoplamiento correcta, ya que
mejoraron la posición de acoplamiento para los compuestos probados en la validación positiva, disminuyendo
la RMSD.
AutoDockTools1.5.2 (ADT) se utilizó para asignar hidrógenos polares, agregar cargas Gasteiger y
guardar todas las estructuras de proteínas en formato de archivo PDB.

AutoGrid4 se utilizó posteriormente para

crear todos los mapas de cuadrículas de
afinidad de átomos, centrados para cada
estructura en los ligandos cocristalizados,
y con las dimensiones necesarias para
abarcar el sitio de unión del ligando.

El software ACD / ChemSketch Freeware 12.0

se usó para diseñar estructuras 2D para todos
los compuestos y luego OpenBabel se utilizó
para realizar la conversión de estructuras de 2D
a 3D. ADT se utilizó para fusionar hidrógenos
no polares, agregar cargas Gasteiger y
establecer enlaces giratorios a través de
AutoTors.
3.2. Acoplamiento molecular
AutoDock4 (versión 4.2) con el algoritmo genético lamarckiano se utilizó para realizar los estudios de
acoplamiento.
 50 ejecuciones de acoplamiento
 tamaño de población de 200
 posición de inicio y conformación: aleatorio Parámetros de
rangos de paso de traducción de 2.0 Å acoplamiento
 índice de mutación de 0.02
 índice de cruce de 0.8
 índice de búsqueda local de 0.06 y 10 millones
de evaluaciones de energía.

 Las conformaciones acopladas se agruparon usando una

tolerancia de 2,0 Å RMSD.
 Los experimentos de acoplamiento molecular se realizaron
en un clúster dedicado de 64 núcleos AMD a 2,0 GHz, que se
ejecuta en CentOS y utiliza MOLA,
 Todas las figuras con representaciones de estructura se
produjeron utilizando PyMOL

3.3. Docking y Validación
de puntaje
validación de acoplamiento
ligandos cocristalinos
penicilina G (PNM), ATP Ddl
N - [isoleucinil] - N '- [adenosil] -diaminosufona (ILA) IARS
2 - [(3 S , 4 R ) -4 - ácido {[(3,4-dicloro-5-metil- 1H -pirrol-2-il) carbonil] amino} -3- ADN girasa
fluoropiperidin-1-il] -1,3-tiazol-5-carboxílico (07N)
(3 S ) -9-fluoro-3-metil-10- (4-metilpiperazin-1-il) -7-oxo-2,3-dihidro-7 H - [ 1 , 4 ] TopoIV
oxazino [2 , Ácido 3,4-ij] -quinolin-6-carboxílico (LFX)
pterin-6-il-metil-monofosfato (PMM) DHPS
7- (2-etoxinaftalen-1-il) -6-metilquinazolina -2,4-diamina (Q27) DHFR

El resultado de la conformación superior

Para la validación del puntaje, la posición de
predicho por AutoDock4 se comparó con la
acoplamiento con la mejor puntuación de ILA, 07N,
pose de unión cocristalizada experimental y se
PMM y Q27 se sometió a un paso de actualización con
calcularon los valores de RMSD.
Xscore.
puntajes de AutoDock4 y Xscore se compararon luego con los
valores de inhibición experimental

Se calcularon ρ y r. 3.4. Evaluación virtual

La metodología de acoplamiento descrita anteriormente se aplicó para
Dado que los valores de puntuación acoplar los 34 compuestos utilizados como conjunto de datos contra
pertenecen a escalas diferentes, tanto los estructuras de 3UDI, 2RJG, 2ZDQ, 1JZQ, 3TTZ, 3RAE, 2VEG y 3SRW.
valores de Ki predichos como los
experimentales se convirtieron en valores pKi
antes del cálculo r.
RESULTADOS Y DISCUSIÓN
 Protein Targets

• Acoplamiento de proteínas
Proteínas • Sin embargo, no fue posible validar la
metodología de acoplamiento para
diana involucradas en estas estructuras de proteínas, ya que
mecanismos antibacterianos • PBP1a de Acinetobacter la posición de acoplamiento obtenida
para extender el baumannii , Alr de Escherichia para el ligando no se superponía bien
conocimiento sobre con la estructura del ligando
coli , IARS y Ddl de Thermus cocristalizado.
antibióticos estándar a thermophilus , subunidad de • Presentan valores de RMSD muy por
compuestos de hongos con ADN girasa B y DHFR encima del valor de 2 Å.
actividad antibacteriana de Staphylococcus aureus, y
informada. TopoIV y DHPS
de Streptococcus pneumonia . T. thermophilus
Estudio
y S. aureus
Protein Targets
- M. tuberculosis: Causa importante
de morbilidad y mortalidad.
- S. aureus: Infecciones graves,
incluyendo septicemias.
- ADN girasa: presenta el ligando co-
cristalizado 07N unido al sitio de
unión del ATP.
- Topo IV: el ligando cristalizado LFX se
unió al sitio de unión al ADN.
- La simulación de acoplamiento se
realizó entre un receptor rígido
(proteína) y un ligando flexible
(compuesto). Por tanto, se
descartaron posibles proteínas diana
con alta flexibilidad en sus sitios
activos.
 Validación de acoplamiento y puntuación
Los respectivos ligandos cocristalinizados se acoplaron al sitio
activo de cada proteína usando AutoDock4.

Algunas estructuras de proteínas presentaban sustratos

naturales como un ligando cocristalizado, mientras que en
otros el ligando cocristalizado era un inhibidor conocido.
En ambos casos se utilizó el mismo proceso de validación de anclaje y
atraque. Cada ligando co-cristalizado, se eliminó previamente del sitio de
unión a la proteína respectivo. La postura de atraque predicha se
comparó con la pose de unión cocristalizada experimental.

Esta validación de acoplamiento no se realizó para la estructura Alr

donde el ligando cocristalizado es un grupo prostético unido
covalentemente (piridoxal-5'-fosfato).
 Validación de acoplamiento y puntuación

Posiciones de • Presentaron una desviación

acoplamiento cuadrática media (RMSD) menor
que 2 Å.

Validar la • Valores Ki estimados por

predictibilidad del AutoDock4 o Xscore se
puntaje compararon con los valores
experimentales de Ki.
• Permitió resultados ligeramente mejores (ρ = 1 y r =
0,99) que AutoDock4 (ρ = 0,80 y r = 0,90). Xscore calificó
Xscore correctamente los 4 compuestos probados (ρ = 1), con
una correlación lineal más alta entre los resultados
predichos y experimentales (r = 0,99).
Tabla 1. Valores de Ki predichos por AutoDock4, Xscores y valores experimentales de Ki.
 Detección virtual de compuestos de hongos antimicrobianos
La actividad predicha baja comprende La actividad media predicha incluye la actividad predicha alta encierra compuestos
compuestos que puntuaron por encima de 10 μM compuestos que puntuaron entre 10 y 1 μM que puntuaron por debajo de 1 μM

Tabla 2. Xscore Ki (μM) predicción de compuestos de hongos con actividad antimicrobiana contra proteínas involucradas en mecanismos de
acción antimicrobianos.
Figura 2. Posición de acoplamiento: PBP1a (A), Ddl (B), DNA girasa (C) e IARS (D) con ácido 3,11-dioxolanosta-8,24 (Z) -diene-26-oico; Alr (E ) con
ganomicina B; TopoIV (F) y DHFR (G) con confluentina; DHPS con neogrifolina (H). Todas las proteínas se presentan en dibujos animados, las
posturas predichas se presentan en barras de color violeta y ligandos cocristalizados presentados en líneas verdes. En 2H, se superpone el ácido
p-hidroxibenzoico (línea naranja), que es un ligando co-cristalizado con la otra estructura de DHPS (3TYB).
 CONCLUSIÓN
Algunos compuestos no mostraron afinidad por las proteínas diana
consideradas, por lo que posiblemente utilicen otras estructuras diana para
ejercer su actividad. Sin embargo, varios compuestos (enokipodins,
ganomycins y austrocortiluteins) indicaron que el mecanismo principal de su
acción es la inhibición de la síntesis de la pared celular, siendo Alr y Ddl
blancos de proteína probables.
Los compuestos de hongos pueden interactuar con otros objetivos que
involucran diferentes mecanismos de acción.
Se realizaron estudios de acoplamiento para 34 compuestos seleccionados
hacia proteinas diana de microorganismos específicos, y se observaron
algunas afinidades relevantes de los compuestos en el estudio de
acoplamiento, lo que podría indicar posibles mecanismos de interacción.