Clase # 13.

Modelado de la estructura de una protena (I)

Prof. Ramn Garduo Jurez Modelado Molecular Diseo de Frmacos

Descripcin
Estructura de protenas Prediccin de estructura secundaria Plegado de la protena Prediccin de estructura terciaria
Predicciones ab initio de estructura Modelado por Homologa Reconocimiento del plegado

Estructura de Protenas
Las protenas son hetero polmeros lineales de longitud fija; Un solo tipo de protena siempre tiene el mismo nmero y composicin de monmeros,

Diferentes protenas tienen un intervalo de unidades de monmeros, desde unos cientos hasta miles;
Los monmeros son amino cidos, y has 20 tipos, los cuales tienen una variedad de propiedades qumicas; Por lo tanto hay una gran diversidad de posibles secuencias de protena. Las cadenas lineales se pliegan a conformaciones especficas tri-dimensionales, las cuales estn determinadas por su secuencia de amino cidos; Las protenas generalmente se auto pliegan. Las estructuras tri-dimensionales de las protenas son por lo tanto extremadamente diversas, desde las completamente fibrosas, hasta las globulares. Las estructuras de las protenas pueden determinarse al nivel atmico por medio de:

Difraccin de neutrones y de Rayos-X sobre protenas cristalizadas,

Por espectroscopia de resonancia magntica nuclear (RMN) cuando las protenas estn en disolucin. Sin embargo existen muchas protenas cuyas estructuras no se pueden resolver todava, especficamente protenas de la membrana. La estructura de una protena esta intrnsecamente relacionada con su funcin. La determinacin experimental, o prediccin de la estructura, ayuda a la elucidacin del la funcin de la protena; Pueden disearse secuencias sintticas de protena para que stas tengan una funcin especfica..

Los veinte amino cidos que se encuentran en los sistemas biolgicos son:

Todos los amino cidos tienen la misma formula general

Pptido
Los amino cidos estn ligados linealmente a travs de una unin peptdica. Estas uniones se forman por medio de una reaccin de sntesis deshidratante: Entre el grupo carboxilo del primer amino cido con el grupo amino del segundo amino cido.

Estructura de una protena

APRKFFVGGNWKMNGDKKSLG ELIHTLNGAKLSADTEVVCGA PSIYLDFARQKLDAKIGVAAQ NCYKVPKGAFTGEISPAMIKD IGAAWVILGHSERRHVFGESD ELIGQKVAHALAEGLGVIACI GEKLDEREAGITEKVVFEQTK AIADNVKDWSKVVLAYEPVWA IGTGKTATPQQAQEVHEKLRG WLKSHVSDAVAQSTRIIYGGS VTGGNCKELASQHDVDGFLVG GASLKPEFVDIINAKH

Estructura secundaria en protenas

Alfa hlice: hlice hacia la derecha 3.6 residuo por giro de la hlice puentes de hidrogeno entre residuos n y n+4

Hebra Beta y hoja beta

Giro-Beta
4 residuos en longitud Permite a la estructura el tener giros de 180 grados

El Mapa de Ramachandran
En un polipptido las uniones N-C y C-C de la cadena principal son relativamente libres para rotar. Estas rotaciones son representadas por los ngulos de torsin phi y psi, respectivamente. G N Ramachandran (1960) us modelos de computadora de polipptidos pequeos para variar sistemticamente los ngulos phi y psi con el objetivo de encontrar conformaciones estables. Para cada conformacin, la estructura fue examinada en los contactos cercanos entre sus tomos. Los tomos fueron tratados como esferas duras con dimensiones correspondientes a sus radios de van der Waals.

Por lo tanto, los ngulos phi y psi que causan que las esferas colisionen corresponden a la conformacin estricamente no permitida del esqueleto del polipptido.

Las reas blancas corresponden a las conformaciones donde los tomos en el polipptido estn ms cerca que la suma de sus radios de van der Waals.
Estas regiones no estn permitidas estricamente para todos los amino cidos excepto para la glicina que es nica ya que carece de una cadena lateral. Las regiones en rojo corresponden a conformaciones donde no hay colisiones estricas, i.e. estas son regiones permitidas principalmente las conformaciones de -hlice y de -plegada. Las reas amarillas son las regiones permitidas si se emplea en el clculo un radio de van der Waals ligeramente ms pequeo, i.e. a los tomos se les permites estr un poco ms cerca. Esto acarrea consigo una regin adicional que corresponde a la -hlice izquierda.

La hlice 3(10) ocurre cerca de la parte superior derecha de la regin de -hlice y est en el borde de la regin permitida indicando que tiene una estabilidad menor. Regiones no permitidas generalmente involucran obstculos estricos entre el C- del metileno de la cadena lateral y los tomos de la cadena principal. La glicina no tiene una cadena lateral y por lo tanto puede adoptar ngulos phi y psi en todos los cuatro cuadrantes del Mapa de Ramachandran. De aqu que sta ocurre frecuentemente en las regiones de giros en la protenas donde cualquier otro residuo estara obstaculizado de manera estrica.

Conformacin de la Cadena Lateral

A los tomos de las cadenas de los amino cidos se les da el nombre del alfabeto Griego de acuerdo a este esquema.

A los ngulos de torsin se le llama chi1, chi2, chi3, etc., como se muestra abajo para la lisisna.

Estructura terciara de protenas

Fuerza directriz del plegado: Efecto hidrofbico Electrosttico Puentes de hidrgeno Puente disulfuro

PDB: protein data bank

Almacn de coordenadas de protenas Disponible al publico Se requiere que se depositen las coordenadas cuando el artculo es publicado La informacin incluida en los archivos pdb necesita ser revisada cuidadosamente. Por ejemplo: la descripcin del sitio activo puede que no sea del todo correcta. Formato

SCOP (Structural Classification of Proteins)

Clases: Protenas todas alfa (126) Protenas todas beta (81) Protenas alfa y beta (a/b) (87) Principalmente hojas plegadas beta paralelas (unidades beta-alfa-beta) protenas Alfa y beta (a+b) (151) Principalmente hojas plegadas beta antiparalelas (regiones segregadas alpha y beta) Protenas Multi-dominio (alpha y beta) (21) Pliegues consistentes de uno o ms dominios de diferentes clases Protenas y pptidos de la membrana y la pared celular (10) No incluye a protenas en el sistema inmune Protenas pequeas (44) Generalmente dominadas por ligandos de metal heme, y/o puentes disulfuro Protenas super enrolladas (4) Estructura de protenas de baja resolucin (4)

Pptidos (61) Pptidos y fragmentos

Protenas Diseadas (17) Estructuras experimentales de protenas esencialmente con secuencias no-naturales

Los niveles 2, 3 y 4 vienen bajo la sombrilla de estructura terciaria, pero la estructura terciaria tambin puede describir como se empacan los dominios. Los niveles 2 y 3 pueden considerarse como constituyentes de la estructura super-secundaria. No todos los dominios de pliegue consisten de ornamentos de estructura super-secundaria; por ejemplo el pliegue de la globina incluye una unidad -, pero sus seis hlices restantes no comprenden ningn ornamento clsico de estructura super-secundaria.

Toda-Alfa
La Hlice Solitaria: protenas pequeas (o pptidos) que consisten de un poco ms que una hlice simple. Ejemplo: el glucagon, una hormona involucrada en regular el metabolismo del azcar en los mamferos (como lo hace la insulina).

Ornamento Hlice-giro-hlice: El arreglo de empacado ms simple de un domino de dos hlices es que stas lo hagan de forma antiparalela, conectadas por un giro corto. eg. La estructura de la pequea (63 residuos) protena Rop que se une al ARN, la cual se encuentra en ciertos plsmidos (pequeas molculas circulares de ADN de doble cadena que existen en bacterias y levaduras) y que estn involucradas en su replicacin. Tienen un pequeo giro en su arreglo tri-dimensional

El bulto de Cuatro-Hlices: En muchos casos las hlices son parte de una cadena polipeptdica simple, conectadas entre si por tres vueltas o giros. Sin embargo, la molcula Rop es de hecho un dmero de dos unidades de dos hlices. Las interfases entre las hlices consisten sobre todo de residuos hidrofbicos mientras que las cadenas laterales polares en la superficie expuesta interactan con el ambiente acuoso. eg. La Ferritina

 Protena de Membrana : centro de reaccin fotosinttica. Cinco hlices.

Uterologina: una protena que se une a los esteroides

 Topologa: Las cuatro hlices pueden ser arregladas en una topologa simple de arriba-y-abajo, o en arreglos ms complejos.

 Los sitios de unin del ligando de estas protenas ocurren dentro de las hlices alfa:

 Citoquinas: Interleuquina-2, Hormona del crecimiento humano, Granulocito-macrfago factor estimulante de colonias (GM-CSF) e Interleuquina-4

Protena que se une al ADN: engrailed homodominio

Todas-Beta
Beta Sndwiches y Barriles Beta : En el plegado de la inmunoglobulina, las cadenas forman dos hojas beta empacadas una junto a la otra, formando un "beta sndwich". El modulo estructural de la inmunoglobulina es uno de los ejemplos mejor conocidos de mezclado y duplicacin de exones. Est presente en una amplia variedad de protenas en la superficie de las clulas.
El plegado consiste de 9 cadenas antiparalelas beta, formando dos hojas plegadas beta en un 'sndwich'.

Beta Sndwiches Alineados y Ortogonales.

La protena intestinal lipocalina que se une a los cidos grasos

Barrriles Beta: Algunos dominios de hoja plegada beta antiparalela se describen mejor como barriles beta ms que como beta sndwiches eg. La Porina: hojas beta en una formacin de barril beta hecho de 16 hebras que forman un poro en la membrana de entre 1.7 - 2.5 nm en dimetro.

Topologa de las Protenas Todo-Beta

Hojas Plegadas Beta arriba-y-abajo: La topologa ms simple para una hoja beta antiparalela involucra giros que conectan las hebras adyacentes.

La topologa de Llave Griega, nombrado en honor a un patrn que fue comn en la cermica Griega, que se muestra a continuacin. Tres cadenas arriba-y-abajo conectadas por vueltas de horquilla que son seguidas de una conexin ms larga hacia la cuarta cadena, que se ubica de manera adyacente a la primera.

Plastocianina:

Gamma-cristalina tiene dos dominios donde cada uno es una cadena de ocho cadenas beta en una estructura de barril beta compuesta de dos Llaves Griegas.

 Pliegue enrollado: formado al aadirse un remolino extra a la Llave Griega

Protenas de la Membrana
Cada clula est encerrada por una membrana plasmtica. Adems, el citoplasma de clulas eucariotas contiene una variedad de organelos, cada uno encerrado por una membrana interna. Todas la membranas son ensambles de molculas de lpidosy protenas que se mantienen unidas por interacciones no-covalentes. Los lpidos son anfipticos , ie estos tienen una cabeza hidrofilita polar y una cola hidrofbica no-polar, Por lo tanto estos forman espontneamente bicapas en disolucin acuosa. La membrana es fluida, con molculas individuales de lpido capaces de difundirse libremente dentro de la bicapa.

Por lo tanto se puede considerar como un disolvente bi-dimensional para las protenas. Las protenas se difunden ente 100 - 100,000 veces ms lento que los lpidos. Existen tres tipos principales de lpidos en las membranas: fosfolpidos (los ms abundantes), glicolpidos y el colesterol.

La composicin de las membranas vara dependiendo de su funcin.

Las membranas plasmticas de las clulas animales son aproximadamente 50% protena in trminos de peso. La membrana interna de las mitocondrias, que estn involucradas en la transduccin de la energa, son alrededor de 75% protena. Para la mielina, que funciona como un aislante, es aproximadamente 25%.

Muchas protenas de membrana, llamadas glicoprotenas, tienen grupos de carbohidratos unidos covalentemente. En las clulas de mamfero tales cadenas a menudo estn ligadas al grupo amida de la Asparagina. Las cadenas de carbohidrato se encuentran en el lado extracelular de las membranas plasmticas, y en el lado luminal de las membranas intracelulares alrededor de los organelos.

Funcin de la Membrana: Una membrana no es simplemente una barrera fsica entre el citoplasma de la clula y su ambiente externo, o entre los diferentes compartimentos de uan clula. Las funciones de las membranas dependen de las protenas que contienen. Algunas de estas protenas tienen principalmente un papel estructural, mientras que muchas enzimas estn asociadas con las membranas.

Algunas protenas de la membrana son ligas estructurales entre el citoesqueleto celular y la matriz extracelular. Otras protenas forman montajes donde se unen las clulas vecinas en un tejido. Algunas protenas de membrana transportan selectivamente molculas especificas y iones dentro y fuera de la clula u organelo.

Otras son receptores de seales qumicas desde afuera de la clula u organelo.

Algunas protenas catalizan reacciones en membranas especializadas, tales como en la produccin de energa a partir de la luz solar, y el acoplado del flujo de electrones en la sntesis de ATP.

Categoras de las protenas de membrana: La manera en la cual una protena se asocia con una membrana depende de su estructura la que puede ser categorizada como: 1. La protena esta insertada parcialmente en la membrana. Como en los lpidos es de naturaleza anfiptica: tiene un dominio donde los residuos hidrofbicos estn expuestos en la superficie, que estn en contacto con la parte interna, hidrofbica de la bicapa lipdica, y un dominio polar que interactua con el disolvente y con las cabezas polares de los lpidos. Algunas de la protenas-G, que se unen a los guanosil nucletidos pertenecen a este grupo. Pocos ejemplos se han encontrado en donde una protena se encuentra en el lado extracelular de la membrana plasmtica, aunque la melitina, una toxina del veneno de las abejas, puede ser una de stas.

2. Ms comnmente, existe un dominio hidroflico en cada extremo de la protena. Un solo dominio hidrofbico cruza toda la membrana. Los dominios transmembranales tienden a estar formados de -hlices, eg. la Glicoforina (en eritrocitos), y muchos otros receptores, tales como los receptores del factor de crecimiento, el receptor de la insulina, etc.

3. Algunas son protenas perifricas: estas no se insertan en la membrana ya que no tienen una superficie hidrofbica bien definida.
Estas se unen a la membrana principalmente por asociaciones inicas con las cabezas polares de los fosfolpidos, o con otras protenas de la membrana. Ejemplos son la profilina, la subunidad F1 de la ATPsintetasa, y el citocromo c

4. La cadena polipeptdica puede atravesar la membrana varias veces. La protena puede tener un poro que corre a travs de sta y acta como un canal transmembranal o como una bomba de iones. Tale protenas tienen una orientacin particular en la membrana: estas son funcionalmente asimtricas. Un ejemplo es la Bacteriorodopsina. 5. Otro tipo de protena perifrica se asocia con la membrana por medio de ligas covalentes a un glicolpido en la bicapa as como con algunas molculas adhesivas de la sper familia de las inmonuglobulinas, e.g. Thy-1, NCAMV

Las protenas de la membrana son difciles de cristalizar.

Debido a que ellas tienen superficies hidroflicas e hidrofbicas significativas, ellas no son solubles en disoluciones reguladoras acuosas, y se desnaturalizan en disolventes orgnicos.
Mtodos tales como la Espectroscopia Infra-roja, Espectroscopia Raman y Dicrosmo Circular se usan para deducir su estructura secundaria. Sin embargo, otras tcnicas permiten identificar las regiones transmembranales. Una secuencia relativamente larga, ininterrumpida de residuos hidrofbicos es posible que represente a una estructura que atraviesa la membrana. Un nmero de residuos hidroflicos pueden estar en una estructura empacada tal como el centro de reaccin fotosinttico. Una medicin cuantitativa de la hidrofobicidad de una secuencia es requerida. Varias escalas de hidrofobicidad para los amino cidos basados en, por ejemplo, la energa libre de transferencia de la cadena lateral de un disolvente inorgnico al agua han sido compiladas. Para cada posicin i en la secuencia, un ndice de hidroptia puede ser calculado como el valor medio de la hidrofobicidad de todos los residuos desde eg i-9 a i+9.

Picos agudos en una grafica del ndice de hidroptia contra cada residuo representa secuencias que sern inusualmente hidrofbicas para una protena soluble y que por lo tanto son fuertes candidatos para ocupar una seccin transmembranal.
De hecho tales graficas han sido muy tiles en predecir correctamente las secuencias que atraviesan la membrana en estructuras que han sido posteriormente elucidadas por cristalografa de Rayos-X, tales como el centro de reaccin fotosinttico.

Software Grafico
Rasmol, Molmol, ArgusLab Quanta VMD
Despliega la estructura Reproduce la trayectoria de la simulacin Anlisis de la estructura: longitud de unin, ngulo Hace pelculas

Muchos grupos escriben su propio software para tener caractersticas especiales: comparacin de estructuras, clculo de la energa,