Acidos Nucleicos (bioquímica y

biofísica)
IBt/UNAM

• Nomenclatura.
• Reactividad del esqueleto.
• Desnaturalización.
• Daño y reparación.
• Enzimología básica de Acidos
Nucleicos.
• Secuenciación y síntesis de
Acidos Nucleicos.
IBt/UNAM
Acidos Nucléicos (estructuras)

• Papel moderno de DNA y RNA.

• Fuerzas que intervienen.
• Flexibilidad y polimorfismo del
DNA.
• Topología.
• Acidos Nucléicos y Genomas.
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos

Bioquímica y Biofísica
 Acidos Nucleicos (bioquímica y
biofísica)
IBt/UNAM

Nomenclatura.
Notación. Tipos de
bases. RNA vs.
DNA

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Acidos Nucleicos (bioquímica y
biofísica)
IBt/UNAM

Tautomería
Bases Raras

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Acidos Nucleicos (bioquímica y
biofísica)
IBt/UNAM

Reactividad del
esqueleto.

H+, OH- (RNA vs. DNA).

Fragilidad mecánica y sus

implicaciones.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Acidos Nucleicos (bioquímica y
biofísica)
IBt/UNAM

Reactividad del
esqueleto.
Despurinación.
Metilación.
Desaminación.
Implicaciones de
sustitución en anillo
en la reactividad del
esqueleto.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Acidos Nucleicos (bioquímica y
biofísica)
IBt/UNAM

Desnaturalización. Tm (Composición de bases, efecto

de sal).

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Acidos Nucleicos (bioquímica y
biofísica)
IBt/UNAM

Desnaturalización. UV. Hipercromicidad

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Acidos Nucleicos (bioquímica y
biofísica)
IBt/UNAM •Hibridación. Fenómeno notable.
Utilización.

•PNA

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Hibridación multiple en chips
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

– Secuenciación y síntesis de Acidos

Nucleicos.
• Síntesis: Problema básico resuelto (fase
sólida, grupos protectores, automatización.
Dinámica de la síntesis comercial). DNA vs.
RNA.
• Secuenciación: Métodos originales. Método
actual. Métodos futuros.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Síntesis Química de DNA

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Secuenciación
Enzimática

Estado del arte:

electroforesis capilar

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM Desarrollos futuros
• Degradación enzimática (procesiva) de moleculas
individuales. Depende de la detección de una sola
molécula

• Detección electroquímica (canales en membranas)

del paso de una sola molécula.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 – Daño y reparación. Enzimología
IBt/UNAM
importante. Motor de la evolución.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

– Enzimología básica de Acidos

Nucleicos.
• Nucleasas (inespecíficas, restricción,
dependientes de estructura o estado). Nick.
Gap.
• Fosfatasas, cinasas.
• Ligasas
• Metilasas.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

• Papel moderno de DNA y RNA. (Papel

primitivo. ¿Por qué la pregunta?)
• Estructura clásica del DNA. (¿Cómo
sabemos que es así? Watson y Crick fué un
modelo satisfactorio.)
– Medidas.
– Complementaria.
– Antiparalela.
– Implicaciones de la estructura propuesta.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM
Libertad Conformacional

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Estructura de Acidos
IBt/UNAM
Nucléicos: Fuerzas que
intervienen.
• (¿Serán las mismas que en proteínas?).
• Hidrofobicidad y apilamiento (stacking).
• Puentes de hidrógeno (complementaridad
estérica y dirección). Implicaciones que
perfilan estructuras alternativas.
• Fuerzas electrostáticas. Realmente
desestabilizan. (Pensar consecuencias)

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Stacking
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Apareamiento de Bases
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Flexibilidad y polimorfismo del
IBt/UNAM
DNA.
• DNA A.
• DNA Z.
• DNA H.
• Bending y kinking.
• Polimorfismo e interacción proteína-DNA.
(Contenido informacional de los surcos).

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM DNA B DNA A

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

DNA B

DNA A

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 DNA Z
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM Telómeros

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Interacción Proteína-DNA
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Topología.
IBt/UNAM
• Loops. Cruciformes.

• Lineal vs. circular (círculos efectivos).

• Superenrrollamiento.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Superenrrollamiento
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Superenrrollamiento
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Superenrrollamiento
IBt/UNAM

Al disminuir L, se facilitan
los procesos de replicación
y transcripción.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Superenrrollamiento
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Estructura de RNAs (tRNA y

rRNA)
 RNA de transferencia
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 RNA ribosomal
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Acidos Nucléicos y Genomas
IBt/UNAM • Diversidad de tipos y tamaños.
• Avance sostenido de la ciencia genómica

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)