DEPARTAMENTO DE CIENCIAS DE LA VIDA

INGENIERIA EN BIOTECNOLOGIA

CARACTERIZACION MOLECULAR DE LA
COLECCION NACIONAL DE CAMOTE (Ipomoea spp.)
DEL BANCO NACIONAL DE GERMOPLASMA DEL
INIAP MEDIANTE MARCADORES MICROSATELITES
Previa a la obtencin de Ttulo de:
INGENIERA EN BIOTECNOLOGIA
Realizado por: GABRIELA BASANTES LASSO
SANGOLQUI, Enero del 2012

CONTENIDO
1. INTRODUCCIN
2. OBJETIVOS
3. MATERIALES Y MTODOS
4. RESULTADOS Y DISCUSIN
5. CONCLUSIONES
6. RECOMENDACIONES
Fuente: Google

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

camote.

El Camote
(Ipomoea batatas (L.) Lamarck)
Raiz reservante comestible.
Importante elemento de la seguridad
alimentaria.
Sptimo cultivo de importancia mundial
Ploida: Hexaploide (2n = 6X = 90)
Autoincompatible (algama) o estril.
Emparentado con 13 especies
silvestres.

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

camote.

Fuente: Google

Diversidad gentica del camote cultivado

Centros primarios de diversidad
(Zhang et al., 1998).

Centros secundarios de diversidad

(Zhang et al., 1998).

Ecuador:
Perdida de 81 Ha de camote.
(MAGAP, 2008)

Recursos genticos del gnero

Ipomoea: 48 especies nativas
Fuente: Google

(Jorgensen & Len,1999).

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

Estudios moleculares en camote cultivado

(Karuri, 2010): Anlisis de la diversidad de genotipos de
camote provenientes de Kenia con SSRs.
(Veasey, 2008): Anlisis de la diversidad de camote en
comunidades de So Paulo, Brasil utilizando SSRs.
(Chvez, 2001): Caracterizacin molecular de variedades
de camote del la costa del Pacifico sur de Sudamrica
con SSRs
(Zhang, 2000): Anlisis de la diversidad gentica de
variedades de camote de Latinoamrica con SSRs
(Buteler, 1999): Caracterizacin molecular de camote y
especies silvestres de Ipomoea trfida con SSRs.
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de
camote.

Marcadores moleculares microsatlites

SSRs

(A)n
(AT)n
(GA)n
(GAA)n

Altamente
polimrficos
Fuente: Google

Son ms polimrficos
que RAPDs, RFLPs y AFLPs.

Fuente: Google

Usados en la
caracterizacin de
germoplasma de
camote
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

Importancia del proyecto

Caracterizacin molecular
Diferencias genticas entre el material en estudio
Relacin entre materiales y estructura de la poblacin.
Evaluar la utilidad del set de marcadores SSRS de camote.
Identificacin de duplicados
Estudios morfo-agronmicos

Fuente: Google

Materiales promisorios

Proyectos de mejoramiento gentico

Conservacin de materiales locales y tradicionales
Mejoramiento de tecnologas de cultivo
Agricultores y consumidores
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de
camote.

CONTENIDO
1. INTRODUCCIN
2. OBJETIVOS
3. MATERIALES Y MTODOS
4. RESULTADOS Y DISCUSIN
5. CONCLUSIONES
6. RECOMENDACIONES
Fuente: Google

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

camote.

OBJETIVOS
General

Fuente: Google

Caracterizar molecularmente la coleccin nacional de camote

as como especies silvestres del Banco Nacional de
Germoplasma del INIAP mediante marcadores SSRs.

Especficos
1. Caracterizar molecularmente 59 accesiones de la coleccin
de camote y 36 accesiones de especies silvestres del B.N.G del
INIAP, utilizando 12 marcadores microsatlites .
2. Comparar las diferencias genticas presentes a nivel de
polimorfismo y heterocigosidad en los genotipos de camote y
especies silvestres.
3. Determinar duplicados en los genotipos de camote
4. Determinar las relaciones genticas existentes en el
germoplasma en estudio.
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de
camote.

CONTENIDO
1. INTRODUCCIN
2. OBJETIVOS
3. MATERIALES Y MTODOS
4. RESULTADOS Y DISCUSIN
5. CONCLUSIONES
6. RECOMENDACIONES
Fuente: Google

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

camote.

METODOLOGIA DEL
PROCESO
Extraccin
de
Material vegetal
ADN Fresco

Extraccin de
ADN en seco

Cuantificacin
de ADN

Fuente: Google

PCR con el
Mtodo M13tailing
Pruebas Mnoplex
Pruebas Dplex
GENOTIPAJE en el
LI-COR

Amplificacin
de SSRs
Pruebas PCR
Seleccin de 11 loci SSRs
Diseo Estadstico

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

MATERIAL VEGETAL
Especies cultivadas
(59)

Especies silvestres
(30)

Provincia del Azuay

E.E Portoviejo
Provincia de Napo
Provincia de M. Santiago
Provincia de Orellana

E.E. C. Amazonia

Provincia de Manab
CIP

E.E. Sta Catalina

(DENAREF)

S. sexual del B.G. I

E.E. Sta Catalina

(desinfeccin y germinacin) (DENAREF)

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

camote.

MICROSATLITES
Autor

Locus

Motif SSRs

Huamani
(2009)

IbE 27

(GAC)5GA

Huamani
(2009)

IbE 14

Huamani
(2009)
Huamani
(2009)

Tamao Tm *
(pb)
(oC)

209

57
57

(GA)9G

200

IbE 5

(TA)5TC(TA)3TT
(TA)5CA(TA)2T(TA)10

220

60

IbY 46

(ATC)5AT

144

55

Hu (2004) IBSSR 27

(TA)6(CA)16(TA)3

180

60

Hu (2004) IBSSR 04

(GA)11

216

60

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

MICROSATLITES
Autor

Locus

Motif SSRs

Hu (2004)

IBSSR
10

(AG)8A2 (AG)7

217

60

Hu (2004)

IBSSR
19

(CA)25

181

65

Huamani (2009)

IbN34

(CT)8

308

55

Huamani (2009)

IbN18

(CT)11

195

59

Huamani (2009)

IbN37

(TA)7T

184

55

130

60

Hu (2004)

IBSSR25 (GT)15T2(TG)9

Tamao Tm *
(pb) (oC)

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

camote.

METODOLOGIA M13-Tailing
11 loci SSRs
M-13 tailing

Secuencia de nucletidos
(5-CAC GAC GTT GTA AAA CGA C-3`)

Extremo 5 del primer Fw SSRs

PCR: Cola de nucletidos + M13 Primer
(700-800nm)
Productos amplificados SSR marcados

S. SAGA
Genotipaje

Imgenes
del gel

Fotodiodos LICOR
detectan la IR

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

camote.

ANLISIS ESTADSTICO
ANLISIS

8 LOCI SSRS

Diversidad gentica
Estructura gentica
Anlisis de duplicados

PROGRAMAS
ESTADISTICOS

Matriz Genotpica de datos

Modalidades de anlisis
Cultivadas vs silvestres
Cultivadas vs cultivadas
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de
camote.

CONTENIDO
1. INTRODUCCIN
2. OBJETIVOS
3. MATERIALES Y MTODOS
4. RESULTADOS Y DISCUSIN
5. CONCLUSIONES
6. RECOMENDACIONES
Fuente: Google

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

camote.

EXTRACCIN Y
CUANTIFICACIN DE ADN

Altas concentraciones de ADN

(rendimiento 8 ug).

Optimizacin de tiempo y costos

en el laboratorio.
Cuantificacin de ADN en gel de agarosa
al 1% utilizando muestra fresca

Menores concentraciones de
ADN (rendimiento 5.5 ug).

Mejor calidad de ADN (menor

incidencia de impurezas).
Cuantificacin de ADN en gel de agarosa
al 1% utilizando muestra seca
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de
camote.

GENOTIPAJE DEL CAMOTE Y ESPECIES

SILVESTRES
En la mayora de genotipos existi
una prdida de genotipos por patrones
de herencia tetrasmica del camote
(Buteler, 1999).

Alelos de camote
obtenidos con el locus
IbE14 en el LI-COR

Resultados demuestran que existe un

bajo porcentaje de SSRs capaces de
amplificar en especies hexaploides
(Buteler, 1999; Hu, 2004).

Alelos de silvestres
Caracterizacin molecular de
obtenidos con el locus Gabriela Basantes. 2012.
camote.

DIVERSIDAD GENTICA DE CAMOTE

Nmero de alelos
No
alelos

HE

HO

PIC

IbE 05

0,6485

0,6207

0,6138

IBSSR 10

0,7853

0,6154

0,7584

IBSSR 27

0,6870

0,3158

0,6302

IBSSR 04

0,5995

0,3729

0,5372

IbN 18

0,7494

0,4310

0,7114

IbN 34

0,4999

0,0339

0,4044

IbE 14

17

0,9130

0,6102

0,9063

IbE 27

0,6823

0,1356

0,6246

7,5

0,6956

0,3919

0,6483

Locus

Promedio

Valor ms cercano a otros

estudios (Veasey et al., 2008;
Roullier et al., 2011)
Valor mas lejano: (Karuri et
al., 2010; Ynez, 2002; Hu et
al., 2004; Buteler et al., 1999).

HE: Ecuador : Centro secundario de diversidad gentica.

HO: Reproduccin algama del camote.

PIC: IbE 14: Marcador mas informativo

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

DIVERSIDAD GENTICA DE
ESPECIES SILVESTRES
No
Locus

Alelos

Ho

PIC

IbE 05

0,2143

0,6457

IBSSR 10

0,1250

0,6357

IBSSR 27

0,0000

0,0000

IBSSR 04

0,0000

0,0000

IbN 18

0,1333

0,1167

IbN 34

0,0000

0,7935

IbE 14

0,2667

0,7493

IbE 27

0,0714

0,5101

0,1013

0,4314

Promedio

Alto numero de alelos y PIC:

Aptos para estudios de diversidad
gentica

Bajo numero de alelos y

PIC: Utilizar SSRs en estudios
de especies de las cuales fueron
originalmente aislados (Buteler et
al, 1999).

Ho: Mayor parte de materiales son de naturaleza

autgama Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de
camote.

ESTRUCTURA GENTICA
UPGMA

No existi formacin de grupos especficos de acuerdo a

las zonas geogrficas de origen.
La prdida de correlacin geogrfica entre genotipos de
camote ha sido tambin reportado por otros autores (Karuri et

al., 2010; Veasey et al., 2008).

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de
camote.

ESTRUCTURA GENTICA
ANLISIS DE
COORDENADAS
PRINCIPALES EN 2D

Grupo cultivado G1
mayor variabilidad
gentica
Grupo cultivado G2
base gentica menor al
grupo G1.
Compartimiento de bandas (Jarvis & Hodgkin, 1999).
Ratificacin de resultados mediante asignacin
gentica.
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de
camote.

ESTRUCTURA GENTICA
Asignacin Gentica
Asignacin Gentica Cuando K=3

Flujo
gentico

Asignacin gentica de poblaciones

Status
Cultivado

G2
44

G1

Hbridos

Total
44

G2
Cultivado

15

15

G1
Silvestre S
Total

44

15

24

30

24

89

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

camote.

FLUJO GENTICO ENTRE G1 Y S

Lugares en donde existe una mayor concurrencia de cultivos

domesticados con sus parientes silvestres (Lapea, 2005).
Factores que aseguran la hibridacin (Papa et al,2005):
Factores humanos-ambientales
Factores biolgicos
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de
camote.

ESTRUCTURA GENTICA
AMOVA
Origen de la

gl

Suma de

Componentes

% de la variacin

cuadrados

de la varianza

gentica

118,679

1,967

26% *

86

484,010

5,628

74% *

variacin gentica
Entre poblaciones
Dentro de cada
poblacin

Mutaciones
Sistema de reproduccin del camote
Intercambio de materiales entre agricultores
Influencia de los agricultores por mantener sus
variedades dentro de las regiones.
Otros estudios tambin han mostrado una alta diversidad
dentro de las poblaciones (Zhang et al., 2000, 2004), Veasey
et al., (2008), Roullier et al., (2011))
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de
camote.

ESTRUCTURA GENTICA
DISTANCIA GENTICA DE NEI
Status 1

Status 2

Distancia gentica (D)

G1

0.042

G1

G2

0.20

G2

0.081

G1 y S (Flujo gentico): misma sincronizacin en los

tiempos de florecimiento y compatibilidad sexual y
simpatra existente entre estos dos grupos (Jarvis & Hodgkin,
1999).

G2 - S (Ausencia de flujo gentico): Diferencias en la

poca de cruzamiento a pesar de estar en la misma zona.
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de camote.

DIVERSIDAD GENTICA
Alelos compartidos entre camote y especies silvestres
Poblaciones

Numero de alelos
compartidos

G1- G2- S

G2 S

12

G1-S

8 alelos

Alelos privados entre camote y especies silvestres

Status de la Poblacin
Nmero total de Alelos
en la Poblacin
Freq. >= 5%
No alelos privados

Cultivado 1

Cultivado 2

Silvestre

(G1)

(G2)

(S)

31

49

48

14

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

camote.

IDENTIDAD GENETICA EN
MATERIALES CULTIVADOS DE
CAMOTE
Materiales cultivados con un 99% de similitud
gentica
MTCG 007 Guayaco (cdigo 39) = MTCG 008
Guayaco (cdigo 40)
ECU 17597 (cdigo 54 ) = ECU 17598 (cdigo 55)

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

camote.

ESTRUCTURA GENTICA
ANALISIS CON 11 LOCI SSRs

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

camote.

CONTENIDO
1. INTRODUCCIN
2. OBJETIVOS
3. MATERIALES Y MTODOS
4. RESULTADOS Y DISCUSIN
5. CONCLUSIONES
6. RECOMENDACIONES
Fuente: Google

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

camote.

CONCLUSIONES
Con el protocolo utilizado para muestras

frescas, se obtuvo altas concentraciones de

ADN mientras que con la metodologa empleada
para muestras secas se obtuvo menores
concentraciones. Este ultimo no afect a nuestro
estudio, ya que los marcadores SSRs no
requieren de altas concentraciones de ADN.
Se aport al conocimiento de los beneficios de
otra tcnica basada en muestra seca que pueda
ser utilizada en muestreos in situ.
La caracterizacin de materiales de camote
con ocho loci SSRs, determin niveles elevados
de riqueza allica (7.5 alelos /locus) y de PIC
(0.648), demostrando una alta variabilidad
gentica y PIC en los materiales analizados.
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de
camote.

CONCLUSIONES
El anlisis de especies silvestres con 8
loci SSRs detect una baja riqueza allica (4
alelos /locus) y PIC (0.4314), debido a que
estos loci no fueron originalmente aislados
del genoma de especies silvestres.
El locus IbE14 en camote (17 alelos) y
los loci IbE14 e IbN34 (8 alelos y 7 alelos
respectivamente) en el caso de materiales
silvestres proporcionaron el mayor nmero
de alelos.
El valor de Ho para materiales cultivados
fue de 0.3919, reflejando su naturaleza
algama.
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de
camote.

CONCLUSIONES
Los anlisis estadsticos permitieron
distinguir 3 grupos genticos, 2 grupos
cultivados de camote (G1 y G2) y 1
grupo silvestre (S).

Se confirm la existencia de flujo

gentico entre la poblacin G1 y silvestre
S, posiblemente al intercambio gentico
producido en los lotes de siembra de estos
cultivos.
Los grupos G1 y G2 se diferencia por
el tipo de zona geografica a la que
pertenecen sus materiales.
Se encontraron 2 parejas de materiales
con identidad gentica.
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

CONTENIDO
1. INTRODUCCIN
2. OBJETIVOS
3. MATERIALES Y
MTODOS
4. RESULTADOS Y
DISCUSIN
5. CONCLUSIONES
6. RECOMENDACIONES

Fuente: Google

Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de

camote.

RECOMENDACIONES
El presente estudio constituye el primer reporte de
caracterizacin molecular del germoplasma de camote
y especies silvestres en el INIAP, contribuyndose al
conocimiento de una parte de la diversidad gentica de
estas especies en un centro de origen y diversificacin,
como es el Ecuador.
Al final de este estudio se espera el establecimiento de
un set representativo de materiales silvestres para
trabajos de uso y mejoramiento de germoplasma de
camote beneficiando al sector productivo agrcola.
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de
camote.

AGRADECIMIENTOS
Proyecto Innovaciones para emprendimiento de
yuca y camote en la seguridad, soberana
alimentaria y oportunidades de mercado en el
Ecuador(SENESCYT Cdigo 2407).
Departamento Nacional de Biotecnologa .
Departamento Nacional de Recursos Fitogenticos
(DENAREF).
ESPE- Departamento de Ciencias de la VidaIngeniera en Biotecnologa.
Gabriela Basantes. 2012. Caracterizacin molecular de
camote.