Mes enllà del genoma.

Aplicacions en el diagnòstic i el
tractament del càncer

Joaquín Arribas
Laboratori de Recerca Oncologica
Institut de Recerca de l’Hospital Universitari Vall d’Hebron
 Cáncer
• Si continúa la tendencia actual, aproximadamente una de cada
cinco personas morirá de cáncer en países desarrollados.

• La enfermedades cardiovasculares en países desarrollados y

las infecciosas en países sin desarrollar causan más muertes
que el cáncer.

• ¿Por que se está realizando un esfuerzo tan formidable para

conocer las bases moleculares del cáncer?
Fig. 1 Alteraciones de la fisiología de las células tumorales
(Hanahan, D., and Weinberg, R. A. (2000). The Hallmarks of Cancer. Cell 100, 57–70)
 El genóma y el diagnóstico y
tratamiento del cancer
Abordaje tradicional:
• Análisis de mutaciones en un numero limitado de
genes
• Análisis de la expresión de un número muy limitado
de genes en muestras de pacientes o modelos
animales.
– Northern blot (niveles de mRNA)
– Western blot (niveles de proteína)
– Immunhistoquímica (proteína en muestras intactas de tejido
• Creación de modelos animales sencillos
Fig. 1 Alteraciones de la fisiología de las células tumorales
(Hanahan, D., and Weinberg, R. A. (2000). The Hallmarks of Cancer. Cell 100, 57–70)
 El genóma y el diagnóstico y
tratamiento del cancer
La nuevas técnolgias en el diagnóstico y tratamiento del cáncer

• Automatizacion de la secuenciacion:
Secuencia completa del genoma.
• Microdisección laser.
• Determinacion del transcriptoma: SAGE,
Microarrays.
• Determinacion del proteoma: Proteomica.
 El genóma y el diagnóstico y
tratamiento del cancer
La nuevas técnolgias en el diagnóstico y tratamiento del cáncer

• Automatizacion de la secuenciacion:
Secuencia completa del genoma.
• Microdisección laser.
• Determinacion del transcriptoma: SAGE,
Microarrays.
• Determinacion del proteoma: Proteomica.
 El genóma y el diagnóstico y
tratamiento del cancer
La nuevas técnolgias en el diagnóstico y tratamiento del cáncer

• Automatizacion de la secuenciacion:
Secuencia completa del genoma.
• Microdisección laser.
• Determinacion del transcriptoma: SAGE,
Microarrays.
• Determinacion del proteoma: Proteomica.
Microdisección laser
Microdisección laser
Microdisección laser
 El genóma y el diagnóstico y
tratamiento del cancer
La nuevas técnolgias en el diagnóstico y tratamiento del cáncer

• Automatizacion de la secuenciacion:
Secuencia completa del genoma.
• Microdisección laser.
• Determinacion del transcriptoma: SAGE,
Microarrays.
• Determinacion del proteoma: Proteomica.
 El genóma y el diagnóstico y
tratamiento del cancer
La nuevas técnolgias en el diagnóstico y tratamiento del cáncer

• Automatizacion de la secuenciacion:
Secuencia completa del genoma.
• Microdisección laser.
• Determinacion del transcriptoma: SAGE,
Microarrays.
• Determinacion del proteoma: Proteomica.
Basic steps in the SAGE protocol

Select cells for profiling

Isolate mRNA using magnetic beads and synthesize cDNA.

Cut transcript with anchoring enzyme (NlaIII).

Release 14 bp tags from the 3' end, adjacent to the last restriction site
with tagging enzyme BsmF1.

Pair and ligate tags to form ditags, and concatenate ditags into plasmids for
automtic sequencing.

Extract and count tags to calculate expression level of each transcript.

 El genóma y el diagnóstico y
tratamiento del cancer
La nuevas técnolgias en el diagnóstico y tratamiento del cáncer

• Automatizacion de la secuenciacion:
Secuencia completa del genoma.
• Microdisección laser.
• Determinacion del transcriptoma: SAGE,
Microarrays.
• Determinacion del proteoma: Proteomica.
Para ver es ta p elícula , de be d ispo ner d e QuickTime™ y de u n de sco mpres or An imation.
 Metástasis

Para ver esta película, debe disponer de QuickTime™ y de un descompresor Microsof t Video 1.
 Metástasis

• Es la principal causa de muerte en pacientes

con cáncer
• Bases moleculares:
– Hipótesis tradicional.
• Muy poca células (10-7) en un tumor tienen
capacidad metastática
• La capacidad metastática se adquiere
mediante mutaciones somáticas.

– Analisis mediante microarrays

A molecular signature of metastasis in
primary solid tumors

Ramaswany, S., Ross, K. N. and Golub, T. R.

Nature Genetics 33, 49-54 (2003)
Translation apparatus

Separase
Inhibitor

Non-epithelial
Origin
Fig. 1 Alteraciones de la fisiología de las células tumorales
(Hanahan, D., and Weinberg, R. A. (2000). The Hallmarks of Cancer. Cell 100, 57–70)
A multigenic program mediating breast
cancer metastasis to bone

Kang, Y., Siegel, P. M., Shu, W., Drobnjak, M.,

Kakonen, S. M., Cordón-Cardo, C., Guise, T.
A. and Massagué, J.
Cancer Cell 3, 537-549 (2003)
Therapeutic Strategies: The EGFR
signaling network

Matar, P., Arribas, J, Baselga, J

 Cetuximab

R R
EGFR

TK TK Gefitinib
Grb2
PI3-k Sos
PTEN
Ras
Akt

Raf
mTOR
FKHR GSK-3 Bad
MEK1/2

p27 MAPK

Cyclin D1,E

Cell cycle survival proliferation

progression
 Tumor Volume A431 Xenografts
(mm 3)

3000

2500

2000

Treatment
1500

1000

500

0
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65

Days

CONTROL

Gefitinib
(200mg/Kg/day)
Cetuximab Gefitinib (50mg/Kg/day) +
(1.5mg/mouse/twice per week) Cetuximab (1mg/mouse/twice per week)
 UNSUPERVISED TWO-DIMENSIONAL
CLUSTER ANALYSIS
Gefitinib + Cetuximab
Gefitinib or Cetuximab

9,726 clones
(6,386 genes)

Angiogenesis (0.7%)
6,584 clones Basic cellular function (10.1%)
with good spot quality Cell adhesion (1.1%)
Cell cycle (5.4%)
Merge Cell death (2.6%)
Cell growth/prolif (5.1%)
replicates Cytosk (4.1%)
EMT related (2.4%)
5.126 clones Immune response (1.8%)
Metabolism (3.9%)
Miscellaneous (37.6%)
Oncogene (2.1%)
Secreted proteins (0.7%)
Proteolisis (3%)
724 genes Signal transduction (6.8%)
Transcription related (7.6%)
Differentially Transport (3.6%)
expressed Tumor progression (1%)
Normalized expression Tumor supressor (0.4%)
(Log2 scale)
 El genóma y el diagnóstico y
tratamiento del cancer
La nuevas técnolgias en el diagnóstico y tratamiento del cáncer

• Automatizacion de la secuenciacion:
Secuencia completa del genoma.
• Microdisección laser.
• Determinacion del transcriptoma: SAGE,
Microarrays.
• Determinacion del proteoma: Proteomica.
2D-Electrophoresis
Matrix-assisted laser desorption-ionization (MALDI)
Time of fligth (TOF)