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Genéticos
y
Predicción de
Plegamiento de
Proteinas
Primera Parte
T C P A G N E G G A D E G
Breve repaso
Aminoácidos y Proteinas
Aminoácidos
Grupo Carboxido
O (ácido)
C OH
+
H2N C H
Grupo Amino
R Residuo
O
O C OH
C OH H2N C H
H2N C H R
R
O
OH H
O C OH
H
C N C H
Unión Péptida
H2N C H R
R
Proteinas
O C
H
O C N C
H
C N C H R
H
N C H R
R
Angulos de torsión
O C
H
O C N C
H
C N C H R
H
N C H R
R
Segunda Parte
1 0 1 1 0 0 1 0
1 0 1 1 1 0 1 0
Cruza
1. Se decide con alguna probabilidad si se aplica la cruza o
no.
2. De aplicarse se selecciona con alguna probabilidad la
posición del arreglo donde se aplica.
Gen A 1 0 1 1 0 0 1 0
Gen B 0 0 1 1 1 0 0 1
Gen AB 1 0 1 1 1 0 0 1
Gen BA 0 0 1 1 0 0 1 0
Selección de la pareja
1 0 1 1 0 0 1 0 1 0 1 0
11 2 10
1 0 1 1 0 0 1 1 1 0 1 0
11 3 10
Links
• The Genetic Algorithms Archive
http://www.aic.nrl.navy.mil/galist/
• Genetic Algorithms
http://d.felk.cvut.cz/~xobitko/ga/
Tercera Parte
•Coordenadas Cartesianas.
•Ángulos de torsión.
Definición del operador Mutar
Para la definición del operador Mutar se
analizaron estadisticamente los ángulos de
torsión de 129 proteinas de la base de datos
Brookhaven (PDB). Se utilizaron intervalos de
a 10° y se tomaron los 10 intervalos que
ocurrian con mas frecuencia (cada uno
representado por su extremo izquierdo) para
utilizar como ángulos a reemplazar por el
operador Mutar.
Definición del operador Variar
Los parametros
controlan el
comportamiento del
algoritmo. Y pueden
variar mientras se el
algoritmo se ejecuta.
Estructura del Crambin (estructura determinada con
una resolución de 1.5 Ǻ – Tamaño: 46 residuos)
Uno de los plegamientos generados por el algoritmo
Resultados
• Ninguno de los 10 individuos
muestra similaridad estructural
con la forma del crambin.
• Los resultados obtenidos “tienen
forma” de proteina, no tienen
nudos ni extremos sobresalientes
• En la última generación se
obtuvieron dos familias distintas
de estructuras, con valores de
rms de aproximandamente 2
entre los miembros de cada
familia y de 9 entre las familias
Resultados
Los individuos generados
Energias en la última generación. por el AG tienen un mayor
potencial electroestático que
el cambrin original, esto se
debe principalmente a:
El crambin tiene 6 residuos
parcialmente cargados que no
fueron neutralizados en este
experimento
El algoritmo favorese a las
configuraciones con menor
energia total lo cual es facilmente
alcanzable optimizando las
contribuciones electroestaticas.
Resultados
• Teniendo en cuenta el tamaño de la
población, y el hecho de que en la última
generación se encontraron dos familias de
conformaciones podemos decir que:
Los resultados no fueron tan malos!!!